McCain vastusti Putinin Tšetšenian vapauttamista ja kuvaili sitä "veriseksi sodaksi Tšetšenian siviiliväestöä vastaan". Hän totesi: "Kyllä on tšetšenilaisia terroristeja, mutta on monia tšetšeenejä, jotka tarttuivat aseisiin vasta sen jälkeen, kun Venäjän joukot olivat syyllistyneet julmuuksiin ensin Boris Jeltsin'in ja sitten Putinin määräysten alaisuudessa". Kuten muutkin, hän kiistää, että venäläisten asuntojen pommitukset
"On edelleen uskottavia väitteitä, että Venäjän FSB:llä on osuus näiden hyökkäysten toteuttamisessa". Hän syytti myös Venäjän turvallisuuspalveluja poliittisista salamurhista sekä riippumattomien toimittajien salamurhista.