Hurrengo denboraldian, Nesta bere lehenengo gola egin zuen Milanentzat, Chievoren aurkako garaipen batean Serie A-n. Klubeko titular gisa berriro agertzen hasi zen eta Milango jokalari koherenteenetakoa izan zen 2009-10 denboraldian zehar Leonardo-ren agindupean. Nesta bere bazkidearekin Thiago Silvarekin batera jarraitu zuen 2010-11 denboraldian zehar Massimiliano Allegriren agindupean, defentsako bikote izugarria osatuz, Milango Serie A garailean 38 partidetan 24 gol bakarrik onartuz.
Kanpaina bat egingo dugu. Milanek Coppa Italiako finalerdietara iristea ere lortu zuen, baina berriro ere atsekabetuta kanporatu zuten Txapeldunen Ligako zortzirenetan. 2010-11 denboraldian zehar, espekulazioak Nesta denboraldi amaieran erretiratu egingo zela adierazten zuen. Hala ere, beranduago baieztatu zuen Milanen beste denboraldi bat jokatu nahi zuela erretiratu aurretik eta kontratu luzapena sinatu zuen 2011ko maiatzaren 18an, eta 2012ko udan arte Milango taldean mantendu zuen. Nesta Serie A Urteko Taldearen parte izateko aukeratu zuten, Milango txapelketako garaian egindako antzezpenengatik.