2006ko hauteskunde federalek alderdi kontserbadoreak gidatutako gutxiengo gobernu bat sortu zuten eta Harper Kanadako 22. lehen ministroa bihurtu zen. Bere lehen agintaldian, Harperrek In and Out eskandaluari aurre egin zion, eta Harperren agintaldian onartutako lege garrantzitsuen artean "Federal Accountability Act", Québécois nazioaren mozioa eta Beteranoen Eskubideen Legea zeuden. 2008ko hauteskunde federaletan, non Alderdi Kontserbadoreak gutxiengo handiagoa irabazi zuen, Harperrek Ekonomia Ekintza Plana onartu zuen 2007-2008ko finantza krisiari erantzunez, oposizioko alderdien koalizio potentzial batek egindako konfiantza ez emateko mozioa garaitu zuen eta Libiako Lehen Gerra Zibilean esku hartzeko agindua eman zuen.
-Ez da izango. Kanadako 40. parlamentua 2011ko martxoan desegin zen, Lockheed Martin F-35 Lightning II kanadarraren kontratazioaren aurkako beste konfiantzazko bozketa baten ondoren. Hauteskunde federaletan, Kontserbadoreek gehiengoa lortu zuten. Bere hirugarren agintaldian, Harperrek Kanadako Kyoto Protokolotik atera zuen, ISILen aurka Inpaktu Operazioa abiarazi zuen, arma luzeko erregistroa indargabetu zuen, "Terrorismoaren aurkako Legea, 2015" onartu zuen, Kanadarako Merkatu Globalako Ekintza Plana abiarazi zuen eta Kanadako Senatuaren gastuen eskandaluaren eta Robocall eskandaluaren inguruko polemikekin borrokatu zen.