Kun Yhdysvaltain sisällissota alkoi vuonna 1861, Fesler puolusti unionia. 30. elokuuta 1861 hän värväytyi liittoarmeijaan Morgantownissa, Indianassa. Fesleristä tehtiin kapteeni 27. jalkaväkirykmentissä. Fesler johti komppaniaansa ensimmäisen Winchesterin taistelussa.
Cedar-vuoren taistelussa. Vuonna 1862 Feslerin rykmentti määrättiin 12. armeijakorpussiin, jossa se pysyi koko vuoden 1863. Fesler komensi sitten komppaniaansa Antietamin taistelussa lähellä Sharpsburgia Marylandissa 17. syyskuuta 1862. Hänen rykmenttinsä vietti talven 1862-1863 leiriytyneenä Stafford Courthouseissa, Virginiassa, ja 13. helmikuuta 1863 Fesleriä ylennettiin 27. Indianan rykmentin everstiluutnanttiksi. Maaliskuussa 1863 12. korpukselle, johon 27. Indiana oli osa, myönnettiin tähti korpuksen tunnukseksi. 5. toukokuuta 1863 Fesler haavoittui taistelussa Chancellorsvillen taistelussa Spotsylvanian piirikunnassa Virginiassa. Hän komensi väliaikaisesti 27. Indianan 2.-3. heinäkuuta 1863 Gettysburgin taistelun aikana, kun rykmentin eversti asetettiin sen prikaatin komentoon. Fesler ja hänen rykmenttinsä osallistuivat myöhemmin samana kuussa New Yorkin ammuskelun tukahduttamiseen.