FIA määräsi vuodesta 1966 uudet kolmilitraiset moottorin säännöt. Lotus oli vähemmän kilpailukykyinen. Aloittamalla 2-litraisella Coventry-Climax -moottorilla Lotus 33:ssä Clark ei saanut pisteitä ennen Britannian Grand Prix -kilpailua.
ja kolmanneksi seuraavassa Hollannin Grand Prix'ssä. Lotus käytti Italian Grand Prix -kilpailusta lähtien erittäin monimutkaista BRM H16 -moottoria Lotus 43 -autossa, jolla Clark voitti Yhdysvaltain Grand Prix -kilpailun. Hän sijoittui toiseksi Indianapolis 500 -kilpailussa Graham Hillin jälkeen.