Kirjoita jatko tähän kappaleeseen - Suuri maanjäristys vuonna 1755
Se vaurioitti suurta osaa Portugalissa ja tuhosi osan linnoituksesta, joka myöhemmin korjattiin. Vuonna 1773 tehtiin linnoituksen sisäpuolella sijaitsevan Santa Barbaran kappeliin tehtäviä remontointeja. Pian sen jälkeen valmistettiin tarkastusraportti, joka kommentoi kielteisesti sen tilaa, ja vuonna 1800 rakennettiin uusia pattereita, jotta laskeutuminen satamaan olisi vaikeampaa, ja myös linnoituksen varjo, joka oli suunnattu mereen, nostettiin korkeuteen. Toteutetun työn laajuus aiheutti taloudellisia ongelmia paikallisille ihmisille, jotka pyysivät ja saivat apua kuningatar Marialta I. Vuonna 1807 tehtiin lisää laajoja parannuksia. Kuitenkin linnoitus osoittautui tehottomaksi joulukuussa 1807 niemimaan sodan aikana, kun ranskalais-espanjalaiset joukot purjehtivat Penicheen. Englantilaisten ja portugalilaisten joukkojen tappion jälkeen sitä pidettiin lyhyesti vuonna 1810 mahdollisena brittien joukkojen nousupisteenä, jos uusi ranskalainen hyökkäys tekisi sen tarpeelliseksi. Vuonna 1815 pidetyn Wienin kongressin jälkeen, joka vakiinnutti rauhan Euroopassa, linnoitus hylättiin. Penichen väestönkasvun aiheuttaman kaupunkikehityksen vuoksi tietyt osat purettiin. Vuonna 1824 se muutettiin väliaikaisesti vankilaksi ja sitä käytettiin poliittisten vankien pidättämiseksi. Portugalin sisällissodan (1828-1834) aikana se vallattiin uudelleen, mutta kun liberaalit miehittivät Berlengasin linnoituksen vuonna 1833, absoluutistiset joukot lähtivät Penichestä. Vuonna 1837 asepulverin räjähdys linnoituksen sisällä johti väkivaltaiseen tulipaloon, joka tuhosi täysin kuvernöörin talon. Vuonna 1871 linnoituksen kuvernööri raportoi sen huonosta tilasta, ja jonkin verran restaurointia tehtiin.