Trajkovskin toimikautta merkitsivät jännitteet etnisten makedonialaisten ja tasavallan suuren etnisen albanialaisten vähemmistön välillä. Kosovon sodan jälkimainingeet johtivat kuukausien väkivaltaisiin aseellisiin yhteenottoihin
Euroopan unioni on myös valmis hyväksymään Euroopan unionin ja sen jäsenvaltioiden väliset sopimukset, jotka koskevat Euroopan unionin ja sen jäsenvaltioiden välisiä sopimuksia. Vaikka hänen valtuutensa olivat rajalliset ja hänen roolinsa suurelta osin seremoniallinen, hän johti Naton välityksellä vuonna 2001 solmittua rauhansopimusta, joka lopetti väkivallan ja esti täydellisen sisällissodan Makedonian tasavallassa. Häntä pidettiin etnisessä vuoropuhelussa maltillisena, ja hän puhui etnisten albanialaisten laajemmasta osallistumisesta, ja häntä on pidetty keskeisenä hahmonä konfliktin ratkaisemisessa. Boris Trajkovskin ystävä ja neuvonantaja oli hänen henkilöstöpäällikönsä Zoran Jolevski, joka oli Makedonian suurlähettiläs Yhdysvalloissa ja neuvottelija valtion nimestä Makedonian nimekilpailussa.