Honda aloitti kauden kultamitalolla Aasian trofeessa 2016. Hänet määrättiin JGP-tapahtumiin Japanissa ja Sloveniassa. Ensimmäisessä kilpailussa JGP Yokohamassa hän sijoittui viidenneksi lyhyessä ohjelmassa ja voitti vapaan luistin 128,64 pisteen juniorimaailmanennätyksellä toiseksi kokonaisuudessaan. Seuraavassa tapahtumassaan JGP Ljubljanassa hän voitti toisen hopeamitalin ja pääsi toiseen JGP-finaaliin. Hän kuitenkin vetäytyi finaalista sairauden vuoksi. Marraskuussa hän voitti pronssimitalin Japanin juniori-kilpailussa.
- Mitä?