Dopo le elezioni del 1986, Sadiq formò un governo di coalizione che comprendeva il Partito Umma (che guidò); il Fronte Nazionale Islamico (guidato da suo cognato, Hassan Al-Turabi); il Partito Unionista Democratico (guidato da Mohammed Uthman al-Mirghani al-Khatim); e quattro piccoli partiti del Sud. Tuttavia, questa coalizione si è rivelata instabile, impedendo a Sadiq di mantenere le sue promesse di porre fine alla seconda guerra civile sudanese e risolvere la crisi economica in corso. Il 30 giugno 1989 il suo governo è stato rovesciato in un colpo di stato.
guidati dal brigadiere Omar al-Bashir. La carica di Primo Ministro del Sudan fu quindi abolita.