Vuonna 1846 Shields lähti sotaan kahden prikaatin kanssa. Helmikuussa 1847, kun Tampico hylättiin, hänen miehensä ottivat kaupungin haltuunsa. Hän komensi 3. prikaatin vapaaehtoisdiviisiota
Vera Cruz ja Cerro Gordo, missä hän haavoittui vakavasti viinirypäleen ammuttua ja vietti yhdeksän viikkoa toipumassa. Hän palasi taistelemaan samana päivänä Contrerasin ja Churubuscon taisteluissa. Jotkut arvostelivat hänen käskyään kömpelönä, ja toiset ylistivät sitä taitavana. Hän tarvitsi lisäjoukkoja voittaakseen voimakkaan vihollisvastuksen, mutta hänen prikaatinsa otti yli 800 vankia.