Nakajima osallistui 80 Formula 1 Grand Prix -kilpailuun ja debytoi Brasiliassa 12. huhtikuuta 1987, tuoden Honda-moottorit Lotus-joukkueeseen. Hän oli 34-vuotias debyyttikilpailussa, mikä teki hänestä yhden Formula 1:n vanhimmista debyyttikilpailijoista. Hän pääsi kuudenneksi ja sai pisteen - vain toisessa kisansa, San Marinon Grand Prix -kilpailussa 1987.
- Mitä? Debyyttisajonsa aikana joukkuetoverinsa Ayrton Senna ylitti Nakajiman, ja monet kyseenalaistivat Nakajiman paikkaa F1:ssä, sanoen, että ilman Hondaa hän ei olisi ollut siellä ansiosta.