Hän liittyi Sudanin ilmavoimiin vuonna 1973. Hussein valmistui arvostetusta Cranfieldin yliopistosta Yhdistyneessä kuningaskunnassa lentokonetekniikan maisteriksi vuonna 1982. Hänellä oli merkittävä rooli vuoden 1989 Sudanin vallankaappauksessa.
, ja myöhemmin vuonna 1990 hänestä tuli kansallisen pelastuksen vallankumouksellisen komennon neuvoston pääsihteeri; Sudanin hallitseva viranomainen vuosina 1989-1993.