Braves hävisi Florida Marlinsille.
1997 NLCS ja San Diego Padres vuonna 1998 NLCS. Braves pääsi takaisin World Series -sarjaan vuonna 1999, mutta hävisi New York Yankeesille neljässä peräkkäisessä pelissä. Coxin 2001-joukkue voitti divisioonan mestaruuden ja häiritsi suosiossa olevia Houston Astrosia kolmessa peräkkäisessä pelissä divisioonan sarjassa. Arizona Diamondbacks kuitenkin voitti Bravesin viidessä pelissä NLCS:ssä.