Lowry komensi sotilaskuljetusveneen George Peabodyä, joka purki joukkoja Hatterasin taistelussa.
elokuussa 1861. Hän komensi sitten tykkiveneen lokakuusta 1861 helmikuuhun 1862 ja osana Pohjois-Atlantin sulkujoukkoa osallistui Pohjois-Carolinan operaatioihin. Marraskuussa hän upotti kolme sulkualusta Ocracoke Inletin sisäänkäynnillä ja sitten helmikuussa 1862 valloitti vihollisen linnoituksia Roanoke Islandilla ja osallistui myöhemmin Elizabeth Cityn valloitukseen.