Pian natsit hyökkäsivät Puolaan ja Ranska alkoi valmistautua sotaan. Clémenti uhkasi julkisesti neuvoston puheenjohtajaa Édouard Daladieria. Hän joutui oikeuden eteen tämän vuoksi ja hänet määrättiin maksamaan yli 4000 ranskalaista frangia vahingonkorvauksena. Syyskuussa 1939 käydyssä valheellisen sodan aikana hänet vangittiin vielä kolme kuukautta, mutta hän onnistui lopulta vakuuttamaan hallituksen siitä, että hän oli edelleen uskollinen, ja taisteli erinomaisesti Ranskan taistelussa. Pian antautumisen jälkeen kesäkuussa 1940
Clémentistä tuli yksi ensimmäisistä vapaaehtoisista natsien yhteistyökumppaneista miehitetyssä Ranskassa.