Vuonna 1860 Young ilmoitti olevansa laivalla, joka toimi Meksikonlahdella, Välimeren laivueella ja Yhdysvaltain itärannikolla. Hän oli Susqehannassa, kun Yhdysvaltain sisällissota puhkesi huhtikuussa 1861, ja osallistui Amerikan konfederaatioiden liittoon. Hän osallistui myös Susquehannan takavarikointiin.
Hatteras Inlet, Pohjois-Carolina, 28. elokuuta 1861 ja Port Royalin taistelu Port Royalissa, Etelä-Carolina, 7. marraskuuta 1861. Marraskuusta 1861 kesäkuuhun 1862 hän oli johtava upseeri sloop-of-warissa, joka osallistui Wilmingtonin, Pohjois-Carolinan, piiritykseen, ja kesäkuusta 1862 marraskuuhun 1862 hän oli johtava upseeri sivupyöräistä höyry fregattia, joka oli piiritysvelvollisuudessa Charlestonissa, Etelä-Carolinassa. Hänet ylennettiin luutnanttikomentajaksi 16. heinäkuuta 1862.