Barney nimitettiin luutnanttiksi Konfederaation laivastossa 2. heinäkuuta 1861. Hän komensi CSS "Jamestownia" Hampton Roaden taistelussa, kuuluisassa taistelussa, jonka aikana hän vangitsi kaksi briggia ja Accomac-skunnerin Newport News Pointin lähellä, kun CSS "Virginia" piti Unionin laivaston huomion. Norfolkin konfederaation evakuoinnin jälkeen "Jamestown" upottiin tukkimaan James-joen Drewry's Bluffilla. Seuraavaksi
Drewry's Bluffin taistelussa, jossa konfederaation rantapatterit ajoivat pois Unionin laivaston joukot Richmondia kohti, "Jamestownin" aseita pidettiin tärkeimpänä tekijänä vihollisen laivojen torjumisessa. Taistelun jälkeen hän sai ylistyksen Konfederaation kongressilta ja hänet ylennettiin komentajaksi.