Täytä seuraava lause: Stewart nimitettiin prikaatin kenraaliksi 8. marraskuuta ja määrättiin komentelemaan 2. prikaattia, 2. divisioona, Columbus District, Confederate Department No. Kaksi (Tennessee-osaston edeltäjä), Leonidas Polkin johdolla. Stewart piti tätä asemaa 16. marraskuuta joulukuuhun, jolloin hänen prikaatinsa siirrettiin osaston ensimmäiseen maantieteelliseen diviisioon, helmikuuhun 1862. Hänen prikaatinsa palautettiin läntiseen Kentuckyn osavaltioon, jossa se lisättiin John P. McCownin divisioonaan johtaen kaupungin puolustusta New Madridin taistelussa ennen kuin McCown määräsi sen evakuoitavaksi ja vetäytyi alas Mississippin joelle. Huhtikuun 1. päivänä Stewartin miehet liittyivät Charles Clarkin diviisioon Leonidas Polkin armeijaan.
Shilohin taistelu. Siellä Stewart johti prikaattiaan ensimmäisen päivän hyökkäyksissä "Hornet's Nest" -alueelle unionin linjan keskellä.