Leningradin piiritys päättyi 2. helmikuuta 1944 ja Neuvostoliiton joukot olivat rajan äärellä. Epäonnistui murtautumaan läpi
, Neuvostoliitto käynnisti Tarton hyökkäyksen 10. elokuuta ja Itämeren hyökkäyksen 14. syyskuuta yhteensä 1,5 miljoonan joukon kanssa. Saksan armeijan ylipäällikkö antoi operaation Aster 16. syyskuuta, jossa virolaiset joukot kattoisivat Saksan vetäytymisen. Pian Viron pääkaupungin Tallinnan neuvostotoiminnan jälkeen NKVD:n ensimmäinen tehtävä oli estää jokaisen maasta pakenevan; kuitenkin monet pakolaiset pakenivat Ruotsiin tai Suomeen, erityisesti virolaiset ruotsalaiset, jotka olivat asuneet rannikkoalueella Virossa Tanskan ja Ruotsin Viron ajoista lähtien. NKVD kohdisti myös Viron tasavallan kansalliskomitean jäseniä. Viron metsäveljet (perustettu vuonna 1941) pitivät aluksi matalaa profiilia Neuvostoliiton uudessa miehityksessä. Vuoden 1945 VE-päivä ei tuonut itsenäisyyden palauttamista Virolle, ja Metsäveljet aloittivat uudelleen sotaretkensä, jossa tappoivat Neuvostoliiton asevoimien ja NKVD:n upseereja.