Hala ere, batzuetan desadostasunak daude ikerketa molekular eta morfologikoen artean; hauek bi motatakoak izan daitezke: (i) morfologia bat, leinu anitz (adibidez, konbergentzia morfologikoa, espezie kriptikoak) eta (ii) leinu bat, morfologia anitz (adibidez, fenotipikoen plastizitatea, bizi-ziklo anitz eta abar). Protistak, osotasunean, sistema parafilikoak direlako, sarritan errazagoa da erregetza berriak baztertzea edo zatitzea, protista taldeak eukototiko lerro eukotiko bereizi gisa tratatu beharrean.
ez monofilikoak