1. toukokuuta rykmentti taisteli Port Gibsonin taistelussa.
Se ja 3. Missouriin jalkaväkirykmentti hyökkäsivät liiton linjaan yrittäen kääntää vihollisen paljastettua sivua. Molemmat rykmentit kuitenkin epäonnistuivat lyömällä unionin linjaa sivussa ja sen sijaan iskivät alueelle, jolla oli enemmän tukea. Raskaan taistelun jälkeen molemmat rykmentit joutuivat perääntymään. 16. toukokuuta rykmentti osallistui isoon hyökkäykseen Champion Hillin taistelussa. Konfederaation hyökkäys Champion Hillillä valloitti kaksi tärkeää taistelukentän piirrettä, mutta liiton vahvistukset ja ampumatarpeet pakottivat miehet perääntymään. Kun rykmentti kukistettiin Big Black River Bridgen taistelussa 17. toukokuuta, se siirtyi Vicksburgin, Mississipin, puolustukseen. Vicksburgin piirityksen aikana rykmentti auttoi torjumaan unionin hyökkäyksiä 19. ja 22. toukokuuta. 25. kesäkuuta ja 1. heinäkuuta rykmentti vastusti liiton yrityksiä murtaa liittoutuneiden linjat räjäyttämällä mustaa jauhoa liittoutuneiden puolustusrakenteiden alla. Vicksburgin konfederaation varuskunta antautui 4. heinäkuuta, ja 5. Missouri-jalkaväki vapautettiin ehdonalaisesti. Vaihtamisen jälkeen 5. Missouri-jalkaväki yhdistettiin 3. Missouri-jalkaväkeen muodostaen 3. ja 5. Missouri-jalkaväkirykmentin (Yhdistetty); 5. Missouri-jalkaväki lakkasi olemasta erillisenä yksikkönä.