Tunis otti pääkaupungin roolin 1200-luvulla Almohad-aikakaudella, joka pysyi Hafsid-dynastian aikana. Jotkut rakennukset ovat edelleen olemassa 10. ja 11. vuosisadalta, kuten suuri moskeija ja kasbah, jotka ovat auttaneet tekemään kaupungista tärkeän turistikohteen. Myöhemmin kaupunki joutui useiden hyökkäysten kohteeksi. Vuonna 1390 se oli ristiretken kohde.
Ranskalaiset piirittivät kaupungin, mutta eivät voittaneet sitä.