K.a. 58an, Kleopatrak bere aita, Ptolemeo XII.a Auletes, Erromara erbesteratutakoan lagundu zuen, Egipton (Erromako estatu bezeroa) matxinatu ondoren, bere alaba Berenice IV.ari tronua eskatzea ahalbidetuz. Berenice K.a. 55ean hil zuten, Ptolemaio Erromako laguntza militarrarekin Egiptora itzuli zenean. K.a. 51ean hil zenean, Kleopatraren eta bere anaia Ptolomeo XIII.aren erregealdi bateratua hasi zen, baina haien arteko liskarrak gerra zibila eragin zuen. K.a. 48ko Pharsalusko bataila Grezian galdu ondoren, bere aurkari Julio Zesarren (Erromako diktadore eta kontsul) aurka Zesarren Gerra Zibilean, Pompeiok Egiptora ihes egin zuen. Pompeius XII.a Ptolomeoren aliatu politikoa izan zen, baina Ptolomeo XIII.ak, bere gorteko eunukoen bultzadarekin, Zesar iritsi eta Alexandriako hiria hartu aurretik, Pompeius zelatan jarri eta hil zuen. Zesarrek, orduan, Ptolomeoren anaiak adiskidetzen saiatu zen, baina Ptolomeoren aholkulari nagusiak, Potheinosek, Zesarren baldintzak Kleopatraren aldekoak zirela ikusi zuen, eta bere indarrek bera eta Zesar setiatu zituzten jauregian
-Ez da izango. Setioa indartzeek altxatu eta gutxira, Ptolemaio XIII.a K.a. 47ko Niloaren guduan hil zen; Kleopatren ahizpaordea, Arsinoe IV.a, azkenean Efesora erbesteratu zuten setioa gauzatzean izan zuen paperarengatik. Zesarrek Kleopatra eta bere anaia Ptolomeo XIV.a gobernari elkartuak izendatu zituen, baina Cleopatrarekin harreman pribatua izan zuen, seme bat sortu zuena, Caesarion. Kleopatra Erromara bidaiatu zuen erregina bezero gisa K.a. 46 eta 44 urteetan, eta bertan geratu zen Zesarren villan. Zesar eta (bere aginduz) Ptolomeo XIV.a 44 K.a.n hil ondoren, Caesarion gobernadore izendatu zuen.