- 1700-luvulla hopeantuotannon lasku ja taloudellinen monipuolistuminen vähensivät suuresti kuninkaallisia tuloja. Vastineeksi kruunu sääti Bourbonin uudistukset, joukon säädöksiä, jotka nostivat veroja ja jakoivat varakuninkauden. Uudet lait aiheuttivat Túpac Amaru II:n kapinan
Ja muita kapinoita, jotka kukistettiin. Näiden ja muiden muutosten seurauksena espanjalaiset ja heidän kreolalaiset seuraajansa saivat maan monopolivalvonnan, ja he valloittivat monia parhaita maita, jotka olivat jääneet alkuperäiskansojen massiivisen väestönhäviön vuoksi hylätyksi. Espanjalaiset eivät kuitenkaan vastustaneet portugalilaisten pyrkimyksiä valloittaa Brasilia meridiaanin yli. Tordesillan rauhansopimus menetti merkityksensä vuosina 1580-1640, jolloin Espanja hallitsi Portugalia. Tarve helpottaa viestintää ja kauppaa Espanjan kanssa johti varakunnan jakautumiseen ja Uuden Granadan ja Rio de la Platan uusien varakuntien luomiseen Perun varakunnan muodostaneiden alueiden kustannuksella. Tämä vähensi Liman valtaa, näkyvyyttä ja merkitystä varakunnan pääkaupungina ja siirtyi tuottoisaa Andin kauppaa Buenos Airesiin ja Bogotalle, kun taas kaivostoiminnan ja tekstiilituotannon lasku nopeutti Perun varakunnan asteittaista rappeutumista.