Neuner kärsi uusista takaiskuista vuoden 2009 MM-kisoissa.
Pyeongchangissa, jossa hän kamppaili vilustumisen ja ampumisen virheiden kanssa. Hän sijoittui kahdeksanneksi sprintissä, jossa hän putosi alasvuorella, ja tuli yhdeksännentoistaiseksi takaa-ajoissa. Häntä ei nimitetty yksittäiseen kilpailuun eikä hän voinut aloittaa sekoitetussa risteyksessä flunssansa vuoksi. 21. helmikuuta 2009 Neuner voitti hopean Saksan naisten risteilyjoukkueessa Martina Beckin, Andrea Henkelin ja Kati Wilhelmin rinnalla. Viimeisenä mestaruuskilpailupäivänä hän tuli seitsemänneksi massapysähdyskilpailussa.