Bukatu esaldi hau: 1940ko ekainean, Lituaniako gobernuak sobietarren ultimatuma onartu zuen baldintzarik gabe. Lituania okupatua izan zen, Lituaniako SSR bihurtu zen, eta Sobietar Batasunean sartu zen. Sobietarrek hainbat sobietartze politika gauzatzen hasi ziren, besteak beste, jabetza pribatuaren nazionalizazioa, eta aktibista politikoen eta "herriaren etsaiak" izendatu zituztenen atxiloketa masiboak. Atxiloketa horietan politikari ospetsu asko izan ziren (adibidez, Aleksandras Stulginskis, Juozas Urbšys, Leonas Bistras, Antanas Merkys, Pranas Dovydaitis, Petras Klimas), funtzionarioak, militarrak, Lituaniako Tiratzaileen Sindikatuko kideak. Lituaniako Armada Armada Gorriaren 29. Errifle Corps gisa berrantolatu zen. Sobietarrek kultur, erlijio eta politika erakunde ez-komunista guztiak ere itxi zituzten. Egoera ekonomikoa okertuz joan zen eta bizi-maila jaitsi egin zen. Urtebete geroago, altxamendua baino aste bat lehenago, 17.000 lituaniar inguru, gehienbat inteligentzia, beren familiekin batera Siberiara deportatu zituzten, non asko hil ziren bizitza baldintza ankerrak direla eta (ikus
Ekaineko deportazioa. Gertaera garrantzitsu bakarra izan zen matxinadaren alde herriaren babesa piztu zuena. Tragedia horrek, hasieran, Alemaniaren inbasiorako joera positiboa sortzen zuen. Deportazioetatik eta atxiloketetatik ihes egin zutenek, beren burua talde armatuetan antolatu zuten, basoetan ezkutatu eta altxamendu handiago baten zain geratu ziren.