Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Il 18 dicembre 1855 Stephenson si unì alla Royal Navy, diventando un cadetto navale in HMS "St Jean d'Acre", comandato da suo zio Henry Keppel, e servendo nel Mar Nero durante la guerra di Crimea. Dal settembre 1856 all'aprile 1857 Stephenson servì sotto Keppel come cadetto nella HMS "Raleigh", servendo nelle Indie Orientali e in Cina durante la seconda guerra anglo-cinese
, fino a quando la sua nave naufragò vicino a Macao quando colpì una roccia sconosciuta. Tutto l'equipaggio e' stato salvato. Nel giugno del 1857 prestò servizio come Midshipman sulla HMS "Pearl", servendo con la "Pearl's Naval Brigade" durante l'ammutinamento indiano del 1857, durante il quale fu menzionato in dispacci tre volte. Nel giugno 1861 fu promosso tenente nella HMS "Emerald", servendo nella Channel Squadron.