Maria Isabelan elämä oli syvästi Napoleonin tekojen merkitty. Peläten kruunuaan kuningas Ferdinand liittyi Bonapartia vastaan perustettuun kolmanteen liittoon. Napoleonin joukot kukistivat liittoutuneiden armeijat Austerlitzin taistelussa.
Neapolilaisjoukot Campo Tenesen taistelussa. Näiden voittojen jälkeen Napoleonin joukot miehittivät Napolin vuonna 1806. Keisari antoi Napolin kruunun veljelleen Joseph Bonaparteelle ja neljä vuotta myöhemmin hänen lankolleen Joachim Muratille.