Vuonna 1949 Prahan juutalaisten yhteisöjen neuvosto luovutti museon hallinnan kommunistihallitukselle. Se nimettiin 4. huhtikuuta 1950 valtion juutalaismuseoksi, kulttuurilaitokseksi, joka on jakautunut kuuteen synagogaan, seremoniasaliin ja hautausmaahan ja perustettu "muistomerkiksi, historiallisen säilyttämisen virastoksi ja tutkimuslaitokseksi". Kommunistit tukahduttivat juutalaisuuden, kielsivät yhteydenotot ulkomaisiin tutkijoihin ja sallivat vain Terezínin lasten piirroksia. Neuvostoliiton vuoden 1968 hyökkäyksen jälkeen
, muutamia uusia näyttelyitä järjestettiin. Vaikka museo oli Tšekkoslovakian suurin nähtävyyspaikka, joka houkutteli vuosittain 700000 kävijää, juutalaisten kokoelma oli tunnettu vain alan tutkijoille.