Nasce a Kilkea, nella contea di Kildare, in Irlanda, Shackleton e la sua famiglia anglo-irlandese si trasferiscono a Sydenham, nella periferia sud di Londra, quando ha dieci anni. La prima esperienza di Shackleton nelle regioni polari fu come terzo ufficiale della spedizione "Discovery" del capitano Robert Falcon Scott del 1901-1904, da cui fu rimandato a casa in anticipo per motivi di salute, dopo che lui e i suoi compagni Scott ed Edward Adrian Wilson avevano stabilito un nuovo record meridionale marciando a latitudine 82 ° S. Durante la spedizione "Nimrod"
Nel 1907-1909, lui e tre compagni stabilì un nuovo record di latitudine più a sud a 88°S, a soli 97 miglia geografiche (112 miglia statutarie o 180 chilometri) dal Polo Sud, il più grande avanzamento verso il polo nella storia dell'esplorazione. Inoltre, membri della sua squadra hanno scalato il Monte Erebus, il vulcano antartico più attivo. Per questi risultati, Shackleton fu nominato cavaliere dal re Edoardo VII al suo ritorno a casa.