Hanneken aloitti uransa sotilasmiestä ja palveli banaani sodissa 1910- ja 1920-luvulla. Yhdysvaltojen miehityksen aikana Haitissa
Hän murhasi vastarintaliikkeen johtajan Charlemagne Péralten, josta hän sai kunniamitalin. Myöhemmin Hanneken sai tehtävän ja palveli Haitissa vielä useita kuukausia ja sai merivoimien ristin toisen kapinallisten johtajan tappamisesta. Hän sai toisen merivoimien ristin toiminnoistaan Nicaraguan miehityksen aikana 1920-luvun lopulla.