File size: 3,766 Bytes
d95eaab |
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 |
import org.locationtech.jts.geom.util.GeometryCombiner
import org.locationtech.jts.operation.union.UnaryUnionOp
// variables necessàries per al funcionament intern del programa
int z = 0
int t = 0
def plane = ImagePlane.getPlane(z, t)
def objects = getAnnotationObjects()
// amplada dels patch's i nombre de píxels que es solapen
def amplada = 1024
def alcada = 1024
def solapament = 100
def th_interseccio = 0.5
// generació dels patch's
def original_ann = []
def new_anns = []
for (annotation in objects) {
print "Processing annotation " + annotation
roi = annotation.getROI() // farem servir la roi per calcular la bounding box i la interseccio amb els quadrats. Primer extreiem la bb
if (roi.getClass() == qupath.lib.roi.RectangleROI){
continue // Ignore squares
} else {
// Save for later use
original_ann.add(annotation)
}
// paràmetres de la Bounding Box
x = roi.getBoundsX()
y = roi.getBoundsY()
h = roi.getBoundsHeight()
w = roi.getBoundsWidth()
geom = roi.getGeometry() // la geometria caldra per a calcular la unio
// calculem el num. de quadrats que caben a la bb
nh = Math.floor(w/(amplada-solapament))
nv = Math.floor(h/(alcada-solapament))
def count = 0
// generem els quadrats d'un en un
for(int itx=0; itx <=nh; itx++){
xc = x + itx*(amplada-solapament) - solapament/2
for(int ity=0; ity <=nv; ity++){
yc = y + ity*(alcada-solapament) - solapament/2
def newroi = ROIs.createRectangleROI(xc, yc, amplada, alcada, plane)
def newannotation = PathObjects.createAnnotationObject(newroi) // creem l'anotacio del nou quadrat però no la afegim encara
// calcul de l'area de la interseccio entre el nou quadrat i la regió original per a veure quant solapen
def newgeom = newroi.getGeometry() // la geometria caldra per a calcular la unio
combined=GeometryCombiner.combine([geom, newgeom])
merged= UnaryUnionOp.union(combined)
mergedRois=GeometryTools.geometryToROI(merged, roi.getImagePlane()) //roi de la unio del quadrat amb la area gran
def intarea = (roi.getArea()+newroi.getArea() - mergedRois.getArea())/(amplada*alcada) // area de la interseccio
// si la nova regió intersecta prou amb la regio que estem segmentant, la guardem
if(intarea > th_interseccio){
addObject(newannotation)
new_anns.add(newannotation)
count ++
}
}
}
print 'Finnished processing annotation ' + annotation + ', ' + count + ' patchs generated.'
}
// eliminem les regions originals, deixant només els patch's
removeObjects(original_ann, true)
// per a guardar les imatges necessitem el nom de la imatge original. segurament hi ha una manera facil de treure'l, pero he acabat fent aixo
def imageData = getCurrentImageData().toString()
i = imageData.length()-6;
blanks=0;
name = ''
while (blanks<2 && i>=0) {
name = imageData[i] + name
i--
if(imageData[i]==' '){
blanks++
}
}
// guardem les imatges noves
def path = "SET PATH HERE"
imageData = getCurrentImageData()
def server = imageData.getServer()
int i = 0
aux = name
for (annotation in new_anns) {
roi = annotation.getROI()
x = roi.getBoundsX() //en el nom de cada imatge posarem les coordenades d'on ha sortit i el seu tamany
y = roi.getBoundsY()
h = roi.getBoundsHeight()
w = roi.getBoundsWidth()
def request = RegionRequest.createInstance(imageData.getServerPath(), 1, roi)
name = aux + ' (x=' + x + ', y=' + y + ', w=' + w + ', h=' + h + ').png'
writeImageRegion(server, request, path + name)
i++
}
|