Republikaanien vuoden 2016 esivaaleissa Estrosi myös tuki Sarkozyta puolueen ehdokkaana vuoden 2017 Ranskan presidentinvaaleissa. Kymmenen kuukautta ennen vaaleja hän ja muut paikalliset konservatiivit kritisoivat aggressiivisesti sisäministeri Bernard Cazeneuve'ta kansallisen poliisin läsnäolon voimasta vuonna 2016 Nizzan rekkahyökkäyksen iltana.
- Mitä? Fillon-asiaan liittyen Estrosi liittyi maaliskuussa 2017 Xavier Bertrandin, Valérie Pécresseen ja muihin, jotka vaativat Alain Juppé'ta korvaamaan François Fillonin puolueen ehdokkaana. Hän tapasi myös Emmanuel Macronin kampanjan aikana.