Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Czisny è arrivato terzo al 2008 Skate Canada International nella serie Grand Prix 2008-09 dietro Joannie Rochette e Fumie Suguri. Ai campionati statunitensi 2009
Ha vinto il programma corto con oltre cinque punti. Finì terza nel programma lungo, ma vinse la medaglia d'oro grazie al suo vantaggio sul corto. Czisny ha vinto il suo primo titolo nazionale, davanti a Rachael Flatt e Caroline Zhang. Si guadagnò il suo secondo viaggio ai Quattro Continenti e ai Campionati del Mondo, in cui terminò rispettivamente nono e undicesimo.