Sousa Davis Cupera itzuli zen irailean, Portugalri Belarusiari irabazten laguntzeko eta 2016an Europa/Afrika Zonaldearen I. Taldean igoera lortzeko. Bere lehen singlea galdu zuen arren, binakakoan irabazi zuen Eliasekin eta Uladzimir Ignatik-en aurka. San Petersburg Open txapelketan, Sousa denboraldiko hirugarren finalera iritsi zen. Marcel Granollers, Simone Bolelli eta Dominic Thiemen aurkako garaipenaren ondoren, Sousa bigarren izan zen Milos Raonic-en aurka hiru setetan. Urrian, Sousak 1 eta 4ko errendimendua lortu zuen Malaysiako Openean, Japoniako Openean, Shanghaiko Masters-en
eta Kremlineko kopa. Valentziako Open txapelketan, Sousak bere bigarren karrerako ATP titulua eta denboraldiko lehenengoa lortu zuen azken lau saiakeretan. Benoît Paire barne, maila handiagoko lau jokalari garaitu ondoren, Sousak Roberto Bautista Agut zazpigarren hazia garaitu zuen finalean, hiru setetan. Hurrengo astean bere ibilbidearen maila gorena lortu zuen, munduko 34. postuan. Sousak denboraldia karrerako munduko 33. postuan amaitu zuen, 38 garaipenekin. Azaroan, Urtearen Teniseko Pertsonalitatearen saria jaso zuen bigarren aldiz Portugaleko Teniseko Federazioaren eta Confederação do Desporto de Portugal-en eskutik.