Osatu esaldi hau: Sobiet Batasunak zapalkuntza erregimena ezarri zuen; goi mailako funtzionario zibilak eta militarrak, intelligentsia eta industrialariak atxilotu zituzten, eta, normalean, exekutatu egin zituzten handik gutxira. Errepresio sobietarrak 1941eko ekainaren 14an bere gorenera iritsi ziren:
11.000 lagun Siberiara deportatu zituzten... eta erdiak baino gehiagok egoera penagarrian hil ziren. 1941eko ekainaren 22an, Alemaniaren Barbarossa operazioa, "Baso Anaiak" izeneko gerrillari estoniarrek lagunduta, Sobietar Batasunaren aurka hasi zenean, "Udako Gerra" delakoan, 34.000 estoniar gazte inguru behartu zituzten Armada Gorrira, eta horietako %30 baino gutxiagok iraun zuen gerran. Sobietarren batailoiak "zerraldo errearen" politika hasi zuen. Ebakuatu ezin zituzten preso politikoak NKVDek exekutatu zituen. Estoniar asko basoan sartu ziren, gerrillarien aurkako kanpaina bat abian jarriz. Uztailean, Alemaniako Wehrmacht Estonia hegoaldera iritsi zen. Sobietar Batasunak Tallinn hustu zuen abuztuaren amaieran, galera handiekin, eta Estoniako uharteak Alemaniako indarrek urrian hartu zituzten.