Tämän jälkeen Honner ryhtyi koulutukseen, jossa hän palveli australialaisen koulutuspataljoonan komentajana Lähi-idässä, jonne hänet lähetettiin lokakuussa 1941. Honner palasi Australiaan toukokuussa 1942. Hänet ylennettiin everstiluutnanttiksi ja lähetettiin Papuan, jossa hän sai komennon 39. pataljoonasta, joka osallistui epätoivoiseen kampanjaan japanilaisia vastaan Kokoda-reitillä.
- Mitä? Honner saapui Isuravaan 16. elokuuta 1942 ohjeineen pysäyttää japanilaisten eteneminen. Saavuttuaan pataljoonan sijaintiin Honner huomasi, että hänen uusi komennonsa oli jo tyhjentynyt trooppisten sairauksien ja aikaisempien taistelujen vuoksi, ja heitä oli paljon vähemmän.