2012ko hauteskundeetan, Bushek Mitt Romney, alderdi errepublikanoaren hautagaiaren alde egin zuen, baina 2016koan, Donald Trump, alderdi errepublikanoaren hautagaiaren alde agertu zen. Bush-ek ez zuen parte hartu 2012ko gerra zibilean.
Ezta 2016ko Errepublikanoen Batzar Nagusietan. Han Romney eta Trump presidente izendatu zituzten. Trump izendatzearen bezperan, Bushek alderdi errepublikanoaren norabideari buruzko kezka adierazi zuen pribatuan eta bere laguntzaile eta aholkulari ohien talde bati esan zien: "Beldur naiz azken presidente errepublikanoa izango naizela". Bushek eta bere emazteak, Laurak, ez zioten Trump-i bozkatu 2016ko hauteskundeetan, Bush familiaren bozeramailearen arabera, eta, horren ordez, botoak hutsik utzi zituzten. Hauteskundeen ondoren, Bushek, bere aitak eta bere anaiak, Jebek, deitu zioten Trump-i telefonoz, zoriontzeko garaipenagatik. Bai berak eta bai Laurak Trump-en inaugurazioan parte hartu zuten, eta zeremonian euritako ponchoa jartzeko borrokan zegoen Bushen irudiak interneteko meme bihurtu ziren. Ekitaldia utzi zuenean, Bushek, ustez, zeremonia deskribatu zuen, bereziki, Trump-en inaugurazio diskurtsoa, "zerbait bitxia" bezala.