Emory palveli prikaatin komentajana Potomacin armeijassa vuonna 1862, ja hänet siirrettiin Länsi-Teatteriin. Hänet ylennettiin vapaaehtoisten prikaatin kenraaliksi 17. maaliskuuta 1862. Myöhemmin hän komensi divisioonaa Port Hudsonin kampanjassa. Myöhemmin hän palasi itään yhdeksännentoista korpuksen komentajana, palveleen kaikissa suurissa taisteluissa Shenandoahin laakson kampanjassa vuonna 1864.
Erityisesti Cedar Creekin taistelussa, jossa Emoryn toiminta auttoi pelastamaan liittoarmeijan tuhoisalta tappiolta kunnes kenraalimajuri Philip Sheridan saapui.