2003ko martxoaren 1ean, Khalid Shaikh Mohammed atxilotu egin zuten Rawalpindi, Pakistan, hiriburutik 15 kilometrora. Atxilotu zuten garaian, Al-Qaedako hirugarren funtzionariorik altuena zen eta zuzenean arduratu zen irailaren 11ko erasoak prestatzeaz. Beste gertaera batzuekin ere lotuta egon da: Daniel Pearl Wall Street Journal egunkariko kazetariaren hilketa agindu izana, USS Cole bonbardaketa, Richard Reid-ek hegazkin zibil bat zapata-bonba batekin lehertarazteko saiakera, eta El Ghriba sinagogako eraso terrorista.
Djerban, Tunisiako hirian. Khalid Shaikh Mohammedek Al Qaedaren komite militarreko burua dela dio.