Sodan jälkeen O'Doherty pysyi uskollisena kruunulle, mutta vuonna 1608, kiistansa jälkeen Derryn uuden kuvernöörin kanssa, O'Doherty nousi kapinaan linnan ollessa päämaja. Derryn polttaminen
Huhtikuussa käynnistyi O'Dohertyn kapina. Vastauksena Dublinin viranomaiset lähettivät joukkoja valloittamaan O'Dohertyn Inishowenin sydämet. Piirityksen jälkeen he valtasivat Burtin linnan ja vapauttivat Derryssä vangitut, jotka olivat siellä. Pian sen jälkeen O'Doherty kuoli Kilmacrennanin taistelussa ja kapina romahti.