1861eko ekainean, O'Neal kapitaina izan zen eta hiru konpainiatan agindu zuen. Richmond-era iritsitakoan, Alabamako Infanteriako 9. Erregimentuko maior izendatu zuten eta udazkenean teniente koronela izendatu zuten. 1862ko martxoan, Alabamako infanteriako 26. erregimentuko koronela izendatu zuten, eta erregimentu hau agindu zuen Penintsulako kanpainan. Zazpi Arantzako guduan, bere zaldia hil zen bere azpian, eta bera larriki zauritu zen granada zati batek. Laudorio handiak jaso zituen Chancellorsvilleko guduan egindako lanagatik. 1863an, Robert E. Rodes komandante nagusiaren dibisioko brigada bat agindu zuen, eta Gettysburgeko guduan, Manassas Gapeko guduan eta Mine Runeko guduan gidatu zuen.
-Ez da izango. 1864ko hasieran, bere erregimentua Alabamara bidali zuten bere soldaduak erreklutatzeko, baina Daltonera (Georgia) bidali zuten, non O'Neal-ek James Cantey brigada jeneralaren agintea hartu zuen. O'Neal brigada honen komandantea izan zen Atlantako kanpainan. John Bell Hood teniente jeneralak Tennesseeko Armadaren agintea hartu ondoren, O'Neal askatu egin zuten eta gerraren gainerakoan zerbitzu berezian aritu zen. 1863ko ekainaren 6an brigada-generala izendatu zuten, baina izendapen hori Robert E. Lee jeneralak atzeratu zuen eta Jefferson Davis presidente konfederatuak igoera bertan behera utzi zuen.