Bonaga teki debyyttinsä Panaman puolikappaleen UNCAF Nations Cup 2009 puolikappaleen, joka tuli viime hetken sijaisena Hondurasiin vastaan 30. tammikuuta 2009 ja on 1. toukokuuta 2015 saakka ansainnut yhteensä 23 ottelua, jolloin hän teki 1 maalin. Hän edusti maataan kahdessa FIFA: n maailmanmestaruuskilpailussa ja pelasi vuoden 2011 MM-kisoissa.
ja vuoden 2013 CONCACAF Gold Cups. 10. tammikuuta 2013 hän teki maalin Guatemalaa vastaan ystävällisessä ottelussa 67. minuutissa.