Non riuscendo ad ottenere un pilota di qualità per il 2001, Gené ha scelto di firmare con Williams come pilota di prova. Ha guidato tre Gran Premi per la squadra come sostituto temporaneo. Il primo di questi è stato il Gran Premio d'Italia del 2003, dove Ralf Schumacher non è stato in grado di correre a causa di una commozione cerebrale. Gené sostituì bene il suo compagno di squadra, raccogliendo quattro punti per il quinto posto, ma Schumacher tornò in macchina per la prossima gara negli Stati Uniti. A seguito di un infortunio alla schiena di Schumacher all'USGP 2004, Gené ha guidato nel campionato francese
e Gran Premi Britannici, ma successivamente perse il posto di gara ad Antônio Pizzonia e non corse di nuovo in F1.