Happer lähti sairaalalomiolle vuonna 1855 ja toinen anglo-kiinalainen sota
Happerin paluu lomalta viivästyi vuoteen 1859. Sodan jälkeiset sopimukset kuitenkin edistivät vapaata ja rajoittamatonta pääsyä Kantoniin. Tämä johti lähetyssaarnaajien lisääntymiseen Kantoniin ja lisääntyneisiin kristinuskoon kääntymisiin. 1860-luvulla Happer perusti ensimmäisen presbyteerisen kirkon, lukuisia sisäoppilaitoksia ja päiväkouluja sekä koulutuskoulun, joka palveli Cantonin saarnaajia, opettajia ja kolportöörejä. Happer toimi ensimmäisen presbyteerisen kirkon pastorina Cantonissa, joka perustettiin vuonna 1862. Perustamalla lukuisia koulutuspalveluita Happer täytti tehtävänsä tuoda kristillistä korkeakoulutusta Kiinaan, vaikka suuri osa koulutuskoulun opiskelijakunnasta sisälsi myös kirkolle työskenteleviä. Saadakseen kiinalaiset hallituksen johtajat länsimaisen koulutuksen kautta Happer johti vuosina 1865 ja 1867 Kiinan hallituksen tulkkiopistoa Kantonissa ja opetti englantia ja matematiikkaa opiskelijoille, jotka tulivat hallituksen palveluihin ulkomaalaisina asiantuntijoina. Esittelemällä kristillisiä opetuksia kursseihinsa hän jatkoi evankelioimista tehtäväänsä ja havaitsi Kantonin presbyteeristen vähitellen kasvavan. Tätä tukevat Kantonin lähetystön tilastot, joiden mukaan vuonna 1866 lähetyskouluissa oli 147 henkilöä.