Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Nel 1846, fu assegnato alla USS "Mississippi", nave ammiraglia dello Squadrone delle Indie Occidentali che serviva sotto il Commodoro Matthew C. Perry. Durante la guerra messicano-americana, prese parte a spedizioni contro Alvarado, Tampico, Pánuco e Laguna de Términos, tutte riuscite a rafforzare il controllo americano della costa messicana e ad interrompere le operazioni di commercio e di approvvigionamento militare lungo la costa. La nave tornò a Norfolk per le riparazioni il 1o gennaio 1847, dove Anderson fu promosso tenente. Il Mississippi tornò poi alla battaglia, arrivando a Veracruz il 21 marzo 1847, portando Perry a prendere il comando della flotta americana. Immediatamente lei e i suoi uomini si gettarono in operazioni anfibe contro Veracruz
, fornendo armi e equipaggi da portare a terra per la batteria che ha combattuto la città per arrendersi in quattro giorni. Durante il resto della guerra, il Mississippi contribuì con armi, uomini e imbarcazioni a una serie di incursioni costiere sulla costa orientale del Messico, partecipando alla cattura di Tabasco nel giugno 1847.