La guerra scoppiò nel settembre del 1939 e Möller si arruolò nell' esercito. Riprese le sue funzioni presso l' Associazione, anche se l' associazione sembra essere rimasta piuttosto inattiva fino al 1945.
- No, no. Quell'anno Nirrnheim morì un paio di giorni dopo il suo ottantesimo compleanno, e Möller tornò dalla guerra ad Amburgo, riprendendo i suoi compiti sia presso l'Associazione storica di Amburgo che come membro anziano del team di gestione degli archivi della città. Nel 1948 è stato nominato direttore (capo) della in successione a. Ha assunto l'incarico il 1 ° gennaio 1948, ma è stato poi mandato in congedo all'inizio di febbraio 1948, affrontando la prospettiva di licenziamento.