Ellis ilmoittautui vapaaehtoiseksi palvelukseen - ja hänet värväytettiin 15. rykmenttiin, 2. prikaatiin, 4. divisioonaan - Tennesseen armeijassa, Freeportissa, Illinoisissa. 15. rykmentti osallistui toimintaan Fort Donelsonissa Clarksvillen lähellä, Tennesseessä ennen Shilohin taistelua.
- Mitä? Huhtikuun 6. päivänä 1862, kun hän oli Hornet's Nestsissä ja ylennetty virkavirkailijaksi, vihollisen tuli osui Ellisille useita kertoja, mutta hän jatkoi joukkojensa johtamista, kunnes kuolettava luoti osui häneen. Taistelun jälkeen hänen ruumiinsa löydettiin taistelukentältä ja hänen jäännöksensä lähetettiin Rockfordiin hautaamiseen. Huolellisen hautajaisten jälkeen Ellis haudattiin perheelle kuuluvaan tonttiin, jonka hän oli ostanut vain muutama vuosi aiemmin yhden tyttärensä kuoleman jälkeen.