Sebottendorf nacque a Lussemburgo nei Paesi Bassi austriaci il 17 luglio 1740 dai genitori Oberst (colonnello) Johann Moritz Sebottendorf van der Rose (d. 1760) e Maria Anna Bodek von Ellgau (d. 1791). Dopo gli studi militari presso l'Accademia di Wiener-Neustadt, si unì al reggimento di fanteria austriaco "Waldeck" n. 35 nel 1758. Al tempo della guerra di successione bavarese
era diventato capitano. Nel 1779 un'inchiesta lo assolse dopo essere stato accusato di codardia. Nel 1784 fu promosso maggiore, nel marzo 1787 oberst-leutnant e nell'ottobre 1787 oberst.