Vuonna 1989 Janša oli mukana perustamassa yhtä ensimmäisistä oppositiopuolueista Sloveniassa, Slovenian demokraattista unionia (SDZ), ja hänestä tuli sen ensimmäinen varapuheenjohtaja ja myöhemmin puolueneuvoston puheenjohtaja. Ensimmäisten vapaiden vaalien jälkeen toukokuussa 1990 hänestä tuli puolustusministeri Lojze Peterlen hallituksessa. Hän toimi virassaan Slovenian itsenäisyyssota aikana.
Kesäkuussa ja heinäkuussa 1991. Yhdessä sisäministeri Igor Bavčar, Janša oli tärkein järjestäjä Slovenian strategian vastaan Jugoslavian kansanarmeija.