Täytä seuraava lause: Kun Mississippin osavaltio erosi juuri ennen sisällissodan alkua, Barksdale erosi kongressista ja tuli Mississippin miliisin adjutantti kenraali, ja sitten kwartmeisterin kenraali, prikaattigeneraalin virassa, päivämäärällä 1. maaliskuuta 1861. 1. toukokuuta hänet nimitettiin 13th Mississippin jalkaväkijoukkueeseen, jonka hän johti ensimmäisen taistelun Bull Runin kesällä ja Ball's Bluffin taistelun lokakuussa. Seuraavana keväänä hän vei rykmenttinsä Virginian niemimaan ja taisteli niemimaan kampanjassa ja Seitsemän päivän taisteluissa. Kun hänen prikaatin komentajansa Richard Griffith haavoittui kuolettavasti
Savage's Stationin taistelu 29. kesäkuuta 1862, Barksdale otti prikaatin komennon ja johti sitä sankarillisessa, mutta verisessä ja turhasta hyökkäyksessä Malvern Hillin taistelussa. Ryhmästä tuli tunnettu nimellä "Barksdalen Mississippi-ryhmä". Hänet ylennettiin prikaatin kenraaliksi 12. elokuuta 1862.