Kirjoita jatko tähän kappaleeseen. Kesäkuun lopulla 1861 Hotchkiss allekirjoitti liittoutuneiden kuljettajana tarvikkeiden viemiseksi Churchvillen ratsuväelle Rich Mountainissa, Länsi-Virginiaan. Hotchkiss tarjosi palvelujaan kartantekijänä Richard B. Garnettille, jonka konfederaation prikaati toimi läntisessä Virginiassa. Hotchkiss palveli Rich Mountainilla ja loi karttoja kenraali Robert E. Leen suunnitellulle kampanjalle vuorilla. Hän otti lyhyen sairausloman, kun hän sai tifoiittikuumeen, mutta palasi tehtävään maaliskuussa 1862 Valley Districtin päätopografisena insinöörinä, joka raportoi kenraalimajuri Stonewall Jacksonille. Ensimmäisen tappion jälkeen Kernstownin taistelussa hänen 1862 Laakson kampanjansa aikana
Jackson kutsui Hotchkissin päämajaan Narrow Passagessa lähellä Woodstockia 26. maaliskuuta 1862 ja käski häntä "teemään minulle kartan laaksosta Harper's Ferrystä Lexingtonin, joka osoittaa kaikki hyökkäys- ja puolustuspisteet [sic] näissä paikoissa". Hotchkiss suositteli välittömästi, että Jacksonin linja Stony Creekiin Woodstockissa oli puolustamaton ja että Jacksonin pitäisi vetäytyä Rude's Hillille, puolustettavalle pienelle päämaalle Mt. Jacksonin kanssa. Rude's Hillissä Jackson järjesti komennonsa uudelleen lopun menestyksekkäästä 1862 kampanjastaan Shenandoah-laaksossa.