- Barghouti osallistui Madridin konferenssiin vuonna 1991.
, jonka tarkoituksena oli lopettaa Israelin ja Palestiinan välinen konflikti ja ensimmäinen intifada. Vuonna 1996 hän pyrki epäonnistuneesti ehdokkaaksi lainsäätäjäpaikkaan ensimmäisissä Palestiinan itsehallinnon vaaleissa. Vuonna 2002 Barghouti jätti Palestiinan kansallispuolueen. Kesäkuussa 2002 Barghouti, Haidar Abdel-Shafi, Ibrahim Dakkak ja Edward Said perustivat Palestiinan kansallisen aloitteen ("al-Mubadara al-Wataniyya al-Filistiniyya"), joka yritti rakentaa uudistusmielisen, osallistavan vaihtoehdon sekä vakiintuneelle Palestiinan vapautusjärjestölle että islamilaisille militanttiryhmille, kuten Hamasille. Barghouti toimii tällä hetkellä aloitteen pääsihteerinä.