Lokakuussa 1944 Kolmas laivasto nimitettiin Pohjoisjoukoksi. Kolmen joukon suunnitelma oli kukistaa liittoutuneet.
Japanin hallitsemista Filippiineistä. Kolmannen laivaston lentotukialukset luopuivat kaikista lentokoneista, lukuun ottamatta 108 lentokonetta, ja ne lähetettiin houkuttelemaan amerikkalaisjohtoista laivastoa pois joukkojen laskeutumalusten suojelemisesta. Lokakuun 25.-26. päivänä, kun 3. laivasto kohtasi suuria joukkoja, joihin kuului kymmenen laivaston lentotukialusta ja 600-1000 lentokonetta, se menetti neljä lentotukialusta, yhden kevyen risteilijän ja yhden hävittäjän Cape Engañon taistelussa. Kolmas laivasto lakkasi olemasta, ja se lakkautettiin virallisesti 15. joulukuuta 1944.