Wilson pyrki läheisempiin suhteisiin Latinalaisen Amerikan kanssa ja toivoi luovansa panamerikkalaisen järjestön, joka sovittelisi kansainvälisiä kiistoja. Hän neuvotteli myös sopimuksen Kolumbian kanssa, joka olisi maksanut sille korvauksen Yhdysvaltojen roolista Panaman irtautumisessa, mutta senaatti hylkäsi sopimuksen. Wilson puhui kuitenkin usein Latinalaisen Amerikan asioihin ja sanoi vuonna 1913: "Opetan Etelä-Amerikan tasavaltoja valitsemaan hyviä miehiä". Dominikaaninen tasavalta oli ollut de facto amerikkalainen protektoraatti Rooseveltin presidenttiyden jälkeen, mutta kärsi epävakaudesta. Vuonna 1916 Wilson lähetti joukkoja miehittämään saaren, ja sotilaat pysyivät siellä vuoteen 1924 saakka. Vuonna 1915 Yhdysvallat puuttui
Haitin hallituksen kukistamisen jälkeen sota jatkui vuoteen 1919. Wilson valtuutti myös sotilaallisen väliintulon Kuubaan, Panamaan ja Hondurasiin. Vuoden 1914 Bryan-Chamorro-sopimus muutti Nicaraguan toiseksi de facto-protektoraatiksi, ja Yhdysvallat asetti sotilaita sinne koko Wilsonin presidenttiyden ajan.