CER oli Kiinan ja Venäjän yhteinen hanke, ja Venäjän-Japanin sodan jälkeen japanilaiset valtasivat CER: n eteläisen osan muodostaen Etelä-Manschurian rautatien, kun taas pohjoiset osat jäivät kiinalais-venäläisen hallinnan alaiseksi. Lokakuun vallankumouksen jälkeen valkoiset venäläiset hallitsivat rautatieasemaa jonkin aikaa Venäjän sisällissodan aikana, mutta vuodesta 1917 Kiinan tasavallan hallitus alkoi ottaa rautatieasemaa itselleen, kunnes vuonna 1922 CER tehtiin virallisesti kiinalais-neuvostoliittolaiseksi yhteisyritykseksi. Vuonna 1929 kiinalaiset kuitenkin valtasivat CER:n täydellisen hallinnan, hyökkäsivät Neuvostoliiton konsulaattiin Harbinissa ja pidättivät CER:n virkamiehet. Tämä johti Kiinan ja Neuvostoliiton väliseen konfliktiin vuonna 1929.
Neuvostoliitto kukisti Kiinan armeijan ja pakotti kiinalaiset jälleen kerran hyväksymään yhteisen rautatievalvonnan. Mukdenin tapahtuman jälkeen Neuvostoliitto säilytti rautateiden hallinnan huolimatta Japanin miehityksestä Koillis-Kiinassa; Manchukuon perustamisen jälkeen vuonna 1932 CERista tuli Neuvostoliiton ja Manchukuon yhteinen yritys nimeltään "North Manchuria Railway". Maaliskuussa 1935 Manchukuon hallitus osti NMR:n neuvostosuuden 140 miljoonalla jenillä, ja koko rautatieverkosto siirtyi Manchukuon kansallisen rautatieyhtiön haltuun.