Come delegato della Giunta, guidò la disastrosa campagna del Paraguay. Le sue truppe furono sconfitte da Bernardo de Velasco nelle battaglie di Campichuelo e Paraguarí
- No, no. Sebbene venne sconfitto, la campagna iniziò la catena di eventi che portarono all'indipendenza del Paraguay nel maggio 1811. Si ritirò nelle vicinanze di Rosario, per fortificarla contro un possibile attacco realista dalla fascia orientale del fiume Uruguay. Mentre era lì, creò la bandiera dell'Argentina. Il Primo Trionvirato non approvò la bandiera, ma a causa delle lente comunicazioni, Belgrano ne venne a conoscenza solo molte settimane dopo, mentre rinforzava l'Esercito del Nord a Jujuy. Lì, sapendo di essere in svantaggio strategico contro gli eserciti monarchici provenienti dall'Alto Perù, Belgrano ordinò l'Esodo di Jujuy, che evacuò l'intera popolazione della provincia di Jujuy a San Miguel de Tucumán. La sua controffensiva nella battaglia di Tucumán portò a una vittoria strategica chiave, e fu presto seguita da una completa vittoria sull'esercito realista di Pío Tristán nella battaglia di Salta. Tuttavia, le sue incursioni più profonde nell'Alto Perù portarono a sconfitte a Vilcapugio e Ayohuma, portando il Secondo Triumvirato a ordinare la sua sostituzione come comandante dell'esercito del Nord dal nuovo arrivato José de San Martín. All'epoca, l'Asamblea del Año XIII aveva approvato l'uso della bandiera di Belgrano come bandiera di guerra nazionale.