Castillo oli National League All-Star -joukkueen jäsen vuonna 2003, hänen toinen uransa All-Star -valinta. Hän johti myös Marlinsin lyöntejä ja voitti ensimmäisen uransa Gold Glove -palkinnon. Castillo oli keskeinen hahmo Marlinsin NLCS-pelin 6. paluussa Chicago Cubsia vastaan Wrigley Fieldilla sen jälkeen, kun hänen iskemänsä väärä pallo kaatui Cubsin Moisés Alouilta fani Steve Bartmanin toimesta.
- Mitä? Marlins voitti tämän pelin, samoin kuin pelin 7, päästäksensä vuoden 2003 World Series -sarjaan, jossa Marlins voitti New York Yankeesin. Tämä oli Castillon uransa toinen World Series, mutta ensimmäinen, jossa hän todella pelasi.