Veldhuis teki huhtikuussa 2006 Chantal Grootin, Hinkelien Schreuderin ja Inge Dekkerin kanssa maailmanennätyksen ja voitti kultamitalin 4×100 m vapaasti purjehtivassa risteyksessä vuoden 2006 FINA Short Course -maailmanmestaruussarjassa. Hän epäonnistui puolustamaan 50 metrin vapaata tyyliä -mestaruuttaan kolmannella sijalla. Hän pääsi toiseksi pitkäaikaisen kilpailijansa Libby Lentonin jälkeen 100 metrin vapaasti. Kesällä hän osallistui vuoden 2006 vesiurheilun Euroopan mestaruuskilpailuun.
, Budapestissa Unkarissa, jossa hän pääsi toiseksi 100 metrin vapaasti, Britta Steffenin jälkeen, joka rikkoi maailmanennätyksen, ja kolmanneksi 50 metrin vapaasti. 4×100 metrin vapaasti renkaissa hän sai hopeamitalin Chantal Grootin, Inge Dekkerin ja uusien kilpailijoiden Ranomi Kromowidjojon kanssa. Näiden mestaruuksien jälkeen hän erosi valmentajaltaan Fedor Hesistä ja aloitti työskentelyn Jacco Verhaerenin kanssa, joka työskenteli tuolloin myös kolminkertaisen olympialaismestarin Pieter van den Hoogenbandin kanssa. Helsingissä hän puolusti menestyksekkäästi 50 m ja 100 m vapaata tyyliä -titteliään Euroopan lyhyellä uima-aluksella vuonna 2006, mutta menetti ralli-tittelit, kun hänen joukkueensa pääsi toiseksi 4 × 50 m vapaassa ja ei aloittanut 4 × 50 m: n sekoituksessa. Juuri ennen tätä mestaruutta hän oli ylittänyt Annemarie Verstappenin pitkäaikaisen 200 metrin vapaasti purjehtivan kansallisen ennätyksen.