Whistler palveli Meksikon-Amerikan sodassa vuosina 1846-1848. Hän osallistui Veracruzin piiritykseen 9.-29. maaliskuuta 1847, Cerro Gordon taisteluun 17.-18. huhtikuuta 1847, Contrerasin taisteluun 19.-20. elokuuta 1847, Churubuscon taisteluun
, 20. elokuuta 1847. Hänet nimitettiin ensimmäisen luutnantin brevettiin 20. elokuuta 1847 "urheasta ja kunniallisesta käytöksestä" Contrerasin ja Churubuscon taisteluissa Meksikossa.