Hän sai yhä paremman maineensa puolustuspelaajana. Matheny voitti Kultaiset hanskat Cardinalsien kanssa vuosina 2003 ja 2004. Hänen puolustuksellinen panoksensa auttoi St. Louisia pääsemään postseasonille neljässä hänen viidestä vuodestaan joukkueen kanssa, mukaan lukien National League pennantin vuonna 2004.
- Mitä? 1. elokuuta 2002 ja 4. elokuuta 2004 välisenä aikana Matheny pelasi 252 ottelussa tekemättä virhettä, mikä oli uusi Major League -ennätys.