Perhe muutti New Yorkiin vuonna 1940. Seuraavana vuonna Eisuke siirrettiin New Yorkista Hanoihin, ja perhe palasi Japaniin. Ono oli ilmoittautunut Keimei Gakueniin, Mitsui-perheen johtamaan kristilliseen peruskouluun. Se pysyi Tokiossa koko toisen maailmansodan ajan ja 9. maaliskuuta 1945 tehdyissä suurissa tulipalo-pommituksissa.
, jonka aikana hän oli muiden perheenjäsenten kanssa turvassa erityisessä bunkkerissa Tokion Azabu-alueella, kaukana raskaista pommituksista. Ono meni myöhemmin Karuizawan vuoristoalueelle perheensä kanssa.