Diponegoro 1785eko azaroaren 11n jaio zen Yogyakarta-n, eta Hamengkubuwono III.a Yogyakarta-ko sultanaren seme zaharrena zen. Bere gaztaroan, Yogyakartako gortean, gertaera garrantzitsuak, hala nola VOCren desegitea, Javako inbasio britainiarra
, eta gero Holandako agintaritzarako itzulera gertatu zen. Inbasioan, Hamengkubuwono II.a sultanak, 1810ean bere boterean Diponegororen aitaren alde alde egin zuena, kontrola berreskuratzeko desoreka orokorra erabili zuen. 1812an, ordea, berriro kendu zioten tronua eta Java-tik erbesteratu zuten indar britainiarrek. Prozesu horretan, Diponegorok bere aitaren aholkulari gisa jardun zuen eta, antza, laguntza eman zien indar britainiarrei, Rafflesek "sultana" titulua eskaini zionean, baina uko egin zion, agian bere aita oraindik errege zelako.