Kirjoita jatko tähän kappaleeseen. Sota päättyi.
Toukokuussa 1945 Saksan länsiosat jakautuivat neljään sotilas miehitysvyöhykkeeseen. Bavaria oli Yhdysvaltain armeijan miehittämä. Vuonna 1946 Johannes Müller joutui oikeudenkäyntiin Baijerin komissaarin edessä rotupohjaisesta, uskonnollisesta ja poliittisesta vainoista. Hänen "Hitlerin ylistyksensä puheessa ja kirjoituksessaan" ("Verherrlichung von Hitler in Wort und Schrift") Müller, nyt yli 80-vuotias, "tuomittiin" vakavaksi sotarikolliseksi ("Hauptschuldiger""). Tuomio oli kiistanalainen, koska Müller ei ollut koskaan ollut natsipuolueen jäsen eikä ollut ollut sotilasyhteydessä, mikä näytti tarkoittavan, että tuomiolle ei ollut oikeudellista perustetta. Samaan liittyvä hakemus, jonka mukaan Schloss Elmau olisi takavarikoitava, epäonnistui alun perin, koska Walderseen kreivitär Elsa, joka oli edelleen osakeomistaja, kieltäytyi myymästä osuuttaan. Müller kieltäytyi puolustamasta itseään komissaarin edessä, mutta Schloss Elmaun pysyvää pakkolunastusta ei toteutettu. Müller myönsi avoimesti olleensa erehtynyt Hitlerin arvioinnissa ja otti etäisyyttä kansallissosialismiin, mutta muissa suhteissa hän seisoi "opetuksensa" takana.