Menurut Muhamad Erwin, pencemaran pantai, sedimen yang tebal akibat penebangan hutan di hulu, penangkapan ikan dengan racun dan bom, penggalian batu karang, dan penangkapan ikan yang berlebihan di beberapa tempat juga mengancam keanekaragaman hayati pantai dan laut Indonesia yang tidak ada tandingnya di dunia.