На 23 юли 1861 г. е назначен за командир на 5-та доброволна пехота в Кънектикът и му е даден чинът на полковник. Първоначалният полк е 1-ви полк Colts Revolving Rifles от Кънектикът и е трябвало да бъде воден от Самюъл Колт, но отрядът никога не влиза на бойното поле. След като организацията му се проваля, полкът е реорганизиран през май 1861 г. В началото на март 1862 г. Фери повежда войските си през река Потомак и атакува конфедератите в Уинчестър, Вирджиния. Това действие по-късно ще доведе до това, което стана
Първата битка при Уинчестър. Фери бил добре похвален за способностите си като лидер и като военен стратег. Фери е повишен до бригаден генерал на 17 март 1862 г. След това е поставен под командването на генерал Джеймс Шилдс, чиято дивизия се присъединява към тази на генерал Ървин Макдауъл. Под командването на Макдауъл Фери участва в Първата битка при Уинчестър. Фери продължава да служи под командването на Шилдс по време на кампанията в долината.