Bigarren Mundu Gerra hasi zenean, Alemaniako naziek eta Sobietar Batasunak Polonia inbaditu zuten, eta hasieran hiria okupazio sobietarraren pean egon zen.
, Molotov-Ribbentrop itunaren ondorioz. Belorussian SSRren parte izan zen 1939tik 1941era Belastok eskualdeko hiriburu bezala. Poloniarrak Sobietar Batasunaren sakonean deportatu zituzten (Siberiara, Kazakstanera, Ipar Urrunera). 1941ean Alemaniak Sobietar Batasuna inbaditu zuenean, Białystok Alemaniako Armadak okupatu zuen 1941eko ekainaren 27an, Białystok-Minskeko guduan, eta hiria Bezirk Białystok-en hiriburu bihurtu zen, Alemaniak okupatutako Poloniako eskualde berezi bat, 1944ra arte. 1941eko ekainaren 27an, Alemaniarrek Sinagoga Handia erre zuten, bertan 2.000 judu zeudela.