Историята се развива през 3394 г., хиляда години след като човечеството бяга от Земята, след като е унищожено от раса от извънземни, които променят формата си <unk> Гауна (奇居子 ((ガウナ))), на борда на стотици масивни космически кораби, създадени от останките на планетата. Един от тези кораби е Сидония, който е разработил собствена човешка култура, тясно базирана на тази на Япония, където човешкото клониране, асексуалното размножаване и човешкото генетично инженерство, като например предоставянето на хора фотосинтеза, са обичайни. Също така се разкрива, че на най-високите ешелони на това общество тайно е предоставено безсмъртие. С население от над 500 000 души, Сидония е вероятно последното човешко селище, което е останало, тъй като съдбите на другите кораби са неизвестни.
Япония