Weir e Lysacek avevano dominato gli U.S. Nationals per i precedenti cinque anni, ma nel 2009
, Jeremy Abbott, che aveva vinto la finale del Grand Prix a dicembre, ha rotto quel dominio e ha vinto la medaglia d'oro. Weir non era preparato per le nazionali perché era "compromesso" dalla sua malattia. Nel programma corto, Abbott ha finito al primo posto con 86,40 punti, Lysacek è stato secondo con 83,59 punti e Weir è arrivato al settimo posto con 70,76 punti. Il punteggio complessivo di Abbott è stato un personal best di 237,72 punti, quattro punti in più rispetto ai migliori punteggi personali di Weir e Lysacek. E' stato il risultato più basso di Weir nel programma corto come pattinatore senior ai Nazionali nella sua carriera.