Prinsessa Margrethe syntyi 16. huhtikuuta 1940 Frederik VIII:n palatsissa, hänen vanhempiensa asuinpaikassa Amalienborgin palatsikompleksissa, joka on Tanskan kuninkaallisen perheen pääasunto Frederiksstadenin alueella Kööpenhaminan keskustassa. Hän oli kruununprinssin ja kruununprinsessan (myöhemmin kuningas Fredrik IX ja kuningatar Ingrid) ensimmäinen lapsi. Hänen isänsä oli tuolloin hallitsivan kuningas Christian X:n vanhin poika, kun taas hänen äitinsä oli Ruotsin kruununprinssin (myöhemmin kuningas Gustaf VI Adolf) ainoa tytär. Hän syntyi vain viikon kuluttua natsi-Saksan hyökkäyksestä Tanskaan.
9. huhtikuuta 1940.