Nel 1863, il nuovo reggimento combatté nella battaglia di Grand Gulf.
, la battaglia di Champion Hill, la battaglia del Big Black River Bridge e l'assedio di Vicksburg, dove il reggimento fu catturato come parte di una resa confederata. Gli uomini del reggimento subirono poi uno scambio di prigionieri e riunirono l'esercito confederato, ancora sotto la designazione del 1 ° e 4 ° Reggimento di fanteria del Missouri (Consolidato). Nel 1864, il reggimento fu coinvolto nella battaglia di New Hope Church, nella battaglia di Kennesaw Mountain, nell'assedio di Atlanta, nella battaglia di Allatoona e nella battaglia di Franklin. Il 9 maggio 1865, verso la fine della guerra, il 1 ° e il 4 ° Missouri Infantry (Consolidato) si arrese nella battaglia di Fort Blakely, ponendo fine all'esistenza dell'unità.