На 23 август 1951 г. Уизнър наследява Алън Дълес и става втори заместник-директор по плановете, с Ричард Хелмс като негов началник на операциите. В тази позиция, той е инструмент в подкрепа на про-американски сили, които
свали Мохамед Мосадех в Иран през 1953 г. и Якобо Арбенз Гусман в Гватемала през 1954 г. Друг проект, в който е участвал, е свързан с лидерите на Белорусската бригада, подразделение, включено в германска дивизия на СС, които са били подпомагани в Съединените щати след Втората световна война, до голяма степен благодарение на усилията му. В нарушение на федералния закон, Джон Лофтус твърди, че Службата за координация на политиката е помогнала за получаване на визи за нацистки сътрудници от Беларус, за които се смята, че са улеснили многобройните зверства на нацистка Германия. Според Лофтус, всичко това е част от схемата на Студената война за водене на партизанска война в окупираната от СССР Европа, в която нацистките колаборационисти ще играят ключова роля. Когато обаче проектът се срива, белорусите бързо се установяват и получават американско гражданство <unk> и разузнавателните служби ги защитават от разкриване в продължение на десетилетия.