Durante la campagna di Chattanooga, i confederati tentarono di assediare l'esercito del Cumberland per costringerlo alla resa, ma arrivarono rinforzi dell'esercito del Tennessee sotto il comando di Grant, William Tecumseh Sherman e Joseph Hooker. I confederati furono cacciati dalla città nelle battaglie di Lookout Mountain.
e Missionary Ridge nel novembre del 1863. Nonostante il sentimento unionista nel Tennessee orientale, i confederati detennero l'area per la maggior parte della guerra. Pochi giorni dopo la caduta di Chattanooga, i confederati guidati da James Longstreet fecero una campagna senza successo per prendere il controllo di Knoxville attaccando Fort Sanders del generale dell'Unione Ambrose Burnside. La cattura di Chattanooga permise a Sherman di lanciare la campagna di Atlanta dalla città nel maggio 1864. Le ultime grandi battaglie nello stato avvennero quando i reggimenti dell'esercito del Tennessee sotto John Bell Hood invasero il Middle Tennessee nell'autunno del 1864 nel tentativo di ritirare Sherman. Sono stati controllati da John Schofield a Franklin a novembre e completamente dispersi da George Thomas a Nashville a dicembre. Il 27 aprile 1865 si verificò il peggior disastro marittimo della storia americana quando il battello a vapore "Sultana", che trasportava prigionieri liberati dell'Unione, esplose nel fiume Mississippi a nord di Memphis, uccidendo 1.168 persone.