2. AIF aloitti ensimmäiset operaationsa Pohjois-Afrikassa Operaatio Kompassilla, joka alkoi Bardia-taistelulla.
- Mitä? Tätä seurasi australialaisten yksiköiden toimittaminen puolustamaan akselia Kreikan taistelussa. Kreikan evakuoinnin jälkeen australialaiset joukot osallistuivat Kreetan taisteluun, joka oli menestyneempi, mutta silti epäonnistui ja toinen vetäytyminen määrättiin. Kreikan taistelun aikana liittoutuneet työnnettiin takaisin Egyptiin ja Tobrukin piiritys alkoi. Tobrukin ensisijainen puolustushenkilökunta oli 9. divisioonan australialaisia, ns. Tobrukin rottia. Lisäksi AIF osallistui Syyrian ja Libanonin väliseen taisteluun. 9. divisioona taisteli ensimmäisessä ja toisessa El Alameinin taistelussa ennen kuin se lähetettiin kotiin taistelemaan japanilaisia vastaan.