Toukokuussa 1859 Itävalta kärsi sotilaallisen tappion Varesen taistelussa ja kesäkuussa Magentan taistelussa.
Ranskan ja Sardinian yhteisiä joukkoja vastaan. Keisari kieltäytyi tunnustamasta tilanteen vakavuutta, joka aiheutti kotimaassa suuria vaikeuksia, ja otti suoraan armeijan komennon, vaikkei hän ollut ammattilainen. Myöhemmin samana kuussa Solferinossa saatu uusi tappio sinetöi Itävallan kohtalon, ja keisari joutui hyväksymään Napoleonin ehdot Villafrancassa. Itävalta suostui luopumaan Lombardiasta, ja Italian keskiosavaltioiden hallitsijat piti palauttaa. Jälkimmäistä ei kuitenkaan koskaan tapahtunut, ja seuraavana vuonna kansanäänestyksissä kaikki liittyivät Sardinian-Piedmontin kuningaskuntaan. Huhtikuussa 1860 Garibaldi oli hyökännyt ja alistanut nopeasti Sisilian, ja helmikuussa 1861 kahden Sisilian kuningaskunta lakkasi olemasta, Francis ja Maria pakenivat Itävaltaan.