Kaksi vuotta ennen Beatlesin hajoamista Lennon ja Ono alkoivat julkisesti protestoida Vietnamin sotaa vastaan. He menivät naimisiin Gibraltarissa 20. maaliskuuta 1969 ja viettivät kuherruskuukautensa Hilton Amsterdamissa. He suunnittelivat toisen Bed-In-tapahtuman Yhdysvalloissa, mutta heiltä evättiin pääsy, joten he pidtivät sen sijaan Queen Elizabeth -hotellissa Montrealissa, jossa he nauhoittivat "Give Peace a Chance". He yhdistivät usein puolustuksen esittämistaiteeseen, kuten heidän "Bagismissaan", joka esiteltiin ensimmäisen kerran Wienin lehdistötilaisuudessa. Lennon kertoi yksityiskohtaisesti tästä ajasta Beatlesin kappaleessa "The Ballad of John and Yoko". Lennon muutti nimensä 22. huhtikuuta 1969 ja lisäsi "Ono" toiseksi nimekseen. Lyhyt seremonia pidettiin Apple Corps -rakennuksen katolla, jossa Beatles oli soittanut konserttinsa.
Kolme kuukautta aiemmin. Vaikka hän käytti sen jälkeen nimeä John Ono Lennon, jotkin viralliset asiakirjat viittasivat häneen John Winston Ono Lennonina. Pariskunta asettui asumaan Tittenhurstin puistoon Sunninghillissä Berkshiressä. Kun Ono loukkaantui auto-onnettomuudessa, Lennon järjesti kuningaskokoisen sängyn studioon, kun hän työskenteli The Beatlesin viimeisellä albumilla, Abbey Roadilla.