Scrivi una continuazione per questo paragrafo - L'estate successiva, però, il capitano Cristiano Doni è stato elencato tra i sospettati per il coinvolgimento in uno scandalo di partite truccate (noto anche come "Calcioscommesse"). L'Atalanta ha affrontato una penalità di sei punti nella Serie A 2011/12
Doni è stato condannato a tre anni e mezzo di sospensione da tutte le attività legate al calcio il 19 agosto, ponendo fine alla sua carriera a 38 anni. Anche il difensore Thomas Manfredini è stato accusato di coinvolgimento nello scandalo e inizialmente è stato condannato a tre anni di sospensione, anche se in seguito è stato assolto. Anche quell'estate, l'Atalanta firmò l'attaccante argentino Germán Denis, che sarebbe diventato uno dei più prolifici marcatori del club con 56 gol in quattro stagioni e mezza. All'inizio della stagione, l'Atalanta ha ottenuto 10 punti nelle sue prime quattro partite, mentre l'azienda ha lavorato per difendere se stessa e i suoi giocatori da queste accuse. L'Atalanta ha ottenuto 52 punti prima della penalità di sei punti, stabilendo un nuovo record del club per la maggior parte dei punti in Serie A. Questo è seguito da prestazioni costanti per tutta la stagione (26 punti in ogni semestre) e la quarta migliore difesa del campionato con 43 gol ammessi, alla pari con il Bologna e la Fiorentina. Il club si è assicurato la sicurezza della Serie A nella penultima giornata di gara con una vittoria casalinga di 2 a 0 contro la Fiorentina, anche se ha perso le ultime tre partite contro Milano, Lazio e Juventus.