Guarnieri ha iniziato la sua carriera giovanile con Codogna, e ha fatto il suo debutto professionistico per Como nel 1957, giocando anche per Internazionale, Bologna, Napoli, e terminando la sua carriera con Cremonese 1973. Ha giocato principalmente per la squadra dell'Inter di Milano, conosciuta come La Grande Inter sotto il manager Helenio Herrera, tra il 1958 e il 1967, tornando brevemente al club per fare 3 presenze durante la stagione 1969-70. Ha fatto parte delle vittorie della Coppa d'Europa dell'Inter nel 1964 e nel 1965, vincendo anche tre titoli di Serie A, due Coppe Intercontinentali nel 1964
e del 1965. Sebbene non sia stato in grado di vincere la Coppa Italia per tutta la sua carriera, ha raggiunto la finale durante la stagione 1964-65, perdendo di poco un triplo con l'Inter.