Sisällissodan alussa Hays palasi palvelukseen 63. Pennsylvanian vapaaehtoisten jalkaväkirykmentin eversti, jolla oli myös kapteenin arvo 16. Yhdysvaltain jalkaväkirykmentissä säännöllisessä armeijassa 14. toukokuuta 1861 alkaen. Hänen miehensä tiesivät, että hän oli "rohkea kuin leijona". Puolituksen aikana hän oli liitetty rykmenttinsä kanssa Heintzelmanin III-joukon Kearnyn diviisin ensimmäiseen prikaattiin. Hän taisteli Yorktownin, Williamsburgin, Seven Pinesin ja Savage's Stationin taisteluissa.
, ja Malvern Hill. Seitsemän päivän taistelujen lopussa hänet nimitettiin brevetti-luutnantti-koloneliksi säännöllisessä armeijassa urhoollisuudestaan taistelussa, koska Hays oli ohjannut Baionet-hyökkäyksen rykmenttinsä kanssa vihollislinjoihin suojaamaan prikaatinsa perääntymistä. Kuukautta myöhemmin Hays meni lyhyeksi sairauslomalle, koska hän kärsi osittaisesta sokeudesta ja vasemman käden halvaantumisesta, taistelun aiheuttamista vammoista.