Kirjoita jatko-osa tähän kappaleeseen - Etninen konflikti alkoi puhjeta esiin alueella. 5. kesäkuuta 1919 Azerbaidžan ja kurdit tappoivat 600 armenialaista, jotka asuivat Shushan ympärillä olevissa kylissä. Sultanov sanoi, ettei hän valvonut niitä sääntöjenvastaisia. Elokuussa 1919 Karabachin kansallinen neuvosto joutui solmimaan väliaikaisen sopimuksen Azerbaidžanin hallituksen kanssa, jossa tunnustettiin Azerbaidžanin hallituksen auktoriteetti, kunnes Karabachin vuoristoisen osan kysymys ratkaistiin Pariisin rauhankonferenssissa. Sopimuksen allekirjoittamisesta huolimatta Azerbaidžanin hallitus rikkoi jatkuvasti sopimuksen ehtoja ja ryhtyi vielä ankarampiin toimenpiteisiin armenialaisia vastaan. Pääkuvernööri Sultanov keräsi joukkoja alueelle ja 19. helmikuuta 1920 antoi armenialaisille uhkavaatimuksen hyväksyä ehdottoman yhdistymisen Azerbaidžaniin, ja sitten teurasti useiden armenialaisten kylien, mukaan lukien Khankendin, väestön. Vähemmistö Karabaghin kansallisneuvoston edustajista kokoontui Shushaan hyväksymään Sultanovin vaatimukset, kun taas loput kokoontuivat läheisessä Shushikendissä hylkäämään ultimatumin. Riita huipentui armenialaisten kapinaan, jonka Azerbaidžanin armeija tukahdutti. Brittiläinen toimittaja kertoi maaliskuun lopulla 1920, että armenialainen puoli poliiseista murhasi Azerbaidžanin puolikkaan jälkimmäisen perinteisten Novruz Bayramin juhlallisuuksien aikana. Armenian yllätyshyökkäys oli Armenian tasavallan joukkojen organisoima ja koordinoima. Azerbaidžanin suuttumus tämän yllätyshyökkäyksen johdosta johti lopulta koko armenialaisten joukkomurhaan ja karkottamiseen maaliskuussa 1920
, jossa 500-20 000:ta Shushan armenialaisväestöstä tapettiin, ja monet pakenivat ja kaupungin armenialainen puoli tuhottiin.