4. maaliskuuta 1845 Lee ylennettiin luutnanttiksi. Hänen yksikönsä siirrettiin Teksasiin syyskuussa ja asetettiin kenraali Zachary Taylorin johtoon. Taisteluissa
Palo Alto ja Resaca de la Palma, hän komensi rykmentin komppaniaa, joka palveli yhdessä ensimmäisen luutnantti James Longstreetin kanssa. Hän kirjoitti runon molemmista taisteluista.