Jotkin lähteet syyttävät Chiang Kai-shekia vastuullisena miljoonien ihmisten kuolemasta Kiinan kansallismielisen hallituksen aiheuttamissa massamurhissa. Hänet on pidetty osittain vastuussa vuoden 1938 ihmisen aiheuttamasta Keltaisen joen tulvasta.
, joka tappoi satoja tuhansia kiinalaisia siviilejä torjuakseen japanilaisten hyökkäyksen. Tämä syytös on yleensä peräisin Rudolph Rummelilta, joka viittasi kansallistyypin hallintoon kokonaisuudessaan eikä erityisesti Chiang Kai-Shekiin. Rummel on kuitenkin syyttänyt Kiinan kansallismielistä hallitusta joukkomurhista. Hän väitti, että Kiinan kansallismielinen hallitus oli vastuussa 6-18,5 miljoonan ihmisen kuolemasta.