1600-luvulla Guatemalan espanjalaisen valloituksen aikana järven rannalla käytiin taistelu, jossa espanjalaiset ja heidän kaqchikel-liittolaisensa kukistivat ts'utujillit. Espanjan Guatemalan valloituksen jälkeen
Pian sen jälkeen fransiskaanit perustivat Panajachelissa kirkon ja luostarin ja käyttivät kaupunkia keskuksena kääntääkseen alueen alkuperäiskansoja roomalaiskatoliseen uskoon. Kirkon alkuperäinen julkisivu on yhä pystyssä, ja sitä pidetään yhtenä Guatemalan siirtomaa-tyylin jalokivistä.