Ondorengo esaldia osatu: Bayernrek Guardiolaren nahia bete zuen Thiago Alcântara FC Barcelonatik fitxatzeko eta Guardiolaren lehen denboraldia ondo hasi zen, Bayernrek iragan denboraldiko liga-partidu porrotgabeen lerroa 53 partiduetara zabalduz. Azkenean, Augsburgerekiko porrota, Bayernrek ligako titulua irabazi eta bi egun geroago gertatu zen. Denboraldian zehar, Bayernrek beste bi titulu ere eskuratu zituen, FIFA Kluben Munduko Kopa eta
UEFA Super Kopa, azken hau izan zen klubak oraindik irabazi ez zuen azken trofeo nagusia. Bayernrek ere kopa irabazi zuen, bere hamargarren bikoitza osatzeko, baina Champions Leagueko finalerdietan galdu zuen Realak. 2014ko martxoaren 13an, Uli Hoeneß epaitu zuten zerga iruzurragatik eta hiru urte eta erdiko kartzela zigorra ezarri zioten. Hurrengo egunean Hoeneßek dimisioa eman zuen. Karl Hopfner lehendakariordea hautatu zuten maiatzaren 2an. 2014-15 denboraldiaren aurretik, Bayernrek Robert Lewandowski hartu zuen Borussia Dortmund-en kontratua amaitu ondoren, eta Xabi Alonso utzi zuen Real Madrildik. Bayernek Toni Kroos utzi eta Realak hartu zuen. Klubeko ikonoak, Bastian Schweinsteiger eta Claudio Pizarro, 2015-16 denboraldia baino lehen alde egin zuten. Bi denboraldi horietan, Bayernrek liga-txapela defendatu zuen, beste bikoitza 2015-16an, baina ez zuen lortu Champions League-ko finalerdiak gainditzea. Klubaren zuzendaritzak Guardiola geratzeko konbentzitzen saiatu arren, entrenatzaileak ez zuen hiru urteko kontratua luzatzea erabaki.