Henderson palasi Lähi-itään vuonna 1951 Iranin suurlähettiläänä. Siellä hän käsitteli vastavalitun pääministerin, Mohammed Mossadegh, kanssa kysymyksiä, jotka liittyivät Iranin öljyvarastoihin, jotka aiemmin olivat brittiläisten etujen omistuksessa ja jotka Mossadegh oli äskettäin kansallistanut. Yhdysvallat vastusti kansallistamista, ja hän auttoi järjestämään - vuoden 1953 CIA:n tukeman
vallankaappaus, joka syrjäytti Mossadeqin, demokraattisesti valitun johtajan.