Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Durante la guerra del 1654 <unk> 1667 con la Russia e durante la Grande Guerra del Nord (1700 <unk> 1721) Merkinė ha sofferto molto dagli eserciti russi e svedesi e ha perso il suo significato strategico ed economico. Merkinė fu bruciata di nuovo dall'esercito russo durante la rivolta del 1794
che ha cercato di liberare il Commonwealth polacco-lituano dall'influenza russa. Nel 1794 viene menzionato l'inventario della città del porto fluviale del fiume Nemunas, anche i fiumi Nemunas e Merkys sono stati valutati come adatti alla navigazione. Nei documenti del XIX secolo Merkinė è stata menzionata come centro di commercio fluviale in cui venivano costruite le navi di commercio fluviale.