Tammikuussa 1948 Allon auttoi Mapam-puolueen perustamisessa. Kuitenkin vuoden 1948 sodan jälkeen
Pääministeri David Ben-Gurion kehotti Allonia erottamaan itsensä Mapai-puolueestaan, koska hän piti sitä liian vasemmistolaisena ja uhkana valtion turvallisuudelle. Joulukuussa 1948 Mapamin johtaja Meir Ya'ari arvosteli Allonin käyttämistä kymmeniä tuhansia palestiinalaisia pakolaisia strategisten tavoitteiden saavuttamiseksi.