William J. Clintonen gobernuak Sudan isolatzeko ahalegina egin zuen. 1990eko hamarkadaren erdialdean, Khartoumen aurkako presio politika bat ezarri zuen Ugandaren, Etiopiaren eta Eritrearen laguntzarekin. Sudango politikekiko eta Sudango estatubatuarrei zuzendutako mehatxu terrorista informazioaren gaineko nahigabetasun gero eta handiagoak, eta horietako asko faltsuak zirela, 1996ko udaberrian Estatu Batuek Khartoumeko enbaxadako estatubatuar guztiak Nairobiko enbaxadara lekualdatzea eragin zuten. Kartumeko enbaxada irekita zegoen, baina sudaniarrak eta noizbehinka Kenyatik bisitatzen ziren estatubatuarrek hartu zuten. Estatu Batuen eraginpean, Sudanek Osama bin Laden behartu zuen 1996ko maiatzean herrialdea uzteko, baina Washingtonek ez zuen egoera hori jarraitu Sudanekin harremanak hobetzeko ahaleginetan. 1998ko abuztuan gertatu zen, Estatu Batuetako enbaxadak bonbardatu eta egun gutxira.
AEBetako marine batek misilak jaurti zizkion Kartum hirian zegoen lantegi farmazeutiko bati.