Murtaugh halusi johtajan paikan takaisin, kun Larry Shepard sai potkut. Lääketieteellisesti puhdistettuaan hänestä tuli jälleen kerran Piratesin kapteeni. (Vain tunteja tämän uudelleenpalkkaamisen jälkeen 9. lokakuuta Don Hoak, hänen kolmannen pesän pelaaja vuonna 1960 World Series -mestari Pirates ja johtaja Piratesin maatilasysteemissä vuonna 1969, kuoli sydänkohtaukseen uskomalla, että hän oli johtava kilpailija vanhemman klubin johtamiseen.) Hänen kaksi ensimmäistä kerhoaan voitti National League East Divisionin tittelit 1970-1971. Vaikka joukkue putosi National League -mestaruussarjassa
Murtaugh'n 1971 Pirates voitti San Francisco Giantsin NLCS:ssä - ja voitti sitten vuoden 1971 World Seriesin - muistettavalla paluulla - kahden ottelun tappiosta Baltimoren Oriolesia vastaan. Se World Series oli merkitty loistava suoritus tuleva Baseball Hall of Famer Roberto Clemente, joka lyönyt.414 12 lyöntiä johtaa joukkueensa mestaruus.