Meski banyak tumbuhan endemik, ada jenis tumbuhan yang dianggap pengganggu karena kontraproduktif terhadap pengelolaan kawasan TN Baluran, yaitu gulma sebanyak 16 jenis, invasif 21 jenis, eksotik 31 jenis, pengganggu 10 jenis dan yang belum diketahui statusnya dalam pengelolaan kawasan Taman Nasional Baluran sebanyak 4 jenis.