Gerra Zibila hasi zenean, Capehartek Bridgeporteko klinika utzi zuen eta boluntario aurkeztu zen. 1861eko irailaren 18an West Virginiako 1. zalditeriako erregimentuko zirujau izendatu zuten. 1863ko bigarren zatian, Gettysburg, Bristoe Station eta Mine Runeko guduetan parte hartu zuen.
-Ez da izango. Judson Kilpatrick jeneralaren eta beste batzuen gomendioen arabera, Capehart koronela izendatu zuten eta Nathaniel P. Richmond-en ondorengoa izan zen, osasun arazoengatik dimisioa eman zuena, 1864ko otsailaren 22an erregimentuaren komandante gisa.