Júnior pelasi Brasilian maajoukkueessa yhdeksäntoista kansainvälistä peliä vuosina 1996-2004 ja teki yhden maalin, joka tuli Costa Ricaa vastaan maan voittoisessa 2002 FIFA: n maailmanmestaruusottelussa. Hän oli myös aiemmin Brasilian joukkueen jäsen, joka osallistui vuoden 1998 CONCACAF Gold Cup -kisoihin.
ja vuoden 2001 Copa Américaa.