James River Squadron perustettiin pian Virginian eron jälkeen sisällissodan aikana. Eskadriini oli osa Virginian laivastoa ennen siirtymistä Konfederaation laivastoon. Joukkue on merkittävin roolistaan James-joen partioinnissa, joka oli tärkein vesi lähestymistapa konfederaation pääkaupunkiin Richmondin. Sen oli kaksi vaihetta: varhainen sota, jolloin se koostui enimmäkseen puisista laivoista (kuuluisan CSS "Virginia" lisäksi), joka päättyi
Drewry's Bluffin taistelu 15. toukokuuta 1862.