Horisontti 2020 -puiteohjelma pannaan täytäntöön neuvoston päätöksellä 2013/743/EU [19] perustetun yhdeksi kokonaisuudeksi kootun erityisohjelman, jossa yksilöidään tavoitteet sekä täytäntöönpanoa koskevat yksityiskohtaiset säännöt, ja EIT:lle annettavan rahoitusosuuden avulla.Erityisohjelmassa omistetaan yksi osa kullekin 5 artiklan 2 kohdassa määritellylle painopistealueelle, yksi osa kullekin 5 artiklan 3 kohdassa tarkoitetulle erityistavoitteelle ja yksi osa JRC:n muille kuin ydinalan suorille toimille.
Cuirfear Fís 2020 chun feidhme tríd an gclár comhdhlúite sonrach arna bhunú le Cinneadh 2013/743/AE ón gComhairle [19], ina sonrófar na cuspóirí agus na rialacha mionsonraithe le haghaidh cur chun feidhme, agus trí ranníocaíocht airgeadais do IET. Sa chlár sonrach sin, leagfar amach Cuid amháin le haghaidh gach ceann de na trí thosaíocht a leagtar amach in Airteagal 5(2), Cuid do gach ceann de na cuspóirí sonracha dá dtagraítear in Airteagal 5(3) agus Cuid le haghaidh ghníomhaíochtaí díreacha neamhnúicléacha ACT.