Shackleton syntyi Kilkeassa, Kildaren piirikunnassa, Irlannissa, ja hänen anglo-irlantilainen perheensä muutti Sydenhamiin Lontoon eteläosissa, kun hän oli kymmenvuotias. Shackletonin ensimmäinen kokemus polaarisista alueista oli kapteeni Robert Falcon Scottin "Discovery" -retkellä 1901-1904, josta hänet lähetettiin kotiin aikaisin terveydellisistä syistä, kun hän ja hänen toverinsa Scott ja Edward Adrian Wilson olivat asettaneet uuden eteläisen ennätyksen marssimalla leveyspiireille 82 ° S. Nimrod-retkellä
Vuonna 1907-1909 hän ja hänen kolme seuralaistaan asetti uuden ennätyksen etäisimmälle eteläiselle leveysasteelle 88°S, vain 97 maantieteellistä mailia (112 lakimiestä tai 180 kilometriä) eteläiseltä pohjoisnavalta, suurin eteneminen pohjoisnavalle tutkimushistoriassa. Hänen ryhmänsä jäsenet kiipesivät myös Erebus-vuorelle, joka on Antarktiksen aktiivisin tulivuori. Kun Shackleton palasi kotimaahan, kuningas Edward VII korotti hänet ritariksi näistä saavutuksistaan.