Amerikako Gerra Zibila hasi zenean, Jones berehala sartu zen Unioneko armadan. 1861eko uztailaren 7an, New Yorkeko Boluntarioen 37. erregimentuan sartu zen, "Irlandako Errifleak" bezala ezaguna, John H. McCunn koronelaren agindupean. Hasiera batean soldadu izan zen, baina laster aurkitu zuen bere burua erregimentuko gizonek bigarren teniente izendatu zutela. Bull Runeko lehen guduan izan zen, bere erreklutamenduaren bi aste geroago, baina ez zuen ekintzarik ikusi unitatea erreserban zegoelako. Jonesek "jarrera ausarta" erakutsi zuen erregimentuan egindako lehen urteetan eta laster igo zen lehen teniente eta laguntzaile mailara 1861eko azaroaren 4an, eta gero maiorrera 1862ko urtarrilaren 21ean. "Irlandar Errifleak" geroago Samuel P. Heintzelman jeneralaren III. Korpusean sartu ziren, Philip Kearny brigadaburuaren agindupean zegoen 3. dibisioko 3. brigadako zati gisa, Penintsulako kanpainan eta Williamsburg, Seven Pines-en parte hartu zuten.
eta "Zazpi egunetako kanpaina" Jones ere bertan izan zen 37 New Yorkeko Boluntarioak, orduan III. Korpusoaren 1. Dibisioko 3. brigadari atxikita, Bull Runeko Bigarren Guduan. Maiatzean eta ekainean, malaria hartu zuen eta Washingtonen ospitaleratu zuten irailaren 26an, eta han egon zen urriaren amaiera arte. Franz Sigel maior jeneralaren ofiziala ere izan zen, Ambrose Burnside jenerala erretiroa hartu eta Potomaceko Armada berrantolatzearen aurretik.