Hala ere, 1839ko urtarrilaren 20an Manuel Bulnes txiletarraren eta Agustín Gamarra peruarraren indar berritzaileek Yungay garaipena lortu zuten Santa Cruzen aurka Konfederazioaren Gerran.
, Peruko eta Boliviako Konfederazioari amaiera eman ziona. 1839ko otsailaren 14an, Velasco jeneralak, Boliviako presidente berriak, Jujuyko gobernadoreari gerra-egoeraren amaieraren berri eman zion eta Tarijaren arazoa negoziatzeko prest agertu zen. 1839ko apirilaren 26an, Rosas jeneralak ofizialki gerra amaitu zuen, Santa Cruzeko porrota aprobetxatu gabe Tarijarantz aurrera egiteko, gaiari erabakia emateko aukera emanez. Boliviaren alde geratu ziren. Puna de Jujuy, Iruya eta bestelako biztanle okupatuen lurraldea Bolibiak itzuli zuen 1839ko martxoan.