Per i successivi sei anni, Bogdanov fu una figura importante tra i primi bolscevichi, secondo solo a Vladimir Lenin in influenza. Nel 1904-1906, pubblicò tre volumi del trattato filosofico "Empiriomonizm" ("Empiriomonismo"), in cui cercò di fondere il marxismo con la filosofia di Ernst Mach, Wilhelm Ostwald e Richard Avenarius. Il suo lavoro influenzò in seguito un certo numero di teorici marxisti russi, tra cui Nikolai Bukharin. Nel 1907 aiutò a organizzare la rapina della banca di Tiflis.
con Lenin e Leonid Krasin.