Torrijos morì all'età di 52 anni quando il suo aereo, un DeHavilland Twin Otter (DHC-6), registrato come FAP-205 dell'Aeronautica Panamense, si schiantò a Cerro Marta, a Coclesito, vicino a Penonomé, Panama, il 31 luglio 1981. L'aereo è scomparso dai radar durante il bel tempo, ma a causa della limitata copertura radar di Panama in quel momento, l'aereo non è stato segnalato scomparso per quasi un giorno. Il luogo dell'incidente fu localizzato diversi giorni dopo, e il corpo di Torrijos fu recuperato da una squadra delle Forze Speciali nei primi giorni di agosto. Quattro assistenti e due piloti sono morti nell'incidente. La sua morte ha causato un lutto nazionale in tutto il paese, specialmente nelle aree povere. Dopo un grande funerale di Stato, il corpo di Torrijos fu brevemente sepolto in un cimitero di Casco Viejo (la Città Vecchia di Panama), prima di essere spostato in un mausoleo nell'ex Zona del Canale a Fort Amador
Vicino a Panama City. Gli succedette come comandante della Guardia Nazionale e leader "de facto" di Panama Florencio Flores ("de jure" era un leader militare, tuttavia "de facto" non esercitò mai il potere come tale), che in seguito lasciò il posto a Rubén Darío Paredes. Il luogo in cui l'aereo si è schiantato è ora un parco nazionale e la sua casa a Coclesito è ora un museo.