Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Lincoln si riunì a Washington fuori New York nell'agosto del 1778 e fu nominato comandante del dipartimento meridionale a settembre. Washington inviò Lincoln, Lafayette e Lee (Henry "Light Horse Harry") al Dipartimento del Sud per opporsi all'esercito britannico sotto Clinton e Cornwallis. Lincoln partecipò all'insuccesso assedio francese
di Savannah, Georgia nell'ottobre 1779, dopo di che si ritirò a Charleston, Carolina del Sud. Ha preso il comando della guarnigione di Charleston. Nel marzo 1780 la città fu circondata da una considerevole forza britannica inviata da New York. Dopo un assedio relativamente breve Lincoln fu costretto a consegnare più di 5.000 uomini al tenente generale Sir Henry Clinton il 12 maggio 1780, ma lo fece in un modo che permise alla milizia della Carolina del Sud di fuggire così come ad alcune forze continentali, che infastidirono gli inglesi verso Lincoln.