Syyskuussa 2006 paavi Benedictus XVI piti puheen kristillisen uskon "järkevyydestä" Regensburgin yliopistossa Saksassa. Regensburgin luennossa
Hän puhui uskon järkevyydestä ja lainasi 1400-luvulla eläneen Bysantin keisarin Manuel II Palaiologoksen lausuntoja. Paavi sanoi: "Näyttäkää minulle, mitä uutta Muhammed toi, niin siellä löydätte vain pahaa ja epäinhimillistä, kuten käskyn levittää miekalla uskontoa, jota hän saarnasi". Tämä lause sai muslimeilta ympäri maailmaa ankarat arvostelut, mukaan lukien Pakistanin parlamentti, joka tuomitsi paavin kommentit ja vaati häneltä anteeksipyyntöä. Puheen jälkeen Choudary johti 17. syyskuuta Westminsterin katedraalin ulkopuolella järjestettyä mielenosoitusta, jossa hän kertoi toimittajille: "Jokainen, joka loukkaa Muhammedin sanomaa, joutuu kuolemanrangaistukseen". Poliisit tutkivat hänen kommenttinsa, mutta päättivät, ettei mielenosoituksen aikana tehty "mitään olennaisia rikoksia". Varjo-sisäasiainministeri David Davis, joka oli vaatinut toimenpiteitä Choudaryta vastaan, sanoi: "Se on melko häpeällistä. Se lähettää viestin muslimeille, että meillä ei ole moraalista rohkeutta vastustaa heitä". On kuitenkin väitetty, että Choudary UK:n lainvalvontaviranomaisilla oli useita kertoja riittävästi todisteita pidättämiselle. Heitä estettiin tekemästä niin, koska hän oli keskeinen brittiläisten turvallisuuspalvelujen tutkimuksissa.