Osatu esaldi hau: Kroos fitnessera itzuli zen 2013-14 denboraldiaren hasierarako eta, Alemaniako Super Kopa eta
UEFAren txapelketa handia. 2013ko urriaren 4an, denboraldiko lehen gola sartu zuen Bundesligako Bayer Leverkusenen aurka 1 eta 1 berdinketan. Bi partida jokatu zituen Bayernrentzat 2013ko FIFA Kluben Munduko Txapelketan. Lehenengoa Guangzhou Evergrande-ren aurka 3<unk>0ko finalerdi garaipenean 2013ko abenduaren 17an, eta finalean, taldea Raja Casablanca 2<unk>0 irabazi zuenean.