Alfio Basile entrenatzaile berriarekin, Zanetti 2007ko otsailaren 7an Frantziaren aurkako lagunarteko partidara deitu zuten. Bikain jokatu zuen eta Javier Saviolari lagundu zion partiduaren gol bakarra egiten, Argentinari Basile-ren bigarren zuzendaritzapean lehen garaipena eman ziona. Urte berean, Zanetti Argentinako taldeko kapitainordea izan zen 2007ko Copa América txapelketan, aurretik 1995eko txapelketan parte hartu ondoren.
, 1999 eta 2004ko edizioetan, bere bigarren Copa América finalera iritsi zen.