Pardo teki kansainvälisen debyyttinsä Meksikon maajoukkueessa vuonna 1996, pelaamalla USA:ta vastaan pelattuaan U.S. Cup -turnauksessa. Sen jälkeen Pardo on johtanut maaansa useita kertoja ja ollut tärkeä maajoukkueessa useiden vuosien ajan, auttaen maataan voittamaan vuoden 1998
Vuoden 2003 CONCACAF-kisoissa ja vuoden 1999 FIFA:n konfederaatiokisoissa. Hän pelasi Ranskassa 98, sekä 1997 Copa América ja 1999 ja mainittu 2005 Konfederaatiokisojen ja 2006 maailmanmestaruuskilpailuissa.