Peläten Japanin uhkaa toisen maailmansodan aikana, silloin puolueeton Yhdysvallat aloitti Dutch Harborin linnoituksen vuonna 1940, mikä johti Dutch Harborin laivaston tukikohdan ja Fort Mearsin rakentamiseen, joka valmistui kokonaan syyskuussa 1941, kolme kuukautta ennen yllättävää Pearl Harborin hyökkäystä, joka aiheutti Yhdysvaltojen sodan. Kesäkuun 3. päivänä 1942 japanilaiset ilmavoimat hyökkäsivät kaupungin kimppuun Dutch Harborin taistelussa.
Se oli osa Aleuttien saarten kampanjaa. Hyökkäyksen ja Kiskan ja Atun japanilaisten miehityksen jälkeen lähes kaikki Amaknak-saaren alkuperäisasukkaat evakuoitiin. Monet pidettiin sodan aikana köyhissä olosuhteissa kaakkois-Alaskaan sijaitsevissa leireissä; huomattava määrä internetoituja kuoli vankeudessa.