Kirjoita jatko tähän kappaleeseen - Tiedekunta jaettiin Tšekin ja Saksan osiin vuonna 1882, ja luonnontieteiden tiedekunnasta tuli erillinen laitos vuosina 1920-1939. Vuonna 1939 natsi-Saksan miehitysjoukot sulkivat koulun, ja opettajat ja oppilaat joutuivat julmaan vainoon. Miehityksen päättymisen jälkeen vuonna 1945 taideyliopisto kukoisti jälleen muutaman vuoden ajan. Tämä lopetettiin pakolla vuonna 1948 kommunistisen vallankaappauksen seurauksena vuonna 1948. Tieteellisen tiedekunnan arvostus väheni nopeasti, kun lukuisat arvostetut opettajat pakotettiin lähtemään ja marxilais-leninistiset tutkimukset otettiin käyttöön. 1960-luvulla tiedekunta alkoi vähitellen avata aikansa huomattaville ajattelijoille, mutta tämä suuntaus kääntyi Neuvostoliiton miehityksen myötä vuonna 1968.
Opiskelija Jan Palach vastusti sitä sytyttämällä itsensä tuleen. Kun kommunistinen hallinto päättyi Tšekkoslovakiassa vuonna 1989 ja sen edustajat lähtivät tiedekunnasta, se perustettiin uudelleen yhtenä maan arvostetuimmista yliopistoista.