1940ko maiatzean Weygand armadara deitu zuten... eta Frantziako Armadaren buru izendatu zuten... Alemaniaren inbasio garaian. Atzerapauso militar batzuen ondoren, Weygandek armistizioa aholkatu zuen eta Frantziak errendizioa egin zuen. Philippe Pétain-en Vichyren erregimenarekin bat egin zuen Defentsa ministro gisa eta 1940ko irailera arte zerbitzatu zuen, Frantziako Ipar Afrikako Ordezkari Nagusi izendatu zutenean. Weygandek Alemaniarekin soilik kolaborazio mugatua izan zuen eta 1941eko azaroan kargutik bota zuten Hitlerren eskariz. Aliatuek Ipar Afrikako inbasioaren ondoren,
1942ko azaroan alemaniarrek Weygand atxilotu zuten eta Itter gazteluan sartu zuten 1945eko maiatza arte. Frantziara itzuli ondoren, Val-de-Grâce-n kolaboratzaile gisa atxilotu zuten, baina 1946an askatu eta 1948an karguetatik libre utzi zuten. 1965eko urtarrilean hil zen Parisen 98 urte zituela.