Pakistan kärsi ratkaisevan tappion Bangladeshin vapaussodassa vuonna 1971.
Yahya Khanin hallintoa pidetään laajalti Pakistanin yhtenäisyyden hajoamisen johtavana syynä. Näiden tapahtumien jälkeen hän luovutti maan johdon Zulfikar Ali Bhuttoon, Länsi-Pakistanin johtavaan poliitikkoon, ja erosi armeijan komennosta häpeällisesti, molemmat 20. joulukuuta 1971. Häneltä riistettiin palveluskunniansa ja hänet pantiin kotivalvontaan suurimman osan 1970-luvusta.