Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Emory servì come comandante di brigata nell'esercito del Potomac nel 1862, e fu trasferito al teatro occidentale. Fu promosso brigadiere generale dei volontari il 17 marzo 1862. In seguito comandò una divisione nella campagna di Port Hudson. Successivamente tornò in Oriente come comandante del XIX Corpo, servendo in tutte le principali battaglie della campagna della valle di Shenandoah del 1864.
, specialmente nella battaglia di Cedar Creek, dove le azioni di Emory aiutarono a salvare l'esercito dell'Unione da una sconfitta devastante fino all'arrivo del maggiore generale Philip Sheridan.