Phelps palveli Bonitalla ja Jamestownilla Meksikon-Amerikan sodan aikana. Hän antoi laivastoapua Winfield Scottille Veracruzin piirityksessä.
- Mitä? Hän käytti myös paljon aikaa Meksikon rannikkoa partioimassa. Pienessä ajassa Phelps oli jo kehittänyt vahvat mielipiteet siitä, miten sotaa tulisi johtaa, ja oli tyytymätön siihen, että laivasto lainasi paljon palveluaan suojelemalla kauppalaivoja, kun taas merimiehet sairastuivat skorbuttiin, koska heillä ei ollut varoja.