1959tik 1960ra, Shagari Nigeriako Garapen Ekonomikorako Ministro Federala izan zen, non bere Ministerioa 1962-1968ko garapen plana marrazteaz arduratzen zen. Shagari-ren Garapen Ekonomikoko Ministerioa ere Niger-Delta Garapen Batzordea sortzeaz arduratzen zen. 1960tik 1962ra, Pentsioetarako ministro federala izan zen, eta funtzionarioen nigerianizatzearen misioa hartu zuen. 1962tik 1965era, Shagari Barne Arazoetarako Ministro Federala egin zuten. 1965etik 1966ko urtarrileko lehen kolpe militarrera arte
, Shagari Obretako ministro federala izan zen eta proiektu garrantzitsu asko burutu zituen, besteak beste, Eko Bridge Lagos, Julius Berger eraikuntza enpresa alemaniarraren lehen kontratu nagusia izan zen Nigerian, eta 1966an Abubakar Tafawa Balewa lehen ministroak enkargatu zuen Niger zubia osatzea. 1967an Sokoto probintziako Hezkuntza Garapen Funtsako idazkari izendatu zuten. 1968tik 1969ra, Shagari estatuko postu bat eman zioten Ipar-Mendebaldeko Estatuan, Establezimenduen komisario gisa.