След като флота на Вирджиния е интегриран в флота на Конфедерацията, Барон е назначен за командир и началник на Службата за заповеди и детайли на 10 юни. Барон ще остане на тази длъжност до 20 юли, когато секретарят на флота на Конфедерацията Стивън Р. Малори се съгласява с молбата на Барон да бъде назначен за командир на крайбрежните отбранителни сили на Вирджиния и Северна Каролина, важно пристанище за конфедеративните каперни, базирани в Памилико Саунд. Пристига в щаба си на
Форт Хатерас на 28 август, Барон командва отбраната както на фортовете Хатерас, така и на Кларк срещу офицера на флага на Съюза Сайлъс Х. Стрингъм по време на битката при залива Хатерас на 28-29 август. Барон е заловен след предаването на двете крепости. Провежда се във Форт Колумб на остров Гувернърс в пристанището на Ню Йорк, след това във Форт. Ворън, Бостънското пристанище, Барон е освободен в размяна на затворници през следващата година.