Когато избухна война с Мексико, Морган беше назначен за полковник на 2-ра доброволна пехота в Охайо. Впоследствие е назначен за полковник на 15-ия пехотен полк на САЩ през март 1847 г., като служи под командването на генерал Уинфилд Скот. За да сложи край на партизанската война и убийството на американски войници, полковник Морган арестува няколко видни мексикански граждани и издаде прокламация, обявяваща, че за всеки американски войник, убит от партизаните, един гражданин ще бъде екзекутиран. Убийствата спряха веднага. През 1848 г. е повишен до бригаден генерал за храбростта си в битките при Контрерас и
Чурубуско, където е тежко ранен. Връщайки се в Охайо, за да се възстанови, той получава официалната благодарност на законодателната власт на Охайо.