Kun sota Meksikon kanssa puhkesi, Morgan nimitettiin 2. Ohion vapaaehtoisjalkaväen everstiksi. Hänet nimitettiin myöhemmin 15. jalkaväkirykmentin everstiksi maaliskuussa 1847, ja hän palveli kenraali Winfield Scottin alaisuudessa. Jotta partisansota ja amerikkalaissotilaiden murhat saadaan loppumaan, eversti Morgan vangitsi useita huomattavia meksikolaisia kansalaisia ja antoi julistuksen, jossa ilmoitettiin, että jokaisesta amerikkalaisesta sotilaasta, jonka partisanit surmasivat, teloitettaisiin yksi kansalainen. Murhat loppuivat heti. Hänet ylennettiin prikaatin kenraaliksi vuonna 1848 hänen urhoollisuudestaan Contrerasin taisteluissa ja
Churubuscossa, jossa hän haavoittui vakavasti. Palattuaan Ohioon toipumaan hän sai Ohion lainsäätäjän virallisen kiitoksen.