Penurunan potensial redoks ketika penggenangan diikuti dengan peningkatan kelarutan Fe2+ yang dapat menghambat pertumbuhan akar dan mengganggu serapan hara (Zhao et al., 2011), menyebabkan efisiensi serapan hara N, P, dan K pada budidaya konvensional lebih rendah dibandingkan budidaya SRI.