McGregor on ilmaissut vastustuksensa brexitiä kohtaan. Vaikka hän vastusti Skotlannin itsenäisyyttä Yhdistyneestä kuningaskunnasta
Vuonna 2014 Skotlannin kansanäänestyksessä hän sanoi myöhemmin haastattelussa, että hän olisi äänestänyt Skotlannin poistumista Yhdistyneestä kuningaskunnasta, jos hän olisi voinut äänestää päivää sen jälkeen, kun Yhdistynyt kuningaskunta jätti Euroopan unionin. Vuonna 2020 hän ilmaisi tukensa Skotlannin itsenäisyydelle sanoen, että "on aika".