Завърши следното изречение: След обявяването на независимостта на Мексико през 1821 г. голяма част от испанските войски продължават да окупират Сан Хуан де Улуа чак до 1825 г. Това е последното място в бившата колония Нова Испания, което е държано от испанците и е предадено на мексиканския генерал Мигел Бараган през ноември 1825 г. Оправданието за заповедта за експулсиране, издадена от президента Висенте Герреро, беше техният неуспешен опит да превземат Мексико. Оттогава Сан Хуан де Улуа служи като военен и политически символ на мексиканската съпротива срещу чужди нашествия и окупации, благодарение на няколко от които се случват през деветнадесети век. През 1836 г. французите бомбардират крепостта в битката при Веракрус по време на Кондитерската война, конфликт в резултат на френски гражданин в Мексико, който търси обезщетение за неговата предполагаемо повредена сладкарница; по време на мексиканско-американската война, Съединените щати
През 1863 г. французите за кратко окупират града, когато инсталират Максимилиан I като император на Мексико. През по-голямата част от деветнадесети век фортът е служил като затвор, особено за политически затворници, които се считат за опозиция на правителството. Много известни мексикански политици са прекарвали време тук, докато не са били на власт.