Vuonna 1978 hän voitti republikaanien esivaalit varakuvernööriksi ja myöhemmin samana vuonna hänestä tuli Pennsylvaniaan nuorin koskaan valittu varakuvernööri. Hänen kaksoisroolinsa kuvernöörin energianeuvoston puheenjohtajana ja Pennsylvanian hätätilanteen hallintoneuvoston puheenjohtajana - asetti hänet Three Mile Islandin kriisin keskiöön.
Vuonna 1979. Scranton palkkasi Nat Goldhaberin, Transsendenttisen Meditaation liikkeen jäsenen, hänen ylimmäksi avustajakseen Harrisburgissa. Vuonna 1982 hänet valittiin yksimielisesti varakuvernöörien kansallisen konferenssin puheenjohtajaksi.