Vuosi 1966 oli Stewartille huono vuosi. Kolmilitraiset H16 BRM:t olivat epäluotettavia, vaikka Stewart voitti Monaco Grand Prix -kilpailun kaksilitraisella moottorilla. Tärkein tapahtuma tuona vuonna oli hänen onnettomuutensa Belgian Grand Prix'ssä.
Spa-Francorchampsissa, mikä sai hänet pakenemaan Ranskan Grand Prix -kilpailusta Reimsissä.