Макдоналд се присъединява към Кралския флот през 1833 г. Служил е в
Осмата война на Ксоса като командир на HMS "Ferret". Повишен до капитан през 1854 г., той командва HMS "Hogue", HMS "Arethusa" и след това HMS "Bellerophon". През 1872 г. е назначен за заместник-командир на флота на Ламанша, а от 1873 г. става 21-ият вожд на клана Макдоналд от Кланраналд.