Completare la seguente frase: Due canzoni che erano state incluse nell'album originale <unk> la tradizionale canzone folk di Liverpool "Maggie Mae" e il pezzo improvvisato "Dig It" <unk> sono state eliminate, in quanto "erano buone per un album di colonna sonora [...] ma non si adattavano comodamente al concetto di un album diretto", secondo il remixer dell'album Allan Rouse. "Don't Let Me Down" di Lennon fu aggiunto all'ordine di esecuzione, anche se "Naked" presenta un'edizione composita delle due versioni del
Il concerto sul tetto, piuttosto che il lato B del singolo "Get Back". "I've Got a Feeling" è stato anche presentato in una nuova edizione composita delle sue due riprese da concerto sul tetto. Su "The Long and Winding Road", i produttori di "Naked" hanno usato l'ultima ripresa, registrata cinque giorni dopo la dura ripresa che Spector aveva selezionato per l'album originale.