Scott päätti olla heikentämättä armeijaa puolustamaan Pueblaa, mutta jättäen vain varuskunnan Pueblaan suojelemaan sairaita ja loukkaantuneita, jotka toipuivat siellä, hän lähti Mexico Cityyn 7. elokuuta jäljellä olevien joukkojensa kanssa. Pääkaupunki avattiin sarjassa taisteluja kaupungin puolustuksen oikean siiven ympärillä, Contrerasin taistelu ja Churubuscon taistelu
- Mitä? Churubuscon jälkeen taistelut pysähtyivät aselevon ja rauhanneuvottelujen vuoksi, jotka hajosivat 6. syyskuuta 1847. Seuraavina Molino del Reyn ja Chapultepecin taisteluina ja kaupungin porttien hyökkäyksellä pääkaupunki vallattiin. Scottista tuli miehitetyn Mexico Cityn sotilaskuvernööri. Hänen voittonsa kampanjassa teki hänestä amerikkalaisen kansallisen sankarin.