Vuonna 1861, sisällissodan alussa, - New Yorkin kansalliskaartin komentaja, - prikaatin kenraali John F. Rathbone, - nimitti hänet Albany'n varaston ylipäälliköksi. Kesäkuussa 1862 Savage's Stationin taistelun jälkeen
Kun Potomacin armeija ja sen lääkärit vetäytyivät, Swinburne jäi hoitamaan tuhansia haavoittuneita vankeja. Kunnioittaen hänen periaatteellista asennettaan, konfederaation komentaja Stonewall Jackson antoi hänelle luvan, jonka mukana oli henkilökohtainen muistiinpano, joka salli vierailut unionin vankien kanssa. Vuonna 1864 kuvernööri Horatio Seymour nimitti hänet New Yorkin sataman terveydenhuollon virkaan, ja vuonna 1867 kuvernööri Reuben Fenton nimitti hänet uudelleen, ja hän palveli yhteensä kuusi vuotta vuoteen 1870 saakka. Hallintonsa aikana hän valvoi Swinburne ja Hoffman nimettyjen saarten nykyaikaisten karanteenilaitosten rakentamista.