Brooks kävi taistelua sekä toisessa seminolilaissodassa että Meksikon-Amerikan sodassa. Hän osallistui Palo Alton taisteluun ja Resaca de la Palman taisteluun vuonna 1846. Hän näki huomattavaa toimintaa Monterreyn taistelussa ja sai kapteenin brevetin "rohkeasta ja ansioituneesta käytöksestä". Seuraavana vuonna Brooks oli Vera Cruzin piirityksessä, Cerro Gordon taistelussa, Ocalacan taistelussa, Contrerasin taistelussa ja Churubuscon taistelussa.
- Mitä? Hänet ylennettiin majuriksi 20. elokuuta 1847 urhoollisesta ja ansiokkaasta käytöksestään Contrerasissa ja Churubuscossa. Hän palveli kenraali David E. Twiggsin henkilökunnassa sodan loppuun saakka.