Prkačin oli Kroatian alle 22-vuotiaiden juniorijoukkueen jäsen. Hänen debyyttinsä suurissa turnauksissa Kroatian seniorisotilaiden joukkueessa tapahtui EuroBasketissa 1997. Sen jälkeen hän pelasi Kroatian kanssa seuraavissa suurissa FIBA-turnauksissa: EuroBasket 1999, EuroBasket 2001, EuroBasket 2003, EuroBasket 2005 ja EuroBasket 2007. Hän edusti Kroatiaa myös kesäolympialaisissa 2008.
ja vuoden 2009 EuroBasket. Prkačin oli Kroatian joukkueen kapteeni kahdesti.