Täytä seuraava lause: Hän lopetti uransa Red Bull Salzburgissa, jossa hän toimi varajoukkueen valmentajana ja lopulta apulaisjohtajana Ricardo Monizin alaisuudessa. Tammikuussa 2013 Kovač otti haltuunsa Kroatian alle 21-vuotiaiden maajoukkueen ja lokakuussa 2013 hän otti haltuunsa Kroatian vanhemman joukkueen Igor Štimacin erottamisen jälkeen. Kovač valmensi Kroatiaa vuoden 2014 FIFA-maailmancupissa, sitten hänestä tuli Eintracht Frankfurtin päävalmentaja vuonna 2016, voittaen
2018 DFB-Pokal-finaali klubin kanssa. Bayernissä Kovač voitti kotimaisen kaksoisottelun vuonna 2019 kauden vahvan lopun jälkeen, mutta menetti työnsä myöhemmin samana syksynä. Kesällä 2020 Kovač nimitettiin Monacon manageriksi.