Toimintaohjelmissa, joissa rahastojen tuen kokonaismäärä on yli 250000000 euroa tai Euroopan meri- ja kalatalousrahaston tuen kokonaismäärä on yli 100000000 euroa, tarkastusviranomainen saa kuitenkin olla osa samaa viranomaista tai elintä kuin hallintoviranomainen, jos komissio on edellisen ohjelmakauden sovellettavien säännösten mukaisesti ilmoittanut jäsenvaltiolle ennen kyseisen toimenpideohjelman hyväksymispäivää voivansa luottaa pääasiallisesti sen tarkastuslausuntoon tai jos komissio on edellisen ohjelmakauden aikana saatujen kokemusten perusteella vakuuttunut siitä, että tarkastusviranomaisen institutionaalinen organisaatio ja vastuullisuus antavat riittävät takeet toiminnallisesta riippumattomuudesta ja luotettavuudesta.
I gcás ina bhfuil méid iomlán na tacaíochta ó na Cistí le clár oibríochtúil níos mó ná EUR 250000000, nó gur mó ná EUR 100000000 ó CEMI é, féadfaidh an t-údarás iniúchóireachta a bheith rannpháirteach san údarás nó sa chomhlacht poiblí céanna mar údarás bainistíochta más rud é, de bhun na bhforálacha is infheidhme don chlárthréimhse roimhe sin, go bhfuil sé curtha in iúl ag an gCoimisiún don Bhallstát roimh an dáta a nglacfar an clár oibríochtúil lena mbaineann go bhfuil sé tagtha ar an gconclúid go bhféadfaidh sé brath go príomha ar a thuairim iniúchóireachta, nó i gcás inar deimhin leis an gCoimisiún, ar bhonn thaithí na clárthréimhse roimhe sin, go dtugann eagrú institiúideach agus cuntasacht an údaráis iniúchóireachta ráthaíochtaí leormhaithe maidir lena neamhspleáchas agus lena hiontaofacht ó thaobh feidhme de.