1997-1998 urteetan, Formula 1eko pilotua izan zen... Stewart Grand Prix taldean, bere lehengo nagusiarekin, Paul Stewart. Taldearen sortzaile Jackie Stewartek behin "Ayrton Sennaren ondoren agertu den gidari gazte eta talentu handiena" gisa deskribatu zuen, baina bere errendimendua ez zen oso ona izan. F1eko bere azken lasterketan irabazi zuen puntu bakarra, 1998ko Kanadar Sari Nagusian.
Denboraldiaren gainerakoan Jos Verstappenek ordezkatu zuen. Magnussenek 24 GP hasi zituen, aurkeztu zenetik bat gutxiago, bere autoa hondatu egin zelako 1997ko Brasilgo Sari Nagusiaren hasieran izandako istripu batean, eta erretiroa hartzera behartu zutelako berriro hasi aurretik.