Jodl fu scelto da Hitler per essere Capo di Stato Maggiore delle Operazioni del nuovo Oberkommando der Wehrmacht (OKW) il 23 agosto 1939, poco prima dell'invasione tedesca della Polonia. Jodl fu capo di stato maggiore durante l'invasione della Danimarca.
e la Norvegia. Dopo la caduta della Francia, Jodl era ottimista sul successo della Germania sulla Gran Bretagna, scrivendo il 30 giugno 1940 che "La vittoria finale tedesca sull'Inghilterra è ora solo una questione di tempo".