Perubahan serangkaian respon fisiologis dan biokimia tanaman dan efek perlindungannya terhadap berbagai cekaman ditentukan oleh derajat/persentase kolonisasi FMA yang dipengaruhi oleh kesesuaian inang- FMA dan lingkungan serta adanya perbedaan morfologi kolonisasi terutama ada/tidaknya arbuskular dan tipe arbuskular (arbuskular spesifik).