Sisällissodan syttyessä hän komensi Louisianan 18. jalkaväkirykmenttiä, jossa hän osoittautui tiukaksi kurinpitäjäksi, - joka oli myös erityisen ystävällinen ja sosiaalinen joukkojen kanssa. Haavoittunut Siilossa
Vuonna 1866 hänet nimitettiin prikaatin komentajaksi kenraali Richard Taylorin alaisuudessa, jonka kanssa hän onnistui estämään liiton pyrkimyksiä turvata Bayou Techen alue Etelä-Louisianaan. Red Riverin taistelussa Mouton kuoli Mansfieldin taistelussa johtaen miehiään ratsuväen hyökkäyksessä.