По време на Гражданската война в Русия, Богданов се присъединява към Червената армия в Петроград през юни 1918. Назначен е за командир на взвод в 4-ти Костромски полк, а от април 1919 г. командва рота от 2-ри резервен полк. От януари 1920 г. служи като рота и батальонен командир на 502-и стрелецки полк на 56-та стрелбена дивизия, воювайки в Полско-съветската война в битки във Витебска, Минска и Виленската губернии. За "изключителната му смелост в битка" Богданов е награден с Ордена на Червеното знаме. Връща се в 2-ри резервен полк, за да командва взвод през октомври 1920 г. и през януари 1921 г. е прехвърлен да командва рота в 40-ти Кострома пехотен курс за команден персонал. Между 10 май и 20 юли участва в репресиите срещу
Тамбовски бунт като рота и батальон командир и изпълняващ длъжността началник на курса.