Vuonna 1940 Friedman hyväksyi tehtävän Wisconsinissa, mutta jätti sen johtuen erimielisyyksistä tiedekunnan kanssa Yhdysvaltojen osallistumisesta toiseen maailmansodalle. Friedman uskoi, että Yhdysvaltojen pitäisi ryhtyä sotaan. Vuonna 1943 Friedman liittyi Columbian yliopiston sotatutkimusosastoon (johon johtivat W. Allen Wallis ja Harold Hotelling), jossa hän vietti lopun toisen maailmansodan työskennellen matemaattisena tilastotieteilijänä, keskittyen aseiden suunnittelun, sotilaallisten taktiikoiden ja metallurgisten kokeiden ongelmiin.
Vuosi 1945