Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Dopo due stagioni abbastanza riuscite senza un'apparizione nei playoff, gli Astros erano i primi favoriti per vincere il pennant NL 2004. Hanno aggiunto il lanciatore Andy Pettitte ad un roster che includeva già standout come Lance Berkman e Jeff Kent, così come i veterani Bagwell e Biggio. Roger Clemens, che si era ritirato dopo la stagione con i New York Yankees, accettò di unirsi all'ex compagno di squadra Pettitte con gli Astros per il 2004. Il contratto di un anno includeva condizioni uniche, come l'opzione per Clemens di rimanere a casa a Houston in viaggi su strada selezionati quando non era programmato per lanciare. Nonostante le prime previsioni di successo, gli Astros hanno avuto un record mediocre di 44 su 44 durante la pausa All-Star. La mancanza di produzione di run e un pessimo record in partite serrate sono stati i principali problemi. Dopo essere stato fischiato all'All-Star Game del 2004 tenutosi a Houston, l'allenatore Jimy Williams è stato licenziato e sostituito da Phil Garner, una stella degli Astros del 1986, vincitori della divisione. Gli Astros hanno registrato un record di 46 a 26 nella seconda metà della stagione sotto Garner e si sono guadagnati il posto di wild card della NL. Gli Astros sconfissero i Braves 3 a 2 nelle Division Series, ma perderebbero la National League Championship Series
ai St. Louis Cardinals in sette partite. Clemens ha vinto il settimo Cy Young Award nel 2004. Inoltre, l'aggiunta a metà stagione di Carlos Beltrán in un trade con i Kansas City Royals ha aiutato enormemente gli Astros nella loro corsa ai playoff. Nonostante le voci di scambi di metà stagione, Beltrán si sarebbe dimostrato fondamentale per le speranze della squadra, colpendo otto fuoricampo nella post-stagione. Sebbene avesse affermato il desiderio di rimanere con gli Astros, Beltrán firmò un contratto a lungo termine con i New York Mets il 9 gennaio 2005.