Ottomaanien valtakunnan kohtelu kristityistä alamaistaan vaihteli historiansa aikana. Keisarin kulta-aikana miilet-järjestelmä lupasi kristityille alamaisilleen parempaa kohtelua kuin ei-kristityt, joita kristitty Euroopassa oli, kun taas keisarikunnan lasku- ja kukistumisen aikana kristityt vähemmistöt kärsivät useista julmuuksista. Huomattavia vainojen tapauksia ovat Konstantinopolin verilöyly 1821, Chiosin verilöyly, Psaran tuhoaminen, Batakin verilöyly, Hamidian verilöyly, Adanan verilöyly, traakialaisten bulgarialaisten etniset puhdistukset vuonna 1913, Libanonin vuoren suuri nälänhätä ja armenialaisten kansanmurha, kreikkalaisten kansanmurha.
ja assyrialaisen kansanmurhan, jotka kaikki tapahtuivat Kreikan itsenäisyys sodan aikana tai imperiumin viimeisten vuosikymmenten aikana pan-turkismin vaikutuksen alaisena.