Nel giugno 1945 Jones fu promosso Capitano Agente della RNR e inviato al Comando Sud-Est Asiatico sotto l'ammiraglio Mountbatten. Fu nominato ufficiale di trasporto marittimo divisionale delle Indie Orientali Olandesi, con sede a Java, Batavia. La guerra in Asia era finita nell'agosto del 1945 con la capitolazione giapponese.
ma erano ancora tenuti a occuparsi del trasporto di ritorno di truppe e rifornimenti, così come la spedizione dei prigionieri di guerra civili e militari fuori dai campi giapponesi.