16. syyskuuta 2008 Puyol pelasi 400:n kerran Barcelonan joukkueessa Mestarien liigan ryhmävaiheessa. Hän pelasi 28 ottelussa ja auttoi joukkuetta voittamaan toisen liigan. Hänen ainoa maalinsa tuli Real Madridia vastaan "El Clásico" -ottelussa Santiago Bernabéu'lla 2. toukokuuta 2009, joka päättyi äänekkääseen 6-2 voittoon, ja hän juhli maaliaan suutelemalla Katalonian lipun ranneketta Madridin vihaisten fanien edessä. Hän oli tärkeä joukkueen voittaessa myös vuoden 2009 Copa del Reyn, vuoden 2009 Mestarien liigan, vuoden 2009 UEFA Super Cupin.
ja FIFA Club World Cup 2009 täydentää ennennäkemättömän kuusinkertainen, esiintyy lähes 100 virallista otteluita.