13. heinäkuuta 2011 ilmoitettiin, että Jonathan jättäisi Santosin harjoittelemaan Serie A: n jättiläisten Inter Milanin kanssa siirtymän viimeistelyyn saakka. Kaksi päivää myöhemmin, 15. heinäkuuta, hänestä tuli virallisesti Interin pelaaja ja allekirjoitti neljän vuoden sopimuksen. Jonathan teki Interin debyyttinsä 11. syyskuuta 2011 vuoden 2011-12 Serie A:n toisessa viikossa.
Hän pelasi 90 minuuttia, kun Palermo hävisi. Kolme päivää myöhemmin Jonathan teki mestaruusottelunsa, pelatessaan koko ottelun ensimmäisenä ottelupäivänä turkkilaisen Trabzonsporin kanssa, joka hävisi 0:01 San Sirolla.