Marquez on kolmanneksi eniten pelipaikkoja ottanut pelaaja Meksikon maajoukkueen historiassa, hän on ottanut 147 pelipaikkaa koko uransa ajan. Vuonna 2018 hänestä tuli vain neljäs pelaaja, joka pelasi maajoukkueensa puolesta viidessä peräkkäisessä FIFA-maailmancup-tapahtumassa, maanmiehensä Antonio Carbajalin, Lothar Matthäuksen ja Gianluigi Buffonin rinnalla. Hän esiintyi turnauksen 2002, 2006, 2010, 2014 ja 2018 -tapahtumissa. Hän on myös meksikolainen pelaaja, jolla on eniten pelattuja MM-otteluita 19: llä. Kansallisjoukkueessa Márquez voitti vuoden 1999 FIFA Confederations Cupin ja vuoden 2003 ja 2011
CONCACAF:n kultakappaleen editoinnit.