Gibbon oli taas 2. divisioonan komentajana kenraali Grantin mai-kesäkuussa 1864 suorittamassa Overland Campaign -taistelua, jossa hän oli mukana taisteluissa Wildernessin, Spotsylvanian oikeustalon ja Cold Harbourin taisteluissa. 7. kesäkuuta 1864 hänet ylennettiin vapaaehtoisten kenraalimajuriin. Pietarin piirityksen aikana (kesäkuu 1864 - huhtikuu 1865) Gibbon masentui, kun hänen joukkonsa kieltäytyivät taistelemasta
Reamin asemalla elokuussa 1864. Hän komensi lyhyesti XVIII-joukkoa ennen sairauslomaa, mutta hänen palveluksensa oli liian arvokas, ja hän palasi komentelemaan vasta luodtua XXIV-joukkoa Jamesin armeijassa. Hänen joukkonsa auttoivat ratkaisevassa läpimurrossa Pietarin kolmannessa taistelussa huhtikuussa 1865. Appomattox-kampanjan aikana hän auttoi estämään konfederaation pakoreitin Appomattox Courthousen taistelussa, mikä johti kenraali Leen antautumiseen. Hän oli yksi kolmesta konfederaation antautumisvaltuutetusta.