Gerra Zibila hasi zenean, Birney 1861eko maiatzaren 22an errekrutatu zuten, New Jerseyko Lehenengo Erregimentuko kapitaina izanik. Bull Runeko lehen guduan izan zen. New Jerseyko 4. Infanteriako Maiore izendatu zuten. Bigarren Bull Runeko batailan parte hartu zuen.
Fredericksburg, eta Chancellorsville, koronelari dagokionez. 1863-64an, koloretako tropak Batasuneko armadan sartzeaz arduratzen ziren hiru superintendenteetako bat izendatu zuten, eta, hala, zazpi erregimentu antolatu zituen. Estatu Batuetako Koloretako 22. tropelaren koronela izendatu zuten. 1863ko ekainaren 9an, boluntarioen brigadako jenerala izendatu zuten, 1863ko maiatzaren 22tik aurrera, eta Marylandera bidali zuten soldadu beltz gehiago erreklutatzeko. 1864an, bere erregimentuak Hego Carolinan borrokatzera eraman zituen Hegoaldeko Departamenduaren barruan. Gaizki ibili ziren, baina Floridako kanpainan askoz ere lan hobea egin zuten, Olustee-ko bataila barne.