Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Nel 1991, Barghouti era un delegato alla Conferenza di Madrid
, che si è svolta con l'obiettivo di porre fine al conflitto israelo-palestinese e alla prima intifada. Nel 1996, si è candidato senza successo come candidato per un seggio legislativo nelle prime elezioni dell'Autorità palestinese. Nel 2002 Barghouti lasciò il Partito popolare palestinese. Nel giugno 2002, Barghouti, Haidar Abdel-Shafi, Ibrahim Dakkak e Edward Said fondarono la Palestinian National Initiative ("al-Mubadara al-Wataniyya al-Filistiniyya"), un tentativo di costruire un'alternativa riformista e inclusiva sia all'Organizzazione per la liberazione della Palestina sia ai gruppi militanti islamici come Hamas. Barghouti è attualmente segretario generale dell'iniziativa.