Täytä seuraava lause: Trajkovskin toimikautta merkitsivät jännitteet etnisten makedonialaisten ja tasavallan suuren etnisen albanialaisen vähemmistön välillä. Kosovon sodan jälkimainingeissa
Seuraavana vuonna Makedonian turvallisuusjoukkojen ja albanialaisten kapinallisten väliset väkivaltaiset aseelliset yhteenotot, joiden tarkoituksena on parantaa heidän asemansa laillisena vähemmistönä ja yleisesti ottaen parantaa taloudellisia, hallinnollisia ja oikeudellisia olosuhteita. Vaikka hänen valtuutensa olivat rajalliset ja hänen roolinsa suurelta osin seremoniallinen, hän johti Naton välityksellä vuonna 2001 solmittua rauhansopimusta, joka lopetti väkivallan ja esti täydellisen sisällissodan Makedonian tasavallassa. Häntä pidettiin etnisessä vuoropuhelussa maltillisena, ja hän puhui etnisten albanialaisten laajemmasta osallistumisesta, ja häntä on pidetty keskeisenä hahmona konfliktin ratkaisemisessa. Boris Trajkovskin ystävä ja neuvonantaja oli hänen henkilöstöpäällikönsä Zoran Jolevski, joka oli Makedonian suurlähettiläs Yhdysvalloissa ja neuvottelija valtion nimestä Makedonian nimekilpailussa.