Completa la seguente frase: Il 13 luglio 2011, è stato annunciato che Jonathan avrebbe lasciato il Santos per allenarsi con il gigante della Serie A Inter Milan, in attesa della finalizzazione del trasferimento. Due giorni dopo, il 15 luglio, è diventato ufficialmente un giocatore dell'Inter, firmando un contratto di quattro anni. Jonathan ha fatto il suo debutto all' Inter l' 11 settembre 2011 nella seconda settimana di
2011-12 Serie A, giocando tutti i 90 minuti in una sconfitta di 4-3 contro il Palermo. Tre giorni dopo, Jonathan ha fatto il suo debutto in Champions League, giocando l'intera partita nella prima giornata contro il Trabzonspor turco in una sconfitta di 0 a 1 al San Siro.