Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Dopo che la flotta della Virginia fu integrata con la Marina Confederata, Barron fu nominato comandante e nominato capo dell'Ufficio Ordini e dettagli il 10 giugno. Barron rimarrà in quel posto fino al 20 luglio, quando il segretario confederato della Marina Stephen R. Mallory accettò la richiesta di Barron di essere assegnato come comandante delle difese costiere della Virginia e del North Carolina, un porto importante per i corsari confederati con base a Pamlico Sound. Arrivando al suo quartier generale a Fort Hatteras
Il 28 agosto, Barron comandò la difesa dei forti Hatteras e Clark contro l'ufficiale della bandiera dell'Unione Silas H. Stringham durante la battaglia di Hatteras Inlet il 28-29 agosto. Barron fu catturato dopo la resa delle due fortezze. Tenuto a Fort Columbus su Governors Island nel porto di New York, poi a Ft. Warren, porto di Boston, Barron fu infine rilasciato in uno scambio di prigionieri l'anno successivo.