Manius Aquillius (kuolema 88 eKr.) oli roomalainen poliitikko ja kenraali myöhäisessä Rooman tasavallassa. Hän oli muinaisen Rooman "gens Aquillian" jäsen, luultavasti Manius Aquilliuksen poika, konsuli vuonna 129 eaa. Aquillius palveli Rooman konsuliksi Gaius Mariuksen kanssa vuonna 101 eKr. Ennen konsuliuttaan hän oli toiminut Mariuksen alaisena legattina Galliassa Kimbrian sodan aikana. Hänellä oli keskeinen rooli Aquae Sextiaen taistelussa.
Hän yllätti Teutonit hyökkäämällä takaapäin. Kun hän kukisti orja kapinan Sisiliassa. Ensimmäisen Mithridatin sodan alussa hänet voitti ja vangitsi Pontuksen Mithridates VI, joka teloitti hänet kaatamalla sulaa kultaa hänen kurkkuunsa.