Hän liittyi armeijaan yksityissotilasena 49:n New Yorkin vapaaehtoisjalkaväen E-ryhmään kesäkuussa 1861. Hän nousi ylikersanttina. Potomacin armeijan kanssa hänen yksikkönsä osallistui taisteluihin, joihin kuului Young's Mill, Yorktown, Williamsburg, Mechanicsville, Fair Oaks, Gaines's Mill, Savage's Station
, Malvern Hill, Second Bull Run, South Mountain, Antietam, Fredericksburg, Williamsport, Gettysburg, Mine Run, Wilderness, Cold Harbor, Petersburg ja muut. Walsh otettiin vangiksi operaatioiden aikana Weldenin rautatieyhtiötä vastaan vähän ennen hänen värväytymisensä päättymistä ja oli vankina Belle Islessa, Libby-vankilassa, Andersonvillessä, Savannahissa, Castle Pinckneyssä ja Florence Stockadessa, ennen kuin hänet vaihdettiin ja palautettiin Annapolisiin, Indianaan, jossa hänet vapautettiin kunniallisesti 5. toukokuuta 1865. Jonkin aikaa tämän jälkeen hän työskenteli kahdeksan vuotta "Wisconsin State Journal" -lehdessä Madisonissa.