1966ko urtarrilean, 31 urterekin, Nigeriako agintari militarrik gazteena bihurtu zen, estatu kolpe baten ondorioz.
Chukwuma Kaduna Nzeogwu komandantearen agindupean, Nigeriako gobernu zibila erorarazteko. Kolpe horren ondorioz, iparraldeko eta mendebaldeko buruzagi gehienak hil ziren, Abubakar Tafawa Balewa Nigeriako lehen ministroa; Ahmadu Bello jauna, Sokotoko Sardauna eta Iparraldeko eskualdeko lehen ministroa; eta Samuel Akintola, Mendebaldeko eskualdeko lehen ministroa, Lt. Col. Arthur Unegbe eta beste hainbat. Gowon teniente koronela Estatu Nagusiko Unibertsitateko ikastarotik itzuli zen, Latimerren, Erresuma Batua, bi egun lehenago, kolpearen aurretik, berandu iritsi zen eta, agian, konspiratzaileen helburuen zerrendatik salbuetsi zuen. XX. mendeko munduko arazoetan 1919tik aurrera izan zuten arrakastak eta Johnson Aguiyi-Ironsi jeneralak (Estatu buru izan zen 1966ko urtarrileko estatu-kolpearen ondoren, Gowon bere Estatu Nagusiarekin) Iparraldeko eskaerak betetzeak, estatu-kolpistak jazarri ahal izateko, Iparraldeko haserrea areagotu zuen. Gobernuaren ekialdeko eskualdeak eta "Lagos-Ibadan" prentsa ezkertiarrak laguntza handia eman zieten kolpistari.