Słomniki mainittiin ensimmäisen kerran vuonna 1287, metsästyspaikkana keskellä tiheitä metsiä. Siihen aikaan se kuului cistercian munkkeille, ja se sijaitsi kauppiaiden reitin varrella Bochniasta ja Wieliczkalta Suureeseen Puolaan. 13. vuosisadalla Pieni-Puola kärsi useista mongolien hyökkäyksistä, joissa Słomniki tuhoutui myös. Vuonna 1358 kuningas Kazimierz Wielki myönsi Słomnikille Magdeburgin oikeuksien peruskirjan, ja keskiaikaiseen tyyliin rakennettiin markkinatilan, joka on yhä olemassa. Kaupunki kehittyi, ja monet Puolan hallitsijat kävivät siellä 1500- ja 1500-luvulla. Vuonna 1554 Słomnikista tuli yksi protestanttisen uskonpuhdistuksen tärkeimmistä keskuksista, kun täällä avattiin kalvinistien temppeli. Vuonna 1564 Słomnikissä pidettiin Puolan uudistuksen kirkon synodi. Kuten useimmat Pienen Puolan kaupungit, Słomniki tuhoutui täysin Ruotsin hyökkäyksessä Puolaan.
Ja hyvinvoinnin aika päättyi.