Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Il 17 settembre 2006 Sgorbati è stata uccisa a colpi di arma da fuoco fuori dall'ospedale dei suoi bambini poco dopo le 12:30 di pomeriggio, quando aveva finito di insegnare e stava attraversando la strada per andare all'alloggio delle suore, dove altre tre suore stavano aspettando di pranzare con lei. La sua guardia e autista Mohamed Osman Mahamud (padre di quattro figli) è stato anch'egli ucciso. Si crede che l'attacco sia una risposta ai controversi commenti che papa Benedetto XVI aveva fatto nella sua lezione di Regensburg
, anche se questo non è mai stato confermato o comprovato. La sua morte è avvenuta subito dopo le osservazioni del 15 settembre in cui lo sceicco Abubakar Hassan Malin, un religioso estremista, ha detto ai fedeli della sua moschea di dare la caccia e uccidere tutti coloro che hanno offeso il profeta Maometto. Diversi operatori umanitari e volontari cristiani furono uccisi in questo periodo. Due uomini armati sono usciti dai taxi e dai chioschi e le hanno sparato tre o quattro volte alla schiena dopo che il primo proiettile le aveva colpito la coscia. La sua guardia l'ha protetta ed è stata colpita dopo aver aperto il fuoco con gli aggressori. Un proiettile le era entrato nella schiena e aveva reciso un'arteria che le aveva causato una grave e istantanea emorragia. Sgorbati è stato portato in fretta all'ospedale SOS ma poi è morto sul tavolo operatorio. Le sue ultime parole furono "Io perdono, perdono, perdono", che sussurrò a suor Marzia Feurra. Fu alle 3 del pomeriggio che un aereo arrivò per portare i suoi resti a Nairobi dove arrivò alle 9 del pomeriggio; i suoi resti furono portati alla Lee Funeral Home.