1942ko erdialdean Estatu Batuetara itzuli ondoren, Wilkes Itsasoko Gerrako Unibertsitatean ikasi zuen, eta ondoren, 1943ko uztailean, Siziliako inbasioan parte hartzeko, Mediterraneora eraman zuen gurutzaontzi arin berriaren komandantea izan zen. 1943ko abuztutik Wilkes kontseilariak anfibioen agintea izan zuen Ingalaterran eta Frantzian, 1944ko ekainean Normandiako inbasioaren prestakuntzan eta Frantziako hegoaldeko inbasioan paper garrantzitsua jokatzen.
Bi hilabete geroago. Aliatuen lehorreko ofentsiba Alemaniara iritsi zenean, Wilkes Frantziako AEBetako Portuen eta Oinarrien arduraduna izan zen, ofentsiba materialean laguntzen zuen logistikoaren kudeaketarekin.