ENI:n ja IPA II:n osalta erityisesti rajatylittävän yhteistyön ohjelmien täytäntöönpanoa hallinnoidaan yhteistyössä jäsenvaltioiden kanssa tai välillisesti kolmansien maiden tai kansainvälisten järjestöjen kanssa hallinnoiden.
Faoi ICR II agus faoi IEC, cuirfear cláir um chomhar trasteorann chun feidhme go háirithe maidir leis an mbainistíocht chomhroinnte in éineacht leis na Ballstáit nó maidir leis an mbainistíocht indíreach in éineacht le tríú tíortha nó le heagraíochtaí idirnáisiúnta.