Borneon taistelun toinen vaihe alkoi 10. kesäkuuta, kun 9. divisioona suoritti samanaikaisia hyökkäyksiä Luoteis-Labuanin saarelle ja Brunein rannikolle. Brunei oli nopeasti turvattu, mutta japanilaisten varuskunta Labuanissa
Se kesti yli viikon. Kun Bruneinlahden alue oli turvattu, 24. prikaati purettiin Pohjois-Borneoon ja 20. prikaati etenee Borneon länsirannikolla Bruneista etelään. Molemmat prikaatit nousivat nopeasti japanilaisten heikkoa vastarintaa vastaan, ja suurin osa luoteis-Borneosta vapautettiin sodan loppuun mennessä. Kampanjan aikana 9. divisioonaa auttoivat alkuperäiskansojen taistelijat, jotka aloittivat gerillakriisin japanilaisia joukkoja vastaan australialaisten erikoisjoukkojen tuella.