Infantea 1468ko udan hil zen eta bere ahizpa Isabellak hartu zuen bere lekua. Carrillo bere aholkulari nagusia izan zen, eta Pedro de Peralta y Ezpeletarekin batera, bere ezkontza antolatzean parte garrantzitsua izan zuen 1469ko urrian Fernando II.a Aragoikoarekin. Hala ere, 1474ko abenduan, Henrike IV.a hil ondoren, errege katolikoak agintea hartu zuenean, berehala Carrillarekin liskarrean sartu ziren. Carrillo ez zen onartuko haien tratamendu autoritarioa, ezta Pedro González de Mendoza kardinalaren gorakada ere, erreinuaren kantziler izateko. Honek Mendoza familiarekin gatazka eragin zion, Kastiliako Ondorengotza Gerran galdu zuen bataila.
eta ondoren etorri zena (1475<unk>1479). Bere politika guztiz aldatuz, Carrillo Portugaleko erregeak zuzendutako kanpamentuan sartu zen, bere ilobak, Joanna la Beltraneja printzesak, Gaztelako tronurako erreklamazioa babesten zuena, Isabella I.aren erreklamazioaren aurka.