Lehorrean, Alexeievek eztabaida luzeak izan zituen Kuropatkin jeneralarekin, gerra ministro ohiarekin, Japoniaren aurkako estrategiari buruz. Alexeievek Kuropatkin jarrera erasokorrago bat hartzera behartu zuen, Kuropatkin-ek defentsa-gerra bat aurrera eramateko nabarmendu zuen arren, Siberiako Trenbidea osatu arte, errefortzuak eta hornidurak ekarriko zituena. Tsarraren aginduz, Alexeiev-ek 1904ko maiatzaren 5ean alde egin zuen Port Arthur-etik Mukdenera, eta Errusiaren porrotaren ostean
Shaho-ko guduan (1904ko urriaren 5etik 17ra, estilo berriarekin), bere aginteaz aske geratu zen eta San Petersburgora itzultzeko agindua jaso zuen 1904ko urriaren 12an.