Júnior Baiano pelasi 25 kertaa Brasilian maajoukkueessa vuosina 1997 ja 1998 ja oli Brasilian joukkueen jäsen, joka osallistui vuoden 1998 MM-kisoihin, vuoden 1998 CONCACAF Gold Cup -kisoihin
, joka voitti vuoden 1997 FIFA Confederations Cupin. Vuonna 1998 Baianolla oli keskeinen rooli Brasilian joukkueessa, joka saavutti vuoden 1998 FIFA:n maailmanmestaruuskilpailun finaalin Pariisissa, vaikka Norjan kanssa pelatussa ottelussa, jossa Brasilia hävisi 2<unk>1, hän menetti "voiman koettelemuksen" Tore André Floin kanssa välittömästi ennen kuin hyökkääjä osui palloon Claudio Taffarelin ulottumattomaksi tasapainottamaan, ja myös rikkoi saman pelaajan muutamaa minuuttia myöhemmin, mikä johti rangaistuspotkun myöntämiseseen, josta norjalaiset saivat ratkaisevan maalin.