Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Dopo aver terminato le riparazioni, "Fanshaw Bay" continuò ad agire come ammiraglia della Divisione portaerei 25, ora sotto il comando del contrammiraglio Clifton A. F. Sprague. Dopo aver lasciato Pearl Harbor, arrivò all'isola di Manus, delle Isole dell'Ammiragliato. "Fanshaw Bay", insieme ad altre cinque portaerei di scorta e un gruppo di otto cacciatorpediniere di scorta, fu assegnato al gruppo di lavoro 77.1, che avrebbe sostenuto gli sbarchi
su Morotai. In particolare, il suo contingente di aerei era stato scambiato e ora ospitava il Composite Squadron 66 (VC-66). Partì da Manus il 10 settembre e iniziò le operazioni di supporto aereo il 15 settembre. Il 17 settembre, due Vendicatori, uno di "Fanshaw Bay", si scontrarono mentre si muovevano in formazione in una pattuglia antisommergibile. Dei sei uomini coinvolti, solo un sopravvissuto fu recuperato dal cacciatore di sottomarini. Il 19 settembre, Fanshaw Bay perse un altro aereo, con uno dei suoi Wildcats, che si tuffava su uno Zero, scomparso ed esploso al contatto con l'acqua. La portaerei continuò a sanguinare gli aerei, con altri due caccia e un bombardiere siluro che si schiantarono il 27 settembre.