Kirjoita jatko tähän kappaleeseen - Apulaisvalmentaja Jimmy Murphy otti johdon, kun Busby toipui vammoistaan ja klubin tilapäinen puoli saavutti FA Cupin finaalin, jonka he hävisivät Bolton Wanderersille. Tunnustuksena joukkueen tragediasta, UEFA kutsui klubin kilpailemaan vuoden 1958 ja 1959 Eurooppa-cupissa lopulta liigan mestareiden Wolverhampton Wanderersin rinnalla. Jalkapalloliiton hyväksynnästä huolimatta jalkapalloliiga päätti, että klubi ei saisi osallistua kilpailuun, koska se ei ollut pätevä. Busby rakensi joukkueen uudelleen 1960-luvulla allekirjoittamalla pelaajia, kuten Denis Law ja Pat Crerand, jotka yhdistyivät seuraavan sukupolven nuorisopelaajien kanssa, mukaan lukien George Best, voittaakseen FA Cupin vuonna 1963. Seuraavana kaudella he päätyivät toiseksi liigan, sitten voittivat mestaruuden vuonna 1965 ja 1967. Vuonna 1968 Manchester Unitedista tuli ensimmäinen englantilainen (ja toinen brittiläinen) klubi, joka voitti Euroopan cupin, voittaen Benfican 4-1 finaalissa joukkueessa, jossa oli kolme Euroopan vuoden jalkapalloilijaa: Bobby Charlton, Denis Law ja George Best. Seuraavaksi he edustivat Eurooppaa vuoden 1968 Intercontinental Cupissa.
Estudiantesia vastaan Argentiinassa, mutta hävisi tasapeli Buenos Airesissa pelattuaan ensimmäisen erän, ennen kuin se päättyi 1:1 tasapeliin Old Traffordilla kolme viikkoa myöhemmin. Busby erosi johtajana vuonna 1969 ja hänen tilalleen tuli vararjoukkuevalmentaja, entinen Manchester Unitedin pelaaja Wilf McGuinness.