1933. urtean, naziek boterea hartu ondoren, Baeck-ek komunitate judua defendatzeko lan egin zuen Reichsvertretung der Deutschen Judeneko presidente gisa, 1933tik 1938ra Alemaniako juduak batzen zituen erakunde bat. Reichsvertretung desegin eta gero, azaroaren Pogromaren garaian,
Naziek Kontseiluko kideak gobernuaren ardurapean jarri zituzten Reichsvereinigungen. Leo Baeckek zuzendu zuen erakunde hau... lehendakariorde gisa kaleratu zuten arte. 1943ko urtarrilaren 27an, Theresienstadt kontzentrazio esparrura deportatu zuten.