Tammikuussa 1966 prinssi Sadruddin nimitettiin Yhdistyneiden Kansakuntien pakolaisasiain korkeaksi komissaariksi, kun hän oli toiminut kolme vuotta apulaiskomissaarina. 33-vuotiaana hänestä tuli kaikkien aikojen nuorin YK:n pakolaisjärjestön johtaja. Seuraavien 12 vuoden ajan hän johti YK:n pakolaisjärjestöä sen vaikeimpana aikana. Hän koordinoi kansainvälistä reagointia vuoden 1971 Bangladeshin kriisiin.
Vuoden 1972 satojen tuhansien hutujen pakeneminen Burundista Tansaniaan ja vietnamilaisten veneväen tragedia 1970-luvun puolivälissä. Vuonna 1972 prinssi Sadruddin oli avainasemassa kymmenille tuhansille Etelä-Aasian maista karkotetuille ihmisille, jotka Idi Amin karkotti Ugandasta.