Dopo aver servito su questa stazione, Clay fu promosso a post-capitano il 29 aprile 1802. Ha prestato servizio dal 20 luglio 1805 fino al maggio 1808 come ufficiale di regolazione a Belfast, e poi si è unito al 98-gun come suo ufficiale comandante. Durante questo periodo la "St George" fu la nave ammiraglia del contrammiraglio Sir Eliab Harvey. Clay si trasferì quindi a prendere il comando della 98 cannoni il 6 febbraio 1809, con l'ordine di tornare nel Baltico come ammiraglio del contrammiraglio Sir Manley Dixon. La guerra era scoppiata con i danesi.
dopo la seconda battaglia di Copenaghen nel 1807, e una flotta britannica era di stanza nel Baltico sotto Sir James Saumarez. Il Temeraire arrivò nel maggio 1809 e fu inviato a bloccare Karlskrona sulla costa svedese.