Completa la seguente frase: Il 15 febbraio 2006, Papa Benedetto XVI lo ha nominato Nunzio Apostolico in Egitto e Delegato alla Lega degli Stati arabi, il suo primo incarico diplomatico. Era uno dei pochi nunzi che non aveva frequentato la Pontificia Accademia Ecclesiastica. Secondo la BBC, "la decisione del pontefice di origine tedesca ha suscitato scalpore. Gli osservatori del Vaticano stanno cercando di capire se la mossa sia una retrocessione o un riconoscimento dei talenti speciali dell'arcivescovo". Fitzgerald ha detto: "Il mio background in studi arabi e islamici è probabilmente considerato utile in questo momento per lo sviluppo delle relazioni con l'Egitto e il resto del mondo islamico". Un corrispondente del Vaticano ha definito la nuova assegnazione di Fitzgerald "la peggiore decisione del Papa fino ad ora" e la sua assenza è stata notata dalla stampa quando Papa Benedetto ha offeso i musulmani con la sua
Conferenza di Regensburg nel settembre 2006. Il trasferimento di Fitzgerald si è rivelato parte della ristrutturazione dei dipartimenti curiali da parte di Benedetto per riorientare le discussioni interreligiose con i non cristiani unendo il ruolo di presidente del PCID a quello del Pontificio Consiglio per la Cultura, una ristrutturazione che Benedetto ha avviato nel marzo 2006 e invertito nel giugno 2007.