2000ko Europako Txapelketaren ondoren, Nesta Italiako lehen aukera izan zen Giovanni Trapattoni entrenatzaile berriarekin, 2002ko Munduko Txapelketako kanpaina garaian. 2002ko Munduko Txapelketan, Fabio Cannavarorekin batera defentsa zentralean aritu zen, Ekuadorren aurkako hasierako garaipenean fitxa garbia mantenduz, baina berriro ere, lesio batek ez zion utzi bigarren itzulian jokatzen, eta Nesta ez zen agertu bigarren itzulian, Koreako taldearen aurka. Nesta nabarmen agertu zen Italiak Euro 2004ko sailkapen taldearen gailurra hartu zuenean. Italiak txapelketa nagusietan izandako atsekabeak Euro 2004an jarraitu zuen
, baina lehen txandan kanporatu ziren Danimarkarekin eta Suediarekin hiru norabideko bost puntuko berdinketa baten ondoren, zuzenean aurrez aurre. Nesta minik gabe geratu zen eta 90 minutu jokatu zituen hiru taldeko partiduetan, Italiari lehenengo partidan fitxa garbia mantentzen lagundu zion Danimarkaren aurka.