Alemanian, 2019ko azaroaren 3an, Niko Kovač-ek Munich utzi zuen Eintracht Frankfurt-en 5-1 galdu ondoren, bere laguntzaile Hansi Flick-ek, aldi baterako entrenatzaile izendatu zuten. Bere lehen partidan, Bayern-ek Olympiakos 2-0 irabazi zuen 2019ko azaroaren 6an, UEFA Champions League taldeko fasean. 2020ko apirilean, Bayern Munich-ek Flick izendatu zuen entrenatzaile iraunkor gisa, 2023ra arte kontratuarekin. Flick-ek arrakastaz gidatu zuen Bayern Bundesliga, DFB-Pokal eta UEFA Champions League irabazteko, horrela klubaren historian bigarren aldiz kontinentala osatuz. Hurrengo denboraldian, Bayern-ek 2020ko UEFA Super Cup irabazi zuen.
Sevillaren aurka. 2021eko otsailean Munduko Kluba irabazi ondoren, Mexikoko Tigres taldeari irabazita, lehen sextuplea irabazteko ere lagundu zuen.