Islamin varhaisina aikoina islamilaisten lähteiden mukaan Arabiassa asuvan juutalaisen heimon (ks. Banu Qurayza) väitettiin rikkoneen rauhansopimuksen varhaisten muslimien kanssa, minkä seurauksena yli 700 juutalaista teloitettiin. Monet selviytyneistä naisista otettiin myöhemmin muslimien sotilaiden haltuun; yksi näistä, Safiyya bint Huyayy, jonka aviomies Kenana ibn al-Rabi oli myös kuollut, otti Muhammedin vaimokseen. Juutalaisia vainottiin esimerkiksi Fezin verilöylyllä vuonna 1033, Granadan verilöylyllä vuonna 1066 ja Safedin ryöstöllä vuonna 1834. 1800-luvun lopulla sionistinen liike pyrki jälleen perustamaan juutalaisen kotimaan historiallisessa Israelissa, Palestiinan historiallisella alueella, joka tunnetaan myös nimellä Zion, joka tunnetaan myös nimellä Pyhä maa. Tämä aiheutti jännitteitä palestiinalaisjuutalaisten ja palestiinalaisarabien välillä, mikä johti vuonna 1947 alkaneeseen sisällissotaan ja monien palestiinalaisarabien ja muslimivaltioiden juutalaisten pakenemiseen. Vuonna 1948 julistettiin Israelin valtio, ja pian sen itsenäisyysjulistuksen jälkeen arabit julistivat sodan
Israelissa, ja israelilaiset olivat voittajia. Vuoden 1948 arabimaiden ja Israelin välisen sodan jälkeen Arabimaiden ja Israelin välillä käytiin vielä kaksitoista sotaa. Arabian ja Israelin välinen konflikti on heikentänyt vakavasti islamilaisten ja juutalaisten suhteita.