Vuoden 1990 MM-kisojen jälkeen maajoukkueen valmentaja Óscar Tabárez korvattiin Luis Cubillalla, joka oli valmentanut alikoettua Francescolin River Platilla, kun Francescoli oli ensimmäisen kerran saapunut klubiin vuosia aiemmin. Cubilla toi tuolloin Uruguayn faneille voimakkaan kansallismielisyyden tunteen, erityisesti katkeruutta maan urheilijoita kohtaan, jotka pelasivat Euroopassa, ja jopa vihjasi, että Francescoli ja myös Rubén Sosa, Carlos Aguilera ja Oscar Herrera olivat "dinheiristas" ("palkkasoturit"). Pelästyneinä he kieltäytyivät pelaamasta, jos Cubilla ei perunut kommenttejaan, ja nämä pelaajat jätettiin pois Copa América -kisoista vuonna 1991. Ilman "eurooppalaisia" tähtiä Uruguay romahti ensimmäisellä kierroksella. Vuoden 1993 turnaukseen mennessä
Pelaajat oli jo kutsuttu takaisin joukkueeseen. Vaikka Cubilla oli kutsunut hänet joukkueeseen, Francescoli jäi penkille koko turnauksen ajan, ja Uruguay petti jälleen kerran, kärsiten neljännesvaiheessa. Myöhemmin samana vuonna Francescoli esiintyi ystävällisessä ottelussa ensimmäistä kertaa "Celesten" puolella monen vuoden kuluttua. Sillä välin eteläamerikkalainen Argentina voitti molemmat vuoden 1991 ja 1993 turnaukset, ohittaen Uruguayn joukkueena, jolla on eniten Copa América -tittelit (14).