Kun sisällissota puhkesi huhtikuussa 1861, hänet nimitettiin Atlantin piiritysryhmän lippupäälliköksi. Elokuussa hänet lähetettiin kenraali Benjamin F. Butlerin johdolla kahdelle rannikkovalliolle Cape Hatterasin lähellä. Tässä
Taistelun jälkeen linnoitukset valloitettiin ilman tappioita, - vaikkakaan jonkin verran vaikeuksia ilmaston takia, - ja laivasto palasi Fort Monroelle yleiseen suosioon. Stringhamia arvosteltiin kuitenkin siitä, ettei hän ottanut laivoja lähemmäs ja jatkanut hyökkäyksiä rannikolla. Se, että hänen aluksensa vetivät liian paljon vettä päästäksensä mataliin rannikkovesiin ja että hänelle oli suoraan määrätty palaamaan välittömästi, lopulta ilmeni, mutta ilmeisesti liian myöhään rauhoittamaan ärsytystä, koska seuraavana kuukautena hänen omasta pyynnöstään hänet vapautettiin hänen komennostaan. Pieneksi korvaukseksi hänet ylennettiin 1. elokuuta 1862 peräamiraalin virkaan eläkkeelle jääneiden listalla.