San Emeterio oli osa Espanjan maajoukkuetta, joka voitti pronssimitalin vuoden 2005 Välimeren -peleissä. Hän oli myös Espanjan maajoukkueen jäsen, joka osallistui FIBA-maailmanmestaruuskilpailuun 2010 ja voitti kultamitalin EuroBasketissa 2011. Hän voitti myös hopeamitalin vuoden 2012 kesäolympialaisissa.
, EuroBasketin 2013 pronssimitalin ja EuroBasketin 2015 kultamitalin.