Jones ylennettiin kesäkuussa 1945 RNR:n kapteeniksi ja lähetettiin etelä-Aasian komennolle amiraali Mountbattenin johdolla. Hänet nimitettiin Alankomaiden Itä-Intian meriliikennevirkailijaksi, joka toimi Javassa Bataviassa. Sota Aasiassa päättyi elokuussa 1945 Japanin antautumisella.
Heidän täytyi kuitenkin huolehtia joukkojen ja tarvikkeiden kuljetuksista sekä siviili- ja sotilasvankien kuljetuksista japanilaisista leireistä.