Scrivi una continuazione per questo paragrafo - In seguito allo scoppio della seconda guerra mondiale, Honner si arruolò nella seconda forza imperiale australiana (2nd AIF) il 24 ottobre 1939. Nel dicembre 1939 prese il comando della Compagnia 'C' del 2 ° 11 ° Battaglione, un battaglione di fanteria dell'Australia occidentale, con il grado di capitano. Honner e il suo battaglione salparono per il Medio Oriente nell'aprile 1940, arrivando il mese successivo. Dopo aver intrapreso l'addestramento in Palestina, la compagnia di Honner ha poi proceduto a combattere nelle battaglie della campagna del deserto occidentale contro gli italiani a Bardia
, Tobruk e Derna prima di essere inviati in Grecia in seguito all'invasione tedesca nell'aprile 1941. In Grecia, Honner guidò i suoi uomini attraverso una serie di ritiri di combattimento mentre erano respinti da forze tedesche più forti. In seguito furono evacuati a Creta dove presero parte ai pesanti combattimenti intorno a Retimo. Honner ha poi guidato un gruppo attraverso l'isola per evitare la cattura e, dopo aver incontrato un sottomarino della Royal Navy, sono stati evacuati ad Alessandria. Successivamente fu promosso maggiore e, per la sua leadership durante i combattimenti intorno alle Termopili nella precedente campagna greca, fu insignito della Croce Militare.