Completare la seguente frase: Doherty ha iniziato la stagione 2012-13 perdendo 4<unk>5 contro Stuart Bingham nel secondo turno del Wuxi Classic e 3<unk>5 contro Martin Gould nel primo turno dell'Australian Goldfields Open. Alla fine ha compilato il primo break ufficiale 147 della sua carriera al minor-ranking 2012 Paul Hunter Classic in Germania durante una vittoria del primo turno contro Julian Treiber. Ha continuato a raggiungere i quarti di finale dell'evento, perdendo 0-4 contro Mark Selby. Doherty è stato sconfitto nelle qualifiche per il Masters di Shanghai e il Campionato del Regno Unito 2012 e non è riuscito ad avanzare oltre il round wildcard del Campionato Internazionale. Alla quinta edizione dell'evento European Tour,
Scottish Open, ha sconfitto Luca Brecel e Ryan Day per raggiungere le semifinali dove ha perso 2 a 4 contro Ding Junhui. Doherty è stato eliminato nel primo turno del German Masters da Peter Lines, ma ha avuto la sua miglior corsa della stagione al Welsh Open. Ha battuto il quattro volte campione del mondo John Higgins 4×1 e Tom Ford 4×3 per arrivare ai quarti di finale. Guidò Stuart Bingham 2 a 0, ma una serie di vasi mancati fece perdere a Doherty la sua fiducia e continuò a perdere 3 a 5. La sua suddetta corsa alle semifinali dello Scottish Open lo ha aiutato a terminare sedicesimo nell'Ordine del Merito PTC per qualificarsi come uno dei 26 migliori giocatori per le finali, ma ha perso 2 a 4 contro Kurt Maflin nel primo round. Doherty ha quasi ottenuto uno dei suoi ritorni contraddistinti contro Matthew Selt nel round finale della qualifica per il Campionato del Mondo, dove da 4 a 9 ha pareggiato a 9 a 9, ma ha perso il frame decisivo. Il risultato significava che questa era la prima stagione in cui Doherty non aveva partecipato a nessuno degli eventi della Triple Crown dello snooker. Doherty ha aumentato la sua classifica di otto posti durante la stagione per finire al 27 ° posto mondiale.