Napoléon Bonaparte, kun hänestä tuli ensimmäinen konsuli vuonna 1801, allekirjoitti konkordatin paavin kanssa, jossa hän suostui palauttamaan entiset kirkon kiinteistöt, mukaan lukien Panthéon. Panthéon oli Notre Dame de Paris -katedraalin kanonisten lainkäyttövaltaa. Tärkeiden tapahtumien, kuten Napoleonin voiton juhla Austerlitzin taistelussa
, pidettiin siellä. Kirkon luola säilytti kuitenkin virallisen tehtävänsä kuuluisien ranskalaisten lepopaikkana. Uusi sisäänkäynti suoraan kryptaan rakennettiin itäisen kuistin kautta (1809<unk>1811). Taiteilija Antoine-Jean Gros sai tilauksen koristaa kupolin sisustusta. Siinä yhdistettiin kirkon maalliset ja uskonnolliset puitteet; siinä Geneviven näytettiin enkelien johtamassa taivaaseen Ranskan suurten johtajien läsnä ollessa, Clodovisin I:stä ja Kaarle Suuren Napoleoniin ja keisarinna Josephineen.