Kirjoita jatkossa tähän kappaleeseen - Muuttuaan Jakartalle Latuharhary alkoi myös työskennellä japanilaisille sisäasiainministeriön alaisuudessa hallitsemaan javaa ja vastasi heidän teoistaan. Vuonna 1944 Kenpeitai pidätti ja vei Bogoriin ryhmän amboneisia, mukaan lukien Latuharhary, koska heitä epäiltiin vakoilusta liittoutuneille voimille ja koska Latuharhary oli osittain käyttänyt asemaansa Japanin hallinnossa poliittisiin tarkoituksiin. Hänen vaimonsa ja kaksi muuta onnistuivat kuitenkin jälleen vakuuttamaan japanilaisen laivaston komentajan järjestämään heidän vapauttamisensa. Vuoden 1944 lopulla hänet pidätettiin uudelleen, kun eräs molukkalainen vanki oli paennut vankilasta. Japanilaiset viranomaiset epäilivät Ambonesia erityisesti Morotain taistelun jälkeen.
Ambonin strateginen pommitus vuonna 1944, jota lisäsi liittoutuneiden vakoiluoperaatiot Molukkoilla, jota johti ambonialainen Julius Tahija.