Dopo il rifiuto di Jinnah di accettare l'Arakan settentrionale nel Dominio del Pakistan, alcuni anziani Rohingya che sostenevano un movimento di "jihad", fondarono il partito "Mujahid" nell'Arakan settentrionale nel 1947. L'obiettivo del partito Mujahid era quello di creare uno stato islamico autonomo in Arakan. Negli anni '50, iniziarono a usare il termine "Rohingya" che potrebbe essere una continuazione del termine Rooinga per stabilire un'identità distinta e identificarsi come indigeni. Erano molto più attivi prima del colpo di stato birmano del 1962.
dal generale Ne Win, un generale birmano che iniziò la sua carriera militare combattendo per i giapponesi nella seconda guerra mondiale. Ne Win ha condotto operazioni militari contro di loro per un periodo di due decenni. La più importante fu l'operazione King Dragon, che ebbe luogo nel 1978; di conseguenza, molti musulmani della regione fuggirono nel vicino Bangladesh come rifugiati. Oltre al Bangladesh, un gran numero di Rohingya migrò anche a Karachi, in Pakistan. I mujahideen Rohingya sono ancora attivi nelle aree remote di Arakan.