Nella stagione 2016-17, Francoforte è riuscita a terminare a metà classifica in undicesima posizione, oltre a raggiungere in particolare la finale della DFB-Pokal 2017, la prima finale del club dal 2006, dove Francoforte ha perso 1-2 contro il Borussia Dortmund. Nella stagione 2017/18, Francoforte ha gareggiato per un posto nella competizione europea per la stagione successiva. Kovač ha tipicamente usato una formazione 3<unk>4<unk>2<unk>1 con enfasi sulla stabilità difensiva e sul gioco di ala. Ha portato la Francoforte alla finale della DFB-Pokal 2018
, il secondo in successione per il club, dove ha battuto il suo futuro datore di lavoro, il Bayern Monaco. Con quella vittoria, Kovač ha portato Francoforte al suo primo trofeo dal 1988. Finì con un record di 38 vittorie, 20 pareggi e 33 sconfitte in 91 partite. Adi Hütter divenne il suo successore.