Nel 1989, Janša è stato coinvolto nella fondazione di uno dei primi partiti di opposizione in Slovenia, l'Unione Democratica Slovena (SDZ) e ne è diventato il primo vicepresidente, e successivamente presidente del Consiglio del Partito. Dopo le prime elezioni libere del maggio 1990 è diventato ministro della Difesa nel governo di Lojze Peterle, posizione che ha ricoperto durante la guerra di indipendenza slovena.
nel giugno e nel luglio 1991. Insieme al ministro degli Interni Igor Bavčar, Janša fu il principale organizzatore della strategia slovena contro l'Esercito popolare jugoslavo.