2012ko denboraldiaren ondoren, Scutaro eta Giantsek 3 urteko kontratua sinatu zuten, 20 milioi dolarreko kontratua, 2012ko abenduaren 7an ofiziala bihurtu zena. 2013an, Scutaro hasierako bigarren baselaria izan zen, Tony Abreu eta Nick Noonan bere babes nagusiak izan ziren. Lehen erdian 81 partidatan, Scutarrok.316/.367/.400 egin zituen, bi bider azkarrago, 22 RBI eta 37 RBI.
MLBko All-Starren partidua. Scutaro 2013ko azken partida irailaren 15ean jokatu zuen, eta irailaren 24an itxi zuten ofizialki. Irailaren 27an ebakuntza egin zioten, eta ezkerreko behatz txikian iltze bat sartu zioten, mailuzko atzamarra zuzentzeko, ekainaren 11n Piratesen aurka jasandako lesio bat, Tony Watsonek jo zuenean. 2013an 127 partidetan,.297/.357/.369 bat egin zuen 2 HR, 31 RBI eta 57 Rrekin.