Ančerl johti sodan jälkeen Radio Prahan kappaletta vuoteen 1950, jolloin hänestä tuli Tšekin filharmonian taiteellinen johtaja. Hän toimi menestyksekkäästi 18 vuotta. Vuoden 1968 Tšekkoslovakian hyökkäyksen jälkeen
Ančerl muutti Kanadan Torontolle, jossa hän työskenteli Toronton sinfoniaorkesterin musiikkidirektorina kuolemaansa asti vuonna 1973.