EOKAa johti Georgios Grivas, Kreikan armeijan upseeri, ensimmäisen ja toisen maailmansodan veteraani. Toisessa maailmansodassa Kreikan valloituksen aikana hän johti pientä kommunisminvastaista vastarintaliikkeitä nimeltään Organisaatio X.
Hänet pelastettiin brittiläisten väliintulon ansiosta. Grivas otti nimensä "Digenis" viitaten suoraan legendaariseen Bysantin Digenis Akritasille, joka torjui hyökkääjät Bysantin valtakunnasta. EOKA:n toinen komentaja oli Grigoris Afxentiou, joka oli myös entinen Kreikan armeijan upseeri. Afxentiou oli valmistunut varavoimien upseereiden akatemiasta vuonna 1950 ilman aiempaa taistelukokemusta.