Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Il 29 settembre 1938, Thomas fu richiamato al servizio attivo, e si unì all'equipaggio della corazzata. Il 13 agosto 1939 entrò nell'incrociatore, dove stava servendo quando scoppiò la seconda guerra mondiale. Fu promosso comandante il 27 giugno 1940. Dopo essere stata affondata dagli italiani nel raid sulla baia di Souda
, è stato assegnato alla HMS "Nile", l'istituzione di terra della Royal Navy in Egitto, e ha servito nello staff del comandante in capo della flotta mediterranea. Sposò per la seconda volta il 10 settembre 1941, con Mary Fedora Douglas-Watson, pianista e compositrice. Era la vedova di un collega ufficiale navale, il comandante Francis Douglas-Watson, e la figlia dell'ex senatore australiano Anthony St Ledger.