- Lokakuussa 1944 kenraali Douglas MacArthur, Amerikan joukkojen komentaja Tyynenmeren alueella, oli kerännyt tarpeeksi lisäjoukkoja ja tarvikkeita aloittamaan Filippiinien valloittamisen.
Sergio Osmeña oli ottanut Quezonin kuoleman jälkeen puheenjohtajuuden. Taisteluissa käytiin pitkiä ja rajuja taisteluja. Osa japanilaisista jatkoi taistelua Japanin valtakunnan viralliseen antautumiseen saakka 2. syyskuuta 1945. Toinen tasavalta hajotettiin 14. elokuuta. Sen jälkeen kun Filippiinit ja amerikkalaiset joukot laskeutuivat maihin, he ryhtyivät myös toimenpiteisiin Huk-liikkeen tukahduttamiseksi, joka perustettiin taistelemaan japanilaisia vastaan.