До 1672 г. той започнал да записва своите богословски изследвания в бележници, които той не показал на никого и които са били изследвани едва наскоро. Те демонстрират обширно познание на ранните църковни писания и показват, че в конфликта между Атанасий и Арий, който дефинира Символа на вярата, той застанал на страната на Арий, губещия, който отхвърлил конвенционалното виждане за Троицата. Нютон "признал Христос като божествен посредник между Бог и човека, който бил подчинен на Отец, който го е създал". Той бил особено заинтересован от пророчество, но за него Христос бил отстъпник.
беше еретик.