Prost liittyi Ferrarille vuonna 1990, ja hänestä tuli ensimmäinen kuljettaja, joka liittyi joukkueeseen joukkueen perustajan Enzo Ferrarin kuoleman jälkeen vuonna 1988. Hän korvasi Gerhard Bergerin Ferrarissa ja teki yhteistyötä brittiläisen Nigel Mansellin kanssa (Berger otti Prostin paikan McLarenissa). Hallitsevana maailmanmestarina Prost nousi joukkueen johtavaksi kuljettajaksi ja hänen sanottiin käyttäneen tätä asemaansa. Mansell muistelee eräästä tapauksesta, jossa vuonna 1990 Britannian Grand Prix -kilpailussa hänen autonsa ei käyttäytynyt samalla tavalla kuin edellisessä kisoissa, jossa hän oli ottanut pole-aseman, ja myöhemmin sai tiimin mekaniikoilta selville, että Prost näki Mansellin olevan ylivoimainen auto ja vaihtoi heidät Mansellin tietämättä. Prost voitti viisi kisaa Ferrarille sinä vuonna.
Brasilia, Meksiko, Ranska, Britannia ja Espanja. Heidän joukossaan oli merkittävä Meksikon Grand Prix, jossa hän voitti, kun hän oli aloittanut 13. sijalla. Sekä Meksikon että Espanjan kisoissa hän johti Mansellin Ferrarin 1<unk>2 maaliin. Mestaruus tuli jälleen kerran kauden jälkimmäiselle kierrokselle Japanissa, jossa Prost jäi McLarenin vastustajansa Ayrton Sennan jäljelle yhdeksällä pisteellä. Kuten vuonna 1989, kiistanalainen törmäys ratkaisi kilpailun. Ensimmäisessä mutkassa Senna, kuten hän myönsi vuoden kuluttua, ajoi tarkoituksellisesti kilpa-autollaan Prostin autoon, vetäen heidät molemmat pois kilpailusta ja sinetöimällä mestaruuden hänen hyväkseen. "Hän teki ällöttävää", Prost sanoi. Hän on arvoton mies. Prost lopetti kauden seitsemän pistettä Sennan jälkeen, ja hänen Ferrarinsa oli McLarenin jälkeen toiseksi.