Durante la Primavera di Praga, che ha attirato molta attenzione internazionale nel 1968, molti membri della comunità accademica di Palacký hanno preso parte agli sforzi di democratizzazione, cercando di spostare la dittatura totalitaria al potere verso la democrazia socialista. Il movimento fu schiacciato e le riforme invertite quando gli eserciti del Patto di Varsavia dell'Unione Sovietica, della Bulgaria, della Germania Orientale, dell'Ungheria e della Polonia
Ha invaso la Cecoslovacchia. Seguì l'occupazione militare sovietica. In questo periodo fu fondata a Olomouc la "Unione degli studenti universitari della Boemia e della Moravia", una nuova organizzazione studentesca, che in seguito organizzò scioperi studenteschi nell'autunno del 1968. Allo stesso tempo furono fatti sforzi per ripristinare la Facoltà di Teologia, ma fallirono e rimase non più di un ramo della Facoltà di Teologia dell'Università Carlo di Litoměřice, e fu costretta a chiudere di nuovo nel 1974.