Li Zongren syntyi Xixiangin kylässä (西鄉村), lähellä Guilinia Guangxin maakunnassa, toiseksi vanhin viiden pojan ja kolmen tytön perheessä. Hänen isänsä, Li Peiying (李培英), oli kylän koulunopettaja. Erillisen koulutuksen jälkeen Li ilmoittautui maakunnan sotilaskouluun. Hän liittyi Tongmenghuiin, Sun Yat-senin vallankumoukselliseen puolueeseen, vuonna 1910, mutta hänellä ei ollut tuolloin juurikaan ymmärrystä Sunin laajemmista uudistus- ja kansallisen yhdentymistavoitteista. Liin kotimaa Guangxi oli myös Taipingin kotimaa.
Kenraali Li Xiucheng, jonka perhe väitti olevansa sukulainen.