Kirjoita jatkossa tähän kappaleeseen - Vuonna 1341 kuningas Johannus Böömin salli juutalaisten perheiden asua kaupungin muurien sisäpuolella, ja ensimmäinen synagoga rakennettiin vuonna 1380, mutta useita pogromeja tapahtui 1400-luvun lopulla ja 1500-luvun alussa. Hussien sodista lähtien
Kaupunki oli perinteisesti katolisen kirkon tukikohta Bohemian kuningaskunnan pitkäaikaisten uskonnollisten konfliktien aikana. Vuodesta 1526 lähtien osa Habsburgin monarkiaa, Budejovice pysyi keisari Ferdinand II: n uskollisena kannattajana Kolmekymmentävuotisen sodan aikana. Budějovice joutui lyhyeksi ajaksi Preussin miehityksen alaiseksi Silesian sodissa ja Habsburgkien ja Ranskan armeijan välisessä sodassa vuonna 1742.