Vuonna 1943 Japanin miehittäjähallitus perusti Isänmaan puolustajat - indonesialaisista koostuvan avustusjoukon, joka oli suunniteltu auttamaan japanilaisia, jos liittoutuneet hyökkäisivät Indonesiassa. Kuten monet hänen sotilaalliset aikalaisensa, Panggabean liittyi. Panggabeanin tapauksessa hän oli saanut vain sotilaskoulutuksen ja peruskoulutuksen ennen Japanin antautumista.
Ja nationalistiset johtajat Sukarno ja Mohammad Hatta julistivat Indonesian itsenäisyyden.