Kirjoita jatko tähän kappaleeseen - Sen jälkeen kun Mississipin osavaltio erosi juuri ennen sisällissodan alkua, Barksdale erosi kongressista tullakseen Mississipin miliisin adjutantti kenraaliksi ja sitten kwartierimaisteri kenraaliksi, prikaattigeneraalin virassa, päivämäärällä 1. maaliskuuta 1861. 1. toukokuuta hänet nimitettiin 13th Mississippin jalkaväkijoukkueeseen, jonka hän johti ensimmäisen taistelun Bull Runin kesällä ja Ball's Bluffin taistelun lokakuussa. Seuraavana keväänä hän vei rykmenttinsä Virginian niemimaan ja taisteli niemimaan kampanjassa ja Seitsemän päivän taisteluissa. Kun hänen prikaatin komentajansa Richard Griffith haavoittui Savage's Stationin taistelussa
29. kesäkuuta 1862 Barksdale otti prikaatin komennon ja johti sitä sankarilliseen, mutta veriseen ja turhaan hyökkäykseen Malvern Hillin taistelussa. Ryhmästä tuli tunnettu nimellä "Barksdalen Mississippi-ryhmä". Hänet ylennettiin prikaatin kenraaliksi 12. elokuuta 1862.