Amiraali Halsey johti laivastoa 29. elokuuta 1945. 2. syyskuuta 1945 Japanin keisarikunnan antautumisasiakirjat
Sodan päättymisen sopimukset allekirjoitettiin Missourin kannella. Kolmas laivasto pysyi Japanin vesillä syyskuun loppuun saakka, jolloin sen aluksia ohjattiin Yhdysvaltojen länsirannikolle. 7. lokakuuta 1945 Kolmas laivasto nimitettiin vararyksi ja poistettiin käytöstä.