All'inizio della Guerra Civile, fu nominato capitano della 10a Indiana Infantry e promosso colonnello in meno di un mese. Comandò una brigata nell'esercito dell'Ohio nella battaglia di Mill Springs nel 1862 e fu promosso brigadiere generale il 24 marzo 1862, in base alle sue azioni lì. Il generale Manson fu ferito alla coscia e catturato dalle forze confederate nella battaglia di Richmond, nel Kentucky. E' stato scambiato due mesi dopo e ha combattuto Morgan durante la sua incursione in Ohio. Nel giro di due mesi, Manson passò dalla brigata alla divisione e poi al comando del XXIII Corpo. Ha guidato il corpo durante la Campagna di Knoxville vedendo l'azione a Campbell's Station e Knoxville. Il generale Manson tornò al comando della brigata, nell'esercito dell'Ohio, durante la campagna di Atlanta e fu gravemente ferito nella battaglia di Resaca
Georgia.