Andretti ez zen Le Mansera itzuli bere denbora osoko Formula 1eko ibilbidea amaitu arte. 1982an, Michael semearekin Mirage M12 Ford batean sartu zen. Bederatzigarren postuan sailkatu ziren, baina bikotea ibilbidea hasi baino 80 minutu lehenago irteera lerrotik kentzen zuten autoa aurkitu zuten, ofizial batek olio hozkailu bat aurkitu baitzuen, abiadura-kutxaren atzean muntatuta zegoena, arauen aurka. Autoa patruilatu zuten lasterketa baino lau egun lehenago. Protesta eta kexak gorabehera, Andretti-ren sarrera guztiz kendu zen, Porsche 924 Carrera GTR-rekin ordezkatuta. Hurrengo urtean arrakasta handiagoa izan zuten hirugarren sailkatu zenean. Aita eta seme talde bat dira, Johnen laguntasunarekin. Porsche 962 bat dute, fabrikakoa, seigarrena. Mario denbora osoko lasterketetatik erretiroa hartu ondoren, zirkuituetara itzultzea erabaki zuen Le Mans garaipena gehitzeko bere lorpenetara. Bigarren postua eskuratu zuen. 2006an egindako elkarrizketa batean esan zuen uste zuela Courage Compétition taldeak "bost aldiz galdu zuela [1995] lasterketa" antolaketa txarraren ondorioz. Hurrengo urteetan, arrakastarik ez zuen 13. postu batekin, eta ondoren DNF batekin (Ez zuen amaitu). Andretti azken aldiz agertu da Le Mans-en...
2000ko lasterketa, denbora osoko lasterketatik erretiroa hartu eta sei urtera, Panoz LMP-1 Roadster-S-a gidatu zuenean, 60 urterekin, 15. postuan amaituz.