Durante la guerra di secessione americana, fu nominato tenente colonnello della 18a fanteria volontaria del Wisconsin sotto il colonnello James S. Alban. Il 18th Wisconsin fu organizzato nel febbraio 1862, proseguì verso il Tennessee nel marzo, e fu gettato in battaglia a Shiloh
un giorno dopo il loro arrivo. Beall fu ferito in battaglia e la sua gamba fu amputata sotto il ginocchio. Il colonnello Alban è stato ucciso, insieme al terzo in comando del reggimento, il maggiore Josiah W. Crane. Dopo essersi ripreso, Beall servì come secondo in comando di un campo di prigionieri di guerra a Elmira, New York, dove i prigionieri lo soprannominarono "vecchia gamba di pietra" e lo accusarono di un modello di crudeltà e abusi ripetuti.