Con la nazionale di calcio del Brasile, Júnior ha ottenuto diciannove internazionali tra il 1996 e il 2004, segnando un gol, che è venuto contro il Costa Rica nella campagna vittoriosa della nazione nella Coppa del Mondo FIFA 2002. In precedenza era anche membro della squadra brasiliana che ha partecipato alla CONCACAF Gold Cup del 1998.
e la Coppa America del 2001.