Lincoln liittyi Washingtoniin New Yorkin ulkopuolella elokuussa 1778 ja hänet nimitettiin eteläisen osaston komentajaksi syyskuussa. Washington lähetti Lincolnin, Lafayetten ja Leen (Henry "Light Horse Harry") Etelä-osastoon vastustamaan Clintonin ja Cornwallisin johtamaa brittiläistä armeijaa. Lincoln osallistui epäonnistuneeseen Ranskan johtamaan piiritykseen.
Savannahissa Georgiassa lokakuussa 1779, jonka jälkeen hän vetäytyi Charlestoniin Etelä-Carolinassa. Hän otti komennon Charlestonin varuskuntaan. Maaliskuussa 1780 New Yorkista lähetetty huomattava brittiläinen joukko piiritti kaupungin. Verrattain lyhyen piirityksen jälkeen Lincoln joutui luovuttamaan yli 5 000 miestä kenraaliluutnantti Sir Henry Clintonin käsiin 12. toukokuuta 1780, mutta hän teki sen tavalla, joka mahdollisti Etelä-Carolinan miliisin paon sekä joidenkin Manner-valtioiden joukkojen, jotka ärsyttävät brittejä Lincolnia kohti.