Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Dopo essere stato sconfitto nella ribellione, Caldas, temendo rappresaglie, fuggì a Popayán, ma scoprendo che era stato superato dalle truppe reali comandate dal futuro viceré Juan Sámano, andò quindi nella provincia di Antioquia. Antioquia aveva dichiarato l'indipendenza come "Stato di Antioquia" o "Stato libero e sovrano di Antioquia". Lo stato di Antioquia aveva nominato Juan del Corral come dittatore, e del Corral accolse Caldas e lo nominò per creare una scuola militare e come direttore delle fabbriche di fucili e ingegnere generale, oltre a dargli il grado di colonnello. In qualità di ingegnere, Caldas era incaricato di erigere edifici, mulini di polvere da sparo e fabbriche di armi, nonché di coniazione di monete. Insegnò anche all'Accademia degli Ingegneri di Medellín, nel 1814. Tra il 1813 e il 1814 si occupò delle fortificazioni lungo il fiume Cauca e dell'installazione di una fabbrica di fucili e polvere da sparo. Alla fine del 1814, Nariño era stato sconfitto e arrestato dalla corona spagnola, e Bolívar e il suo esercito avevano costretto la sottomissione di Cundinamarca alle Province Unite. Il governo generale federalista, che si era stabilito a Santafé, con crescenti preoccupazioni per la possibilità di una riconquista spagnola
Dopo l'inizio della campagna di Morillo, chiamò Caldas per incaricarlo della creazione di una scuola militare simile, e di costruire ponti, trincee e fortificazioni intorno alla città. Fu inviato nell'esercito del nord e a fortificare le strade di Quindío.