Vuonna 2006 Super Aguri otti Montagnyn kolmanneksi kuljettajaksi. Hänet kuitenkin ylennettiin täyteen kilpa-ajokseen toukokuussa sen jälkeen, kun ilmoitettiin, että Yuji Ide oli pudonnut takaisin testiin. Ide alennettiin hallintoelimen käskystä, joka piti häntä riittämättömänä kokeneena Formula 1:ssä. Montagny kilpaili ensimmäisessä Grand Prix -kilpailussa, Euroopan Grand Prix -kilpailussa 2006.
7. toukokuuta, viimeinen ja vetäytyi hydrauliikkaongelmasta. Hän ei päässyt toiseen kilpailuunsa vuoden 2006 Espanjan Grand Prix -kilpailussa: erinomaisen aloituksen jälkeen, jonka ansiosta hän sai 3 asemaa, hän lopetti kymmenennellä kierroksella mekaanisen vian vuoksi. Se oli hänen kolmas onnensa Monaco Grand Prix'ssa, kun hän pääsi 78 kierroksen kilpailun 16. sijalla, kolme kierrosta johtajan jälkeen.