Osatu esaldi hau: Müllerrek Pep Guardiola entrenatzaile berriarekin hasi zuen 2013-14 denboraldia, Alemaniako Super Kopa jokatzen. Abuztuaren 5ean, Müllerrek hat-trick bat egin zuen, Bayernrek 5-0 irabazi zuenean 2013-14ko DFB-Pokal lehen jardunaldian Schwarz-Weiß Rehden taldearen aurka. Bayernren 2013-14ko Bundesligako hasierako partidan, Müllerrek zigor bat galdu zuen lehen aldiz. Segundu batzuk geroago, zigorraren salbazioa Álvaro Domínguezen eskuari eman zion, eta beste zigor bat eman zuen, David Alabak bihurtu zuena. Honen ondoren, Müllerrek esan zuen: "Oraindik ere pozik nago zigorrak hartzearekin, baina uste dut David Alaba dela oraingoz puntuko jaurtiketarako gizon nagusia". Taldean zegoen.
UEFAren txapelketa handia.