Toisen maailmansodan aikana Ford toimi strategisten palvelujen toimiston valokuvausyksikön johtajana ja teki dokumentteja laivaston osastolle. Hänet nimitettiin komentajaksi Yhdysvaltain laivaston reservissä. Hän voitti vielä kaksi Oscar-palkintoa, yhden puolidokumenttielokuvasta "The Battle of Midway" (1942) ja toisen propagandakuvasta "" (1943). Ford kuvasi japanilaisten hyökkäyksen Midwaylle.
Sand Islandin voimalaitoksesta ja haavoittui käteen.