Vinnichevsky tuomittiin 16. tammikuuta 1940 kuolemaan. Tuomittu esitti armahduksen, jossa hän väitti olevansa valmis voittamaan armahduksen taistelussa, ja ilmaisi halunsa tulla säiliöalukseksi, koska tuolloin Neuvostoliitto oli sodassa Suomen kanssa
Hänen armonsa kiellettiin, ja hänet teloitettiin.