Fúnez è arrivato in ritardo sulla scena internazionale, dato che ha fatto il suo debutto per l'Honduras solo in una partita della Coppa delle Nazioni UNCAF del maggio 1991 contro il Panama e ha ottenuto un totale di 28 presenze, senza segnare gol. Ha rappresentato il suo paese in 4 partite di qualificazione per la Coppa del Mondo FIFA e ha giocato alla Coppa delle Nazioni UNCAF 1991 e 1993.
Nel 1991 ha vinto la Coppa d'Oro CONCACAF.