Kun Virginian laivasto yhdistettiin Konfederaation laivastoon, Barron sai komennon komentajaksi ja nimitettiin komennon päälliköksi 10. kesäkuuta. Barron pysyi virassaan 20. heinäkuuta asti, kun konfederaation laivaston sihteeri Stephen R. Mallory hyväksyi Barronin pyynnön tulla Virginian ja Pohjois-Carolinan rannikkosuojelujen komentajaksi, joka oli tärkeä satama Pamlico Soundissa sijaitseville konfederaation kaappareille. Hän saapui päämajaan Fort Hatterasissa.
28. elokuuta Barron komensi sekä Fort Hatterasin että Clarkin puolustusta liittoupseeri Silas H. Stringhamia vastaan. Barron vangittiin kahden linnoituksen antautumisen jälkeen. Se pidettiin Fort Columbusissa Governors Islandilla New Yorkin satamassa, sitten Ft. Barron vapautettiin vankienvaihdossa seuraavana vuonna.