Se oli viimeinen kausi Schumacherin Ferrarilla. Kolmen kisan jälkeen Schumacherilla oli vain 11 pistettä ja hän oli jo 17 pistettä Alonson jälkeen. Hän voitti seuraavat kaksi kilpailua; hänen pole-asemansa San Marinossa oli hänen 66., rikkomalla Ayrton Sennan 12-vuotisen ennätyksen. Schumacheriltä riistettiin pole position ja hän aloitti kilpailun grillin takaosassa, kun hän pysäytti autonsa ja tukki osan radasta, kun Alonso oli hänen pätevyyskierroksellaan. Hän onnistui silti työskentelemään viidenteen paikkaan Monakon tunnetusti ahtaalla radalla. Vuoden 2014 yhdeksäntenä kisanäyttelyyn mennessä Schumacher oli 25 pistettä Alonson jälkeen, mutta hän voitti seuraavat kolme kisaa vähentääkseen epäedullisuuttaan 11:ään. Seuraavaksi voitot
Italiassa ja Kiinassa Schumacher johti mestaruuslistan ensimmäistä kertaa kauden aikana. Italian voiton jälkeen Ferrari julkaisi lehdistötiedotteen, jossa todettiin, että Schumacher lopettaisi kilpailun vuoden 2006 kauden lopussa, mutta jatkaisi työtään joukkueessa. Tifosi ja italialainen lehdistö, jotka eivät aina pitäneet Schumacherin suhteellisen kylmästä julkisesta persoonasta, osoittivat rakastavaa vastausta hänen ilmoittamisensa eläkkeelle.