Täytä seuraava lause: Yliopisto kärsi vakavia henkilöstö- ja pääomavahinkoja
Ruotsin hyökkäys vuonna 1656 ja rutto vuonna 1710, mutta toipui. Jesuiittojen tukahduttamisen jälkeen vuonna 1773 korkeakoulun hallinto siirtyi kansallisen koulutuksen komissiolle. Kolmannen Puolan ja Liettuan valtakunnan jakamisen jälkeen koulua johtivat Kolaiinien karmeliitit vuosina 1797-1817. Vuonna 1817 tsaarin hallitus sekularisoi koulun, muutti sen nimen gymnaasioksi, otti käyttöön peruskoulutuksen luokkat ja siirsi sen hallinnon Vilnan yliopistoon. Opiskelijoiden määrä kasvoi siten yli 400:een.