Ancora con l'assistenza di Zhu Rongji, Wang ha ricoperto il ruolo di segretario generale del Consiglio di Stato dal marzo 1998 al marzo 2003, periodo durante il quale è stato nominato presidente della Scuola Nazionale di Amministrazione (ora "Accademia di Governance"), ha contribuito a riformare l'amministrazione della Politica del Bambino Unico, è stato a capo del gruppo dirigente che ha supervisionato il 5° censimento nazionale della Cina e ha fatto parte del comitato direttivo che ha supervisionato i vertici dell'APEC del 2001 in Cina. Nel 1999 ha partecipato anche al trasferimento
di Macao dal controllo portoghese a quello cinese. Dal 5 marzo 2003 al 5 marzo 2008 è stato vicepresidente della Conferenza consultiva politica popolare. Nel 2005, ha guidato una missione diplomatica cinese in Ghana dal 31 maggio al 2 giugno. È stato presidente dell'Associazione internazionale dei consigli economici e sociali e istituzioni simili dal 2005 al 2007.