MP4/6 се състезаваше с ръчна скоростна кутия с модел "H". По време на сезона е тествана полуавтоматична трансмисия (показана на
Гран При на Унгария; колата, оборудвана с него, е изминала 4 обиколки на пистата на практика, преди Сенна да се отклони; колата след това е превърната обратно в ръчна), но никога не е била считана за достатъчно добра, за да се използва в състезание; Ферари и Уилямс са единствените отбори, които използват полуавтоматични скоростни кутии през 1991 г. MP4/6 ще остане в историята като последната Формула 1 кола, която печели Световното първенство, използвайки ръчна трансмисия или V12 двигател.