Rui Jorge valmensi portugalilaisia vuoden 2016 olympialaisissa Brasiliassa, jossa he hävisivät neljännesvaiheessa Saksan edessä 4:0. Hän oli myös vastuussa vuoden 2017 edition
U21-joukkueessa, joka päättyi ryhmävaiheeseen. 10. lokakuuta 2017, kuusi vuotta viimeisen tappion jälkeen, hän oli penkillä, kun joukkue hävisi 1<unk>3 Bosniassa ja Hertsegovinassa vuoden 2019 Euroopan mestaruuskilpailujen valintaotteluissa.