Toisen maailmansodan syttyessä "Athos II" oli edelleen Kaukoidän reitillä, mutta 1. helmikuuta 1940 Colombossa Celyon liittyi Australian/Uuden-Seelannin saattueeseen, joka nimitettiin US1:ksi salaisuuden vuoksi ja kuljetti noin 13 500 sotilasta Pohjois-Afrikkaan. Sen jälkeen, kun se oli kulkenut Suezin kanavan läpi ja palannut Ranskaan, Athos II aloitti Marseillen, Egyptin ja Syyrian palveluksen 22. kesäkuuta 1940 Saksan ja Ranskan aselevon saakka.
Alus oli Alexandriaan Egyptissä muiden Suezin kanaalissa ja Egyptin vesillä takavarikoitujen ranskalaisten alusten kanssa. Kauppalaivojen lisäksi oli ranskalainen laivasto, Force X, amiraali Rene-Emile Godfroy'n johdolla, joka oli toiminut Englannin laivaston kanssa Aleksandriasta. Ranskan kaatumisen jälkeen, kun saksalaisten hallitsema Vichy-Ranska hallitsi Ranskan satamia, ranskalaiset joutuivat valitsemaan, jatkavatko he liittoutuneiden kanssa kenraali de Gaullen johdolla, demilitarisoituvatko he tai britit upottaisivat heidät. Brittiläiset hyökkäykset ranskalaista laivastoa vastaan Oranissa viivästyttivät demilitarisointia, mutta se jatkui jatkossa neuvottelujen jälkeen, minkä seurauksena Ranskan laivaston henkilöstöä, noin 4000 miestä, tarvittiin kolmannekseen. Kaksi tuhatta ranskalaista merimiestä oli jo lähtenyt Aleksandriasta, kun "Athos II" sallittiin purjehtimaan 13. heinäkuuta 1940 Force X: n 1 000 jäljellä olevan henkilöstön ja joidenkin kauppalaivan miehistön jäsenten kanssa Ranskaan. Syyskuussa 1940 se palautti ranskalaiset joukot Syyriasta ja tuli sitten Algerin vartiolaivaksi, kunnes liittoutuneet vangitsivat sen marraskuussa 1942 Operation Torch -operaation aikana.