2003ko martxoaren 1ean, Khalid Shaikh Mohammed atxilotu egin zuten Rawalpindi, Pakistan, hiriburutik 15 kilometrora. Atxilotu zuten garaian, Al-Qaedako hirugarren funtzionariorik altuena zen eta zuzenean arduratu zen irailaren 11ko erasoak prestatzeaz. Beste gertaera batzuetan, Mohamedek Wall Street Journal egunkariko kazetaria hil zuen, Daniel Pearl.
Richard Reid-ek hegazkin zibil bat zapata-bonba batekin lehertzen saiatu izana, eta El Ghriba sinagogako atentatua Djerban, Tunisian. Khalid Shaikh Mohammedek Al Qaedaren komite militarreko burua dela dio.