Nel 1945 Hayashi fu nominato segretario personale del Ministro degli Affari Interni e capo della Sezione Personale del Ministero. Poco dopo la resa incondizionata del Giappone
Nel mese di agosto del 1945 fu eletto governatore della prefettura di Tottori all'età di 38 anni, assumendo l'incarico il 27 ottobre, diventando così il più giovane capo locale nella storia della prefettura. Tuttavia, il suo mandato fu accorciato nel febbraio 1947 quando divenne direttore del Bureau of Local Affairs. Fu l'ultimo incarico che ricoprì nel Ministero degli Interni, che fu sciolto dal Quartier Generale (GHQ) delle Potenze Alleate nel dicembre 1947. Come disposizione transitoria decisa in una riunione del Gabinetto, fu nominato direttore dell'Ufficio degli affari interni temporaneamente istituito nel gennaio 1948. L'Ufficio è esistito solo per circa 90 giorni, durante i quali è stato responsabile della supervisione dei servizi di applicazione della legge precedentemente gestiti dall'ormai defunto Ministero degli Interni, fino a quando l'Ufficio non è stato sostituito dalla Commissione nazionale per la sicurezza pubblica.