Bigarren Mundu Gerra hasi zen Poloniako inbasioan, 1939an, hiria Sobietar Batasunak hartu zuen lehen aldiz 1939ko irailaren 24an. Sejny larriki lapurtu zuten eta 1939ko urriaren 13an Alemaniara eraman zuten. Okupatuta zegoen.
1944ko abuztu arte.