Hän liittyi keisarilliseen armeijaan. Vuonna 1634 hän oli jo rykmentin eversti. Hän nousi nopeasti arvontaan, osittain osaamisellaan ja osittain sukunimellään (Eleonora Gonzaga oli Pyhän Rooman valtakunnan keisarinna, keisari Ferdinand II:n vaimo). Gonzaga oli yksi komentajista Nördlingenin taistelussa (1634)
- Mitä? Vuonna 1640 hänestä tuli Wienin kaupungin komentaja. Kaksi hänen rakentamaansa linnoitusta on nimetty hänen mukaansa. Vuonna 1642 hän komensi kreivi Bruayn kanssa keisarillisen armeijan oikeaa siipeä tuhoisessa Breitenfeldin taistelussa. Vuotta myöhemmin hän komensi keisarin armeijaa Unkarissa.