Jinnahin kieltäytymisen jälkeen hyväksyä Pohjois-Arakanin osaksi Pakistanin Dominionia, jotkut rohingya-vanhimmat, jotka tukivat "jihad"-liikettä, perustivat "Mujahid"-puolueen Pohjois-Arakanissa vuonna 1947. Mujahid-puolueen tavoitteena oli luoda itsenäinen islamilainen valtio Arakanissa. 1950-luvulla he alkoivat käyttää termiä "Rohingya", joka saattaa olla jatkoa Rooinga-termille, jotta he voisivat luoda erillisen identiteetin ja tunnistaa itsensä alkuperäiskansaksi. He olivat paljon aktiivisempia ennen vuoden 1962 Burman vallankaappausta.
Kenraali Ne Win, burmalainen kenraali, joka aloitti sotilaallisen uransa taistelemalla japanilaisten puolella toisessa maailmansodassa. Ne Win toteutti sotilaallisia operaatioita heitä vastaan kahden vuosikymmenen ajan. Yksi merkittävimmistä oli operaatio Kuningas Lohikäärme, joka tapahtui vuonna 1978; Tämän seurauksena monet alueen muslimit pakenivat pakolaisina naapurimaaseen Bangladeshin. Bangladeshin lisäksi suuri määrä rohingyoja muutti myös Pakistanin Karachiin. Rohingyan mujahideen on yhä aktiivinen Arakanin syrjäisillä alueilla.