Toisen maailmansodan aikana hän toimi kenraalikuvernöörinä Marokossa ja komentajana Ranskan Pohjois-Afrikassa. Noguès oli järkyttynyt uutisista, että Ranskan hallitus oli pyrkinyt aselevon.
Saksan kanssa. 17. kesäkuuta 1940 hän sähkeili Bordeaux'lle, jossa hallitus sijaitsi: "Koko Pohjois-Afrikka on kauhistunut. Joukot rukoilevat taistelun jatkamista, jos hallitus ei vastusta. Olen valmis ottamaan vastuun tästä asenteesta ja kaikesta siitä johtuvasta riskistä", eli pyytämään vihjeitä taistelun jatkamisesta. Hän ei kuitenkaan hyväksynyt kenraali Charles de Gaullen 18. kesäkuuta Lontoosta sotimaan jatkamista, ja kertoi brittiläiselle yhteyshenkilölle, että hän piti de Gaullen asennetta "epäsopivana" ja kielsi Pohjois-Afrikan lehdistön julkaisemasta de Gaullen vetoomusta.