Jadi, penerapan ABS memiliki kelemahan-kelemahan seperti dalam menentukan pemilik keanekaragaman hayati, penyebaran geografis masyarakat, ukuran populasi yang besar, kurangnya kesadaran, terbatas akses ke informasi, tingkat mengenal huruf yang rendah, kompleksitas isu dan kurangnya mekanisme resmi atau struktur untuk partisipasi masyarakat lokal dalam pembuatan kebijakan.