Toisen maailmansodan alussa "Protée" oli määrätty 3. sukellusvenedivisioonaan Toulonissa sisartensa ja. Helmikuun alussa 1940 3. sukellusvenedivisioona siirrettiin lyhyeksi ajaksi Casablancaan valvomaan Kanariansaaria, jossa oli pari saksalaista rahtialusta. Sukellusvenedivisioona siirrettiin 12. huhtikuuta Välimeren taistelualueelle, ensin Bizerteen ja sitten Beirutiin ilman "Fresnelia" brittiläisen ylipäällikön alaisuudessa Aleksandriassa. "Protée" osallistui useisiin partioihin Dodekaneseilla kunnes aselepo allekirjoitettiin Ranskan ja Saksan välillä.
22. kesäkuuta 1940. Kesäkuun 25. päivänä, jolloin aselepo astui voimaan, "Protée" -aluksen kapteeni jätti huomiotta käskyn palata Beirutiin ja purjehti sen sijaan Aleksandriaan, josta tuli osa Force X:ää. Kapteeni nuhteli tätä tapausta.