Valtiovarainministeri Hay oli Fellsissä, kun McKinley ja hänen miehensä olivat siellä.
Leon Czolgosz, anarkisti, ampui hänet 6. syyskuuta Buffalossa. Kun varapresidentti Roosevelt ja suuri osa hallituksesta kiiruhtivat McKinleyn sänkyyn, jota oli leikattu (se oli luultiin onnistuneeksi) pian ampumisen jälkeen, Hay suunnitteli matkustamista Washingtoniin hallitsemaan viestintää ulkomaisten hallitusten kanssa, mutta presidentin sihteeri George Cortelyou kehotti häntä tulemaan Buffaloon. Hän matkusti Buffaloon 10. syyskuuta; kuultuaan saapumisestaan presidentin toipumisesta, Hay vastasi, että McKinley kuolisi. Hän oli iloisempi vierailtuaan McKinleyllä ja antanut lausunnon lehdistölle ja lähti Washingtoniin, kun Roosevelt ja muut virkamiehet myös hajaantuivat. Hay oli palaamassa New Hampshirelle 13. päivänä, kun kuulin, että McKinley oli kuolemaisillaan. Hay jäi toimistoonsa ja seuraavana aamuna matkalla Buffaloon entinen Rough Rider sai Hayilta ensimmäisen viestinsä valtionpäämiehenä, jossa hän ilmoitti virallisesti presidentti Rooseveltille McKinleyn kuolemasta.