Kaupunki julistettiin maan pääkaupungiksi vuonna 1852. Aiemmin pääkaupunki vaihteli Leónin ja Granadan välillä. Vuoden 1972 maanjäristys Nicaraguassa
Vuosikymmentä kestänyt sisällissota 1980 -luvulla keskeytti ja hidasti Managuan kasvua. Vasta 1990-luvun puolivälissä Managua alkoi koheta uudelleen.