Täytä seuraava lause: Hamšík aloitti
2012 Supercoppa Italiana, pidetty Pekingissä 11. elokuuta; Napoli kuitenkin voitti Juventusin 4-2 lisäajalla. Myöhemmin samana kuussa, Napolin ensimmäisessä liigan ottelussa Serie A -kaudella 2012/13, Hamšík teki klubin ensimmäisen maalin ja auttoi Christian Maggion iskua Palermon lopullisessa 3: 0 tappiossa. Hän jäi puuttuvaksi johtavasta maalipitäjästä Edinson Cavaniin klubin ottelussa Chievoa vastaan 28. lokakuuta 2012, ja Hamšík liittyi Juan Camilo Zúñigan ristiin antaakseen Napolille 1-0 voiton. 6. tammikuuta 2013 hän teki 200: n Serie A esiintymisensä 4-1 kotiseurassa Romaa vastaan. Serie A -kauden jälkimmäisessä ottelupäivässä Hamšík sai Goran Pandevilta lävitsen ja työnsi pallon kotiin 93. minuutissa pelastaen 2-1 voiton Sienan päälle, vahvistaen klubin paikan Mestarien liigan ryhmävaiheessa tuomittaen Sienan pudotukseen. Slovakilainen pelasi jokaisessa Serie A -ottelussa Napolilla kauden 2012-13 aikana, jolloin hän teki 11 maalia ja 14 tuuria, kun "Partenopei" pääsi toiseksi hallitsevan mestarin Juventusin jälkeen. Se oli Walter Mazzarrin viimeinen kausi klubilla, kun hänestä tuli Internazionalen valmentaja myöhemmin samana kesänä.