Abuztuaren 20an, Higuaínek garaipenaren gola sartu zuen bere debuta Juventusen, Fiorentinaren aurkako hasierako partidan, etxean 2 eta 1eko garaipenean. Irailaren 10ean, Sassuoloren aurkako etxean 3-1ko garaipenean gola sartu zuen. Urriaren 29an, garaipenaren gola sartu zuen bere talde ohiaren aurka, Napoli, baina ez zuen bere gola ospatu, 2x1eko etxeko garaipenean. 2017ko apirilaren 5ean, Higuaínek bi gol sartu zituen Napolaren aurka 2016-17ko Italiako Kopako bigarren finalerdietan, eta Juventus 5-4ko finalera eraman zuen, nahiz eta 3-2ko kanpoko porrota izan. Hurrengo astean, bere debuta denboraldian 20 gol baino gehiago sartu zituen lehen jokalari bihurtu zen, John Charles eta Omar Sívori-k 1957-58 Serie A-n egin zutenetik.
Chievo-ren aurkako partida batean gol bat sartu zuen. Apirilaren 15ean, Higuaínek bi gol sartu zituen Pescararen aurkako 2-0ko kanpoko garaipenean, Europan bere liga-golaren 200a barne. Ekainaren 3an, Higuaín hasi zen Txapeldunen Ligako finalean, baina Juventusek 4-1 galdu zuen Real Madrilen aurka; Mario Mandžukićen behin-behineko berdinketa lortu zuen lehen zatian.