Osana 1. laivastoa Fuji osallistui Port Arthurin lähistöllä 9.-10. maaliskuuta 1904 käymään taisteluun, jossa Fuji kärsi lieviä vahinkoja ja Yashima oli vahingoittumaton. Toukokuun 15. päivänä "Yashima" osui kahteen meri miinaan ja upposi. "Fuji" osallistui Keltaisenmeren taisteluun
Se purettiin elokuussa, ja se vahingoittui hieman Tsushiman taistelussa toukokuussa 1905. Hänet luotiin ampumaksi, joka aiheutti varasto räjähdyksen, joka tuhosi sotalaiva "Borodino". Lokakuussa 1908 Fuji isännöi Yhdysvaltain Japanin-suurlähettilästä ja joitakin valkoisen laivaston ylimpiä upseereja. Se luokiteltiin myöhemmin rannikkosuojalukseksi vuonna 1910. Alus purettiin aseista ja muutettiin majoitusalukseksi vuonna 1922. Amerikkalaiset lentokoneet upottivat Fujin vuonna 1945 ja romuttiin vuonna 1948.