A Sepang, la squadra ha introdotto un motore aggiornato, previsto per Alonso per prendere la penalità del motore che lo ha relegato all'ultimo posto in qualifica, mentre Button avrebbe dovuto prendere il nuovo motore e la penalità ad Austin.
- No, no. Button e' arrivato in Q3, usando un vecchio motore per tutto il weekend con la nona posizione. L'auto era abbastanza competitiva da raggiungere un doppio punteggio per la seconda volta con Alonso che ha utilizzato il vecchio motore per tornare al settimo posto, mentre Button è rimasto nono. Tuttavia, una settimana dopo a Suzuka, la gara di casa della Honda, il team ha sperimentato la gara più difficile della stagione poiché le caratteristiche del circuito non erano adatte né alla vettura né al motore, nonostante entrambi i piloti utilizzassero il motore aggiornato per la gara, con il risultato che la McLaren fu superata da Haas, Renault e persino Sauber. Button non è riuscito nemmeno a raggiungere la Q2, mentre Alonso si è qualificato solo 15 °, con Button che ha scelto di prendere il nuovo motore e la penalità destinata ad Austin, per ragioni strategiche a causa della mancanza di competitività della macchina per quella gara, e ha iniziato l'ultimo. Con nessun ritiro dalla gara per il secondo anno consecutivo, sia Alonso che Button sono riusciti a conquistare solo il 16° e il 18° posto, le loro peggiori posizioni finiture (esclusi i ritiri) del 2016 fino ad ora.