Espanjan keisarikunta valloitti alueen 1500-luvulla ja perusti varakuningaskunnan, joka kattoi suurimman osan Etelä-Amerikan alueistaan ja jonka pääkaupunki oli Lima. Korkea-asteen koulutus alkoi Amerikassa vuonna 1551, kun Limaan perustettiin virallisesti San Marcosin kansallinen yliopisto. Peru julisti virallisesti itsenäisyytensä vuonna 1821, ja José de San Martínin ja Simón Bolívarin ulkomaisten sotilaskampanjoiden ja Ayacuchon ratkaisevan taistelun jälkeen Peru valmistui itsenäisyydestään vuonna 1824. Seuraavina vuosina maa nautti suhteellisesta taloudellisesta ja poliittisesta vakaudesta, joka päättyi pian ennen Tyynenmeren sotaa (1879-1884) Chileen. Koko 1900-luvulla Perussa käytiin aseistettuja alueellisia kiistoja, vallankaappauksia, yhteiskunnallisia levottomuuksia ja sisäisiä konflikteja
, sekä vakauden ja talouden nousun kausia. 1990-luvulla maassa otettiin käyttöön uusliberaali talousmalli, jota käytetään edelleen. Sen jälkeen Perussa on ollut jatkuvaa talouskasvua ja eriarvoisuuden vähenemistä.