Japanilaiset tulivat sotaan joulukuussa 1941 - ja kun he etenevät etelään kohti Papuaa, 49th löysi itsensä ilmahyökkäyksen kohteena. Koko Kokoda Track -kampanjan aikana
, yritettiin lentää pataljoonan osia Kokodaan tukemaan 39. pataljoonaa Kokodan taistelussa, mutta tämä osoittautui epäonnistuneeksi. Myöhemmin 49. pataljoonan joukot liittyivät Honner Force -joukkoon, joka oli erikoisyksikkö, jonka tehtävänä oli tehdä pitkän matkan partioita Goldie-joen varrella estääkseen japanilaisia leikkaamasta raiteita, kun taas loput pataljoonasta perustivat seisovaa partioita Goldie- ja Laloki-joen välillä. Vaikka japanilaisten kanssa ei ollut yhteyksiä, taistelutilanne auttoi sotilaiden näkemyksiä ja moraalia. Viimeisten kuukausien aikana pataljoonan voima oli kasvanut, ja syyskuuhun 1942 mennessä sillä oli 37 upseeria ja 818 muuta virkaa, mukaan lukien 12 upseeriä, jotka oli lähetetty kokeneilta Australian Imperial Forcen yksiköiltä elokuussa. Pataljoona jatkui laajentumistaan koko lokakuun ja marraskuun ajan, jolloin yli puolet sen henkilöstöstä oli vapaaehtoisesti siirtynyt AIF: hen. Koulutusmahdollisuudet olivat kuitenkin rajalliset, vaikka valmistelut tehtiin yksikön lähettämiseksi taisteluun. Tuolloin pataljoonan konekiväärikomppania erotettiin ja useiden muiden miliisin konekiväärikompanioiden kanssa se käytettiin muodostamaan 7. konekiväärikomppaniaa.