Henkin työskenteli vuodesta 1948 alkaen Yhdistyneiden Kansakuntien toimistossa Yhdysvaltain ulkoministeriössä, jossa hän oli yksi henkilöistä, jotka olivat vastuussa pakolaisten asemaa koskevasta yleissopimuksesta vuonna 1951, sopimuksesta, jossa vahvistettiin kansainvälisesti hyväksytty määritelmä siitä, mikä muodostaa pakolaisen, ja asetettiin vaatimukset, jotka koskevat valtioiden turvapaikan myöntämistä siten nimetyille henkilöille. Hän jätti ulkoministeriön vuonna 1956 opettamaan vuodeksi Columbia-yliopistossa ydinsulkemisen aiheesta, josta tuli hänen vuoden 1958 kirjansa "Arms Control and Inspection in American Law" aihe. Hän opetti Pennsylvanian yliopistossa vuodesta 1958 alkaen. Hän jatkoi työtään, joka julkaistiin nimellä
ja Yhdistyneissä Kansakunnissa" vuonna 1959 sekä vuonna 1964 julkaistussa kirjassa "Disarmament: The Lawyer's Interests".