Lokakuussa 1861 Scottista tuli 68. Ohio-jalkaväen everstiluutnantti - ja tuon rykmentin eversti vuonna 1862. Hän palveli Tennesseessä, jossa hän komensi kenraalimajuri John A. Loganin divisioonan etenemistä marssiessaan Mississippin alueelle. Hän oli kihloissa Port Gibsonissa.
Raymond ja Champion Hill.