Lowestoft on kärsinyt säännöllisiä tulvia, erityisesti tammikuussa 1953
Alhaisen paineen ja äärimmäisen korkean vuoroveden aiheuttamat pohjoismeren aallot pyyhkäisivät pois monet aikaisemmat merisuojat ja hukuttivat suurimman osan etelästä kaupungista. Sateet aiheuttivat syyskuussa 2006 yllättäviä tulvia kaupungissa. Joulukuussa 2013 myrsky aiheutti vakavan tulvan Lowestoftiin ja sen lähiöihin.