Kirjoita jatko tähän kappaleeseen - Hänet nimettiin äitinsä isäntätätä Eleonoran mukaan, joka oli myös hänen kummitytönsä. Eleonoran vanhempien avioliitto tehtiin tarkoituksena vahvistaa Gonzaga-talon Nevers-haaran vaatimuksia Mantovan ja Montferratin herttuakuntiin, kun päälinja kuolisi. Neversin herttua, Ranskan kuningaskunnan vasalli, joutui kohtaamaan Guastallan herttua Ferrante II Gonzagan vastustuksen, joka luotti Pyhän Rooman valtakunnan, Espanjan kuningaskunnan ja Savojan herttuakunnan tukeen ja aloitti siten Mantuan perimyssotaa
, jonka aikana pikku Eleonora vanhempiensa ja vanhemman veljensä Kaarlen kanssa poistui Mantovasta, mutta palasi vuosi myöhemmin Cherascon sopimuksen allekirjoittamisen jälkeen (19 kesäkuuta 1631), jonka mukaan tunnustettiin Neversin herttua Kaarlen oikeudet Mantovan herttuakuntiin (koska hän oli Gonzaga-talon sukupolven sukupolven sukupolven sukupolven lähimpänä oleva mies) ja Montferratin (koska hänen perillisensä meni naimisiin Maria Gonzagan kanssa, joka oli Gonzaga-suvun viimeinen jäljellä oleva jälkeläinen ja tämän herttuakunnan perillinen, joka oli osoitettavasti perinnöllinen naisille, koska Gonzagasit olivat saaneet sen avioliiton kautta Margherita Paleologan kanssa vuonna 1540); kuitenkin kuukausi myöhemmin (30 elokuuta 1631), Eleonoran isä kuoli tuberkuloosiin, ja alkoi sarja poliittisia konflikteja herttua Kaarlen ja hänen vävyttärensä välillä, jotka päättyivät Margrethe of Savoy'n (Mariaa) äidin karkottamiseen Mantovasta.