Täytä seuraava lause: Pinturault ei pystynyt saamaan kauden alkua Söldenissä lokakuussa 2012, koska hän loukkaantui nilkkaansa pelatessaan tennistä ja joutui keskeyttämään kolmen kuukauden ajan. Joulukuussa hän voitti toisen MM-kilpailunsa slalomissa Val-d'Isère'ssa, jossa hän innosti kotifanit loistavalla toisella kierroksella valonpiirtäjien alla nousemaan kuudennesta sijasta. Hän voitti vakuuttavasti saksalaisen Felix Neureutherin puolen sekunnin ja tulevan MM-mestarin Marcel Hirscherin, joka johti 0.57 sekunnin jälkeen. Pinturaultin kolmas voitto oli superkombinaatissa Wengenissa Sveitsissä, jossa hänen ylivoimaiset slalomiosaamisensa olivat avainasemassa. Hän sijoittui 22. sijalle laskeutumisessa ja oli 1.15 sekuntia edellä kroatialaista Ivica Kostelićia. Hän oli ensimmäistä kertaa kuukausien ajan laskeutumisluistelussa, sillä hän ei ollut ollut kauden edeltävässä nopeusharjoittelussa sen jälkeen, kun hänen vasemmassa nilkassaan tehtiin leikkaus elokuussa tennispelaamisen aikana vahingoittuneiden nivelsiteiden korjaamiseksi. Pinturault ei voittanut mitalia maailmanmestaruuskilpailussa vuonna
2013 mutta oli neljä kuuden parhaan joukossa. Viikkoa myöhemmin hän voitti neljäs maailmanmestaruuskilpailunsa, ensimmäisen kerran jätti-slalomissa Garmischissa Saksassa. Pinturaultin aika oli 0.60 sekuntia Hirscherin edellä. 15. maaliskuuta hänet kunnioitettiin vuoden 2013 Longines Rising Star -palkinnolla. Hän oli kauden paras nuori kilpailija (alle 23 vuotta).