Ennen vuoden 1988 vaaleja Netanyahu palasi Israeliin ja liittyi Likud-puolueeseen. Likudin sisäisissä vaaleissa Netanyahu sijoittui viidenneksi puolueen listalla. Myöhemmin hänet valittiin Knessetin jäseneksi 12. Knessetissä, ja hänet nimitettiin Moshe Arensin ja myöhemmin David Levin ulkoministeriksi. Netanyahu ja Levy eivät tehneet yhteistyötä, ja kilpailu näiden kahden välillä vain kiihtyi sen jälkeen. Persianlahden sodan aikana vuonna 1991 englantia sujuvasti puhuva Netanjahu tuli esiin Israelin pääpuhujana CNN:n ja muiden uutistoimistojen haastatteluissa. Vuoden 1991 Madridin konferenssissa
Netanyahu oli pääministeri Yitzhak Shamirin johtaman Israelin valtuuskunnan jäsen. Madridin konferenssin jälkeen Netanjahu nimitettiin Israelin pääministerin toimiston varaministeriksi.