Carlos syntyi 29. maaliskuuta 1788 Palacio Real de Aranjuezissa Aranjuesissa, Madridin yhteisössä. Vuonna 1808 Napoleon valloitti Madridin Somosierralla
, ja hän sai Carlosin isän Charles IV:n ja Carlosin vanhemman veljen Ferdinand VII:n luopumaan oikeuksistaan Espanjan valtaistuimelle. Mutta Carlos, joka oli veljensä mahdollinen perillinen, kieltäytyi luopumasta oikeudestaan valtaistuimelle, jonka hän piti Jumalalta hänelle annetuksi. Vuodesta 1808 vuoteen 1814 hän ja hänen veljensä olivat Napoleonin vankeina Valençayn palatsissa Ranskassa.