Vuonna 1911 Ross ja Fordham käskevät Johnin toimia palkkionmetsästäjänä ja pidättää hänen entiset lainsuojattomat ystävänsä. Motivoidakseen ja varmistaakseen, että John tottelee, agentit kidnappaavat Jackin ja Abigailin ja lupaavat vapauttaa heidät, kun Johnin velvollisuudet on suoritettu. Hän työskentelee monien ihmisten kanssa New Austinin osavaltiossa, jotka auttavat häntä hyökkäämään entisen jengin jäsen Bill Williamsonin linnaan. Kun Bill pakenee Meksikoon etsimään apua entiseltä jengijäseneltä Javier Escuellalta, John jahtaa heitä. Siellä John sotkeutuu sisällissotaan.
Kapinallisten ja sotilaiden välillä. Hän työskentelee vastahakoisesti molemmille osapuolille, haluaa vain tietoa Billistä ja Javieristä, mutta hylkää sotilaat, kun he pettävät hänet. Lopulta hän löytää Javierin, ja pelaaja voi päättää tappaa hänet vai antaa hänet agentteille. Bill myös löydetään ja tapetaan, joko Johnin tai kapinallisten johtaja Abraham Reyesin toimesta.