Jones, jota kutsutaan usein Jenkkiksi, värväytyi vuonna 1862 Wisconsin-vapaaehtoisarmeijan 6. patteriaan. Hänen sotilaspalveluksessaan oli Vicksburgin taistelut, Missionary Ridge, Chattanooga, Lookout Mountain
Ja Atlantan kanssa. Hän loukkasi jalkansa Missionary Ridgeillä, - mikä vaati häntä kävelemään kannalla koko loppuelämänsä. Sodan kokemukset vakuuttivat hänet siitä, että ihmisten on löydettävä toinen tapa ratkaista erimielisyydet. Kun Jones oli saanut armeijasta vapautuksen, hänestä tuli avoin pasifisti.