Urte batzuk geroago, bere karrera militarra berraktibatu zen eta 1805ean generala nagusia zen. Frantziaren aurkako kanpainan parte hartu zuen 1806tik 1807ra Prusiako Ekialdean eta 1810ean Turkiako zati batean. 1806an bere aita Eugeni, Prusiako Erreserbako komandantea, lagundu zion. Bennigsen jeneralaren kabineteko kide egin zuten. 1812an, Barclay de Tolly-ren agindupean dibisioko komandantea izan zen. Frantziak Errusia inbaditu zuenean Borodino eta Krasnoiko gudetan borrokatu zen. Seigarren Koalizioaren Gerran bost bataila nagusietan borrokatu zen. Bataila batean,
Lutzen, Eugenen tropak gogor borrokatu ziren eta hildako asko izan zituzten herriak frantsesen eskuetatik berreskuratzen. Bautzeneko guduan, Eugenen gizonek, errusiarren atzealdea bezala, frantziarren aurrerapena moteldu zuten, mendietan eta herri baten atzean posizioak defendatuz. Frantsesen aurrerapen geldoak Napoleon amorratzen du eta berak hartzen du aurrealdean dagoen guardia. Dresdeneko guduan, Eugen-ek Vandamme jeneralaren indarrak eutsi zituen egun batez erretiratu aurretik. Kulm-eko guduan, Eugenek 3.000 hildako baino gehiago izan zituen Vandammeren aurkako errebantxan. Eta Leipzigen izan zen guduan, Eugenen artilleriaren zati handiena frantsesek suntsitu zuten. Hala ere, eta aste batzuk lehenago Kulm-en izandako galerak gorabehera, Eugenen infanteriak jarrera heroiko eta tematia izan zuen. Bere tropen bi herenak eta bere erregimentuetako komandante guztiak hildakoak izan ziren.