Sota puhkesi syyskuussa 1939 ja useimmille pariisilaisille muutoksia oli vähän. Näin ei kuitenkaan ollut useiden tuhansien saksalaisten poliittisten pakolaisten kokemus, jotka olivat etsineet turvaa vainolta muuttamalla Pariisiin. Leo Bauer pidätettiin Pariisissa syyskuussa 1939. Hänet pidettiin keskitysleireissä - sen jälkeen Saksan ja Ranskan aselepan jälkeen.
kesäkuussa 1940. Heinäkuussa 1940 hän onnistui pakenemaan Sveitsiin puoluetoverinsa kanssa. Sveitsissä hän asui laittomasti Genevessä pankin työntekijänä nimellä "Paul-Eric Perret". Hänestä tuli kommunistipuolueen tiedottaja/yhteyshenkilö ("Vertrauensmann") Länsi-Sveitsissä ja osallistui "rajatyöhön", johon kuului Ranskan ja Sveitsin raja.