Nel 1656, le tensioni tra protestanti e cattolici riemerse e portarono allo scoppio della prima guerra di Villmergen. I cattolici ebbero la vittoria e poterono mantenere il loro dominio politico. La guerra di Toggenburg
Nel 1712 ci fu un conflitto tra cantoni cattolici e protestanti. Secondo la pace di Aarau dell'11 agosto 1712 e la pace di Baden del 16 giugno 1718, la guerra si concluse con la fine dell'egemonia cattolica. Anche la guerra del Sonderbund del 1847 era basata sulla religione.