Kun sodan loppu lähestyi, Truman lensi Berliiniin Potsdamin konferenssiin tapaamaan Neuvostoliiton johtajaa Josef Stalinin ja Britannian johtajaa Winston Churchilliä sodan jälkeisestä järjestyksestä. Potsdamin konferenssissa tehtiin useita tärkeitä päätöksiä: Saksa jaettiin neljään miehitysvyöhykkeeseen (kolmen vallan ja Ranskan välillä), Saksan raja siirrettiin länteen Oder-Neisse -linjaan, Neuvostoliiton tukema ryhmä tunnustettiin Puolan lailliseksi hallitukseksi ja Vietnamin oli jaettava 16. rinnakkain. Neuvostoliitto suostui myös hyökkäämään.
Japanin hallussa olevan Mantsurian. Potsdamin konferenssissa Trumanille kerrottiin, että ensimmäisen atombommin Trinity-testi 16. heinäkuuta oli onnistunut. Hän vihjasi Stalinille, että USA aikoi käyttää uutta asetta japanilaisia vastaan. Vaikka tämä oli ensimmäinen kerta, kun Neuvostoliitolle oli virallisesti annettu tietoa atombommista, Stalin oli jo tietoinen pommihankkeesta, koska hän oli saanut tietää siitä vakoilusta kauan ennen Trumania.