Fontàs ha fatto il suo debutto nella prima squadra il 31 agosto 2009, sostituendo un altro laureato "La Masia", Gerard Piqué, negli ultimi sei minuti di una vittoria a casa 3<unk>0 La Liga contro lo Sporting de Gijón. All'inizio della stagione 2009/10 è stato chiamato dal manager Pep Guardiola alla Supercoppa spagnola e alla Supercoppa UEFA.
Infine, il club ha vinto due partite, rispettivamente contro l'Athletic Bilbao e l'FC Shakhtar Donetsk, ma non è riuscito a salire sulla panchina in nessuna delle due occasioni. Ha trascorso la stragrande maggioranza delle sue prime stagioni senior registrato con le riserve.