Завърши следното изречение: Германската армия насочи вниманието си на запад, и през април 1940 г.
нахлуха в Дания. "Шлезвиг-Холщайн" е назначен за военноморския компонент на нахлуването. По време на нахлуването корабът за кратко остава на земята в Големия пояс, западно от Агерсо. След операцията, той е прехвърлен обратно на обучителни задължения, като флагман на началника на обучителните части. В края на 1943 г. отново е обмисляно възстановяването на "Шлезвиг-Холщайн". В нейна полза беше фактът, че тя запази някои котли на въглища, като се има предвид все по-лошата ситуация с доставките на нефт. Така на 1 февруари 1944 г. корабът отново е въведен в експлоатация, като първо поема старата си роля като кораб за обучение на кадети, а по-късно през годината се доковява в Готенхафен (Гдиня) за ремонт. Тя трябваше да бъде превърната в конвоен ескорт кораб с значително подобрена противовъздушна оръдия, но след като е била ударена три пъти от бомбардировачите на Кралските военновъздушни сили на 18 декември 1944 г., тя в крайна сметка потъва в плитки води. Тъй като корабът е временно повреден, екипажът му е изпратен на брега, за да помогне в защитата на Мариенбург.