Tarina sijoittuu vuoteen 3394, tuhat vuotta sen jälkeen, kun ihmiskunta pakenee maapallolta sen tuhoamisen jälkeen muodonmuuttavien muukalaisten rodun <unk> Gauna (奇居子 ((ガウナ)) tuhoamisen jälkeen, satojen massiivisten avaruusalusten kyydissä, jotka on luotu planeetan jäännöksistä. Yksi tällainen alus on Sidonia, joka on kehittänyt oman ihmisen kulttuurinsa, joka perustuu tiiviisti Japanin, jossa ihmisen kloonaus, sukupuolittomat lisääntymiset ja ihmisen geneettinen tekniikka, kuten ihmisten antaminen fotosynteesi, ovat yleisiä. On myös paljastettu, että tämän yhteiskunnan ylimmille tasolle on salaa myönnetty kuolemattomuus. Yli 500 000 ihmisen väestöllä Sidonia on mahdollisesti viimeinen jäljellä oleva ihmissiirtymä, koska muiden alusten kohtalo on tuntematon. Kysymys: Mistä kulttuurista Sidonian alus pohjautui suurelta osin?
Japanissa