Anna Elfriede Stoeckerin myöhäisistä vuosista tiedetään vain vähän. Hän kuoli Itä-Berliinissä 3. elokuuta 1966. On todennäköistä, että hän palasi Saksaan vuonna 1933 ja asui hiljaisesti Hitlerin Saksassa (1933-1945), Neuvostoliiton miehittämässä Saksassa (1845-1949) ja Walter Ulbrichtin Neuvostoliiton sosialistisessa Itä-Saksassa (1949-1966). Hänen miehensä tuhkat oli haudattu 1945 jälkeen.
Hänet haudattiin Friedrichsfelden hautausmaalle sosialismin sankareiden ruumiille varattuun osaan. Hänen kuoltuaan Elfrieden ruumiit haudattiin lähelle.