Indonesian saaristossa sijaitsevan Timorin saarella on ollut asukkaita jopa 40 000 vuotta, ja siellä on asunut peräkkäisiä maahanmuuttajien aaltoja Etelä-Intiasta, Malesiasta ja Melaneesiasta. Sitä hallitsivat pienet valtakunnat, jotka vaihtoivat mausteita, orjia ja sandaalipuuta naapureidensa kanssa. Portugali perusti siirtokunnan saaren itäosassa vuonna 1633. Timor jaettiin virallisesti Alankomaiden ja Portugalin kesken vuonna 1661, ja ensimmäinen Portugalin Timorin kuvernööri nimitettiin vuonna 1701. Itä-Timor oli suurimman osan seuraavista kolmesta vuosisadasta Portugalin siirtomaa. Toisen maailmansodan aikana Itä-Timoria miehittivät Australian ja Alankomaiden joukot, ja sitten japanilaiset valtasivat sen.
19. helmikuuta 1942. Sparrow Force, saaren australialaiset kommandot ja hollantilaiset joukot, aloittivat gerillakampanjan, kunnes australialaiset ja hollantilaiset joukot vetäytyivät tammikuussa 1943. Itä-Timorin asukkaiden auttaminen australialaisten auttamisessa loi sidoksen Australian ja Itä-Timorin välillä, josta tuli osa Australiassa suosittua mytologiaa. Sodan päätyttyä Timor oli Australian miehittämä, joka tuki Indonesian itsenäisyyttä Alankomaista ja ehdotti, että Itä-Timorista tulisi Yhdistyneiden kansakuntien (YK) huoltajakaupunki, mutta perääntyi Yhdistyneen kuningaskunnan vastalauseiden vuoksi.