Scrivi una continuazione per questo paragrafo - allo scoppio della Guerra Civile, comandò il 18° Reggimento di Fanteria della Louisiana, dove si dimostrò un disciplinare severo che era anche notevolmente amichevole e socievole con la base. Ferito a Silo
Nel 1864, fu nominato comandante di brigata sotto il generale Richard Taylor, con il quale ostacolò con successo gli sforzi dell'Unione per assicurare la regione di Bayou Teche nel sud della Louisiana. Nella campagna del fiume Rosso, Mouton fu ucciso nella battaglia di Mansfield, mentre guidava i suoi uomini in una carica di cavalleria.