Kun Leoncio Prado oli 26-vuotias, Chilen kanssa syttyi sotaa vuonna 1879, niin sanottua Tyynenmeren sotaa, joten nuori upseeri palasi Peruun puolustamaan kotimaataan. Hän oli laivastossa ja myöhemmin armeijassa. Ensinnäkin hänelle annettiin tehtäväksi organisoida torpedolaivat, jotka toimivat Arican sataman Alacránin saarella Chilen laivastoja vastaan. Myöhemmin, kun hän yhdisti Etelän armeijan vuonna 1880, hänet määrättiin muodostamaan sotilasjoukko, jonka kanssa hän osallistui Tacnan taisteluun.
Toukokuussa. Perulaisten tappion jälkeen hän johti partiointia Tacnan ympärillä, kunnes chileläiset vangitsivat hänet heinäkuussa Tatarassa. Mutta sitten hänet vapautettiin sillä ehdolla, että hän ei enää taistelisi sodassa, mitä hän ei noudattanut. Myöhemmin hän osallistui Sierra-kampanjaan ja kuoli pian Huamachucon taistelun jälkeen vuonna 1883.