Brannan oli lokakuusta 1863 kesäkuuhun 1865 - Cumberlandin osaston tykistöpäällikkö. Hän valvoi Chattanoogan puolustusta. Hän oli Missionary Ridgen taistelussa ja Atlantan kampanjassa, jossa hän osallistui Resacan taisteluun, Dallasin taisteluun ja Kennesaw Mountainin taisteluun. Hän oli myös Atlantan piirityksessä ja antautumisessa.
- Mitä? Hänet nimitettiin brevettigeneraalimajuriin sekä säännöllisessä armeijassa että vapaaehtoisjoukoissa Gallant ja Meritorious Servicesin Atlanta-kampanjassa ja kentällä kapinan aikana.