Toiset ovat kuitenkin väittäneet, ettei vertailevan genomiikan arviointien käyttöä kannata käyttää, koska niiden soveltamisala on rajallinen.
Tietenkin monimutkaisempi versio lauseesta on "Toiset ovat kuitenkin väittäneet, että vertailevan genomiikan arviointien perusteella ei voida tehdä mitään, koska sen soveltamisala on rajallinen, koska ei-koodaavaa DNA:ta on havaittu olevan mukana epigenetisessä toiminnassa ja monimutkaisissa geneettisten vuorovaikutusten verkostoissa, joita tutkitaan evolutionaarisessa kehitysbiologiassa".