Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Nel corso del V secolo, l'Impero d'Occidente fu invaso dalle invasioni delle tribù germaniche. Tuttavia, la prefettura d'Italia fu mantenuta dal nuovo Regno ostrogotico, che era ancora "de jure" parte dell'Impero, e il re ostrogotico Teodorico il Grande ristabilì persino la prefettura della Gallia nella piccola porzione di Gallia che conquistò nel 510. Dopo la riconquista dell'Africa settentrionale da parte dell'Impero orientale durante la guerra vandalica
Nel 533/534, le nuove province furono raggruppate dall'imperatore Giustiniano I in una nuova prefettura pretoriana dell'Africa, che in seguito sarebbe stata trasformata nell'Esarcato d'Africa. Anche la prefettura pretoriana d'Italia fu ristabilita dopo la fine della guerra gotica, prima che anche essa si evolvesse in un esarcato. In Oriente, le prefetture continuarono a funzionare fino alla metà del VII secolo, quando la perdita della maggior parte delle province orientali alla conquista musulmana e dei Balcani alle tribù slave portò alla creazione del sistema dei temi. Nel frattempo, tuttavia, le riforme sotto Eraclio avevano spogliato il prefetto di un certo numero di uffici finanziari subordinati, che erano stati istituiti come dipartimenti indipendenti sotto logothete. L'ultima volta che il prefetto dell'Est è direttamente attestato proviene da una legge del 629. Secondo alcuni studiosi, tuttavia, le tracce del sistema sono sopravvissute fino all'inizio del IX secolo: Ernst Stein ha dimostrato che alcuni aspetti della prefettura ilirica sono sopravvissuti nell'amministrazione di Salonicco, mentre John Haldon, sulla base di prove sigillografiche e riferimenti nella "Tattica" bizantina, ha documentato la sopravvivenza della precedente amministrazione provinciale civile all'interno del sistema tematico, con il prefetto di Costantinopoli probabilmente in una capacità di supervisione, fino agli anni 840.