Kun japanilaiset alkoivat miehittää Filippiinejä, saaristossa organisoitiin vastarintaliike, joka aloitti geriilisotaa miehittäjäjoukkoja vastaan. Juan Feleon johdolla olevat talonpojat järjestivät Hukbalahapin, joka oli avainasemassa Luzonin valvonnan riistämisessä Japanin imperiumilta. Vuonna 1945 Japanin tukema Filippiinien toinen tasavalta kukistettiin.
Yhteisö perustettiin uudelleen.