McGregor on ilmaissut vastustuksensa brexitiä kohtaan. Vaikka hän vastusti Skotlannin itsenäisyyttä Yhdistyneestä kuningaskunnasta Skotlannin kansanäänestyksessä vuonna 2014
, hän kertoi myöhemmin haastattelussa, että hän olisi äänestänyt Skotlannin poistumisesta Yhdistyneestä kuningaskunnasta, jos hän olisi voinut äänestää päivää sen jälkeen, kun Yhdistynyt kuningaskunta jätti Euroopan unionin. Vuonna 2020 hän ilmaisi tukensa Skotlannin itsenäisyydelle sanoen, että "on aika".