Francken nimitettiin turvapaikka- ja maahanmuuttoasioiden valtiosihteeriksi Charles Michelin ensimmäisessä hallituksessa vuonna 2014, jossa hän tuli tunnetuksi kiistanalaisesta nollatoleranssista laittomaan maahanmuuttoon keskellä Euroopan siirtolaiskriisiä.
- Mitä? Francken ja N-VA vastustivat Belgian tukea Maailmanlaajuiselle muuttoliikkeelle, mikä johti heidät poistumaan koalitiohallituksesta joulukuussa 2018 ja siten laukaisemaan sen romahduksen.