Lefferts ha aiutato i Padres a vincere la National League nel 1984.
e i Giants vincono il titolo della National League West nel 1987 e il pennant della National League nel 1989. Nell'inverno del 1985 fu offerto ai New York Mets in cambio dell'outfielder Lenny Dykstra, ma il general manager dei Mets Frank Cashen declinò l'offerta. Le 83 partite in cui ha lanciato nel 1986 non solo hanno guidato la National League, ma rimangono un record di singola stagione dei Padres.