MEK perustettiin 5. syyskuuta 1965 vasemmistolaisten iranilaisten opiskelijoiden toimesta, jotka liittyivät Iranin vapausliikkeeseen vastustamaan USA:n tukemaa Shah Mohammad Reza Pahlavia. Järjestö osallistui aseelliseen konfliktiin Pahlavi-dynastian kanssa 1970-luvulla ja osallistui sahan kukistamiseen Iranin vallankumouksen aikana. Sen jälkeen se pyrki luomaan demokratian Iranissa, erityisesti saadessaan tukea Iranin keskiluokan älymystöltä. Pahlavin kaatumisen jälkeen MEK kieltäytyi osallistumasta perustuslailliseen kansanäänestykseen.
Se johti siihen, että Khomeini esti Massoud Rajavin ja muiden MEK:n jäsenten osallistumisen uuteen hallitukseen. Tämä aiheutti ristiriitoja ajatulla Khomeinin kanssa, ja vuoden 1981 alkupuolella viranomaiset olivat kieltäneet MEK: n, suorittamalla merkittävän "ryhmän jäsenten ja kannattajien tukahduttamisen", joka ajoi järjestön maan alle.