Kirjoita jatkossa tähän kappaleeseen - Ayyubid-hallinto (ja itsenäisyys) päättyi mongolisten hyökkäykseen Syyriaan vuonna 1260, jossa Kitbuqan johtamat mongolit astuivat kaupunkiin 1. maaliskuuta 1260, yhdessä Armenian kuninkaan, Hethumin I: n ja Antiokian prinssin, Bohemond VI: n kanssa. Damaskoksen kansalaiset näkivät ensimmäistä kertaa kuuden vuosisadan aikana kolme kristillistä potentaattia ratsastaen voittoisaa heidän kaduillaan. Ain Jalutin taistelun jälkeen
3. syyskuuta 1260 Damaskus valloitettiin viisi päivää myöhemmin ja siitä tuli Mamluk-sultanatin maakuntapääkaupunki, jota hallittiin Egyptistä, mongolien vetäytymisen jälkeen. Wadi al-Khaznadarin taistelussa saamansa voiton jälkeen Ghazanin johtamat mongolit piirittivät kaupunkia kymmenen päivää, joka antautui 30 päivän joulukuuta 1299 ja 6 päivän tammikuuta 1300 välisenä aikana, vaikka sen linnoitus vastusti. Ghazan vetäytyi sitten useimpien joukkojensa kanssa helmikuussa, luultavasti siksi, että mongolien hevoset tarvitsivat rehua, ja jätti taakseen noin 10 000 ratsumiestä mongolien kenraali Mulayn johdolla. Noin maaliskuussa 1300 Mulay palasi ratsastajiensa kanssa Damaskokseen ja seurasi sitten Ghazana takaisin Eufratin yli. Toukokuussa 1300 egyptiläiset mamelukit palasivat Egyptistä ja valloittivat koko alueen ilman taistelua. Huhtikuussa 1303 mamelukit onnistuivat kukistamaan Kutlushahin ja Mulayn johtaman mongolilaisen armeijan yhdessä heidän armenialaisten liittolaistensa kanssa Marj al-Saffarin taistelussa lopettaakseen mongolien hyökkäykset Levanttiin. Myöhemmin 1348-1349 -vuoden musta kuolema tappoi jopa puolet kaupungin väestöstä.