Henry ylitti tämän ennätyksen integroidummassa 2008/09 kaudella, 26 maalia ja 10 tuetta vasemmalta siiveltä. Hän voitti ensimmäisen uransa Barcelonassa 13. toukokuuta 2009, kun Barcelona voitti Athletic Bilbaon Copa del Rey -finaalissa. Barcelona voitti Primera Divisionin ja UEFA:n mestaruuskilpailun pian sen jälkeen, täydentämällä trebleä ranskalaiselle, joka oli yhdistetty Messin ja Samuel Eto'on kanssa, jotta he saivat 100 maalia samana kaudella. Kolmikko oli myös Espanjan liigan historian hedelmällisin kolmikko, joka teki 72 maalia ja ylitti 66 maalia, jotka Real Madridin Ferenc Puskás, Alfredo Di Stéfano ja Luis del Sol tekivät kaudella 1960-61 (tämä ylitti myöhemmin Real Madridin trio Cristiano Ronaldo, Karim Benzema ja Gonzalo Higuaín, joka teki 89 maalia kaudella 2011-12). Myöhemmin vuonna 2009 Henry auttoi Barcelonaa voittamaan ennennäkemättömän kuusinkertaisen, joka koostui edellä mainitun kolminkertaisen, Supercopa de España, UEFA Super Cup
, ja FIFA:n kerhojen MM-kisoihin.