Laporan tahunan Elsam tahun 2012 tentang intoleransi dan pelanggaran hak kebebasan dan berkeyakinan mengambil bentuk dalam menghalangi aktivitas ibadah (20 kasus), pengerusakan tempat ibadah (10 kasus), penutupan tempat ibadah (7 kasus), menyatakan sesat (5 kasus) diskriminasi (4 kasus), pengusiran (3 kasus), pembunuhan (2 kasus), pembakaran pemukiman (2 kasus), penganiayaan (1 kasus), ancaman pembunuhan (1 kasus), dan lain-lain (6 kasus).