Kapitain kargura igotzean, Port Royaleko erasoan parte hartu zuen, Samuel Francis Du Pont almirantearen agindupean. Hilton Head-eko gotorlekuan su indartsu bat sortzeko posizioan jarri zen, eta laguntza materiala eman zuen etsaiaren bateriak isilarazten. 1863an komodore izendatu zuten eta David Dixon Porter almirantearen 4. dibisioa agindu zuen lehen eta bigarren Fisher gotorlekuan.
1864ko abenduan eta 1865ko urtarrilean. Azken ekintzaren txostenean bereziki goraipatu zuten komandante nagusiari emandako laguntza, eta bere itsasontziaren diziplina ona eta tiro zehatza.