DataFrame data alignment issue
``` python
In [20]: df1 = pandas.DataFrame(np.random.rand(3,3), index=range(3), columns=list('ABC'))

In [21]: df1
Out[21]:
          A         B         C
0  0.061189  0.035471  0.104002
1  0.894004  0.545950  0.852395
2  0.794040  0.448952  0.338134

In [22]: df2 = pandas.DataFrame(np.random.rand(3,3), index=range(3,6), columns=list('DEF'))

In [23]: df2
Out[23]:
          D         E         F
3  0.558891  0.097873  0.643581
4  0.572424  0.856442  0.484147
5  0.865900  0.968363  0.793452

In [24]: df1 - df2
Out[24]:
    A   B   C   D   E   F
0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN
1 NaN NaN NaN NaN NaN NaN
2 NaN NaN NaN NaN NaN NaN
3 NaN NaN NaN NaN NaN NaN
4 NaN NaN NaN NaN NaN NaN
5 NaN NaN NaN NaN NaN NaN

```
