Täytä lause: Konfederaation aikana heidän oikeusvaltuutetulla oli linnoitus Limmatin oikealla rannalla, joka kontrolloi pääsyä sillalle. Sveitsin valtiopäivä kokoontui Badeniin toistuvasti vuodesta 1426 noin vuoteen 1712, mikä teki Badesta eräänlaisen Sveitsin pääkaupungin. Kaupungintalo ('), jossa valtiopäivä kokoontui, on edelleen tutustumiskelpoinen. Vuosisadan aikana kaupunki sai jälleen suosionsa kylpylänä ('). Kaupungissa käytiin 21. toukokuuta - 18. kesäkuuta 1526 kuuluisa keskustelu transsubstantiation aiheesta. Vaikka Zwingli kieltäytyi osallistumasta henkilökohtaisesti, hän painoi laajakaistalehtiä koko kokouksen ajan ja lähetti apulaisensa Johannes Oecolampadiuksen keskustelemaan Johann Eckistä ja Thomas Murnerista. Lopulta enemmistö päätti vastaan uudistajat, mutta huomattava lohko ilmestyi myös heidän puolestaan. Johann Pistorius järjesti disputation kaupungissa vuonna 1589. Stein vahvistettiin uudelleen joskus vuosien 1658 ja 1670 välillä, mutta linnoitus hylättiin vuonna 1712. Vuonna 1714 Rastattin ja Badenin sopimukset lopettivat Ranskan ja Habsburgien väliset vihollisuudet, Espanjan perimyssotien viimeinen näyttämö. Toinen Badenin sopimus lopetti
Toggenburgin sota sveitsiläisten protestanttisten ja katolisten kantoneiden välillä vuonna 1718. Baden oli Badenin kantonin pääkaupunki vuodesta 1798 vuoteen 1803, jolloin Aargau perustettiin.