Nonostante la resa ufficiale, ci fu un significativo movimento di resistenza locale all'occupazione giapponese. Elementi dell'esercito filippino continuarono la loro attività e furono in grado di liberare tutte le province delle Filippine, tranne le dodici, mentre altri gruppi come l'Hukbalahap erano anche coinvolti. Mentre era in esilio, il presidente Manuel L. Quezon continuò a rappresentare le Filippine fino alla sua morte per tubercolosi nel 1944. Le forze americane al comando del generale MacArthur fecero il loro ritorno nell'ottobre del 1944, iniziando con lo sbarco anfibio
A Leyte.