Scott oli aktiivisessa palveluksessa Meksikon-Amerikan sodan aikana. Toukokuussa 1846 hän taisteli kenraalimajuri Zachary Taylorin johdolla
Palo Altoon ja Resaca de la Palmaan ja sai brevetin majuriin. Hänet ylennettiin majuriin 29. kesäkuuta 1846.