1798an Wallis Veneziako jeneralaren buru egin zen. Hurrengo urtean, Bigarren Koalizioaren Gerran, Habsburgoko armadaren zati bat agindu zuen Suabian, Karlos artxidukaren agindupean. Hirugarren zutabearen buru izan zen frantsesen posizioen aurkako erasoan, Ostrach-eko guduan, Habsburrek Jordaniako Danubioko Armadako dibisioko jeneralaren aurkako garaipenean.
Martxoaren 21ean. Astebete geroago, eta martxoaren 25ean Frantziaren porrotan, eskuineko hegalean agintzen zuen. Apirilaren 14tik 25era, Karlos artxidukea gaixorik zegoela, Wallisek Rhin ibaiaren ertzean kokatutako Habsburgoko armadaren agintea hartu zuen. Aste batzuk geroago, erreserbaren agintea hartu zuen ekainaren 4an, Züricheko lehen batailan, non André Masséna dibisioko jenerala, orain Danubiako Armada eta Suitzako Armada agintzen zituena, garaitua izan zen eta Limmat ibaiaren beste aldera erretiratzera behartu zuten. Batailan, Wallisek bost granadero batailoi gidatu zituen Zürich mendiko frantziar posizioak erasotzeko. Zauri larriak izan zituen, eta bost aste geroago hil zen, 1799ko uztailaren 19an.