Durante il 1938 e il 1939 c'era una crescente convinzione che un'altra guerra tra Francia e Germania stava diventando inevitabile. Nel settembre del 1939 il governo francese dichiarò guerra alla Germania e fu messa in atto una mobilitazione generale. Nella sua ultima riunione (prima di essere bandita) dieci giorni prima, la CGT-SR aveva finalizzato i piani per chiamare uno sciopero generale in caso di mobilitazione generale, ma tali piani non sembrano essere sopravvissuti alla realtà delle invasioni tedesche e sovietiche della Polonia. Paul Lapeyre era tra quelli arruolati nell'esercito nell'agosto/settembre del 1939. Ha esitato per diversi giorni prima di presentarsi alla caserma di Auch. Fu inviato in Alsazia, che era stata reincorporata in Francia nel 1919, e trascorse diversi mesi sulle rive del Reno. È stato presumibilmente nel contesto dell'invasione tedesca della Francia, che ha avuto luogo durante maggio e giugno 1940, che il reggimento in cui Lapeyre serviva si è trovato circondato e costretto a arrendersi. Ora prigionieri di guerra tedeschi, Lapeyre e i suoi compagni furono tenuti nelle loro caserme per poco più di un mese prima di essere trasferiti in una grande fattoria e di lavorare a Hoisdorf, a circa 25 chilometri a est di Amburgo. Un tentativo di fuga fallito. Lapeyre trascorse i cinque anni successivi in quattro campi di lavoro. A un certo punto è riuscito a poco a evitare di essere inviato al famigerato campo di sterminio di Rava-Ruska, ma alla fine è stato rimandato nella regione di Amburgo dove ha lavorato insieme agli altri prigionieri di guerra. Durante una settimana nel luglio del 1943
I bombardamenti degli "alleati" distrussero completamente la segheria a cui era stato assegnato. Alla fine, tuttavia, fu liberato dagli inglesi ("... par les Anglais") nel giugno 1945.