Japoniak 1937an Txina inbaditu zuenean, Lee, Txinako Kuomintang alderdiarekin lotura zuelako ezaguna zena, Selangor Txinako Laguntza Funtsaren buru izan zen Txinaren alde. Geroago, 1941ean, Kuala Lumpurreko Defentsa Pasiboaren Indarren buruzagi izendatu zuten. Japoniarren aurkako gerra ahaleginak direla eta, Lee bere familiarekin batera Mumbaira ihes egitera behartu zen Chongqing bidez, gerra Malaya iritsi zenean.
Urte berean, japoniarrek sari gisa agertu zuten.