След избухването на войната с Япония, Алън се завръща в Австралия през март 1942 г. и през август поема ръководството на операциите срещу
Японците напредват по Кокода. Въпреки че е успешен, Алън все пак е подложен на това, което мнозина смятат за несправедлива критика от страна на командващия съюзническите сили в югозападната част на Тихия океан, американски генерал Дъглас Макартур и командващия съюзническите сухопътни сили, австралийският генерал сър Томас Блеми, за това, че се движат твърде бавно в преследването на японците през Оуен Стенли. Той е освободен от командването си на 29 октомври 1942 г. Следват по-малки назначения, но през октомври 1944 г. Блейми препоръчва Алън да бъде назначен за рицар командир на Ордена на Британската империя, въпреки че Алън никога не е назначен.