Scrivi una continuazione per questo paragrafo - La fuga dei conti nel 1607 lo lasciò come una delle figure gaeliche più importanti rimaste nell'Ulster. Nel 1608 quando Sir Cahir O'Doherty lanciò la ribellione di O'Doherty bruciando Derry
MacDonnell non ha pensato di unire le forze con lui. O'Doherty, un ex leale alla Corona, era stato irritato dal suo trattamento da parte dei funzionari locali. O'Doherty fu sconfitto e ucciso nella battaglia di Kilmacrennan e la ribellione crollò. Sulla scia della ribellione il governo decise di introdurre una piantagione dell'Ulster più ampia di quanto originariamente previsto. Questo non ha influenzato notevolmente MacDonnell poiché le contee di Antrim e Down sono state escluse dalla piantagione, poiché l'insediamento scozzese su larga scala si stava già verificando lì.