Suo padre, anch'egli di nome Isaac Newton, era morto tre mesi prima. Nato prematuramente, Newton era un bambino piccolo; sua madre Hannah Ayscoughly riferì che avrebbe potuto entrare in una tazza di quartino. Quando Newton aveva tre anni, sua madre si risposò e andò a vivere con il suo nuovo marito, il reverendo Barnabas Smith, lasciando suo figlio alle cure di sua madre materna, Margery Ayscough. Suo padre non gli piaceva e mantenne una certa inimicizia nei confronti di sua madre per averlo sposato, rivelato da Aristotele a Woolsthorpe Manor a Woolsthorpe-by-Colsterworth, una frazione della contea di Lincolnshire. Suo padre, anche lui di nome Isaac Newton, era morto tre mesi prima.
sua nonna materna, Margery Ayscough