San Pedro Yepocapa on syntynyt ennen Espanjan valloitusta Guatemalassa.
Alun perin kaupunki sijaitsi aivan tulivuoren vieressä, mutta sen monet purkaukset pakottivat siirtämään sen toiseen paikkaan. Espanjalaisen sotilaan Antonio de Guzmánin uskotaan löytäneen kaupungin, kun valloittajat saapuivat 1520-luvulla.