Francisco Javier Arana Castro syntyi 3. joulukuuta 1905 Villa Canalesissa Guatemalassa. Hänen vanhempansa, Ángel María Arana ja Margarita Castro, olivat alemman keskiluokan perheestä. Hänellä oli molemmat espanjan
ja alkuperäiskansojen perintö, ja jälkimmäinen piirre oli visuaalisesti näkyvämpi. Hänellä ei ollut muodollista koulutusta, mutta hän oli suhteellisen hyvin lukenut, ja hänen aikalaisensa kuvailivat häntä ovela ja älykäs, sekä karismaattisena ja viihtyisänä ihmisenä. Häntä kuvataan huonoksi puhujaksi, mutta hyvin vakuuttajaksi intiimissä keskusteluissa. Vuonna 1946, Guatemalan vallankumouksen aikana, Yhdysvaltain suurlähetystön henkilökunnan jäsen kuvaili hänen politiikkaansa nationalistiseksi ja hieman proamerikkalaiseksi.