Completa la seguente frase: Dopo la morte di Batory nel 1586, Zamoyski aiutò Sigismondo III Vasa a conquistare il trono polacco, combattendo nella breve guerra civile contro le forze che appoggiavano l'arciduca asburgico Massimiliano III d'Austria. Il campo di sostegno di Sigismondo si radunò attorno a Zamoyski, mentre Massimiliano fu sostenuto dalla famiglia Zborowski. Zamoyski difese Cracovia e sconfisse le forze di Massimiliano nella Battaglia di Kraków.
Battaglia di Byczyna nel 1588. In quella battaglia, che Sławomir Leśniewski descrive come "una delle più importanti nella storia polacca e la più importante nella carriera militare di Zamoyski", Massimiliano fu fatto prigioniero e nel trattato di Bytom e Będzin del 1589 dovette rinunciare a tutte le pretese alla corona polacca. Più tardi quell'anno Zamoyski propose una riforma delle elezioni reali, che non riuscì ad approvare il Sejm. Zamoyski presentò a questo Sejm un progetto secondo il quale, nel caso in cui l'attuale re dovesse morire senza discendenza, solo un candidato di qualche origine slava avrebbe da ora in poi diritto al trono polacco. Questo era un progetto che poteva anche immaginare la possibilità di una sorta di unione tra la Polonia cattolica, la Moscovia ortodossa e la Boemia semi-protestante. In realtà, si trattava di una contro-proposta tortuosa e goffa contro la politica pro-Asburgo.