Heinäkuussa 1813 kenraali Nariño, joka oli motivoitunut voitollaan federalisteja vastaan, aloitti intensiivisen sotilaallisen kampanjan jäljellä olevia espanjalaisia ja rojalisteja vastaan etelässä, ja hän aikoi saavuttaa Paston ja lopulta Quiton. Nariñon joukot, jotka tunnettiin Etelän armeijan nimellä ja joiden määrä oli 1500-2000 miestä, onnistuivat vangitsemaan Popayán tammikuussa 1814, mutta heidät lyötiin täysin Pastossa toukokuussa 1814, ja Nariño pidätettiin ja lähetettiin sitten Cadizin kuninkaalliseen vankilaan Quiton kautta. Federalistit käyttivät tätä hyväkseen hyökätessään Bogotan kimppuun, mikä antoi kenraali Simón Bolívarille mahdollisuuden pakottaa ehdot joulukuussa 1814. Vuoden 1815 puolivälissä Pablo Morillo saapui kuitenkin suuren espanjalaisen joukon kanssa ja palautti alueen alistumaan
palautetulle Ferdinandille. Morillon sotaretki huipentui Santafén valloittamisella 6. toukokuuta 1816.