Sodan aikana hän palveli asevoimien päällikönä Potomacin armeijassa, Ohion osastolla ja Cumberlandin armeijassa. Hän oli merkittävä Fort Pulaskin taistelussa, Chickamaugan taistelussa, erämaassa ja Reamin asemalla.
(New Market Heights) -niminen elokuva. Porter sai 26. kesäkuuta 1902 tai 8. heinäkuuta 1902 kunniamitalin Chickamaugan taistelusta alla olevassa lainauksessa. Sodan viimeisenä vuotena hän palveli kenraali Ulysses S. Grantin henkilökunnassa ja kirjoitti myöhemmin elävät muistelmat kokemuksesta, "Campaigning With Grant" (1897).