Bonaga ha fatto il suo debutto per il Panama nelle semifinali della Coppa delle Nazioni UNCAF 2009 entrando come sostituto dell'ultimo minuto contro l'Honduras il 30 gennaio 2009 e, al 1 maggio 2015, ha ottenuto un totale di 23 presenze, segnando 1 gol. Ha rappresentato il suo paese in 2 partite di qualificazione per la Coppa del Mondo FIFA e ha giocato al
Coppa d'Oro CONCACAF 2011 e 2013. Il 10 gennaio 2013 ha segnato contro il Guatemala in un'amichevole al 67 ° minuto.