Toukokuussa 1942 Bellinger nimitettiin komentajaksi - amiraali Chester Nimitzin alaisuudessa. Hän auttoi suunnittelemaan Midwayn
Nimitz lähetti hänet heinäkuussa 1942 Washingtoniin - toimittamaan suunnitelmansa laivaston uudelleenjärjestelystä Tyynellämerellä - laivaston operaatioiden päällikölle, amiraali Ernest J. Kingille. Bellinger kävi siellä rutiininomaisen lääkärintarkastuksen Bethesdan laivaston sairaalassa, jossa havaittiin, että hänellä oli lievä sydänsairaus. Hänen uransa päättyi, ja hänet määrättiin vähemmän stressaavaan tehtävään.