Nel febbraio 2005, il ministro della Difesa Shaul Mofaz ha deciso di non prolungare il servizio di Ya'alon come capo dello staff per un altro anno. Questo segnò il culmine delle tensioni tra Mofaz e Ya'alon, che erano sorte in parte per l'obiezione di Ya'alon al piano di disimpegno di Gaza.
- No, no. Il 1° giugno 2005, Ya'alon si ritirò dall'esercito e Dan Halutz, suo successore come capo di stato maggiore, supervisionò il disimpegno.