Carlin komensi seuraavan puolitoista vuoden ajan - XX armeijan 2. prikaattia. Hän osallistui Tullahoman kampanjaan ja Chickamaugan taisteluun. Syksyllä 1863 hän taisteli
Lookout Mountain ja Missionary Ridge Chattanoogan taisteluiden aikana. Kesällä 1864 hän johti prikaattiaan Atlantan taistelussa ja otti lyhyen lomaa kampanjan aikana palatakseen Illinoisiin naimisiin. Hänet ylennettiin divisioonan komentajaksi ennen Jonesboron taistelua syyskuussa. Hän osallistui sitten Shermanin marssiin mereen ja Savannahin valloitukseen Georgiassa.