Nella primavera del 1940, la Germania nazista sotto Hitler invase la Norvegia, la Danimarca, i Paesi Bassi, il Belgio e la Francia. Nel frattempo, nel settembre di quell'anno, il Giappone imperiale invase e conquistò l'Indocina francese combattendo contemporaneamente la Cina durante la seconda guerra sino-giapponese. C'era una crescente preoccupazione in Alaska per la mancanza di difesa militare, in quanto era vulnerabile all'invasione dell'Asse. Gruening aveva spinto per le strutture di difesa in Alaska sin dalla sua nomina a governatore, e a causa delle recenti azioni della Germania e del Giappone, il Congresso ha designato fondi per costruire forti militari e aeroporti nel territorio. Nel 1941, c'erano 3.000 soldati delle forze armate statunitensi dislocati in Alaska. Con l'attacco a Pearl Harbor, Gruening si preparò per l'Alaska. Furono fatti piani per i black-out e per le forze di difesa civile il cui primo incarico era quello di "proteggere 24 ore su 24 le stazioni radio, le centrali telefoniche, i serbatoi di petrolio, i servizi pubblici e le banchine, e di essere vigili contro eventuali sabotaggi". Le forze armate espansero le loro operazioni in Alaska, spostandosi lentamente verso la catena delle Aleutine, la via più accessibile dall'Asia. I giapponesi raggiunsero l'Alaska nel giugno del 1942, bombardando
Dutch Harbor e sbarco sulle isole di Attu e Kiska, le uniche località continentali degli Stati Uniti catturate durante la seconda guerra mondiale.