Di ritorno a Guam, il 3° Battaglione iniziò l'addestramento per sbarcare a Miyako Jima, un'isola a sud di Okinawa. Questi ordini furono infine annullati, ma il battaglione ebbe ancora combattimenti minori nel 1945, partecipando a due operazioni su Guam progettate per catturare i soldati giapponesi ancora in piedi sulle colline. Queste rastrellature avvennero nell'aprile e nel dicembre del 1945. Il 3° Battaglione iniziò anche a prepararsi per l'Operazione Olympic, dove, come parte del V Corpo Anfibio, sarebbe sbarcato a Kushikino, Kagoshima, su Kyūshū. Dopo il lancio delle bombe atomiche nell'agosto del 1945 e la resa del Giappone
Il 3° Battaglione fu distaccato dalla 3° Divisione dei Marines nel novembre 1945 e disattivato il mese successivo, il 20 dicembre 1945. Poco prima di essere disattivato, tuttavia, il 3° Battaglione subì il dubbio onore di avere l'ultimo americano ucciso nella seconda guerra mondiale, quando il PFC W.C. Patrick Bates della compagnia Kilo fu colpito da un cecchino giapponese il 14 dicembre durante un'operazione di pulizia a Guam (tre mesi dopo la fine formale delle ostilità).