Bere ile horiagatik, 15 zenbakiko kamisetagatik eta "El Matador" ezizenagatik ezaguna, Hernandezek bere lehen kanpaina nazioartekoa Uruguairen aurka egin zuen 1995eko otsailaren 1ean. Hernandezek 1995eko azaroaren 16an sartu zuen bere lehen gola nazioartean, Jugoslaviaren aurka. Hernandezek ospea lortu zuen 1997ko Amerikako Kopa garaian.
, non sei gol sartu zituen eta txapelketako golari onena bihurtu zen. 1998ko FIFA Munduko Txapelketan, txapelketako markagailu onenen artean amaitu zuen, lau golekin, eta Munduko Txapelketako historian bi gol baino gehiago sartu zituen lehen jokalari mexikarra izan zen. Mexikorako egindako 35 golek Carlos Hermosillorekin lotzen dute Cuauhtémoc Blanco (39 gol), Jared Borgetti (46 gol) eta Javier Hernandez (51 gol) atzetik, herrialdearen historiako laugarren golari onena.