Maaliskuussa 1933, vain kolme kuukautta sen jälkeen kun Adolf Hitlerista tuli kansleri, Eisner pakeni Berliinistä Pariisiin, jossa asui sisar. Täällä hän eli epävarmasti ja otti minkä tahansa työn (kääntäminen, lastenhoito jne.) ja työskenteli aina kun mahdollista freelance-elokuvakriitikoksi monenlaisille kansainvälisille lehdille ja sanomalehdille. Vuonna 1940 hänet pidätettiin ensimmäisessä "Rafle du billet vert" -taistelussa ja vietiin Vel d'Hiville.
satojen muiden naimattomien juutalaisten naisten kanssa. Sieltä heidät kuljetettiin Gursin keskitysleiriin Pyreneille, ranskalaisten saksalaisille järjestämään keskitysleiriin. Muutaman kuukauden kuluttua hän onnistui pakenemaan ja matkusti Montpellieriin, jossa hän ilmoittautui lyhyesti opiskelijaksi ennen kuin hän löysi tiensä Rodeziin ja pastori Exbrayatin luo, joka auttoi häntä saamaan väärennettyjä papereita - hänestä tuli Louise Escoffier Alsace-alueelta. Hän pysyi yhteydessä Henri Langloisiin, joka oli Pariisissa - ja salasi filmiä ympäri maata pitääkseen ne erossa natsien käsistä. Yksi näistä paikoista oli lähellä Figeacia Keski-Ranskassa Château de Béduerin kellarissa. Langlois käski Eisnerin mennä sinne säilyttämään elokuvia (mukaan lukien "Suuri diktaattori"). Eisner onnistui tässä pakkasessa kylmissä olosuhteissa kuukauden ajan ennen kuin rahat loppuivat. Tarvitessaan apua hän onnistui saamaan työpaikan tyttökoulussa Figeacissa. Huonosti kohdeltuina hän alkoi opettaa saksaa joillekin espanjalaisille tytöille asuessaan paikallisen koulun opettajan Madame Guitardin kanssa, joka otti hänet luokseen; hän pysyi siellä Pariisin vapauttamiseen asti elokuun lopussa 1944.