Heinäkuusta 1863 tammikuuhun 1864, kun toipui haavoista, hän palveli Ohion kuvernöörin David Todin henkilökunnassa ja johti Ohion miliisioyksiköitä vastauksena Morganin hyökkäykseen. Myöhemmin hän komensi XXIII-joukkojen 4. diviision 3. prikaattia Kentuckyssa ja Tennesseessä ja osallistui Shermanin Atlanta-kampanjaan Rocky Face Ridge - ja Resaca -taisteluissa.
- Mitä? Runkle kutsuttiin armeijaan 21. heinäkuuta 1864 ja 29. elokuuta 1864 hänet nimitettiin everstiluutnanttiksi veteraanien reservijoukkueeseen, jossa hän komensi 21. rykmenttiä sodan päättymiseen asti.