Завърши следната фраза: Купър е възстановен като подполковник на 4-та кавалерия на Кентъки на 26 март 1863 г. и става полковник през април; след оставката на полковник Бейлс. На 4 юни 1863 г. Купър е ранен, когато кон пада върху него във Франклин, Тенеси. Той командва полка в битката при Чикамауга през септември 1864 г. Купър се завръща в Лексингтън, Кентъки през 1864 г. за болничен отпуск. След това Купър поведе местните сили срещу нападателите на Джон Хънт Морган. Той отказва исканията на Морган за капитулация на Лексингтън на 9 юни 1864 г. и отблъсква войските си. През април 1865 г. командва поста в Монтгомъри, Алабама, а през май и юли 1865 г. поста в Олбъни, Джорджия. На 21 август 1865 г. е почетно освободен от армията в Мейкън, Джорджия. Той получава бойни отличия за службата си в Шило, Коринт, Ричмънд, Чикамауга, нападението на Морган в Кентъки, битката при Ресака и за набега на Уилсън на Монтгомъри. На 2 март 1867 г. е повишен до подполковник и полковник в Редовната армия, за галантни и заслужени заслуги в
Битката при Резака в Джорджия и в залавянето на Монтгомъри, Алабама.