Viime tapahtumien radikalisoimat uudistusmieliset, jotka olivat nimellisesti yhä Kansainyhteisön alueella ja pakkosiirtolaisuudessa, aloittivat pian kansallisen kapinan valmisteluja. Tadeusz Kościuszko valittiin sen johtajaksi; suosittu kenraali tuli ulkomailta ja 24. maaliskuuta 1794 julisti Krakovassa kansallisen kapinan.
Hänen komennossaan. Kościuszko vapautti ja värväsi armeijaan monia talonpoikia, mutta kovasti taisteltu kapina, jota kaupunkilaisten plebeilaisten joukot tukevat voimakkaasti, osoittautui kyvyttömäksi tuottamaan tarvittavaa ulkomaista yhteistyötä ja apua. Venäjän ja Preussin joukot tukahduttivat sen, ja Varsova vallattiin marraskuussa. Kolmas ja lopullinen jakautuminen toteutettiin jälleen kaikkien kolmen jakeluvaltion toimesta, ja vuonna 1795 Puolan ja Liettuan yhteisvaltio lakkasivat käytännössä olemasta.