Completa la seguente frase: Prkačin è stato membro della nazionale croata giovanile Under-22. Il suo debutto in un torneo importante con la selezione nazionale croata senior è arrivato all'EuroBasket del 1997. Successivamente, ha giocato con la Croazia nei seguenti principali tornei FIBA: EuroBasket 1999, EuroBasket 2001, EuroBasket 2003, EuroBasket 2005 e EuroBasket 2007.
Le Olimpiadi estive del 2008 e l'EuroBasket del 2009. Prkačin è stato capitano della squadra croata due volte.