Vuonna 1172 Murcia valloitti pohjois-afrikkalaiset Almohadit, viimeinen muslimien valtakunta, joka hallitsi Etelä-Espaniaa, ja kun kristittyjen Reconquistan joukot saivat ylemmän käden, se oli pienen muslimiemiraatin pääkaupunki vuodesta 1223 vuoteen 1243. Alcarazin sopimuksella vuonna 1243 kristitty kuningas Ferdinando III teki Murciasta protektoraatin, joka sai pääsyn Välimereen, kun taas Murciaa suojeltiin Granadan ja Aragonin vastaan. Kaupungin kristityistä väestöstä tuli enemmistö, kun maahanmuuttajia tulvi lähes kaikista Iberin niemimaan osista. Kristittyjen maahanmuuttoa kannustettiin tavoitteena perustaa uskollinen kristillinen perusta. Nämä toimenpiteet johtivat muslimi kansan kapinaan.
Jaakob I kukisti sen vuonna 1266, valloittaen Murcian ja tuoden mukanaan aragonialaisia ja katalonialaisia maahanmuuttajia.