Murtaugh halusi johtajan paikan takaisin, kun Larry Shepard sai potkut. Lääketieteellisesti puhdistettuaan hänestä tuli jälleen kerran Piratesin kapteeni. (Vain tunteja tämän uudelleenpalkkaamisen jälkeen 9. lokakuuta Don Hoak, hänen kolmannen pesän pelaaja vuonna 1960 World Series -mestari Pirates ja johtaja Piratesin maatilasysteemissä vuonna 1969, kuoli sydänkohtaukseen uskomalla, että hän oli johtava kilpailija vanhemman klubin johtamiseen.) Hänen kaksi ensimmäistä kerhoaan voitti National League East Divisionin tittelit 1970-1971. Vaikka joukkue kaatui sen kauden National League Championship Series -sarjassa Cincinnati Redsille, Murtaugh'n 1971 Pirates voitti San Francisco Giantsin NLCS: ssä.
Sitten hän voitti vuoden 1971 World Seriesin - muistoisa paluullaan kahden ottelun tappiosta Baltimore Oriolesin kanssa. Se World Series oli merkitty loistava suoritus tuleva Baseball Hall of Famer Roberto Clemente, joka lyönyt.414 12 lyöntiä johtaa joukkueensa mestaruus.