Kirjoita jatko tämän kappaleen - Kolmekymmentävuotinen sota tuhosi kaupunkia, ja se heikkeni hitaasti jonkin aikaa siitä lähtien. Heilbronnin liiton hävittämisen jälkeen Nörlingenissä
Vuonna 1634 herttua Eberhard III ja hänen hovinsa pakenivat maanpaossa Strasbourgiin ja jättivät herttuakunnan Habsburg-puolisille joukkoille. Habsburgit hallitsivat jälleen kaupunkia neljä vuotta, ja tuona aikana Stuttgartin täytyi kantaa rasitusta asettamalla Habsburg-puolueelliset armeijat Sveabissa. Roomalaisten kuningas Ferdinand III saapui kaupunkiin vuonna 1634 ja kaksi vuotta myöhemmin vuonna 1636 hän yritti jälleen kerran katolilaistaa Württembergin. Seuraavana vuonna puhkesi kuume, joka tuhosi väestön. Herttua palasi vuonna 1638 alueelle, joka oli jonkin verran jakautunut alueen katolisiin ryhmittymiin ja jota sota oli täysin tuhonnut. Itse herttuakunnassa taistelu, nälänhätä, rutto ja sota vähensivät herttuakunnan väestöä 350 000:sta vuonna 1618 120 000:een vuonna 1648 - noin 57% Württembergin väestöstä. Toipuminen oli hidasta seuraavien vuosikymmenten ajan, mutta alkoi kuitenkin kaupungin ensimmäisellä kirjakaupalla vuonna 1650 ja lukiolla vuonna 1686. Tämä edistys oli lähes kokonaan peruutettu, kun Ezéchiel du Masin johdolla olevat ranskalaiset sotilaat ilmestyivät kaupungin muurien ulkopuolelle vuonna 1688 yhdeksänvuotisen sodan aikana, mutta kaupunki pelastettiin toiselta säkiltä Magdalena Sibyllan diplomaattisen kyvyn ansiosta, joka hallitsi Württembergia hänen poikansa Eberhard Ludwigin hallitsijana.