Laivalla oli jälleen käynnissä 22. kesäkuuta, se kulki Panaman kanavan halki 8.-10. heinäkuuta ja saapui San Diegoon, Kaliforniaan 25. päivä. Hän pysyi siellä 15. elokuuta, päivää Japanin antautumisen jälkeen.
, ennen kuin se lähtee tuosta satamasta ja suuntaa kohti Tyynenmeren keskusta. Pysähdyttyään Pearl Harbourissa ja Eniwetokissa "Atlas" saapui Guamiin Mariana-saarille syyskuun lopulla ja suoritti siellä korjaustyönsä marraskuun loppuun asti. 27. päivänä se palasi takaisin Eniwetokiin ja tuli 4 päivänä joulukuuta 1945 merenvyöhykkeelle viiden kuukauden korjaustyöhön. Huhtikuun lopussa 1946 hän nousi Eniwetokin ankkurointipaikasta aloittaakseen matkan takaisin Yhdysvaltoihin. Hän pysähtyi Pearl Harborissa matkalla ennen saapumista Astoriaan Oregoniin 24. toukokuuta. Siellä hän liittyi Tyynenmeren varavoimiin, vaikka hän ei virallisesti poistunut käytöstä ennen 13. syyskuuta 1946.