Vuonna 1953 kommunistinen hallitus tuomitsi pariskunnan "in absentia" "laittomasta lomasta" ulkomaille. Vuonna 1956 hallinto kutsui hänet takaisin "lupauksilla vapaudesta tehdä mitä tahansa halusin", Kubelík sanoi, mutta hän kieltäytyi kutsusta. Vuonna 1957 Kubelík kirjoitti The Timesille kirjeessä, että hän harkitsisi vakavasti paluuta vasta, kun kaikki maan poliittiset vangit vapautetaan ja kaikki maahanmuuttajat saavat yhtä paljon vapautta kuin hänellä olisi ollut. Hänet kutsuttiin takaisin hallintoon vuonna 1966, mutta hän kieltäytyi jälleen; vuonna 1968, sen jälkeen kun Prahan kevät oli päättynyt Neuvostoliiton hyökkäyksellä
, hän järjesti kansainvälisen boikotin, johon osallistui monia länsimaiden merkittäviä klassisia taiteilijoita.