Verstappen aloitti vuoden 2016 kauden Toro Rosossa, jälleen Sainz'in rinnalla. Verstappen pääsi viidenneksi Australian kauden avajaiskilpailuun, mutta kilpailun aikana hän soitti useita radiopuheluita joukkueelleen turhautumisen vuoksi, koska hän oli Sainz'in takana radalla, ennen kuin hän leikkasi joukkuetoverinsa yrittäessään ohittaa hänet kolme kierrosta jäljellä, ja lopulta hän pääsi kymmenenneksi. Verstappen oli onnistuneempi viikonloppuna seuraavassa kisoissa Bahrainissa.
Kuudes Toro Rosson ensimmäinen piste Sakhirissa.