Centeno pelasi ensimmäisen ottelunsa Costa Rican maajoukkueessa 27. syyskuuta 1995 Jamaikkaa vastaan. Hän on ollut joukkueen vakiojoukkueessa viimeiset kolmetoista vuotta. Hän pelasi vuonna 1995 Mar del Platassa Argentiinassa pidetyissä Pan-Amerikan peleissä; Copa América -turnauksissa vuonna 1997, 2001 ja 2002.
2004; lisäksi FIFA:n MM-kisoja vuosina 2002 ja 2006. 1. huhtikuuta 2009 hän ylitti Costa Rican maajoukkueessa pelaajien ennätyksen (jossa oli Luis Marín, 124 maajoukkueessa pelattua, 5 maalia). 18. marraskuuta 2009 hänellä on 137 maajoukkueessa pelattua ja 24 maalia. Hän oli Costa Rican jalkapallojoukkueen kapteeni vuoden 2010 FIFA-maailmanmestaruuskilpailujen viimeisessä vaiheessa. Rodrigo Kenton, joka oli nimitetty johtajaksi erättyjen Hernan Medfordien tilalle, valitsi hänet tähän tärkeään rooliin joukkueessa hänen kokemuksensa, kovettumisensa ja johtajuutensa vuoksi. Centeno pelasi viimeisen ottelunsa maajoukkueessa 18. marraskuuta 2009, jossa he olivat tasapainossa 1:1, jossa hän teki maalin. Peli merkitsi sitä, että Costa Rica ei osallistu MM-kisoihin 2010. Centenon maali oli hänen viimeinen maali kansainvälisenä pelaajana, ja se merkitsi myös vuoden 2010 FIFA World Cup -kilpailujen viimeisen maalin.