След това самите нуклеинови киселини се синтезират с помощта на стандартни методи за синтез на олигонуклеотиди, обикновено автоматизирани в олигонуклеотиден синтезатор, а нишки от персонализирани последователности са търговски достъпни. Нишки могат да бъдат пречистени чрез денатуриране чрез гелна електрофореза, ако е необходимо, и точните концентрации могат да бъдат определени чрез някой от няколко метода за квантова нуклеинова киселина, използвайки ултравиолетова абсорбционна спектроскопия. Изцяло образуваните целеви структури могат да бъдат проверени с помощта на естествена гелна електрофореза, която дава информация за размера и формата на комплексните нуклеинови киселини.
дали структурата включва всички желани нишки