1806an, Herbehereak Frantziako inperioaren menpe zeudela, Napoleon I.a enperadoreak bere anaia Luis Bonaparte izendatu zuen Holandako tronuan, eta 1808an Herman Willem Daendels mariskala Holandako Ekialdeko Indietako gobernadore nagusi izendatu zuten. 1811an, Daendels Jan Willem Janssens gobernadore nagusiak ordezkatu zuen, baina iritsi eta gutxira, Britainiar indarrek Ekialdeko Indiako hainbat portu okupatu zituzten, besteak beste, Espezia uharteak 1810ean eta Java hurrengo urtean.
Thomas Stamford Raffles alkateordea izan zen. Napoleonen porrotaren ondoren 1815eko Waterlooko guduan eta Vienako Kongresuan, Holandako kontrol independentea berreskuratu zen 1816an. 1824ko Itun anglo-holandarraren arabera, holandarrek Britainiar koloniak lortu zituzten, hala nola Bengkulu Sumatra-n, Malay Penintsulan (Malaya) eta Indiako holandarrek zuten jabetzaren kontrola eskuratzearen truke. Britainiar eta holandar jabegoen arteko mugak gaur egun Malaysia eta Indonesiaren artean daude.