Inizialmente, il tempio fu fondato come centro di meditazione, dopo che Maechi Chandra e il monaco appena ordinato Luang Por Dhammajayo non potevano più ospitare il numero crescente di partecipanti alle loro attività a Wat Paknam Bhasicharoen. Il centro divenne un tempio ufficiale nel 1977. Il tempio è cresciuto in modo esponenziale durante gli anni '80, quando i programmi di formazione del tempio sono diventati ampiamente conosciuti tra la classe media urbana. Wat Phra Dhammakaya ampliò la sua area e iniziò la costruzione di un enorme "stupa" (pagoda). Durante il periodo della crisi economica asiatica, tuttavia, il tempio divenne oggetto di critiche poiché Luang Por Dhammajayo fu accusato di appropriazione indebita e rimosso dal suo ufficio di abate. Nel 2006 è stato scagionato da queste accuse ed è stato ripristinato come abate. Il tempio crebbe ulteriormente e divenne noto per le sue attività in materia di istruzione, promozione dell'etica e progetti di borse di studio. Sotto la "junta" militare del 2014
, l'abate e il tempio furono messi di nuovo sotto controllo e Luang Por Dhammajayo fu accusato di aver ricevuto denaro rubato attraverso le donazioni di un sostenitore. Il tempio è stato indicato come l'unica organizzazione influente in Thailandia che deve ancora essere sottomessa dalla giunta al potere, che ha chiuso la maggior parte dell'opposizione da quando ha preso il potere. I processi giudiziari contro l'abate e il tempio dagli anni '90 hanno portato a molti dibattiti sulle procedure e sul ruolo dello stato nei confronti della religione, un dibattito che si è intensificato durante il blocco del tempio da parte della giunta nel 2017. A partire dal 2017, le autorità non hanno trovato Luang Por Dhammajayo, e nel 2018, Phrakhru Sangharak Rangsarit è stato assegnato come abate ufficiale.