Dopo la presa di Okinawa, la Terza Flotta si concentrò sulle operazioni contro il Giappone stesso. Dal 10 al 29 luglio 1945, il Merrimack sostenne raid di forza schiacciante su obiettivi giapponesi che affrettarono la fine della guerra. Dopo la capitolazione del Giappone
il 15 agosto 1945, la Merrimack effettuò diverse crociere tra la costa occidentale degli Stati Uniti e l'Asia orientale portando petrolio per le navi che sostenevano l'occupazione del Giappone e che operavano lungo le coste della Cina e della Corea. Fu assegnata al Military Sea Transportation Service (MSTS) nell'ottobre 1949, poco prima di iniziare la revisione pre-inattivazione. La Merrimack fu dismessa l'8 febbraio 1950 e entrò nella Flotta di riserva atlantica ad Orange, in Texas.