Nel 1672 aveva iniziato a registrare le sue ricerche teologiche in quaderni che non mostrò a nessuno e che sono stati esaminati solo di recente. Essi dimostrano una vasta conoscenza degli scritti della chiesa primitiva e mostrano che nel conflitto tra Atanasio e Arius che definì il Credo, prese le parti di Arius, il perdente, che rifiutò la visione convenzionale della Trinità. Newton "riconosceva Cristo come un mediatore divino tra Dio e l'uomo, che era subordinato al Padre che lo creò". Era particolarmente interessato alla profezia, ma per lui "il Cristo era un'apostasia trinitaria".
Era un eretico.