Nel XVI secolo, durante il periodo della conquista spagnola del Guatemala, la riva del lago fu teatro di una battaglia in cui gli spagnoli e i loro alleati Kaqchikel sconfissero i Tz'utujils. Dopo la conquista spagnola del Guatemala
Poco dopo, i francescani fondarono una chiesa e un monastero a Panajachel e usarono la città come centro per convertire la popolazione indigena della regione alla fede cattolica romana. La facciata originale della chiesa è ancora in piedi ed è considerata una delle gemme dello stile coloniale in Guatemala.