Kirjoita jatko-osa tälle kappaleelle - Meksikon itsenäistymisen jälkeen vuonna 1821 suuri joukko espanjalaisia joukkoja jatkoi San Juan de Uluan miehittämistä vielä vuonna 1825. Se oli viimeinen paikka entisessä Uuden Espanjan siirtokunnassa, jota espanjalaiset pitivät, ja se luovutettiin meksikolaiselle kenraali Miguel Barragánille marraskuussa 1825. Presidentti Vicente Guerreron erottamismääräyksen perusteluna oli heidän epäonnistunut yrityksensä valloittaa Meksiko uudelleen. Siitä lähtien San Juan de Ulúa on toiminut sotilaallisena ja poliittisena symbolina Meksikon vastarinnalle ulkomaisille hyökkäyksille ja miehityksille, joista useat tapahtui 1800-luvulla. Vuonna 1836 ranskalaiset pommittivat linnoitusta Veracruzin taistelussa leivonnaissotien aikana.
Vuonna 1863 ranskalaiset miehittivät kaupungin lyhyeksi ajaksi asettaessaan Maximilian I:n Meksikon keisariksi. Suurin osa 1800-luvusta linnoitus oli vankila, varsinkin poliittisille vankeille, joiden arvioitiin olevan hallituksen vastustajia. Monet merkittävät meksikolaiset poliitikot viettivät täällä aikaa, kun he eivät olleet vallassa.