Obando nimitettiin San Giovanni Evangelista a Spinaceton kardinaalipapiksi 25. toukokuuta 1985 ja hänestä tuli ensimmäinen nicaragualainen kardinaali. Hän osallistui vuonna 2005 pidettyyn paavilliseen konklaaviin.
joka valitsi paavi Benedictus XVI:n. Obando oli Nicaraguan piispankonferenssin puheenjohtaja joulukuusta 1999 marraskuuhun 2005.