Хендерсън се върна в Близкия Изток през 1951 г. като посланик в Иран. Там той се занимава с новоизбрания министър-председател Мохамед Мосадек по въпроси, свързани с иранските петролни резерви, които преди това са били собственост на британски интереси, които Мосадек наскоро е национализирал. Съединените щати се противопоставяха на национализацията, и той помогна да се организира 1953 ЦРУ подпомагани
който премахна Мосадек, демократично избран лидер.