Suuri lama iski San Franciscon lahden alueelle 1930-luvulla, mikä johti korkeaan työttömyyteen ja poliittisen järjestyksen epävakauteen. Warren otti ankarasti kantaa työläisiä vastaan.
San Franciscon lakko. "Whitney v. California" -jutussa (1927) Warren syytti naista Kalifornian rikollisen syndikalismin lain nojalla osallistumisesta kommunistien kokoukseen Oaklandissa. Vuonna 1936 Warren joutui kohtaamaan uransa kiistanalaisimman tapauksen, kun George W. Alberts, rahtialuksen pääinsinööri, löydettiin kuolleena. Warren uskoi, että Alberts murhattiin radikaalien vasemmistolaisten ammattiliittojen jäsenten juonessa, ja hän voitti liiton virkamiesten George Wallacen, Earl Kingin, Ernest Ramsayn ja Frank Connerin tuomion. Monet ammattiliiton jäsenet väittivät, että Warrenin toimisto oli lavastanut syytetyt syyllisiksi, ja he järjestivät oikeudenkäynnin vastalauseita.