Seuraavien kuuden vuoden aikana Bogdanov oli merkittävä hahmo bolshevikkien joukossa, toiseksi vaikutusvaltaisimmassa asemassa vain Vladimir Leninin jälkeen. Vuonna 1904-1906 hän julkaisi kolmiosaisen filosofisen tutkielman "Empiriomonizm" ("Empiriomonism"), jossa hän yritti yhdistää marxilaisuuden Ernst Machin, Wilhelm Ostwaldin ja Richard Avenariuksen filosofiaan. Hänen työnsä vaikutti myöhemmin useisiin venäläisiin marxilaisiin teoreetikkoihin, mukaan lukien Nikolai Bukharin. Vuonna 1907 hän auttoi järjestämään Tiflisin pankkiryöstön.
sekä Leninin että Leonid Krasinin kanssa.