Nakajima osallistui 80 Formula 1 Grand Prix -kilpailuun ja debytoi Brasiliassa 12. huhtikuuta 1987, tuoden Honda-moottorit Lotus-joukkueeseen. Hän oli 34-vuotias debyyttikilpailussa, mikä teki hänestä yhden Formula 1:n vanhimmista debyyttikilpailijoista. Hän tuli kuudenneksi ja sai pisteen.
San Marinon Grand Prix vuonna 1987. Debyyttisajonsa aikana joukkuetoverinsa Ayrton Senna ylitti Nakajiman, ja monet kyseenalaistivat Nakajiman paikkaa F1:ssä, sanoen, että ilman Hondaa hän ei olisi ollut siellä ansiosta.