Senna vaati, että Honda tehostaa moottorin kehittämisohjelmaansa ja vaati lisäparannuksia autolle ennen kuin oli liian myöhäistä. Muutokset auttoivat häntä voittamaan vielä kolme kilpailua - ja varmistamaan mestaruuden.
Japanissa Mansell (joka tarvitsi voittoa), lähti ensimmäisestä mutkasta juoksemassa kolmanneksi - ja rantautui Williamsinsa kivilukkoon. Senna pääsi toiseksi ja antoi voiton tiimikaverilleen Gerhard Bergerille viimeisessä mutkassa kiitoksena hänen tuestaan kauden aikana. Senna suunnitteli siirtyvänsä Williams-joukkueeseen kaudelle 1992, mutta Hondan toimitusjohtaja Nobuhiko Kawamoto pyysi henkilökohtaisesti, että hän pysyy McLaren-Hondassa, minkä Senna teki uskollisuuden tunteen vuoksi; Alain Prostin suosituksen lisäksi Hondalla oli ollut tärkeä rooli Sennan tuomisessa McLarenille.