Pendleburyn nimeäminen yleisluetteloon tehtiin tammikuussa 1940. Hänet nimitettiin Britannian varakonsultiksi Candiaan (Heraklion venetsialainen nimi) kesäkuussa 1940, mutta hänen viranimitoksensa ei kätkenyt hänen tehtäviensä luonnetta. Hän ryhtyi välittömästi laatimaan yleisohjelmansa: tiedustelun parantaminen (reitit, piilopaikat, vesilähteet) ja paikallisten klaanin päälliköiden, kuten Antonios Gregorakisin ja Manolis Badouvasin, kuulustelu. Turkki oli luopunut Kreetan hallinnasta vasta 43 vuotta aiemmin ja nämä kapetaniot olivat avain kreetalaisen taisteluhengen valjastamiseen. Lokakuussa
Italian yrittäessä hyökätä Kreikkaan, Pendleburystä tuli yhteyshenkilö brittiläisten joukkojen ja Kreetan sotilasviranomaisten välillä.