Bulgaria Air perustettiin vuonna 2002 maksukyvyttömän Balkan Bulgarian Airlinesin seuraajana ja aloitti toimintansa 4. joulukuuta samana vuonna. Liikenne- ja viestintäministerin määräyksellä se julistettiin kansalliseksi lippuliikenteen harjoittajaksi marraskuussa 2002. Bulgaria Air aloitti toimintansa nimellä "Balkan Air Tour". Lentoyhtiö tunnettiin tällä nimellä vain lyhyen ajan. Nimi "Bulgaria Air" ja alkuperäinen logo määritettiin julkisella kilpailulla. Bulgaria Air yksityistettiin vuonna 2006; vaikka huhu oli, että hallitus halusi myydä lentoyhtiön suurelle ulkomaiselle sijoittajalle, paikallisesti omistettujen yhtiöiden ryhmä, jota johti Hemus Air, tuli ostajaksi, ja Italian lentoyhtiö Air One oli ainoa toinen kilpailija. Hemus Air maksoi 6,6 miljoonaa euroa ja lupasi investoida 86 miljoonaa euroa seuraavien viiden vuoden aikana. Vuodesta 2002 lähtien kaikki lennot ja sen toiminnot ja johto ovat Via Airin ja sen tytäryhtiön nimissä.
Balkan Bulgarian Airlines -yhtiö