Meksikon ja Yhdysvaltojen välisen sodan syttyessä kesäkuussa 1846 Van Buren nimitettiin armeijaan majuriin. Van Buren toimi kenraalit Zachary Taylorin ja Winfield Scottin avustajana ja osallistui Contrerasin taisteluun, Monterreyn taisteluun,
Veracruzin piiritys, Cerro Gordon taistelu ja Churubuscon taistelu.