La storia segue le avventure del pilota della Guardia Nagate Tanikaze, che ha vissuto nello strato sotterraneo di Sidonia dalla nascita ed è stato allevato dal nonno. Non avendo mai incontrato nessun altro, si allena ogni giorno in un vecchio simulatore di pilotaggio dei Guardiani, riuscendo a padroneggiarlo. Dopo la morte del nonno, emerge in superficie e viene selezionato come pilota dei Guardiani, proprio come Sidonia è ancora una volta minacciata dal Gauna. Domanda: Come viene selezionato dopo la morte del nonno?
Pilota dei Guardiani