Schumacher jatkoi Tyotassa ja sai jälleen Trullin yhteistyökumppaniksi vuonna 2006. Hän oli kunnianhimoinen tulevalle kaudelle: "Me haluamme voittaa joitakin kisoja. Sen pitäisi olla tavoitteemme ja toivokaamme, että se on realistinen". Hän aloitti kauden ilman pisteitä Bahrainissa, kun molemmat Toyota-autot olivat vauhdissa, mutta onnistui saamaan omat ja Toyotan kauden ensimmäiset pisteet kahdeksannella sijalla Malesiassa.
- Mitä? Hän onnistui turvaamaan itselleen ja Toyotan ainoalle palkintopisteelle Australian kaudella.