Arkaea eta prokariotoen sailkapena azkar garatzen ari den eta eztabaidagarria den esparrua da. Gaur egungo sailkapen sistemek, egiturazko ezaugarriak eta arbaso komunak dituzten organismoen taldeetan antolatzea dute helburu. Sailkapen horiek, RNA genen sekuentzia ribosomalen erabileran oinarritzen dira, organismoen arteko harremanak ezagutzeko (filogenetika molekularra). Arkaea espezie kulturagarri eta ondo ikertuenetako gehienak bi filum nagusietako kideak dira, Euryarchaeota eta Crenarchaeota. Beste talde batzuk, aldez aurretik sortu dira. Adibidez, espezie berezia Nanoarchaeum equitans, 2003an aurkitu zena, Nanoarchaeota filum propioa eman zaio.
Euryarchaeota eta Crenarchaeota