В юли 1861 г. полк, известен като Инженерен полк на Запада, наемен предимно в щатите Илинойс и Мисури, е организиран от полковник Дж. У. Бисел, а Хенри Флад е капитан на рота Б. През август същата година той е избран от генерал Фремонт, тогава командващ в Сейнт Луис, за служба при изграждането на укрепления в Кейп Жирадо, Мисури, където остава няколко месеца. По-късно през годината, когато Фремонт е наследен от генерал Халек, капитан Флад получава заповед да се присъедини към генерал Поуп в югоизточен Мисури и служи като щабен офицер през кампанията за Ню Мадрид и Пойнт Плезант и превземането на остров номер десет, след което се присъединява към своя полк в Ню Мадрид. Той беше с полка си във Форт Пиллоу и
Питсбърг Ландинг и в операциите преди Коринт. През лятото на 1862 г. той е ангажиран в ремонта на железопътната линия Мобил и Охайо, в изграждането на крепости в Коринт и в ремонта на централната железопътна линия Мисисипи. Той също е участвал в настъплението на Грант в Гренада. През февруари 1863 г. той е изпратен в Йънгс Пойнт, където е нает в инженерни работи, както по-късно е бил в Бакстър Байу, Лейк Провидънс и Байу Мейкън.