Japan valloitti Penghu-saaret ensimmäisen kiinalais-japanilaisen sodan aikana ja sai Taiwanin hallintaansa sen päätyttyä vuonna 1895. Rannikon itäisen puolen hallintaa käytettiin Etelä-Kiinan rannikon hallintaan toisen maailmansodan aikana. Tämä salmi suojeli japanilaisia tukikohtia ja teollisuutta Taiwanissa kiinalaisten hyökkäyksiltä ja sabotoinnilta. Vuonna 1944 Formosa-ilmasodassa Yhdysvaltojen Tyynenmeren laivasto saavutti ilmavoimansa lentotukialuksilta ja Filippiinien tukikohdilta. Tämän jälkeen pommitukset jatkuivat Japanin antautumiseen asti.
Vuonna 1945. Kommunistisen PLA:n nopea eteneminen vuonna 1949 aiheutti hallituksen vetäytymisen Taiwanin salmen yli.