2000an, Turkiako Futbol Liga nazionalaren entrenatzaile izendatu zuten. 2002ko FIFA Munduko Koparako sailkatu zen eta hirugarren sailkatu zen. Güneşek 2002ko UEFAko Urteko Entrenatzailearen saria irabazi zuen. Munduko Koparen ondoren, Grezia, Brasil eta Espainiatik eskaintza asko jaso zituen, baina Turkian geratu nahi zuen. Talde nazionalak UEFA Euro 2004rako sailkatzea lortu ez zuenean
Güneş kaleratu egin zuten.