Unsur ferro (Fe2+) dan mangano (Mn2+) berubah menjadi ferri (Fe3+) dan mangani (Mn4+) yang lebih stabil mengikat ion hidroksida (OH‑) dan melepaskan ion hidrogen (H+) (Noor et al., 2005), serta perubahan sulfida (S2-) menjadi sulfat (SO4 2-) yang memberi efek pemasaman tanah (Priatmadi dan Haris, 2009) sehingga pH tanah pada budidaya SRI lebih rendah dibandingkan dengan budidaya konvensional.