Tapi di sisi lain masih ada aturan dan kebijakan yang dapat mengancam kebebasan beragama dan berkeyakinan yang dipertahankan, di antaranya Surat Keputusan Bersama 3 Menteri Tahun 2008 tentang Ahmadiyah dan Peraturan Bersama 2 Menteri Tahun 2006 tentang Rumah Ibadah.