Yhteistyöohjelmaan osallistuvat jäsenvaltiot voivat hyödyntää jotain eurooppalaista alueellisen yhteistyön yhtymää (EAYY) ja antaa sille vastuun kyseisen yhteistyöohjelman tai sen osan hallinnoinnista, erityisesti siirtämällä sille hallintoviranomaisen tehtävät.
Féadfaidh Ballstáit a bheidh rannpháirteach i gclár comhair úsáid a bhaint as EGTC d'fhonn é a dhéanamh freagrach as an gclár comhair sin, nó cuid de, a bhainistiú, go háirithe trí fhreagrachtaí údaráis bhainistíochta a thabhairt dó.