Facchetti vietti koko uransa Interissa, myöhemmin kapteenina, Armando Picchin, Mario Corson ja Sandro Mazzolan jälkeen, hänen viimeisen kautensa aikana klubilla, vuosien 1977-78 välillä. Facchetti voitti klubinsa kanssa neljä scudettia vuosina 1963, 1965, 1966 ja 1971; yhden Italian Cupin vuonna 1978; kaksi Euroopan Cupia vuosina 1964 ja 1965; ja kaksi Intercontinental Cupia vuonna 1964.
ja vuonna 1965. Interin esiintymisensä ansiosta Facchetti menetti myös mahdollisuuden tulla ensimmäiseksi puolustajaksi, joka voitti Ballon d'Or -palkinnon, sijoittaen toiseksi vuonna 1965, kun hän oli hävinnyt sen jälkeen, kun Inter oli voittanut Serie A: n ja Euroopan Cupin. Inter voitti Serie A: n ja Euroopan Cupin, mutta Juventus voitti heidät Coppa Italia -finaalissa vuonna 1965. Facchettin 59 maalia Serie A:ssa tekevät hänestä Italian liigan historian tuotteliaimman puolustajan.