Hän syntyi nykyajan Sindhissä ja opiskeli Kalifornian yliopistossa Berkeleyllä ja Oxfordin yliopistossa. Bhutto koulutettiin asianajajaksi Lincoln's Innissa ennen kuin hän astui politiikkaan presidentti Iskander Mirzan hallituksen jäsenenä. Hän sai useita ministeriöitä presidentti Ayub Khanin sotilasvallan aikana vuodesta 1958. Vuonna 1963 nimitetty ulkoministeri Bhutto oli Kashmirin Gibraltarin operaation kannattaja, joka johti sotaan Intian kanssa vuonna 1965. Tashkentin sopimuksen lopettamisen jälkeen Bhutto riiteli Ayub Khanin kanssa ja hänet erotettiin hallituksesta. Bhutto perusti PPP: n vuonna 1967 sosialistisen foorumin pohjalta ja osallistui presidentti Yahya Khanin järjestämiin yleisiin vaaleihin vuonna 1970. Vaikka Awami-liiga voitti enemmistön paikoista yleisesti, PPP voitti enemmistön paikoista Länsi-Pakistanissa; molemmat puolueet eivät kyenneet sopimaan uudesta perustuslaista erityisesti kuuden pisteen liikkeestä, jonka monet Länsi-Pakistanissa näkivät keinona hajottaa maata. Seuraavia kapinoita johti eroon.
Bangladeshin ja Pakistanin häviö sodassa Bangladeshin liittolaista Intiaa vastaan vuonna 1971. Bhutto siirrettiin presidenttiksi joulukuussa 1971 ja hätätila julistettiin. Kun Bhutto aloitti Pakistanin jälleenrakennuksen, hän sanoi aikovansa "uudistaa luottamusta ja toivoa tulevaisuuteen".