След като Гуси Буш умира през 1989 г., пивоварната поема контрола и наема Джо Торе да управлява късно през 1990 г., след което продава отбора на инвестиционна група, водена от Уилям ДеУит-младши през 1996 г. Тони Ла Руса замества Торе през пролетта на 1996 г. През 1998 г. Марк Макгуайър се състезава със Сами Соса на Къбс за редица хоум рани в стремежа им за рекорд за хоум рани в един сезон. От 2000 до 2013 г. Кардиналс възстановяват пътя си към върха с десет плейоф участия, четири НЛ знамена, две световни серии и 1274 победи в редовния сезон срещу 993 загуби за печеливш процент от.560, водещи в Националната лига и втори в MLB само за Ню Йорк Янкис. С добавянето на Джим Едмъндс, Албърт Пуйолс и Скот Ролен, Кардиналс се отличават с трима видни ударници и защитници с прякора "MV3". Пуйолс печели три MVP и удря.328 с 445 хоум рана в кариерата си в Кардиналс. През 2004 г. Крис Карпентър с 3.09 и 15 победи в плейофите помогна на отбора да спечели 105 победи и да вземе
Националният флаг. През 2006 г., преследван от контузии и несъответствия, те печелят Световната Серия, побеждавайки Детройт в пет мача, за да поставят рекорд за най-ниски 83 победи за победител на Световната Серия.