Храмът е основан през 778 г. от Sakanoue no Tamuramaro, а сегашните му сгради са построени през 1633 г. по заповед на Tokugawa Iemitsu. В цялата структура не се използва нито един пирон. Името му идва от водопада в комплекса, който тече от близките хълмове. Kiyomizu означава чиста вода или чиста вода. Първоначално е бил свързан със старата и влиятелна секта Hossō, датираща от времето на Нара. Въпреки това, през 1965 г. той прекъсва тази връзка и настоящите му пазители се наричат членове на сектата "Kitahossō".
Водопадът