Le sequenze dei filamenti di DNA che compongono una struttura target sono progettate in modo computazionale, utilizzando software di modellazione molecolare e di modellazione termodinamica. Gli stessi acidi nucleici vengono poi sintetizzati utilizzando metodi di sintesi oligonucleotidica standard, di solito automatizzati in un sintetizzatore di oligonucleotidi, e filamenti di sequenze personalizzate sono commercialmente disponibili. I filamenti possono essere purificati denaturando l'elettroforesi in gel se necessario, e le concentrazioni precise determinate tramite uno qualsiasi dei diversi metodi di quantizzazione degli acidi nucleici utilizzando la spettroscopia di assorbimento ultravioletto. Le strutture target completamente formate possono essere verificate utilizzando l'elettroforesi in gel nativo, che fornisce informazioni su dimensione e forma per i complessi di acidi nucleici.
se una struttura incorpora tutti i fili desiderati