Naguib saavutti suuren kunnian vuoden 1948 arabimaiden ja israelilaisten välillä käydyssä sodassa
Hänet haavoitettiin seitsemän kertaa. Palvelustaan hän sai Fuadin ensimmäisen sotilaallisen tähden sekä beikin arvonimen. Myöhemmin hän sai myös Egyptin sotilasakatemian johtajuuden, jossa hän lopulta kohtasi Vapaiden upseerien liikkeen.