Lyons Bostongo Unibertsitatean egon zen denbora labur batez, Gonzaga Unibertsitateko errektore izendatu aurretik. 1908ko abenduaren 27an hartu zuen postua, Joseph J. Himmel ordezkatuz. Kargua hartu eta berehala, lurrikara handi bat gertatu zen.
Messinan (Italia) gertatu zen, eta ikastetxeak meza bat eskaini zuen biktimengatik, Diomede Falconio gotzainak ospatua eta Bonaventura Cerretti abeslariak kantatua. Denis J. O'Connell apezpikua, Charles Joseph Bonaparte fiskal nagusia, Joseph Himmel Italiako enbaxadorea Estatu Batuetan, eta ordena dominiko, frantziskotar eta paulistetako apaizak izan ziren. Otsailaren 10ean presidente berriaren omenezko bankete bat egin zen, eta William Bourke Cockran kongresuko kideak parte hartu zuen. Lyons-en agintaldia 1909ko uztailaren 8an amaitu zen, Eugene DeL-ek ordezkatu zuenean. McDonnell bat da.