Hän oli kolmannella sijalla Monakossa, Saksassa ja Portugalissa, ja kuuden parhaan joukossa Brasiliassa, Ranskassa, Unkarissa ja Espanjassa. Vuoden 1991 Ferrari osoittautui myös epäluotettavaksi, ja hänellä oli yhdeksän eläkkeelle jäämistä kauden aikana, mukaan lukien mekaaninen vika, kun hän johti Belgian GP: tä. 1991 oli surkea kausi. Alesin tiimikaveri Prost sai potkut Japanin Grand Prix'n jälkeen.
Kun hän julki kuvaili autoa "kuorma-autoksi" ja otti vuoden tauon kilpailuista, Alesi tuli joukkueen ykköslentäjäksi vuonna 1992. Alesi sai 21 pistettä ja sijoittui seitsemänneksi mestaruudessa.