Vuonna 1899 perustettiin Isthmian kanaalivaliokunta määrittämään, mikä paikka olisi kanaalin rakentamiseksi paras (Nicaragua tai Panama) ja sitten valvoa kanaalin rakentamista. Kun Nicaragua suljettiin pois, Panaman valinta oli ilmeinen. Joitakin ongelmia oli kuitenkin syntynyt. Kun Yhdysvallat vahvistui Panamassa (joka oli silloin pieni osa Kolumbiaa), niin sekä Kolumbia että rakennusmateriaalien toimittaja ranskalainen yritys nostivat hintojaan. Kieltäytyessään maksamasta odotettua korkeampia maksuja Yhdysvallat "suunnitteli vallankumouksen" Kolumbiassa. 3. marraskuuta 1903 Panama kapinoi Yhdysvaltain laivaston tuella Kolumbiaa vastaan. Panamasta tuli uusi tasavalta, joka sai 10 miljoonaa dollaria pelkästään Yhdysvalloilta. Panama sai myös 250 000 dollarin vuotuisen maksun ja itsenäisyyden takuut. Yhdysvallat sai kanava-alueen oikeudet.
"iankaikkisesti". Roosevelt sanoi myöhemmin, että hän " otti kanavan ja antoi kongressin keskustella". Kun Kolumbia menetti Panaman, he yrittivät vetota Yhdysvaltoihin - tarkistamalla sopimuksia ja nimittämällä jopa Panaman kaupungin Kolumbian pääkaupunki.