Ajan myötä mamelukkien orjasotureista tuli erittäin voimakas maanomistaja-aristokraatti, joka pääsi eroon Ayyubid-dynastiasta vuonna 1250 ja perusti mamelukkien dynastian. Voimakkaampia mamelukkeja kutsuttiin "emireiksi". Mamlukit hallitsivat koko Egyptin 250 vuotta sotilasdiktatuurin alaisuudessa. Egypti laajensi alueitaan Syyriassa ja Palestiinassa, torjui ristiretkeläiset ja pysäytti mongolin hyökkäyksen vuonna 1260 Ain Jalutin taistelussa
- Mitä? Mamlukkeja pidettiin islamin, Medinan ja Mekan suojelijoina. Lopulta "iqta" -järjestelmä heikkeni ja osoittautui epäluotettavaksi riittävän armeijan tarjoamiseksi. Mamlukit alkoivat pitää iktaa perinnöllisenä ja tottuneet kaupunkielämään. Maataloustuotanto laski, ja padot ja kanavat alkoivat olla huonossa kunnossa. Mamlukun sotilaallinen taito ja teknologia eivät pysyneet vauhdissa uuden aseiden ja tykkien teknologian kanssa.