Seuraavan puolitoista vuoden ajan Carlin komensi 2. prikaattia, 1. divisioonaa XX armeijakunnassa. Hän osallistui Tullahoman kampanjaan ja Chickamaugan taisteluun. Syksyllä 1863 hän taisteli Lookout-vuorella
Ja Missionary Ridgeä Chattanoogan taisteluiden aikana. Kesällä 1864 hän johti prikaattiaan Atlantan taistelussa ja otti lyhyen lomaa kampanjan aikana palatakseen Illinoisiin naimisiin. Hänet ylennettiin divisioonan komentajaksi ennen Jonesboron taistelua syyskuussa. Hän osallistui sitten Shermanin marssiin mereen ja Savannahin valloitukseen Georgiassa.