Kun Espanjan sisällissota puhkesi heinäkuussa 1936, Juan Guilloto osallistui Cuartel de la Montañan hyökkäykseen ja Guadarraman taisteluun Guadarraman vuoristoalueella. Hän oli yksi viidennen rykmentin johtajista, ja hänestä tuli sen komentaja lokakuusta 1936 lähtien. Hän taisteli Talavera de la Reina, Santa Olalla ja Illescas (syyskuussa 1936), Madridin puolustus
ja toinen Corunnan tien taistelu sekä Jaraman taistelu (helmikuu 1937).