Suo padre, anch'egli di nome Isaac Newton, era morto tre mesi prima. Nato prematuramente, Newton era un bambino piccolo; sua madre Hannah Ayscoughly riferì che avrebbe potuto entrare in una tazza da quattro. Quando Newton aveva tre anni, sua madre si risposò e andò a vivere con il suo nuovo marito, il reverendo Barnabas Smith, lasciando suo figlio sotto la cura della madre materna, Margery Ayscough. Suo padre non gli piaceva e mantenne una certa inimicizia verso sua madre per averlo educato, rivelato da lui come un'ora o due dopo la mezzanotte, a Woolsthorpe Manor a Woolsthorpe-by-Colsterworth, un villaggio nella contea di Lincolnshire. Suo padre, anche lui di nome Isaac Newton, era morto tre mesi prima.
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