2. helmikuuta 1964 Atalanta hävisi Fiorentinalle 7-1; se oli klubin huonoin häviö koskaan. Tämä lopputulos raivoitti faneja, ja poliisin oli puututtava asiaan, jotta heidän ja pelaajien välinen väkivalta voitaisiin estää. Quarion taktiset valinnat myös kyseenalaistettiin, minkä vuoksi hänet erotettiin ottelun jälkeen ja hänet korvattiin Carlo Ceserolilla. Klubi pääsi lopulta sijoituksen keskelle, mutta kausi häiriintyi Turanin kuoleman johdosta 25. huhtikuuta 1964. Attilio Vincentini, jonka oli nimittänyt entinen valmentaja Luigi Tentorio, korvasi hänet presidenttinä samana kesänä. Tentorio jätti klubin johdon (ja koko jalkapallomaailman) vuonna 1966, kun kaikki jalkapalloseurat muutettiin osakeyhtiöiksi, sillä hän oli perustavanlaatuisesti eri mieltä tästä ajatuksesta. Myöhemmin 1960-luvulla Atalanta osallistui muutamiin mantereellisiin (mutta ei UEFA) kilpailuihin: Intertoto Cup (myöhemmin tunnettu myös nimellä Coppa Piano Karl Rappan) vuonna 1966<unk>67 ja Mitropa Cup 1967<unk>68 ja 1968<unk>69. Vuoden 1967-1968 kaudella Atalanta pelastui vain kapeasti pois: Tabanelli, joka oli palannut toiselle kaudelle johtajana vuonna 1967, korvattiin valmentajana entisen kapteenin Stefano Angelerin kautta kauden aikana huonojen tulosten vuoksi. Kun Atalanta menetti SPAL:ia viime hetkellä 1:0 viimeisenä päivänä, mikä johti molempien seurojen 22 pisteeseen, Atalanta selviytyi paremmista tuloksista kuin jälkimmäinen kahdessa viimeisessä ottelussa. Seura ei kuitenkaan päässyt pois vuoden 1969 pudotuksesta.
Loppu kymmenelle peräkkäiselle kaudelle huippuluokassa. Helmikuussa 1969 hän otti johdon Vicentini-nimisen yhtiön toimitusjohtajana, mutta vain vuoden kuluttua hänen tilalleen astui Achille Bortolotti, joka oli jo ollut osittainen osakkeenomistaja useiden vuosien ajan johdon erimielisyyksien jälkeen Bortolotti, Baracchi ja Massimo Masserini.