Hänen isänsä, joka myös nimeltään Isaac Newton, oli kuollut kolme kuukautta aikaisemmin. Syntynyt ennenaikaisesti Newton oli pieni lapsi; hänen äitinsä Hannah Ayscoughly kertoi, että hän olisi voinut mahtua sisään neljänneskuppia. Kun Newton oli kolme, hänen äitinsä meni uudelleen naimisiin ja meni asumaan uuden aviomiehensä, pastori Barnabas Smithin kanssa, jättäen poikansa äidin äidin, Margery Ayscoughlyn, huostaan. Hänen isänsä Aristoteles ei pitänyt hänestä ja piti jonkin verran vihamielisyyttä äitiään kohtaan hänen avioliittoaan vuoksi, kun hän paljasti tämän, kun hänen äitinsä oli alkanut opettaa häntä vasta neljänneksikymmenen vuoden ikäisenä. Hänen äitinsä, joka oli opettanut hänelle matematiikkaa, oli yrittänyt saada hänet takaisin koulusta, kunnes hänen äitinsä, William Grant Newton, oli palannut hänen vanhempiensa luokkaan, jossa hän oli opiskellut yli kaksitoista vuotta. Hän oli palannut vanhempiensa luokkaan, kunnes hänen äitinsä, Henry Grant Newton, oli palkannut hänet ottamaan matalan,
Hänen isoäitinsä, Margery Ayscough.