Hänet pidätettiin useita kertoja Iranin poliisin toimesta. 22. elokuuta 2009 hänet pidätettiin uudelleen vuoden 2009 presidentinvaalien jälkeisten levottomuuksien yhteydessä.
- Mitä? Hänet vapautettiin takuita vastaan maaliskuun 2010 alussa, kun hän oli ollut noin kolme kuukautta eristyssellissä. Häntä syytettiin Moharebehista väitetystä "yhteydestä määrittelemättömien ulkomaisten ryhmien kanssa ja pyrkimyksestä heikentää islamilaista järjestelmää" ja "islamilaisen tasavallan perustajan ayatollah Khomeinin ja ayatollah Khamenein loukkaamisesta". Maleki oli useita kertoja sairaalassa sydänkohtauksen ja muiden fyysisten ongelmien, kuten eturauhassyövän vuoksi. Hänen väitetään myös kieltäytyneen saamasta riittävää hoitoa, ja myöhemmin (syyskuussa 2011) hän kirjoitti lyhyen kertomuksen YK:n Iranin erityisraportoijalle kidutuksista, joita hänelle oli tehty vankilassa ollessaan, minkä vuoksi häntä kuulusteltiin myöhemmin ja hän sai ilmoituksen, joka kielsi häntä matkustamasta ulkomaille.