Prudnikova pelasi Venäjän maajoukkueessa naisten shakkiolympiadoissa vuosina 1992 ja 1996, jolloin hän pääsi kolmanneksi. Hän edusti omaksumaansa Jugoslaviaa vuosina 2000, 2002 ja 2004, ja auttoi joukkuettaan saavuttamaan kunniallisen 5. sijan 34. shakkiolympialaisissa.
vuonna 2000. Hän voitti kaksi olympiakisojen kultamitallia kahdessa tilanteessa: 1992 ja 2002.