Kirjoita jatko tämän kappaleen - Toisen maailmansodan syttyessä Euroopassa SSRNVR lisäsi pääasiassa alkuperäiskansojen henkilöstön rekrytointia voimaan, vahvistaakseen paikallisia puolustuksia kun kuninkaallisen laivaston resursseja tarvittiin Euroopassa. SSRNVR:n jäseniä kutsuttiin aktiiviseen palvelukseen, ja joukkoja lisättiin Royal Navy Malay Sectionin jäsenillä. Tämä muodosti Malaijan laivaston perustan, jota kutsuttiin Malaijan laivastoksi, jonka miehistössä oli alkuperäiskansojen Malaijan henkilöstöä. (Samaan tapaan malaijilaiset värvättiin vuonna 1936 perustettuun nuoriin malaijalaiseen rykmenttiin). Malesian laivastossa oli 400 miestä, jotka saivat koulutuksensa HMS Pelandokissa, kuninkaallisen laivaston koulutuslaitoksessa Malesiassa. Rekrytointi lisääntyi, ja Aasian sodan syttyessä vuonna 1941 Malesian laivastossa oli 1 450 miestä. Toisen maailmansodan aikana Malesian laivasto palveli liittoutuneiden joukkojen kanssa Intian ja Tyynenmeren operaatioiden teatterilla. Kun sota päättyi japanilaisten antautumisella
Vuonna 1945 vain 600 miestä ilmoittautui Malesian laivastoon. Sodan jälkeiset taloudelliset rajoitukset johtivat Malesian laivaston lakkauttamiseen vuonna 1947.