Ketika pemerintah menyadari bahwa kemampuannya untuk mengurus wilayah laut di sepanjang 81.900 km garis pantai terbatas, maka pemerintah mulai memberikan kewenangan atas suatu wilayah laut tertentu kepada pemerintah daerah melalui UU Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintah Daerah yang kemudian diganti dengan UU Nomor 32 Tahun 2004 tentang Pemerintah Daerah.