NKVD pidätti Meretskovin Neuvostoliiton hyökkäyksen alussa. Hänet vapautettiin kaksi kuukautta myöhemmin, ja hän palasi komentamaan 7. armeijaa ja myöhemmin Volkhovin rintamaa Leningradin piirityksen aikana vuosina 1941-1944. Hän komensi Karjalan rintamaa helmikuusta 1944 alkaen, erityisesti Petsamo<unk>Kirkenesin hyökkäystä lokakuussa 1944. Huhtikuusta 1945 hän sai tehtäväkseen Kaukoidässä, jossa hän komensi rintamaa Neuvostoliiton hyökkäyksen aikana japanilaisessa Mantsurian alueella.
- Mitä? Sodan aikana hän nousi Neuvostoliiton marsalliksi.