След това Хонър поема обучителна роля, като служи като командир на австралийски тренировъчен батальон в Близкия изток, към който е изпратен през октомври 1941 г. Хонър се завръща в Австралия през май 1942 г. След като за кратко се събрал със съпругата си, бил повишен до подполковник и изпратен в Папуа, където получил командването на 39-и батальон, който участвал в отчаяна кампания срещу японските сили, воюващи по протежение на
Кокода Трек. С инструкции да спре японското настъпление в Исурава, Хонър пристига на 16 август 1942 г. При достигането на позицията на батальона, Хонър установява, че новото му командване вече е изтощено от тропическите болести и от предишни битки и е значително надминато по брой.