Alfaro oli myös menestynyt kansainvälisessä urassaan. Osana alle 23-vuotiaiden joukkuetta hän edusti Meksikoa Atlantan kesäolympialaisissa 1996, ja osallistui kaikkiin neljään otteluun. Hän pelasi myös 20 kertaa Meksikon maajoukkueessa, mukaan lukien viisi FIFA:n vuoden 1998 MM-kisojen kvalifikatiota, ja pelasi Meksikon mestaruuden voittaneessa joukkueessa vuoden 1998 CONCACAF Gold Cupissa.
- Mitä? Alvaro oli suosikkivalikoima Bora Milutinovicin hallinnon alussa, mutta hän laski vähitellen pormestarin järjestykseen, kun Luis Hernandez ja Cuauhtémoc Blanco tulivat suosituiksi hyökkääjiksi Milutinovicin seuraajan Manuel Lapuenten alaisuudessa. Hän pelasi ensimmäisen kerran Boliviaa vastaan 1-0 voitolla Cotton Bowlessa Dallasissa 8. kesäkuuta 1996 ja teki viimeisen kansainvälisen esiintymisensä 18. maaliskuuta 1998 1-0 tasapeliä vastaan Paraguay.