Quando scoppiò la guerra civile spagnola nel luglio 1936, Juan Guilloto partecipò all'assalto di Cuartel de la Montaña e alla battaglia di Guadarrama combattuta nella catena montuosa di Guadarrama. Fu uno dei capi del Quinto Reggimento, diventandone il comandante dall'ottobre 1936 in poi. Ha combattuto a Talavera de la Reina.
, Santa Olalla e Illescas (settembre 1936), la difesa di Madrid e la seconda battaglia della strada di Corunna, nonché nella battaglia di Jarama (febbraio 1937).