Elokuussa 2015 Frederiksen nimitettiin Tanskan U21-joukkueen manageriksi ja allekirjoitti kaksivuotisen sopimuksen. Hänen ensimmäisessä pelissään he hävisivät 1:2 Saksaan ystävällisessä ottelussa Stadion Lohmühle Lübeckissä, Schleswig-Holsteinin osavaltiossa. Frederiksenin johdolla Tanska pääsi UEFA:n alle 21-vuotiaiden Euroopan mestaruuskilpailuun vuonna 2017
Vuonna 2019 he hävisivät ryhmävaiheessa ja päätyivät kolmanneksi ja toiseksi.