La compagnia aerea è stata fondata nel 2002 come successore dell'insolvente Balkan Bulgarian Airlines e ha iniziato le operazioni il 4 dicembre dello stesso anno. Per ordine del Ministro dei Trasporti e delle Comunicazioni è stata dichiarata la compagnia di bandiera nazionale nel novembre 2002. Bulgaria Air ha iniziato le operazioni utilizzando il nome "Balkan Air Tour". La compagnia aerea era conosciuta con questo nome solo per un breve periodo di tempo. Il nome "Bulgaria Air" e il logo iniziale sono stati determinati da un concorso pubblico. Air Bulgaria è stata privatizzata nel 2006; sebbene si vociferasse che il governo voleva vendere il vettore a un importante investitore straniero, un gruppo di società di proprietà locale, guidato da Hemus Air, è emerso come acquirente con la compagnia aerea italiana Air One come l'unico altro concorrente.
Il 2006