Gandhi'n näkemys uskonnolliseen moniarvoisuuteen perustuvasta itsenäisestä Intiasta haastettiin 1940-luvun alussa uudella muslimi-nationalistisella kannalla, joka vaati erillistä muslimi-isänmaata Intiasta. Elokuussa 1947 Iso-Britannia myönsi itsenäisyyden, mutta Brittiläisen Intian valtakunta jaettiin kahteen hallitsemukseen, hinduen enemmistöiseen Intiaan ja muslimien enemmistöiseen Pakistaniin. Kun monet pakkosiirtolaisista hindut, muslimit ja sikhit pääsivät uusiin maihinsa, uskonnollinen väkivalta puhkesi, varsinkin Punjabissa ja Bengalissa. Välttämällä itsenäisyyden virallista juhlaa Delhissä Gandhi vieraili kärsineillä alueilla ja yritti antaa lohdutusta. Seuraavina kuukausina hän aloitti useita nälkälakkoja uskonnollisen väkivallan lopettamiseksi. Viimeisimmällä näistä, joka toteutettiin 12. tammikuuta 1948, kun hän oli 78-vuotias, oli myös epäsuora tavoite painostaa Intiaa maksamaan joitakin Pakistanille velkaa käteisvaroja. Jotkut intiaanit pitivät Gandhia liian suopeana. Heidän joukossaan oli Nathuram Godse, hindulainen kansallismielinen, joka murhasi Gandhin
30. tammikuuta 1948 ampumalla kolme luotia rintaan.