Thomson liittyi Skotlannin kansalliseen puolueeseen 16-vuotiaana vuonna 1981. Hänestä tuli tunnettu Skotlannin itsenäisyysäänestyskampanjan aikana
"Kyllä" -kampanjan kanssa. Hänet valittiin Edinburgh Westin parlamentin jäseneksi vuonna 2015 3 210 äänen enemmistöllä ja 39 prosentin äänimäärällä. The Sunday Post kuvaili häntä yhtenä SNP:n edustajista, jota pitää seurata uudessa parlamentissa. "The National" kuvaili Thomsonia "tuoreksi hengitykseksi" hänen laajan elämänkokemuksensa valossa.