Durante la Seconda Guerra Mondiale, Ford fu capo dell'unità fotografica dell'Ufficio dei Servizi Strategici e realizzò documentari per il Dipartimento della Marina. Fu nominato comandante nella riserva navale degli Stati Uniti. Ha vinto altri due Academy Awards durante questo periodo, uno per il semi-documentario "The Battle of Midway" (1942), e uno per il film propagandistico "" (1943). Ford ha filmato l'attacco giapponese a Midway.
dalla centrale elettrica di Sand Island e fu ferito al braccio.