L'influenza di Malagrida alla Corte di Lisbona incontrò una profonda ostilità da parte del primo ministro, Carvalho, futuro marchese di Pombal. Carvalho cercava di ricostruire Lisbona dopo il terremoto del 1755
, che Malagrida predicava era la punizione di un Dio giusto su un popolo peccatore. Carvalho si risentì della critica implicita del governo e persuase il re José a bandire Malagrida a Setúbal nel novembre 1756 e fece rimuovere tutti i gesuiti dalla Corte.