All'alba del 3 giugno, ha lanciato nove B5N, scortati da sei Zero, per attaccare Dutch Harbor.
sull'isola di Unalaska. Un B5N si schiantò al decollo, ma sei dei B5N e tutti gli Zero riuscirono a sopravvivere al maltempo, distruggendo due PBY e infliggendo danni significativi ai serbatoi di stoccaggio del petrolio e alle caserme. Un secondo attacco aereo è stato lanciato più tardi nel corso della giornata per attaccare un gruppo di cacciatorpediniere scoperti dagli aerei del primo attacco, ma non sono riusciti a trovare gli obiettivi. Uno Zero di "Ryūjō" del secondo attacco fu danneggiato da un Curtiss P-40 e si schiantò sull'isola di Akutan. L'aereo, in seguito soprannominato Akutan Zero, rimase in gran parte intatto e fu in seguito recuperato e testato. Il giorno seguente, le due portaerei lanciarono un altro attacco aereo, composto da 15 Zero, 11 D3A e 6 B5N, che bombardarono con successo Dutch Harbor. Poco dopo il lancio degli aerei, gli americani attaccarono le portaerei, ma non riuscirono a infliggere alcun danno. Un bombardiere Martin B-26 Marauder e un PBY sono stati abbattuti da Zero, e un bombardiere Boeing B-17 Flying Fortress è stato abbattuto da anfibi durante l'attacco.