Issoufou sijoittui neljänneksi (saadessaan vain 7,60% äänistä) virheellisissä ja kiistanalaisissa 7.-7.1996 pidetyissä presidentinvaaleissa.
Se antoi Maïnassara-joukkueelle suoran voiton. Issoufou ja kolme muuta oppositiokandidaattia asetettiin kotiarestiin äänestyksen toisena päivänä ja pidettiin siellä kaksi viikkoa. Sen jälkeen hän kieltäytyi tapaamasta Maïnassaraa, valitti epäonnistuneesti korkeimpaan oikeuteen vaalien mitätöimiseksi ja PNDS kutsui mielenosoituksiin. Hänet asetettiin 26. heinäkuuta uudelleen kotiarestiin yhdessä toisen johtavan PNDS:n jäsenen Mohamed Bazoumin kanssa; he vapautettiin tuomarin määräyksestä 12. elokuuta. Issoufou pidätettiin 11. tammikuuta 1997 järjestetyn demokraattisen mielenosoituksen jälkeen yhdessä Ousmanen ja Tandjan kanssa ja hänet pidettiin vankilassa 23. tammikuuta asti.