Mousavi ilmoitti 9 päivänä maaliskuuta 2009 20 vuoden poliittisen hiljaisuuden jälkeen aikomuksestaan osallistua Iranin presidentinvaaleihin.
- Mitä? Hän totesi, että hänen päätavoitteensa ovat: institutionaalisia sosiaalista oikeudenmukaisuutta, tasa-arvoa ja oikeudenmukaisuutta, ilmaisunvapautta, korruption poistamista ja Iranin pysähtyneen yksityistämisprosessin nopeuttamista, ja siten Iranin siirtämistä pois "almu-pohjaisesta taloudesta". Mousavi arvosteli konservatiivista presidenttiä Mahmoud Ahmadinejadia hänen väitetystä taloudellisesta huonosta hallinnostaan ja kysyi, että kun Iran "tehtyi voittoja öljyn korkeista hinnoista, onko hän (Ahmadinejad) kuvitellut tilanteen, jossa hinnat laskevat?" Iranin entinen presidentti Khatami vetäytyi vaaleista 16. maaliskuuta 2009 Mir-Hossein Mousavin tukena.