Vasemmistolainen hyökkääjä Flores teki debyyttinsä Hondurasin maajoukkueessa 1980-luvun lopulla. Hän on pelannut Hondurasin maajoukkueessa yhteensä 42 kertaa ja tehnyt 6 maalia. Hän on edustanut maansa 12 FIFA: n maailmanmestaruuskilpailussa ja pelasi vuoden 1993 UNCAF Nations Cupissa.
sekä CONCACAF Gold Cup -turnauksissa vuosina 1991 ja 1993.