Slovenian käsipalloliitto perustettiin 11. joulukuuta 1949 entisen Jugoslavian käsipalloliiton alaisuudessa. Jugoslaviassa slovenialaiset klubit pelasivat Jugoslavian käsipallo-mestaruudessa I. ja II. liigan, tasavallanvälisen ja tasavallan liigan. Slovan, Celje ja Rudar Trbovlje olivat ainoat slovenialaiset joukkueet, jotka pelasivat Jugoslavian ensimmäisessä liigassa. Vuoden 1991-92 kaudella, juuri Slovenian itsenäistymisen jälkeen
, Slovenian käsipalloliitto hyväksyttiin Euroopan käsipalloliittoon ja Kansainväliseen käsipalloliittoon, ja ensimmäisen kauden Euroopassa slovenialaisille joukkueille pelattiin kaudella 1992-1993.