Vuoden 1939 syyskuussa syttyi sota ja Möller liittyi armeijaan. Hän jatkoi tehtäviään, vaikka yhdistys oli ilmeisesti ollut melko toimimaton vuoteen 1945 asti.
- Mitä? Tuona vuonna Nirrnheim kuoli muutama päivä kahdeksankymppisen syntymäpäivänsä jälkeen, ja Möller palasi sodasta Hampuriin, jossa hän jatkoi tehtäviään sekä Hampurin historiayhdistyksessä että kaupungin arkistojen johtoryhmässä. Vuonna 1948 hänet nimitettiin johtajaksi (päälliköksi) Hän astui virkaansa 1. tammikuuta 1948, mutta lähetettiin sitten lomalle helmikuun alussa 1948, kun hän joutui vastustamaan erottamisen mahdollisuutta.