Stone taisteli suurissa sisällissodan taisteluissa Savage Stationilla.
Antietam, Chancellorsville ja Gettysburg. Kun hän sai vakavan haavan Antietamissa, hänet nimitettiin toiseksi luutnanttiksi. Gettysburgissa saamansa kolmannen haavan jälkeen hänet siirrettiin Filadelfian hallinnolliseen asemaan.