Tämä johti Ferdinandin uransa vaarallisimpaan hetkeen vuonna 1529, jolloin Suleiman käytti tätä unkarilaista tukea hyväkseen massiivisessa, mutta lopulta epäonnistuneessa hyökkäyksessä Ferdinandin pääkaupunkiin: Wienin piirityksessä
, joka lähetti Ferdinandin pakoon Böömiin. Ottomaanien uusi hyökkäys torjuttiin vuonna 1532 (ks. Günsin piiritys). Tuona vuonna Ferdinand solmi rauhan ottomaanien kanssa ja jakoi Unkarin Habsburg-sektoriksi lännessä ja John Zápolyan valtakunnaksi idässä.