Vuoden 2016 presidentinvaalit johtivat Duterte'n voittoon. Hänen presidenttinä ollessaan hänen sisäpolitiikkansa on keskittynyt laittoman huumekaupan torjuntaan aloittamalla kiistanalainen sota huumeita vastaan, taistellen rikollisuutta ja korruptiota vastaan, käynnistämällä massiivinen infrastruktuuri-suunnitelma ja ehdottamalla siirtymistä liittovaltiojärjestelmään. Hän valvoi myös Ferdinand Marcosin kiistanalaista hautajaista ja johti hallitusta voittoon vuoden 2017 Marawin taistelussa.
Maute-ryhmän ylittäminen ja alueen kunnostaminen. Vuodesta 2020 lähtien hän on johtanut hallituksen vastatoimia COVID-19-pandemian torjumiseksi. Hän ilmoitti aikovansa harjoittaa "riippumattoman ulkopolitiikan" ja vahvistaa suhteita Kiinaan ja Venäjään. Elokuussa 2021 hän ilmoitti ehdokkuudestaan varapresidenttiksi vuoden 2022 vaaleissa.