Hän meni naimisiin Sybilla Crelin kanssa vuonna 1584, ja heillä syntyi kuusi poikaa ja yksi tytär. Heidän poikansa Alexanderista (1587-1661), Vincentista (1595<unk>1675) ja Niclaesista (1598<unk>1658) tuli vastaavasti still-life-maalaajia, taistelumaalaajia ja muotokuvaajia. Ennen Antwerpenin kukistumista
, Emmanuel oli todennäköisesti kalvinisti, koska hänen ensimmäinen poikansa kastettiin katolilaiseksi vasta Antwerpenin kukistumisen jälkeen. Hän oli rekisteröity katoliseksi Antwerpenin siviilivartion "puhdistustietoissa" Antwerpenin kukistuksen jälkeen. Hänen varallisuutensa ja hyvät yhteydet Antwerpenin yhteiskunnan ylempiin piireihin ovat saattaneet suojella häntä. Myöhemmin Emmanuel nimitettiin kaupunginvartioston kapteeniksi, ja tämä toimi tuotti hänelle säännöllistä tuloa. Vuonna 1595 hän osallistui Hollantilaisen tasavallan joukkojen miehittämän naapurikaupunki Lierin vapauttamiseen.