Halsey nimitettiin komentajaksi Etelä-Tyynenmeren alueelle ja johti liittoutuneiden joukkoja Guadalcanalin taistelussa (1942-1943) ja
Solomonin ketjun yläpuolella taisteluissa (1942-1945) Vuonna 1943 hänet nimitettiin kolmannen laivaston komentajaksi, ja hän toimi virassa koko loppuelämän. Hän osallistui Leyte-lahden taisteluun, joka oli toisen maailmansodan suurin meritaistelu ja joidenkin kriteerien mukaan historian suurin meritaistelu. Hänet ylennettiin laivaston amiraaliksi joulukuussa 1945 ja lopetti toimintansa maaliskuussa 1947.