Täytä seuraava lause: Seuraavana kesänä kapteeni Cristiano Doni kuitenkin listattiin epäiltyjen joukkoon osallisuudesta otteluiden sovittamiseen liittyvään skandaaliin (tunnetaan myös nimellä "Calcioscommesse"). Atalanta sai kuuden pisteen rangaistuksen.
Doni sai 19. elokuuta kolme ja puolivuotisen kiellon kaikesta jalkapallotoiminnasta, mikä lopetti hänen uransa 38-vuotiaana. Puolustaja Thomas Manfrediniä syytettiin myös osallisuudesta skandaaliin, ja hän sai aluksi kolmivuotisen kiellon, mutta hänet vapautettiin myöhemmin. Samana kesänä Atalanta allekirjoitti Argentiinan hyökkääjän Germán Denisille, josta tuli yksi klubin tuotteliaimmista maalipitäjistä, 56 maalia neljän ja puolen kauden aikana. Kauden alussa Atalanta sai 10 pistettä ensimmäisistä neljästä ottelustaan, kun taas yhtiö työskenteli puolustaakseen itseään ja pelaajiaan näistä syytöksistä. Atalanta sai 52 pistettä ennen kuuden pisteen rangaistusta, mikä oli uusi kerhon ennätys useimmista pisteistä Serie A: ssa. Tämä seurasi koko kauden (26 pistettä jokaisella puoliajalla) johdonmukaisista esitysistä ja neljänneksi parhaasta puolustuksesta liigan 43 maalia, Bolognan ja Fiorentinan rinnalla. Seura turvasi Serie A: n neljännen viimeisen ottelupäivän Fiorentinalle 2-0: n voitolla, vaikka hävisi viimeiset kolme ottelua Milanon, Lazion ja Juventuksen kanssa.