След няколко години, след приключението си в Мадагаскар, животните от зоопарка - Алекс, Марти, Мелман, Глория, пингвините Скипър, Ковалски, Рико и Приват, и шимпанзетата Мейсън и Фил - се готвят да се върнат в Ню Йорк на борда на развален самолет, пилотиран от пингвините, придружаван от лемурите крал Юлиан XIII, лемура с пръстен, Морис, лемура с ай-ай и Морт, лемура с мишка. Самолетът се разтоварва и се разбива в континентална Африка. Животните се оказват на воднище в природен резерват и са развълнувани да срещнат други от своя вид. Алекс се събира с родителите си и ги впечатлява с разкази за статута си на "крал на Ню Йорк". Марти се вписва в стадо зебри, които изглеждат точно като него и звучат като него. Мелман е хипохондрик, разтребен
мъжки хипопотам, който говори гладко