Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Quando la guerra civile americana iniziò nel 1861 Jones si offrì volontario per il servizio nell'esercito dell'Unione. Il 3 ottobre fu eletto capitano del 53° Reggimento di fanteria dell'Ohio, e vide l'azione come tale durante la battaglia di Shiloh e l'assedio di Corinto. Il 2 maggio 1862, Jones divenne colonnello del 53° Ohio e suo ufficiale comandante. Guidò il suo reggimento durante l'assedio di Vicksburg e nella battaglia di Missionary Ridge, entrambe nel 1863. Jones ebbe ulteriori azioni durante la campagna di Atlanta del 1864, combattendo a Resaca, Dallas, Kennesaw Mountain e Atlanta.
- No, no. Nell'agosto, Jones fu nominato comandante della brigata quando il suo ufficiale superiore, il brigadiere generale Joseph A. J. Lightburn fu ferito e rinunciò al comando per il resto della guerra. Il colonnello Jones guidò ora la 2a brigata nella 2a divisione di William B. Hazen del XV Corpo a Jonesboro. Per coincidenza, la 1a brigata di quella divisione era anche guidata da un altro "colonnello Jones", Theodore Jones del 30o Ohio. Wells Jones partecipò alla Marcia al Mare del 1864 e fu ferito durante le operazioni intorno a Fort McAllister, in Georgia, il 13 dicembre.