Per il resto della guerra, la divisione si sarebbe trovata
combattere su Morotai. Nell'aprile del 1945, la divisione condusse pattuglie intensive con l'obiettivo di distruggere le rimanenti forze giapponesi sull'isola. A questo tempo la maggior parte dei giapponesi di Morotai si trovava lungo la costa occidentale dell'isola e generalmente si trovava vicino ai giardini nativi. La 93a Divisione sbarcò pattuglie lungo le coste occidentali e settentrionali di Morotai dalla fine di aprile in poi, e queste combatterono scaramucce sparse con piccole forze giapponesi. Uno degli obiettivi principali della divisione era di catturare il colonnello Ouchi, comandante del 211o Reggimento, 32a Divisione, e questo fu raggiunto da una pattuglia del 25o Reggimento di Fanteria il 2 agosto 1945. Ouchi era il più alto ufficiale giapponese catturato prima della fine della guerra.