Zesar, gero, Egiptoko gerra zibil batean sartu zen, ume faraoiaren eta bere arreba, emaztea eta erregina-kide Cleopatra-ren artean. Agian faraoiaren eraginez izan zen, Pompeius hiltzean, Zesarrek Kleopatraren alde egin zuen. Alexandriako setioari eutsi dio
Geroago, faraoiaren armada garaitu zuen Niloko guduan K.a. 47an eta Cleopatra jarri zuen agintean. Zesarrek eta Kleopatrak beren garaipena ospatu zuten Niloko kalejira baten bidez K.a. 47ko udaberrian. 400 itsasontzi gehiagorekin batera, Zesarrek Egiptoko faraoien luxuzko bizimodua ezagutu zuen.