James River Squadron perustettiin pian Virginian eron jälkeen Amerikan sisällissodan aikana. Eskadriini oli osa Virginian laivastoa ennen siirtymistä Konfederaation laivastoon. Joukkue on merkittävin roolistaan James-joen partioinnissa, joka oli tärkein vesi lähestymistapa konfederaation pääkaupunkiin Richmondin. Sen oli kaksi vaihetta: varhainen sota, jolloin se koostui enimmäkseen puisista laivoista (muut kuin kuuluisa CSS "Virginia"), joka päättyi Drewry's Bluffin taisteluun
15. toukokuuta 1862; ja sen myöhempi panssaroitu kokoonpano lippulaiva CSS "Virginia II" kanssa.