Maaliskuussa 1862 Waddell nimitettiin luutnanttiksi Konfederaation laivastossa. Hänet lähetettiin New Orleansiin ja määrättiin keskeneräiseen panssarivaunualukseen CSS "Mississippi", joka tuhoutui huhtikuun lopussa. Seuraavana kuukautena hän osallistui taisteluun.
Konfederaation rantapatterioiden ja liittovaltion panssarivaunujen välillä Drewry's Bluffissa, Virginiassa. Hän näki lisää ranta-patterioiden palvelua Charlestonissa, Etelä-Carolinassa, loppuvuodesta 1862 ja vuoteen 1863. Ensimmäinen luutnantti Waddell lähetettiin ulkomaille maaliskuussa 1863. Hän oli asemalla Englannissa odottaen, että hänellä olisi meriasemaa.