Ensimmäinen maininta Achilleionista on linnoitus, josta Mytilene suoritti hyökkäyksensä Ateenalaisten kontrolloimaan Sigeioniin pohjoiseen 600-luvun alussa eaa. Ei ole selvää, oliko Achilleion asutettu aiemmin, mutta myös keraamiset tiedot alkavat tästä kohtaa, mikä viittaa siihen, ettei sitä ollut. Viimeaikaiset kaivokset ovat osoittaneet, että myös siirtokunnan seinät ovat peräisin 600-luvun ensimmäiseltä puoliskolta eKr., mikä vahvistaa edelleen Herodotuksen ja Strabon kirjallisuuden kertomuksia sen alkuperästä. Akilleion pysyi mytilenealaisten hallinnassa, kunnes Ateena lopetti mytilenealaisten kapinan
Vuonna 427 eaa. ja valloitti kaikki Troadan aktaaaniset kaupungit. Achilleion esiintyy Ateenan kunnianosoitusluetteloissa 425/4 ja 422/1 eaa., mikä osoittaa, että se oli liittynyt Delian liittoon. Legendan ("ACH"), jota jotkin tällä alueella löydetyt pronssimonet kantavat, uskotaan viittaavan Ach (illeion) -nimiseen ja viittaavan siihen, että c. 350 - 300 eaa. kaupunki lyönyt omia kolikoita. Kuningas Lysimachus synoekisoi Ilionin monien ympäröivien yhteisöjen kanssa, mukaan lukien Achilleion hänen hallituskautensa aikana (306 - 281 eaa.), mikä lopetti tehokkaasti Achilleionin poliittisen riippumattomuuden. Demetrius Scepsis, joka oli lähikaupungista Troadissa, kertoo, että paikalla oli vielä Achilleion-niminen kylä toisella vuosisadalla eaa. Viimeisimmät keraamiset löydökset Achilleionista ovat peräisin tästä ajasta, mikä viittaa siihen, että sivusto muuttui asumattomaksi pian sen jälkeen.