Maximilian III syntyi Wiener Neustadtissa vuonna 1558. Hän oli keisari Maximilian II:n ja Itävallan keisarinna Marian neljäs poika. Vuonna 1585 hänestä tuli kreikkalaisen ritarikunnan suurmestari, ja siitä lähtien hänet tunnettiin lempinimellä "saksalainen mestari" ("der Deutschmeister"). Vuonna 1587 hän oli ehdokas Puolan ja Liettuan tasavallan valtaistuimelle, ja osa Puolan aatelisuudesta valitsi hänet kuninkaaksi. Kaotiikkaan vaaliprosessin seurauksena kuitenkin valittiin myös toinen ehdokas. Maximilian yritti ratkaista kiistan sotilaallisella tavalla ja aloitti siten Puolan perimyssotaa. Vaikka hänellä oli huomattava tuki Puolassa, hänen kilpailijansa houkutteli enemmän kannattajia. Kun Maximilian epäonnistui hyökkäyksessä Krakovaan vuoden 1587 lopulla, hänet lyötiin Byczynan taistelussa.
Hänet vangittiin tammikuussa 1588. Hänet vapautettiin vasta paavi Sixtus V:n puuttumisen myötä. Vuonna 1589 hän luopui virallisesti vaatimuksestaan Puolan kruunulle. Vuonna 1595 hän seurasi setänsä Ferdinandin II:tä Itävallan ylimmän arkkitehtinä ja Tyrolin kuvernöörinä, jossa hän osoittautui vastareformaation vankiksi kannattajaksi. Maximilian kuoli Wienissä vuonna 1618 ja hänet haudattiin Innsbruckin katedraalin katokseen.