Chattanooga oli taistelukeskus Amerikan sisällissodan aikana. Chattanooga toimi keskuksena, joka yhdisti 50 prosenttia Etelävaltioiden asevarastoista, jotka sijaitsivat Atlantassa, Augustassa, Columbusissa ja Maconissa. Chattanoogan rautatiet osoittautuivat elintärkeiksi Konfederaation raaka-aineiden kuljetuksessa jalostamoihin, joissa ne olivat vastuussa pienaseiden ampumatarvikkeiden tuotannosta. Chickamauga-kampanjan aikana liiton tykistö pommitti Chattanoogaa harhautuksena ja miehitti sen 9. syyskuuta 1863. Chickamaugan taistelun jälkeen Unionin voitettu armeija vetäytyi Chattanoogassa. 23. marraskuuta 1863 Chattanoogan taistelut alkoivat, kun kenraalimajuri Ulysses S. Grantin johtamat unionin joukot vahvistivat Chattanoogassa olevia joukkoja ja edustivat Orchard Knobia kohti kaupunkia piirittäviä liittoutuneiden joukkoja vastaan. Seuraavana päivänä Lookout-vuoren taistelu
Konfederaatiota ajettiin pois vuorelta. 25. marraskuuta Grantin armeija kukisti liittoutuneet Missionary Ridgen taistelussa. Chattanooga on yksi kolmesta ratkaisevasta hetkestä, jotka käänsivät sisällissotaa liiton hyväksi. Gettysburgin taistelu lopetti konfederaation voittojen sarjan, kun taas Vicksburgin piiritys jakoi konfederaation puoliksi, kun taas Chattanooga toimi ovena syvälle etelään. Näitä taisteluita seurasi seuraavana keväänä Atlantan kampanja, joka alkoi aivan lähellä Georgian osavaltion rajaa ja liikkui kaakkoon. Sodan päätyttyä kaupungista tuli merkittävä rautatie- ja teollisuuskeskus.