Täytä seuraava lause: Kansleri Angela Merkelin vastustaja
Seehofer uhkasi tehdä virallisen valituksen perustuslakituomioistuimeen, ja historiallinen CDU/CSU-liitto uhkasi hajota ja kilpailla toisiaan vastaan koko Saksassa ensimmäistä kertaa, mutta kumpikaan ei toteutunut. Hän kannattaa liittovaltion asettamaa pakolaisten määrää koskevaa raja-arvoa. Hänet painostettiin eroon puolueensa painostuksesta ja päätti sen sijaan ottaa sisäministeriön, rakennus- ja yhteisöministeriön viran (alkuperäisesti tarkoitettu Joachim Herrmannille) Merkelin neljännessä hallituksessa muokkaamaan maahanmuuttopolitiikkaa hänen näkemyksiensä mukaisesti. Heinäkuussa 2018 Seehoferin ja Merkelin välinen viikko kestänyt erimielisyys melkein kaatoi hallituksen ja uhkasi jälleen vakavasti CDU/CSU:n jakautumista, mutta lopulta he löysivät kompromissin.