1940an, Molotov-Ribbentrop akordioaren ondorioz,
bere lurraldearen zati bat Sobietar Batasunari, Chișinău barne, non Moldaviako SSR sortu zen. Agintari berriek Kotsovskiren institutua itxi zuten. Institutua berriro ireki zen, Bigarren Mundu Gerra hasi ondoren, Chișinău Ardatzaren indarrek hartu zutenean. Kotsovskyk II. Mundu Gerran ere bere lan zientifiko aktiboarekin jarraitu zuen. Garai hartan, bere lana Alemaniako eta Austriako aldizkari zientifikoetan argitaratu zuen.