Malagridan vaikutusvalta Lissabonin hovissa kohtasi suurta vihamielisyyttä pääministeriltä Carvalholta, tulevaan markiisiin Pombalista. Carvalho yritti jälleenrakentaa Lissabonia vuoden 1755 maanjäristyksen jälkeen
Malagridan mukaan se oli oikeudenmukaisen Jumalan rangaistus syntiselle kansalle. Carvalho vihastui hallituksen implisiittiseen kritiikkiin ja suostutteli kuningas Josen karkottamaan Malagridan Setúbaliin marraskuussa 1756 ja poistamaan kaikki jesuiitat hovista.