Gerra Zibilean zehar, portua konfederatuen eta pribatuen babesleku nagusia izan zen. Batasunak blokeoa ezarri zuen Hegoaldeak jasotzen zituen merkantziak murrizteko. Hiria Unioneko indarrek hartu zuten 1865eko otsailean, Wilmingtoneko guduan, gutxi gorabehera hilabete bat geroago.
Fort Fisher portu osoa itxi du. Gerrako ekintza ia guztiak hiritik urrun gertatu zirenez, gerra aurreko etxe eta beste eraikin ugarik bizirik iraun zuten gerra urteetan.