Willoughby jaunak eta bere aitak Erregea babestu zuten eta Lincolnshire-ko zalditeriarekin bat egin zuten. Willoughby jaunak agindu zuen Edgehill-en bizkartzainak, non bere aita hil arte zauritu zuten izterrean tiro bat jasota. Willoughbyk parlamentariei amore eman zien, bere aitaren zerbitzura joan ahal izateko, eta Lindseyko konde eta Lord Chamberlain izendatu zuten. Warwickeko gazteluan atxilotu zuten. Han, adierazpen irmo bat idatzi zuen Erregeari zuen leialtasuna justifikatzeko. 1643ko uztailean presoen trukea egin arte ez zuten askatu, eta Oxfordeko erregearekin elkartu zen eta abenduan Privy Counsellor izendatu zuten. Erregearen Guardiako Komandanteak eta ondoren Komandante Gorena "eta Oinazpiko guztiak"
Newburyko lehen bataila, Cropredy zubia, Lostwithiel, Newburyko bigarren bataila, eta Nasebyn zauritu zuten. Erregearen zerbitzu militarrekin batera, Lindsey askotan Parlamentuko komisario gisa aritu zen eta etengabe eskatu zuen adiskidetzea. Erregeak, gainera, Lindseyri Bedchambereko jaun kargua eman zion 1643tik 1649ra, eta Woodstockeko Steward, Keeper eta Ranger kargua 1644an.