1941ean naziek inbaditu eta gero, Orkestra Filarmonikoak bere lana eten zuen, eta bere artxibo baliotsu gehienak suntsitu egin zituzten. Alemaniarrek Kieven okupazioan zeudenean, Elkartearen eraikina "Ofizialen Klube Alemaniar" bihurtu zuten. Hori izan zen eraikina ez suntsitzeko arrazoi garrantzitsuetako bat, gerra aurreko eraikin gutxietako bat izaten jarraitzen du Khreshchatyk kalean. Kieven askapenaren ondoren
, Filharmonia Elkartearen eraikinak bere funtzionamendua berreskuratu zuen 1944an, etsaitasunak Kiebetik urrundu bezain laster.