1999ko uztailean, Jacoby Inteligentzia Zuzendari izendatu zuten (J2) Estatu Batuetako Estatu Nagusian. Intelligentsia jarduerako kidea izan zen Balkanetan eta Kosovon. Ipar eta Hego Guardiaren arteko operazioek ez-hegazkin eremuak eta sanzioak Iraken indarrean mantentzen jarraitu zuten. Gainera, AEBtako EP-3 hegazkina hartu zuten Hainan uhartean.
USS Cole Yemenen izan zen. Azken gertaera honek terrorismoaren analisiaren eta indar eragileei laguntza emateko planteamenduaren oinarrizko aldaketa eragin zuen, Defentsa Inteligentzia Agentziaren zati gisa J-2 Estatu Nagusiaren gidaritzapean funtzionatzen duen Terrorismoari aurre egiteko Inteligentzia Talde Bateratuaren (JITF-CT) proposamenaren bidez gauzatua. 2001eko irailaren 10eko arratsaldean, Jacoby-k JITF-CT-rentzako finantzaketa handiagoaren alde egin zuen Etxearen Inteligentzia Batzordearen goi karguekin. 2001eko irailaren 11ko atentatuan Pentagonoan zegoen. JITF-CT-ren stand-up-a zuzendu zuen, terrorismoaren aurkako gerra globalaren eta Afganistaneko operazio militarraren inteligentzia-plangintzan aktiboa izan zen, Afganistaneko borroka-operazioen hasierako fasean J-2ren jarduerak gainbegiratu zituen eta "2 Plus 7" izeneko kontzeptu operatiboa garatu eta defendatzeko funtsezkoa izan zen, Al-Qaeda erakundea desegiteko eta bere zuzendaritza eta planifikazio funtzio zentralizatuak erasotzeko AEBetako operazioen gune nagusia bihurtu zena. Operazioaren arduradunak bi buruzagi eta zazpi plangile izan ziren. Ondorioz, erakundearen gaitasuna kolapsatu egin zen. Jacoby-k urtebeteko luzapena egin zuen J-2 Estatu Nagusian 2002ko uztailean.