Completa la frase seguente: Dopo lo scoppio della guerra con il Giappone, Allen tornò in Australia nel marzo del 1942 e in agosto prese il comando delle operazioni contro il Giappone.
I giapponesi avanzano lungo la Kokoda Track. Sebbene avesse avuto successo, Allen venne tuttavia sottoposto a ciò che molti considerano un'ingiusta critica da parte del comandante alleato nell'area sud-occidentale del Pacifico, il generale statunitense Douglas MacArthur e il comandante delle forze terrestri alleate, il generale australiano Sir Thomas Blamey, per muoversi troppo lentamente nell'inseguimento dei giapponesi attraverso le Owen Stanley Ranges. Fu sollevato dal suo comando il 29 ottobre 1942. Seguirono appuntamenti minori, ma nell'ottobre 1944 Blamey raccomandò che Allen fosse nominato Cavaliere Comandante dell'Ordine dell'Impero Britannico, anche se Allen non fu mai nominato.