Despite these great fortifications the city fell to Turkish invaders in 1645 after a two month siege. The city of Chania, unlike the rest of the prefecture, was relatively peaceful during the Turkish occupation due to the numerical superiority of the Turks and harsh reprisals for any insurrection.
Nonostante queste notevoli opere di fortificazione, la città cadde nelle mani dei Turchi invasori nel 1645, dopo un assedio di due mesi. La città di Chanià, al contrario del resto della provincia, godette di uno stato di pace apparente durante il periodo dell'occupazione turca, dovuto alla netta superiorità numerica dei Turchi ed alle loro durissime repressioni in caso di rivolta.