Hän joutui palaamaan Norfolkiin, Virginian osavaltioon, tekemään korjauksia ja oli siellä vielä, kun amfibialukset laskeutuivat Veracruziin.
on tapahtunut. Hänen paluunsa Yhdysvaltoihin antoi hänen esimiehilleen mahdollisuuden lopulta antaa hänelle käskyjä tulla kommodori Connerin seuraajaksi. Perry palasi laivastoon ja hänen aluksensa tuki Veracruzin piiritystä mereltä. Veracruzin kukistumisen jälkeen Winfield Scott siirtyi sisämaahan ja Perry siirtyi jäljellä olevia Meksikon satamakaupunkeja vastaan. Perry kokoaa Mosquito-laivaston ja vangitsee Tuxpanin huhtikuussa 1847. Heinäkuussa 1847 hän hyökkäsi henkilökohtaisesti Tabascon kimppuun johtaen 1173 miehen maajoukkoja rantaan ja hyökkäsi San Juan Bautistan kaupunkiin maasta, kukisti Meksikon joukot ja valloitti kaupungin.