Pacers pyrki rakentamaan edelliseen kausiinsa, mutta kaikki suunnitelmat hajosivat marraskuussa. Pistonsia vastaan palatsissa Auburn Hillsissä.
Se oli puhjennut tribuneille. O'Neal oli yksi Pacersista, jotka tappelivat kahden fanien kanssa, jotka tulivat kentälle; hän juoksi puolustamaan joukkuetoveriaan Ron Artestia, liukastui nesteeseen ja löi yhtä fanien päähän niin kovaa, että joukkuetoverinsa Scot Pollard ja urheiluviestijä Jim Gray pelkäsivät, että O'Neal tappaisi fani. Kun hän ja hänen Pacer-joukkuetoverinsa lähtivät kentältä, monet vihaiset fanit heittelivät O'Nealille välipaloja, juomia ja jopa taivutustulia. Vastauksena O'Nealin toimiin tappelun aikana NBA: n komissaari David Stern keskeytti hänet 25 peliin; joukkuetoverit Artest ja Stephen Jackson keskeytettiin kauden lopulle ja 30 peliin. Juuri ennen joulua O'Neal valitti ja sai kymmenen pelin vähennyksen tuomiostaan, mutta se ei lieventänyt vahinkoa, jota Indiana oli jo kärsinyt. Kolme ydinpelaajaa riistettynä joukkue kärsi 44:38 ennätyksestä ja kuudes siemen. O'Neal esiintyi vain 44 pelissä. Vaikka hänen pisteytyksen keskiarvonsa parani 24,3 pisteeseen ottelussa, hänen palautuksensa laskivat eikä hän enää ollut sama pelottava läsnäolo puolustuksessa. Asiat pahenivat, kun hän väänsi oikean olkapäänsä maaliskuussa ja pelasi säästeliäästi lopun säännöllisen kauden, toivoen toipua ajoissa playoffeihin. Pacers voitti Celticsin ensimmäisessä erässä ja pelasti kauden voittamalla sarjan 4:3. O'Neal ei kuitenkaan pelannut niin hyvin kuin olisi voinut: hänen hyökkäysvoimansa laski, ja hän ampui huonosti kentältä. Kun Pacers tapasi Pistonsin semifinaaleissa, he hävisivät kuudessa pelissä, mikä oli jälleen yksi turhauttava kausi O'Nealille.