Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Nel 1365<unk>66 e 1384<unk>85 la città servì da rifugio per il vescovo di Costanza quando fu espulso dalla Costanza. Prima del 1324 e tra il 1371 e il 1386 la città fu messa in pegno a proprietari esterni come garanzia per un prestito. Dal 1359 al 1403 il castello fu di proprietà dei locali. Nel 1374 furono esentati dalla tassa di guerra. Il dominio episcopale fu indebolito dal passaggio della sovranità dagli Asburgo alla Contea di Baden nel 1415. A causa della sua posizione sul confine religioso, Kaiserstuhl rappresentava un'importante testa di ponte per le regioni cattoliche. Sia nella prima guerra di Villmergen, nel 1655/56, che nella guerra di Toggenburg
(o Seconda guerra di Villmergen), nel 1712, il villaggio fu occupato da Zurigo. Durante i conflitti religiosi, il traffico verso Kaiserstuhl fu costretto invece a attraversare il Reno nelle aree controllate da Zurigo. Poiché la città non aveva il diritto di tassare il traffico navale sul Reno, questa perdita di traffico terrestre costò alla città la maggior parte delle sue entrate doganali. Tuttavia, la città rimase prospera grazie alla viticoltura e all'allevamento di animali, attraverso il credito e le banche e attraverso il servizio estero. La prosperità si riflette nelle case maestose costruite in quest'epoca. (Gasthaus zur Krone nel 1550, sala amministrativa del monastero di San Biagio nel 1563 e nel 1612, e la "Marschallhaus" nel 1764). Gli edifici che hanno permesso a Kaiserstuhl di funzionare come centro regionale erano sulla riva destra del Reno e sono stati persi nel 1798 con la creazione del Cantone di Baden. Dopo la distruzione del ponte da parte dei francesi nel 1799, il traffico di frontiera attraverso Kaiserstuhl cessò per quasi due decenni.