Completa la seguente frase: Dopo che lo stato del Mississippi si è separato poco prima dell'inizio della guerra civile, Barksdale si è dimesso dal Congresso per diventare aiutante generale, e poi quartiermaestro generale, della Milizia del Mississippi, con il grado di brigadiere generale, con data di rango 1 marzo 1861. Il 1o maggio fu nominato colonnello nell'esercito degli Stati Confederati della 13a fanteria del Mississippi, un reggimento che guidò nella prima battaglia di Bull Run quell'estate e nella battaglia di Ball's Bluff in ottobre. La primavera seguente, portò il suo reggimento nella penisola della Virginia e combatté nella Campagna della penisola e nelle Battaglie dei Sette Giorni. Quando il suo comandante di brigata, il generale di brigata Richard Griffith, fu ferito a morte al
Battaglia di Savage's Station il 29 giugno 1862, Barksdale assunse il comando della brigata e la condusse in un'eroica, ma sanguinosa e inutile carica nella battaglia di Malvern Hill. La brigata divenne nota come "la Brigata del Mississippi di Barksdale". Fu promosso brigadiere generale il 12 agosto 1862.