Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Il 4 marzo 2017, Aubameyang ha superato 20 gol in Bundesliga per la seconda stagione consecutiva con due gol in una sconfitta di 6 a 2 contro il Bayer Leverkusen. Quattro giorni dopo, ha segnato un hat-trick in una vittoria di 4 a 0 contro il Benfica per portare il Dortmund ai quarti di finale della Champions League. Il 20 maggio, Aubameyang ha segnato due gol nella sconfitta dell'ultimo giorno del Borussia contro il Werder Bremen per concludere la stagione come miglior marcatore della Bundesliga con 31 gol. Nella finale
Il 27 maggio 2017 ha segnato il gol vincente, un penalty, mentre il Dortmund ha battuto l'Eintracht Frankfurt 2-1.