Alus palasi Japaniin korjauksiin marraskuun puolivälissä. Polttoaineen ja materiaalien puute tarkoitti sitä, ettei häntä voitu palauttaa palvelukseen, ja hänet muutettiin leijuvaksi ilma-aluksen vastaiseksi patteriksi. Aluksen sylinteri- ja päämastointi poistettiin AA-aseiden tulituksen parantamiseksi, ja niitä lisättiin kahdella tyypin 89 ja yhdeksällä kolmella 25 mm: n aseella. Hänen etupuoliset aseensa poistettiin korvauksena. Laiturille asennettiin hiilipolttoinen aasinkattila lämmitykseen ja ruoanlaittoon, ja rinnalle kiinnitettiin muunnettu sukellusveneen jahtaaja höyryn ja sähkön toimittamiseksi. Sen ilma-alukset eivät olleet täysillä ja olivat vain osittain toiminnassa. 20. huhtikuuta "Nagato" alennettiin varastoon. Kesäkuussa 1945 kaikki sen toissijaiset aseet ja noin puolet sen ilma-aluksen vastustavista aseista siirrettiin rantaan, samoin kuin sen kaukokokeilijat ja hakuvalot. Sen miehistö väheni siten alle tuhannelle upseeriin ja sotilasmieheen. 18. heinäkuuta 1945 kannoilla varustettua laivaa hyökkäsivät hävittäjä- ja torpedo-pommikoneet. Nagatoon osui kaksi pommia ja raketti, jotka tappoivat 35 miestä ja vahingoittivat neljä 25 mm:n tykkiä. 30. elokuuta, muutama päivä ennen virallista antautumista
Amerikkalaiset merimiehet ottivat aluksen haltuunsa.