Toisessa maailmansodassa kymmeniätuhansia malgaaseja pakotettiin jälleen kerran Ranskan armeijan riveihin. Näistä malgaaseista 34 000 oli Ranskassa, kun se antautui kesällä 1940
72 000 ihmistä odottaa yhä Madagaskarissa kuljetusta Eurooppaan. Saksan hyökkäyksen aikana vangittamia malgaasialaisia joukkoja kohdeltiin ankarasti, sillä monet heistä joutuivat verilöylyjen ja teloitusten kohteiksi. Toiset tapettiin, kun he saapuivat sotavankileireihin. Tämä johtui osittain saksalaisesta propagandasta, joka kuvasi mustia ranskalaisia joukkoja raakalaisiksi, jotka taistelivat kuolemaan saakka eivätkä ottaneet vankeja.