Bonaga ha fatto il suo debutto per il Panama nelle semifinali della Coppa delle Nazioni UNCAF 2009 entrando come sostituto dell'ultimo minuto contro l'Honduras il 30 gennaio 2009 e, al 1o maggio 2015, ha ottenuto un totale di 23 presenze, segnando 1 gol. Ha rappresentato il suo paese in 2 partite di qualificazione per la Coppa del Mondo FIFA e ha giocato al Campionato del Mondo 2011.
e la Coppa d'Oro CONCACAF 2013. Il 10 gennaio 2013 ha segnato contro il Guatemala in un'amichevole al 67 ° minuto.