Makhanda perustettiin Grahamstownina vuonna 1812 neljännen Xhosan sodan jälkeen.
Everstiluutnantti John Graham käytti sitä sotilaslähetyspaikkana - osana kampanjaa turvata Kapin siirtokunnan itäraja. Aluksi eversti Graham päätti perustaa päämajansa Noutoe-lainafarmille, joka tunnetaan nyt nimellä Table Farm, mutta aliluutnantti Andries Stockenstromin suosituksesta se siirrettiin Lucas Meyerille kuuluvaan De Rietfonteinin lainafarmille. Uuden pääkonttorin rakentaminen, joka sijaitsi nykyisen kirkkoikkunan paikalla, alkoi näin ollen kesäkuussa 1812.