Un attaccante di sinistra, Flores ha fatto il suo debutto per l'Honduras alla fine degli anni '80 e ha vinto un totale di 42 presenze, segnando 6 gol. Ha rappresentato il suo paese in 12 partite di qualificazione per la Coppa del Mondo FIFA e ha giocato alla Coppa delle Nazioni UNCAF del 1993.
così come alle Coppe d'Oro CONCACAF 1991 e 1993.