Toukokuussa 1861 hän värväytyi 18. Illinois vapaaehtoisten jalkaväkirykmenttiin ja nimitettiin sen ensimmäiseksi everstiksi. Hänen aikaansa rykmentin komentajana Kentuckyssa ja Tennesseessä oli kiistanalainen ja "normaali". Hän haavoittui Fort Donelsonin taistelussa. Marraskuussa 1862 hänet nimitettiin prikaatikomentajaksi ja hän komensi prikaatin XIII-joukkojen toisessa diviisiossa. Hän taisteli Vicksburgin taistelussa vuonna 1863. Hän johti miehiään Port Gibsonin taistelussa.
Hänen johtamansa joukot olivat ainoat unionin joukot, jotka menivät Konfederaation rakennuksiin rautatiealueelle, jossa he istuttivat Yhdysvaltain lipun.