Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Hamšík ha iniziato nella Supercoppa Italiana 2012
, tenutosi a Pechino, l'11 agosto; tuttavia, il Napoli è stato sconfitto dalla Juventus 4-2 nel tempo supplementare. Più tardi quel mese, nella prima partita di campionato del Napoli della stagione 2012/13 della Serie A, Hamšík segnò il primo gol del club e assistì allo sciopero di Christian Maggio in un'eventuale sconfitta per 3 a 0 contro il Palermo. Mancando al primo marcatore Edinson Cavani per la partita del club contro il Chievo il 28 ottobre 2012, Hamšík ha collegato un cross di Juan Camilo Zúñiga per dare al Napoli una vittoria di 1-0. Il 6 gennaio 2013 ha disputato la sua 200esima partita in Serie A con una vittoria in casa 4 a 1 contro la Roma. Nella penultima partita della stagione di Serie A, Hamšík ha raccolto un passaggio da Goran Pandev e ha spinto la palla a casa al 93 ° minuto, salvando una vittoria di 2 a 1 su Siena, confermando il posto del club nella fase a gironi della Champions League mentre condannava Siena al retrocesso. Lo slovacco ha partecipato a tutte le partite di Serie A per il Napoli durante la stagione 2012-13, fornendo 11 gol e 14 assist mentre il "Partenopei" ha finito secondo dietro il campione in carica Juventus, una stagione che si è rivelata l'ultima del manager Walter Mazzarri al club, quando è diventato allenatore dell'Internazionale più tardi quella estate.