Maskhadov kannatti aseellista vastarintaa Venäjän Tsetsenian miehittämiseen, mutta tuomitsi hyökkäykset siviilejä vastaan. Hän on väitetty tukeneen Tshetshenian presidentin Akhmad Kadyrovin murhaa Tshetsheniassa ja tuominnut Tshetshenian separatistien entisen presidentin Yandarbiyevin murhan Venäjän toimesta Katarissa vuonna 2004. Maskhadov kiisti usein vastuunsa Basayevin seuraajien yhä julmemmista terroritekoista venäläisiä siviilejä vastaan ja tuomitsi jatkuvasti tällaisia tapauksia ulkomailla toimivien edustajien, kuten Akhmed Zakayevin, kautta Lontoossa. Maskhadovin radioviestintä kuultiin kuitenkin 24 päivänä lokakuuta 2002, jolloin hän kehotti tehostamaan terroritoimintaa ja sabotaasia Venäjän alueella. Moskovan teatterin panttivankikriisissä vuonna 2002 Maskhadovin osallisuuden todisteita ovat toimittaneet sen kaksi pääsyyllistäjää, Movsar Barayev ja Abu Said. Vaikka hän alun perin kielsi vastuun Nazranin hyökkäyksestä
Heinäkuussa 2004 Maskhadov otti julkisesti vastuun hyökkäyksistä. Samana vuonna Maskahdov lupasi, että vastaavia hyökkäyksiä tapahtuisi, ja vannoi, että Tšetšenian tulevien presidentinvaalien voittaja olisi laiton ja että tarvittaessa häntä vastaan hyökättäisiin. Hän kuvaili Beslanin koulun piirityksen takana olevia kapinallisia "hulluiksi", jotka olivat menettäneet järkensä Venäjän julmuuden vuoksi, ja kutsui terrori-iskua julmuudeksi.