Nonostante l'hype che circonda Miller prima delle Olimpiadi Invernali del 2006, ognuna delle cinque candidature a medaglie di Miller ai Giochi di Torino è stata insufficiente: ha concluso un 5 ° deludente in discesa, è stato squalificato <unk> mentre era al primo posto al momento <unk> durante la seconda tappa dell'evento combinato, non è riuscito a finire il super-G, al sesto posto nello slalom gigante
, e ha avuto un altro DNF dopo aver mancato un cancello nella prima corsa dello slalom. Tuttavia, Miller ha vinto due gare durante la stagione (uno slalom gigante e un super-G) e si è classificato terzo per il titolo generale della Coppa del Mondo della stagione. Al Campionato Nazionale degli Stati Uniti del 2006 dopo la stagione della Coppa del Mondo, Miller ha vinto i titoli di discesa e slalom gigante. Passò agli sci Head dopo il completamento della stagione. Miller ha avuto trattamenti di proloterapia, un trattamento alternativo che non ha mostrato alcun effetto negli studi clinici, ai legamenti del ginocchio o delle ginocchia nel febbraio 2006, con altri membri della squadra di sci, Bryon Friedman e Eric Schlopy.