Errusiako Gerra Zibilean, Malyshev Armada Gorrian sartu zen 1919ko martxoan eta 7. Errifle Dibisiora bidali zuten, eta bertan 30. eta 58. Errifle Erregimentuetako metrailadoreen taldearen buru izan zen. Dibisioa Ekialdeko Frontera bidali zuten 2. Armadarekin batera, Koltxaken indarren aurka borrokatzeko Votkinsk inguruko guduetan eta Votkinsk eta Izhevsk hartzeko. 1919ko udan, dibisioa Hegoaldeko Frontera bidali zuten, non Hego Errusiako Indar Armatuen aurkako batailetan borrokatu zen Oboyan eta Sudzha eremuan. Udazkenean, dibisioa Orel-Kursk operazioan aritu zen.
1920ko urtarrilean Glukhov, Putivyl eta Konotop inguruko erresistentzia anti-sobietarraren zapalketan parte hartu zuen. Apirilean, Malyshev 58. erregimentu erriflearen komandante laguntzaile izendatu zuten, Poloniar eta Sobietar Gerran borrokatuz, Mendebaldeko Frontean, ondoren, Stanisław Bułak-Bałachowicz-en indarrak Ovruch-en eta Makhnovisten aurkako borrokan Poltava gobernantzan. Borrokan nabarmendu izanagatik, 1920ko maiatzean Bandera Gorriaren Ordena eman zioten Malyshevi.