Sisällissodan alussa hänet nimitettiin kapteeniksi 10. Infanteriryhmässä - ja ylennettiin everstikseksi alle kuukaudessa. Hän komensi prikaatin Ohion armeijassa Mill Springsin taistelussa vuonna 1862 ja ylennettiin prikaattikomentajaksi 24. maaliskuuta 1862 sen perusteella, mitä hän teki siellä. Kenraali Manson haavoittui reidessä ja konfederaation joukot vangitsivat hänet Richmondin taistelussa Kentuckyssä. Hänet vaihdettiin kaksi kuukautta myöhemmin ja taisteli Morgania vastaan Ohiossa. Kahden kuukauden aikana Manson nousi prikaatista divisioonaan ja sitten XXIII-joukon komentajaksi. Hän johti joukkoja Knoxvillen kampanjan aikana ja näki toimintaa Campbellin asemalla ja Knoxvillessä. Kenraali Manson palasi prikaatin komentajaksi Ohion armeijaan Atlantan kampanjan aikana ja haavoittui vakavasti.
Resacan taistelu Georgiassa.