Scrivi una continuazione per questo paragrafo - All'inizio della Seconda Guerra Mondiale "Protée" fu assegnata alla 3a Divisione sottomarina, con base a Tolone, insieme alle sue sorelle, e. All'inizio di febbraio 1940 la 3a Divisione sottomarina fu brevemente trasferita a Casablanca per effettuare la sorveglianza delle Isole Canarie, dove erano presenti un paio di navi mercantili tedesche. La divisione sottomarina fu poi assegnata al teatro del Mediterraneo il 12 aprile, prima a Bizerte poi, senza il "Fresnel", a Beirut, sotto l'autorità del comandante in capo britannico ad Alessandria. "Protée" ha preso parte a diverse pattuglie nel Dodecaneso fino alla firma dell'armistizio tra Francia e Germania
Il 22 giugno 1940. Il 25 giugno, data di entrata in vigore dell'armistizio, il capitano della "Protée" ignorò un ordine di ritornare a Beirut, e invece navigò verso Alessandria, diventando parte della Force X. Il capitano fu rimproverato per questo incidente.