Passage: Doom 3 è ambientato nell'anno 2145. Gran parte della storia e dei dialoghi del gioco sono stati creati dall'autore Matthew J. Costello. Secondo la storia del gioco, la Union Aerospace Corporation (UAC) è cresciuta fino a diventare la più grande entità aziendale esistente e ha istituito un centro di ricerca su Marte. In questa base, l'UAC è in grado di condurre ricerche in diverse aree scientifiche, tra cui lo sviluppo di armi avanzate, la ricerca biologica, l'esplorazione spaziale e il teletrasporto. Su Marte, l'UAC può eseguire le sue operazioni al di fuori dei confini legali e morali. Man mano che il giocatore progredisce nel gioco, apprende che gli impiegati della base sono inquieti a causa di un gran numero di incidenti che coinvolgono l'udito di voci, casi inspiegabili e avvistamenti di paranoia e follia, spesso con conseguenti incidenti mortali con le macchine della struttura.
Matthew Costello