Van der Bellen on esittänyt, että Euroopan tulisi ottaa vastaan pakolaisia, jotka ovat paenneet Eurooppaan.
Syyriasta ja muualta, ja on usein maininnut oman taustansa pakolaisten poikana keskusteluissa. Hän on vastustanut hallituksen päätöstä asettaa raja sille, kuinka monta turvapaikanhakijaa se sallii Itävaltaan.