Vuonna 1861, Amerikan sisällissodan syttyessä, Twitchell värväytyi 1. Komppaniin, 4. Vermontin jalkaväkijoukkoon. Kun rykmentti saapui Washingtoniin suorittamaan vartiotyötä ja suorittamaan koulutuksen valmistautuakseen taisteluun, Twitchell nimitettiin hänen yhtiönsä kirjailijaksi. Hänet ylennettiin korpraaliksi, ylikersanttiksi ja ylikersanttiksi. Hän osallistui Yorktownin piiritykseen vuonna 1862 ja haavoittui kolme kertaa Lee's Millin taistelussa, mutta ei vakavasti. Hän osallistui lisätaisteluun 4. Vermontin kanssa, mukaan lukien Savage's Stationin taistelu.
Seitsemän päivän taistelut.