Täytä seuraava lause: Kun Yhdysvaltain sisällissota alkoi vuonna 1861, Jones ilmoittautui vapaaehtoiseksi unionin armeijaan. 3. lokakuuta hänet valittiin 53. Ohio-jalkaväkirykmentin kapteeniksi, ja hän näki toimintaa sellaisena Shilohin taistelussa ja Korintin piirityksessä. Toukokuun 2. päivänä 1862 Jonesista tuli 53:nnen Ohion eversti ja sen komentaja. Hän johti rykmenttiään Vicksburgin piirityksessä ja Missionary Ridge -taistelussa, molemmat vuonna 1863. Jones näki lisätoimia koko vuoden 1864 Atlantan kampanjan ajan, taistellen Resacassa, Dallasissa, Kennesaw Mountainissa ja
- Atlantassa. Elokuussa Jones nimitettiin prikaatin komentajaksi, kun hänen ylempi upseerinsä, prikaatin kenraali Joseph A. J. Lightburn haavoittui ja luopui komennosta lopun sodan ajaksi. Eversti Jones johti nyt 2. prikaattia William B. Hazenin 15. korpuksen 2. divisioonassa Jonesborossa. Sattumalta tuon divisioonan 1. prikaatin johdossa oli myös toinen "eversti Jones", Theodore Jones 30. Ohion rykmentistä. Wells Jones osallistui 1864 marssiin merelle ja haavoittui Fort McAllisterin, Georgian, operaatioissa 13. joulukuuta.