Dopo Fort Donelson il 41° Illinois fu assegnato alla 1° Brigata della 4° Divisione dell'Esercito del Tennessee di Stephen A. Hurlbut. Poco dopo l'inizio dei combattimenti nella battaglia di Shiloh
Nel combattimento, il comandante della 1a Brigata, il Colonnello Nelson G. Williams, fu gravemente ferito e il comando della brigata fu affidato a Pugh. Il colonnello Pugh guidò abilmente la brigata durante i due giorni di combattimento a Shiloh nelle vicinanze di "Bloody Pond".