Hänet oli määrä vapauttaa vuonna 1940, mutta sen sijaan hänet otettiin "suojeluvankilaan" ja hän vietti seuraavat kaksi vuotta Sachsenhausenin keskitysleirillä. Sachsenhausenissa oli vankien joukossa jo kommunistiaktivistien ydin, jotka pystyivät (salaisesti) toivottamaan tervetulleeksi toisen poliittisen sielunkumppanin. Koko Saksassa, kun sodan kuolemat veivät henkensä työvoimasta, päivittäisen elämän hallinta keskitysleireillä siirrettiin yhä enemmän leirin vartijoiden toimesta luotettaville vankeille; "ystävien" päätökset merkitsivät sitä, että Selbmann asetettiin työskentelemään leirin tiilien valmistusoperaation ajoneuvojen korjaamoon, jossa, kuten hän myöhemmin muisti, työ ei ollut "vaikea tai erityisen vaarallinen". Marraskuussa 1942 hänet kuitenkin siirrettiin Flossenbürgin keskitysleiriin, joka toimitti työtä paikallisiin louhoksiin, jotka sijaitsivat vuorilla lähellä Sudetenlandin rajaa. Selbmannin mukaan Flossenburgiin siirrettiin kahdeksantoista vankia, jotka oli asetettu eristysselliin edellisen kuukauden aikana poliittisen toiminnan vuoksi. Tämä siirto toteutettiin itse Reichsführer Heinrich Himmlerin käskystä: se oli rangaistus " [Sachsenhausenin] leirin [kommunistien] solujen rakentamisesta, vallankumouksellisen työn järjestämisestä ja poliittisten vankien etuoikeuttamisesta". Sodan viimeisinä viikkoina
Flossenburgin leiri suljettiin, ja Selbmann siirrettiin taas, tällä kertaa Dachau'hun, Münchenin pohjoiseen. Huhtikuun 1945 lopussa, kun viranomaiset kiiruhtivat tyhjentämään keskitysleirit vankeistaan ennen hyökkäävien armeijoiden saapumista, hänet lähetettiin yhteen pahamaineisista kuolemanmarsseista. Hän onnistui pakenemaan ja palasi Leipzigin.