Ha iniziato il 2013 sostituendo gli Stati Uniti e la Germania durante la Coppa Hopman 2013
in sostituzione degli infortunati John Isner e Tommy Haas. Kokkinakis ha gareggiato nella competizione di qualificazione dell'Australian Open 2013, perdendo contro Steve Johnson 15 <unk> 17 nel terzo set. Kokkinakis ha subito una frattura da stress alla schiena nella finale maschile dell'Australian Open che lo ha tenuto fuori dalla competizione fino alla metà del 2013. Poi è tornato in competizione giocando tornei Futures nella Repubblica Ceca, in Canada e negli Stati Uniti, con l'obiettivo di raggiungere i quarti di finale dell'evento Canada F5. A settembre e ottobre, Kokkinakis ha gareggiato in due eventi Challenger negli Stati Uniti. Il primo è stato il Napa Valley Challenger del 2013 dove si è qualificato e ha raggiunto il secondo round, scendendo a Bradley Klahn nonostante fosse in vantaggio di un set. Poi nel Sacramento Challenger del 2013 si è qualificato e ha fatto il secondo turno. Ha perso di nuovo nonostante fosse in vantaggio di un set contro Nick Kyrgios. Come risultato, la sua classifica è aumentata a una carriera migliore di numero 655. Nell'ottobre, Kokkinakis ha fatto coppia con Benjamin Mitchell e ha vinto il Melbourne Challenger sconfiggendo Alex Bolt e Andrew Whittington nella finale in set consecutivi. Questo ha aumentato la sua classifica in doppio di 453 posizioni, portandolo al numero 505 della carriera. Ha anche raggiunto il secondo turno in singolare. Sembrava che avrebbe causato un grande sconvolgimento dopo aver preso il primo set contro Matt Ebden prima di perdere i due set successivi. Ha terminato il suo anno al 2013 Traralgon Challenger dove ha perso nel secondo round a James Duckworth in set.