La storia è ambientata nell'anno 3394, mille anni dopo che l'umanità fugge dalla Terra dopo essere stata distrutta da una razza di alieni mutaforma <unk> i Gauna (奇居子 ((ガウナ))), a bordo di centinaia di enormi navi spaziali create dai resti del pianeta. Una di queste navi è la Sidonia, che ha sviluppato la propria cultura umana strettamente basata su quella del Giappone dove la clonazione umana, la riproduzione asessuata e l'ingegneria genetica umana, come la concessione di fotosintesi agli esseri umani, sono comuni. È anche rivelato che ai vertici di questa società è stata segretamente concessa l'immortalità. Con una popolazione di oltre 500.000 persone, Sidonia è probabilmente l'ultimo insediamento umano rimasto poiché i destini delle altre navi sono sconosciuti. Domanda: La nave Sidonia era in gran parte basata su quale cultura?
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