1944ko apirilean, Bigarren Armadaren agintea Edward H. Brooks jeneralaren esku utzi eta Hirugarren Armadako Estatu Nagusi izendatu zuten, George Patton teniente jeneralaren agindupean. Gaffeyk zerbitzatu zuen bere gaitasun horretan
Mendebaldeko Europako kanpainan, Hirugarren Armada Frantzian lehorreratu zenetik, 1944ko uztailean, eta paper garrantzitsua jokatu zuen Kobra operazioan eta Falaise zuloaren guduan, eta ondoren, Paristik Rhinera eta Metzeko guduan aurrera egin zuten aliatuek. 1944ko abenduan, John Shirley Wood jeneral nagusia ordezkatu zuen 4. Armadura Dibisioko Komandante Nagusi gisa, eta Bastogne setioa apurtzen lagundu zuen. 1945eko martxoa arte jarraitu zuen dibisioaren agintean, Europako gerraren amaiera aldera, XXIII Korpusuaren CG bihurtu zenean. Irailean XXIII. Korpusuaren aginteari uko egin zion, Japonia errenditu zela eta gerra amaitu zenean.