3. Missouriin jalkaväkirykmentti palveli Konfederaation armeijassa sisällissodan aikana. Jalkaväkirykmentti otettiin virallisesti palvelukseen 17. tammikuuta 1862. Se taisteli Pea Ridge -taistelussa Arkansasissa maaliskuussa ennen kuin se siirrettiin Mississipin yli. Kun rykmentti oli asemalla Corinthissa, Mississippissä, sillä oli pieni rooli Farmingtonin taistelussa ennen kaupungin evakuointia. Syyskuussa yksikkö näki kevyitä taisteluita Iukan taistelussa ennen kuin se joutui voimakkaasti osallistumaan toisen Korintin taistelun aikana, kun liittoutuneet yrittivät vallata kaupungin uudelleen lokakuussa. Vuoden 1863 alussa rykmentti siirrettiin Grand Gulfiin Mississippin osavaltioon vahvistamaan Mississippin joen puolustusta. Grand Gulfin taistelussa
29. huhtikuuta yksikkö auttoi torjumaan unionin laivaston hyökkäyksen Konfederaation puolustuslaitoksia vastaan. Kun Tennesseen liittoarmeijan osat laskeutuivat Grand Gulfin alapuolelle, rykmentti taisteli viivytystoiminnassa Port Gibsonin taistelussa 1. toukokuuta.