set_index with multiindex silently converts None to NaN
```python
In [2]: df = pd.DataFrame({'a': [1], 'b': [None]})

In [3]: df
Out[3]:
   a     b
0  1  None

In [4]: df.set_index(['a', 'b'])
Out[4]:
Empty DataFrame
Columns: []
Index: [(1, nan)]
```

Values should not be silently converted from `None` to NaN when a column is used in a MultiIndex.

<details>
INSTALLED VERSIONS
------------------
commit           : None
python           : 3.7.5.final.0
python-bits      : 64
OS               : Darwin
OS-release       : 19.2.0
machine          : x86_64
processor        : i386
byteorder        : little
LC_ALL           : None
LANG             : en_US.UTF-8
LOCALE           : en_US.UTF-8

pandas           : 0.25.3
numpy            : 1.18.1
pytz             : 2019.3
dateutil         : 2.8.0
pip              : 19.3.1
setuptools       : 44.0.0.post20200106
Cython           : None
pytest           : 5.3.2
hypothesis       : None
sphinx           : 2.3.1
blosc            : None
feather          : None
xlsxwriter       : 1.2.7
lxml.etree       : 4.4.2
html5lib         : None
pymysql          : None
psycopg2         : 2.8.4 (dt dec pq3 ext lo64)
jinja2           : 2.10.3
IPython          : 7.11.1
pandas_datareader: None
bs4              : 4.8.2
bottleneck       : None
fastparquet      : None
gcsfs            : None
lxml.etree       : 4.4.2
matplotlib       : 3.1.2
numexpr          : None
odfpy            : None
openpyxl         : 3.0.2
pandas_gbq       : None
pyarrow          : None
pytables         : None
s3fs             : None
scipy            : 1.4.1
sqlalchemy       : 1.3.12
tables           : None
xarray           : None
xlrd             : None
xlwt             : None
xlsxwriter       : 1.2.7
</details>