След завръщането си в Австралия батальонът получава 24-дневен отпуск, преди да се прегрупира през март в Равеншоу, Квинсленд, за да започне подготовката за следващата фаза на войната. Батальонът преживява висока текучест на персонала и до времето, когато отново влиза в бой в средата на 1945 г., остават само 141 души, които са били разположени в Близкия изток през 1940 г. Нов командир, подполковник Ноел Симпсън, пристига през май 1944 г., заедно с голяма партида от други подкрепления, заменящи много мъже, които все още страдат от малария от предишната кампания. Следва дълъг период на обучение, тъй като съществува известна степен на несигурност относно ролята на австралийската армия в бъдещите операции в Тихия океан, след като американските военни поемат основната отговорност за бойните операции в театъра. Въпреки това, в последните месеци на войната, 2/43 участва в опитите да възвърне
Лабуан и Северен Борнео като част от операция "Обое 6".