Huolimatta virallisesta antautumisesta, oli olemassa merkittävä paikallinen vastarintaliike Japanin miehitykseen. Filippiinien armeijan osatekijät jatkoivat toimintaansa ja pystyivät vapauttamaan kaikki Filippiinien tuolloin 50 maakuntaa paitsi kaksitoista, kun taas myös muut ryhmät, kuten Hukbalahap, olivat mukana. Maanpaossa ollessaan presidentti Manuel L. Quezon edusti Filippiinejä kuolemaansa saakka vuonna 1944. Kenraali MacArthurin johdolla olevat amerikkalaiset joukot palasivat lokakuussa 1944.
Leytellä.