Nel marzo del 1862, Waddell fu nominato tenente nella Marina degli Stati Confederati. Inviato a New Orleans, fu assegnato alla corazzata incompleta CSS "Mississippi" fino alla sua distruzione a fine aprile. Il mese successivo, mentre serviva come ufficiale di artiglieria a terra, partecipò alla battaglia
Tra le batterie costiere confederate e le corazzate federali a Drewry's Bluff, in Virginia. Ha visto più batteria di terra a Charleston, Carolina del Sud, durante il resto del 1862 e nel 1863. Inviato all'estero nel marzo del 1863, il primo tenente Waddell fu di stanza in Inghilterra in attesa della disponibilità di una posizione di navigazione.