Castillo oli National League All-Star -joukkueen jäsen vuonna 2003, hänen toinen uransa All-Star-valinta. Hän johti myös Marlinsin lyöntejä ja voitti ensimmäisen uransa Gold Glove -palkinnon. Castillo oli keskeinen hahmo Marlinsin NLCS: n pelin 6 paluussa Chicago Cubsia vastaan Wrigley Fieldilla, kun hänen lyötyään väärän pallon poisti Cubsin Moisés Alou fani.
Hän on Steve Bartman. Marlins voitti tämän pelin, samoin kuin pelin 7, päästäksensä vuoden 2003 World Series -sarjaan, jossa Marlins voitti New York Yankeesin. Tämä oli Castillon uransa toinen World Series, mutta ensimmäinen, jossa hän todella pelasi.