3. helmikuuta 2020 Rapid Wienin fanit nimesivät Fountasin vuoden 2019 parhaaksi pelaajaksi hänen erinomaisten suoritustensa ansiosta itävaltalaisen klubin kanssa. 16. helmikuuta hänen kahdestoista tavoitteensa kaudella tuli vastustajan Thanos Petsosin tekemän virheen jälkeen 2-0 kotimaisessa voitossa WSG Swarovski Tirolia vastaan. 1. maaliskuuta Fountas käänsi Christoph Knasmüllnerin syöttön ja teki toisen maalin 3-1 kotimaisessa voitossa SV Mattersburgia vastaan. Hän teki taas maalin 7. maaliskuuta, hyödyntäen Nemanja Rnicin vakavaa virhettä ja voittaessaan pallon kauden 14. maaliin Wolfsberger AC: n kanssa 2<unk>2. 7. kesäkuuta, kun COVID-19-pandemia oli keskeyttänyt liigan, hän teki taas maalin 4 - 0 voitolla SK Sturm Grazia vastaan. Kolme päivää myöhemmin hän teki ratkaisevan maalin 1-0 vierailusarjassa LASK Linzia vastaan. Viikkoa myöhemmin hän teki taas maalin, sinetöimällä toisen 1-0 vierasvoiton TSV Hartbergia vastaan. 24. kesäkuuta hän teki myöhäismaalin Ercan Karan auttamisen jälkeen katastrofaalisessa 2-7 tappiossa liigan mestareita Red Bull Salzburgia vastaan. 1. heinäkuuta hän teki maalin viidennessä peräkkäisessä pelissään, joka sulki tärkeän 3-1 kotivoiton LASKia vastaan. Fountas säilytti vilkasta muotoaan Rapid Wienissä vuoden 2019-20 Itävallan jalkapallobundesligassa.
Seuraavana vuonna hän teki 19 maalia ja auttoi seuraansa pääsemään UEFA:n mestaruuskilpailuihin. Lisäksi Fountas lopetti kauden Itävallan Bundesligassa kolmanneksi eniten maalien tehnyt pelaaja, jäljessä vain Patson Daka (24 maalia, RB Salzburg) ja Shon Weissman (30 maalia, Wolfsberger).