Rebić siirtyi Eintracht Frankfurtille kauden mittaiseen lainaukseen 11. heinäkuuta 2016, jolloin hän palasi entisen maajoukkueen managerin Niko Kovačin seuraan. Rebić teki debyyttinsä 17. syyskuuta Bayer Leverkusenia vastaan, tullessaan sijaisena ja auttaen Marco Fabiania voittavan maaliin 2-1. 5. helmikuuta 2017 hän teki ensimmäisen maalinsa uudelle joukkueelleen, joka lopetti 2-0 voiton Hessenin joukkueen SV Darmstadt 98: n kanssa Commerzbank Arenalla. 27. toukokuuta hän tasoitti DFB-Pokal-finaalissa 2017.
, vaikka Frankfurt hävisi 2-1 Borussia Dortmundille.