Il "conquistatore" spagnolo Pedro de Alvarado attraversò il Soconusco con una forza considerevole nel 1523, in viaggio per conquistare il Guatemala
- No, no. L'esercito di Alvarado comprendeva veterani induriti della conquista degli Aztechi e comprendeva cavalleria e artiglieria; c'erano anche molti alleati indigeni di Cholula, Tenochtitlan, Tezcoco, Tlaxcala e Xochimilco. Alvarado fu accolto in pace a Soconusco, e gli abitanti giurarono fedeltà alla Corona spagnola. Hanno riferito che i gruppi vicini in Guatemala li stavano attaccando a causa della loro prospettiva amichevole verso gli spagnoli. La lettera di Alvarado a Hernán Cortés che descrive il suo passaggio attraverso il Soconusco è persa, e la conoscenza degli eventi lì proviene dal racconto di Bernal Díaz del Castillo, che non era presente, ma ha riferito il rapporto di Gonzalo de Alvarado. Nel 1524, Soconusco era stato completamente pacificato da Alvarado e dalle sue forze. Nel corso dei successivi cinquant'anni, i livelli della popolazione nativa crollarono catastroficamente a causa dell'esposizione alle malattie del Vecchio Mondo, con un calo stimato del 90-95%. Nonostante ciò, l'amministrazione coloniale richiese il doppio del tributo in cacao che era stato pagato agli Aztechi prima dell'invasione spagnola, e il cacao continuò ad essere un importante raccolto per tutto il periodo coloniale. A causa dell'importanza economica del cacao per la nuova colonia, gli spagnoli erano riluttanti a spostare gli abitanti indigeni lontano dai loro orti di cacao stabiliti. Di conseguenza, gli abitanti di Soconusco avevano meno probabilità di essere radunati in nuovi insediamenti di "reducción", dove la piantagione di una nuova coltura di cacao avrebbe richiesto cinque anni per maturare.