Hänen joukkueensa menestys jatkui vuoden 2009 toisella puoliskolla, kun Barcelonaista tuli ensimmäinen klubi, joka voitti kuusi huippuluokkaa yhdellä vuodella. Voittojen jälkeen Supercopa de España ja UEFA Super Cup
Elokuussa Barcelona voitti FIFA Club World Cupin Estudiantes de La Plataa vastaan 19. joulukuuta, kun Messi teki voiton 2<unk>1 maaliin rintaansa. 22-vuotiaana Messi voitti Ballon d'Or -palkinnon ja FIFA:n vuoden pelaajan palkinnon, molemmilla kerroilla suurin äänestysmarginaali kummankin palkinnon historiassa.