Avila liittyi kesäkuussa 1992 Florida Marlinsiin apulaisjohtajana Latinalaisessa Amerikassa. Kahden kauden jälkeen Marlinsiin hänet ylennettiin Latinalaisen Amerikan johtoon. Avilan johdolla Marlins allekirjoitti vuoden 1997 NLCS:n
Ja World Series MVP Liván Hernández, Floridan World Series -ottelun aikana.