Gerraren ostean, Hirszfeld eta bere emaztea Varsoviara itzuli ziren, eta han serum institutu bat sortu zuen, Frankfurteko Ehrlich Terapia Esperientzialerako Institutuaren ereduan. Laster, Varsoviako Estatuko Higiene Institutuaren zuzendariorde eta buru zientifikoa bihurtu zen eta, 1924an, irakasle izan zen bertan. 1931an Varsoviako Unibertsitateko irakasle izendatu zuten eta nazioarteko batzorde askotan aritu zen. Poloniaren okupazioaren ondoren
Alemaniako Armadak Hirszfeld "ez ariarra" zelako kaleratu zuen Higiene Institututik, baina, lagunen babesarekin, 1941eko otsailera arte etxean lan zientifiko gehiago egitea lortu zuen; hala ere, ia ezinezkoa zen argitaratzea.