Maaliskuussa 1992 Piratesin pääjohtaja Ted Simmons suostui sopimukseen Atlanta Bravesin vastustajan John Schuerholzin kanssa Bondsin vaihtamisesta Alejandro Peñan, Keith Mitchellin ja myöhemmin mainittavan pelaajan vastineeksi. Piratesin johtaja Jim Leyland vastusti vaihtoa voimakkaasti, ja ehdotus peruttiin. Bonds jäi Pittsburghin joukkueeseen ja voitti toisen MVP-palkintonsa. Kun hän lyö.311 34 homerilla ja 103 RBI: llä, hän ohjasi Piratesit kolmanteen peräkkäiseen National League East -divisioonan titteliin. Pittsburgh kuitenkin voitti Bravesin seitsemän ottelun National League Championship Seriesissä.
- Mitä? Bonds osallistui NLCS:n seitsemännen pelin viimeiseen peliin, jossa hän otti Francisco Cabreran lyönnin ja yritti heittää Sid Breamin kotipaikalta. Mike LaVallieren syöttö oli myöhässä, ja Bream teki voittavan lyönnin. Kolmannen peräkkäisen kauden NL:n itämestari Pirates ei päässyt World Series -otteluun. Häviön jälkeen Bondsin ja joukkuetoverinsa Doug Drabekin odotettiin saavan liian korkeat palkat, jotta Pittsburgh voisi jälleen allekirjoittaa heidät.