2003ko urriaren 1ean, hiru erakunde batu ziren JAXA berria osatzeko: Japoniako Espazio eta Astronautiko Zientzien Institutua (ISAS), Japoniako Aerospazio Laborategi Nazionala (NAL) eta Japoniako Espazio Garapen Agentzia Nazionala (NASDA). JAXA Hezkuntza, Kultura, Kirol, Zientzia eta Teknologia Ministerioak (MEXT) eta Barne Arazo eta Komunikazio Ministerioak (MIC) kudeatzen duten Administrazio Erakunde Independente gisa sortu zen. Fusioaren aurretik, ISAS espazioaren eta planeten ikerketaren arduraduna zen, NAL berriz, hegazkingintzaren ikerketan zentratuta zegoen bitartean. NASDA, 1969ko urriaren 1ean sortua, suziriak, sateliteak eta Japoniako Esperimentu Modulu zaharra garatu zituen. NASDAren egoitza Tanegashima espazio zentroaren egungo lekuan zegoen, Tanegashima uhartean, Kyūshūshimasho Japoniako lehen ministroaren laborategian.
2003ko urriak 1