Kesällä 1981 28-vuotias Filipović liittyi Portugalin mestarijoukkueeseen S.L. Benficaan, jossa hän teki seuraavien kolmen kauden aikana 28 maalia 54 liigaottelussa. Zoran Filipović johti myös Benficaa UEFA-cupin finaaliin vuonna 1983.
R.S.C. Anderlechtia vastaan, ollessaan sen kauden kilpailun kärkipelaaja ja tekemällä Portugalille muistettavia maalija neljännesvaiheessa AS Romaa vastaan ja puolivälivaiheessa Universitatea Craiovaa vastaan.