Durante la guerra civile spagnola in piena difesa di Madrid
, la chiesa è chiusa e l'ospedale continua a funzionare. L'area è devastata da un intenso bombardamento d'artiglieria, e la chiesa è completamente in rovina. Dopo la guerra l'edificio fu ricostruito. Con l'Atto del 7 marzo 1940 il Patrocinio Reale è integrato nel Patrimonio Nazionale con il resto degli ex Patrocini Reali. Il declino finale dell'ospedale è contrassegnato dalla risoluzione del Consiglio di Amministrazione del Patrimonio Nazionale del 9 giugno 1942, con la quale è stato rimosso i servizi ospedalieri di el Buen Suceso, che diventano coperti dalla Direzione Generale della Salute dell'Esercito dell'Aria, utilizzando lo stesso edificio attraverso un contratto di locazione. Ciò significava, di fatto, la liquidazione del Patrocinio storico, privandolo del suo scopo essenziale, anche se, di diritto, ha prolungato la sua esistenza fino ad oggi. Il culto religioso continua fino ad oggi, grazie all'accordo firmato dal Patrimonio Nazionale e dalla Diocesi di Madrid-Alcalá, con cui viene ceduto l'edificio per il funzionamento della nuova parrocchia del Beato Corpus Christi nella Iglesia del Buen Suceso.