Dopo la sconfitta in referendum del primo trattato di Lisbona, Mullen è stato nominato membro della sottocommissione per gli affari europei incaricata di indagare sull'impasse politica. Mullen non è d'accordo con la relazione finale della sottocommissione, citando come motivo il fatto che la sottocommissione non ha preso sul serio i potenziali scontri tra il diritto dell'UE e il diritto costituzionale irlandese su questioni socio-etiche. Mullen ha proposto che, affinché il trattato di Lisbona possa essere approvato mediante referendum, al trattato debbano essere allegate garanzie giuridicamente vincolanti che riaffermino la sovranità dell'Irlanda per quanto riguarda la posizione costituzionale sul diritto alla vita dei bambini non ancora nati, la famiglia, l'istruzione e la religione. Il Parlamento europeo ha approvato la proposta della Commissione, che prevede l'introduzione di un nuovo sistema di controllo per la sicurezza dei trasporti aerei. La proposta relativa a garanzie giuridicamente vincolanti è stata infine ripresa dal governo irlandese nei suoi negoziati con l'UE in preparazione di un secondo tentativo di referendum. Al secondo referendum di Lisbona
Il governo aveva ottenuto le garanzie, ma nessun altro emendamento costituzionale è stato proposto nell'ambito del plebiscito. Il Trattato di Lisbona è stato approvato alla seconda volta della richiesta con il 67,1% dei voti favorevoli contro il 32,9%.