Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Il 15 agosto 1945, il Giappone ha capitolato
alle forze alleate. Due giorni dopo, fu proclamata la proclamazione dell'indipendenza dell'Indonesia. Maluku fu dichiarata come una delle province della Repubblica d'Indonesia. Tuttavia, la formazione e la posizione di Maluku a quel tempo furono costrette a svolgersi a Giacarta, perché non appena i giapponesi si arrese, l'Amministrazione Civile delle Indie Olandesi (NICA) entrò immediatamente a Maluku per assumere il controllo. Gli olandesi controllarono Maluku fino al 1949, quando negli accordi della Conferenza della Tavola Rotonda olandese-indonesiana, gli olandesi riconoscevano la sovranità dell'Indonesia. Gli olandesi lasciarono presto Maluku. A causa di una profonda sfiducia nei confronti della leadership indonesiana, che era prevalentemente musulmana giavanese, nel 1951 fu proclamata a Ambon una Repubblica indipendente delle Molucche meridionali (Indonesiano: RMS, Republik Maluku Selatan), sostenuta dagli olandesi. L'RMS aveva un forte sostegno tra gli ex soldati coloniali delle Molucche. Di conseguenza, le forze indonesiane invasero Maluku per schiacciare i separatisti. La principale roccaforte del gruppo ribelle RMS su Ambon fu sconfitta dalle forze indonesiane nel novembre 1950, mentre una lotta di guerriglia su scala più piccola continuò sull'isola di Seram fino al 1962. La sconfitta su Ambon ha tuttavia portato alla fuga del governo RMS auto-dichiarato dalle isole e alla formazione di un governo in esilio nei Paesi Bassi. L'anno successivo circa 12.000 soldati moluccani, accompagnati dalle loro famiglie, andarono nei Paesi Bassi, dove istituirono un governo in esilio della "Repubblica delle Molucche meridionali".