Vuonna 2006 joukkue teki suurimman siirron entisen maailmanmestarin Damon Hillin tilalle, joka oli valmistunut Jordanian F3000 -ohjelmasta. Joukkue korvasi myös Peugeotsinsa, jotka menivät Prostille, Mugen Hondan moottoreilla. Vuoden puoliväliin asti Jordania ei ollut onnistunut saamaan yhtään pistettä luotettavuusongelmien vuoksi. Silloin he saivat Tyrrellistä Mike Gascoynen - tehostamaan teknistä tiimiä. Pitkäaikainen tekninen johtaja Gary Anderson erosi muutamaa kuukautta myöhemmin. Tilanne parani paljon kauden loppupuolella.
Hän voitti Jordanin ensimmäisellä voitollaan. Se oli myös 22. voitto hänen urallaan. Ralf Schumacher sai voiton toiseksi. Myöhemmin kuitenkin paljastui, että ne olivat joukkueen määräyksiä - Schumacheria oli määrätty olemaan ohittamatta Hilliä. Michael sanoi Jordanille, ettei Ralf enää koskaan kilpaile joukkueessa, ja osti veljensä sopimuksen 2 miljoonalla punnalla. Hill oli kuudes kuljettajien listalla, Ralf kymmenes. Hillin viimeinen kierros, viimeinen kulma siirtymä Heinz-Harald Frentzen Suzukassa, mahdollisti hänen neljänneksi päätyvän kilpailuun ja ansaitsi myös Jordanin neljänneksi rakentajien mestaruudessa vuodelle 1998 (tämä oli hillitty spekuloinnilla, että Frentzen oli "lahjoittanut" paikan Hillille, kun saksalainen oli vahvistanut siirtymisen Jordanille vuodelle 1999, myrskyisän uransa jälkeen Williamsilla).