Napoleonin sodan alussa Marcognet oli kenraali upseeri, joka johti Michel Neyn prikaatin prikaattia. Hän johti joukkojaan Günzburgissa, Elchingenissä ja Scharnitzissä vuonna 1805. Vuosina 1806-1807 hän johti prikaattiaan Jena, Magdeburg, Eylau, Guttstadt-Deppen ja Friedland. Kun Neyn joukot siirrettiin Espanjaan, hän taisteli Tamamesissa.
, Alba de Tormes, Ciudad Rodrigo, Almeida, Bussaco, Torres Vedras, Casal Novo ja Fuentes de Onoro.