Elokuussa 1945 Japanin hallitus ei ottanut huomioon Potsdamin julistuksessa määrättyjä antautumisvaatimuksia. Truman hyväksyi useimpien avustajiensa tuella armeijan suunnitelman pudottaa atomipommeja Hiroshiman ja Nagasakin kaupunkeihin. Hiroshimaa pommitettiin 6. elokuuta ja Nagasaki kolme päivää myöhemmin, jolloin kuoli noin 135000 ihmistä; seuraavat viisi vuotta kuolisi 130000 ihmistä säteilysairauteen ja muihin pommiin liittyviin sairauksiin. Japani suostui antautumaan.
10. elokuuta, sillä ehdolla, että keisari Hirohito ei joutuisi luopumaan vallasta.