В края на септември започнаха ожесточени битки за контрол над височината, която надвиваше пристанището. Републиканските крайбрежни батареи обменят огън с корабите на Кралския флот, по време на който HMS "Принцеса Роял" претърпява тежки жертви при експлозия на боеприпаси, а на 30 септември републиканските войски под командването на капитан Наполеон Бонапарт превземат хълма Фарон, само за да бъдат изгонени на следващия ден от комбинирана сила от британски, испански, неаполитански и сардински войници под командването на лорд Мългрейв. В началото на октомври неаполитанските подкрепления насърчават поредица от успешни нападения срещу републиканските височини, но по-късно през месеца Худ и Лангара имат сериозно несъгласие относно командването на обсадата, като Лангара отива толкова далеч, че заплашва флагманския кораб на Худ "Победа", преди в крайна сметка да отстъпи. В края на месеца съюзниците събрали повече от 16 000 мъже, включително 6 000 испански войници. Британският принос е малко над 2000 мъже, намалени от ангажиментите на Кралския флот другаде в Средиземно море. Очаква се значителна част от австрийските подкрепления от Генуа, но те са възпрепятствани да се качат на борда от комбинация от австрийска непримиримост и геновски гняв от британското нарушаване на нейния неутралитет по време на действието от 5 октомври 1793 г. На Съюзниците им липсват толкова много войници, че Худ наема 1500 наемници от рицарите на Малта, въпреки че те не пристигат преди края на обсадата. През този период републиканските сили бързо нарастват, тъй като подкрепленията, освободени след края на войната, се увеличават.
Обсадата на Лион достига до обсадителите в Тулон, като републиканската армия събира приблизително 33 000 войници под командването на генерал Жак Франсоа Дугомьер.