Nel dicembre del 1944, mentre le forze filippine e americane continuavano ad avanzare per liberare le Filippine dalle forze giapponesi, il governo della Seconda Repubblica filippina, che includeva Aquino, fu trasferito a Baguio. Successivamente, venne trasportato in Giappone dove, insieme ad altri funzionari, i suoi membri furono arrestati e imprigionati nella prigione di Sugamo quando i giapponesi si arrestarono.
- No, no. Il 25 agosto 1946, Aquino fu riportato in aereo alle Filippine per il suo processo per accuse di tradimento da parte del Tribunale del Popolo; poche settimane dopo fu rilasciato su cauzione.