Täytä seuraava lause: Kun Virginian laivasto yhdistettiin Konfederaation laivastoon, Barron sai komennon komentajaksi ja nimitettiin komennon ja yksityiskohtien päälliköksi 10. kesäkuuta. Barron pysyi virassaan 20. heinäkuuta asti, kun konfederaation laivaston sihteeri Stephen R. Mallory hyväksyi Barronin pyynnön tulla Virginian ja Pohjois-Carolinan rannikkosuojelujen komentajaksi, joka oli tärkeä satama Pamlico Soundissa sijaitseville konfederaation kaappareille. Barron saapui Fort Hatterasin päämajaan 28. elokuuta ja komensi molempien linnoitusten puolustusta.
Hatteras ja Clark vastaan Unionin lippupäällikkö Silas H. Stringhamin taistelussa Hatteras Inletissä 28.-29. elokuuta. Barron vangittiin kahden linnoituksen antautumisen jälkeen. Se pidettiin Fort Columbusissa Governors Islandilla New Yorkin satamassa, sitten Ft. Barron vapautettiin vankienvaihdossa seuraavana vuonna.