Chowdhury ryhtyi politiikkaan opiskelijana. Hän pystyi poistamaan Faridpurin karjan teurastuksen kiellon. Hän toimi Faridpurin piirikunnan hallituksen puheenjohtajana 17 vuotta. Hän oli tärkeä Pakistanin liikkeen ja Intian muslimiliiton järjestäjä. Vuonna 1937 hänet valittiin Bengalin lainsäätäjäseuraan. Vuosina 1941-1953 hän toimi Muslim League -järjestön Faridpurin piirikunnan yksikön puheenjohtajana. Vuosina 1941-1947 hän oli osa Bengalin muslimiliiton työryhmää. Vuosina 1952-1947 hän toimi Itä-Bengalin muslimiliiton pääsihteerinä. Hänet erotettiin liigasta ja liittyi Krishak Sramik -puolueeseen. Vuonna 1950 hänet valittiin Pakistanin perustuslakia säätävään kokoukseen. Vuonna 1954 hänet valittiin Itä-Pakistanin osavaltion edustajakokoukseen. Hän toimi maatalousministerinä, juutaministerinä ja metsäministerinä AK Fazlul Haqin hallituksessa. Hänet valittiin Pakistanin kansalliskokoukseen vuonna 1955. Hän auttoi käynnistämään Krishak Praja -puolueen AK Fazlul Haqin alaisuudessa vuonna 1957. Hän auttoi muodostamaan National Democratic Frontin ja Pakistanin demokraattisen liikkeen. Hän liittyi Pakistanin demokraattiseen puolueeseen ja liittyi siihen. Sen johtaja oli Nurul Amin. Hän toimi Pakistanin demokraattisen puolueen varapresidenttinä. Hän auttoi presidentti Ayub Khanin perustamaan demokraattisen toimintakomission. Hän hävisi vuoden 1970 pakistanilaiset vaalit Bangladesh Awami League -ehdokkaalle. Bangladeshin vapaussota
Vuonna 1971 hän ilmoitti tukevansa Pakistanin hallitusta.