Roy valittiin Krishak Samitin ja kommunistisen puolueen keskuskomiteaan vuonna 1968. Tämän ajanjakson aikana hän pysyi piilossa poliisilta ja auttoi järjestämään protesteja presidentti Ayub Khania vastaan. Hän kampanjoi kommunistipuolueen ehdokkaaksi Pakistanin vaaleissa 1970. Bangladeshin vapaussotien jälkeen vuonna 1971 hän muutti Intiaan ja harjoitteli Mukti Bahinin jäsenenä. Hän auttoi järjestämään koulutusta Mukti Bahini Balatin leirissä Meghalayassa Intiassa. Hän auttoi organisoimaan vasemmistolaisten poliittisten kannattajien muodostamia partioita taistelemaan Pakistanin armeijaa vastaan
Bangladeshin vapaussota.