Täytä seuraava lause: 15. elokuuta 1945 japanilaiset
antautui liittoutuneille. Kaksi päivää myöhemmin Indonesian itsenäisyysjulistettiin. Maluku julistettiin yhdeksi Indonesian tasavallan provinsseista. Kuitenkin Malukun muodostuminen ja asema tuolloin joutuivat tapahtumaan Jakartassa, koska heti kun japanilaiset antautuivat, Alankomaiden Intian siviilihallinto (NICA) meni välittömästi Malukuun ottamaan hallinnan. Hollantilaiset kontrolloivat Malukuja vuoteen 1949, jolloin hollantilaisten ja indonesialaisten pyöreän pöydän konferenssin sopimuksissa hollantilaiset tunnustivat Indonesian suvereniteetin. Hollantilaiset lähtivät pian Malukusta. Syvän epäluottamuksen vuoksi Indonesian johtoon, joka oli enimmäkseen javanialainen muslimi, vuonna 1951 itsenäinen Etelä-Molukkien tasavalta (Indonesian: RMS, Republik Maluku Selatan) julistettiin Ambonissa, jota hollantilaiset tukivat. RMS:llä oli vahvaa tukea entisten Molukkien siirtomaasoturijoiden keskuudessa. Tämän seurauksena indonesialaiset joukot hyökkäsivät Malukuun murskaamaan separatistit. Indonesian joukot kukistivat kapinallisten RMS-ryhmän tärkeimmän linnoituksen Ambonissa marraskuussa 1950, kun taas pienempi guerilla-taistelu jatkui Seramin saarella vuoteen 1962 asti. Ambonin tappio kuitenkin johti RMS:n itse julistaman hallituksen pakenemiseen saarilta ja maanpaossa olevan hallituksen muodostumiseen Alankomaissa. Seuraavana vuonna noin 12000 molukkalaista sotilasta lähti perheineen Hollantiin, missä he perustivat "Etelä-Molukkien tasavallan" maanpaossa olevan hallituksen.