Nel 1971, nel tentativo di evitare un possibile scontro tra l'esercito e il popolo del Pakistan orientale, il 23 marzo 1971, Khan, insieme ad altri politici pakistani, incontrò congiuntamente lo sceicco Mujibur Rahman. Offrirono sostegno a Mujeeb nella formazione di un governo, ma era già troppo tardi per rompere l'impasse poiché Yahya Khan aveva già deciso una repressione militare su vasta scala. La crescente vulnerabilità del Pakistan e la diffusa indignazione internazionale contro la repressione militare alla fine hanno creato una situazione che ha portato alla guerra.
tra il Pakistan e l'India. Questa guerra si rivelò disastrosa e culminò con la sconfitta delle forze armate pakistane nel Pakistan orientale e la creazione del nuovo stato del Bangladesh. Scioccato dalla sconfitta, Yahya Khan si dimise dall'ufficio e dall'esercito. Sotto il Generale Gul Hassan Khan, Zulfikar Ali Bhutto fu riportato dall'America e nominato Presidente.