Gatesek Kongresura bidali zuenean 1777ko Saratogako guduan garaipenari buruzko oharra, Wilkinson Kontinentearen Kongresura bidali zuen.
Zain egon zen, baina lanpetuta. Azkenean agertu zenean, garaipenean bere papera hobetu zuen, eta 1777ko azaroaren 6an brigadier jenerala izendatu zuten (aldi hartan 20 urte besterik ez zituen arren) eta sortu berri zen Gerrako Batzordera izendatu zuten. Goi mailako koronelen gaineko igoerak istilu handia eragin zuen Kontinentean, batez ere Wilkinsonen zurrumurruek erakusten zutelako Conway Cabal taldeko partaide zela, George Washington eta Horatio Gates Armada Kontinentalaren komandante nagusi izateko ordezkatzeko konspirazioan. Laster Gates Wilkinsonekin aspertu zen, eta ofizial gazteak dimisioa eman behar izan zuen 1778ko martxoan. 1779ko uztailaren 29an, Kongresuak Armadako jantzigile-generala izendatu zuen, baina 1781ko martxoaren 27an dimisioa eman zuen, "lanerako gaitasun falta" zuelako.