Pierre-Emerick aloitti uransa italialaisessa AC Milanissa, mutta ei koskaan esiintynyt klubille, koska hän meni laina-ajan Ranskassa. Hän muutti Saint-Étienne'iin vuonna 2011. Siellä hän voitti Coupe de la Ligue -mestaruuden ja liittyi Borussia Dortmundiin vuonna 2013. Saksassa Aubameyang lopetti liigan huippuluokan saajana kaudella 2016/17 ja voitti DFB-Pokalin
- Mitä? Hän on myös klubin kuudenneksi korkein kaikkien aikojen maalimaalaaja. Vuonna 2018 Aubameyang sai 56 miljoonan punnan (60 miljoonan euron) arvosta siirron, joka teki hänestä kaikkien aikojen kalleimman gabonialaisen pelaajan. Arsenalin kanssa hän voitti FA Cupin ja lopetti liigan yhdistyneen päämaalaajana kaudella 2018-19.