Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Nella prima guerra di Villmergen, nel 1656, e la guerra di Toggenburg
(o Seconda guerra di Villmergen), nel 1712, il Freie Ämter divenne il campo di battaglia per gli eserciti riformati e cattolici in guerra. Mentre la pace dopo la guerra del 1656 non cambiò lo status quo, la quarta pace di Aarau nel 1712 portò a una riorganizzazione dei rapporti di potere. La vittoria diede a Zurigo l'opportunità di costringere i cantoni cattolici al governo nella contea di Baden e nell'area adiacente del Freie Ämter. I Freie Ämter furono poi divisi in due da una linea tracciata dalla forca di Fahrwangen al campanile della chiesa di Oberlunkhofen. La parte settentrionale, il cosiddetto Unteren Freie Ämter (basso Freie Ämter), che comprendeva i distretti di Boswil (in parte) e Hermetschwil e il Niederamt, era governata da Zurigo, Berna e Glarus. La parte meridionale, l'Oberen Freie Ämter (Alto Freie Ämter), era governata dai precedenti sette cantoni, ma a Berna fu aggiunto un ottavo.