Kirjoita jatkossa tähän kappaleeseen - Batorin kuoleman jälkeen vuonna 1586 Zamoyski auttoi Sigismund III Vasaa saamaan Puolan valtaistuimen taistelemalla lyhyessä sisällissodassa Habsburgin arkkiherttua Maximilian III:tä tukevia joukkoja vastaan. Sigismundia tukiva leiri kokoontui Zamoyskin ympärille, kun taas Maximiliania tuki Zborowskin perhe. Zamoyski puolusti Krakovia ja kukisti Maksimilianin joukot Byczynan taistelussa
Vuonna 1588. Tuossa taistelussa, jota Sławomir Leśniewski kuvailee "yksi tärkeimmistä Puolan historiassa ja tärkein Zamoyskin sotilasuran aikana", Maximilian otettiin vangiksi ja Bytomin ja Będzinin sopimuksessa 1589 hänen oli luovuttava kaikista vaatimuksista Puolan kruunuun. Myöhemmin samana vuonna Zamoyski ehdotti kuninkaallisten vaalien uudistusta, joka epäonnistui Sejmissä. Zamoyski esitteli Sejmille suunnitelman, jonka mukaan jos nykyinen kuningas kuolisi jälkeläistönä, Puolan valtaistuimelle olisi tästä lähtien oikeutettu vain joku slaavilainen ehdokas. Tämä oli hanke, joka saattoi jopa kuvitella mahdollisuuden jonkinlaiseen liittoon katolisen Puolan, ortodoksisen Moskovan ja puoliksi protestanttisen Bohemian välillä. Itse asiassa se oli kiertävä ja kömpelö vastaehdotus Habsburgien kannattavaa politiikkaa vastaan.