Vuosina 1964 ja 1965 saatu kokemus antoi 7-litraisen Mk II:n dominoida seuraavana vuonna. Helmikuussa GT40 voitti jälleen Daytonassa. Tämä oli ensimmäinen vuosi, jolloin Daytona ajettiin 24 tunnin formatissa ja Mk II:t päätyivät ensimmäiseksi, toiseksi ja kolmanneksi. Maaliskuussa 1966 Sebringin 12 tunnin kilpailussa GT40-mallit saivat jälleen kaikki kolme kärkipaikkaa, X-1 Roadster ensimmäisenä, Mk II toisena ja Mk I kolmanneksi. Kesäkuussa Le Mansin 24 tunnin kilpailussa
, GT40 saavutti jälleen yhden, kaksi, kolmen voiton.