Tammikuussa 1942 Houghton nimitettiin 40 Commando -ryhmän varapäälliköksi ja osallistui epäonnistuneeseen Dieppelle tehdyyn hyökkäykseen.
19. elokuuta 1942. Saksalaiset vangitsivat hänet. Sodan vankina Houghton oli kahleissa 411 päivää ja jäi vankeuteen lopun sodan. Hänelle myönnettiin myöhemmin sotilaallinen risti hänen rohkeudestaan Dieppessä ja hänen kestävyydestään sotavankina.