Braves hävisi Floridan Marlinsille vuoden 1997 NLCS: ssä.
ja San Diego Padresin kanssa vuoden 1998 NLCS:ssä. Braves pääsi takaisin World Series -sarjaan vuonna 1999, mutta hävisi New York Yankeesille neljässä peräkkäisessä pelissä. Coxin 2001-joukkue voitti divisioonan mestaruuden ja häiritsi suosiossa olevia Houston Astrosia kolmessa peräkkäisessä pelissä divisioonan sarjassa. Arizona Diamondbacks kuitenkin voitti Bravesin viidessä pelissä NLCS:ssä.