Saari valloitettiin japanilaisten toimesta vuoden 1942 alussa. Amerikan joukot valloittivat Morotain eteläisen tasangon syyskuussa 1944 Morotain taistelussa.
, ja käytettiin asemipaikkana liittoutuneiden hyökkäyksessä Filippiineille vuoden 1945 alussa ja Borneossa saman vuoden toukokuussa ja kesäkuussa. Japanilainen sotilas Teruo Nakamura löydettiin Morotain viidakosta vuonna 1974, yhtenä toisessa maailmansodassa sotilaisista, jotka pitivät kiinni Japanin armeijan antautumisen jälkeen.