Malagridan vaikutusvalta Lissabonin hovissa kohtasi suurta vihamielisyyttä pääministeriltä, Carvalholta, tulevaan Pombalin markiisiin. Carvalho yritti jälleenrakentaa Lissabonia
Malagridan mukaan vuoden 1755 maanjäristys oli oikeudenmukaisen Jumalan rangaistus syntiselle kansalle. Carvalho vihastui hallituksen implisiittiseen kritiikkiin ja suostutteli kuningas Josen karkottamaan Malagridan Setúbaliin marraskuussa 1756 ja poistamaan kaikki jesuiitat hovista.