Yhdysvaltain sisällissota puhkesi huhtikuussa 1861 ja sinä vuonna Howell ilmoitti olevansa höyry fregatissa, joka oli määrätty Pohjois-Atlantin sulkujoukkueeseen osallistumaan Amerikan konfederaatiovaltioiden Unionin sulkuun. Kun hän oli Minnesota-aluksella, hän osallistui Hatteras Inlet Batteriesin taisteluun.
Pohjois-Carolinassa 28.-29. elokuuta 1861.