Promosso contrammiraglio a giugno, Sprague comandò la Divisione portaerei 22, che coprì l'assalto a Guam da luglio ad agosto e Morotai
nel mese di settembre. Al comando del Task Group 77.4 e della Task Unit 77.4.1 ("Taffy 1") durante la battaglia del Golfo di Leyte dal 24 al 25 ottobre, Sprague comandò brevemente le portaerei di addestramento del Pacifico sotto la Carrier Division 11, prima di guidare la Carrier Division 3 al largo di Okinawa da aprile a giugno 1945. Ha comandato la Task Force 38.1 durante le ultime operazioni aeree contro il Giappone alla fine della guerra.