Pettus palveli sisällissodan läntisellä rintamalla. Stones River Campaignin aikana unioni-sotilaat vangitsivat hänet 29. joulukuuta 1862 ja vaihtoivat hänet pian myöhemmin unioni-sotilaisiin. Pettus vangittiin uudelleen 1. toukokuuta 1863, kun osa antautuneesta varuskunnasta, joka oli puolustanut
Port Gibsonissa Mississippissä. Hän onnistui pakenemaan ja palaamaan omille linjoilleen. Pettus ylennettiin everstikseksi 28. toukokuuta ja sai komennon 20. Alabaman rykmentistä.