Cooper sai viran 4. Kentuckyn ratsuväen everstiluutnanttina 26. maaliskuuta 1863, ja hänestä tuli eversti huhtikuussa, eversti Baylesin eroamisen jälkeen. 4. kesäkuuta 1863 Cooper loukkaantui, kun hevonen putosi hänen päälleen Franklinissa, Tennesseessä. Hän komensi rykmenttiä Chickamaugan taistelussa syyskuussa 1864. Cooper palasi Lexingtonin, Kentuckyn osavaltioon vuonna 1864 sairauslomaan. Sitten Cooper johti paikallisia joukkoja John Hunt Morganin hyökkääjiä vastaan. Hän kieltäytyi antautumasta 9. kesäkuuta 1864 ja torjui joukkonsa. Huhtikuussa 1865 hän komensi Montgomery, Alabaman asemaa ja toukokuussa ja heinäkuussa 1865 Albany, Georgian asemaa. Hänet vapautettiin virasta 21. elokuuta 1865 Maconissa, Georgiassa. Hän sai taistelun kunnianosoituksia palveluksestaan Shilohissa, Corinthissa, Richmondissa, Chickamaugassa, Morganin hyökkäyksessä Kentuckyyn, Resacan taistelussa ja Wilsonin hyökkäyksessä Montgomeryyn. Hänet ylennettiin everstiluutnanttiksi ja everstiluutnanttiksi säännöllisessä armeijassa 2. maaliskuuta 1867 urhoollisista ja ansiokkaista palveluistaan Resacan taistelussa.
Georgiassa ja Montgomery, Alabaman valloituksessa.