Alla fine del XIII secolo, la Palestina e la Siria divennero il fronte principale contro l'impero mongolo in rapida espansione, il cui esercito raggiunse la Palestina per la prima volta nel 1260, a partire dalle incursioni mongole in Palestina sotto il generale cristiano nestoriano Kitbuqa. Il leader mongolo Hulagu Khan inviò un messaggio a Luigi IX di Francia che Gerusalemme era stata rimessa ai cristiani sotto l'Alleanza franco-mongola; tuttavia, poco dopo dovette tornare in Mongolia dopo la morte di Mongke, lasciando Kitbuqa e un esercito ridotto. Kitbuqa poi impegnato con i Mamelucchi sotto Baibars nella battaglia cruciale di Ain Jalut
nella valle di Jezreel. La vittoria decisiva dei mamelucchi in Palestina è considerata una delle battaglie più significative della storia mondiale, stabilendo un punto di svolta per le conquiste mongole. I mongoli furono, tuttavia, in grado di intraprendere ulteriori brevi incursioni nel 1300 sotto Ghazan e Mulay, raggiungendo fino a Gaza. Gerusalemme fu tenuta dai mongoli per quattro mesi (vedi Nona Crociata).