Durante questo periodo, i ribelli, per lo più di etnia cinese, sotto la guida del Partito Comunista Malese, lanciarono operazioni di guerriglia volte a costringere gli inglesi a lasciare la Malesia. L'emergenza malese (1948-1960)
coinvolto una lunga campagna anti-insurrezionale da parte delle truppe del Commonwealth in Malesia. Il 31 agosto 1957, la Malesia divenne un membro indipendente del Commonwealth delle Nazioni. Dopo questo fu messo in atto un piano per federare la Malesia con le colonie della corona del Borneo settentrionale (che si unirono come Sabah), Sarawak e Singapore. La data della federazione era prevista per il 31 agosto 1963 in modo da coincidere con l'anniversario dell'indipendenza malese; tuttavia, la federazione fu ritardata fino al 16 settembre 1963 al fine di completare un sondaggio delle Nazioni Unite sul sostegno alla federazione a Sabah e Sarawak, richiesto dai partiti opposti alla federazione, tra cui il Sukarno dell'Indonesia e il Partito popolare unito del Sarawak.