Suurin osa taistelussa kuolleista haudattiin mereen. Horatio Nelsonin entinen lippulaiva vedettiin Rosia Bayhin 28. lokakuuta 1805. Myöhemmin Nelsonin jäännökset vietiin Englantiin, missä hänet haudattiin Pyhän Paavalin katedraalin kryptaan. Taistelun haavoittuneet tuotiin Gibraltariin; ne, jotka kuolivat myöhemmin vammoihinsa, haudattiin St. Jagon hautausmaalle, Charles V:n muurin pohjoiseen. Trafalgarin hautausmaan monet haudat edustavat kolmeen keltakuumeepidemiaan kuolleita. Nämä Gibraltarin epidemiat olivat olleet pahimpia vuosina 1804, 1813 ja 1814. Trafalgarin hautausmaalle haudattiin myös merimiehet, jotka kuolivat muissa Ranskan vallankumouksellisten ja Napoleonin sodan taisteluissa, mukaan lukien ensimmäinen Algeciran taistelu.
Vuonna 1801 ja Cádizin ja Malagan rannikolla vuonna 1810 ja 1812 käydyt konfliktit.