Jansen palasi Pacific Coast Leagueen pelaaja-valmentajana Seattleen (1955 ja 1957) ja Portlandiin (1958<unk>60). Jansen palasi Major Leaguesiin San Francisco Giantsin syöttövalmentajana vuonna 1999 ja Dark managerina. Jansen toimi syöttövalmentajana 11 kauden ajan ja auttoi kehittämään tulevia Hall of Famer -pelaajia Juan Marichalia ja Gaylord Perryä. Hänen kautensa aikana Giants esiintyi vuoden 1962 World Series -sarjassa ja vuoden 1971 National League Championship Series -sarjassa.
- Mitä? Hän siirtyi sitten viimeiseen MLB-valmennustyöhönsä, jossa hän käsitteli Chicago Cubsin syöttäjiä vuonna 1973, työskentelemällä vanhan Giants-päällikönsä Leo Durocherin ja sitten entisen joukkuetoverinsa Whitey Lockmanin kanssa.