Núñez kutsuttiin ensimmäistä kertaa suurjoukkueeseen 19. elokuuta 2010, kun Lance Berkman oli 15 päivän invalidi luettelossa. Núñez teki debyyttinsä samana päivänä Jeterin tilalle seitsemännessä vuorossa ja syyllistyi syyllisyyteen ainoassa esiintymisessään. Núñez pelasi Jeterin ja silloin loukkaantuneen Alex Rodriguezin tilalle. Elokuun 21. päivänä Núñez teki ensimmäisen iskunsa Major Leaguessa. Núñez löi uransa ensimmäisen kotipotkunsa Chicago White Soxia vastaan 28. elokuuta 2010. Hän varasti myös uransa ensimmäisen pesän samana päivänä. 30 ottelussa Yankeesille Núñez iski.280, yhden kotikappaleen, seitsemän RBI:tä ja teki 12 juoksua. Kun Mark Teixeira loukkaantui vuoden 2010 American League Championship -sarjan aikana.
Yankees korvasi hänet Núñezillä. Kauden jälkeen "Baseball America" arvioi hänet kahdeksanneksi parhaaksi tulevaisuudennäkymäksi Yankees-organisaatiossa ja nimesi hänet myös Yankees-organisaation "Paras puolustava sisäpilari" ja "Paras sisäpiiri".