Täytä seuraava lause: Venäjän kanssa käytyyn sotaan 1654<unk>1667 ja Pohjoissotaan (1700<unk>1721) Merkinė kärsi kovasti venäläisten ja ruotsalaisten armeijojen taistelusta ja menetti strategisen ja taloudellisen merkityksensä. Venäjän armeija poltti Merkinen uudelleen
Vuoden 1794 kapina, jossa yritettiin vapauttaa Puolan ja Liettuan tasavalta Venäjän vaikutuksesta. Vuonna 1794 kaupungin inventaariossa mainitaan Nemunas-joen joen satama, myös Nemunas ja Merkys joet arvioitiin soveltuviksi merenkulkuun. Merkinė mainittiin 1800-luvun asiakirjoissa jokikaupan keskuksena, jossa rakennettiin jokikauppalaivoja.