Kirjoita jatko tähän kappaleeseen - Chruścielin rykmentti mobilisoitiin salaa 23.-27. maaliskuuta 1939 ja siirrettiin Szczercówin kylään, jossa se muodosti puolustuslinjan Widawka-joella. Puolan puolustussotien syttyessä se astui taisteluun 2. syyskuuta 1939. Osana Łódźin armeijan "Piotrkówin operatiivista ryhmää" Chruścielin yksikkö vetäytyi Modlinin linnoitukseen ja osallistui sen puolustukseen.
Puolan joukot antautuivat. Działdowon sotavankileirissä ollessaan hän vapautettiin lokakuun lopussa, jo vihollisuuksien päättymisen jälkeen. Peläten, että hänen vapautumisensa vankileiristä oli erehdys, Chruściel muutti Varsovaan, jossa hän asettui asumaan erilaisin väärin nimin. Kesäkuussa 1940 hän liittyi aseellisen taistelun liittoon (ZWZ). Alun perin henkilöstön 3. divisioonan johtaja, joka vastasi koulutuksesta ja taktiikasta, lokakuusta lähtien Chruściel toimi Varsovan kaupungin ZWZ-alueen varapäällikön virassa.