Vettel sai kolmannen sijan Australian Grand Prix -kilpailussa vuonna 2016.
Hän ei lähtenyt, kun hänen autonsa hajosi. Vettel törmäsi Räikkönenin kanssa ensimmäisellä kierroksella, mutta molemmat onnistuivat jatkamaan. Hän syytti Red Bullin kuljettajaa Daniil Kvyatia törmäyksestä, kutsui häntä "hulluiksi" ja kuvaili hänen ohittamisliikkeensä "itsemurhaksi". Vettel vetäytyi ensimmäisellä kierroksella Kvyatin kanssa. Vettel yritti ohittaa Red Bullin kuljettajan Max Verstappenin, mutta Verstappen juoksi pois radalta ja palasi hänen edellä, Vettel hyökkäsi verbaalisesti häntä ja kilpailun johtaja Charlie Whitingia vastaan, josta hän myöhemmin pyysi anteeksi. Vettel esti sitten Red Bullin Ricciardon liikkumalla jarrutusvyöhykkeelle ja sai kymmenen sekunnin rangaistuksen ja kaksi pistettä ajokorttiinsa. Vettel ei voittanut yhtään kilpailua vuonna 2016, vaikka hän saavutti seitsemän pallopistettä kauden aikana.