Quando l'unico figlio di Vladislas, Luigi, fu ucciso nella battaglia di Mohács nel 1526 ponendo fine al dominio della dinastia dei Jaghielloni in Boemia, una convenzione di nobili boemi eletto suo cognato, l'arciduca asburghese Ferdinando I d'Austria, come nuovo re delle terre della corona boema. Insieme all'arciducato d'Austria e al regno ungherese, formarono la monarchia asburgica, che nei secoli successivi crebbe dal Sacro Romano Impero in una potenza europea separata. I tentativi dei possedimenti della Riforma protestante boema di costituire una confederazione autonoma furono vanificati nella battaglia di White Mountain del 1620
, dopo di che l'amministrazione fu centralizzata a Vienna. Inoltre, i sovrani asburgici persero la Lusatia per l'elettorato di Sassonia dopo la guerra dei trenta anni nel 1635 nella pace di Praga, e anche la maggior parte della Slesia con Kladsko al Regno di Prussia dopo la prima guerra slesiana nel trattato di Breslavia del 1742.