Sotto la Confederazione, il loro ufficiale giudiziario aveva un castello sulla riva destra del Limmat, controllando l'accesso al ponte. La Dieta svizzera si riunì a Baden ripetutamente dal 1426 al 1712, rendendo Baden una sorta di capitale per la Svizzera. Il municipio ('), sede della Dieta, è ancora visitabile. Nel corso del XV secolo, la città riacquistò la sua popolarità come località termale ('). La città fu il luogo di un famoso dibattito sulla transustanziazione dal 21 maggio al 18 giugno 1526. Sebbene Zwingli si rifiutasse di partecipare di persona, stampò fogli di stampa per tutta la durata e inviò il suo assistente Johannes Oecolampadius a discutere con Johann Eck e Thomas Murner. Alla fine, una maggioranza decise contro i riformatori, ma emerse anche un consistente blocco a loro favore. Johann Pistorius tenne una disputazione nella città nel 1589. Stein fu rinforzato tra il 1658 e il 1670, ma la fortezza fu abbandonata nel 1712. Nel 1714, i trattati di Rastatt e Baden portavano fine alle ostilità tra la Francia e gli Asburgo, l'ultimo teatro della guerra di successione spagnola. Un altro trattato di Baden pose fine alla guerra di Toggenburg
tra i cantoni svizzeri protestanti e cattolici nel 1718. Baden fu la capitale del cantone di Baden dal 1798 al 1803, quando fu creato il cantone di Argovia.