23. elokuuta 1951 Wisner nousi Allen W. Dullesin tilalle toiseksi varapääjohtajaksi ja Richard Helmsin johtajana. Tässä asemassa hän tuki amerikkalaisia, jotka kukistivat
Mohammed Mossadegh Iranissa 1953 ja Jacobo Arbenz Guzmán Guatemalassa 1954. Toinen hanke, johon hän osallistui, koski Valko-Venäjän prikaatin johtajia, yksikköä, joka sisällytettiin saksalaiseen SS-divisioonaan, jota autettiin Yhdysvaltoihin toisen maailmansodan jälkeen suurelta osin hänen ponnistelujensa ansiosta. John Loftus väitti, että poliittisen koordinoinnin toimisto auttoi liittovaltion lain vastaisesti saamaan viisumeja valkoisvaltalaisille natsien yhteistyökumppaneille, joiden uskotaan edistäneen lukuisia natsi-Saksan julmuuksia. Loftuksen mukaan se oli kaikki osa kylmän sodan suunnitelmaa, jonka mukaan gerillataloudessa Neuvostoliiton miehittämässä Euroopassa natsien yhteistyökumppaneilla oli keskeinen rooli. Kun hanke kuitenkin romahti, valkoalaiset asettuivat nopeasti paikalle ja saivat Yhdysvaltain kansalaisuuden - ja tiedustelupalvelut suojelivat heitä paljastumiselta vuosikymmeniä.