Margonin on peräisin 700-luvulta, ja 900-1200-luvulla se oli puolustuksellinen linnoitus, joka tuli osa Puolaa sen jälkeen, kun valtio perustettiin 900-luvulla. Margonin mainittiin ensimmäisen kerran, kun Gnieznon Skotnikin arkkipiispa Jarosław Bogoria ja Poznańin piispa Jan Doliwa sopivat 15. toukokuuta 1364, että Margoninin seurakunta kuuluisi Poznańin hiippakuntaan. Kaupunkioikeudet saatiin vuonna 1402. Margonin oli Puolan aateliston yksityinen kaupunki, joka sijaitsi hallinnollisesti Kcinyan piirikunnassa Kalisz-voivodistossa Puolan kruunun Suuren Puolan maakunnassa. Suuri osa kaupungista tuhoutui vuonna 1655 Puolan ruotsalaisen hyökkäyksen aikana ("tuli")
Kaupunki menetti oikeutensa. Ne palautettiin 20. heinäkuuta 1696. Vuonna 1725 perustettiin orpokoti. Katolinen kirkko vahingoittui voimakkaasti myrskyssä vuonna 1737, ja se korjattiin vuosina 1753 ja 1755.