Vuoden 1998 aikana Honda harkitsi palaamistaan Formula 1:een omalla joukkueellaan. Hanke keskeytettiin sen teknisen johtajan Harvey Postlethwaiten kuoleman jälkeen. Sen sijaan Honda palasi virallisena moottoritoimittajana British American Racingille (BAR) ja lyhyesti Jordanin Grand Prixille. Yhdessä BAR ja Honda saavuttivat 15 pallopistettä ja toisen sijan vuoden 2004 valmistajien mestaruudessa. Honda osti BAR-joukkueen osuuden vuonna 2004 ennen kuin osti joukkueen kokonaan vuoden 2005 lopussa, jolloin siitä tuli rakentaja ensimmäistä kertaa 1960-luvulta lähtien. Honda voitti vuoden 2006 Unkarin Grand Prix -kilpailun.
kuljettajan Jenson Buttonin kanssa. Honda ilmoitti joulukuussa 2008, että se poistuisi Formula 1:stä välittömästi vuoden 2008 maailmanlaajuisen talouskriisin vuoksi.