1940ko ekainean Lituaniako okupazio sobietarraren ondoren, Šliūpas Lituaniako Herri Gobernuan gonbidatu zuten (gehienbat Mečislovas Gedvilasetik, Kultura Etikoaren Elkarteko kidea zena), baina uko egin zion. Antanas Merkys lehen ministro ohia Šliūpasen etxean gelditu zen, atzerrira ihes egiten saiatu zenean. Lituaniako aldizkari asko ez bezala, "Laisvoji mintis" ez zuen erregimen komunista berriak deuseztatu, baina Šliūpas ordezkatu zuen editore gisa. Šliūpasen inbertsioak eta gainerako ondasunak nazionalizatu egin ziren, baina gobernu berriak salbuespen berezia egin zuen, Palangako etxea mantentzeko aukera emanez. Ekaineko deportazioan.
, Šliūpasen koinatua Siberiara deportatu zuten eta berak ohartarazpena jaso zuen bere familia deportatuen zerrendan zegoela.