San Pedro Yepocapan alkuperä on aikaisempi kuin
Espanjan valloitus Guatemalassa; alun perin kaupunki oli aivan Vuoden tulivuoren vieressä, mutta sen oli siirrettävä toiseen paikkaan sen lukuisten purkausten vuoksi. Espanjalaisen sotilaan Antonio de Guzmánin uskotaan löytäneen kaupungin, kun valloittajat saapuivat 1520-luvulla.