Nonostante la rapida vittoria di Pizarro, le ribellioni indiane iniziarono presto e continuarono periodicamente per tutto il periodo coloniale. Nel 1537 Manco Inca, che gli spagnoli avevano stabilito come imperatore fantoccio, si ribellò ai nuovi governanti e restaurò uno stato "neo-inca". Questo stato continuò a sfidare l'autorità spagnola anche dopo che gli spagnoli soppressero la rivolta e decapitarono Túpac Amaru nella piazza pubblica di Cuzco nel 1572. Le rivolte successive negli altopiani boliviani erano di solito organizzate dagli anziani della comunità e rimasero di natura locale, con l'eccezione della grande ribellione
di Túpac Amaru II nel XVIII secolo.