Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Issoufou è arrivato quarto (con solo il 7,60% dei voti) nelle errate e controverse elezioni presidenziali del 7-8 luglio 1996
che diede a Maïnassara una vittoria assoluta. Insieme agli altri tre candidati dell'opposizione, Issoufou è stata messa agli arresti domiciliari il secondo giorno di votazione e trattenuta per due settimane. Successivamente, ha rifiutato di incontrarsi con Maïnassara, ha fatto appello senza successo alla Corte Suprema per l'annullamento delle elezioni e il PNDS ha invitato a manifestazioni. Il 26 luglio è stato nuovamente messo agli arresti domiciliari, insieme ad un altro membro di spicco del PNDS, Mohamed Bazoum; sono stati rilasciati su ordine di un giudice il 12 agosto. A seguito di una manifestazione pro-democrazia dell'11 gennaio 1997, Issoufou è stato arrestato insieme a Ousmane e Tandja e detenuto fino al 23 gennaio.