Da Matta nousi kilpa-urheiluissa huipulle vuonna 2003 Toyota Formula 1 -joukkueessa. Hän sai 10 mestaruuspistettä tuona vuonna, neljä enemmän kuin kokenut veteraani ja joukkuetoverinsa Olivier Panis, ja pian teki itselleen nimen Formula 1: ssä, kun hän vietti suuren osan vuoden 2003 Brasilian Grand Prix -kilpailun ensimmäisestä puoliskosta jahtaamalla hallitsevaa maailmanmestaria Michael Schumacheria monsunilta kärsineessä kilpailussa ennen kuin lopulta pääsi kymmenenneksi. Hän johti vuoden 2003 Britannian Grand Prix -kilpailua.
17 kierrosta, kun kilpailu keskeytyi - kun protestoija tunkeutui radalle ja käynnisti turva-auton. Tämä aiheutti useimpien etuosassa olevien autojen tekemän suunnittelemattomia pit-pysähdyksiä, jolloin Da Matta jäi johtoon, ja lopulta hän päätyi seitsemänneksi yhdeksi neljästä pisteen saamisesta hänen debyyttisajonansa aikana. Hänen omaisuutensa heikkeni kuitenkin vuonna 2004. Saatuaan vain 3 mestaruuspistettä, da Matta menetti kilpailupaikkansa Ricardo Zontaan Saksan Grand Prix:n jälkeen Hockenheimissa. Tämä ei johtunut vain suorituskyvyn ongelmista, vaan myös siitä, että Da Matta teki avoimesti lausuntoja siitä, kuinka epäkilpailukykyinen Toyota oli.