Toisen maailmansodan jälkeen Lee nimitettiin komiteoihin, joiden tehtävänä oli rakentaa uudelleen Malaijan talous, joka oli kärsinyt japanilaisessa miehityksessä. Kun Britit asettivat hätätilan kommunistien kapinaan vuonna 1948
, hänet nimitettiin Malayan Unionin neuvoa-antavaan neuvostoon, liittovaltion lainsäätäjään ja liittovaltion toimeenpanevaan neuvostoon.