Брукс участва и във Втората Семинолова война и в Мексиканско-американската война. Участвал е в битките на
Битката при Пало Алто и битката при Ресака де ла Палма през 1846 г. Той участва в значителни действия в битката при Монтерей и получава капитанска степен за "галантно и заслужено поведение". През следващата година, Брукс участва в обсадата на Вера Круз, битката при Серо Гордо, битката при Окалака, битката при Контрерас и битката при Чурубуско. На 20 август 1847 г. е повишен до майор за смело и заслужено поведение при Контрерас и Чурубуско. Служи в щаба на генерал Дейвид Туигс до края на войната.