Baldini, emaitza txarrak izan arren, kaleratu egin zuten. 2011ko abenduan, klubak lau entrenatzaile izan zituen 2009-10 denboralditik. Klubak Serie B estatusa mantendu zuen 2011-12an. Denboraldi txarraren ondoren, Empolik 18. postuan amaitu zuen, puntu bat segurtasunetik, eta horrek Vicenzaren aurkako jaitsiera play-off bat esan nahi zuen bi jardunaldietan. Lehen partidua gola gabe amaitu zen, eta Vicentzak 2 eta 0 irabazi zuen bigarren partidan, 30 minutu falta zirenean. Hala ere, bi minutuan bi golek berdindu zuten "Azzuri"k berdinketa, Massimo Maccaronek 3 eta 2ko garaipena lortu aurretik, lesioaren laugarren minutuan. 2012-13 denboraldian klubak laugarren postua lortu zuen, aurreko denboraldian egindako hobekuntza dramatikoa, baina promozioaren play-off finala galdu zuen Livornoren aurka. Klubak Serie A-ra igo zen hurrengo denboraldian, Palermo-ren bigarren postuan amaituz eta bi denboralditan egon zen goi mailakoan, 2014-15ean 15. postuan eta 2014-10ean 10. postuan amaituz.
2015eko urtea. 2016-17 Serie A denboraldiko azken partidan, Empoli Crotonen aurretik jaitsiera-gunearen gainetik zegoen, baina azkenean Serie B-ra jaitsi ziren Palermo garaitzea lortu ez zutelako, eta Crotonek Lazio garaitu zuen bitartean. 2017-18 Serie B garaipenaren ondoren, Empolik berehala berreskuratu zuen Serie A-ra igoera, Serie B irabazi ondoren 2018ko apirilaren 28an, lau partida aurretik. 2018-19 Serie A denboraldiko azken partidan, Empoli Genoa baino puntu bat gorago zegoen jaitsiera zonaldean, baina azkenean Serie B-ra jaitsi ziren Internazionalen garaitu ondoren, Genoa Fiorentinarekin berdindu zen bitartean, bi aldeek puntu kopuru berdinarekin amaitu zuten, baina Genoak puntu bateko alde handiagoa zuen. Hala ere, Empoli lehen postuan amaitu zen 2020/21 Serie B denboraldian, bere historiako hirugarren titulua izateko.