Завърши следното изречение: Като делегат на хунтата, той ръководи злополучната Парагвайска кампания. Неговите войски са победени от Бернардо де Веласко в битките при Кампичуело и
Парагвайски. Въпреки че е победен, кампанията започва веригата от събития, които водят до независимостта на Парагвай през май 1811 г. Той се оттегля в околностите на Росарио, за да го укрепи срещу възможна атака на роялистите от източната част на река Уругвай. Там той създава флага на Аржентина. Първият триумвират не одобрява знамето, но заради бавните комуникации, Белграно ще научи за това само много седмици по-късно, докато подсилва армията на Севера в Худжуи. Там, знаейки, че е в стратегическо неравностойно положение срещу роялистките армии, идващи от Горно Перу, Белграно заповядва на Худжуйския изход, който евакуира цялото население на провинция Худжуй до Сан Мигел де Тукуман. Неговата контраофанзива в битката при Тукуман води до ключова стратегическа победа, която скоро е последвана от пълна победа над роялистката армия на Пио Тристан в битката при Салта. Въпреки това, по-дълбоките му нахлувания в Горно Перу довеждат до поражения при Вилкапугио и Айохума, което кара Вторият триумвират да нареди замяната му като командир на Армията на Севера от новопристигналия Хосе де Сан Мартин. Дотогава Асемблия дел Ано XIII е одобрила използването на знамето на Белграно като национално военно знаме.