Pizarron nopeaan voittoon huolimatta intiaanien kapina alkoi pian ja jatkui ajoittain koko siirtomaa-ajan. Vuonna 1537 Manco Inca, jonka espanjalaiset olivat asettaneet keisariksi, kapinoi uusia hallitsijoita vastaan ja palautti "neo-inkaan" valtion. Tämä valtio jatkoi Espanjan vallan haastoamista senkin jälkeen, kun espanjalaiset olivat tukahduttaneet kapinan ja leikkaaneet päähän Túpac Amarun Cuzcon aukiolla vuonna 1572. Myöhempiä kapinoita Bolivian vuoristoalueilla organisoivat yleensä yhteisön vanhimmat ja pysyivät luonteeltaan paikallisina, poikkeuksena oli suuri kapina
Tupac Amaru II:n hallitsijaksi 1700-luvulla.