15. helmikuuta 2006 paavi Benedictus XVI nimitti hänet Egyptin apostoliseksi nunssiksi ja Arabien liiton edustajaksi, mikä oli hänen ensimmäinen diplomaattinen virkansa. Hän oli yksi harvoista nunkeista, jotka eivät olleet käyneet paavin kirkollisessa akatemiassa. BBC:n mukaan "Saksassa syntyneen paavin päätös on aiheuttanut levottomuutta. Vatikaanin tarkkailijat yrittävät selvittää, onko tämä siirto alennus vai arkkieppän erityisten kykyjen tunnustaminen". Fitzgerald sanoi: "Arabian ja islamilaisten tutkimusten taustani pidetään todennäköisesti hyödyllisenä tällä hetkellä suhteiden kehittämisessä Egyptiin ja muuhun islamilaiseen maailmaan". Eräs Vatikaanin kirjeenvaihtaja sanoi Fitzgeraldin siirtoa "papin tähän mennessä pahimmaksi päätökseksi", ja lehdistö huomasi hänen poissaolonsa, kun paavi Benedictus loukkasi muslimeja Regensburgin luennollaan
syyskuussa 2006. Fitzgeraldin siirto osoittautui osaksi Benediktin uudelleenjärjestelyä kurian osastoissa suuntaamaan uudelleen uskontojen välisiä keskusteluja ei-kristittyjen kanssa yhdistäen PCID: n puheenjohtajan roolin Paavillisen kulttuurineuvoston kanssa, uudelleenjärjestely, jonka Benedictus aloitti maaliskuussa 2006 ja peruutti kesäkuussa 2007.