Vuonna 1846 hänet määrättiin USS "Mississippi" -alukseen, joka oli kommodori Matthew C. Perryn komennossa toimiva Länsi-Intian laivueen lippulaiva. Meksikon ja Yhdysvaltojen välisen sodan aikana hän osallistui Alvaradoa, Tampicota, Pánucoa ja Laguna de Términosia vastaan tehtyihin retkiin, jotka kaikki onnistuivat tiukentamaan Amerikan valvontaa Meksikon rannikolla ja keskeyttämään rannikon kauppaa ja sotilaallisia toimitusoperaatioita. Alus palasi Norfolkiin korjauksiin 1. tammikuuta 1847, jossa Anderson ylennettiin luutnanttiksi. Mississippi palasi sitten taisteluun ja saapui Veracruziin 21. maaliskuuta 1847, jossa Perry oli komennossa amerikkalaisen laivaston johdossa. Hän ja hänen miehensä ryhtyivät amfibioperaatioihin Veracruzia vastaan.
Aseet ja miehistö vietiin rantaan patteriaan, - joka taisteli kaupunkia vastaan antautuakseen neljässä päivässä. Lopun sodan aikana Mississippi osallistui aseisiin, miehiin ja laivoihin rantahyökkäyksiin Meksikon itärannikolle ja osallistui Tabascon valloitukseen kesäkuussa 1847.