Haryanto è stato il secondo pilota ad essere eliminato dalle qualifiche per il Gran Premio del Bahrain 2016
, davanti a Felipe Nasr. Tuttavia, questo significava un posto sulla griglia di 20 a causa di Kevin Magnussen della Renault che doveva partire dalla pitlane dopo non essersi fermato per pesare durante le prove. E' stata l'ultima macchina a finire la gara, al 17esimo posto e con un giro di ritardo. È riuscito a battere l'altro pilota Renault Jolyon Palmer al 21 ° posto in Cina, prima di essere coinvolto in un incidente al primo giro in Russia che ha coinvolto Nico Hülkenberg e Esteban Gutiérrez. Haryanto ha ripetuto la sua prestazione in Bahrain in Spagna, con la sua prossima gara a Monaco che gli ha portato il miglior 15 ° posto della carriera, anche se 4 giri indietro e ancora una volta l'ultimo classificato. Rimase l'ultima vettura classificata nelle due gare successive, con il 19 ° e il 18 ° posto, prima che un 16 ° posto in Austria portasse l'attenzione sul divario di talento tra lui e il compagno di squadra Wehrlein, che ha segnato l'unico punto della stagione di Manor nella stessa gara. Ha girato sulla pioggia in Gran Bretagna, mentre quelle che sarebbero state le sue ultime due gare lo hanno visto di nuovo l'ultimo classificato finitore poiché il suo futuro divenne incerto a causa della mancanza di sponsorizzazione.