Tornò a Norfolk per le riparazioni il 1o gennaio 1847, quindi arrivò a Veracruz il 21 marzo 1847, trasportando Perry per prendere il comando della flotta americana. Immediatamente lei e i suoi uomini si gettarono in operazioni anfibe contro Veracruz
, fornendo armi e equipaggi da portare a terra per la batteria che ha combattuto la città per arrendersi in quattro giorni. Durante il resto della guerra, il Mississippi contribuì con armi, uomini e imbarcazioni a una serie di incursioni costiere sulla costa orientale del Messico, prendendo parte alla cattura di Tabasco nel giugno 1847.