Vuonna 1528 Johan pakeni Unkarista Puolaan, jossa hän asui prinssi Jan Amor Tarnowskin luona. Vuonna 1529 Johannes lähestyi ottomaaneja ja suostui tekemään Unkarista vasallivaltion tunnustuksen ja tuen vastineeksi. Sultan Suleiman Suurenmoinen hyväksyi ja lähetti ottomaanien armeijat valloittamaan Itävallan (johon kuului Wienin piiritys
Sota kesti vuoteen 1533. Tämä mahdollisti Johanneksen asemansa takaisin Unkarissa vuonna 1529, Frater George Martinuzzin ponnisteluilla, huolimatta siitä, että hän oli yhteydessä ottomaaneihin, jotka saastuttivat hänet tuolloin. Martinuzzista tuli kuninkaallinen rahastonhoitaja ja Johanneksen luottamuksellisin ministeri.