1941eko ekainaren 14an, espetxetik ateratzean,
Baltikoko hiru herrialdeetan aldi berean gertatutako istiluetan, 10.000 estoniar zibil inguru Siberiara eta Sobietar Batasuneko beste zenbait lekura deportatu zituzten, eta horietako ia erdia hil egin zen. 1941ean Alemaniak Sobietar Batasuna inbaditu ondoren Armada Gorrian mobilizatzeko aitzakiaz Errusiara behartuta eraman zituzten 32.100 estoniar gizonetatik, ia %40 hurrengo urtean hil ziren "langileen batailoietan" goseak, hotzak eta lan gehiegi egiteagatik. 1940-41ko lehen okupazio sobietarrean, 500 judu inguru Siberiara deportatu zituzten.