Vuonna 1861 Irwin ilmoittautui palvelukseen purjeveneellä. Yhdysvaltain sisällissota puhkesi huhtikuussa 1861, ja Irwin näki paljon toimintaa Konfederaation joukkoja vastaan "Wabash" -aluksella. Irwinin matkan aikana "Wabash" osallistui Fort Hatterasin ja Clarkin valloittamiseen
Hatteras Inletissä, Pohjois-Carolinassa, 29. elokuuta 1861, ennen kuin siitä tuli Etelä-Atlantilla sijaitsevan sulkujoukon lippulaiva, joka oli yksi niistä laivueista, jotka osallistuivat liiton sulkuun konfederaation satamissa. Wabash osallistui sitten Fort Walkerin, Fort Beauregardin ja Port Royal Soundin valloittamiseen Port Royalin taistelussa 7. marraskuuta 1861. Irwin oli myöhemmin komentajana veneen hauvisseissa "Wabash", jotka asetettiin rantaan Port Royal Ferryn taistelussa 1. tammikuuta 1862, ja oli "Wabash" -aluksella Fort Pulaskin taistelussa Cockspurin saarella, Georgiassa, 10. ja 11. huhtikuuta 1862. Hänet ylennettiin luutnanttikomentajaksi 16. heinäkuuta 1862.