Täytä seuraava lause: Kun sisällissota puhkesi, Kirkland nimitettiin kapteeniksi Konfederaation armeijaan ja sitten valittiin 11. Pohjois-Carolinan vapaaehtoisten eversti, myöhemmin nimitettiin 21. Pohjois-Carolinaksi, kesäkuussa 1861. Hän komensi rykmenttiään First Manassasissa osana prikaattigeneraali Milledge Bonhamin prikaattia, mutta ei ollut merkittävästi mukana. Lokakuussa 21. Pohjois-Carolinasta oli liitetty Isaac Trimblein prikaattiin ja seuraavana keväänä hän osallistui Stonewall Jacksonin Shenandoahin laakson kampanjaan. Kirklandia ammuttiin molempiin reisiin.
Ensimmäinen Winchesterin taistelu, joka vei hänet pois taistelusta useita kuukausia. Toipumisensa aikana Kirkland toimi Patrick Cleburnen henkilöstöpäällikkönä Murfreesboron kampanjan aikana joulukuussa 1862.