На 13 юли 2011 г. е обявено, че Джонатан ще напусне Сантос, за да тренира с гигантите от Серия А Интер Милан, в очакване на финализирането на трансфера. Два дни по-късно, на 15 юли, той официално става играч на Интер, като подписва четиригодишен договор. Джонатан дебютира в Интер на 11 септември 2011 г.
2011-12 Серия А, играе цели 90 минути в загуба от 4-3 срещу Палермо. Три дни по-късно Джонатан дебютира в Шампионската лига, играейки целия мач на първия мач срещу турския Трабзонспор в загуба от 0:1 на Сан Сиро.