Scrivi una continuazione per questo paragrafo - La facoltà fu divisa in parti ceche e tedesche nel 1882, e la Facoltà di Scienze Naturali divenne un'istituzione separata tra il 1920 e il 1939. Nel 1939 la scuola fu chiusa dalle forze di occupazione della Germania nazista, e seguì una brutale persecuzione di insegnanti e studenti. Dopo la fine dell'occupazione nel 1945, la Facoltà di Arti fiorì di nuovo per alcuni anni; questo fu terminato con la forza nel 1948 dal colpo di stato comunista nel 1948. Il prestigio della facoltà diminuì rapidamente a causa della partenza forzata di numerosi insegnanti rispettati e dell'introduzione di studi marxisti-leninisti. Negli anni '60, la facoltà iniziò lentamente ad aprirsi a pensatori di spicco dell'epoca, ma questa tendenza fu invertita dall'occupazione sovietica nel 1968.
, contro il quale Jan Palach, uno studente della facoltà, ha protestato incendiandosi. Dopo la fine del regime comunista in Cecoslovacchia nel 1989 e la partenza dei suoi rappresentanti nella facoltà, è stato ristabilito come una delle istituzioni universitarie più apprezzate del paese.