Makhanda fu fondata come Grahamstown nel 1812 dopo la Quarta Guerra Xhosa.
come avamposto militare del tenente colonnello John Graham come parte di una campagna per assicurare la frontiera orientale della Colonia del Capo. Inizialmente il colonnello Graham decise di stabilire il suo quartier generale nella fattoria Noutoe, ora nota come Table Farm, ma su raccomandazione dell'Alfiere Andries Stockenstrom fu spostato nella fattoria De Rietfontein, di proprietà di Lucas Meyer. La costruzione del nuovo quartier generale, situato sul sito dell'attuale Piazza della Chiesa, iniziò così nel giugno 1812.