Humala oli mukana sotilaallisessa urallaan myös kahdessa Perun suuressa konfliktissa viimeisen 20 vuoden aikana.
Se on yksi niistä, jotka ovat joutuneet taistelemaan Shining Pathin ja vuoden 1995 Cenepan sotaa vastaan. Vuonna 1992 Humala palveli Tingo Mariassa taistelemassa kirkkaan polun jäännöksiä vastaan ja vuonna 1995 hän palveli Cenepan sodassa Ecuadorin rajan varrella.