Pelaksanaannya banyak ditemui masalah seperti masalah akses rumah tangga miskin terhadap SPP yang dibatasi oleh pelaksana PNPM Mandiri Perdesaan dengan cara menerapkan syarat yang berat, karena pelaksana PNPM Mandiri Perdesaan khawatir bahwa mereka tidak mampu mengembalikan dana pinjaman SPP.