Bete ezazu esaldi hau. Branch 1861eko maiatzean sartu zen Konfederatuen armadan, Raleigh Rifleten errekluten artean. Hilabete hartan bertan, Estatuko Kuartermaster Orokorraren kargua onartu zuen, baina dimisioa eman zuen zelaian zerbitzatzeko. Irailean, Ipar Karolinako 33. erregimentuko koronela aukeratu zuten. 1862ko urtarrilean brigadier generala izendatu zuten. New Berneko gudua eta gero, bere brigada A.P. Hill-en Stonewall Jackson-en Korpusoaren Dibisiora atxiki zuten. Hillen dibisioko brigadako jenerala zen. Branch-eko brigadak Hanoverren borrokatu zuen, Zazpi egunetako gudan.
Chantilly eta Harper's Ferry