Nel 1806, le autorità francesi di occupazione dei Paesi Bassi declassarono l'Università di Utrecht in una "école secondaire" (scuola superiore), ma dopo l'istituzione del Regno Unito dei Paesi Bassi nel 1813 riacquistò il suo precedente status. Leiden, Leuven, Groningen, Utrecht e Gand furono le cinque università del nuovo stato. Due delle università (Leuven e Gand) sono entrate a far parte del nuovo Stato belga dopo la separazione delle rispettive province.
dal Regno Unito dei Paesi Bassi nel 1830. Di conseguenza, l'Università di Utrecht rimase una delle sole tre università olandesi. Durante l'occupazione francese, il re Luigi Napoleone ordinò la costruzione di un palazzo nel centro di Utrecht, che alla fine divenne il centro città della biblioteca universitaria.