Per il 1989, ha guidato la nuova V10 Renault powered Williams FW12C. ha iniziato con Boutsen sul piede posteriore a causa di un pesante incidente di test pre-stagione a Rio e perché il veterano compagno di squadra Riccardo Patrese ha avuto una grande rinascita in forma. Tuttavia, al Gran Premio del Canada, Boutsen ha guidato bene in condizioni di bagnato e ha ottenuto la sua prima vittoria dopo che Senna ha subito un guasto del motore. Anche se è stata una vittoria gradita (Boutsen è diventato il primo nuovo vincitore in F1 da quando l'ex compagno di squadra degli Arrows Gerhard Berger aveva vinto il Gran Premio del Messico del 1986
per Benetton. Fino ad allora solo Senna, Prost, Nigel Mansell, Nelson Piquet e Berger avevano vinto una gara), è stata considerata una vittoria fortunata per il belga in quanto era stato ultimo in una tappa e ha fatto un giro completo di 360 °, anche se per fortuna è riuscito a tenere la sua auto lontano dalle pareti. Riuscì a catturare e superare Patrese che soffriva di un sottofondo sciolto e prese il comando a 3 giri dalla fine quando il motore Honda V10 di Senna &lt;a href="McLaren%20MP4/5"&gt;McLaren MP4/5&lt;/a&gt; sequestrato. Altri tre podi sono arrivati prima che Boutsen completasse l'anno con una seconda vittoria al Gran Premio d'Australia bagnato dalla pioggia. Ironia della sorte Boutsen era stato uno dei piloti che protestavano per le condizioni del circuito prima della gara.