При избухването на Гражданската война през април 1861 г. е назначен за флагман на Атлантическата блокадна ескадра. През август той е изпратен с войски под командването на генерал Бенджамин Бътлър, за да превземе две крайбрежни крепости близо до Кейп Хатерас. В
В последващата битка, укрепленията са превзети без загуби, макар и не без някои трудности поради времето, и флотата се връща във Форт Монро с общо одобрение. Въпреки това, скоро това дава път на критиките към Стрингам, че не е приближил корабите си и е продължил да атакува по крайбрежието. Фактът, че корабите му извличат твърде много вода, за да влязат в плитките крайбрежни води, и че му е наредено да се върне незабавно, в крайна сметка се появява, но очевидно твърде късно, за да успокои раздразнението му, тъй като следващия месец, по негова собствена молба, той е освободен от командването си. Като малка компенсация на 1 август 1862 г. той е повишен до ранг на контраадмирал в списъка на пенсионираните.