Bogaerts ja Red Sox sopivat 7,05 miljoonan palkan vuodelta 2018. Hän aloitti kauden 2018 yleensä lyömässä viidenneksi. Hän iski kaksi Grand Slamia huhtikuussa; yksi huhtikuun 7. päivänä Tampa Bay Raysia vastaan ja yksi huhtikuun 30. päivänä Kansas City Royalsia vastaan. Bogaerts nimitettiin AL:n viikon pelaajaksi heinäkuun 2.8. Hän teki toisen ison slamin 14. heinäkuuta, tällä kertaa ylimääräisen inningsin walk-off home runia Toronto Blue Jaysia vastaan. Säännöllisen kauden aikana Bogaertsilla oli 23 kotia, 103 lyöntiä ja.288 keskiarvo. Red Sox voitti kauden 108.54.
World Series Los Angeles Dodgersin kanssa. Bogaerts oli ainoa pelaaja, joka oli Red Soxin joukkueessa sekä vuoden 2013 että vuoden 2018 World Seriesissä.