Harper ilmoitti joulukuun alussa 2013, että hän "äänestää ehdottomasti ei" Skotlannin itsenäisyysäänestyksessä vuonna 2014
Hän sanoi, että hän auttaisi mielellään Better Together -kampanjaa ja että "merkittävä vähemmistö" vihreistä vastusti itsenäisyyttä.