Nel XIII e nel XIV secolo, la Macedonia fu contesa dall'Impero bizantino, dal Despotato dell'Epiro, dai governanti della Tessaglia e dall'Impero bulgaro, ma il frequente spostamento dei confini non portò a grandi cambiamenti di popolazione. Nel 1338, fu conquistata dall'Impero serbo, ma dopo la battaglia di Maritsa
Nel 1371 la maggior parte dei signori serbi della Macedonia riconobbe la sovranità ottomana. Dopo la conquista di Skopje da parte dei turchi ottomani nel 1392, la maggior parte della Macedonia fu formalmente incorporata nell'Impero ottomano.