Halsey nimitettiin komentajaksi Etelä-Tyynenmeren alueelle ja johti liittoutuneita Guadalcanalin taistelussa 1942-1943 ja Solomonin ketjun taistelussa.
(1942-1945). Vuonna 1943 hänet nimitettiin kolmannen laivaston komentajaksi, ja hän toimi virassa koko loppuelämän. Hän osallistui Leyte-lahden taisteluun, joka oli toisen maailmansodan suurin meritaistelu ja joidenkin kriteerien mukaan historian suurin meritaistelu. Hänet ylennettiin laivaston amiraaliksi joulukuussa 1945 ja lopetti toimintansa maaliskuussa 1947.