2009ko urtarrilean, Barack Obama presidente berriak Panetta izendatu zuen CIAko zuzendari izateko. 2009ko otsailean Senatu osoak baieztatu zuen Panetta. CIAko zuzendari gisa, Osama bin Laden nazioarteko terrorista erori zuen operazioa gainbegiratu zuen. 2011ko apirilaren 28an, Obamak Defentsa sailburu izendatzea iragarri zuen, Robert Gates erretiratuaren ordez.
2009ko otsaila