Täytä seuraava lause: 4. maaliskuuta 2017 Aubameyang ylitti 20 Bundesliga-maalia toisena peräkkäisenä kaudella kahdella maalilla Bayer Leverkusenin tappiossa 6-2. Neljä päivää myöhemmin hän teki hat-trickin voitolla 4:0 Benficaa vastaan ja päästi Dortmundin Mestarien liigan neljännesfinaaliin. 20. toukokuuta Aubameyang teki kaksi maalia Borussan viimeisenä päivänä Werder Bremeniä vastaan ja lopetti kauden Bundesligan eniten maalien tekijänä 31 maalin kanssa. Tässä
DFB-Pokalin 2016-17 finaalissa 27. toukokuuta 2017 hän teki voiton maalin, rangaistuksen, kun Dortmund voitti Eintracht Frankfurtin 2-1.