Ha dovuto tornare a Norfolk, in Virginia, per fare riparazioni ed era ancora lì quando gli sbarchi anfibi a Veracruz
si è verificato. Il suo ritorno negli Stati Uniti diede ai suoi superiori la possibilità di dargli finalmente gli ordini di succedere al Commodoro Conner al comando del Home Squadron. Perry tornò alla flotta e la sua nave sostenne l'assedio di Veracruz dal mare. Dopo la caduta di Veracruz, Winfield Scott si spostò nell'entroterra e Perry si mosse contro le rimanenti città portuali messicane. Perry radunò la flotta dei Mosquito e catturò Tuxpan nell'aprile del 1847. Nel luglio 1847 attaccò personalmente Tabasco, guidando una forza di sbarco di 1.173 uomini a terra e attaccando la città di San Juan Bautista da terra, sconfiggendo le forze messicane e prendendo la città.