Barney nimitettiin luutnanttiksi Konfederaation laivastossa 2. heinäkuuta 1861. Hän komensi CSS "Jamestownia" Hampton Roaden taistelussa, kuuluisassa taistelussa, jonka aikana hän vangitsi kaksi briggia ja Accomac-skunnerin Newport News Pointin lähellä, kun CSS "Virginia" piti Unionin laivaston huomion. Norfolkin konfederaation evakuoinnin jälkeen "Jamestown" upottiin tukkimaan James-joen Drewry's Bluffilla. Drewry's Bluffin taistelussa
Kun Confederate-alueen rantapatterit ajoivat pois Unionin laivaston joukot Richmondia kohti, Jamestownin aseita pidettiin tärkeimpänä tekijänä vihollisen laivojen torjumisessa. Taistelun jälkeen hän sai ylistyksen Konfederaation kongressilta ja hänet ylennettiin komentajaksi.