След впечатляващите си изяви за Аржентинос Хуниорс в Купата Либертадорес през 1985 г., аржентинският треньор Карлос Билардо извика Батиста за приятелски мач срещу Мексико на 14 ноември 1985 г. в мач, който завърши с равенство 1-1. С наближаването на Световното първенство по футбол през 1986 г., Батиста бързо се утвърждава като играч от първи избор в националния отбор на Аржентина. Въпреки ограничения си международен опит, той играе всеки турнирен мач и Аржентина печели. Батиста играе в отбора.
Копа Америка 1987, Копа Америка 1989 и Световното първенство по футбол 1990, в което Аржентина е втора.