(CNN)Embattled Ferguson polischef Thomas Jackson avgick onsdag, en vecka efter en svidande justitiedepartementet rapport slog hans avdelning. Jackson och staden "har gått med på en ömsesidig separation," Ferguson tjänstemän meddelade. "Det är ett riktigt svårt piller att svälja," Jackson sade i ett SMS som svarar på CNN begäran om kommentar. Han bekräftade också sin avgång i ett brev till Fergusons borgmästare. "Det är med djup sorg som jag tillkännager att jag avgår från min position som polischef för staden Ferguson, Missouri," Jackson sade, tillade att tjäna staden som polischef "har varit en ära och ett privilegium." Avgång kommer att träda i kraft den 19 mars, Jackson sa, att "förse en ordnad övergång av befälet." "Jag kommer att fortsätta att hjälpa staden på alla sätt jag kan i min egenskap av privatperson," Jackson skrev. Men trots att Jackson är arbetslös, kommer han ändå att få en lönecheck. Jackson kommer att få en avgångsvederlag och sjukförsäkring för ett år, sade staden, med överstelöjtnant Al Eickhoff tar sina uppgifter under ett rikstäckande sökande efter en ny chef. Fergusons borgmästare James Knowles sa att han inte kunde gå in på detaljer om personaldiskussionerna bakom beslutet att ge Jackson ett års avgångsvederlag. "Jag tycker det är rättvist att säga att i många verkställande nivå privata industrier, skulle du få en liknande behandling," sade han. Knowles sa att polischefen bestämde sig för att avgå "efter en hel del själsrannsakan." "Jag tycker det är viktigt att vi inser att chefen fattade detta beslut eftersom han ville göra detta," Knowles sade. "Han tyckte att det var bäst för staden och polisen." Timmar efter tillkännagivandet samlades demonstranter utanför Fergusonpolisen. "Skjut tillbaka", sa många, när de stod inför en lång rad poliser. Åtminstone två personer arresterades, CNN affiliate KMOV sade, men det var inte omedelbart klart varför. Från och med sent på onsdagskvällen var protesten i stort sett fredlig. Jacksons avgång är det senaste resultatet från justitiedepartementets rapport, som avslöjade problem i stadens polistaktik och klandrade Fergusons officerare för att se invånarna som "intäkter", en praxis som federala utredare sade oproportionerligt riktade afro-amerikaner. Utredarna fann också bevis för rasistiska skämt som skickades runt av Fergusons polis och domstolstjänstemän. Ferguson City Manager John Shaw avgick tisdag. I betänkandet nämns båda männen vid namn. Två poliser avgick förra veckan och stadens högsta domstolstjänsteman avskedades i samband med rasistiska e-postmeddelanden, sade stadens talesman Jeff Small på fredag. Förra veckan avböjde Jackson att kommentera detaljer i rapporten. "Jag måste ha tid att verkligen analysera denna rapport så att jag kan kommentera det," Jackson berättade CNN torsdag. När chefen tillfrågades om vad han planerade att göra med rapportens resultat, sade han att han skulle "vid behov vidta åtgärder". Efter sin avgång onsdag, sade han i ett skriftligt uttalande till CNN: s Don Lemon att han uppmuntrades av rapportens slutsats, som säger att Ferguson "har kapacitet att reformera sin strategi för brottsbekämpning." "Vi håller med om att Ferguson kan göra det tuffa arbetet för att se detta igenom och komma fram till den bästa lilla stad det kan vara", sade han. I onsdags berättade Knowles för reportrar att staden fortfarande analyserar rapporten. "Vi fortsätter att gå igenom den rapporten och prata om var nedbrytningen var", sade han. "Hövdingen, som är en hedervärd man, beslutade att vi behövde prata om vägen framåt var med någon annan. Han gick." Han sade att stadstjänstemän fortfarande tror att polisen kan reformeras utan att bli eliminerade. "Staden Ferguson ser ut att bli ett exempel på hur en gemenskap kan gå framåt inför motgångar", sade borgmästaren. "Vi är fast beslutna att behålla vår polisavdelning och att ha en som uppvisar den högsta graden av professionalism och rättvisa." När Jackson blev Fergusons polischef 2010 var det tänkt att det skulle vara ett relativt enkelt sätt att stoppa hans karriär inom polisen. Efter omkring 30 år med St Louis County polisen, tjäna som befälhavare för en narkotikastyrka och SWAT team handledare, att vara en polischef på en mindre avdelning borde ha varit mindre stressande. Skottlossningen av Michael Brown förra året förändrade allt. Brown, en afroamerikansk tonåring, var obeväpnad när han sköts av en vit Ferguson-polis. Händelsen avslöjade känslor av misstro mellan Fergusons svarta samhälle och dess poliskår, som är överväldigande vitt. Darren Wilson, polismannen som sköt Brown, kommer inte att åtalas för skottlossningen. I november beslutade en åtalsjury att inte åtala honom. Förra veckan sade justitiedepartementet Wilsons åtgärder "inte utgöra åtalsbara överträdelser" av federal civilrätt. Han avgick från avdelningen i november och åberopade säkerhetsproblem. Men det har inte stoppat kritiken från lokala invånare och högsta federala tjänstemän. Till och med innan justitiedepartementets rapport var klar sade den amerikanske justitieministern Eric Holder att det var "tydligt klart att behovet av en omfattande förändring i den avdelningen är lämpligt." Kritiker har anklagat Jackson för att ha inflammerat spänningar i St Louis förort med hans reaktion på skottlossningen. Under de senaste sex månaderna har Jackson försvarat sina officerare och lovat att arbeta med samhället. "Jag har för avsikt att genomföra det här. Och jag har arbetat med en hel del samhällsmedlemmar för att arbeta med några progressiva förändringar som kommer att föra samhället samman och att öppna upp dialog och få oss alla att prata om allvarliga frågor och faktiskt skapa lösningar på problem," berättade han CNN i november. CNN:s Jason Carroll bidrog till denna rapport.
Protester samlas utanför Fergusons poliskår och sjunger "Fight back"
Polischef Thomas Jacksons avgång gäller den 19 mars.
Staden säger att han får avgångsvederlag och sjukförsäkring i ett år.