Nel 1856 Kekulé divenne Privatdozent presso l'Università di Heidelberg. Nel 1858 fu assunto come professore ordinario presso l'Università di Gand, poi nel 1867 fu chiamato a Bonn, dove rimase per il resto della sua carriera. Basando le sue idee su quelle dei predecessori come Williamson, Edward Frankland, William Odling, Auguste Laurent, Charles-Adolphe Wurtz e altri, Kekulé fu il principale formulator della teoria della struttura chimica (1857-58). Questa teoria procede dall'idea della valenza atomica, in particolare la tetravalenza del carbonio (che Kekulé annunciò alla fine del 1857) e la capacità degli atomi di carbonio di collegarsi gli uni agli altri (annunciata in un articolo pubblicato nel 1858), per determinare il legame di tutti gli atomi in una molecola organica. Nel 1858 venne assunto come professore ordinario presso l'Università di Gand, poi nel 1867 venne chiamato a Bonn, dove rimase per il resto della sua carriera.
struttura chimica