При избухването на Втората световна война "Атос II" все още е на далечноизточния маршрут, но на 1 февруари 1940 г. в Коломбо, "Селйон" се присъединява към конвоя на Австралия/Нова Зеландия, обозначен като US1 поради секретност и транспортиращ около 13 500 войници в Северна Африка, под ескорт, тогава воден от. След преминаването през Суецкия канал и завръщането си във Франция, "Атос II" започва да обслужва Марсилия, Египет и Сирия до 22 юни 1940 г.
Германско-френско примирие, когато корабът е поставен в Александрия, Египет, заедно с други френски кораби, заловени в Суецкия канал и египетските води. В допълнение към търговските кораби е имало френска военноморска сила, Force X, под командването на адмирал Рене-Емил Годфрой, която е действала с британския флот от Александрия. След падането на Франция с контролирана от Германия Виши Франция, контролираща френските пристанища, французите са изправени пред опциите да продължат с Съюзниците под генерал де Гол, да се демилитаризират или да бъдат потопени от британците. Британските действия срещу френския флот в Оран спират демилитаризацията, но тя се възобновява след по-нататъшни преговори, в резултат на което се изисква намаляване на работната сила на френския флот, около 4000 души, до една трета. Две хиляди френски моряци вече са напуснали Александрия, когато на "Атос II" е позволено да отплава на 13 юли 1940 г. с 1000 останали служители на Force X и някои членове на търговския екипаж във Франция. През септември 1940 г. репатрира френските войски от Сирия и след това става охранителен кораб в Алжир, докато не бъде заловен от Съюзниците през ноември 1942 г. по време на Операция Факел.