Schlesingerin irtisanomisen tärkein syy oli hänen tottelemattomuutensa presidentti Fordia kohtaan. "Mayaguezin" tapahtuman aikana
Ford määräsi useita hyökkäyksiä Cambodgiaa vastaan. Schlesinger kertoi Fordille, että ensimmäinen isku oli tehty, mutta Ford sai myöhemmin tietää, että Schlesinger, joka oli eri mieltä määräyksestä, ei ollut toteuttanut mitään niistä. Bob Woodwardin vuoden 1999 kirjan "Shadow" mukaan Ford antoi tapauksen olla, mutta kun Schlesinger teki lisää tottelemattomuutta muissa asioissa, Ford lopulta erotti hänet. Woodward huomauttaa: "Yhdysvallat oli juuri hävinnyt sodan ensimmäistä kertaa.... Se, ettei presidentti ja puolustusministeri päässyt sopimukseen siitä, kuka on johdossa, oli kauhistuttavaa. Tämä julkinen romahdus sotilaskomennossa oli - ehkä Fordin presidenttiyden merkittävin skandaali". Schlesinger oli myös tottelematon Fordille, kun hän sai käskyn lähettää mahdollisimman monta sotilaslentokonetta evakuoimaan Etelä-Vietnamia. Schlesinger oli eri mieltä ja ei lähettänyt konetta. Woodward sanoo, että vaaleilla valittu presidentti, jollainen Ford ei ollut, - ei olisi koskaan suvainnut tottelemattomuutta.