Hänet vaihdettiin Floridan Marlinsiin. Hänen tilastonsa parani huomattavasti vaihdon jälkeen. Seuraavana kaudella hän auttoi kokematonta Marlinsiä voittamaan vuoden 2003 World Series -sarjan. NLCS:n kuudennessa pelissä Marlinsit olivat viiden ottelun päässä pudotuksesta, kun Cubsin fani Steve Bartman -
, estänyt potentiaalisen syyllisen pallon saaliin levittämällä kätensä Moisés Alou'n yli, kun Alou yritti saada pop-up-pallon kentälle. Mordecain kolmen juoksun kaksoispotti räjäytti pelin, korostaen Cubsin historiallista romahdusta, jota joskus kutsutaan yksinkertaisesti "Inningiksi". Mordecai voitti toisen World Series -ottelunsa, kun Marlins tappoi Yankeesin World Seriesissä.