1863ko matxinadaren ondorioz, bere pastorala eta hezkuntza lana eten egin zen.
Eta are zailagoa bihurtu zen Errusiako gobernuak bere kontrola areagotzea matxinada porrotaren ondoren. Hala ere, egoera horiek ez zioten eragotzi agintariekin gatazka zuzena sortzera eraman zezakeen jokabidea jarraitzea. Ahalegin guztiak egin zituen errusiar gobernuari aurre egiteko. 1874an Valančius gaixotu egin zen eta Kaunas-en hil zen 1875eko maiatzaren 29an. Kaunaseko katedraleko basilikako kriptan lurperatu zuten.