Heidfeld teki useita kertoja pisteitä uudelle joukkueelleen vuonna 2006. Melbournessa hän oli toinen, kunnes turva-auto tuli. Hän pääsi lopulta neljänneksi. Indianapolisissa hän hävisi ensimmäisen kierroksen onnettomuudessa, jonka seurauksena Scott Speed, Jenson Button, Kimi Räikkönen ja Juan Pablo Montoya hävisivät. Heidfeldin auto syöksyi nelinkertaiseen piippuään, - mutta hän ja muut kuljettajat pääsivät pois vahingoittumattomina. Unkarin Grand Prix
Heidfeld sai BMW Sauberin ensimmäisen podiumin ja vuoden parhaan tuloksen, kun hän pääsi kolmanneksi, vaikka hän oli vain kymmenes lähtöruudulla.