Kun yksikkö oli alun perin palkattu palveluksesta, - 90 päivän värväyskausi päättyessä, Nugent hyväksyi komennon kapteenina säännöllisessä armeijassa. Hänet määrättiin välittömästi 13. jalkaväkirykmenttiin, jonka komentaja, eversti William Tecumseh Sherman, henkilökohtaisesti pyysi. Hän otti vapaata ja palasi New Yorkiin auttamaan Thomas Francis Meagheria Irlannin prikaatin järjestämisessä. Uudistettu 69. jalkaväkirykmentti oli ensimmäinen yksikkö, joka määrättiin Irlannin prikaattiin ja Nugentin kanssa sen eversti, hän johti "Fighting 69th" taisteluissa Fair Oaksissa, Gaines Millissä, Savage Stationissa
Valkoisen tammen suolla, Glendalessa ja Malvern Hillissä.