1939ko otsailean, Pétillonek Kongoko Belgikara bidaltzea eskatu zuen eta Pierre Ryckmans Gobernadore Nagusiaren "kabinetaburu" izendatu zuten. 1940ko maiatzean Kongon zegoen Belgika Alemaniak inbaditu zuenean. Londresen erbesteratutako Belgikako gobernuarekin De Vleeschauwerren "chef de cabinet" izendatua izan arren, Pétillonek Bigarren Mundu Gerraren zati handi bat Kongon eman zuen. Belgikaren askapenaren ondoren
1944ko irailean, Pétillonek paper garrantzitsua jokatu zuen Afrikako administrazio kolonialaren eta Kolonietarako Ministerioaren arteko harremanak berriro ezartzeko.