Inondazioni significative lungo il fiume Mary hanno causato inondazioni della città nel 1870, 1873, 1893, 1955, 1968, 1974, 1989, 1992, 1999, 2011
e 2013. La prima alluvione registrata a Gympie risale al 1870. La maggior parte delle inondazioni si verificano tra dicembre e aprile e sono in genere causate da forti piogge nelle sorgenti a sud.