Ha giocato più di 100 volte per il Brasile, Taffarel ha aiutato la squadra nazionale a vincere la Coppa del Mondo del 1994, partecipando anche ad altri otto tornei internazionali importanti nel corso di un decennio intero, in particolare aiutando il Brasile a un secondo posto nella Coppa del Mondo del 1998 e due titoli di Copa América nel 1989.
Ha anche vinto una medaglia d'argento ai Giochi olimpici estivi del 1988.