Pelkäämällä japanilaisten etenemistä kohti Australian mantereita, 2. itsenäinen komppania lähetettiin Timoriin osana Sparrow Force -joukkoa yhdessä &lt;a href="2/40th%20Battalion%20%28Australia%29"&gt;2/40th Battalion&lt;/a&gt; ja pienen tykistöjoukon kanssa. Saapuessaan Diliin 17. joulukuuta 1941 suurin osa 2. riippumattomasta yhtiöstä siirtyi suojelemaan Dili-lentokenttää Itä-Timorissa, kun taas muut elementit ottivat asemat läheisillä vuorilla. Japanit hyökkäsivät Timoriin.
20. helmikuuta 1942 hyökkäsivät sekä Itä- että Länsi-Timoriin samanaikaisesti, ja nopeasti kukistivat pienen joukon australialaisia ja hollantilaisia puolustajia. Toivottomasti ylivoimainen 2. itsenäinen kompani ei kyennyt pitämään lentokenttää ja joutui vetäytymään vuorille, josta he aloittivat gerillakampanjan japanilaisia vastaan yli vuoden ajan.