Tämä johti vaarallisimpaan hetkeen Ferdinandin uralla vuonna 1529, kun Suleiman käytti tätä Unkarin tukea hyväkseen massiivisessa, mutta lopulta epäonnistuneessa hyökkäyksessä Ferdinandin pääkaupunkiin:
Wienin piiritys, joka lähetti Ferdinandin pakoon Böömimaahan. Ottomaanien uusi hyökkäys torjuttiin vuonna 1532 (ks. Günsin piiritys). Tuona vuonna Ferdinand solmi rauhan ottomaanien kanssa ja jakoi Unkarin Habsburg-sektoriksi lännessä ja John Zápolyan valtakunnaksi idässä.