Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Prkačin era un membro della nazionale croata Under-22 junior. Il suo debutto in un torneo importante con la selezione nazionale croata senior è arrivato all'EuroBasket del 1997. Successivamente, ha giocato con la Croazia nei seguenti principali tornei FIBA: EuroBasket 1999, EuroBasket 2001, EuroBasket 2003, EuroBasket 2005 e EuroBasket 2007, ha anche rappresentato la Croazia ai Giochi olimpici estivi del 2008.
e l'EuroBasket 2009. Prkačin è stato capitano della squadra croata due volte.