Бекерел е роден в Париж в богато семейство, което е произвело четири поколения физици: дядо на Бекерел (Антоан Сезар Бекерел), баща (Александър-Едмън Бекерел) и син (Жан Бекерел). Анри започва образованието си, като посещава училището Lycée Louis-le-Grand, подготвително училище в Париж. Той учи инженерство в École Polytechnique и École des Ponts et Chaussées.
Александър-Едмънд Беккерел