DNA-säikeiden sekvenssit, jotka muodostavat kohderakenteen, suunnitellaan laskennallisesti molekyylimallinnuksen ja termodynamisen mallintamisohjelmiston avulla. Itse nukleoihapot syntetisoidaan sitten vakio-oligonukleotidisynteesi menetelmiä käyttäen, yleensä automaattisesti oligonukleotidisynteesittimessä, ja räätälöityjen sekvenssien säikeet ovat kaupallisesti saatavilla. Säikeet voidaan puhdistaa denaturoimalla geelielektroforeesiä tarvittaessa ja tarkkoja pitoisuuksia määritellään useiden nukleoihappojen kvanttitoimintamenetelmien avulla ultraviolettisäteilyn absorbansipektroskopialla. Täysin muodostuneet kohderakenteet voidaan tarkistaa käyttäen natiivista geelielektroforeesiä, joka antaa kokoon ja muotoon liittyviä tietoja nukleoihappojen monimutkaisille rakenteille.
onko rakenteessa kaikki halutut säikeet