Habert ylennettiin kenraaliupseeriksi ja lähetettiin Espanjaan, jossa hän saavutti kuuluisuuden Espanjan niemimaassa. Taistellessaan vaihtelevalla menestyksellä vuosina 1808 ja 1809 kenraali ja myöhemmin marsalkka Louis-Gabriel Suchet saapui ottamaan komennon Aragoniin. Seuraavaksi seurasi lähes katkeamaton menestyssarja. Vaikka hän oli vain prikaatin kenraali, hänet nimitettiin johtamaan Suchet'in 3. divisioonaa Leridaan, Tortosaan ja Tarragonaan. Ylennyksen jälkeen hän johti divisioonaan Saguntumissa, Valenciassa, Castallassa ja Ordalissa. Hänet tunnettiin nimellä Katalonian armeijan Ajax hänen pitkittyneestä Barcelonan puolustuksesta vuonna 1814. Hän komensi divisioonaa sadana päivänä Lignyssä ja Wavressa.
, vaikka hän ei ollut Waterloon taistelussa. Habert on yksi nimistä, jotka on kirjoitettu Arc de Triomphe -riemuarkin alle.