На 1 ноември 1864 г. Хосе Луис е назначен за командир на 2-ра дивизия в основната бразилска армия, която дотогава се нарича "Армията на Юга" и е водена от чичо си фельдмаршал Жоао Прописио Мена Барето (по-късно барон на Сан Габриел). Армията на Юга нахлула в Уругвай на 1 декември. Хосе Луис участва в
обсадата на уругвайския град Paysandú, който пада на 2 януари 1865 г. Бразилската армия и съюзническите сили на Колорадос обсадили столицата на Уругвай, Монтевидео. Преди атаката срещу града да започне, Бланкос капитулират, слагайки край на конфликта.