Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Cooper fu riconfermato come tenente colonnello del 4th Kentucky Cavalry il 26 marzo 1863 e ne divenne colonnello ad aprile; in seguito alle dimissioni del colonnello Bayles. Il 4 giugno 1863, Cooper fu ferito quando un cavallo cadde su di lui a Franklin, Tennessee. Comandò il reggimento nella battaglia di Chickamauga nel settembre 1864. Cooper tornò a Lexington, Kentucky nel 1864 per congedo di malattia. Poi Cooper ha guidato le forze locali contro i predoni di John Hunt Morgan. Rifiutò le richieste di Morgan per la resa di Lexington il 9 giugno 1864 e respinse le sue truppe. Nell'aprile del 1865 comandò il posto di Montgomery, in Alabama e nel maggio e luglio del 1865 il posto di Albany, in Georgia. Venne onorato il 21 agosto 1865 a Macon, in Georgia. Ricevette onorificenze di battaglia per il suo servizio a Shiloh, Corinth, Richmond, Chickamauga, l'incursione di Morgan nel Kentucky, la battaglia di Resaca e per l'incursione di Wilson su Montgomery. Fu promosso tenente colonnello e colonnello nell'esercito regolare il 2 marzo 1867, per i servizi galanti e meritori alla battaglia di Resaca
in Georgia e nella cattura di Montgomery, in Alabama.