Kun Putin nimitettiin virkaan, hän oli suhteellisen tuntematon poliitikko, mutta hän vakiinnutti itsensä nopeasti sekä yleisessä mielipiteessä että Jeltsinin arviossa luotettavana hallituksen päämiehenä, mikä johtui suurelta osin toisesta Tšetšenian sodasta. Vain muutama päivä sen jälkeen, kun Jeltsin oli nimittänyt Putinin pääministeriehdokkaaksi, Tšetšenian joukot taistelivat Venäjän armeijan kanssa Dagestanin alueella, joka on lähellä Tšetšeniaa. Seuraavan kuukauden aikana useat sadat ihmiset kuolivat kerrostalojen pommituksissa.
Venäjän viranomaisten mukaan pommitukset tehtiin Tšetšenian kapinallisilla. Vastineeksi Venäjän armeija astui Tšetšenian alueelle syyskuun lopulla 1999, aloittaen toisen Tšetšenian sodan. Tuolloin terrori-iskuista vihainen venäläinen yleisö tuki laajalti sotaa. Tuen ansiosta Putinin suosio kasvoi, sillä hän oli ryhtynyt päättäväisiin toimiin Tšetšeniassa.