Hänet korvattiin Ferrarissa itävaltalaisella Gerhard Bergerillä ja hän siirtyi McLarenille kakkosmiehenä kaksois- ja hallitsevan maailmanmestarin Alain Prostin jälkeen. McLaren ei ollut yhtä kilpailukykyinen vuonna 1987 kuin se oli ollut vuosina 1984-1986, kun Prost lisäsi vain kolme voittoa (ja rikkoi Jackie Stewartin 27 Grand Prix -voiton ennätyksen 28. voitollaan Portugalissa) ja epäonnistui puolustamaan kuljettajien mestaruuttaan. Ruotsalaiselle seurasivat lisää palkintopisteitä, ja Johansson pääsi kuudenneksi kuljettajien mestaruudessa. Stefan Johanssonin asemaa McLarenissa pidettiin monien mielestä vain lopullisena sopimuksena joukkueen pomo Ron Dennisin kanssa, joka ei ollut onnistunut houkuttelemaan Ayrton Sennan Lotusista, koska hänen sopimuksensa oli voimassa vuoden 1987 loppuun saakka ja hän oli aina aikonut allekirjoittaa brasilialaisen. Johansson sai vuoden 1987 Saksan Grand Prix'n kolmelta pyörältä, kun hänellä oli lävistys viimeisellä kierroksella. Hän pääsi myös toiseksi Prostin jälkeen Belgiassa.
Brasilia, Espanja ja Japani. Vaikka Johansson oli voittanut 11 kertaa kolmena kaudella, hän ei ollut vielä voittamaton eikä huipputiimi halunnut häntä (hän oli toivonut liittyvänsä Williamsille vuonna 1988 siirtyvän vuoden 1987 maailmanmestarin Nelson Piquetin tilalle, mutta Williams allekirjoitti Riccardo Patresen sen sijaan). Hän palasi McLarenille testaajana vuonna 1991, ja testasi Hondan V12-moottoria Suzukassa Japanissa.