Kirjoita jatko tähän kappaleeseen - Venäjän kanssa käytyjen sotien aikana (1654-1667) ja Pohjoissotien aikana (1700-1721) Merkinė kärsi kovasti venäläisten ja ruotsalaisten armeijoiden toimesta ja menetti strategisen ja taloudellisen merkityksensä. Venäläisjoukot polttivat Merkinen jälleen vuoden 1794 kansannousun aikana.
Se yritti vapauttaa Puolan ja Liettuan tasavaltaa Venäjän vaikutuksesta. Vuonna 1794 kaupungin inventaariossa mainitaan Nemunas-joen joen satama, myös Nemunas ja Merkys joet arvioitiin soveltuviksi merenkulkuun. Merkinė mainittiin 1800-luvun asiakirjoissa jokikaupan keskuksena, jossa rakennettiin jokikauppalaivoja.