Gerra Zibila hasi zenean, Battle-ek Alabama-ko 3. infanteriako maior gisa jaso zuen agintea 1861eko apirilaren 28an, eta erregimentuarekin batera Norfolk-era bidali zuten, Virginian. Uztailaren 31n, erregimentuaren teniente koronela izendatu zuten. Borroka egin zuen
Seven Pineseko guduan eta 1862ko maiatzaren 31n koronela izendatu zuten. Zazpi eguneko guduan ez zen parte hartu, baina Marylandeko kanpainan itzuli zen 1862ko irailean, South Mountain eta Antietamko guduan borrokatzeko. Zauritu egin zen Chancellorsvilleko kanpaina hasi baino lehen zalditik erori eta aginteari uko egin behar izan zion. Nahiz eta egun bat geroago agintea berreskuratu, bere zauriak larriagoak izan ziren bere zaldiak lubaki batetik salto egin zuenean, agintea berriro entregatzera behartuz.