Bourdaisek gogor egin du lan Toro Rosso taldean neguan, baina zalantzak zituen urte berrira iristeko. 2009ko otsailaren 6an, berriz, Toro Rosso gidari gisa berretsi zuten bigarren urterako, Sébastien Buemi suizarraren rookiearekin. Bi puntuko amaiera eman arren Australiako Grand Prix-an.
Eta Monakon, Bourdaisek arazoak izan zituen bere taldekide esperientziadunarekin. Espainian, Bourdaisek Buemiren autoa jo zuen, zelaiak Jarno Trulli biratu bat saihesten saiatu zenean lehen itzulian, eta bi txirrindularien lasterketa amaitu zuen. Britainiako Sari Nagusian, Bourdaisek Heikki Kovalainen McLaren gidariarekin talka egin zuen, berriro ere bientzat lasterketa amaituz. Alemaniako Sari Nagusian akats mekaniko bat izan zuen, segundu bat baino gehiagoz azken sailkatu ondoren.