1964ko urtarrilean, matxinada bat gertatu zen Jinja-ko kuartelean, Ugandako bigarren hiria eta Ugandako Armadako 1. batailoiaren egoitza. Antzeko matxinadak izan ziren beste bi Afrika ekialdeko estatuetan; hiru herrialdeek britainiar armadaren laguntza eskatu zuten. Iritsi aurretik, ordea, Obote-k bere defentsa ministro Felix Onama bidali zuen matxinatuekin negoziatzera. Onama bahitu egin zuten, eta eskaera asko onartu zituen, besteak beste, armadaren soldata igoera nabarmenak, eta ofizial askoren promozio azkarra, etorkizuneko presidentea barne. 1965ean, Keniarrek gobernuaren barruko lidergo postuetatik debekatu zituzten, eta 1969an Ugandatik kanporatzea jarraitu zuen, Obote-ren gidaritzapean. Obote-k, lehendakariarekin batera, erbesteratzearen kontrabandoan sartu zen, Idi Amin-ekin, Ugandako jauregiko buruordearekin.
Konstituzioa irauli eta bere burua presidente izendatu zuen 1966ko martxoan.