1999an segurtasun nazionalaren zuzendariorde izendatu zuten, eta 2000 hasieran New Yorkeko FBIaren bulegoko burua.
2000ko urrian. Hala ere, Yemenera iritsi zenean, segurtasun eskasiaz kexatu zen. Bere taldeak ikertzen jarraitu zuen bitartean, O'Neill Barbara Bodine-rekin liskarrean sartu zen, Yemeneko AEBetako enbaxadorearekin. Biek iritzi desberdinak zituzten Yemenen jabetzak miatzeko eta herritarrekin eta gobernu-agintariekin elkarrizketak egiteko, eta gero eta desberdinagoak izan ziren denborarekin.