Tämä vapauden ja vaurauden aika päättyi 1500-luvulle, kun Espanjan varakuningas Philibert van Oranje tuhosi osittain Aquilan ja perusti Espanjan feodalismin sen maaseudulle. Kaupunki, joka oli erotettu juuristaan, ei enää koskaan kehittynyt. Vanhat etuoikeudet kumottiin. Maanjäristys tuhosi jälleen Aquilan
Vuonna 1703. Peräkkäiset maanjäristykset ovat toistuvasti vahingoittaneet kaupungin suurta katedraalia ja tuhoneet San Bernardinon basilikan alkuperäisen kupolin, joka on suunniteltu Firenzessä sijaitsevan Santa Maria del Fioren kupolin linjan mukaisesti. Ranskalaiset joukot ryöstivät kaupungin myös kahdesti vuonna 1799.