Completate la seguente frase: Con la secessione di undici stati del Sud e lo scoppio della Guerra Civile, Miller si unì all'esercito dell'Unione. Il 27 agosto 1861, il governatore Oliver P. Morton nominò Miller colonnello della 29a fanteria dell'Indiana. Dopo l'addestramento, il reggimento fu assegnato alla brigata di Kirk nella divisione di Alexander M. McCook nell'esercito dell'Ohio di Buell e marciò verso il Tennessee. Miller ha visto l' azione il secondo giorno della
Battaglia di Shiloh, così come durante il successivo assedio di Corinto. Miller guidò il suo reggimento attraverso l'Alabama settentrionale e il Tennessee e inseguì Braxton Bragg attraverso il Kentucky. Miller comandò una brigata sotto James Negley durante la battaglia di Stones River alla fine di dicembre 1862. Il secondo giorno della battaglia, Miller guidò il contrattacco federale attraverso il fiume Stones che respinse l'attacco confederato di John C. Breckinridge. Durante questa carica Miller fu ferito al collo.