Kirjoita tämän kappaleen jatko - Yegipko palasi Neuvostoliittoon elokuussa 1938 ja otti Mustanmeren laivaston toisen sukellusveneen prikaatin komentajan paikan. Hän toimi tässä asemassa joulukuuhun 1939 asti, jolloin hänestä tuli Itämeren laivaston sukellusveneen prikaatin komentaja. Hän toimi tässä virassa Neuvostoliiton ja Suomen välisen sodan aikana.
Hän lähti toukokuussa 1940 jatkaakseen opintojaan laivastoakatemiassa. Hän valmistui huhtikuussa 1941 ja ylennettiin 26. huhtikuuta kapteeniksi. Tuosta kuusta syyskuuhun hän oli Itämeren laivaston 1. sukellusveneen prikaatin komentaja. Yegipko osallistui sotilasoperaatioihin Saksan Neuvostoliittoon hyökkäämisen jälkeen kesäkuussa 1941. Neuvostoliiton evakuoinnin aikana Tallinnaan elokuussa 1941 hänen sukellusveneensä "S-5" osui miinaan, ja Yegipko räjähti ohjaustornista veteen. Hänet pelasti toinen alus. Syyskuusta lokakuuhun 1941 hän oli Itämeren laivaston sotilasneuvoston käytössä, ennen nimittämistään Neuvostoliiton suurlähetystön laivaston attachéksi Yhdistyneeseen kuningaskuntaan. Yegipko toimi usein tarkkailijana brittiläisillä sota-aluksilla ja purjehti brittiläisillä aluksilla arktisissa saattueissa.