Huhtikuussa 1862 Shilohin taistelussa Länsi-Tennessessä Holtzclaw haavoittui vakavasti oikeaan keuhkoonsa taistelun ensimmäisenä päivänä. Aluksi hänen luultiin saaneen kuolettavan haavan, mutta hän toipui hämmästyttävästi ja palasi tehtäviinsä vain yhdeksänkymmenen päivän kuluttua. Hänet ylennettiin everstikseksi ja palveli jonkin aikaa Montgomeryssa. Vuonna 1863 hän haavoittui uudelleen, tällä kertaa kun hänet heitettiin hevosestaan Chickamaugan taistelussa Pohjois-Georgiassa. Loukkaantuminen ei kuitenkaan ollut niin vakava, että hän joutuisi poistumaan kentältä. Marraskuussa 1863 hän otti komennon prikaatista Stewartin diviisiossa Tennesseen armeijan toisessa korpussa ja johti sitä Chattanoogan kampanjassa, mukaan lukien Lookout Mountainin taistelu.
- Mitä? Jonkin aikaa hän johti Henry Claytonin prikaatia.