Emory palveli prikaatin komentajana Potomacin armeijassa vuonna 1862, ja hänet siirrettiin Länsi-teatterille. Hänet ylennettiin vapaaehtoisten prikaatin kenraaliksi 17. maaliskuuta 1862. Myöhemmin hän komensi divisioonaa Port Hudsonin kampanjassa. Myöhemmin hän palasi itään yhdeksännentoista armeijan komentajana ja palveli kaikissa suurissa taisteluissa.
1864 Shenandoah Valley Campaign, erityisesti Cedar Creekin taistelussa, jossa Emoryn toimet auttoivat pelastamaan liittoarmeijan tuhoisalta tappiolta kunnes kenraalimajuri Philip Sheridan saapui.