Badoer Formula 1era itzuli zen, berriro ere Minardi taldearekin. Melbourne-n, Badoer bosgarren postuan ibili zen, harik eta abiadura-kutxaren arazoak erretiroa hartzera behartu zuen 15 itzuli falta zirenean. Brasilera joan aurretik, proba istripu bat izan zuen eta eskua hautsi zuen. Stéphane Sarrazinek bere lekua hartu zuen lasterketan. Imolara itzuli zen.
Arazoak sortu arren, zortzigarren postuan jarraitu zuen. Abiadura-aldagailuarekin arazoak izan zituen eta istripu bat izan zuen Monakon... eta Espainian. Uztailean, Michael Schumacherrek hanka hautsi zuen... Silverstonen gertatutako istripu batean. Ferrariren probako gidari bezala, Badoerrek uste zuen Schumacherren faltan lasterketako aulkira igoko zela, baina taldeak Mika Saloren alde egin zuen, eta Jean Alesi Ferrariren gidari ohiaren kritikak eragin zituen, berak uko egin baitzion. Puntuak lortzeko aukerarik onena 1999ko Europako Grand Prix kaotikoan izan zuen, baina martxagailuak huts egiteagatik, amaieratik 13 itzuli lehenago atera zen, laugarren postuan zebilela; Marc Gené taldekidea seigarrenera igo zen ondorioz (han bukatuko zuen, 1999ko Gidarien Txapelketako faktore erabakigarria izan zela uste zen puntua eskuratzeko, Ferrariren Eddie Irvine-ri aurre eginez, McLareneko Mika Häkkinen-ek Jacques Villeneuve bosgarren postutik atera zuen autoaren akatsaren ondorioz gainditu ondoren). Badoer autotik jaitsi eta negarrez hasi zen.