Halsey ha inviato il TG 38.1 a sud per attaccare gli aeroporti giapponesi nella zona durante l'invasione di Morotai.
che iniziò il 15, ma li richiamò per riunirsi alla maggior parte della TF 38 prima del suo attacco pianificato a Manila il 21 settembre. Gli aerei del "Hornet" parteciparono alla seconda ondata di attacchi sulla baia di Manila e affondarono l'anziano cacciatorpediniere. I piloti americani affermarono di aver abbattuto 110 aerei e ne distrutto 95 a terra, sebbene la First Air Fleet in realtà perdesse meno di due dozzine di aerei per tutte le cause. La TF38 ha affermato di aver affondato o danneggiato sette petroliere, ma i registri giapponesi mostrano che nove sono state affondate o distrutte. Il maltempo costrinse l'annullamento della maggior parte degli attacchi aerei pianificati per il secondo giorno, ma Halsey decise invece di attaccare la baia di Coron nelle isole Calamian, un ancoraggio spesso utilizzato dai petrolieri giapponesi, dall'altra parte delle Filippine con TG 38.1 e 38.3. Il gruppo aereo di "Hornet" ha condotto l'attacco aereo combinato che ha affondato due petroliere, sei cargo, diverse scorte e l'idrovolante tender. Il TG 38.1 salpò poi per Seeadler Harbor per ricostituire e scambiare l'Air Group 2 con l'Air Group 11. Clark lasciò finalmente l'Hornet il 1° ottobre.