Il 15 maggio 2017, Haller ha firmato un contratto di quattro anni con l'Eintracht Frankfurt. Nella Coppa del Regno Unito 2017/18 ha segnato quattro gol per la squadra di Francoforte, che ha vinto la finale
Il primo trofeo della carriera di Haller. Nella stagione 2018/19 della Bundesliga, ha segnato 15 gol in 29 presenze mentre il club ha finito settimo.