Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Nel 1341 il re Giovanni di Boemia permise alle famiglie ebree di risiedere all'interno delle mura della città, e la prima sinagoga fu costruita nel 1380, tuttavia si verificarono diversi pogrom alla fine del XV e all'inizio del XVI secolo. Dalle guerre degli Hussi
, la città era tradizionalmente un baluardo della Chiesa cattolica durante i conflitti religiosi di lunga durata nel Regno di Boemia. Parte della monarchia asburgica dal 1526, Budejovice rimase un leale sostenitore dell'imperatore Ferdinando II nella guerra dei trent'anni. Budějovice subì una breve occupazione da parte della Prussia durante le guerre di Slesia e la guerra tra gli Asburgo e l'esercito francese nel 1742.