Macdonald liittyi laivastoon vuonna 1833. Hän soitti kahdeksannessa Xhosan sodassa.
HMS "Ferretin" komentajana. Hänet ylennettiin kapteeniksi vuonna 1854, ja hän komensi HMS "Hogue", HMS "Arethusa" ja sitten HMS "Bellerophon". Hänet nimitettiin Kanaalin laivaston toiseksi komentajaksi vuonna 1872 ja hänestä tuli Clan Macdonald of Clanranaldin 21. päällikkö vuonna 1873.