Samsølla ei koskaan ollut kaupunkeja (tanskaksi: "Købstader"), vaan sille myönnettiin erityisetuja saaren asukkaina. Niiden etuoikeuksien joukossa oli lupa lähettää omia tuotteitaan, mikä oli yleensä varattu kaupunkeille. Samsøn merivoimien merkitys kasvoi 1600-luvulla, mutta Pohjois-Suuren sodan aikana (1709-1720) saaren laivastot vähenivät puoleen. Samsølle ja sen ympärillä oleville saarille rakennettiin useita linnoituksia, jotka lisäsivät sen sotilaallista merkitystä. Englannin sodat
Samsø'n laiva puolittui ja saari kärsi suuresta taloudellisesta ja merellisen merkityksestään.