Vuonna 1991 Batistuta valittiin pelaamaan Argentiinan puolella Chilen Copa América -kisoissa, joissa hän lopetti turnauksen mestariksi kuuden maalin kanssa, kun Argentiina voitti. Seuraavana vuonna hän voitti FIFA Confederations Cupin Argentiinan kanssa ja pääsi turnauksen kärkipelaajaksi. Vuonna 1993 Batistuta pelasi toisessa Copa América -ottelussa.
, tällä kertaa Ecuadorissa, jonka Argentina voitti, kun Batistuta teki molemmat maalit voitossa 2-1 Meksikon voittamisessa finaalissa.