Vuonna 2004 suomalainen kuljettaja Mika Häkkinen oli Schumacherin tärkein kilpailija. Häkkinen voitti kauden kaksi ensimmäistä kisaa ja sai 16-pisteen etulyönnin Schumacheria vastaan. Schumacher voitti sitten Argentiinassa, ja Ferrarin parantuessa merkittävästi kauden toisella puoliskolla, Schumacher otti kuusi voittoa ja sai viisi muuta palkintopistettä. Ferrari sai 1<unk>2 pisteen, ensimmäisen Ferrari 1<unk>2 pisteen sitten 1990, ja Schumacher ja Häkkinen olivat yhtä suuret kuljettajien mestaruudessa 80 pisteellä. Häkkinen voitti mestaruuden kuitenkin voittamalla kaksi viimeistä kisaa. Kauden aikana oli kaksi kiistakysymystä; vuonna 1999 Schumacher johti viimeisellä kierroksella, kun hän kääntyi syöttöalueelle, ylitti lähtö-päällysrajan ja pysähtyi maksamaan kymmenen sekunnin pysähdysrangaistuksensa (saatu ohittamisesta kierrettyyn autoon (Alexander Wurz) turva-auton aikana). Oli epäilystäkään siitä, laskettiinko tämä rangaistuksen suorittamiseen, mutta koska hän oli ylittänyt maaliviivan, kun hän tuli pitille, voitto oli pätevä. Belgian Grand Prixissä
Schumacher johti kisaa 40 sekunnin etumatkaa, mutta törmäsi David Coulthardin McLarenin kanssa, kun skotlantilainen, kierrosta jäljessä, hidastui kilpajuoksuviivalla erittäin huonossa näkyvyydessä päästäkseen Schumacherin ohi. Hänen Ferrarinsa menetti pyörän, mutta hän pääsi takaisin, vaikka hänen oli pakko jäädä eläkkeelle. Schumacher hyppäsi autostaan ja suuntasi McLarenin autotalliin raivoissaan ja syytti Coulthardia "yrityksestä tappaa hänet". Coulthard myönsi viisi vuotta myöhemmin, että onnettomuus oli ollut hänen virheensä.