Kun sisällissota alkoi vuonna 1861, Magruder lähti armeijasta. Päällikönä hän linnoitti Virginian niemimaan ja voitti Big Betelin taistelun. Peninsula Campaignissa hän pysäytti McClellanin Potomacin armeijan Yorktownin ulkopuolella, jolloin kenraalimajuri Joseph E. Johnston pääsi vahvistuksineen, järjesti vetäytymisen ja puolusti konfederaation pääkaupunkia Richmondia. Magruderia arvosteltiin johtajana Savagen asemalla.
Seitsemän päivän taistelun aikana. Hän käytti lopun sodan hallinnoimalla Teksasin, Uuden Meksikon ja Arizonan piirikuntia ja Arkansasin departementtia. Magruder nosti hänen toimikautensa aikana Galvestonin laivaston saarron ja valloitti kaupungin uudelleen vuonna 1863.