Sedangkan masalah substansi permohonan Pemohon, Pemerintah menulai bahwa UU No1/PNPS/1965 tetap sesuai dengan UUD 1945 dan masih tetap diperlukan guna mengatur kehidupan berbangsa dan bernegara meskipun diakuinya diterbitkan pada dekade 1960 - 1966 dimana peran eksekutif (presiden) menguat dan sentralistik yang memungkinkannya secara bebas menerbitkan produk hukum yang tumpang tindih dalam bentuk penetapan presidan yang mana seharusnya diatur dalam sebuah undang-undang.