Kun Alexander Farnese, tuleva Parman herttua, otti armeijan haltuunsa vuonna 1578, Alankomaat jakaantuivat yhä enemmän kapinoiville pohjoisille ja niille eteläisille provinsseille, jotka olivat yhä uskollisia Espanjalle. Espanjasta saapuneiden joukkojen tulon myötä Farnese ryhtyi vahvistamaan Espanjan valtaa etelässä, alkaen Maastrichtista. Farnese aloitti Maastrichtin piirityksen 12. maaliskuuta 1579. Hän käski joukkonsa purkaa muurit. Myös Maastrichtin asukkaat kaivoivat päästääkseen Espanjan tunneleihin. Syvällä maan alla taistelu jatkui. Sadat espanjalaiset sotilaat kuolivat, kun heidän tunneleihinsa kaatoi kiehuvaa vettä. Toiset kuolivat hapenpuutteeseen, kun hollantilaiset puolustajat sytyttivät heidän sisällään tulipaloja. Viisi sataa espanjalaista kuoli, kun miina, jota he aikoivat käyttää muurin räjäyttämiseen, räjähti ennenaikaisesti. Kesäkuun 29. iltana Farnese onnistui pääsemään kaupunkiin, kun uupuneet puolustajat nukkuivat. Espanjalaiset yksiköt, jotka murtautuivat kaupungin muureihin, raiskasivat ensin naisia (joista jotkut olivat puolustamassa kaupunkia taistellessaan rikkonut sukupuolirooleja ja menettäneet oikeutensa armoon), sitten teurastettiin väestö. Vuonna 1585 Farnese oli valloittanut Brysselin, Gentin ja Antwerpenin
, sekä Brabantin maakunnassa ja suurimmassa osassa Flandriaa. Tässä vaiheessa armeijan alkuperäinen tehtävä oli taistella pohjoisen kapinallisia vastaan, ja sen tehtävänä oli käsitellä Englannin ongelmaa, joka oli sodassa Espanjan kanssa. Farnese uskoi, että armeija voisi toivoa voivansa ylittää Kanaalin voimalla, luottaen Englannin katoliseen kapinaan sen tukemiseksi. Sen sijaan Filip päätti ryhtyä laivastohyökkäykseen Espanjan Armadan avulla vuonna 1588. Flanderin armeija siirtyi Oostenden ja Dunkerquen kimppuun valmistautuakseen jatkamisohjelmaan Kanaalin yli Armadan tukemiseksi, mutta päälaivaston tappio lopetti nämä suunnitelmat.