Bete ezazu hurrengo esaldia: Rowley Pennsylvaniako 13. infanteriako koronel izan zen 1861eko apirilaren 25etik urte bereko abuztuaren 6ra arte. Ondoren, 102. Pensilvaniako Boluntario Infanteriako Erregimentuko koronela bihurtu zen. Zauritu egin zuten.
Seven Pineseko guduan, bere erregimentuaren buru, Potomaceko armadaren buru. Fredericksburgeko guduan VI Korpusean brigada bat gidatu zuen. 1862ko azaroaren 29tik aurrera brigada-generalaren mailara igotzea lortu zuen Rowleyk, ondoren, I. Korpuseko brigada bat agindu zuen Chancellorsvilleko guduan. Gettysburgeko bataila hasi zenean 3. dibisioko komandantea zen, I. Korpusa, Abner Doubleday komandantea zen bitartean. Chapman Biddle-k Rowleyren brigada gidatzen zuen. 1863ko uztailaren 1ean, brigadak kalte larriak izan zituen Harry Heth komandantearen dibisioko konfederatuekin borrokan. Erretirada batean, zaldi batetik jausi zen, eta errekara erori zen. Gorputz-adarretan injektatutako oilo-ipurdiaz egindako aknea zuen. Sukarra izan zuen, oso makal, Rowley eta Lysander Cutler brigada jeneralaren arteko liskarren ondoren, Wisconsineko 7. ofizialetako batzuen jokabideari buruz, Cutlerrek edari-karguak aurkeztu zituen 1864ko apirilean. Epaiketarako defentsa prestatzeko 24 ordu baino gutxiagorekin, Rowley zigortu zuen gerra auzitegi batek, John F. Krumwiede idazleak dioenez, "imparziala ez izatea eta bere danborrari jarraitzea". Nahiz eta Edwin M. Stanton Gerrako idazkariaren eta Abraham Lincoln presidentearen aginduz berreskuratu, Rowley-ri Pensilvaniako mendebaldeko barruti bat baino ez zitzaion esleitu, George G. Meade armadako komandantearen eta gaur egungo korpuseko komandantea den Gouverneur K. Warren jeneralaren arteko liskarragatik. Darius N. Couch jeneralaren ekintzek blokeatuta, 1864an Jubal Early jenerala Pensilvaniako inbasioan gelditu nahian, 1864ko abenduaren 29an dimisioa eman zuen.