Leunig on myös ilmaissut vastustustaan Israelin hallitusta kohtaan. Kolme hänen 2004-2006 piirroksistaan sai aikaan kansallisia ja kansainvälisiä vastalauseita. Kolme kappaletta käsitteli aiheita: IDF: n pommikoneen lentäjät (13. huhtikuuta 2004); Ariel Sharonin Sheikh Ahmed Yassinin salamurhaa koskeva käsky (11. tammikuuta 2006); ja Gazan uudistettu miehitys.
(12 päivänä heinäkuuta 2006). Neljäs kappale kiellettiin julkaisemasta, ja siitä lähtien sitä on arvosteltu laajemmin siitä, että se mahdollisesti sekoittaa hänen vastustuksensa Israelin politiikkaan antisemittiseen, yleiseen juutalaisen kokemuksen kumoamiseen, luottaen viittaukseen juutalaiseen holokaustiin. Tämä sarjakuva sai kansainvälistä huomiota sen jälkeen, kun se oli mukana Iranin kilpailussa, jonka "Hamshahri" -lehti suunnitteli kostoksi Muhammed-sarjakuva-riidasta. Leunig kielsi lähettäneensä piirrokseni kilpailuun ja sanoi: "Minut on lavastettu kauheasti ja pahasti". Hän vaati, että hänen sarjakuvansa peruutettaisiin; sanomalehti teki tämän ja pyysi myös anteeksi. Myöhemmin selvisi, että Richard Cooke, australialaisen komediaryhmän "The Chaser" web-toimittaja, oli lähettänyt piirroksen pilalle.