Scott oli aktiivisessa palveluksessa Meksikon-Amerikan sodan aikana. Toukokuussa 1846 hän taisteli kenraalimajuri Zachary Taylorin johdolla Palo Alton taisteluissa.
ja Resaca de la Palma ja sai brevetin (kunnioituksen) majuriin. Hänet ylennettiin majuriin 29. kesäkuuta 1846.