Kun uutinen hyökkäyksestä levisi, satoja mielenosoittajia kerääntyi Stonewalliin. Kun poliisi yritti laittaa naisen poliisiautoon, väkijoukko kohtasi poliisit, jotka menivät takaisin klubille välttääkseen yhä uhmaavaa väkijoukkoa. Kun jotkut väkijoukosta yrittivät sytyttää klubin tuleen, vetää pysäköintimittarin jalkakäytävästä ja yrittää käyttää sitä oven murskaamiseen ja heittää esineitä, kuten pulloja, roskakoreita ja kolikoita upseereihin, lisävahvistuksia kutsuttiin, ja järjestyksen palauttamiseen ja Stonewall Inn -hotellin ympärille kokoontuneen väkijoukon hajottamiseen meni yli tunti. Tuona iltana neljä poliisia loukkaantui ja 13 ihmistä pidätettiin. Lisäksi viinavarastot takavarikoitiin, koska majatalolla ei ollut alkoholilupaa. Mellakointi jatkui useita öitä, ja väkijoukko kasvoi tuhansiksi. Vuonna 2004 julkaistussa kirjassaan "Stonewall: The Riots That Sparked the Gay Revolution" David Carter kuvaili Stonewallin mellakoita "homosexualiselle liikkeelle, mitä Bastillien kaatuminen
on Ranskan vallankumouksen purkaminen".