Le compagnie indipendenti hanno continuato le operazioni di guerriglia a Timor Est per molti mesi fino a quando non sono state evacuate nel gennaio 1943. Le compagnie indipendenti hanno svolto un ruolo importante nella difesa della Nuova Guinea, occupando inizialmente diverse posizioni a nord dell'Australia per fornire una capacità di allarme precoce nei mesi precedenti allo scoppio della guerra del Pacifico, e poi, dopo che i combattimenti erano iniziati, combattendo diverse campagne di ritardo a Timor
, Nuova Guinea e Nuova Bretagna. Più tardi nella guerra, queste unità furono convertite in unità di "comando", combattendo successivamente in diverse campagne in Nuova Guinea, Bougainville e Borneo.