Cleopatra eta bere anaia gazteena, Ptolomeo XIII.a, tronuan sartu ziren gobernari elkartu gisa, baina haien arteko erorketak gerra zibila eragin zuen. Kleopatrak Siriara ihes egin zuen 48 K.a.n, baina urte hartan bertan itzuli zen armada batekin, Ptolomeo XIII.ari aurre egiteko. Erromako estatu bezero gisa, Pompeius Handiak Egiptoko Ptolemaikoa errefuxiatu bat izateko planeatu zuen, K.a. 48ko Pharsaluseko guduan Grezian, bere aurkari Julio Zesarren aurka, Zesarren Gerra Zibilean galdu ondoren. Hala ere, Ptolomeo XIII.ak Pompeius Pelousionen hil zuen eta bere burua Zesarrera bidali zuen, honek Alexandria okupatzen zuen bitartean Pompeiusen atzetik. Erromako Errepublikako kontsul gisa zeukan autoritatea erabiliz, Zesarrek Ptolemaio XIII.a eta Kleopatra adiskidetu nahi izan zituen. Hala ere, Ptolomeo XIII.aren aholkulari nagusiak, Potheinosek, Zesarren baldintzak Kleopatraren aldekoak zirela ikusi zuen. Beraz, bere indarrek, lehenik Akilasek eta gero Ganimedesek gidatutako Arsinoe IV.ak (Kleopatraren ahizpa gaztea), Zesar eta Kleopatra setiatu zituzten jauregian
-Ez da izango. Errefortzuek setioa altxatu zuten K.a. 47ko hasieran eta Ptolemaio XIII.a hil zen handik gutxira, Niloaren guduan. Arsinoe IV.a Efesora erbesteratu zuten eta Zesar, orain diktadore hautatua, Cleopatra eta bere anaia txikia Ptolemeo XIV.a Egiptoko gobernari elkartuak izendatu zituen. Hala ere, Zesarrek harreman pribatua izan zuen Kleopatrarekin, eta seme bat izan zuen, Caesarion (gerora Ptolemaio XV), Alexandriatik Erromara joan aurretik.