Vuonna 1878 hän toimi intialaisen osan arkkitehtina ja Intian hallituksen kaupallisena edustajana Pariisin näyttelyssä. Vuonna 1880 Clarke järjesti Intian kokoelmat Etelä-Kensingtonissa, mikä johti siihen, että hän otti aseman Intian erityisvaltuutetun ja tuli sitten Intian museon hoitajaksi Etelä-Kensingtonissa vuonna 1883. Hänen hankintoihin kuului Hamzanaman folioita, Pohjois-Intian ja Iranin taiteilijoiden tekemiä mugalaisten varhaisia kuvia Hamzan eeppisistä seikkailuista. Hän osti myös nykyajan käsityötä, arkkitehtonista puutyötä ja piirustuksia. Vuonna 1892 Clarke nimitettiin taidekokoelmien valvojaksi, ja vuonna 1893 hänet ylennettiin apulaisjohtajaksi ennen kuin hänestä tuli lopulta johtaja vuonna 1896. Johtajana ollessaan hän toimi myös kuninkaallisena komissaarina Pariisin näyttelyssä vuonna 1900 ja St.
Vuonna 1904. Hän erosi South Kensingtonin museosta (nimetty uudelleen vuonna 1899 Victoria ja Albert -museoksi) vuonna 1905.