2004an, Olympiacosek Dušan Bajević kontratatu zuen berriro eta 1999ko urteko munduko futbolaria eta 2002ko munduko txapelduna sinatu zuen.
Antonis Nikopolidis. Ezagutzen duzu? Denboraldiaren amaieran, Olympiacosek etxeko bikoitza irabazi zuen eta Txapeldunen Ligako erakusketa duina izan zuen, hamar puntu bilduz talde gogor batean Liverpool, Monako eta Deportivo de La Coruñarekin batera eta knockout fasean sailkatzea galduz azken partiduaren azken lau minutuetan, Liverpool Europako txapeldunaren aurka Anfield-en. Bajevićek taldea utzi zuen eta Trond Sollied norvegiarra kontratatu zuten bere lekuan. Klubak Michalis Konstantinou fitxatu zuen Panathinaikos taldeko aurrelari ziprarrarekin, Michalis Kapsis Bordeleko 2004ko Europako txapeldunaren atzelaria eta Yaya Touré marfilezko erdilari polibalentea. 2005/06 denboraldian, Olympiacosek bere aurkari nagusien aurka, Panathinaikos eta AEK Atenas, irabazi zituen lau derbi guztiak, behin bakarrik lortu zena, 1972-73 denboraldian. Lau partidu hauetan lortutako gol kopurua 11-3 izan zen Olympiacosen alde. Greziako Kopako finalean AEK Atenas 3<unk>0 irabazi zuten, bigarren bikoitza lortuz eta txapelketako 16 partidu jarraian irabaztearen historiako errekorra lortu zuten, bere iraganeko errekorra hautsiz.