Begitu juga dengan kondisi yang terjadi di Filipina, laporan yang terus mengalir mengenai kaitan antara kelompok separatis Moro Islamic Liberation Front (MILF /Front Pembebasan Islam Moro) dan jaringan teror Jemaah Islamiyah (JI) merupakan ancaman bagi proses perdamaian antara MILF dan pemerintah Filipina.