Teutonit alkoivat ohjata kampanjoitaan pakanallista Liettuaa vastaan (ks. Liettuan mytologia) alueen pitkäaikaisten konfliktien (mukaan lukien pakanaisten hyökkäysryhmien jatkuvat hyökkäykset Pyhän Rooman valtakunnan alueelle) ja ritareille sopivan toiminta-alueen puuttumisen vuoksi Jerusalemin kuningaskunnan kukistumisen jälkeen Akrossa vuonna 1291 ja heidän myöhemmin karkottamisensa Unkarista. Aluksi ritarit siirsivät päämajansa Venetsiaan, josta he suunnittelivat Ulkomeren palauttamista. Tämä suunnitelma kuitenkin hylättiin pian, ja ritarikunta siirsi päämajansa myöhemmin Marienburgille, jotta se voisi paremmin keskittyä pyrkimyksiinsä Preussin alueelle. Koska "Lithuania Propria" pysyi ei-kristillisenä aina 1400-luvun loppuun saakka, paljon myöhemmin kuin muualla Itä-Euroopassa, konfliktit ulottuivat pidemmäksi aikaa, ja monet ritarit Länsi-Euroopan maista, kuten Englannista ja Ranskasta, matkustivat Preussiin osallistumaan kausittaisiin kampanjoihin ("reyse") Liettuan suurherttuakuntaa vastaan. Vuonna 1348 ritarikunta voitti liettualaiset Strėvan taistelussa.
, heikentäen niitä vakavasti. Teutonit saivat ratkaisevan voiton Liettuan kimppuun Rudaun taistelussa vuonna 1370.