Oleh karena itu, maka pengelolaan ekosistem lamun haruslah mampu disinergikan dengan pengelolaan pesisir terpadu sebagai payung pengelolaan terpadu, sehingga tujuan pengelolaan ekosistem pesisir dan laut, termasuk ekosistem lamun di dalamnya dapat dilakukan secara terpadu dan berkelanjutan.