Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Khoury è anche noto per le sue ampie indagini sulle polemiche anti-islamiche bizantine. La sua edizione dei dialoghi dell'imperatore bizantino Manuel II Palaiologos con un "persico istruito" ha attirato l'attenzione di tutti quando è stata citata in un discorso del 2006
di Papa Benedetto XVI che ha scatenato una controversia mondiale.