Verstappen ha iniziato la stagione 2016 alla Toro Rosso, di nuovo al fianco di Sainz. Verstappen si qualificò quinto per la gara di apertura della stagione in Australia, ma durante la gara fece diverse chiamate via radio alla sua squadra a causa della frustrazione di essere dietro Sainz in pista prima di tagliare il suo compagno di squadra mentre tentava di superarlo con tre giri da fare, e alla fine finì decimo. Verstappen ha goduto di un weekend di maggior successo nella gara successiva in Bahrain.
, finendo sesto per segnare i primi punti della Toro Rosso sul circuito di Sakhir.