Täytä seuraava lause: Massa aloitti hyvin Ferrarissa ja pääsi toiseksi
Bahrainissa hän nousi 21. sijalta 5. sijalle Malesiassa. Hän voitti tiimikaverinsa Michael Schumacherin, joka oli aloittanut 14. sijalta. Bahrainin ajelussa Massa kuitenkin jatkoi pyörimistä sekä lauantain harjoituksissa että ajelussa, ja hävisi melkein Fernando Alonson, joka lopulta voitti kisan. Australian GP:ssä hän törmäsi Ferrarinsa kanssa pätevyydessä, ja törmäsi sitten Christian Klienille ja Nico Rosbergille kisan ensimmäisessä mutkassa. Massa sai kuitenkin uransa ensimmäisen podiumin Nürburgringillä, kun hän pääsi kolmanneksi Michael Schumacherin ja Fernando Alonson jälkeen. Hän teki myös nopeimman kierroksen Barcelonassa vuonna 2006. Massa oli neljä kertaa yltänyt palkintotilaan vuonna 2006 ja otti ensimmäisen F1-poolin ja ensimmäisen F1-voiton Istanbul Parkissa. Hänen tulevan asemansa Ferrarissa varmistettiin, kun Michael Schumacher ilmoitti 10. syyskuuta 2006, että hän lopettaisi F1:n vuoden 2006 kauden lopussa. 22. lokakuuta Massa voitti kotikilpailunsa Interlagosissa, mikä oli ensimmäinen kerta, kun brasilialainen kuljettaja oli voittanut Interlagosissa Ayrton Sennan jälkeen vuonna 1993. Massa pääsi kauden kolmanneksi 80 pisteellä maailmanmestari Fernando Alonson ja Ferrarin tiimikaveri Michael Schumacherin jälkeen.