Elokuussa 1945 Brown nimitettiin kenraali Walter Kruegerin johdossa kuudennen armeijan apulaispäälliköksi. Kokeneena sotilasupseerina hän osallistui suunnittelemaan operaatiota Downfall, suunniteltua hyökkäystä Japaniin. Japanin keisarikunta
He antautuivat 2. syyskuuta 1945, ja operaatio peruttiin. Brownille myönnettiin pronssitähti -mitali suunnitteluun osallistumisestaan. Samalla hän osallistui myös Japanin miehittämiseen.