Yhdistetty laivasto tuli keisarillisen päämajan alaisuuteen vuonna 1937. Tyynenmeren sodan alkamisen myötä, kun Yhdistyneen laivaston "Kido Butai" (1st Air Fleet) hyökkäsi Pearl Harboriin, Yhdistynyt laivasto tuli lähes synonyymiksi keisarillisen japanilaisen laivaston kanssa, joka oli amiraali Isoroku Yamamoton johdolla huhtikuuhun 1943 asti, kun hän kuoli sen jälkeen, kun hänen koneensa ampui alas Yhdysvaltain ilmavoimat Bougainvillen saarella. Se koostui taistelulaivoista, lentotukialuksista, lentokoneista ja komponentteista, jotka muodostivat IJN: n tärkeimmän taisteluvoiman. Se mobilisoitiin ensimmäisen kerran kokonaisuudessaan Midwayn taistelussa. Midwayn ja Salomonsaarten hyökkäyksen jälkeen.
Vuonna 1945 laivasto järjestettiin uudelleen useiksi "alue-aluksiksi" eri maantieteellisten vyöhykkeiden paikallisen operatiivisen hallinnan varten. Yhdistetty laivasto kehittyi sitten enemmän hallinnolliseksi organisaatioksi.