Tidak hanya berkisah mengenai persahabatan enam karakter anak-anak tersebut, Brandal Brandal Ciliwung juga mencoba untuk mengulik beberapa kisah pribadi dari karakter-karakter anak tersebut seperti hubungan karakter Tirto dengan ayahnya, Sissy dengan ibu dan kekasih barunya, Raja dengan paksaan orangtuanya untuk menemukan bakatnya serta Jaka dengan berbagai masalah pribadinya.