Kiernan halusi liittyä taistelujoukkoihin - ja siitä syystä hänet nimitettiin majuriksi. Toukokuussa 1863 Port Gibsonissa
Hänet haavoitettiin vasempaan keuhkoon ja jätettiin kentälle kuolemaan. Hänet löydettiin ja vangittiin, mutta hän pakeni takaisin liittojoukkojen luo ja erosi virastaan. 1. elokuuta 1863 presidentti Abraham Lincoln nimitti hänet vapaaehtoisten prikaattikomentajaksi, ja hän komensi aseman Miliken's Bendissä Mississippissä. Taistelukentällä saamansa haavojen johdosta sairaus pakotti hänet kuitenkin eroamaan 3. helmikuuta 1864.