Napoli voitti Coppa Italia -finaalin 20. toukokuuta voittamattoman Juventusin voittamisesta. Tämä oli Juventuksen ainoa tappio kaudella ja Napolin ensimmäinen titteli yli 20 vuoteen. Samana vuonna 11. elokuuta klubi kärsi kiistanalaisesta 4-2 tappiosta Juventusia vastaan Supercoppa Italiana 2012 -ottelussa.
, jossa kaksi Napolin pelaajaa lähetettiin pois sekä Mazzarri. Hän lähti "Azzurrit" 19. toukokuuta 2013, kun hän johti heitä toiseksi ja pääsi mestaruuskilpailuun Serie A -kauden 2012-13 lopussa. Tämä oli klubin paras liigan loppu yli 20 vuoteen.