Bera eta bere lankideak kargutik kendu zituzten 1966ko urtarrilaren 15eko kolpean.
Bera zen estatu-kolpearen ondoren izandako tiroketarik handiena saihestu zuen politikaria. Azikiwe Biafraren bozeramailea izan zen eta bere buruzagia, Chukwuemeka Odumegwu Ojukwu, aholkatu zuen Biafrako Gerran (1967-1970). Gerra garaian Nigeriaren aldeko izan zen, eta Ojukwu-ri eskatu zion gerra amaitzeko liburuxka eta elkarrizketetan. "The New York Times" egunkariak bere politikari buruz esan zuen, "Bere bizitza osoan zehar, Azikiwe doktoreak iparraldekoekin izandako aliantzak Obafemi Awoloworekin desadostasuna sortu zuen, Yoruba herrialdeko beste hegoaldeko talde garrantzitsuaren buruzagi sozialista".