Hän taisteli yksikön kanssa Fort Henryllä, Fort Donelsonilla, Corinthissa, Shilohissa ja Hatcher's Runissa. Hän sairastui sitten tyryppi-kuumeeseen ja vapautettiin sairaalasta 1. elokuuta 1862. Hän palasi toipumisen jälkeen Chicago Mercantile Independent Battery Light Artillery -armeijan kanssa, jossa hän taisteli Arkansas Postissa, Port Gibsonissa
Champion Hill, Big Black River Bridge, Vicksburg ja Mansfield. Mansfieldissä prikaati vangittiin ja Arnold vangittiin. Hänet vangittiin Fortin leirillä Texasissa 14 kuukautta.