Wawelin katedraalin alla sijaitsevissa kryptissa on Puolan kuninkaiden, kansallishelden, kenraalien ja vallankumouksellisten hautoja, mukaan lukien Puolan ja Liettuan tasavallan hallitsijat, kuten: Jan III Sobieski ja hänen vaimonsa Marie Casimire (Maria Kazimiera); puolalaisen kansallisen kapinan johtaja Tadeusz Kościuszkon jäänteet
Władysław Sikorski, Puolan maanpaossa olevan hallituksen pääministeri ja Puolan asevoimien ylipäällikkö; marsalkka Józef Piłsudski, Puolan toisen tasavallan perustaja. Paavi Johannes Paavali II piti ensimmäisen messunsa Pyhän Leonardin kryptassa. Hän harkitsi myös Wawelin katedraaliin hautaamista, kun taas jotkut Puolan kansalaisista olivat toivoneet, että hänen sydämensä tuodaan sinne ja säilytettäisiin puolalaisten suurten hallitsijoiden jäänteiden rinnalla. (Johannes Paavali II haudattiin sen sijaan Pyhän Pietarin basilikaan, joka on ollut paavin hautapaikka muinaisista ajoista lähtien.)