Greer fu promosso tenente comandante e prestò servizio dal 1862 al 1863, e fu poi assegnato al contrammiraglio David Dixon Porter della Mississippi Squadron. Mentre era al comando delle corazzate, partecipò alla campagna di Vicksburg e al bombardamento di Grand Gulf.
come pure la fallita spedizione dell'Unione sul fiume Rosso all'inizio del 1864.