Scrivi una continuazione per questo paragrafo - La FIA ha decretato dal 1966, nuove regole per i motori da 3 litri entreranno in vigore. La Lotus era meno competitiva. Partendo con un motore Coventry-Climax da 2 litri nella Lotus 33, Clark non ha segnato punti fino al Gran Premio di Gran Bretagna
e un terzo posto al successivo Gran Premio dei Paesi Bassi. A partire dal Gran Premio d'Italia, la Lotus ha utilizzato il motore BRM H16 altamente complesso nella Lotus 43, con la quale Clark ha vinto il Gran Premio degli Stati Uniti. Ha anche ottenuto un altro secondo posto alle Indianapolis 500, questa volta dietro Graham Hill.