Hanifinin piti olla kolmen parhaan joukkueen valikoima vuoden 2015 NHL:n pelilaajeluonnoksessa, ja ykkösluokitusinen puolustaja. Carolina Hurricanes valitsi hänet viidenneksi. Hanifin pelasi USA Hockey's U17 -ohjelmassa, joka perustuu Ann Arborissa, Michiganissa, mutta hänet lisättiin U18-kansallisjoukkueeseen alaikäisenä pelaajana, auttaen Team USA:ta kultamitalin saamiseen
Vuoden 2014 IIHF-maailman U18-mestaruuskilpailut. Hän oli turnauksen eniten pisteitä tehnyt amerikkalainen puolustaja, jolla oli yksi maali ja viisi pistettä. Hanifin pääsi 17-vuotiaana Boston Collegeen, jossa hän pelasi Eaglesille ja tuli joukkueen toiseksi nuorimmaksi pelaajaksi.