Lokakuussa 2015 Baijerin osavaltion pääministeri ja CSU:n johtaja Horst Seehofer kritisoi Merkelin politiikkaa, jossa sallitaan satojen tuhansien Lähi-idän maahanmuuttajien saapuminen.
"Olemme nyt mielentilassa ilman sääntöjä, ilman järjestelmää ja ilman järjestystä Saksan päätöksen vuoksi". Seehofer hyökkäsi terävällä kielellä Merkelin politiikkaa vastaan, uhkasi haastaa hallituksen korkeimpaan oikeuteen ja vihjasi, että CSU voisi kaataa Merkelin. Myös monet Merkelin CDU-puolueen kansanedustajat ilmaisivat tyytymättömyyttään Merkelin suhteen. Kansleri Merkel painotti, että Saksalla on taloudellinen voima selviytyä maahanmuuttajien virtauksesta, ja toisti, että Saksalla ei ole laillista enimmäismäärää maahanmuuttajien määrälle.