Hän taisteli yksikön kanssa Fort Henryllä, Fort Donelsonilla, Corinthissa, Shilohissa ja Hatcher's Runissa. Hän sairastui sitten tyryppi-kuumeeseen ja vapautettiin sairaalasta 1. elokuuta 1862. Hän palasi kuntoutumisen jälkeen Chicago Mercantile Independent Battery Light Artillery -joukkueeseen, jossa hän taisteli Arkansas Postissa,
Port Gibson, Champion Hill, Big Black River Bridge, Vicksburg, ja Mansfield. Se on yksi niistä. Mansfieldissä prikaati vangittiin ja Arnold vangittiin. Hänet vangittiin Fortin leirillä Texasissa 14 kuukautta.