Kouchner on tunnettu Euroopan kannattaja. Hän kannatti Lissabonin sopimuksen ratifiointia, kun se uhkasi hylätä irlantilaiset kansanäänestyksessä. Ennen kansanäänestystä
Hän muistutti, että EU:n on oltava valmis ja että sen on saatava aikaan yhteinen talouspolitiikka. Hän sanoi myös, että "olisi hyvin, hyvin kiusallista, jos emme voisi luottaa irlantilaisiin, jotka ovat usein luottaneet Eurooppaan". Johtavat irlantilaiset poliitikot hylkäsivät hänen kommenttinsa "puuttumattomina", ja jotkut tiedotusvälineiden kommentoijat ovat ehdottaneet, että hänen huomautuksensa saattoivat galvanoida "Ei" -kampanjaa ennen Lissabonin sopimuksen hylkäämistä 13. kesäkuuta 2008.