Ateenassa oli 411-luvulta lähtien vallassa ollut oligarkkinen hallitus luovutti tiensä palautetulle demokratialle muutamassa kuukaudessa taistelun jälkeen. Thrasylluksen johtama tutkimusjoukko oli valmis liittymään Hellespontin joukkoihin. Tämä joukko ei kuitenkaan lähtenyt ennen kuin yli vuosi taistelun jälkeen, ja vaikka ateenalaiset lopulta valloittivat Bysantin ja alkoivat jälleen kerätä veroja Kalkedonilta, he eivät koskaan todella käyttäneet Cyzikoksen heille antamaa etua. Tämä johtui suurelta osin taloudellisesta kyvyttömyydestä; Ateenan valtiovarainministeriön oli voiton jälkeenkin vaikea tukea laajamittaisia hyökkäysoperaatioita. Sillä välin spartalaiset persian rahoittamalla nopeasti rakensivat laivastonsa uudelleen, ja he jatkavat heikentämään Ateenalaisten etua. Ateena voitti sodassa vain yhden meritaistelun, Arginusaen, ja heidän tappionsa Aegospotamissa
Vuonna 405 eaa. sota päättyi. Vaikka Kyzikos oli dramaattinen voitto ateenalaisille, spartalaiset onnistuivat lopulta palauttamaan voimansa ja lopettamaan sodan omassa hyvässään, kun Ateena ja sen liittolaiset antautuivat 6 vuotta myöhemmin.