Minessotatik joan ondoren, Clarkek Filadelfiara itzuli zen, lehendakariorde nagusia izateko 1992-1993 denboraldian, eta Eric Lindros gaztearen mentore izan zen bere lehen denboraldian. Clarke handik gutxira mugitu zen eta zuzendari nagusiaren postua hartu zuen Florida Panthers taldearekin, 1993-1994 denboraldian garaipen eta puntu kopuruko errekorra ezarri zuen taldearekin. 1994-95 denboraldiaren aurretik Flyers-en zuzendari nagusi izatera itzuli zen.
Taldea berreraiki eta txapeldun bihurtu zuen. Bere bigarren agintaldian, Flyerseko zuzendari nagusi bezala, taldeak playoff-etara iritsi zen 11 denboraldi jarraian, baina behin iritsi zen finalera (1997). 2006-07 denboraldiko hasiera txarra izan ondoren, Clarke-k dimisioa eman zuen, leherketa posible bat eta desirarik eza aipatuz. Clarke frankiziara itzuli zen 2006ko abenduaren 4an, eta lehendakariorde nagusia izendatu zuten.