Scrivi una continuazione per questo paragrafo - I giornalisti hanno affermato che potrebbe aver "giocato un ruolo di primo piano nell'orchestrare" la vittoria elettorale di Ahmadinejad, e che potrebbe essere "una figura chiave nell'orchestrare la repressione contro i manifestanti antigovernativi" nel giugno 2009, e direttamente responsabile del paramilitare Basij, nonostante un blackout del suo nome nella stampa del regime. In una lettera aperta, Mehdi Karroubi, ex presidente del Majlis (parlamento) e candidato riformista alle elezioni presidenziali del 2009
, ha accusato esplicitamente Mojtaba Khamenei di aver partecipato a una cospirazione per manipolare le elezioni, riferendosi all'interferenza illegale di "una rete".