Come junior, Spezza ha rappresentato la squadra nazionale junior del Canada per tre anni consecutivi. Ha fatto il suo debutto ai Campionati del Mondo Junior del 2000, diventando il terzo 16enne a fare parte della squadra nella storia del Team Canada, dopo Wayne Gretzky ed Eric Lindros (questa impresa è stata realizzata nello stesso anno dal difensore Jay Bouwmeester e Sidney Crosby nel 2004). Spezza ha contribuito con 2 assist in 7 partite mentre il Canada ha conquistato una medaglia di bronzo. Tornò nel 2001 per una seconda medaglia di bronzo consecutiva, migliorando a tre gol e tre assist. Spezza si è aggiudicato la medaglia d'oro con il Canada nella sua terza e ultima apparizione nel 2002
, ma ha perso contro la Russia per guadagnare l'argento.