Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Con Prost che stabilisce un rapporto con Peugeot e passa a loro dal 1998 in poi, Mugen ha cercato un nuovo partner e ha raggiunto un accordo biennale con Jordan Grand Prix per il quale Mugen ha prodotto il motore MF301HC. La prima metà della stagione 1998 è stata un disastro assoluto; è stato così brutto che a un certo punto i funzionari di Mugen si sono incontrati con Eddie Jordan e la sua squadra durante il Gran Premio di Monaco del 1998 per scoprire perché fino a quel momento la squadra non era riuscita a segnare un singolo punto nel Campionato del Mondo. La relazione è continuata a Silverstone, dove la squadra ha segnato il suo primo punto nel Campionato del Mondo della stagione grazie al sesto posto di Ralf Schumacher, seguito da punti nelle prossime 3 gare. Non è stato fino a Spa-Francorchamps
, quando la fortuna di Jordan è cambiata in meglio con i piloti Damon Hill e Ralf Schumacher che hanno segnato un 1-2, assicurando la prima vittoria di Jordan in Formula 1 e la loro unica 1-2 durante la loro esistenza dopo un inizio rovinato. La squadra avrebbe segnato punti in altre due occasioni con Ralf che ha raggiunto il 3 ° posto al Gran Premio d'Italia. Gary Anderson rivelerà in seguito che, in quella stagione, la sede di Honda aveva aumentato il proprio coinvolgimento nello sviluppo dei motori che comunque portano ancora il marchio Mugen.