Coulthard pysyi Red Bullissa vuonna 2006 ja Klien jatkoi hänen kumppanuuttaan. Coulthard aloitti kauden vetäytymisillä Bahrainissa.
Seuraavassa kisoissa Malesiassa hän oli kymmenes. Seuraavat kolme kilpailua Coulthard pääsi pisteiden ulkopuolelle, kun hän vetäytyi peräkkäin San Marinosta ja Nürburgringistä. Coulthard varmisti Red Bull Racingille ensimmäisen palkintotason, kun hän pääsi kolmanneksi Monacossa. Hän onnistui saamaan pisteet kymmenessä seuraavassa kilpailussa, joihin hän osallistui, mukaan lukien pisteet Kanadassa, Yhdysvalloissa ja Unkarissa.