Tammikuusta 2016 lähtien Filatov on Venäjän miespuolisen shakkitiimin vanhempi valmentaja. Joukkue voitti pronssimitalin 42. shakkiolympiadalla Bakussa syyskuussa 2016, hopeamitalin joukkueen mestaruudessa Khanty-Mansiyskissä kesäkuussa 2017, pronssimitalin 43. shakkiolympiadalla.
Lokakuussa 2018 Batumissa ja maaliskuussa 2019 Astanassa järjestetyssä joukkuemestaruuskilpailussa.