Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Alle 08:20 del 30 agosto 1945, "I-400" partì in compagnia di "I-14" e "Proteus" diretto alla baia di Tokyo, dove ancorarono alle 14:58 dello stesso giorno. La bandiera degli Stati Uniti venne alzata a bordo alle 05:00 del 31 agosto 1945, e alle 14:45 I-400 e Proteus iniziarono a spostarsi verso un nuovo ancoraggio all'interno del frangiflutti presso la base sottomarina di Yokosuka, dove il Proteus fu ancorato alle 16:50. Dodici sottomarini della US Navy scelti per rappresentare la US Navy Submarine Force alla cerimonia di resa giapponese
Anche le navi della I-401 arrivarono il 31 agosto. Durante la cerimonia di resa il 2 settembre 1945, il comandante della U.S. Pacific Fleet (COMSUBPAC), il vice ammiraglio Charles A. Lockwood, ordinò di issare la sua bandiera personale a bordo di "I-400" e "I-401".