Menurut Sudiono (2008) akar permasalahan penyebab kerusakan terumbu karang dipengaruhi oleh beberapa faktor yaitu adanya pertambahan penduduk, kemiskinan masyarakat pesisir, rendahnya pemahaman tentang penting kelestarian terumbu karang yang disebabkan kurangnya sosialisasi dan pembinaan, rendahnya kualitas SDM, lemahnya pengawasan dan penegakan hukum, degradasi habitat di wilayah pesisir, pencemaran (sedimentasi), belum optimalnya pemanfaatan jasajasa lingkungan sebagai sumber mata pencaharian alternatif yang ramah lingkungan bagi masyarakat lokal.