Sobietar agintariek sobietarizazio politika bat burutu zuten: jabetza pribatu guztia nazionalizatzea, nekazaritza kolektibizatzea, Eliza Katolikoa zapaltzea eta kontrol totalitarioa ezartzea. Aldi berean, doako hezkuntza eta doako osasun sistema nazionala ere ezarri ziren. Partizan armatu sobietarren aurkakoak 1953an likidatu ziren. Gutxi gorabehera 130.000 lituaniar, "herriaren etsaiak" izendatuak, Siberiara deportatu zituzten (ikus ekaineko deportazioa
eta Martxoko Deportazioa. Joseph Stalin 1953an hil ondoren, Sobietar Batasunak desstalinizazio politikak onartu zituen eta masa jazarpenak amaitu zituen. Erresistentzia baketsuak jarraitu zuen bai Lituanian, bai diasporako lituaniarren artean. Mugimendu hauek sekretuak ziren, ilegalak, eta gizarte-arazoetan, giza eskubideetan eta kultur kontuetan gehiago zentratu ziren eskakizun politikoak baino.