На 16 септември 2008 г. Пуйол направи 400-то си участие за Барселона в мач от груповата фаза на Шампионската лига срещу Спортинг КП. През сезона на лигата, въпреки проблемите с контузиите, той участва в 28 мача и им помага да спечелят още една титла. Единственият му гол е срещу Реал Мадрид в "Ел Класико" на стадион Сантяго Бернабеу на 2 май 2009 г., който завършва с огромна победа с 6 срещу 2, и той празнува своя гол, целувайки гривната си с каталунското знаме пред разгневените мадридски фенове. Той беше от съществено значение за отбора, който спечели Купата на Краля през 2009 г., Лигата на шампионите през 2009 г.,
2009 UEFA Супер Купа и 2009 ФИФА Клубната световна купа за завършване на безпрецедентен шестократен резултат, който се появява в близо 100 официални мача.