Zanetti oli 12 vuotta ilman erottelua. Hänet erotettiin ensimmäistä kertaa urallaan 17. helmikuuta 1999 Coppa Italia -ottelussa Parmaa vastaan, mutta hän katkaisi sarjansa, kun hänet erotettiin Serie A -ottelussa.
Ottelu Udinesea vastaan 3. joulukuuta 2011. Nämä olivat ainoat kaksi kertaa, kun hänet erotettiin Interin kautta.