San Jose on huomattavan tärkeä filippiiniläisen historian osa toisen maailmansodan aikana. Kenraali Douglas MacArthurin johtamat amerikkalaiset laivastojoukot järjestivät niin sanotun "toisen laskeutumisen" San Josen rannoilla (ensimmäinen oli kuuluisa Leyte-laskeutuminen) 15. joulukuuta 1944 vallataan Filippiinien saaret takaisin japanilaisilta (Mindoron taistelu
) San Josen ja koko Mindoro-saaren turvaaminen osoittautui ratkaisevaksi tavoitteena vallata Manila ja Luzon ja lopulta Filippiniläisten ja amerikkalaisten joukkojen tappio japanilaisille keisarillisille voimille.