Täytä seuraava lause: Kun Virginian laivasto yhdistettiin Konfederaation laivastoon, Barron sai komennon komentajaksi ja nimitettiin komennon ja yksityiskohtien päälliköksi 10. kesäkuuta. Barron pysyi virassaan 20. heinäkuuta asti, jolloin merivoimien liittoutuneiden sihteeri Stephen R. Mallory hyväksyi Barronin pyynnön tulla Virginian ja Pohjois-Carolinan rannikkosuojelujen komentajaksi, joka oli tärkeä satama Pamlico Soundissa sijaitseville liittoutuneiden kaappareille. Hän saapui päämajaan
Fort Hatteras 28. elokuuta Barron komensi sekä Fort Hatterasin että Clarkin puolustusta Unionin lippupäällikkö Silas H. Stringhamia vastaan. Barron vangittiin kahden linnoituksen antautumisen jälkeen. Se pidettiin Fort Columbusissa Governors Islandilla New Yorkin satamassa, sitten Ft. Barron vapautettiin vankienvaihdossa seuraavana vuonna.