Japanilaiset joukot koostuivat kahdesta laivastosta, jotka osallistuivat kahteen operaatioon.
(Aleutian saarille) ja Operaatio MI (Midwaylle). Alla olevassa luettelossa on kaikki operaatio MI:hen määrätyt alukset, mutta vain Nagumon ensimmäinen kannoinlaivayksikkö ja Kuritan Midwayn tukiryhmä osallistuivat Midwayn taisteluun.