Schumacher liittyi Ferrarille. Hän pääsi kolmanneksi mestaruudessa, voittaen kolmea kisaa Williams-joukkueen dominoimassa kaudella. Schumacherin voitto 45 sekunnin etumatkalla on yksi suurimmista Formula 1:n märkäajeluista. Kaudella Schumacher voitti viisi kilpailua, mutta hänet diskvalifioitiin mestaruudesta, kun Fédération Internationale de l'Automobile päätteli, että hän oli tahallaan törmännyt mestaruusrivalinsa Jacques Villeneuveen Jerezissä. Seuraavana vuonna hän voitti kuusi kilpailua. Schumacher voitti kolmannen maailmanmestaruutensa vuonna 1999. Hän voitti neljä mestaruutta peräkkäin. Vuoden 2001 kaudella Schumacher voitti 52. Grand Prix -kilpailunsa ja rikkoi Alain Prostin ennätyksen useimmista Grand Prix -voitoista. Hänen kautensa, jossa hän oli palkintokoristeella kaikissa kisoissa, sisälsi yksitoista voittoa. Jälkimmäinen rikkoi ennätyksen useimmista voittoista yhdellä kaudella. Schumacher ylitti tämän 13 voitollaan vuonna 2004. Hänen viimeinen voittonsa oli Kiinan Grand Prix -kilpailussa vuonna 2006.
Kauden lopussa hän vetäytyi Formula 1:stä. Hän tuli eläkkeeltä ja palasi Formula 1:n kilpailuun Mercedeksen kanssa vuosina 1995-2006, mutta tämä ei johtanut mihinkään lisävoittoihin.