Napoleon otti pohjoisen armeijan reservin ja yhdisti joukkonsa Neyn joukkoihin ja ajoi takaa Wellingtonin armeijaa, kun hän oli määrännyt marsalliksi Grouchyn ottamaan pohjoisen armeijan oikean siiven ja pysäyttämään preussilaisten uudelleenryhmittymän. Ensimmäisessä virheellisissä laskelmissa sekä Grouchy että Napoleon eivät tajunneet, että Preussin joukot olivat jo uudelleenorganisoituneet ja kokoontuneet Wavren kylään. Ranskan armeija ei tehnyt mitään estääkseen prussilaisten melko rauhallista perääntymistä, joka tapahtui koko yön ja varhain aamulla. Kun 4., 1. ja 2. Preussin sotajoukot marssivat kaupungin läpi kohti Waterloo'ta, 3. Preussin sotajoukko otti tukikohtia joen toisella puolella.
Wavren taistelu (18.-19. kesäkuuta) oli 12 tuntia liian myöhään. Lopulta 17 000 Preussin sotilaan avulla 33 000 ranskalaista tukijoukkoa pysytettiin poissa kentältä.