Dagestanin sota alkoi 7. elokuuta 1999, jolloin Islamilainen kansainvälinen prikaati (IIPB) aloitti epäonnistuneen hyökkäyksen naapurimaassa Dagestanissa Dagestanin shuran hyväksi, joka pyrki itsenäistymään Venäjältä. Syyskuussa useita pommeja asunnoissa
Se on myös se, että Venäjällä on ollut joitakin tapauksia, joissa 300 ihmistä kuoli. Jotkut toimittajat kiistelivät virallista selitystä ja syyttävät sen sijaan Venäjän salaista palvelua rakennusten räjäyttämisestä aloittaakseen uuden sotilaallisen kampanjan Tšetšeniaa vastaan. Pommitusten vastauksena jatkunut lentokampanja kosto-iskuja Ichkerian hallintoa vastaan ja lokakuussa 1999 alkanut maa-hyökkäys merkitsi toisen Tšetšenian sodan alkua. Venäjän asevoimat olivat paljon paremmin järjestäytyneitä ja suunniteltuja kuin ensimmäisessä Tšetšenian sodassa, ja ne saivat hallintaansa useimmat alueet. Venäjän joukot käyttivät julmaa voimaa ja tappoivat 60 Tšetšenian siviiliä puhdistustoiminnassa Tšetšenian Aldy'ssa 5. helmikuuta 2000. Groznyn valloittamisen jälkeen helmikuussa 2000 Ichkerin hallinto hajosi.