Scrivi una continuazione per questo paragrafo - La guerra è finita
Nel maggio del 1945 i due terzi occidentali della Germania furono divisi in quattro zone di occupazione militare. La Baviera era occupata dall'esercito degli Stati Uniti. Nel 1946 Johannes Müller affrontò una sorta di processo dinanzi al commissario bavarese per le persecuzioni razziali, religiose e politiche. A causa del suo "Eulogising of Hitler in speech and writing" ("Verherrlichung von Hitler in Wort und Schrift") Müller, ora più di 80 anni, fu "condannato" come un grave criminale di guerra ("Hauptschuldiger"). Il verdetto fu controverso perché Müller non era mai stato un membro del partito nazista e non era stato coinvolto militarmente, il che sembrava significare che non vi era alcuna base legale per la condanna. Una richiesta correlata per la confisca di Schloss Elmau fallì, inizialmente perché Elsa, contessa di Waldersee, che era ancora proprietaria parziale, si rifiutò di vendere la sua quota. Müller rifiutò di difendersi davanti al commissario, ma l'espropriazione permanente di Schloss Elmau non fu portata a termine. Müller accettò apertamente di essersi sbagliato nella sua valutazione di Hitler e si allontanò dal nazionalsocialismo, ma in altri aspetti rimase fedele al suo "insegnamento".