Ennen palatsin rakentamista Krakovan piispakunta oli ollut Wawelissa vuodesta 1000 lähtien, jossa on vielä olemassa aiempien rakennusten jäänteitä. Palatsi, joka on pystytetty nykyiseen paikkaansa ul. Franciszkańska 3 -katu Krakovan historiallisen fransiskaanien kirkon vastapäätä mainittiin ensimmäistä kertaa 1400-luvulla. Se tuhoutui tulipalossa vuonna 1462 ja rakennettiin sitten uudelleen. Piotr Gembicki rakensi palatsin uudelleen uusilla portaaleilla ja portaaleilla vuosina 1642-1647. Se kunnostettiin Ruotsin hyökkäyksen jälkeen.
Vuonna 1655 ja uudelleen kunnostettu 1817-1820 Szczepan Humbert. Vuonna 1850 kaupungin laajuinen tulipalo poltti suurimman osan huonekaluista ja kansallisten muistomerkkien esitteistä. Arkkitehti Tomasz Pryliński valvoi palatsin kunnostusta vuosina 1881-1884. Huolimatta sen myrskyisestä historiasta, johon kuului tulipaloja ja erilaisia kansallisia onnettomuuksia, kuten osastoja, palatsi palveli aina alkuperäistä tarkoitustaan.