Brysselin vapaa yliopisto perustettiin Belgian vapaana yliopistona (Université libre de Belgique) 20. marraskuuta 1834 Belgian itsenäistymisen jälkeen.
Vuonna 1830. Belgialla oli ollut kolme valtionyliopistoa Leuvenissa, Gentissä ja Liegessä hollantilaisen vallan aikana, mutta vallankumous ja jatkuvat vihamielisyydet hollantilaisten kanssa olivat häirinneet opetusta laajalti. Jo vuonna 1831 "Les Amis philanthropes" -loosin belgialaiset vapaamuurarit olivat harkinneet uuden yksityisen yliopiston perustamista. Uutiset siitä, että Mechelenin katolinen yliopisto oli pian perustettavana, herättivät aloitteen uudelleen niiden keskuudessa, joilla oli kirkonvastaisia ajatuksia, erityisesti vapaamuurarien, liberaalien ja muiden vapaamielisten keskuudessa. Pierre-Théodore Verhaegen ja Auguste Baron johtivat uuden laitoksen varainkeruun huhtikuusta 1834 alkaen. Se perustettiin virallisesti 20. marraskuuta 1834 Brysselissä sijaitsevassa entisessä Kaarle Lorraine'n palatsissa pormestari Nicolas-Jean Rouppen avulla. Sen perustamispäivää muistelevat vuosittain sen seuraajaoppilaitosten opiskelijat nimellä "St V".