Bakteerien kyky hajottaa erilaisia orgaanisia yhdisteitä on huomattava, ja sitä on käytetty jätteenkäsittelyssä ja biojalostuksessa. Öljyvuotojen puhdistamiseen käytetään usein bakteereja, jotka kykenevät sulattamaan öljyssä olevia hiilivetyjä. Joillekin Prince William Soundin rannoille lisättiin lannoitetta pyrkiessä edistämään näiden luonnollisesti esiintyvien bakteerien kasvua vuoden 1989 "Exxon Valdezin" öljyvuodon jälkeen
- Mitä? Nämä ponnistelut olivat tehokkaita niillä rannoilla, jotka eivät olleet liian runsaasti öljyllä peitettyjä. Bakteereja käytetään myös teollisuuden myrkyllisten jätteiden bioremedioinnissa. Kemikaaliteollisuudessa bakteerit ovat tärkeimpiä enantiomeerisesti puhtaiden kemikaalien tuotannossa lääkkeinä tai maatalouskemikaaleina.