Gerra Zibilean zehar, portua blokeatzaile oinarrizko bi alderdien artean zegoen. Ingalaterratik ekarritako hornikuntzak konfederatuenak eta pribatuenak zituen. Batasunak blokeoa ezarri zuen Hegoaldeak jasotzen zituen merkantziak murrizteko. Hiria Unioneko indarrek hartu zuten Wilmingtoneko guduan, 1865eko otsailean, gutxi gorabehera hilabete bat Fort Fisher erori ondoren.
Portua itxi zuten. Gerrako ekintza ia guztiak hiritik urrun gertatu zirenez, gerra aurreko etxe eta beste eraikin ugarik bizirik iraun zuten gerra urteetan.