1998an, O'Neil Osama bin Ladenen atzetik joan zen eta Al Qaedaren aurkako saila sortu zuen bere departamentuan. 1998ko abuztuan, Estatu Batuetako bi enbaxada bonbardatu zituzten
Kenyako Nairobiko eta Tanzaniako Dar-es-Salaam-eko erasoetan ere. O'Neillek ikerketan parte hartzea espero zuen Osama bin Ladenen Al Qaeda terrorista taldea ezagutzen zuelako. Freeh FBIko zuzendariarengana jo zuen kasua bere bulegora bidaltzeko. Mary Jo White fiskal nagusiak esan zuen: "John O'Neil-ek, Ekialdeko Afrikako enbaxaden atentatuen ikerketan, mundu osoko nazioarteko terrorismoaren ikerketetan arrakasta izan zuen".