Toisessa maailmansodassa Eilbek tuhoutui lähes kokonaan - heinäkuussa 1943 suoritetussa raskaassa ilmahyökkäyksessä (koodinimi Operaatio Gomorra).
) Hamburgin uudelleenjärjestelyn myötä vuonna 1949 Eilbekista tuli osa Wandsbekia.