Dopo l'attacco giapponese a Pearl Harbor e l'ingresso degli Stati Uniti nella seconda guerra mondiale, Foster fu richiamato al servizio attivo con il grado di comandante nella riserva navale e fu incaricato direttamente dal presidente Franklin D. Roosevelt di condurre ispezioni navali speciali. Una delle sue prime missioni fu quella di condurre indagini nella zona del Canale di Panama.
A seguito di una serie di lamentele da parte del tenente generale dell'esercito Daniel Van Voorhis, comandante del Comando di Difesa dei Caraibi sulla cooperazione esercito-marina.