Toukokuussa 1846 Buckner erosi opettaja-asemastaan taistelemaan Meksikon-Amerikan sodassa ja värväytyi 6. jalkaväkirykmenttiin. Hänen tehtäviinsä kuului värvätä sotilaita ja tuoda heidät Teksasin rajalle. Marraskuussa 1846 hänet määrättiin liittymään seuraansa kentällä; hän tapasi heidät matkalla Monclovan ja Parrasin välillä. Yhtiö liittyi John E. Wooliin Saltilloon. Tammikuussa 1847 Buckner määrättiin Vera Cruziin William J. Worthin divisioonan kanssa. Kun kenraalimajuri Winfield Scott piiritti Vera Cruzin
Bucknerin yksikkö taisteli muutaman tuhannen meksikolaisen ratsuväen kanssa lähellä sijaitsevassa Amazoquen kaupungissa.