Pellew William O'Bryen Drury kontralmiranteak ordezkatu ondoren, Doris Malakako itsasartera bidali zuten, Filipinetako Espainiako gobernuarekin lan harremanak lortzeko misioan. Bere ahalegin arrakastatsuengatik, 1809an HMS "Caroline" fragatearen agintea eman zioten eta hurrengo urtean eskadrilo baten agintea eman zioten, Moluka uharteak erasotzeko. Banda Neira uharte ondo defendaturik zegoen lekura nabigatzean, Cole-k eraso ausarta planeatu zuen 1810eko abuztuaren 10ean, bere tropek gotorlekua eraso eta arrakastaz hartu zuten. Hurrengo urtean, Japoniako inbasioa planeatzen arduraduna izan zen.
, Robert Stopford kontralmirantearen agindupean. Bere zerbitzuengatik, 1812ko maiatzean zaldun izendatu zuten, bereziki egindako domina eman zioten eta Oxfordeko Unibertsitateak ohorezko doktore titulua eman zion.