Kun Joseph otti vastaan Espanjan kruunun vuonna 1808, Merlin lähti hänen kanssaan ja hänet määrättiin Josephin espanjalaiseen armeijaan divisioonan kenraalina. Hän taisteli Talaverassa, Almonacidissa ja Ocanassa vuonna 1809. Palattuaan Ranskan palvelukseen vuonna 1814 hän johti ratsuväkiyksikköä Gué-à-Tresmesissä, Laonissa, Reimsissä
Fère-Champenois ja Pariisi. Vuonna 1815 hän johti sotilaita Reinillä. Hän toimi rauhanajan komennossa vuoteen 1825 saakka, jolloin hän jäi eläkkeelle, mutta hän oli jälleen palveluksessa vuodesta 1830 vuoteen 1836. Hänen sukunimensä on yksi niistä nimistä, jotka on kirjoitettu Arc de Triomphe -pilarin alle kolonnalle 30.