La divisione di Banks tecnicamente apparteneva a George McClellan, nonostante fosse un comando indipendente nella valle di Shenandoah. Il 14 marzo 1862, il presidente Lincoln emise un ordine esecutivo che formava tutte le truppe nel dipartimento di McClellan in corpo. Banks divenne così un comandante del corpo, responsabile della sua ex divisione, ora comandata dal brigadiere generale Alpheus Williams, e della divisione del brigadiere generale James Shields, che fu aggiunta al comando di Banks. Dopo che Stonewall Jackson fu respinto nella prima battaglia di Kernstown il 23 marzo, a Banks fu invece ordinato di inseguire Jackson fino alla valle, per impedirgli di rinforzare le difese di Richmond. Quando gli uomini di Banks raggiunsero la Valle meridionale, alla fine di una difficile linea di rifornimento, il presidente li richiamò a Strasburgo, all'estremità settentrionale. Jackson poi marciò rapidamente lungo l'adiacente valle di Luray e incontrò alcune delle forze di Banks nella battaglia di Front Royal il 23 maggio. Questo spinse Banks a ritirarsi a Winchester, dove Jackson attaccò di nuovo
Il 25 maggio. Le forze dell'Unione erano mal dispiegate in difesa e si ritirarono in disordine attraverso il fiume Potomac e di nuovo in Maryland. Un tentativo di catturare le forze di Jackson in un movimento a pinza (con forze guidate da John Frémont e Irvin McDowell) fallì, e Jackson fu in grado di rinforzare Richmond. Banks fu criticato per la cattiva gestione delle sue truppe e per aver eseguito una ricognizione inadeguata nella campagna, mentre i suoi alleati politici cercarono di incolpare il Dipartimento della Guerra per la debacle.