Japanin hyökkäys toisen maailmansodan aikana lopetti brittiläisen hallinnon Malaiassa. Seuraava Malaijan, Pohjois-Borneon ja Sarawakin miehitys vuosina 1942-1945 aiheutti nationalismin aallon. Liittoutuneiden voittamisen johdosta Japanin antautumisen jälkeen Malaijan liitto perustettiin vuonna 1946 Britannian hallinnon toimesta, mutta etnisen malaijan vastustuksen jälkeen liitto uudelleenjärjesteltiin Malaijan liittovaltioksi vuonna 1948 protektoraattivaltiona vuoteen 1957. Malaijan kommunistinen puolue otti aseita vastaan Englantia vastaan ja jännitteet johtivat hätätilan julistamiseen.
12 vuotta vuodesta 1948 vuoteen 1960. Vakava sotilaallinen vastaus kommunistiseen kapinaan sekä Balingin neuvottelut vuonna 1955 johtivat Malaijan itsenäisyyden vahvistamiseen 31. elokuuta 1957 diplomaattisten neuvottelujen kautta brittiläisten kanssa. Tunku Abdul Rahmanista tuli Malesian ensimmäinen pääministeri. Vuonna 1960 hätätilanne päättyi, kun kommunistien uhka väheni ja he vetäytyivät Malaijan ja Thaimaan välisiin rajoihin.