Shelby American työskenteli Fordin kanssa GT40:n uudistamiseksi vuoden 1966 kaudelle, korvaten 289 kuutio-tuuman (4.7 L) moottorin Fordin suuremmalla, tehokkaammalla 427 kuutio-tuumalla. (7,0 l) moottorin. Mk II GT40 saavutti suuren menestyksen, kun Shelby American voitti Daytonassa, Sebringissa ja Le Mansissa, jolloin Ford voitti kansainvälisen valmistajan mestaruuden vuonna 1966. Shelby American -autot pääsivät ensimmäiseksi (Miles &amp; Ruby jälleen) ja toiseksi (Gurney &amp; Jerry Grant) Daytonassa, ensimmäiseksi Sebringissä (Miles &amp; Ruby) ja ensimmäiseksi (McLaren &amp; Chris Amon) ja toiseksi (Miles &amp; Denny Hulme) Le Mansissa
- Mitä? Gurney ja Grant olisivat päässeet toiseksi Sebringissä, - mutta heidän autonsa hajosi viimeisellä kierroksella, - ja Gurney työnsi sen maaliviivan yli.