Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Il terribile terremoto che ha distrutto Lisbona
Il 1° novembre 1755 cambiò per sempre la produzione di Perez. L' Ópera do Tejo fu distrutta sei mesi dopo l'apertura e la corte si ritirò dai teatri. Nessuna opera venne prodotta per i sette anni successivi, e successivamente solo in modo meno spettacolare. Negli ultimi 23 anni della sua vita, Perez scrisse solo tre nuove opere. Invece ha composto una grande quantità di musica religiosa, che copre quasi tutti i rituali e le pratiche delle due principali cappelle musicali di Lisbona, la Reale e il Seminário da Patriarcal. Non lasciò mai il Portogallo, così che il suo riconoscimento internazionale declinò lentamente. Tuttavia, Gerber ha osservato che dal 1766 le composizioni di Perez erano conosciute e richieste in Germania e che nel 1790 era "uno dei compositori più celebri e amati tra i maestri italiani... uno degli ultimi compositori che manteneva il rigore del contrappunto". J. C. Krause ha nominato Hasse, Perez e Paisiello come modelli soddisfacenti. Nel 1774 Perez divenne per acclamazione un membro dell'Accademia di musica antica di Londra, ed ebbe l'unico pezzo stampato in vita sua, il "Mattutino de' Morti" (il suo terzo set dell'Ufficio dei morti), pubblicato lì da Bremner. La sua musica, soprattutto quella religiosa, fu ampiamente copiata in Italia. Durante gli ultimi quattro anni della sua vita Perez soffrì di una malattia cronica, alla fine perse la vista, ma continuò a comporre. Nel 1778 la sua allieva, ora regina Maria I del Portogallo, lo nominò Cavaliere dell'Ordine di Cristo; quando morì a Lisbona, ordinò un funerale elaborato a spese della Corona.