Porter sai komennon kenraaliavustajaksi Gideon J. Pillow'n alaisuudessa ja auttoi organisoimaan Tennesseen väliaikaisen armeijan. Kun tämä armeija liitettiin suurempaan Konfederaatioarmeijaan, Porter määrättiin kenraali Benjamin F. Cheathamin alaisuuteen. Cheathamin päällikönä Porter osallistui Belmontin, Shilohin
Chickamauga, Missionary Ridge ja Atlantan piiritys.