Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Verso la fine di giugno del 1861, Hotchkiss si arruolò come camionista confederato per portare rifornimenti alla cavalleria di Churchville a Rich Mountain, West Virginia. Hotchkiss offrì i suoi servizi come cartografo al generale di brigata Richard B. Garnett, la cui brigata confederata operava nella Virginia occidentale. Hotchkiss servì a Rich Mountain e creò mappe per la campagna pianificata del generale Robert E. Lee nelle montagne. Prese una breve licenza medica dopo essere stato colpito dalla febbre tifoide, ma tornò in servizio nel marzo 1862 come ingegnere topografico capo del Valley District, riferendosi al maggiore generale Stonewall Jackson. Dopo la sconfitta iniziale nella battaglia di Kernstown durante la sua campagna della valle del 1862
, il 26 marzo 1862, Jackson convocò Hotchkiss al suo quartier generale a Narrow Passage vicino a Woodstock e gli ordinò di "farmi una mappa della Valle, da Harper's Ferry a Lexington, mostrando tutti i punti di attacco e difesa [sic] in quei luoghi". La raccomandazione immediata di Hotchkiss fu che la linea di Jackson su Stony Creek a Woodstock era indifendibile e che Jackson si sarebbe dovuto ritirare a Rude's Hill, un piccolo promontorio difendibile a sud del Monte. Jackson, ti prego. Fu a Rude's Hill che Jackson riorganizzò il suo comando per il resto della sua riuscita campagna del 1862 nella valle di Shenandoah.