Kun sisällissota puhkesi, Brooks nimitettiin vapaaehtoisten prikaatin kenraaliksi syyskuussa 1861. Hän komensi 2. prikaatin, 2. divisioonan IV armeijakunnassa ja 2. prikaatin, 2. divisioonan VI armeijakunnassa seitsemän päivän taistelussa, jossa hän haavoittui
Savage's Stationin taistelu. Toipumisensa jälkeen hän otti uudelleen komennon prikaatistaan Marylandin kampanjassa ja johti miehiään Crampton's Gapissa, jossa he vangitsivat 16. Virginian jalkaväkirykmentin lipun. Antietamin taistelussa Brooksin prikaati oli pääasiassa reservissä, vaikka se oli "artillerin ja tarkka-ampujia vastaan" 48 tunnin ajan.