Kun I-6 oli Yokosukalla, Aleuttien saarten kampanja alkoi 3.-4. kesäkuuta 1942 japanilaisella ilmahyökkäyksellä.
Alankomaissa, Alaskassa, Dutch Harbourissa, jota seurasi nopeasti vastustamaton japanilainen miehitys Aleuttien saarilla Attu 5. kesäkuuta ja Kiska 7. kesäkuuta 1942. 10. kesäkuuta 1942 I-1, I-2, I-3, I-4, I-5, I-6 ja I-7 siirrettiin Pohjoisjoukkoihin tehtävään Aleutian saarilla, ja joko 17. tai 20. kesäkuuta 1942 I-6 lähti Aleutian vesille aloittaakseen neljännen sotaretkensä. Hän liittyi "K" partiointiin Unimak Pass -alueella. 7. heinäkuuta 1942 hän sai käskyn siirtyä Kiskan alueelle. Kun loput sukellusvenelaivueesta määrättiin palaamaan Japaniin 20. heinäkuuta 1942, hän sai käskyn jäädä ja toimia Kiskasta.