Durante la seconda guerra mondiale Salonicco fu pesantemente bombardata dall'Italia fascista (con 232 morti, 871 feriti e oltre 800 edifici danneggiati o distrutti solo nel novembre 1940), e, avendo fallito l'invasione italiana della Grecia
, cadde nelle mani delle forze della Germania nazista l'8 aprile 1941 e passò sotto occupazione tedesca. I nazisti costrinsero presto i residenti ebrei in un ghetto vicino alle ferrovie e il 15 marzo 1943 iniziarono la deportazione degli ebrei della città ai campi di concentramento di Auschwitz e Bergen-Belsen. La maggioranza fu mandata immediatamente nelle camere a gas. Dei 45.000 ebrei deportati ad Auschwitz, solo il 4% sopravvisse.