Il 23 marzo 2017, Yeray ha fatto il suo debutto per la squadra spagnola under-21 in una partita amichevole contro la Danimarca. E'stato selezionato nella squadra per quell' anno.
Nel 2004 ha partecipato al campionato europeo UEFA, ma si è ritirato a causa di una malattia prima dell'inizio del torneo.