Ondorengo esaldia osatu: Hurrengo denboraldian Nesta bere lehenengo gola egin zuen Milanentzat, Chievoren aurka 2 eta 1eko garaipenean Serie A-n. Klubeko titular gisa berriro agertzen hasi zen eta Milango jokalari koherenteenetakoa izan zen 2009-10 denboraldian zehar Leonardo-ren agindupean. Nesta bere bazkidearekin Thiago Silvarekin batera jarraitu zuen 2010-11 denboraldian zehar Massimiliano Allegriren agindupean.
Serie A-ko kanpaina bat da. Milanek Coppa Italiako finalerdietara iristea ere lortu zuen, baina berriro ere atsekabetuta kanporatu zuten Txapeldunen Ligako zortzirenetan. 2010-11 denboraldian zehar, espekulazioak Nesta denboraldi amaieran erretiratu egingo zela adierazten zuen. Hala ere, beranduago baieztatu zuen Milanen beste denboraldi bat jokatu nahi zuela erretiratu aurretik eta kontratu luzapena sinatu zuen 2011ko maiatzaren 18an, eta 2012ko udan arte Milango taldean mantendu zuen. Nesta Serie A Urteko Taldearen parte izateko aukeratu zuten, Milango txapelketako garaian egindako antzezpenengatik.