Kolme päivää sen jälkeen, kun Ludvig XVI erotti Jacques Neckerin talousneuvonantajaltaan, - Pariisin kansa hyökkäsi Hotel des Invalidesin ja Bastillen kimppuun. Se oli ensimmäinen Ranskan vallankumouksen kapina. Marat ei osallistunut suoraan Bastillien valloitukseen.
Hän yritti ylistä rooliaan väittämällä, että hän oli pysäyttänyt joukon saksalaisia Pont Neufilla. Hän väittää, että nämä sotilaat pyrkivät murskaamaan vallankumouksen sen alkuvaiheessa, ja että hän oli onnistuneesti vakuuttanut väkijoukon pakottamaan sotilaat luovuttamaan aseensa. On kyseenalaista, onko tämä tapahtuma todella tapahtunut, koska Maratin tarinan vahvistavia muita tunnettuja kertomuksia ei ole.