Waddell sai maaliskuussa 1862 luutnantin viran Konfederaation laivastossa. Hänet lähetettiin New Orleansiin ja määrättiin keskeneräiseen panssarivaunualukseen CSS "Mississippi", joka tuhoutui huhtikuun lopussa. Seuraavana kuukautena, kun hän palveli asevoimien upseerina, hän osallistui
Konfederaation rantapatterioiden ja liittovaltion panssarivaunujen välinen taistelu Drewry's Bluffissa, Virginiassa. Hän näki lisää ranta-patterioiden palvelua Charlestonissa, Etelä-Carolinassa, loppuvuodesta 1862 ja vuoteen 1863. Ensimmäinen luutnantti Waddell lähetettiin ulkomaille maaliskuussa 1863. Hän oli asemalla Englannissa odottaen, että hänellä olisi meriasemaa.