MP4/6 ajoi koko ajan manuaalisella H-vaihteella. Puoliautomaattinen vaihteisto testattiin kauden aikana (ja näytettiin Unkarin Grand Prix -kilpailussa
; sen varustama auto ajoi 4 kierrosta radalla ennen kuin Senna kierteli pois; autoa muutettiin sitten takaisin manuaaliseksi), mutta sitä ei koskaan pidetty riittävän hyväksi käytettäväksi kisoissa; Ferrari ja Williams olivat ainoat joukkueet, jotka käyttivät puoliautomaattisia vaihteistoja vuonna 1991. MP4/6 oli viimeinen Formula 1:n auto, joka voitti maailmanmestaruuden käsikäyttöisellä vaihteistolla tai V12-moottorilla.