Завърши следното изречение: Като ученик, посещаващ латинското училище (класическо/граматично училище) в родния си град, Кернер, който е бил физически малък и слаб, страда както от жестокостта на баща си, така и от тормоза от съучениците си. Въпреки това, неговият дух на противопоставяне останал непокътнат, дори и след като баща му осигурил приемането му през 1779 г. в елитната Карлсшуле (военна и обща академия) в Щутгарт, описана от един източник като "престижния институт на херцога, предназначен да снабдява лоялни държавни служители, наполовина училище с интернат, наполовина университет". Сред другите ученици е Фридрих Шилер. Въпреки военната академия, Кернър никога не се е приспособявал интелектуално към това, което се очакваше от него. В речта си в деня на основателя на Академията, застаряващия владетел на Вюртемберг, херцог Карл Юген, Кернър призовава за създаването на система на държавно благосъстояние за бедните. Шилър напуска академията в полза на кариерата си в театъра през 1782 г., но Кернър все още е студент през 1789 г. Той създава политически клуб в рамките на академията, посветен на подкрепата за френската революция. Други членове включват Кристиан Хайнрих Пфаф и Джоузеф Антон Кох. На 14 юли 1790 г. те проведоха таен празник, за да отбележат първата годишнина от
Нахлуването в Бастилията. Тези и подобни действия от страна на Кернер и приятелите му предизвикват неблагоприятна реакция в консервативния Вюртемберг сред гражданите и аристократичните френски емигранти, които те приемат в сърцата си. С помощта на приятели, Кернър написал дисертация, която завършила обучението му и му дала квалификацията му за лекар през Великден 1791 г. Сега, придружен от първата сериозна любов в живота си, той се премества в Страсбург под претекст, че желае да подобри медицинските си знания в университета.