Nel mese di agosto del 1945, il governo giapponese ignorò le richieste di resa come specificato nella Dichiarazione di Potsdam. Con l'appoggio della maggior parte dei suoi collaboratori, Truman approvò il programma dei piani militari per sganciare bombe atomiche sulle città giapponesi di Hiroshima e Nagasaki. Hiroshima fu bombardata il 6 agosto e Nagasaki tre giorni dopo, lasciando circa 135.000 morti; altri 130.000 morirono per malattia da radiazioni e altre malattie legate alle bombe nei cinque anni successivi. Il Giappone ha accettato di arrendersi.
il 10 agosto, con la sola condizione che l'imperatore Hirohito non fosse costretto ad abdicare; dopo qualche dibattito interno, l'amministrazione Truman accettò questi termini di resa.