Toisin kuin brittiläisillä aluksilla, joiden lentopolttoainetta varastoitiin erillisiin sylintereihin tai merimetsiä ympäröivisiin alustoihin, kaikki sota-ajan japanilaiset alukset olivat rakentaneet lentopolttoainetankit osana aluksen runkoa ja "Shōkaku" ei ollut poikkeus. Tämän aiheuttamat vaarat tulivat kuitenkin ilmeisiksi vasta kun sota-ajan kokemukset osoittivat, että nämä olivat usein alttiita halkeamille ja vuotoille, koska iskujen ja stressin aiheuttamat iskut tai melkein iskut kuljettajan runkoon siirrettiin väistämättä polttoainesäiliöihin ja ne imeytyivät niihin. Midwayn kaatumisen jälkeen
Vuoden 1942 puolivälissä Shokakun lentopolttoainesäiliöiden ympärillä olevat tyhjiä ilmatilat, jotka normaalisti pumpataan täynnä inerttiä hiilidioksidia, täytettiin sen sijaan betonilla, jotta ne suojattaisiin mahdollisilta vaurioilta. Tämä ei kuitenkaan estänyt haihtuvien höyryjen leviämisen hangarin kannelle, mikäli vahinkoa aiheutuisi, mikä osoitettiin erityisesti, kun Cavalla torpedoitiin ja upotti hänet. Shokaku säilytti normaalisti 150 000 gallonaa avgasia operatiiviseen käyttöön.