6. ja 17. heinäkuuta 1794 Dubois johti joukkojaan taisteluissa liittouman joukkoja vastaan. Hän taisteli Aldenhovenin taistelussa 2. lokakuuta, jossa hän johti 4000-henkistä ratsuväen reserviä. Hän riiteli varastoyksikön kanssa, mikä aiheutti eron Jourdanin kanssa. Hän lähti armeijasta 1795. 1. Prairial-vuoden III kapina puhkesi 20. toukokuuta 1795, kun aseistettu väkijoukko murtautui kansalliskokoukseen ja murhasi edustajan. Pariisissa Dubois sai 21. päivänä pääkaupungin ratsuväen komennon. Seuraavana päivänä Jean-Charles Pichegrun johdolla sotilaat murskasivat kapinan. Dubois palasi "Pohjan armeijaan", jossa hän komensi Jemappes-osastoa. Hän pyysi siirtoa "Italian armeijaan" korvatakseen tapetun Amédée Emmanuel François Laharpen; pyyntö myönnettiin. 4. syyskuuta 1796 Dubois sai kolme musketinpalloa johtamassa ratsastajiaan Rovereton taistelussa.
- Mitä? Kuoltavasti haavoittunut kenraali haukkui Napoleon Bonaparteen: "Kuolen tasavallan puolesta. Onko minulla aikaa tietää, onko voitto täydellinen?" Dubois on Triumph-arkin kolonnalla 25.