Попълнете следното изречение: Стюарт е назначен за бригаден генерал на 8 ноември и е назначен да командва 2-ра бригада, 2-ра дивизия, окръг Колумб, от Конфедеративния департамент No. Два (предшественик на Департамента на Тенеси), под ръководството на Леонид Полк. Стюарт заема тази позиция от 16 ноември до декември, когато неговата бригада е прехвърлена в Първата географска дивизия на Департамента, до февруари 1862 г. Неговата бригада се връща в западната част на Кентъки, за кратко се присъединява към дивизията на Джон П. Маккоун, водещ защитата на града в битката при Ню Мадрид, преди Маккоун да нареди евакуацията и да се оттегли надолу по река Мисисипи. На 1 април, хората на Стюарт се присъединяват към дивизията на Чарлз Кларк, в корпуса на Леонид Полк, от Армията на Мисисипи на Албърт Сидни Джонстън, точно навреме за
Битката при Шило. Там Стюарт повежда бригада си в първия ден на атаките срещу района на "Гнездото на стършелите" в центъра на линията на Съюза.