Dengan semakin terbukanya pasar pada masing-masing negara menjadi tantangan bagi pembangunan perikanan nasional, beberapa permasalahan yang sering dihadapi antara lain biaya produksi yang tinggi, lemahnya permodalan, kurangnya kemampuan pembudidayaan ikan dalam pengelolaan benih, pakan, penyakit, perlindungan lingkungan budidaya dan penanganan pascapanen.