6. toukokuuta 2002 Fortuyn murhattiin yhdeksän päivää ennen vaaleja.
Se on 32-vuotias ympäristöaktivisti Hilversumissa. Pari suhteellisen pientä mellakointia puhkesi Haagissa, jossa Melkert oli tuolloin, ja kehotti häntä poistumaan nopeasti kaupungista. Saatuaan tappouhkauksia, mukaan lukien ladatun aseen postissa, hän ja hänen perheensä menivät väliaikaisesti piiloon. Melkertin PvdA menetti lähes puolet paikastaan, 45:stä 23:een 150-paikkaisessa edustajainhuoneessa. Juhlat putosivat ensimmäisestä neljännelle sijalle. Melkert erosi poliittisesta johtajasta vaaliyönä ja hänen tilalleen tuli entinen edustajainhuoneen puhemies Jeltje van Nieuwenhoven. Melkert jäi parlamenttiin lyhyeksi ajaksi sen jälkeen. Hänen viimeinen suuri parlamenttipuheensa koski Euroopan unionin tilannetta.