Duncan syntyi ja varttui Chanceford Townshipissä Pennsylvanian kaakkoisosassa, joka rajoittuu laajaan Susquehanna-joelle. Hänet nimitettiin Yhdysvaltain sotilasakatemiaan 1. heinäkuuta 1845 ja valmistui West Pointista kesäkuussa 1849. Hän oli hyvä oppilas ja sijoittui viidenneksi 43 oppilaan luokassa. Korkean akateemisen asemansa ansiosta hänet ylennettiin toiseksi luutnanttiksi ja määrättiin Yhdysvaltain 2. tykistöjoukkoon saman vuoden heinäkuussa. Pian sen jälkeen, lokakuun 31. päivänä, hänelle annettiin täydellinen luutnantti-arvo ja hänet siirrettiin kolmanteen tykistöjoukkoon. Hän oli ensimmäisessä taistelussa Floridan vihollisuuksissa.
Seminole-intiaaneja vastaan.