2020ko irailaren 18an, Müllerrek denboraldiko lehen gola sartu zuen, eta assist bat eman zuen, Schalke 04ren aurkako 8-0ko garaipenean. Geroago UEFA Super Kopa irabaztea lortu zuen.
eta DFL-Supercup bere klubaren karrerako 27. garaikurra izan zedin; hortaz, Alemaniako historiako jokalari apainduena bihurtu zen, bere Bayern taldekide ohi Bastian Schweinsteigerrek irabazitako 26 garaikuren aurreko errekorra hautsiz. 2021eko otsailaren 11n, COVID-19aren positibo eman zuen eta berrogeialdian sartu zen; beraz, ezin izan zuen 2020ko FIFA Kluben Munduko Kopako finalean jokatu.