Kun Yhdysvaltain sisällissota alkoi vuonna 1861, liittoutuneet käyttivät Windsorin kartanon kuploa tarkkailualustana ja signaaliasemana. Keväällä 1863 Ulysses S. Grant ja 17 000 unionin sotilasta laskeutuivat osana Vicksburgin kampanjaa Bruinsburgin satamaan ja ottivat hallintaansa Windsorin kartanon. Port Gibsonin taistelun jälkeen
Unionin joukot käyttivät kartanoa sairaalana ja tarkkailupisteenä. Daniellin perhe sai asua kartanon kolmannessa kerroksessa unionin miehityksen aikana.