Täytä seuraava lause: Tämän jälkeen Honner ryhtyi koulutukseen ja toimi australialaisen koulutuspataljoonan komentajana Lähi-idässä, johon hänet lähetettiin lokakuussa 1941. Honner palasi Australiaan toukokuussa 1942. Hänet ylennettiin everstiluutnanttiksi ja lähetettiin Papuan, jossa hän sai komennon 39. pataljoonasta, joka oli mukana epätoivoisessa taistelussa Japanin joukkoja vastaan.
Kokoda Track. Honner saapui Isuravaan 16. elokuuta 1942 ohjeineen pysäyttää japanilaisten eteneminen. Saavuttuaan pataljoonan sijaintiin Honner huomasi, että hänen uusi komennonsa oli jo tyhjentynyt trooppisten sairauksien ja aikaisempien taistelujen vuoksi, ja heitä oli paljon vähemmän.