Kirkland nimitettiin kapteeniksi Konfederaation armeijaan, ja hänet valittiin sitten 11. Pohjois-Carolinan vapaaehtoisten everstiksi, myöhemmin nimitettiin 21. Pohjois-Carolinaksi, kesäkuussa 1861. Hän komensi rykmenttiään First Manassasissa osana prikaattigeneraali Milledge Bonhamin prikaattia, mutta ei ollut merkittävästi mukana. Lokakuussa 21. Pohjois-Carolinasta oli liitetty Isaac Trimblein prikaattiin ja seuraavana keväänä hän osallistui Stonewall Jacksonin Shenandoahin laakson kampanjaan. Kirklandia ammuttiin molempiin reisiin ensimmäisen Winchesterin taistelun aikana.
Hänet on poistettu käytöstä kuukausiksi. Toipumisensa aikana Kirkland toimi Patrick Cleburnen henkilöstöpäällikkönä Murfreesboron kampanjan aikana joulukuussa 1862.