Pengobatan kemoterapi yang berkelanjutan pada anak dengan kanker dapat menyebabkan berbagai efek samping yang terjadi, diantaranya masalah fisik, seperti anak mudah mengalami infeksi, mudah mengalami perdarahan, lemah (fatigue), lesu, rambut rontok, mukositis, mual, muntah, diare, konstipasi, nafsu makan menurun, neuropati, sistitis hemoragika, retensi urin, wajah yang menjadi bulat dan tembam (moonface), gangguan tidur, serta berpengaruh terhadap kesuburan pasien dewasa.