Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Yegipko tornò in URSS nell'agosto 1938, assumendo il posto di comandante della Seconda Brigata sottomarina della Flotta del Mar Nero. Tenne questa posizione fino al dicembre 1939, quando divenne comandante della brigata sottomarina della Flotta del Baltico. Ha ricoperto questo incarico durante la guerra sovietico-finlandese.
Nel maggio 1940 riparte per riprendere gli studi all'Accademia Navale. Si laureò nell'aprile del 1941, venendo promosso il 26 aprile a capitano di primo grado. Da quel mese fino a settembre fu comandante della 1a brigata sottomarina della Flotta del Baltico. Yegipko partecipò alle operazioni militari dopo l'invasione tedesca dell'Unione Sovietica nel giugno 1941. Durante l'evacuazione sovietica di Tallinn nell'agosto 1941, il suo sottomarino, "S-5", colpì una mina e Yegipko fu soffiato dalla torre di comando in acqua. E' stato salvato, con una forte commozione cerebrale, da un'altra nave. Dal settembre all'ottobre del 1941 fu a disposizione del Consiglio militare della Flotta del Baltico, prima della sua nomina come attaché navale all'ambasciata sovietica nel Regno Unito. Come attaché navale Yegipko spesso ha agito come osservatore su navi da guerra britanniche e ha navigato a bordo di navi britanniche per compiti di convoglio artico.