Jaakko Paavolainen julkaisi paljon huomioituja tuloksia punaisesta ja valkoisesta terrorista.
Hän on julkaissut myös Väinö Tannerin elämäkerran (4 osaa, 1977-89). Hänen lapsuuden muistojaan hän kuvaa Lapsuus Kanneljärvellä (1982) ja serkkunsa Olavi Paavolaisen elämää vuonna 1992 julkaistussa teoksessa.