Vuonna 1992 Blue Jaysista tuli ensimmäinen kanadalainen joukkue, - joka voitti Commissioner's Trophyn. Se voitti Oaklandin ALCS:ssä ja Atlanta Bravesin World Seriesissä. Vuonna 1993 he toistivat menestyksensä, kun he voittivat kuuden ottelun aikana Chicago White Soxin ALCS:ssä.
Philadelphia Philliesin kanssa World Seriesissä. Vuoden 1993 jälkeen Blue Jays epäonnistui pääsemään playoffeihin 21 peräkkäisen kauden ajan, kunnes he saivat playoff-paikan vuonna 2015.