Le isole Santa Cruz fanno parte dell'ecoregione delle foreste pluviali di Vanuatu, insieme al vicino arcipelago di Vanuatu. La qualità del suolo varia da estremamente ricco di vulcani (ci sono vulcani con diversi gradi di attività su alcune delle isole più grandi) a relativamente infertile calcare. Più di 230 varietà di orchidee e altri fiori tropicali illuminano il paesaggio. I mammiferi sono scarsi sulle isole, con i soli mammiferi terrestri e piccoli pipistrelli. Tuttavia, gli uccelli e i rettili sono più attivi. Le isole contengono diversi vulcani attivi e i vulcani Kavachi.
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