Promosso a commodoro, Keppel divenne secondo in comando delle Indie Orientali e della stazione cinese, con il suo ampio stendardo sulla fregata HMS "Raleigh", nel settembre 1856. La HMS "Raleigh" fu persa su una roccia inesplorata vicino a Hong Kong e, sebbene Keppel venisse successivamente sottoposto a una corte marziale, fu onorabilmente assolto per la perdita della nave. Trasferì quindi il suo vessillo alla HMS Alligator di sesta classe. Dopo aver sequestrato la nave a vapore noleggiata, comandò lo squadrone britannico, composto dalla "Hong Kong" e da sette cannoniere, nell'azione con i pirati cinesi nella battaglia di Fatshan Creek nel giugno 1857 quando affondò circa 100 navi da guerra nemiche. Per la sua parte in questa azione Keppel fu promosso Cavaliere Comandante dell'Ordine del Bagno il 12 settembre 1857. Ha anche preso parte alla cattura di Canton.
Nel dicembre del 1857 durante la seconda guerra dell'oppio.