Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Il reggimento di Chruściel fu mobilitato segretamente tra il 23 e il 27 marzo 1939 e si trasferì nel villaggio di Szczerców dove formò una linea difensiva sul fiume Widawka. Dopo lo scoppio della guerra difensiva polacca del 1939 entrò in combattimento il 2 settembre. Come parte del "Gruppo operativo Piotrków" dell'esercito di Łódź, l'unità di Chruściel si ritirò verso la fortezza di Modlin e prese parte alla sua difesa.
fino alla capitolazione delle unità polacche nella zona. Internato nel campo di prigionia di Działdowo, è stato rilasciato alla fine di ottobre, già dopo la fine delle ostilità. Temendo che il suo rilascio dal campo di prigionia fosse stato un errore, Chruściel si trasferì a Varsavia, dove si stabilì con vari nomi falsi. Nel giugno 1940 entrò nell'organizzazione clandestina dell'Unione della lotta armata (ZWZ). Inizialmente capo della 3a divisione del suo staff, responsabile dell'addestramento e della tattica, dall'ottobre dello stesso anno Chruściel ricoprì il posto di vice comandante della regione ZWZ della città di Varsavia.