Vuoden 2016-17 kaudella Frankfurt onnistui pääsemään 11. sijalla, ja pääsi myös DFB-pokalin 2017 finaaliin, joka oli klubin ensimmäinen finaali sitten vuoden 2006, jossa Frankfurt hävisi 1<unk>2 Borussia Dortmundia vastaan. Kaudella 2017/18 Frankfurt kilpaili paikasta Euroopan kilpailuun seuraavalle kaudelle. Kovač on tyypillisesti käyttänyt 3<unk>4<unk>2<unk>1-muodostusta, jossa painotetaan puolustuksellista vakautta ja siipipelaamista. Hän johti Frankfurtin DFB-Pokal-finaaliin 2018.
, toisena peräkkäisenä klubille, jossa hän voitti tulevan työnantajansa Bayern Münchenin. Kovač johti Frankfurtin ensimmäiseen voittoon sitten vuoden 1988. Hän lopetti 38 voiton, 20 tasapeliä ja 33 tappiota 91 ottelussa. Adi Hütter tuli hänen seuraajansa.