Скенерът използва квантовия тунелен феномен, който позволява на частиците да преминават през бариера, която обикновено би била непреодолима. Електроните тунелират през вакуума между два плоски метални електрода, на всеки от които има адсорбиран атом, осигурявайки тунелен ток, който може да бъде измерен. Сканирането на един атом (взето като върх), докато той се движи покрай другия (извадката) позволява начертаване на изместване спрямо страничното отделяне на върха за постоянен ток. Изчислението показва степента, до която са видими изображенията на отделния атом.
атомно