Synagoogasta tuli pian pienen, mutta elinvoimaisen juutalaisen yhteisön keskus, jonka johtajista Abraham Reubenista tuli Karachin kaupunginvaltuuston neuvonantaja vuonna 1936. Brittiläisen Intian jakautuminen uskonnollisilla linjoilla hindujen ja muslimien välillä elokuussa 1947 johti Karachin kaupunkiin uuden muslimien enemmistöisen Pakistanin valtion rajojen sisäpuolelle, minkä jälkeen synagogan etupuolen liitännäiskyltti muutettiin nimittämällä se "Pakistan Bene Israel Community". Alle vuoden kuluttua muslimilaiset hyökkäsivät synagogaan ja sytyttivät sen tuleen Israelin valtion itsenäisyysjulistuksen jälkeen vuonna 1948. Tämän ajanjakson aikana useita juutalaisia ympäri Pakistania hyökättiin, mikä lopulta sai osia yhteisöstä pakenemaan naapurimaaseen Intiaan. Kuitenkin juutalaisten hyökkäykset Pakistanissa lisääntyivät jokaisen arabialais-israelisen sodan jälkeen vuonna 1948.
, 1956, 1967 ja 1973. 1970-luvun alkupuolella pakistanilaisen juutalaisen yhteisön suurin osa oli lähtenyt Israeliin tai Intiaan juutalaisten pakenemisen vuoksi muslimivaltioista, mikä teki synagogasta suurimmaksi osaksi nukkuvan. Synagoga purettiin 17. heinäkuuta 1988 ja sen tilalle rakennettiin ostosalu (Madiha Square) Karachin eteläosassa Ranchore Line -alueella.