Qing-dynastia (1644-1912) perusti hallituksensa Tiibetissä - Qing-joukkojen lähettämisen jälkeen.
Se voitti dzungarit vuonna 1720 ja kesti Qing-dynastian kukistumiseen asti vuonna 1912. Qing-keisarit nimittivät tiibetiläisiksi keisarillisia asukkaita, jotka tunnettiin nimellä ambans, jotka komensivat yli 2000 sotilasta Lhasassa ja raportoivat Lifan Yuanille, Qing-hallituksen virastolle, joka valvoi aluetta tänä aikana. Manchu-Qing-dynastian hallitsijat tukivat tiibetiläistä buddhalaisuutta, erityisesti Gelug-kulttia, suurimman osan dynastiastaan.