UNU-CS seuraa Yhdistyneiden Kansakuntien yliopiston kansainvälistä ohjelmistotekniikan laitosta (UNU-IIST), jonka Yhdistyneiden Kansakuntien yliopisto Macaossa perusti vuonna 1991 YK:n, Macaon, Portugalin ja Kiinan hallitusten välisen sopimuksen jälkeen. Macaon suvereniteetin siirtymisen jälkeen
, UNU-IIST menetti jonkin verran näkyvyyttä. Vuonna 2015 UNU-CS:n johtaja professori Michael L. Best oli vastuussa uuden instituutin rakentamisesta "alkuperästä".