2003ko udan, Pancaro AC Milanera joan zen Demetrio Albertini-ren truke, eta bi denboraldi jokatu zituen han. Bere koherentzia eta lan-tasa Milango taldeko parte garrantzitsu bat bihurtu zuten, bere bigarren Serie A titulua irabazi baitzuen, baita Italiako Supercup txapelketa ere.
, 2004-05eko UEFA Champions League finala ere lortu zuen, batez ere 2003an Bresciaren aurkako kanpoko garaipenean gola sartuz. 2004an, urtebeteko kontratua luzatu zuen klubarekin.