Nel 1796, servì sotto Napoleone Bonaparte nella campagna italiana, e fu promosso "général de division" per un buon servizio sul campo. Brune comandò l'esercito francese che occupò la Svizzera nel 1798 e fondò la Repubblica Helvetic L'anno successivo, fu al comando delle truppe francesi in difesa di Amsterdam contro l'invasione anglo-russa dell'Olanda sotto il duca di York, in cui ebbe un completo successo <unk> le forze anglo-russe furono sconfitte nella battaglia di Castricum e costrette, dopo una dura ritirata, a ri-imbarcarsi. Ha prestato ulteriori buoni servizi in Vendée e nella penisola italiana dal 1799 al 1801 (vincendo la battaglia di Pozzolo
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