Schumacher jatkoi Tyotassa ja sai jälleen Trullin yhteistyökumppaniksi vuonna 2006. Hän oli kunnianhimoinen tulevalle kaudelle: "Me haluamme voittaa joitakin kisoja. Sen pitäisi olla tavoitteemme ja toivokaamme, että se on realistinen". Hän aloitti kauden ilman pisteitä Bahrainissa.
Molemmat Toyota-autot olivat vauhdissa, - mutta onnistui saamaan omat ja Toyotan ensimmäiset pisteet kaudella, - 8. sijalla Malesiassa. Hän onnistui turvaamaan itselleen ja Toyotan ainoalle palkintopisteelle Australian kaudella.