Osatu esaldi hau: Manuel Baquedano Santiagon jaio zen, Fernando Baquedano zalditeriako koronela eta Teresa González de Labra y Ros-en semea. Juan Romo apaizaren eskolan eta Txileko Instituto Nacionalen ikasi zuen. Garai hartan Federico Errázuriz eta Eusebio Lillorekin bizitza osorako lagun egin zen. Baquedano 15 urte besterik ez zuen eta eskolan segitzen zuen
Konfederazioaren gerra hasi zen. 1838ko uztailean etxetik ihes egin zuen gerrara abiatzen ziren tropekin bat egiteko. 1839an Yungayko guduan parte hartu zuen, eta 16 urterekin teniente izendatu zuten.