McAlpine oli väitetysti IRA:n kohteiden listalla. Hän oli Thatcherin tiimissä, kun IRA pommitti
Grand Hotelissa Brightonissa vuonna 1984, mutta ei loukkaantunut. Vuonna 1990 IRA pommitti West Green Housen, kartanon Hartley Wintneyssä, jossa hän oli asunut vain muutama viikko aiemmin ja jossa Thatcher oli ollut vieraana. 1980-luvun puolivälissä McAlpine päätti turvallisuussyistä ja verotuksen vuoksi muuttaa Monacolle ja Venetsille. Ennen lähtöään hän oli myynyt monet omaisuutensa Sotheby'sissä.