Junípero Serra käytti kahdeksan vuotta rakennushankkeeseen vuoteen 1770 saakka. Kun useat historialliset tapahtumat, kuten jesuiittojen karkottaminen, pakottivat hylkäämään lähetystöt. Serra muutti Kaliforniaan. Kun Serra lähti, lähetystöt jätettiin pappien haltuun. Sekä Meksikon itsenäisyyssota että Meksikon vallankumous
, lähetystöjä ryöstettiin ja tuhottiin. Lähetyskirkkojen ulkokuoren ennallistustyöt aloitettiin 1980-luvulla. Vuosina 1991-1997 tehtiin alttareiden, kuorojen, orgujen ja maalausten sisustustyöt. Valtion rahoittama lisätyö jatkui vuosina 1997-2002. 1990-luvulla tehdyt työt koskivat myös ympäröiviä aukioloja ja monumentteja. Tehtävien merkitseminen maailmanperintökohteeksi alkoi vuonna 2000 ja onnistui lopulta vuonna 2003, kun se lisättiin maailmanperintökomitean 27. kokouksessa.