Ondorengo esaldia osatu: Enperatriz alargunarekin aliantza politikoa eginez eta Guangxu enperadorearen etsai iraunkorra izanez, Yuanek hiriburua utzi zuen 1899an, Shandongeko gobernadore izendatu zuten arte. Bere hiru urteko agintaldian Boxerren matxinada (1899-1901) piztu zen; Yuanek probintzian Boxerren errepresioa ziurtatu zuen, nahiz eta bere tropek ez zuten parte hartu Shandongetik kanpo. Yuan kanpotarren aldeko alderdiaren alde jarri zen Gorte Inperialean, Qing printzearekin, Li Hongzhang eta Ronglu-rekin batera. Boxerren alde egitea eta Zortzi Nazioen Aliantza indarrei eraso egitea ukatu zuen, Zhang Zhidong bezalako armada modernoak agintzen zituzten beste gobernadore txinatar batzuekin bat eginez, Boxerren matxinadan parte hartu gabe. Bera eta Zhang-ek ez zuten aintzat hartu Cixi enperatriz alargunak atzerriko botereen aurkako gerra-adierazpena eta Boxerrak zapaltzen jarraitu zuten. "Txinako hego-ekialdeko elkartearen babesa" izenez ezagutzen zen elkartea. Zortzi Nazioen Aliantzarekin borrokatu ez eta Shandongeko boxeolariak zapaltzeaz gain, Yuanek eta bere armadak (Eskuineko Dibisioa) Zortzi Nazioen Aliantzari boxeolariak zapaltzen lagundu zioten.
1900eko abuztuan Aliantzak Peking inbaditu zuen. Yuan Shikai-ren indarrek milaka pertsona hil zituzten... Boxeolarien aurkako kanpainan, Zhili-n. Yuanek Baoding-en jardun zuen kanpainan zehar, 1902an amaitu zena.