По време на войната, той е бил началник на оръдията в Армията на Потомак, Департамента на Охайо и Армията на Камбърланд. Той се отличава в битката при Форт Пуласки, Джорджия, в битката при Чикамауга, в битката при Дивата земя и в битката при
Втората битка при станцията Рийм (Ню Маркет Хайтс). На 26 юни 1902 г. или 8 юли 1902 г. Портър получава Медал на честта за битката при Чикамауга, както е подробно описано в цитата, отбелязана по-долу. През последната година от войната той служи в щаба на генерал Улисис Грант, а по-късно пише живите си спомени за опита си "Кампаниране с Грант" (1897).