Kościan vangittiin ruotsalaisten aikana Ruotsin hyökkäys Puolaan ("Ruotsin tulva")
Vuonna 1655, mutta se vangittiin pian uudelleen Krzysztof Żegockin johtamalla partiisa-yksiköllä. Kaupunki kärsi edelleen ruotsalaisista ja venäläisistä hyökkäyksistä 1700-luvulla, ja se liitettiin Preussin puolelle Puolan toisessa jakoon vuonna 1793. Puolan suurpuolainen kapina vuonna 1794 alkoi Kościanissa. Vuonna 1807 kaupunki tuli osa lyhytaikaista Puolan Varsovan herttuakuntaa, ennen kuin Preussin liitti sen uudelleen vuonna 1815, ja se palautettiin Puolalle sen jälkeen, kun maa sai itsenäisyytensä vuonna 1918.