Kovalainen vetäytyi ensimmäisessä mutkassa Mark Webberin kanssa sattuneen törmäyksen takia. Malesiassa hän pyörähti pois ensimmäisellä kierroksella taistellessaan Hamiltonin ja Massan kanssa. Kiinassa hän teki kauden ensimmäiset pisteensä viidenneksi. McLaren kehitti autoa vähitellen ja tulokset alkoivat parantua. Kovalainen oli kahdeksas Saksassa ja viides Unkarissa.
Hänen paras tuloksensa oli neljäs paikka. Tämän jälkeen tuli kuudes paikka Spaa ja Monzaa ja seitsemäs Singaporessa. Hän lopetti kauden 22 pisteellä, kun hänellä oli viisi eläkkeelle jäämistä, mikä jätti hänet 12. sijalle mestaruudessa. Marraskuun 18. päivänä ilmoitettiin, että hiljattain kruunattu maailmanmestari Jenson Button oli allekirjoittanut monivuotisen sopimuksen Hamiltonin joukkuetoverina, jättäen Kovalaisen ilman 2010 F1-ajon.