Taffarel teki debyyttinsä Brasilian puolella 7. heinäkuuta 1988 Australian Bicentenary Gold Cupissa pelaamalla kaikki neljä peliä ja ottamalla kaksi maalia joukkueensa voittaessa turnauksen. Hän pelasi myös seuraavan vuoden Copa América -kisoissa.
, jonka Brasilia myös voitti (kymmenen vuoden kansainvälisen uransa aikana hän esiintyi viidessä viimeksi mainitun turnauksen painossa, voittaen tittelin toistamiseen vuonna 1997 ja keräämällä toiseksi sijoituksen mitaleja vuosina 1991 ja 1995). Vuonna 1988 Seulin kesäolympialaisissa hän voitti hopeamitalin pelastaen kolme rangaistusta Länsi-Saksaa vastaan turnauksen puolifinaaleissa: yksi säännöllisessä ajassa ja kaksi Brasiliassa onnistuneessa ampumisessa. Hän oli myös Brasilian joukkueen jäsen, joka osallistui vuoden 1990 FIFA:n maailmanmestaruuskilpailuun Italiassa, jossa Brasilia pudotettiin kahdeksankymmenen kierroksessa, kun se hävisi 1-0 kilpailijoilleen ja puolustaville mestareille Argentiinalle. Taffarel myönsi vain kaksi maalia koko turnauksessa.