Maaliskuussa 1861 Ferguson nimitettiin kapteeniksi Etelä-Carolinan miliisiassa, jonka jälkeen hänet nimitettiin luutnanttiksi ja C.S. Armeijan prikaatikenraali P. G. T. Beauregardin leiriassovustajaksi. Hän oli yksi upseereista, jotka vastaanottivat Yhdysvaltain armeijan majuri Robert Andersonin virallisen antautumisen Fort Sumterissa, nostivat ensimmäisen Konfederaation lipun ja lähettivät ensimmäiset vartijat Fort Sumteriin. Piirin jälkeen hänet lähetettiin esittelemään ensimmäisen vihollisen ampumalla lyöty lippu Konfederaation osavaltioiden väliaikaiselle kongressille. Hän oli everstiluutnantti ja kenraali Beauregardin apulainen Shilohin taistelussa.
- Mitä? Farmingtonin taistelun aikana hän oli 28. Mississippin ratsuväkirykmentissä. Hän komensi yksikköä puolustaessaan Vicksburgia ja auttoi pysäyttämään Yhdysvaltain kenraalimajuri William T. Shermanin ja Yhdysvaltain kommodori David Porterin hyökkäyksiä.