Täytä seuraava lause: Doherty aloitti kauden 2012-13 häviämällä 4<unk>5 Stuart Binghamille Wuxi Classic -turnauksen toisessa kierroksessa ja 3<unk>5 Martin Gouldille Australian Goldfields Open -turnauksen ensimmäisessä kierroksessa. Lopulta hän kokoaa ensimmäisen virallisen 147 paikan urallaan 2012 Paul Hunter Classic -turnauksessa Saksassa Julian Treiberiä vastaan ensimmäisen kierroksen voiton aikana. Hän pääsi neljännesfinaaliin ja hävisi Mark Selbylle 0:4. Doherty hävisi Shanghai Mastersin ja vuoden 2012 UK Championship -kilpailun kvalifikatiossa eikä päässyt kansainvälisen mestaruuden wildcard-kierroksen yli. Viidennessä Euroopan kiertueessa
Scottish Openissa hän voitti Luca Brecelin ja Ryan Dayin ja pääsi semifinaaliin, jossa hän hävisi Ding Junhuille 2:4. Doherty pudotettiin Peter Linesin eliminoimasta Saksan mestaruuden ensimmäisellä kierroksella, mutta sitten hän saavutti kauden parhaan suorituksensa Welsh Openissa. Hän voitti neljänkertaisen maailmanmestarin John Higginsin 4x1 ja Tom Fordin 4x3 voittaakseen neljännesfinaalin. Hän johti Stuart Binghamia 2-0, mutta joukko epäonnistuneita potteja näki Dohertyn menettävän itseluottamuksensa ja hän menetti 3-5. Hänen edellä mainittu juoksunsa Scottish Openin semifinaaliin auttoi häntä pääsemään 16. sijalle PTC: n arvostusjärjestyksessä, jotta hän pääsi yhdeksi 26 parhaan pelaajan joukosta finaaliin, mutta hän hävisi Kurt Maflinille 2 × 4 ensimmäisessä kierroksessa. Doherty melkein onnistui palaamaan Matthew Seltia vastaan maailmanmestaruuskilpailun viimeisellä kierroksella, kun hän tasoitti 4:9:sta alas 9:9:een, mutta menetti ratkaisevan kehyksen. Tuloksena oli, että tämä oli ensimmäinen kausi, jossa Doherty ei ollut esiintynyt missään snookerin Triple Crown -tapahtumassa. Doherty nosti rankingissaan kahdeksan sijaa kauden aikana ja päätti maailman 27. sijalla.