Osatu hurrengo esaldia: Neuerrek 2013ko DFL-Supercup-ean Borussia Dortmund-en aurka galduz hasi zuen denboraldia. Eusko Jaurlaritzaren
2013ko UEFA Super Kopa, 2013ko abuztuaren 30ean, azken eta erabakigarria izan zen zigorra salbatu zuen, eta Bayern Munichek Chelsearen aurkako partida irabazi zuen, 2012ko UEFA Champions League finala galdu zuelako mendeku bat hartuz. FIFA Kluben Munduko Kopako finalerdian, Neuerrek Guangzhou Evergrande taldearen aurka jokatu zuen finalerdian eta Raja Casablancaren aurka finalera. Neuer 2013ko urteko atezain mundiala izendatu zuten 2014ko urtarrilaren 7an. Otsailaren 9an, Bayernrek Arsenalen aurre egin zuen Txapeldunen Ligako kanporaketa fasean eta Neuerrek Mesut Özilen zigorra salbatu zuen lehen zatian. Bayernrek 2 eta 0 irabazi zuen kanpoan. 2014ko maiatzaren 2an, Neuerrek bere kontratua luzatu zuen 2019ko udan arte. Neuerrek denboraldia amaitu zuen 31 Bundesliga, bost Alemaniako Kopa, 12 UEFA Txapeldunen Ligako, Alemaniako Super Kopa, UEFA Super Kopa eta FIFA Kluben Munduko Kopa, guztira 52 partida.