Vuonna 1971 Khan ja muut pakistanilaiset poliitikot tapasivat Sheikh Mujibur Rahmanin pyrkiessään estämään mahdollisen sotilaallisen yhteenoton Itä-Pakistanin kansan kanssa. He tarjosivat tukea Mujibille hallituksen muodostamisessa, mutta oli jo liian myöhäistä murtaa umpikuja, koska Yahya Khan oli jo päättänyt täysimittaisesta sotilasvallasta. Pakistanin kasvava haavoittuvuus ja laajalle levinnyt kansainvälinen viha sotilasvaltaa vastaan - lopulta loivat tilanteen, joka johti sotaan.
Pakistanin ja Intian välillä. Tämä sota osoittautui tuhoisaksi, ja sen huipentuma oli Pakistanin asevoimien kukistuminen Itä-Pakistaniin ja uuden Bangladeshin valtion perustaminen. Häviöstä järkyttynyt Yahya Khan erosi virastaan ja armeijasta. Kenraali Gul Hassan Khanin johdolla Zulfikar Ali Bhutto tuotiin takaisin Amerikasta ja nimitettiin siviilipäämies-oikeudeksi ja presidentiksi.