Italian sodankäynnin jälkeen 10. kesäkuuta 1940 Waller osallistui miinakenttien etsimiseen Pohjois-Afrikan rannikolta. Hän oli taitava ampuja ja räjäytti itse leijuvia miinoja kiväärillä ja panssaria läpäisevillä luodeilla. Kesäkuun 21. päivänä Stuart pommitti italialaisten hallussa olevaa Bardia-kaupunkia. Seuraavana kuukautena hänen 10. hävittäjälaivueensa osallistui Calabrian taisteluun. Wallerin alukset pommittivat Fort Capuzzoa 17. elokuuta ja italialaista merikulkuneuvoston tukikohtaa Bomba-lahdella viikkoa myöhemmin. Syyskuussa hänelle myönnettiin Distinguished Service Order (DSO) "rohkeudesta, yrittäjyydestä ja omistautumisesta tehtävään viimeaikaisissa taisteluissa" - erityisesti vihollisen miinakenttien osoittamisesta. Samana kuukautena hänet siirrettiin HMAS Vampireen, kun taas Stuart meni kunnostukseen. Liittoutuneiden armeijoiden aloittaessa italialaisten joukkojen vastahyökkäyksen joulukuussa 1940 Välimeren laivaston ylipäällikkö, amiraali Sir Andrew Cunningham, antoi Wallerille komennon vasta muodostetulle Inshore Squadronille, joka koostui hävittäjistä, miinanraivaajista ja apulaisjoukkoista. Kun Waller oli Cunninghamin upseeri, hän vastasi laivaston tuesta hyökkäyksessä Bardiaan.
, joka putosi liittoutuneiden käsiin 5. tammikuuta 1941. Pian sen jälkeen hän luovutti Inshore Squadronin komennon ja siirrettiin takaisin Stuartille.