Zeman vaati YK:n turvallisuusneuvoston johtamaa yhtenäistä aseellista operaatiota Islamilaista valtiota (ISIL) vastaan. Kesäkuussa 2015 Zeman kommentoi: "Jos Euroopan maat hyväksyvät maahanmuuttajien aallon, heidän joukossaan on terroristiryhmiä, joista myös Libyan ministeri on varoittanut. Hyväksymällä maahanmuuttajat helpotamme voimakkaasti Islamilaisen valtion laajentumista Eurooppaan". Zeman kuvaili Lähi-idän pakolaisia, jotka saapuvat Eurooppaan.
"organisoiduksi hyökkäykseksi". Syyskuussa 2015 Zeman hylkäsi Euroopan unionin ehdotuksen pakollisista maahanmuuttajien kiintiöistä sanoen: "Vain tulevaisuus näyttää, että tämä oli suuri virhe".