29. syyskuuta 1938 Thomas kutsuttiin takaisin armeijaan ja liittyi sotalaivan miehistöön. 13. elokuuta 1939 hän liittyi risteilijään, jossa hän palveli toisen maailmansodan syttyessä. Hänet ylennettiin komentajaksi 27. kesäkuuta 1940. Italialaiset upottivat sen Soudanlahden hyökkäyksessä.
, hänet määrättiin HMS "Nile" -alukselle, kuninkaallisen laivaston Egyptin ranta-asemalle, ja hän palveli Välimeren laivaston päällikön henkilöstössä. Hän avioitui toistamiseen 10. syyskuuta 1941 pianisti ja säveltäjä Mary Fedora Douglas-Watsonille. Hän oli laivaston upseerin komentaja Francis Douglas-Watsonin leski ja entisen australialaisen senaattorin Anthony St. Ledgerin tytär.