2018ko abuztuan Julen Lopetegui entrenatzaile berriaren etorrerarekin, Modrić lehen taldera itzuli zen ordezko gisa, 2018ko Munduko Koparen ondoren denboraldi aurreko entrenamendurik ez izateagatik. Honek ordezko agerraldi bat izan zuen bere taldeak 2-4 galdu zuen denbora gehigarriaren ondoren Atlético Madrilen aurka UEFA Super Cup-ean.
-Ez da izango. Denboraldiaren lehen hasiera irailaren 1ean izan zen, Leganésen aurkako 4-1ko etxean irabazi zuen partida batean, eta bertan bere taldeko hirugarren gola lagundu zuen, Karim Benzemak sartu zuena. UEFA kluben txapelketako 100. agerpena irailaren 19an izan zen, 3 eta 0ko garaipenean Romaren aurka, non bigarren gola lagundu zuen, Gareth Bale-k sartu zuena. Abenduaren 22an, Modricek bere hirugarren FIFA Klubeko Munduko Kopa irabazi zuen, lehenengo gola sartuz eta hirugarrenerako laguntzen, Al Ain taldearen aurka. 2019ko urtarrilaren 13an eta 19an, Modricek lehenengoz sartu zuen gola bi ligako partida jarraian, Real Madrilen aurka 1<unk>2ko kanporaketa eta 2<unk>0ko etxeko garaipena. Hilabete berean, bere ibilbidean hirugarren aldiz, UEFAko Urteko Taldean sartu zen (2018). Otsailaren 27tik martxoaren 5era, Modricek "bere futbol bizitzako aste gogorrena" bezala deskribatu zuena bizi izan zuen, Realak bi aldiz galdu zuen Bartzelonaren aurka eta Ajaxek eta Copa del Rey, titulu lasterketa eta Txapeldunen Ligatik kanpo geratu zen. Denboraldi ez oso ona izan arren, bosgarren aldiz jarraian FIFA FIFPro World XI taldean sartu zen.