Altafini-k 1958an hasi zuen bere ibilbidea Italiako AC Milan-ekin, Suediako Munduko Koparen ondoren; bere talentua eta erasoko potentziala Milango agenteek nabarmendu zuten Italiako lagunarteko partidu batzuetan Inter eta Fiorentinarekin, hurrengo txapelketarako prestatzeko, non Altafini-k gola egin zuen. Suediako Munduko Kopa baino lehen erosi zuen Italiako klubak 135 milioi lira. 1958ko irailaren 21ean, 20 urte zituela, Altafini Milango debuta egin zuen, eta, bere lehen denboraldian, 32 partida jokatu eta 28 gol sartu zituen, 1958-59 Serie A irabazita.
Denboraldi horretan 4 gol sartu zituen 4 Coppa Italia saioetan, eta denboraldia amaitu zuen 32 golekin 36 saioetan lehiaketa guztietan. Bere lehen liga gola urriaren 5ean iritsi zen Bariren aurkako garaipenean. Altafini 1960-61 Coppa Italiako golari onena izan zen, 4 golekin, nahiz eta Milanek ezin izan zuen lehiaketaren bigarren itzulia gainditu. 1960ko martxoaren 27an, lau gol sartu zituen Milan derbian, bertako Inter aurkariaren aurka, Milanen 5-3ko garaipenarekin amaitu zena. Hurrengo denboraldietan, Milan hirugarren eta bigarren postuetan sailkatu zen, Altafini 20 goleko denboraldiaren marka lortzen jarraitu zuen bitartean. 1961eko azaroaren 12an, Juventusen aurka lau gol sartu zituen, Milanek Serie A titulua irabazi zuen berriro ere 1961-62 denboraldian, non Altafini ligako golari onena izan zen 22 golekin 33 partidetan, Aurelio Milani-rekin batera.