CER:n eteläosa, joka tunnettiin nimellä Japanin Etelä-Manschurian rautatie vuodesta 1906, tuli paikkakunnaksi ja osittain "casus belli" Venäjän ja Japanin väliseen sotaan 1904-1905, Kiinan ja Neuvostoliiton väliseen konfliktiin 1929
, ja toinen Kiinan-Japanin sota 1937-1945. Neuvostoliitto palautti Kiinan itäisen rautatiejärjestelmän Kiinan kansantasavallalle vuonna 1952.