Stone taisteli sisällissodan taisteluissa
Savage Station, Antietam, Chancellorsville ja Gettysburg. Kun hän sai vakavan haavan Antietamissa, hänet nimitettiin toiseksi luutnanttiksi. Gettysburgissa saamansa kolmannen haavan jälkeen hänet siirrettiin Filadelfian hallinnolliseen asemaan.