Quando la guerra civile iniziò nel 1861 Corput si unì all'esercito degli Stati Confederati. Fu nominato terzo tenente (1861) nella batteria "Cherokee Artillery"; un'unità reclutata dalle contee di Floyd e Cherokee. Anche diversi suoi parenti si unirono all'unità, suo fratello Felix fu il Sergente Quartermaster. L'unità si arrese durante l'assedio di Vicksburg, ma tornò rapidamente sul campo dopo. Nel 1864 Corput era stato promosso capitano e comandava la batteria. Alla battaglia di Resaca
I suoi quattro Napoleoni da 12 libbre sono stati catturati. Corput stesso divenne prigioniero di guerra il 12 aprile 1865 a Salisbury, Carolina del Nord. E' stato tenuto prigioniero a Camp Chase, in Ohio, fino a quando non e' stato rilasciato in condizionale in ottobre.