Osatu honako esaldia: "Bianconeritarentzat" 165 partidetan 89 gol sartu zituen arren, Inzaghi laster David Trezeguet-en alde jarri zen eta 2001eko uztailaren 2an AC Milan-en fitxatu zen 70 mila milioi liratako, edo 45 mila milioi liratako dirutan gehi Cristian Zenoni. (Sky Sportsek kopuru txikiagoa jakinarazi zuen, 17 milioi libera) Fatih Terim entrenatzailearen 2001-02 kanpainarako. Juventusek iragarri zuen Inzaghi salmentak 31,1 milioi euroko kapital irabaziak ekarri zizkiola klubeari, eta transferentzia-tasak kopuru hori gainditzen du. Inzagik, ordea, belauneko lesio bat izan zuen eta denboraldiaren lehen erdia galdu zuen. Bere itzuleran, Andriy Shevchenko-rekin gol-sortzaileen arteko lankidetza sendoa osatu zuen, eta laster garaipen-kopuru ikusgarria lortu zuen "Rossonerirekin" Carlo Ancelotti entrenatzaile berriarekin, horien artean 2002-03ko Txapeldunen Liga (non Milanek bere aurreko taldea, Juventus, garaitu zuen penaltietan finalean), 2002-03ko Coppa Italia (bigarren jardunaldian 2-2ko berdinketan), 2003ko UEFA Super Cup,
2004ko Supercoppa Italiana, eta 2003-04ko "Scudetto". 2002-03ko Txapeldunen Ligako kanpainan, bere hirugarren txapela lortu zuen Deportivo de La Coruñaren aurka taldekako fasean eta gol erabakigarria Ajaxen aurka final laurdenetan, denboraldi horretan 12 gol europar lortuz. 2004ko azaroan, kontratua luzatu zuen klubarekin.