Espanjalaisten lähetysohjelmaan kohdistui huomattavaa alkuperäiskansojen vastarintaa, joka jatkui Meksikon itsenäistyttyä Espanjalta
Vuonna 1821. Useimmat pakenevat intiaanit pakenivat Keski-laaksoon, joka oli raskaasti aseistettujen espanjalaisten sotilaiden vaikeasti ylitettävissä sen suotavan maaston vuoksi. Noin marraskuussa 1828 joku Yokuts-mies nimeltään Estanislao (kristitty pyhän Stanislauksen mukaan; hänen alkuperäisen nimensä uskotaan olleen "Cucunichi") johti kapinaa Mission San Jose'ssa ja pakeni monien muiden alkuperäiskansojen kanssa Laquisimes-joen maahan. Siellä hän keräsi joukon jokutteja, miwokeja ja chumaseja, jotka ryöstivät lähetyssairaaloja ja suuria "ranchoja" varastamalla hevosia ja karjaa ja vapauttaen alkuperäiskansojen työntekijöitä. Meksikon armeija, jota johti Mariano Vallejo, siirtyi murskaamaan vastarinnan, mutta alkuperäiset miehet voittivat heidät aluksi Laquisimes-joella, paikassa, jonka uskotaan olevan nykyisen Caswell Memorial State Parkin lähellä.