Vuoden 1945 lopulla Yhdysvaltain sukellusveneet lähettivät saarelle australialaisia kommandosot, joiden mukana oli liittolaisten Z-erityisryhmä, joka suoritti tiedustelutoimia ja koulutti tuhansia alkuperäiskansoja taistelemaan japanilaisia vastaan partioita Borneon taistelussa valmistautuen liittoutuneiden pääasiallisten vapautusoperaatioiden saapumiseen. Pohjois-Borneon ja Labuanin purkamisen jälkeen
10. kesäkuuta 1945 australialaisten ja amerikkalaisten joukkojen yhdistelmä vapautti Borneon. Brittiläinen sotilashallinto otti virallisesti vallan japanilaisilta 12. syyskuuta 1945.