Kun sisällissota puhkesi, hän komensi Louisianan 18. jalkaväkirykmenttiä, jossa hän osoittautui tiukaksi kurinpitäjäksi, joka oli myös erityisen ystävällinen ja sosiaalinen. Haavoittunut
Shiloh, hänet tehtiin prikaatin komentajaksi kenraali Richard Taylorin alaisuudessa, jonka kanssa hän onnistuneesti esti liiton pyrkimyksiä turvata Bayou Techen alue eteläisen Louisianassa. Red Riverin taistelussa Mouton kuoli Mansfieldin taistelussa johtaen miehiään ratsuväen hyökkäyksessä.