Sebastian I.a errege gaztea Marokora joateko eta turkiar armadek babestutako aurrerapenak geldiarazteko irrikaz zegoen. Enpresa horrek lur eta diru-sarrera gehiago izango zituen Ipar Afrikako nobleentzat (agian, merkatarien gaineko nagusitasun ekonomikoa mantentzeko aukera emango zietela uste zuten), baina burgesia merkantilistak ere babestu zuen ahalegina, Ipar Afrikako merkataritza portugaldarrari mesede egingo ziolako. Sebastianek Portugalgo inperioaren aberastasunaren zati handi bat erabili zuen flota handi bat hornitzeko eta armada bat biltzeko. Bera eta portugaldar nobleziaren lorea Alcácer Quibirko guduan hil ziren 1578an, bere heriotzak ondorengotza-krisi bat eragin zuen, non tronurako erreklamazio nagusiak Felipe II.a Espainiakoa eta António, Cratoko abadea ziren. Gainerako noble portugaldarrak eta elizgizonak beste behin ere elkartu ziren beren adiskideen alde, kastilioarren alde, eta Felipe, Portugalgo Manuel I.aren amaren iloba, babestu zuten. Felipek 40.000 gizoneko armada bat bidali zuen Alba-ko dukearen agindupean Portugal inbaditzeko. Antonioren indarrak garaitu zituzten Alcántarako guduan.
Felipe I.a Portugaleko errege izendatu zuten 1581ean. Hala, gutxienez zati batean bete zuen bere aitaren anbizioa, Habsburgoko Carlos I.a Espainiako erregea (Erromatar Inperio Santuaren Charles V.a ere), Fray Nicolau de Oliveirak aipatu zuen: "Se eu fora Rei de Lisboa eu o fora em pouco tempo de todo o mundo" ("Lisboako erregea banintz, laster gobernatuko nuke mundu osoa"). Portugalek Espainiarekin izan zuen batasunak hirurogei urte iraun zituen (1580-1640).