Dowling nimitettiin Brittiläisen imperiumin ritarikomentajaksi (KBE) vuoden 1957 uudenvuoden kunnianosoituksissa, ja hän valmistui CNS: n toimikaudeksi 23. helmikuuta 1959. 23. maaliskuuta hän otti Sir Henry Wellsin paikan puolustusvoimien päällikön roolissa. Hänen jälkeensä CNS:nä tuli varamiraali Henry Burrell. Dowling toivoi nimityksestään COSC: n puheenjohtajaksi, että se muuttaisi aseman siten, että se käyttäisi komennusvaltaa palvelupäälliköille, mutta tässä hän oli pettynyt. Aseman arvo pysyi samanlaisena kuin armeijan, laivaston ja ilmavoimien päälliköillä, ja se vastasi vain puolustusministerin näkemysten esittämisestä sotilaallisissa asioissa. Muita hänen toimikautensa takaiskuja olivat puolustusministeriön päätös - peruutettu hänen toimikautensa jälkeen - purkaa Fleet Air Arm ja liittovaltion hallituksen epäonnistuminen tukemaan häntä, kun hän ilmoitti SEATO: n lehdistötilaisuudessa maaliskuussa 1961, että Australia oli valmis puuttumaan sotilaallisesti toiseen Laosin kriisiin.
Jos se olisi tarpeen. Syyskuussa 1959 ensimmäisen laosilaisen kriisin aikana Australian hallitus oli valtuuttanut Dowlingin lähettämään "jalkaväkipataljoonan, RAAF-hävittäjien eskadronin, ilmaliikenteen ja kaksi RAN-hävittäjää" tukemaan Yhdysvaltojen ja SEATO-joukkoja, mutta mitään väliintuloa ei tapahtunut.