Pérignon kontrabando kontuetan nahastu zen, geroago, eta espioi errealistetako emakume gazte batek salatu zuen. 1798an, Liguriako Armadara bidali zuten eta ezker hegalean agintzea agindu zioten. Bigarren Koalizioaren armadek zauritu eta preso hartu zuten Novi-ko guduan.
Frantziara itzuli zen 1800. urtean.