Lee vapautettiin virastaan Turkissa maaliskuussa 1941 ja pian saapumisensa jälkeen Egyptiin hänet nimitettiin ylemmäksi upseeriin - johtamaan ilmavoimien komentajaa John D'Albiacia, joka tuki kreikkalaisia Italian hyökkäyksen jälkeen.
- Mitä? Alkuperäisistä menestyksistä huolimatta saksalaisten väliintulo asetti pian liittoutuneiden joukot puolustuskannalle, ja britit ajettiin lopulta pois, ensin Kreetalle ja sitten Egyptiin. Loppuvuoden 1941 Lee palveli henkilöstöupseerina (operaatiot) RAF:n Lähi-idän päämajassa, sitten Desert Air Force:n apulaislähettiläänä.