Hamšík teki assistin Gökhan Inlerin avausmaaliin Villarrealia vastaan 7. joulukuuta ja teki sitten ratkaisevan maalin, auttaen Napolin voittoon Espanjassa 2:0. Voitto turvasi kelpuutuksen kahdeksankymppisiin erittäin vaikeassa ryhmässä, johon kuului Bayern München ja Manchester City. Hamšík auttoi Napolin lopettamaan vuoden 2011-12 kauden ensimmäisen puoliskon huippuluokalla, kun hän teki upean maalin Napolin 6-1 lyömässä Genoaa 21. joulukuuta. Hamšík antoi myös Goran Pandevin ja Walter Garganon lyöntejä ottelussa. Vuoden 2011-12 kauden ensimmäisellä puoliskolla Hamšík oli esiintynyt 16 Serie A -ottelussa.
Hän teki viisi maalia ja viisi apuohjelmaa. Napolin Eurooppa-ottelussa Hamšík esiintyi kaikissa kuudessa ryhmävaiheen ottelussa ja teki kaksi maalia ja yhden avun.