Sisällissodan aikana hän ajoi sukellusveneellä Fort Jacksonin ja Fort St. Philipin kautta huhtikuussa 1862 ja New Orleansin valloituksessa. Hän osallistui taisteluun Vicksburgin pattereissa Grand Gulfin rannikolla.
- Mitä? Hän oli panssarijoukon johtava upseeri Fort Sumterin ensimmäisessä hyökkäyksessä 7. huhtikuuta 1863 ja hyökkäyksessä Konfederaation rammin kanssa 17. kesäkuuta sekä hyökkäyksissä Charlestonin puolustukseen 4. heinäkuuta - 7. syyskuuta. Hän osallistui West Gulf Blockading Squadronin kanssa Mobile Bayn taistelussa elokuussa 1864 ja myöhemmin komensi kaksinkertaista sivupyöräisiä tykkiveneitä vuoden 1864 lopulla ja vuonna 1865.