Nel luglio 1813, e motivato dalla sua vittoria sui federalisti, il generale Nariño iniziò un'intensa campagna militare contro le rimanenti forze spagnole e realiste nel sud, con l'intenzione di raggiungere Pasto e infine Quito. Le forze di Nariño, conosciute come l'Esercito del Sud, composte da 1500 a 2000 uomini, riuscirono a catturare Popayán nel gennaio 1814, ma furono completamente sconfitte a Pasto nel maggio 1814, e Nariño fu arrestato e poi inviato alla prigione reale di Cadice via Quito. I federalisti approfittarono di questo per attaccare Bogotà, il che permise al generale Simón Bolívar delle Province Unite di forzare i termini nel dicembre 1814. Verso la metà del 1815, però, Pablo Morillo arrivò con una numerosa forza spagnola e riportò la regione sotto il suo controllo.
al Ferdinando, da allora restaurato. La campagna di Morillo culminò con la cattura di Santafé il 6 maggio 1816.