Lee fu rilasciato dal suo incarico in Turchia nel marzo del 1941, e subito dopo essere arrivato in Egitto fu nominato Senior Officer Administration per Air Vice Marshal John D'Albiac, comandante delle forze aeree britanniche in Grecia, sostenendo i greci dopo l'invasione italiana
- No, no. Nonostante i primi successi, l'intervento dei tedeschi mise presto le forze alleate sulla difensiva, e gli inglesi furono alla fine cacciati, prima a Creta, poi in Egitto. Per il resto del 1941 Lee prestò servizio come ufficiale di stato maggiore (operazioni) presso il quartier generale del Comando Medio Oriente della RAF, poi come vice ufficiale di stato maggiore dell'aviazione nell'Aeronautica del Deserto.