Vuosina 1990-1992 Berger liittyi Ayrton Sennan seuraan McLarenissa. Hänen saapumistaan odotettiin suuresti, koska hän oli osoittanut erinomaista muotoa Benettonille ja Ferrarille. McLaren-Honda näytti tarjoavan Bergerille aitoa mahdollisuutta maailmanmestaruudesta. Vaikka hän oli yleensä nopeampi kuin edeltäjänsä Alain Prostin suhteessa Sennaan pätevyydessä (hän pääsi usein toiseksi Sennan jälkeen), hän pystyi harvoin vastaamaan brasilialaisen vauhtia kilpailuissa. Hän voitti kolme kertaa. Hän voitti vuoden 1991 Japanin Grand Prix'n.
Senna, sekä voitot Kanadassa ja Australiassa vuonna 1992. Kolmen McLarenin vuoden aikana Berger saavutti myös neljä pole-asemaa ja voitti Sennan 8 kertaa.