Dopo aver già comandato truppe a livello di divisione, corpo e regionale, Manekshaw divenne il settimo capo di stato maggiore dell'esercito nel 1969. Sotto il suo comando, le forze indiane condussero campagne vittoriose contro il Pakistan nella guerra indo-pakistana del 1971, che portò alla creazione del Bangladesh.
Nel dicembre del 1971. È stato insignito del Padma Vibhushan e del Padma Bhushan, il secondo e il terzo più alto riconoscimento civile dell'India.