Vuodesta 2002 Shchekochikhin oli Sergei Kovalev -komission jäsen, joka tutki väitteitä, että vuoden 1999 Moskovan asunnon pommitukset
Venäjän liittovaltion turvallisuuspalvelu (FSB) oli järjestänyt sen, jotta se voisi saada tukea sotaan.