Branch armadara joan zen 1861eko maiatzean, errifleetan soldadu. Hilabete hartan bertan, Estatuko Kuartermaster Orokorraren kargua onartu zuen, baina dimisioa eman zuen zelaian zerbitzatzeko. Irailean, Ipar Karolinako 33. erregimentuko koronela aukeratu zuten. 1862ko urtarrilean brigadier generala izendatu zuten. New Berneko gudua eta gero, bere brigada A.P. Hill-en Stonewall Jackson-en Korpusoaren Dibisiora atxiki zuten. Hillen dibisioko brigadako jenerala zen. Branch-en brigadak Hanoverko guduan borrokatu zuen, Zazpi egunetako guduan, Cedar mendian, Bigarren Manassasen, Chantilly-n.
eta Harper's Ferry.