Kurangnya perhatian unsur pimpinan terhadap manajemen strategis yang telah diformulasikan dalam dokumen-dokumen perencanaan menyebabkan kurangnya harmonisasi pelaksanaan program dan kegiatan masing-masing Bagian dalam mencapai visi dan misi Sekretariat Daerah Kota Malang sebagai suatu kesatuan yang utuh.