Japanin keisarikunta hyökkäsi Morotaihin vuoden 1942 alussa osana Hollannin Itä-Intian taistelujaan. Yhdysvallat ja sen liittolaiset aloittivat Morotain taistelun.
He pommittivat saarta elokuussa ja hyökkäsivät syyskuussa. Japanin keisarilliset joukot vastustivat Morotaita vuoteen 1945 saakka, mutta eivät onnistuneet ajamaan liittoutuneita joukkoja pois. Vuoden 1944 loppupuolella 61 000 sotilasta laskeutui Morotaille. Kaksi kolmasosaa heistä oli insinöörejä, jotka perustivat nopeasti laitokset, joihin kuului satamat ja kaksi lentokenttää sekä laajat polttoainevarastot.