По време на войната с Русия от 1654 до 1667 г. и по време на Великата северна война (1700 - 1721) Меркине страдал много от руските и шведските армии и загубил стратегическото и икономическото си значение. Меркине отново е изгорена от руската армия по време на
Възстание от 1794 г., което се опитва да освободи Полско-Литовската общност от руското влияние. През 1794 г. в инвентаризацията на града се споменава речно пристанище от река Немунас, също така реките Немунас и Меркис са оценени като подходящи за плаване. В документи от 19-ти век Меркине е споменато като речен търговски център, в който са били построени речни търговски кораби.