Czisny oli kolmas Skate Canada International -kilpailussa 2008-09 Grand Prix -sarjassa Joannie Rochetten ja Fumie Sugurin jälkeen. Yhdysvaltain mestaruuskilpailussa 2009
Hän voitti lyhyen ohjelman yli viidellä pisteellä. Hän pääsi kolmanneksi pitkällä, mutta voitti kultamitalin lyhyellä. Czisny voitti ensimmäisen kansallisen mestaruutensa Rachael Flattin ja Caroline Zhangin edellä. Hän ansaitsi toisen matkansa Neljälle mantereelle ja maailmanmestaruuskilpailuille, joissa hän pääsi yhdeksänneksi ja yhdeksänneksi.