Kun saksalaiset hyökkäsivät, monet juutalaiset pakenivat etenevien joukkojen edestä, mutta Ranskan nopea romahdus, sekä sotilaallisesti että poliittisesti, aselevon
Kaikki tapahtui niin nopeasti, että monet heistä jäivät loukkuun Etelä-Ranskaan. Philippe Pétain, joka tuli Ranskan pääministeriksi sen jälkeen, kun Pariisi oli joutunut Saksan armeijan valtaan, järjesti antautumisen Saksalle. Hänestä tuli sitten Vichyn hallituksen päällikkö, joka teki yhteistyötä natsien kanssa väittäen, että se lieventäisi miehityksen vaikeuksia. Pohjois-Ranskan saksalaiselle miehitykselle ja Vichyn yhteistyöhallitukselle vastustaminen jätettiin Ranskan vastarintaliikkeelle Ranskan sisällä ja Charles de Gaullen johtamille vapaille ranskalaisille joukoille Ranskan ulkopuolella. Saksan miehityksen seurauksena juutalaisia karkotettiin Alsace-Lorraine -alueelta ja heidän omaisuutensa takavarikoitiin, kun taas ulkomaalaisia juutalaisia - noin 32 000 - internatoitiin Vichyn asetuksen jälkeen 4. lokakuuta 1940. Ranskan hallinto toteutti nämä toimenpiteet: juutalaisten tunnistamisvaatimukset, väestönlaskenta kaikkien juutalaisten ja liikeyritysten osalta, omaisuuden pakkolunastaminen ja "arjanisointi", sekä ammatilliset rajoitukset ja kiellot. 7. lokakuuta 1940 Pétainin hallitus kumotti Crémieux-asetuksen, joka riisti 117 000 Algerian syntyneeltä ranskalaisjuutalaiselta kansalaisoikeudet, jotka heille myönnettiin vuonna 1870.