Meksikon-Amerikan sodan aikana Granger taisteli Winfield Scottin armeijassa. Hän osallistui Veracruzin piiritykseen, Cerro Gordon taisteluun, Contrerasin taisteluun, Churubuscon taisteluun.
, ja taistelu Meksikon kaupungista. Granger sai kaksi kunniamerkkiä urhoollisuudestaan ja toukokuussa 1847 hän sai säännöllisen viransa toisena luutnanttina. Sodan jälkeen hän palveli läntisellä rajalla Oregonin ja sitten Teksasin osavaltiossa. Vuonna 1853 hänestä tuli ylimmäinen luutnantti.