Berdasarkan hasil audit Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan BPKP , defisit BPJS Kesehatan mencapai Rp 10,98 triliun.Untuk menambal defisit tersebut, pemerintah sudah melakukan penyuntikan dana hingga Rp 4,9 triliun pada tahap pertama.