2004ko hauteskundeetan, McCain behin eta berriz aipatu zuten lehendakariorde izateko, baina oraingoan John Kerry izendatuaren azpian zegoen "demokraten" txartelean. Kerry eta McCain gertukoak izan ziren 1990eko hamarkadaren hasieran egin zuten lanetik &lt;a href="Senate%20Select%20Committee%20on%20POW/MIA%20Affairs"&gt;Senate Select Committee on POW/MIA Affairs&lt;/a&gt;, eta bikoteak erakargarritasun handia zuela ikusi zen hautesle independenteentzat, inkestek nozioa berretsi zutelakoan. 2004ko martxoan McCainek aukera hori ireki zuen elkarrizketa batean, baina bere langileek ordu batzuk geroago baztertu zuten. 2004ko ekainean jakinarazi zen Kerryk hainbat aldiz eskaini ziola McCaini plaza, baina McCainek uko egin zion, ezinezkoa izango zelako eta lehendakaritza ahulduko zuelako edo lehendakariordeak ez zuelako erakarpenik izan edo Bush Kerry baino presidente hobea zela uste zuelako. McCainen bulegoak ezeztatu egin du presidenteorde izendatzeko eskaintza. 2004ko Batzar Nazionalean
McCainek Bushen berrautatzea babestu zuen, irailaren 11ko erasoetatik hona Bushen Terrorismoaren aurkako Gerraren kudeaketa goraipatuz. Aldi berean,