Hänen isänsä, joka myös nimeltään Isaac Newton, oli kuollut kolme kuukautta aikaisemmin. Syntynyt ennenaikaisesti, Newton oli pieni lapsi; hänen äitinsä Hannah Ayscoughly kertoi, että hän olisi voinut mahtua sisään neljännespullon. Kun Newton oli kolme, hänen äitinsä uudelleen naimisissa ja meni asumaan uuden aviomiehensä, pastori Barnabas Smith, jättäen poikansa hoidossa äidin äidin, Margery Ayscoughly. Hänen isänsä ei pitänyt hänestä ja ylläpitää joitakin vihamielisyyksiä hänen äitiään kohtaan hänen avioliittonsa, paljastui hänelle, kun hän oli ollut neljätoista vuotta vanhempi. Hän palasi hänen vanhempansa luokalle, jossa hän oli opiskellut kolme vuotta ennen kuin hänen äitinsä, Henry Newton oli palannut hänen vanhempiensa kanssa. Hän oli palannut vanhempiensa luokalle, jossa hän oli opiskellut yli kaksitoista vuotta. Hän oli palannut vanhempiensa luokalle, jossa hänen äitinsä oli opiskellut kreikkalaista, ja hän oli varmaankin palannut vanhempiensa luokalle.
Hän sai äitinsä lähettämään hänet takaisin kouluun.