Il 9 aprile 1940 le truppe tedesche invasero e occuparono la Danimarca.
- No, no. Durante l'occupazione tedesca, non si fece notare, ma cercò di mantenere lo spirito con la poesia camuffata della resistenza. Nel 1940, Henningsen contribuì con la canzone alla rivista "Dyveke" di Kjeld Abell, che chiedeva la resistenza ai nazisti in modo così evidente che i censori tedeschi interpretarono erroneamente come una canzone sui vincoli restrittivi del matrimonio. Prima che i nazisti potessero deportarlo nei campi di concentramento o metterlo in altro modo in pericolo, lasciò segretamente la Danimarca insieme alla maggior parte degli ebrei danesi nel 1943. Fuggì alla Svezia neutrale con l'architetto ebreo Arne Jacobsen e le loro mogli in una barca a remi guidata da un ingegnere civile ebreo e studente di canoia di nome Herbert Marcus.