Lissouba pelkäsi valtionvallankaappausta kesäkuussa 1997 ja lähetti Cocoyesit pidättämään Cobran johtaja Denis Sassou Nguesson ja riisumaan aseistattomuusjoukkojen aseet aloittaen toisen sisällissodan
- Mitä? Heidän entiset vihollisensa ninja-joukot liittoutuivat heidän kanssaan kobraa vastaan. Toisessa sisällissodassa Cocoye-joukot pelasivat merkittävää roolia, valloittaen Moukoukoulou-patoa ja katkaisten virran suurelta osin etelään.