Kirjoita jatko-osa tähän kappaleeseen - Kauhea maanjäristys, joka tuhosi Lissabonin
1. marraskuuta 1755 Perez muutti lopullisesti tuotantoaan. Opera do Tejo tuhottiin kuusi kuukautta avaamisensa jälkeen ja hovi vetäytyi teattereista. Seuraavien seitsemän vuoden aikana ei tuotettu oopperoita, ja sen jälkeen vain vähemmän näyttävällä tavalla. Viimeisten 23 vuoden aikana Perez kirjoitti vain kolme uutta oopperaa. Sen sijaan hän sävelsi valtavan määrän kirkollista musiikkia, joka kattoi lähes kaikki Lissabonin kahden tärkeimmän musiikillisen kappelien, kuninkaallisen ja Seminário da Patriarcalin, rituaalit ja käytännöt. Hän ei koskaan lähtenyt Portugalista, joten hänen kansainvälinen maineensa heikkeni hitaasti. Gerber kuitenkin huomautti, että vuodesta 1766 lähtien Perezin sävelteet olivat tunnettuja ja kysyttyjä Saksassa ja että hän oli vuonna 1790 "yksi tunnetuimmista ja rakastetuimmista säveltäjistä italialaisten mestarien joukossa... yksi uusimmista säveltäjistä, jotka säilyttivät kontrapuntin tiukkuuden". J. C. Krause mainitsi Hassen, Perezin ja Paisiellon tyydyttäviksi malleiksi. Vuonna 1774 Perezistä tuli Lontoon muinaisen musiikin akatemian jäsen ja hänellä oli ainoa elinaikanaan painettu täysimittainen kappale, "Mattutino de 'Morti" (kolmas sarja kuolleiden toimisto), jonka Bremner julkaisi siellä. Hänen musiikkinsa, varsinkin uskonnollinen, kopioitiin laajasti Italiassa. Elämänsä viimeisten neljän vuoden aikana Perez kärsi kroonisesta sairaudesta ja menetti lopulta näkönsä, mutta jatkoi säveltämisen. Vuonna 1778 hänen oppilaansa, nykyinen Portugalin kuningatar Maria I, teki hänestä Kristuksen ritarikunnan ritarin; kun hän kuoli Lissabonissa, hän määräsi hienostuneen hautajaisen kruunun kustannuksella.