Having returned to Italy, at the beginning of the conflict the Otaria was assigned to patrol areas in the western Mediterranean. Soon after, the unit was selected as one of the boats to be relocated to the newly established Atlantic submarine base of Bordeaux. Departure took place on September 23rd under the command of Lieutenant Commander Giuseppe Vocaturno. Five days later, on the 28th, the Otaria began the crossing of the Strait of Gibraltar in adverse sea conditions and with great phosphorescence (luminosity of the sea water).
Poco dopo, il battello fu selezionato quale uno dei sommergibili da dislocare presso la nuova base atlantica di Bordeaux. La partenza ebbe luogo il 23 settembre al comando del Capitano di Corvetta Giuseppe Vocaturno. Cinque giorni più tardi, il 28 settembre, l Otaria cominciò l attraversamento dello Stretto di Gibilterra in condizioni del mare avverse e con la presenza di grande fosforescenza.