Coxie palasi Flanderiin, mutta jäi Mecheleniin ja otti kaksi oppilasta työpaikkaansa. Mechelenista oli kuitenkin tullut kulttuurinen autiomaata, kun taas Antwerpen tarjosi houkuttelevia mahdollisuuksia, koska monet tuhotut alttaritaulut piti korvata ja sen johtavat historiamaalaajat Frans Floris ja Willem Key olivat juuri kuolleet. Hän valmisti alttaritaulun Antwerpenissä vuonna 1575 ja rekisteröitiin Antwerpenin Pyhän Luukkaan kiltaan vuonna 1578. Hän pysyi Antwerpenissä vuosina 1580-1585, jolloin kaupunkia hallitsi kalvinistinen hallitus. Katolilaisena hän pystyi jopa saamaan tilauksia paikalliselta hallitukselta, joka oli suvaitsevainen katolilaisia kohtaan. Vuonna 1585 hän oli rekisteröity vuokralaisena Kloosterstraatissa Antwerpenissä, kun taas hänen talonsa Mechelenissä oli vuokrattu. Tämän jälkeen
Antwerpenin kukistuminen ja Espanjan katolisen vallan palautuminen kaupunkiin vuonna 1585 saivat Coxien välittömästi toimeksiantoja Mechelenin suojelijoilta, mukaan lukien kaupungin hallitus. Espanjan kuninkaan jatkuva arvostus vanhaa taiteilijaa kohtaan ilmeni, kun hän vuonna 1589 myönsi hänelle vuosipalkkaa. Coxie jatkoi maalaamista yli 90-vuotiaana. Hänen viimeinen teoksensa, vuodelta 1592, oli, joka on nykyään Pyhän Mikaelin ja Pyhän Gudulan katedraalissa Brysselissä. Tämän takana on yksi sivupaneeleista, joka sisältää ainoan tiedossa olevan Filip II:n muotokuvan, jonka taiteilija maalasi. Pian sen jälkeen hän kuoli, kun hän kaatui vahingossa lavastosta työskennellessään "Solomonin tuomion" restauroinnissa Antwerpenin kaupungintalossa, jonka hän oli tehnyt yhdeksän vuotta aiemmin Antwerpenin kaupunginvaltuustolle.