Frantziarekin gerra hasi zenean, 1793an, 100 kanoi zituen Hothamen ontzi nagusiko komandante izendatu zuten. 1794ko amaieran Samuel Hood almirantea berreskuratu ondoren, Hotham Mediterraneoko Flotako Komandante Nagusi bihurtu zen, eta Holloway Flotako Kapitaina. Genoako guduan parte hartu zuen.
1795eko martxoan eta uztailean Hyères uhartearen bataila. Urtearen amaieran, Sir John Jervis almiranteak ordezkatu zuen Hotham, eta Holloway 98 kanoien agintaritzarako izendatu zuten. 1797ko maiatzean Spithead mutiny-an parte hartu zuen, eta ondoren, Channel Fleet-en agintea hartu zuen.