MacRae värväytyi yksityissotilaana Monroe-jalkaväkeen, - ja hänet valittiin kapteeniksi, kun siitä tuli B-ryhmä, 15. Pohjois-Carolinan jalkaväkirykmentti. Huhtikuussa 1862 hänet ylennettiin everstiluutnanttiksi. Puolituksen ja toisen Manassasin taistelun aikana hänen rykmenttinsä oli osa Howell Cobbin prikaattia. Antietamin taistelussa MacRae komensi prikaattia, joka oli vähentynyt 250 mieheen viime viikkojen taistelujen aikana. MacRaen prikaati torjui kolme unionin hyökkäystä, mutta perääntyi, kun hänellä oli vain 50 henkeä jäljellä ja hänen ammukset olivat loppu. Fredericksburgissa hän taisteli rykmenttinsä kanssa Marye's Heightsissa. Välittömästi taistelun jälkeen 15. Pohjois-Carolinan rykmentti siirrettiin prikaattigeneraali John Rogers Cooken Pohjois-Carolinan prikaattiin. Cooke oli loukkaantunut pahasti Fredericksburgissa eikä palannut prikaattiin ennen huhtikuuta 1863. Helmikuussa 1863 MacRae ylennettiin everstikseksi. Tämä prikaati palveli Pohjois-Carolinassa ja Kaakkois-Virginiaan Gettysburgin taistelun jälkeen. Helmikuussa 1863 hän sai eversti- ja vuonna 1864 hänet nimitettiin prikaatigeneraaliksi. Kun MacRae liittyi Pohjois-Virginian armeijaan, hänet palkittiin urheudesta Bristoen taistelussa. Kun prikaatiksenraali William Whedbee Kirkland haavoittui Cold Harborin taistelussa, MacRae ylennettiin väliaikaisesti prikaatiksenraaliin ja hänet määrättiin Kirklandin prikaatin komennoksi (tämä oli myös prikaatiksenraali J. Johnston Pettigrew entinen prikaati). Reamin asemalla
MacRaen, Lanen ja Cooken prikaatit ajoivat John Gibbonin 2. divisioonan Winfield Scott Hancockin II-joukoista heidän etuosastoltaan ja vangitsivat tykistöpatterin. Boydtonin taistelun jälkeen MacRae pysyi armeijassa Appomattoxin kampanjan aikana.