1900. urtean, Ōkubo teniente-generalaren eta Hezkuntza Militarreko Ikuskaritza Nagusiko kabineteburu izendatu zuten. 1902ko maiatzean, IJA 6. infanteriako dibisioko komandantea izan zen. Errusiar-Japoniar Gerran, IJA 6. infanteriako dibisioa Japoniako Bigarren Armadari atxiki zitzaion, baina Shaho-ko gudua eta gero
Mukdeneko bataila baino lehen, 4. armadara transferitu zuten. Gerraren ostean, Eguzki Iratzailearen Ordena, 1. klasea eta Urrezko Kometa Ordenak, 2. klasea eman zizkioten. 1906ko uztailean, IJA 3. dibisioko komandante izendatu zuten eta 1907ko irailean "kazoku" nobleziara igo zuten "danshaku" (baroi) tituluarekin.