Nel 1861-62 Kimberly servì a bordo della fregata nella West Gulf Blockading Squadron, prendendo parte alle operazioni sul fiume Mississippi a Port Hudson, Grand Gulf
, e Vicksburg, e ricevette la promozione a tenente comandante il 16 luglio 1862. Nel 1863-1864 servì come ufficiale esecutivo della sloop a vapore, vedendo l'azione nella battaglia di Mobile Bay, dopo di che fu calorosamente elogiato per il suo servizio galante ed efficiente. Dopo la guerra, entrò nell'Ordine Militare della Leale Legione degli Stati Uniti.