Inizialmente, il tempio fu fondato come centro di meditazione, dopo che Maechi Chandra e il monaco appena ordinato Luang Por Dhammajayo non potevano più ospitare il numero crescente di partecipanti alle attività a Wat Paknam Bhasicharoen. Il centro divenne un tempio ufficiale nel 1977. Il tempio è cresciuto in modo esponenziale durante gli anni '80, quando i programmi del tempio sono diventati ampiamente noti tra la classe media urbana. Wat Phra Dhammakaya ampliò la sua area e iniziò la costruzione di un enorme "stupa" (pagoda). Durante il periodo della crisi finanziaria asiatica del 1997, il tempio fu oggetto di ampie critiche per i suoi metodi di raccolta fondi e insegnamenti, poiché Luang Por Dhammajayo fu accusato di appropriazione indebita e rimosso dal suo ufficio di abate. Nel 2006, le accuse furono ritirate e fu ristabilito come abate. Il tempio crebbe ulteriormente e divenne noto per i suoi numerosi progetti in materia di istruzione, promozione dell'etica e borse di studio. Il tempio è stato anche accettato come parte della corrente dominante Thai Sangha (comunità monastica). Durante la giunta militare del 2014
, l'abate e il tempio sono stati messi di nuovo sotto controllo e Luang Por Dhammajayo è stato accusato di aver ricevuto denaro rubato da un sostenitore e di riciclaggio di denaro. Il tempio è stato indicato come l'unica organizzazione influente in Thailandia che deve ancora essere sottomessa dalla giunta al potere, che ha chiuso la maggior parte dell'opposizione da quando ha preso il potere. I processi giudiziari contro l'abate e il tempio dagli anni '90 hanno portato a molti dibattiti sulle procedure e sul ruolo dello stato nei confronti della religione, un dibattito che si è intensificato durante il blocco del tempio da parte della giunta nel 2017. A partire dal 2017, il luogo di Luang Por Dhammajayo era ancora sconosciuto e nel 2018, Phrakhru Sangharak Rangsarit è stato designato come abate ufficiale.