Vaughan selvisi Derryn ryöstöstä vuonna 1608.
O'Dohertyn kapinan aikana. Hänet tehtiin kaupungin sotilaskuvernööriksi vuonna 1611, kun hän korjasi Docwran alun perin rakentamia linnoituksia, ja hänet ritariksi vuonna 1615. Hän toimi myös kaupungin pormestarina kahdesti, ja häntä on kuvailtu "erikoisimpana henkilönä Derryssä kolmekymmentäviisi vuotta [...] pysyvä elementti kaupungin hallituksessa". Kuvernöörinä hän oli vastuussa kaupungin monista merkittävistä rakennelmista, erityisesti Derryn kaupungin muureista ja Pyhän Kolumbuksen katedraalista, jotka valmistuivat hänen valvonnassaan vuonna 1633. Vaughan oli vastuussa Derryn puolustuksen järjestämisestä 1641 kapinan ja Konfederaation sodan alkuvaiheessa, mutta kuoli vuonna 1643 ja Robert Stewart tuli hänen seuraajakseen kuvernööriksi.