Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Un convinto oppositore della risposta della cancelliera Angela Merkel alla crisi migratoria del 2010
Seehofer ha minacciato di presentare una denuncia formale alla Corte Costituzionale, con la storica alleanza CDU/CSU in pericolo di scissione e di correre l'una contro l'altra in tutta la Germania per la prima volta, ma nessuno dei due è accaduto. Egli è un sostenitore di un tetto federale sul numero di rifugiati che il governo tedesco deve accogliere. Dopo aver avuto un pessimo risultato storico nelle elezioni federali del 2017 con una campagna che è stata criticata per aver imitato l'Alternativa per la Germania, il partito ha ricevuto il suo peggior risultato dal 1949, e ha tentato senza successo di candidarsi per un terzo mandato come ministro presidente nel 2018, è stato sottoposto a pressioni dal suo partito per dimettersi e invece ha deciso di assumere l'ufficio di ministro degli Interni, della Costruzione e della Comunità (originariamente destinato a Joachim Herrmann) nel quarto governo di Merkel, al fine di modellare la politica migratoria secondo le sue opinioni. Nel luglio 2018, un dissenso di una settimana tra Seehofer e Merkel ha quasi fatto cadere il governo e ha nuovamente minacciato seriamente una scissione CDU/CSU, ma alla fine hanno trovato un compromesso.