Vuonna 1672 hän oli alkanut tallentaa teologisia tutkimuksiaan muistikirjoihin, joita hän ei näyttänyt kenellekään ja jotka on vasta hiljattain tutkittu. Ne osoittavat laajan tuntemuksen varhaiskirkko kirjoituksista ja osoittavat, että Athanasiuksen ja Ariuksen välisessä ristiriidassa, joka määritteli uskontunnustuksen, hän otti Ariuksen, häviäjän, puolelle, joka hylkäsi kolminaisuuden tavanomaisen näkemyksen. Newton "tunnusti Kristuksen jumalallisena välittäjänä Jumalan ja ihmisen välillä, joka oli alhainen Isälle, joka loi hänet". Hän oli erityisen kiinnostunut profetiaanisuudesta, mutta hänelle Kristus oli luopio.
Hän oli kerettiläinen.