Osatu esaldi hau: XVI. mendearen hasieran, Ribeira jauregia Tagus ibaiaren ondoan eraiki ondoren, Alcáçova jauregia garrantzia galtzen hasi zen. 1531an izandako lurrikarak gaztelu zaharra gehiago kaltetu zuen, bere gainbehera eta utzikerian gehiagotan lagunduz. 1569an, Sebastian erregeak gazteluko errege-apartamentuak berreraikitzeko agindua eman zuen, bere egoitza ofizialarako erabiltzeko asmoz. Berreraikuntzaren zati gisa, 1577an Filippo Terzik Loreto elizaren fatxada nagusitik gertu zegoen dorretako bat eraitsi zuen. Hala ere, lan asko ez ziren amaitzen errege gaztearen heriotzaren ondoren,
Alcácer Quibirren gudua. Ondorengo krisi dinastiko portugaldarrak Espainiako hirurogei urteko aginteari bidea ireki zion eta gaztelua kuartel militar eta espetxe bihurtu zuten. 1642ko abenduaren 30ean, Teodósio de Frias Gaztea eraikitzaile nagusi izendatu zuten, bere aita, Luís de Frias, eta bere aitona, Teodósio de Friasek hasitako lanak jarraitzeko. Espainiar indarrek gotorlekuak berreraikitzeko egindako plan handiagoaren parte izan zen hau.