Lee osallistui vuonna 1862 Peninsula Campaign, erityisesti aikana taistelu Seitsemän Pines 31. toukokuuta ja 1. kesäkuuta, taistelu Savage's Station
Seitsemän päivän taisteluissa 25. kesäkuuta - 1. heinäkuuta ja Malvern Hillin taistelussa myös 1. heinäkuuta. Hän palveli lyhyesti 4. Virginian ratsuväessä heinäkuussa, ylennettiin everstikseksi 9. heinäkuuta ja otti komennon kenraalimajuri James Longstreetin armeijan tykistöpataljoonista samana kuussa. Longstreetin alaisuudessa Lee taisteli toisessa Manassasin taistelussa elokuussa ja sitten Antietamin taistelussa syyskuun 17. päivänä, jossa hänen aseensa pelasi merkittävää roolia puolustaessaan kuuluisan Dunker Churchin lähellä olevaa maata. Seuraavassa on yhteenveto Leen osallisuudesta Sharpsburgissa: