Bergoglio valittiin paaviksi 13. maaliskuuta 2013, vuoden 2013 paavinkonklavin toisena päivänä.
Hän otti nimekseen Franciscus. Franciscus valittiin konklavin viidennessä äänestyksessä. "Habemus papam" -ilmoituksen esitti kardinaaliprotodiakoni Jean-Louis Tauran. Kardinaali Christoph Schönborn sanoi myöhemmin, että Bergoglio valittiin seurauksena kahdesta yliluonnollisesta merkistä, joista toinen konklaavissa ja siksi luottamuksellinen, ja Schönbornin latinoamerikkalainen pari ystäviä, jotka kuiskasivat Bergoglion nimeä Schönbornin korvaan; Schönborn kommentoi: "jos nämä ihmiset sanovat Bergoglio, se on merkki Pyhästä Hengestä".