Badoglio oli sotilaspäällikkö vuosina 1925-1940, ja hänellä oli viimeinen sana koko asevoimien rakenteessa, mukaan lukien oppi, upseerien valinta, aseistukset, sillä aikana, vaikuttaen koko sotilasympäristöön. Badoglio ei kannattanut Itä-Saksan teräspakettia ja oli pessimistinen Italian mahdollisuuksista menestyä missään eurooppalaisessa sodassa. Hän ei vastustanut Mussolinin ja kuninkaan päätöstä julistaa sotaa Ranskalle ja Isolle-Britannialle. Italian armeijan huono tulos Kreikan hyökkäyksessä
Joulukuussa 1940 hän erosi päälliköksi. Badoglion tilalle tuli Ugo Cavallero.