Hanyu voitti sitten pronssimitalin Japanin mestaruuskilpailussa 2011/12
Hän voitti paikan Japanin maajoukkueeseen vuoden 2012 MM-kisoihin. Hanyu oli ensimmäisessä maailmanmestaruussarjassaan seitsemäs lyhyessä ohjelmassa, mutta sijoittui toiseksi vapaassa luistelussa. Hän voitti pronssimitalin 251,06 pisteellä, joka oli kultamitalin saaneen Patrick Chanin (Kanada) ja hänen joukkuetoverinsa Daisuke Takahasin (Japani) jälkeen.