Rebić è entrato in Eintracht Frankfurt in prestito per una stagione l'11 luglio 2016, riunendosi con l'ex allenatore della nazionale Niko Kovač. Dopo una breve battaglia contro la mononucleosi, Rebić ha fatto il suo debutto il 17 settembre contro il Bayer Leverkusen, entrando come sostituto e assistendo Marco Fabián per il gol vincente in una vittoria di 2-1. Il 5 febbraio 2017 ha segnato il suo primo gol per la sua nuova squadra per concludere una vittoria di 2 a 0 contro la squadra dell'Assia SV Darmstadt 98 alla Commerzbank Arena. Il 27 maggio, ha pareggiato nella finale della DFB-Pokal 2017
, anche se Francoforte ha perso 2 a 1 contro il Borussia Dortmund.