Osatu esaldi hau: Bačkis-en familia Lituanian Sobietarrek jazarri zuten; bere anaia Juozas
Siberiara deportatu zuten 1941eko ekainean, eta urtebetera hil zen han. Klimas Gestapok atxilotu zuen 1943ko irailean, eta horrek Frantzian utzi zuen Bačkis diplomatiko nagusia. Urte berean, Bačkis-ek lituaniar konkordatuari buruzko doktorego tesia defendatu zuen (lituanieraz argitaratua 2007an). Gerraren ondoren, Frantziak ez zuen ofizialki Lituaniako, Letoniako edo Estoniako zerbitzu diplomatikoak aitortu, baina ofizialki ez funtzionatzea baimendu zien. Bačkis-ek hainbat funtzionario hezten jarraitu zuen Lituaniako okupazioari buruz eta Estatuaren jarraitutasuna bermatzeko Lituaniako SSR ez aitortuaren alde egin zuen. Lituaniako gaien inguruko informazio-buletinak ere argitaratu zituen ("Questions Lithuaniennes" aldizkariaren 33 zenbakia, "Bulletin Lithuanien" aldizkariaren 8 zenbakia, eta "Peuples opprimés. La tragédie des Etats Baltes"), Lituaniako errefuxiatuei lagundu zien, etab. 1948an, Bačkis Juozas Lukšarekin harremanetan jarri zen, Burdinazko Gortinatik ihes egitea lortu zuen partizan anti-sobietar batekin, eta borroka armatuari buruzko informazioa zabaltzen lagundu zion. 1949an, Europako Mugimenduak Erdialdeko eta Ekialdeko Europako Herrialdeen Batzordea sortu zuen, Harold Macmillan diputatu britainiarrak zuzendua eta Ekialdeko Blokearen hainbat herrialde ordezkatzen zituena. Bačkis Batzordeko lehendakariorde bihurtu zen 1951n. Europako Federalisten Batasuneko Lituaniako ordezkari ere izan zen, Nouvelles équipes internationales (Nazioarteko Talde Berriak) eta Europako Nazio Presoen Batzarrean sartu zen. Bačkis-ek, halaber, Lituaniako Zientzia Akademiaren berrezartzea eskatu zuen eta ikerketa lanak aktiboki aurkeztu zituen bere saioetan. 1950ean, Vatikanoak San Gregorio Handiaren Ordenarekin saritu zuen.