Täytä seuraava lause: 13. heinäkuuta 2011 ilmoitettiin, että Jonathan jättäisi Santosin harjoittelemaan Serie A: n jättiläisten Inter Milanin kanssa siirtymän viimeistelyä odotellen. Kaksi päivää myöhemmin, 15. heinäkuuta, hänestä tuli virallisesti Interin pelaaja ja allekirjoitti neljän vuoden sopimuksen. Jonathan teki Interin debyyttinsä 11. syyskuuta 2011.
2011-12 Serie A, pelasi koko 90 minuuttia Palermon 4-3 häviössä. Kolme päivää myöhemmin Jonathan teki mestaruusottelunsa, pelatessaan koko ottelun ensimmäisenä ottelupäivänä turkkilaisen Trabzonsporin kanssa, joka hävisi 0:01 San Sirolla.