Vain muutamia päiviä ennen vuoden 2010 Afrikan jalkapallon mestaruuskilpailun päättymistä Angolassa Issa Hayatou joutui keskelle kiistelyä sen jälkeen, kun CAF kielsi Togolaisen jalkapallojoukkueen osallistumasta kahteen seuraavaan Afrikan jalkapallokilpailuun. Hayatou syytti Togon hallitusta sekaantumisesta Togon jalkapalloliiton asioihin, kun joukkue vetäytyi vuoden 2010 jalkapallokilpailusta ennen sen alkua. Togolainen joukkue joutui aseellisen hyökkäyksen uhriksi 8. tammikuuta 2010
Hän oli matkalla Angolassa bussilla ennen jalkapallon alkua, mikä johti kahteen kuolemaan Togon valtuuskunnassa. Togolaisjoukkueiden kapteeni Emmanuel Adebayor ja valmentaja Hubert Velud kritisoivat voimakkaasti erityisesti Hayatouta CAF:n päätöksestä ja kehottivat häntä eroamaan CAF:n puheenjohtajuudesta.