Filipinetako gerra hasi zenean,
, 1901eko erdialdean Filipinetako 27. infanteriar erregimentura transferitu zuten eta Emilio Aguinaldo buruzagi errebeldea Luzongo paduretara eta paduretara jazarri zuten. Estatu Batuetara itzultzeko agindua jaso zuen, eta 1901eko azaroaren 2an kapitain izendatu ondoren, Kimikako irakasle izendatu zuten West Pointeko Estatu Batuetako Akademian. Kargu horretan, Malonek Douglas MacArthur geroko Armadako jenerala eta Ohorezko Domina jasotzailea irakatsi zuen.