Come allenatore, Deschamps ha iniziato la sua carriera con il Monaco, e ha aiutato il club a vincere la Coppa della Ligue nel 2003, e ha raggiunto la finale della UEFA Champions League del 2004, essendo nominato Manager dell'anno della Ligue 1 nel 2004. Durante la stagione 2006-07, ha aiutato il suo ex club Juventus a vincere il titolo di Serie B e a tornare in Serie A dopo la loro retrocessione a causa del loro coinvolgimento nello scandalo Calciopoli del 2006 la stagione precedente. Successivamente ha gestito un altro dei suoi ex club, il Marsiglia, dove ha vinto il titolo di Ligue 1 durante la stagione 2009-10, oltre a tre titoli consecutivi di Coupe de la Ligue tra il 2010 e il 2012 e titoli consecutivi di Trophée des Champions nel 2010.
e 2011.