Ondorengo esaldia osatu: Serie A-ra itzuli zen lehen denboraldian, ordea, klubak jaitsiera saihesteko borrokatu zuen, denboraldiko azken egunean Bolognaren eta Parmaren aurkako aurrez aurreko errekorrean irautea lortuz. 2005ean, Pantaleo Corvino kirol zuzendari izendatzea erabaki zuen Della Valle-k, eta hurrengo denboraldian Cesare Prandelli entrenatzaile nagusi izendatzea. Klubak hainbat fitxa egin zituen udako transferentzia-merkatuan, batez ere Luca Toni eta Sébastien Frey. Mugimendu drastiko honek laugarren postua lortu zuen 74 punturekin eta Txapeldunen Ligako kanporaketa txartel bat. 31 gol sartu zituen 38 partidatan, Antonio Valentin Angelillok 30 goleko marka gainditu zuenetik.
1958-59 denboraldian, Europako Urrezko Zapatak saritu zuten. 2006ko uztailaren 14an, ordea, Fiorentina Serie B-ra jaitsi zen 2006ko Serie A partiduak finkatzeko eskandaluan parte hartu zuelako eta 12 puntuko zigorra jaso zuen. Taldea Serie A-ra itzuli zen errekurtsoan, baina 19 puntuko zigorrarekin 2006-07 denboraldirako. Taldearen 2006-07ko Txapeldunen Ligako lekua ere indargabetu zuten. Denboraldia hasi ondoren, Fiorentinaren zigorra 19 puntutik 15era murriztu zen Italiako epaitegietara errekurtsoa eginda. Zigor hori jaso arren, UEFA Kopako lekua lortu zuten.