Täytä seuraava lause: Vuonna 1989 Janša osallistui yhden Slovenian ensimmäisistä oppositiopuolueista, Slovenian demokraattisen liiton (SDZ) perustamiseen ja hänestä tuli sen ensimmäinen varapuheenjohtaja ja myöhemmin puolueen neuvoston puheenjohtaja. Ensimmäisten vapaiden vaalien jälkeen toukokuussa 1990 hänestä tuli puolustusministeri Lojze Peterlen hallituksessa.
Slovenian itsenäisyyssota kesäkuussa ja heinäkuussa 1991. Yhdessä sisäministeri Igor Bavčar, Janša oli tärkein järjestäjä Slovenian strategian vastaan Jugoslavian kansanarmeija.