Completa la seguente frase: Dopo essere stato sconfitto nella ribellione, Caldas, temendo rappresaglie, fuggì a Popayán, ma trovando che era stato sorpassato dalle truppe reali comandate dal futuro viceré Juan Sámano, andò poi nella provincia di Antioquia. Antioquia aveva dichiarato l'indipendenza come "Stato di Antioquia" o "Stato libero e sovrano di Antioquia". Lo stato di Antioquia aveva nominato Juan del Corral come dittatore, e del Corral accolse Caldas e lo nominò per creare una scuola militare e come direttore delle fabbriche di fucili e ingegnere generale, oltre a dargli il grado di colonnello. In qualità di ingegnere, Caldas era incaricato di erigere edifici, mulini di polvere da sparo e fabbriche di armi, nonché di coniazione di monete. Insegnò anche all'Accademia degli Ingegneri di Medellín, nel 1814. Tra il 1813 e il 1814 si occupò delle fortificazioni lungo il fiume Cauca e dell'installazione di una fabbrica di fucili e polvere da sparo. Alla fine del 1814, Nariño era stato sconfitto e arrestato dalla corona spagnola, e Bolívar e il suo esercito avevano costretto la sottomissione di Cundinamarca alle Province Unite. Il governo generale federalista, che si era stabilito a Santafé, con crescenti preoccupazioni per la possibilità di una guerra civile, ha deciso di farsi carico di un'organizzazione militare.
Dopo la riconquista spagnola seguita all'inizio della campagna di Morillo, chiamò Caldas per incaricarlo della creazione di una scuola militare simile e per costruire ponti, trincee e fortificazioni intorno alla città. Fu inviato nell'esercito del nord e a fortificare le strade di Quindío.