Pada awal penyelenggaraannya, FFPJ memiliki interdependensi dengan lembaga pendidikan, seperti Fakultas Film dan Televisi Institut Kesenian Jakarta (FFTV IKJ), Fakultas Seni Media Rekam Institut Seni Indonesia (FSMR ISI) Yogyakarta, Padepokan Film Tanto Grabag dan Lembaga Amarta, Pemda DIY yang diwakili oleh Dinas Pendidikan, Pemuda dan Olahraga (pemerintah daerah), serta festivalfi lmpelajar.com (media online) (FFPJ, 2010).