Laivasto osallistui ponnisteluun siirtää seminole-intiaanit pakolla Floridasta Mississippin länteen sijaitsevaan reservaattiin. Kun armeijan sotilaat teurastettiin 28. joulukuuta 1835 lähellä Tampaa, merijalkaväki ja merimiehet lisättiin joukkoihin, jotka taistelivat toisessa seminolien sodassa
Vuodesta 1836 vuoteen 1842. Evergladesissa muodostui "nynnylaivasto", joka koostui erilaisista pienistä veneistä, jotka kuljettivat armeija- ja laivastohenkilöstön sekoitusta ja ajoivat seminoleja takaa-ajoin suolle. Noin 1500 sotilasta kuoli konfliktin aikana. Jotkut seminolit suostuivat siirtymään, mutta pieni seminoliryhmä pysyi Evergladesissa ja Okeechobee-järven ympärillä.