Errusiako Gerra Zibilaren hasieran Armada Gorrian boluntario aurkeztu zenean, Trubnikov bere jaioterriko ofizial militar izendatu zuten. 1919ko maiatzean, frontean bidali zuten, platoia, konpainia eta ondoren batailoi baten agintea hartuz, 7. Errifle Dibisioko 28. erregimentuan. Ekialdeko Frontean Alexander Kolchak-en Armada Zuriaren aurka borrokatu zuen Votkinsk eta Izhevsk barrutietan, baina udan erregimentua premiaz transferitu zuten Hegoaldeko Frontean, non Anton Denikin Moskura aurreratzen ari zen. Abuztuan, 55. erregimentu erriflearen komandanteordea eta ondoren, 7. dibisioko komandantea bihurtu zen, eta Oboyan eta Sudzha inguruko guduetan borrokatu zen. Urria eta azaroa bitartean Orel-Kursk operazioan izan zen.
, sobietarren garaipen erabakigarria, Armada Gorriak ekimena berreskuratu zuen. Poloniar-sobietar gerran erregimentu baten eta gero 7. dibisioko 20. eta 19. brigaden komandantea izan zen. 1920ko udazkenean Stanisław Bułak-Bałachowicz-en aurka borrokatu zuen Ovruch-en inguruan eta ondoren Nestor Makhnoren armada anarkistaren aurka Zolotonosha-n.