Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Johnston era entusiasta dello scoppio della guerra messicano-americana. Ha servito nello staff del tenente generale Winfield Scott nell' assedio di Veracruz.
, scelto da Scott per essere l'ufficiale che porterà la richiesta di resa in anticipo al governatore provinciale. Era all'avanguardia del movimento verso l'interno sotto il comando del generale di brigata David E. Twiggs e fu gravemente ferito da un colpo di fucile durante una ricognizione prima della battaglia di Cerro Gordo. E' stato nominato tenente colonnello per le sue azioni a Cerro Gordo. Dopo essersi ripreso in un ospedale da campo, si unì nuovamente all'esercito a Puebla. Durante l'avanzata verso Città del Messico, fu secondo in comando del "Reggimento degli Stati Uniti di Voltigeurs", un'unità composta da fanteria leggera o scaramuzzatori. Si distinse a Contreras e Churubusco, fu nuovamente ferito a Chapultepec e ricevette due promozioni brevetto per gli ultimi due scontri, terminando la guerra come colonnello brevetto di volontari. (Dopo la fine delle ostilità, è tornato al suo rango di capitano in tempo di pace negli ingegneri topografici.) Winfield Scott ha osservato con umorismo che "Johnston è un grande soldato, ma aveva il sfortunato talento di farsi sparare in quasi tutti gli scontri". La più grande angoscia di Johnston durante la guerra fu la morte di suo nipote, Preston Johnston. Quando Robert E. Lee informò Johnston che Preston era stato ucciso da un proiettile d'artiglieria messicano a Contreras, entrambi gli ufficiali piansero, e Johnston rimase addolorato per il resto della sua vita.