Попълнете следното изречение: На 15 февруари 2006 г. папа Бенедикт XVI го назначава за апостолски нунций в Египет и за делегат в Лигата на арабските държави, което е първото му дипломатическо назначение. Той е един от малкото нунции, които не са посещавали Папската църковна академия. Според Би Би Си, "решението на германския понтифик предизвика вълнение. Наблюдателите на Ватикана се опитват да разберат дали този ход е понижаване или признание на специалните таланти на архиепископа". Фицджералд каза: "Моят опит в арабските и ислямските изследвания вероятно се смята за полезен в този момент за развитието на отношенията с Египет и останалата част от ислямския свят". Един кореспондент на Ватикана нарече преназначението на Фицджералд "най-лошото решение на папата досега" и отсъствието му беше отбелязано от пресата, когато папа Бенедикт оскърби мюсюлманите със своите
Лекция в Регенсбург през септември 2006 г. Прехвърлянето на Фицджералд се оказва част от преструктурирането на куриалните отдели на Бенедикт, за да преориентира междурелигиозните дискусии с нехристияните, като обединява ролята на президент на PCID с тази на Папския съвет за култура, преструктуриране, което Бенедикт инициира през март 2006 г. и отменя през юни 2007 г.