Guamissa 3. pataljoona alkoi harjoittelemaan laskeutumista Miyako Jimaan, - saarelle aivan Okinawan eteläpuolella. Nämä määräykset peruttiin lopulta, mutta pataljoona näki edelleen pieniä taisteluja vuonna 1945, osallistuen kahteen operaatioon Guamissa, joiden tarkoituksena oli vangita japanilaiset sotilaat, jotka vielä vastustivat kukkuloilla. Nämä puhdistukset tehtiin huhtikuussa ja joulukuussa 1945. Kolmas pataljoona alkoi myös valmistautua Operaatio Olympic -operaatioon, jossa se olisi osana V. amfibio-joukkoa laskeutunut Kushikinolle, Kagoshimalle, Kyushu-saarelle. Kun atomipommit pudotettiin elokuussa 1945 ja Japani antautui,
3. pataljoona erotettiin 3. merijalkaväkidivisioonista marraskuussa 1945 ja poistettiin käytöstä seuraavana kuukautena 20. joulukuuta 1945. Pian ennen sen poistamista käytöstä 3. pataljoona sai kuitenkin epäilyttävän kunnian, kun viimeinen amerikkalainen kuoli toisessa maailmansodassa, kun Kilo Companyn PFC W.C. Patrick Bates ammuttiin japanilaisella tarkka-ampujalla 14. joulukuuta Guamin puhdistustoiminnassa (kolme kuukautta vihollisuuksien virallisen päättymisen jälkeen).