Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Maskhadov sosteneva la resistenza armata a quella che vedeva come un'occupazione russa della Cecenia, ma condannava gli attacchi contro i civili. Ha sostenuto presumibilmente l'assassinio del presidente ceceno filo-russo Akhmad Kadyrov in Cecenia, mentre ha condannato l'assassinio russo dell'ex presidente separatista ceceno Yandarbiyev in Qatar nel 2004. Maskhadov ha spesso negato la responsabilità per gli atti terroristici sempre più brutali contro i civili russi da parte dei seguaci di Basayev, denunciando continuamente tali incidenti attraverso portavoce all'estero, come Akhmed Zakayev a Londra. Tuttavia, il 24 ottobre 2002, sono state intercettate comunicazioni radio da messaggi di Maskhadov in cui chiedeva l'intensificazione delle attività terroristiche e il sabotaggio sul territorio russo. Le prove della complicità di Maskhadov nella crisi degli ostaggi del teatro di Mosca del 2002 sono state fornite dai suoi due principali autori, Movsar Barayev e Abu Said. Anche se inizialmente ha negato la responsabilità per il raid Nazran del 2004
, in cui sono stati uccisi 98 agenti di polizia/soldati, nel luglio 2004 Maskhadov ha accettato pubblicamente la responsabilità degli attacchi. Nello stesso mese, Maskahdov ha promesso che attacchi simili sarebbero accaduti, e ha giurato che il vincitore delle prossime elezioni presidenziali cecene sarebbe stato illegittimo e sarebbe stato attaccato se necessario. Ha descritto i ribelli dietro l'assedio della scuola di Beslan come "pazzi" spinti fuori di sé dagli atti di brutalità russi e ha definito l'attacco terroristico un'atrocità.