Honda palasi jälleen vuonna 2003 ja toimitti moottorit British American Racingille. BAR-Honda sijoittui toiseksi valmistajien mestaruudessa vuonna 2004, ja vuoden 2005 loppuun mennessä Honda oli ostanut BAR-ryhmän, joka nimettiin uudelleen Honda vuonna 2006. Hyvän kauden 2006 jälkeen, jolloin Jenson Button voitti
Honda ilmoitti joulukuussa 2008 lopettavansa Formula 1:n välittömästi maailmanlaajuisen finanssikriisin vuoksi kahden vaikean kauden 2007 ja 2008 jälkeen.