Jordan toimi länsirannikolla vuoteen 1846, jolloin hänet ylennettiin luutnanttiksi. Meksikon-Amerikan sodassa hän palveli Palo Alton taistelussa.
ja Resaca de la Palman. Vuonna 1847 hänet ylennettiin kapteeniksi ja palveli komentajana. Hän pysyi Vera Cruzissa vuoden sodan jälkeen hallinnollisessa tehtävässä. Seuraavaksi hänet lähetettiin eri etelän varuskuntiin ja Tyynenmeren rannikolle.