Deschamps aloitti uransa Monaco-joukkueessa ja auttoi joukkuetta voittamaan Coupe de la Ligue -mestaruuden vuonna 2003 ja pääsi UEFA Champions League -finaaliin vuonna 2004. Hänet nimitettiin Ligue 1:n vuoden manageriksi vuonna 2004. Vuoden 2006-07 kaudella hän auttoi entistä joukkuettaan Juventusia voittamaan Serie B -tittelin ja palaamaan Serie A:han edellisen kauden alentamisen jälkeen. Myöhemmin hän johti toista entistä klubiansa, Marseilleä, jossa hän voitti Ligue 1-tittelin kaudella 2009/10, sekä kolme peräkkäistä Coupe de la Ligue -tittelistä vuosina 2010 ja 2012 sekä peräkkäisiä Trophée des Champions -tittelit vuonna 2010.
ja vuonna 2011.