Linscott nimitettiin operaatio- ja koulutusupseeriksi Atlantin laivaston amfibiojoukkojen päälliköksi kenraalimajuri Holland Smithin johdolla ja ylennettiin everstikseksi lokakuussa 1941. Yhdysvaltojen toisen maailmansodan jälkeen Linscott määrättiin Etelä-Tyynenmeren alueelle kesäkuussa 1942 ja liitettiin amfibivoimien komentajan henkilökuntaan, joka oli varamiraali Richmond K. Turnerin alaisuudessa. Linscott nimitettiin apulaispäälliköksi ja osallistui useisiin suuriin kampanjoihin Salomonsaarilla.
, New Georgia, Bougainville ja Gilbert- ja Marshallsaaret. Hän pysyi Turnerin henkilökunnan jäsenenä, kun South Pacificin amfibio-joukko muutettiin kolmanneksi amfibio-joukoksi ja erottui tuossa ominaisuudessa. Hän sai myöhemmin kaksi Legion of Merit -palkintoa palveluksestaan.