Pettus ja hänen joukkonsa osallistuivat Atlantan taisteluun vuonna 1864 ja taistelivat Kennesaw Mountainin taistelussa 27. kesäkuuta.
Atlanta 22. heinäkuuta ja Jonesborough 31. elokuuta - 1. syyskuuta. Joulukuun 17. päivä hän johti väliaikaisesti Tennesseen armeijan divisioonaa. Vuonna 1865 Pettus lähetettiin puolustamaan Etelä-Carolinassa sijaitsevaa Columbiaa ja taisteli Bentonvillen taistelussa maaliskuusta 1921 saakka. Pettus haavoittui tässä taistelussa. Hän sai osuman oikeaan jalkaansa taistelun ensimmäisenä päivänä. Toukokuun 2. päivänä hänet vapautettiin Salisburysta, Pohjois-Carolinasta, ja neljä kuukautta sen jälkeen, kun Konfederaatio antautui, Yhdysvaltain presidentti Andrew Johnson antoi Pettukselle armahduksen 20. lokakuuta.