1642ko urriaren 21ean, Morgani zaldun izendatu zion Charlesek Southam-en, Warwickshire-n, eta bi egun geroago Edgehill-eko guduan borrokatu zen. Bere anaia bikia, Thomas Morgan koronela, Newbury-ko batailan hil zen,
1643ko irailaren 20an, Northamptonshireko Heyford eta Clasthorpeko jabetzak hartu zituen eta Momouthshireko, Warwickshireko eta Westmorelandeko beste jabetza batzuk izan zituen. Ondoren, atzerrira joan zen, baina 1648an itzuli zen, bere ondasunak parlamentuak 1646ko urtarrilaren 5eko ordenantza baten bidez konfiskatu bazituen ere, Banbury gazteluan bere maizter batzuk espetxeratu zituen, alokairua ez zietelako ordaindu.