Osatu hurrengo esaldia: Alpha aktibo izan zen 1999an hasi zen Bigarren Txetxeniako Gerran, baita ondorengo Gerran ere.
Matxinada bat Ipar Kaukasuan. 2000ko Komsomolskoye-ko guduan, Vladimir Shamanov-en mendebaldeko indarren taldeari atxikitako Alpha tiratzaileak jarri ziren Ruslan Gelayeven tiratzaileak herrian zapaltzeko asmoz. Unitatearen beteranoen arabera, Alpha-k parte hartu zuen operazioek Salman Raduyev komandante txetxeniarra atxilotzea ekarri zuten 2000an, Arbi Barayev komandante txetxeniarra 2001ean hil zuten, Aslan Maskhadov presidente txetxeniar separatista hil zuten 2005ean, eta Abu Hafs atzerriko buruzagi militantea hil zuten 2006an Dagestan-en. 2001eko urtarrilean Txetxeniako operazioen erantzukizuna Defentsa Ministeriotik FSBri transferitu ondoren, eta 2003an hasi zen "Txetxenizazio" politikaren aurretik, Alpha kideek (beste langile errusiarrekin eta Mosku aldeko miliziako txetxeniarrekin batera) gutxienez 10 "talde berezi konbinatuetan" (, SSG) parte hartu zuten, giza eskubideen taldeek eta kanpoko behatzaileek heriotzaren eskuadroi gisa jotzen zituztenak. Uste da SSG-k "izena/helbideen garbiketa" ugarien atzean egon zirela ("imeny/adressny zachistki"): maskaratutako gizonek, normalean, gauez egiten dituzten erasoak, ibilgailu ez identifikatuetan, aktiboko edo lehengo matxino borrokalari zehatzak, haien laguntzaileak, senideak edo beste zibilak, behartuta desagerrarazteko edo erailketa zuzeneko judiziarik gabe. 2005ean, Human Rights Watch erakundeak adierazi zuen desagertzeak gizateriaren aurkako delitu mailara iritsi zirela, eta "Errusiak desagertze behartuen munduko liderra izatearen bereizketa lotsagarria duela". Txetxeniako UFSBk Alpha unitate bat ere sortu zuen, SSGren antzekoa delakoan.