2004ko irailean, Basayevek bere gain hartu zuen Beslaneko eskolako setioaren ardura.
350 lagun hil ziren, gehienak haurrak, eta ehundaka zauritu. Errusiako gobernuak 300 milioi errublo (10 milioi dolar) sari gisa jarri zituen bere atxiloketari buruzko informazioaren truke. Basayevek berak ez zuen ikastetxearen konfiskatzean parte hartu, baina erasoa antolatu eta finantzatzen zuela esan zuen, operazio osoak 8.000 euro bakarrik kostatu zuelako. 2004ko irailaren 17an, Basayevek adierazpen bat egin zuen eskolako setioaren erantzukizuna bere gain hartuz, bere Riyadus-Salihiin "Martir batailoiak" eraso hori eta beste batzuk egin zituela esanez. Bere mezuan, Basayevek Beslaneko sarraskia "tragedia izugarri" gisa deskribatu zuen eta errua Vladimir Putin Errusiako presidenteari egotzi zion.