Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Nel marzo 1937 Schniewind fu rimosso dal suo incarico universitario e all'inizio del 1938 le autorità avviarono un'indagine penale sul suo coinvolgimento con la Chiesa Confessante. E' stato costretto ad accettare un taglio dell'80% dello stipendio. Molte fonti suppongono o suggeriscono che rimase privato della sua cattedra fino alla fine della guerra.
Nel maggio del 1945 il suo incarico di professore è stato ripristinato, ma una recente indagine sui documenti del personale conservati negli archivi dell'Università di Halle ha indicato che la cattedra di Schniewind è stata tranquillamente ripristinata in qualche forma più tardi nel 1938. Non si ha notizia che il caso penale sia giunto allo stadio di accusa. Secondo una fonte, oltre a tenere conferenze per conto della Chiesa Confessante, era in grado di continuare a "mentorare i suoi studenti in privato". Dopo il 1939 combinò le sue attività all'università con il lavoro come cappellano di un ospedale militare.