Osatu esaldi hau: Saladinen anaia Al-Adil-ek, 1203 eta 1216 artean, gaztelua erabat berreraiki zuen, kontrapisuzko trubuxaren garapenari erantzunez. Bere heriotzaren ondoren, beste printze aiubideren arteko botere borrokak piztu ziren eta Damaskok hainbat aldiz eskuz aldatu bazen ere, hiritzarra behin bakarrik hartu zuten indarrez, 1239an. Zitadela Ayyubiden eskuetan egon zen, 1260an, Kitbuqa jeneralaren agindupean, mongoliarrek Damaskoko hiria hartu zuten arte, horrela, Siriako Ayyubiden aginteari amaiera emanez. Zitadelako matxinada batek porrot egin ondoren, mongoliarrek zati handi bat suntsitu zuten. 1260an mamelukoek mongolak garaitu eta gero, Damaskos mamelukoen menpe geratu zen. 1300 eta 1401 urteetako aldi laburrak izan ezik, mongoliarrek Damaskoa konkistatu zutenean, mamelukoek gotorlekua 1516ra arte kontrolatu zuten. Urte hartan, Siria Otomandar Inperioaren eskuetan erori zen. Damaskok borrokarik gabe amore eman zuen eta XVII. mendetik aurrera, zitadela janisarioen infanteriako unitate otomandarren kuartel gisa funtzionatu zuen. Zitadela XIX. mendean hondatzen hasi zen eta azken erabilera militarra 1925ean izan zen, soldadu frantziarrek hiria zaharra bonbardatu zutenean.
Siriako Matxinada Handia Frantziaren Siriako Mandatuaren aurka. Zitadela barrakak eta espetxe gisa erabiltzen jarraitu zuen 1986ra arte, indusketak eta zaharberritzeak hasi ziren arte. 2011 urterako, indusketa eta zaharberritze lanak jarraitzen dira.