Täytä seuraava lause: 400-luvulla saksalaisten heimojen hyökkäykset valtasivat Länsi-imperiumin. Kuitenkin Italian prefektuuri säilyi uudessa ostrogoottien valtakunnassa, joka oli edelleen "de jure" osa keisarikuntaa, ja ostrogoottien kuningas Theodoric Suuri jopa perusti uudelleen Gallian prefektuurin pienessä Gallin osassa, jonka hän valloitti 510-luvulla. Kun Itä-imperiumi valloitti Pohjois-Afrikan
Keisari Justinianus I ryhmitti uudet maakunnat Afrikan prefektuuriksi, joka myöhemmin muutettiin Afrikan eksarkaksi. Goottien sodan jälkeen perustettiin uudelleen myös Italian pretoriaaniprefektuuri, ennen kuin se myös kehittyi eksarkkiksi. Itäosassa prefektuurit toimivat edelleen 7 vuosisadan puoliväliin saakka, jolloin suurin osa itäisistä provinsseista menetettiin muslimien valloitukselle ja Balkanin alueen slaavilaisten heimoille, mikä johti Teema-järjestelmän luomiseen. Sillä välin Herakleuksen aikana tehdyt uudistukset olivat kuitenkin riisuneet prefektilta useita hänen alaisuudessa olevia rahoitustoimistojaan, jotka perustettiin itsenäisinä osastoina logotetin alla. Viimeinen kerta, kun itäisen prefektin henkilöllisyys todistetaan, on vuoden 629 laki. Eräiden tutkijoiden mukaan järjestelmän jäljet säilyivät kuitenkin 1800-luvun alkupuolelle: Ernst Stein osoitti, että jotkin Illyrian prefektuurin piirteet säilyivät Thessalonikan hallinnossa, kun taas John Haldon, joka perustui sigillografisiin todisteisiin ja viittauksiin Bysantin "Taktikassa", on dokumentoinut aiemman siviiliprovinssihallinnon säilymisen teemajärjestelmän sisällä, jossa Konstantinopolin prefekti oli mahdollisesti valvontavalmiina, 840-luvulle asti.