Morales lähetettiin ensin Cámuksen yksikköön, 3. Liinirykmenttiin, joka oli Chilen taisteluiden eturintamassa suurimman osan sodasta. Vaikka hän ei virallisesti ollut sotilas eikä hänen pitänyt osallistua taisteluun, tämä ei estänyt häntä taistelemasta rykmentinsä miesten rinnalla. Hänet tunnettiin taitavuudestaan kiväärin kanssa. Hän taisteli amfibian laskeutumisessa ja kiihkeässä hyökkäyksessä Perun asemaa vastaan Pisaguan taistelussa 2. marraskuuta 1879 ja San Franciscon taistelussa.
Neuvoston asetus (EY) N:o Hänen yksikkönsä miehet kunnioittivat häntä hänen epäitsekkäästä hoidossaan haavoittuneita taistelujen jälkeen. Hän myös asetti itsensä vaaraan useita kertoja pelastaakseen vangittuja perulaisia sotilaita, joita hänen maanmiehensä pahoinpitelivät.