Berbeda dengan pesantren yang menghkhususkan kepada hadis, di dalamnya dikaji hadis-hadis karya Imam Bukhari dalam Sahih Bukhari hal ini sebagaimana di Pesantren Tebuireng dalam setiap tahun gasal dikaji Sahih Bukhari juz 1 dan 2 dan tahun Genap dikaji jilid 3 dan 4.Selain itu juga kitab Sahih Muslim dikaji sejak tahun 1899 M.