Fuentes ritornò ai Giants nel 1969 e trascorse le due stagioni successive come utility infielder prima di riconquistare il suo posto da titolare alla seconda base nel 1971. È apparso nella postseason durante la stagione 1971 quando i suoi Giants hanno vinto il titolo NL West; il suo home run di due punti nella prima partita della NLCS del 1971
Ha aiutato San Francisco a prendere il vantaggio contro i Pittsburgh Pirates, ma sarebbe stata l'unica vittoria dei Giants nella serie del meglio di cinque. Fuentes continuò ad essere il secondo base dei Giants per altre tre stagioni. Nel 1973, stabilì un record della National League registrando una percentuale di campo di.993, la più alta per qualsiasi secondo base nella storia della lega. Ironia della sorte, Fuentes aveva guidato tutti i secondi base della National League in errori durante le due stagioni precedenti prima di stabilire il nuovo record di eccellenza. Il suo record è rimasto per 13 stagioni prima che Ryne Sandberg registrasse una percentuale di.994 al secondo posto nel 1986.