Kun sisällissota alkoi vuonna 1861, Corput liittyi Konfederaation armeijaan. Hänet nimitettiin kolmannen luutnanttinä vuonna 1861 Cherokee-tykkiarmeijan patteriaan, joka oli värvätty Floydin ja Cherokee-piirikunnissa. Useat hänen sukulaisensa liittyivät myös yksikköön, hänen veljensä Felix oli ylikonstaapeli. Yksikkö antautui Vicksburgin piirityksessä, mutta palasi nopeasti kentälle sen jälkeen. Vuoteen 1864 mennessä Corput oli ylennetty kapteeniksi ja komennut patteriaa. Resacan taistelussa
Neljä 12-kiloista Napoleonia vangittiin. Corput itse joutui sotavangiksi 12. huhtikuuta 1865 Salisburyssa, Pohjois-Carolinassa. Hänet pidettiin vankina Camp Chasen vankilassa, kunnes hänet vapautettiin ehdonalaisesti lokakuussa.