Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Sotto le istruzioni di Madani, prese parte e divenne un leader nel movimento di indipendenza indiano. Dopo la spartizione dell'India nel 1947, Chowdhury sostenne lo sviluppo del nuovo Pakistan, lavorando a fianco della leadership dell'organizzazione Jamiat Ulema-e-Hind. Dopo che il Bangladesh ha dichiarato l'indipendenza
Nel 1971, ha tentato di prevenire episodi di violenza contro le persone da parte dell'esercito pakistano. Quando cinquanta dei suoi parenti a Ronokali furono accerchiati dall'esercito, Chowdhury fece appello ai soldati per risparmiarli. In un'altra occasione fu in grado di intervenire per salvare la vita di sette indù in circostanze simili. Chowdhury successivamente ha svolto un ruolo attivo nel movimento Khilafat del Bangladesh, lavorando sotto la guida di Hafezzi Huzur e presiedendo molte delle sue conferenze.