Beckett ha fatto il suo debutto in post-stagione nella partita di apertura della serie divisionale della National League (NL) del 2003, dove ha permesso solo un punto in sette inning contro i San Francisco Giants, ma ha raccolto la sconfitta quando Jason Schmidt ha lanciato un completo game shutout. Tuttavia, i Marlins tornarono a vincere la serie in quattro partite. La sua prossima partenza, nella prima partita della NL Championship Series del 2003 contro i Chicago Cubs, non andò bene poiché permise quattro punti nel primo inning, due di essi su un fuoricampo di Moisés Alou e sei punti nel suo inning. I Marlins si sono ribellati e hanno vinto la partita in extra inning. I Cubs hanno vinto le prossime tre partite e avevano bisogno solo di un'altra vittoria per conquistare la serie quando Beckett è tornato sul monte nella quinta partita. Ha permesso solo a tre Cubs di raggiungere la base nella partita, su due singoli e una passeggiata, nel completo shutout della partita per mantenere in vita la sua squadra. Anche i Marlins hanno vinto la sesta partita, grazie anche all'infame incidente di Steve Bartman.
- No, no. Nella settima partita, dopo due giorni di riposo, Beckett uscì dal bullpen per lanciare quattro inning e i Marlins vinsero 9 a 6 per conquistare il campionato della National League.