Kirjoita jatko tähän kappaleeseen - Vuodesta 1903 Mischchenko oli Trans-Baikal Cossackin prikaatin komentaja. Venäjän ja Japanin välisen sodan aikana 1904-1905 hän komensi erillistä Itä-Baikalin kasakaaliryhmää, joka oli aktiivinen monissa sodan taisteluissa. Alun perin hänen joukkonsa olivat Koreassa ohjeidensa mukaan estämään Japanin ensimmäisen armeijan laskeutumista ja marssia kohti Mantsurian. Useiden pienempien taistelujen jälkeen Miščenko kuitenkin vetäytyi Yalu-joen yli. Hänellä oli pieni rooli Yalu-joen taistelussa.
, ja oli myös osa venäläisten puolustusta Hsimuchengin taistelussa ja Te-li-Ssun taistelussa. Liaoyangin taistelussa ja Shahon taistelussa hän komensi venäläisten ratsuväen muodostumia, jotka kattoivat venäläisten perääntymisen takavartiota. Hänet ylennettiin kenraaliluutnanttiksi lokakuussa 1904, ja hänet nimitettiin uuden Cavalier Corpsin komentajaksi joulukuussa 1904. Hän johti suurta hyökkäystä etelään 6. tammikuuta 1905 6000 ratsumiehen kanssa, jonka tehtävänä oli tuhota Niuchangissa varastoidut japanilaiset tarvikkeet. Tehtävä oli katastrofi, ja joukot palasivat 12 päivää myöhemmin valtavien tappioiden kanssa. Hän haavoittui jalkaan Sandepun taistelussa, ja vaikka hänet palautettiin Cavalier Corpsin komentajaksi maaliskuussa 1905, hän ei ollut Mukdenin taistelussa.