Afrikan-Amerikkalaisten protesteja etelässä kiihtyi 1960-luvun alussa, ja ACLU auttoi joka askeleessa. Neljä afroamerikkalaista opiskelijaa järjesti istumalakon
Pohjois-Carolinan erillisessä tavaratalossa, istumaliikkeen vauhti kasvoi ympäri Yhdysvaltoja. Vuonna 1960 ja 1961 ACLU puolusti mustia opiskelijoita, jotka pidätettiin mielenosoituksista Pohjois-Carolinassa, Floridassa ja Louisianassa. ACLU tarjosi myös oikeudellista apua Freedom Ridesille vuonna 1961, Mississippin yliopiston yhdentymiselle, Birminghamin kampanjalle vuonna 1963 ja Freedom Summerille vuonna 1964.