Questo portò al momento più pericoloso della carriera di Ferdinando, nel 1529, quando Solimano approfittò di questo sostegno ungherese per un assalto massiccio ma infine fallito alla capitale di Ferdinando: l'assedio di Vienna
, che mandò Ferdinando a rifugiarsi in Boemia. Un'ulteriore invasione ottomana fu respinta nel 1532 (vedi Assedio di Güns). In quell'anno Ferdinando fece la pace con gli ottomani, dividendo l'Ungheria in un settore asburgico a ovest e nel dominio di Giovanni Zápolya a est, quest'ultimo stato effettivamente vassallo dell'Impero ottomano.