Nel dicembre 2001, un complotto per bombardare ambasciate e altre infrastrutture a Singapore è stato scoperto e ben 36 membri del gruppo Jemaah Islamiyah sono stati arrestati ai sensi della legge sulla sicurezza interna. Sono state adottate importanti misure antiterrorismo per rilevare e prevenire potenziali atti terroristici e per ridurre al minimo i danni in caso di loro verificarsi. Più enfasi è stata posta sulla promozione dell'integrazione sociale e della fiducia tra le diverse comunità. Ci sono anche crescenti riforme nel sistema educativo. L'istruzione primaria è stata resa obbligatoria nel 2003. Nel 2004, il vice primo ministro di Singapore Lee Hsien Loong, il figlio maggiore di Lee Kuan Yew Tong, ha preso il posto del casinò in carica Chok Goh e è diventato il terzo primo ministro di Singapore.
Gruppo Jemaah Islamiyah