Nakajima on osallistunut 80 Formula 1:n Grand Prix -kilpailuun.
12. huhtikuuta 1987 Honda-moottoreita Lotus-joukkueeseen. Hän oli 34-vuotias debyyttikilpailussa, mikä teki hänestä yhden Formula 1:n vanhimmista debyyttikilpailijoista. Hän pääsi kuudenneksi ja sai pisteen vain toisessa kisansa, San Marinon Grand Prix -kilpailussa 1987. Debyyttisajonsa aikana joukkuetoverinsa Ayrton Senna ylitti Nakajiman, ja monet kyseenalaistivat Nakajiman paikkaa F1:ssä, sanoen, että ilman Hondaa hän ei olisi ollut siellä ansiosta.