Bouwmeester pelasi Kanadan juniorijoukkueessa kolmessa maailman juniori-mestaruussarjassa. Hänestä tuli nuorin pelaaja, joka on koskaan edustanut Kanadaa turnauksessa, kun hän voitti pronssimitalin vuoden 2000 turnauksessa 16-vuotiaana ja 3 kuukautena. Hän teki kaksi assistia vuonna 2001, jolloin Kanada voitti toisen pronssimitalin. Vuonna 2002
Bouwmeester ja Kanadan joukkue voitti hopeamitalin, häviämällä mestaruuspelin Venäjälle 5:4.