Walker vietti alkuaan laivastossa Englannin vesillä vuoden 1779 hyökkäyksen aikana, ja sitten Pohjois-Amerikan vesillä, missä hän näki sodan ratkaisevimmissa laivastotaisteluissa, erityisesti Chesapeakessa, St.
Pyhät. Hän saavutti luutnanttin aseman ennen vihollisuuksien loppumista ja vietti sotavuosien välisen ajan matkustamassa mantereella. Palattuaan palvelukseen sodan puhjettua ranskalaisten kanssa hän osallistui jälleen moniin ajankohdan tärkeimpiin laivasto-operaatioihin, ja hänen palveluksensa Glorious First of June -taistelussa varmisti hänen ylennyksensä omiin komentoihinsa. Hänen uransa oli melkein lopussa, kun häntä syytettiin käskyjen noudattamatta jättämisestä, mikä johti hänen erottamiseen laivastosta, mutta hänet palautettiin ajoissa kehittämään suunnitelmaa Spitheadin ja Noren kapinoiden alistamiseksi. Hän komensi yhtä alusta Camperdownin taistelussa ja toista Kööpenhaminan taistelussa, ja Nelson ylisti häntä teoistaan.