Kewenangan kelembagaan Pemerintah Daerah DIY diselenggarakan untuk mencapai efektivitas, dan efisiensi penyelenggaraan pemerintahan, dan pelayanan masyarakat berdasarkan prinsip responsibilitas, akuntabilitas, transparansi, dan partisipasi dengan memperhatikan bentuk, dan susunan pemerintahan asli yang selanjutnya diatur dalam Perdais.