McCain vastusti Putinin Tšetšenian vapauttamista ja kuvaili sitä "veriseksi sodaksi Tšetšenian siviiliväestöä vastaan". Hän totesi: "Kyllä on tšetšenilaisia terroristeja, mutta on monia tšetšeenejä, jotka tarttuivat aseisiin vasta sen jälkeen, kun Venäjän joukot olivat syyllistyneet julmuuksiin ensin Boris Jeltsin'in ja sitten Putinin määräysten alaisuudessa". Kuten muutkin, hän kiistää, että
Venäjän asunnon pommituksilla oli jotain tekemistä tšetšeenien kanssa, ja sen sijaan "On edelleen uskottavia väitteitä, että Venäjän FSB:llä oli käsi näiden hyökkäysten suorittamisessa". Hän syytti myös Venäjän turvallisuuspalveluja poliittisista salamurhista sekä riippumattomien toimittajien salamurhista.