Maflin voitti kolme ottelua päästääkseen viimeiseen kierrokseen kahdessa kauden 2012/2013 ensimmäisistä viidestä ranking-tapahtumasta. Nämä tulivat Wuxi Classicissa, jossa hän hävisi ratkaisevassa kehyksessä Michael Holtille, ja kansainvälisessä mestaruudessa, jossa hän hävisi 2<unk>6 Mark Davisille. Hän käytti hyväkseen Saksan mestaruuskilpailuissa käytettyä uutta tasaisempaa pätevyysjärjestelmää, jossa hänen olisi vain voitettava kaksi ottelua pääsemiseksi päävaiheeseen Berliinissä lyömällä Joel Walkeria ja Tom Fordia pudottamalla vain yhden kehyksen prosessissa. Paikalla Maflin voitti Xiao Guodongin 5<unk>4, ennen kuin hävisi Holtille 3<unk>5 viimeisessä kahdeksannella. Maflinilla oli erittäin hyvä kausi PTC-turnauksissa, ja hänen parhaat tuloksensa tulivat Gdynia Openissa ja FFB Openissa, joissa Jamie Burnett ja Rod Lawler tyrmäsivät hänet neljännesfinaaleissa. Jälkimmäisessä tapahtumassa Maflin voitti uransa paras voitto, kun hän palasi 0:sta 3:een voittaakseen Neil Robertsonin televisiossa. Hän pääsi myös Scottish Openin kahdeksanotteluun.
Hän pääsi 23. sijalle, 26 parhaan joukossa, joka pääsi finaaliin. Siellä Maflin teki uransa parhaan sarjan voittamalla vuoden 1997 maailmanmestari Ken Dohertyn 4x2, Lawlerin ja Ben Woollastonin molemmat 4x3 ja pääsivät semifinaaliin. Hän pelasi Ding Junhuia vastaan ja voitti 0:04:n tappiossa, mutta onnistui vain saamaan yhteensä 52 pistettä koko ottelussa. Siitä huolimatta 20 000 punnan sekki neljän viimeisen joukkueen pääsystä oli hänen uransa korkein tähän mennessä. Maflin voitti Craig Steadmanin ja Steve Davisin ja pääsi maailmanmestaruuskilpailujen viimeiseen kierrokseen. Hän johti entistä maailmanmestaria Peter Ebdonia 8<unk>6, mutta hävisi neljä kuvaa peräkkäin, jolloin häneltä evättiin paikka maailmanmestaruudessa ensimmäistä kertaa. Hän nousi rankingissaan kahdeksan sijaa vuoden aikana ja päätti sen maailman numero 64.