Neljännen kauden jälkeen hän voitti Supercoppa Italianan 6. elokuuta 2011 Pekingissä. Milan oli Juventusin jälkeen toiseksi.
Serie A: ssa tuona kaudella, ja eliminoitiin Coppa Italia -kilpailun puolifinaaleissa ja Mestarien liigan neljännesfinaaleissa. Toukokuun 10. päivänä Nesta ilmoitti lehdistötilaisuudessa vetäytyvänsä Serie A:sta kauden lopussa. Kymmenen kautensa aikana Milanon klubilla Nesta teki 325 maalia ja teki 10 maalia. Milanon kanssa hän voitti kaksi Serie A -mestaruutta, Coppa Italiaa, kaksi Supercoppa Italianaa, kaksi Mestarien liigaa, kaksi UEFA Super Cupia ja FIFA Club World Cupin.