Kun I-3 oli Yokosukalla, Aleuttien saarten kampanja alkoi 3.-4. kesäkuuta 1942 japanilaisella ilmahyökkäyksellä.
Alankomaissa, Alaskassa, Dutch Harbourissa, jota seurasi nopeasti vastustamaton japanilainen miehitys Aleuttien saarilla Attu 5. kesäkuuta ja Kiska 7. kesäkuuta 1942. 10. kesäkuuta 1842 I-1, I-2 ja I-3 siirrettiin Pohjoisjoukkoihin Aleutian saarille, ja 11. kesäkuuta 1942 I-3 lähti Aleutian vesille yhdessä I-1, I-2, I-6 ja I-7:n kanssa aloittamaan neljännen sotaretkensä. 20. kesäkuuta 1942 I-1, I-2 ja I-3 liittyivät "K" partiointilinjaan Tyynenmeren pohjoisosassa. Hän pysyi partioliinilla 3. heinäkuuta 1942 saakka. 20. heinäkuuta 1942 hänet siirrettiin etujoukkoon ja määrättiin palaamaan Japaniin. Hän saapui Yokosukaan 1. elokuuta 1942 ja joutui siellä korjauksiin.