Osatu esaldi hau: Kovač-ek Kroaziaren ordezkari izan zen bi Munduko Txapelketatan, 2002an eta 2006an, eta Europako bi txapelketatan ere parte hartu zuen,
2004 eta 2008. 2006ko Munduko Txapelketan defentsan ondo jokatu zuen, baina Japoniaren aurka bigarren horia jaso ondoren, Australiaren aurkako azken talde partida galdu zuen. Kovac gabe, Kroaziak defentsan borrokan egin zuen Tomas ordezkoarekin eskuz pilota eginez Australiaren lehen gola zigor ostiko baten bidez. Kroaziak 2x2 berdindu zuen Australiarekin, baina txapelketatik kanpo geratu ziren. Kroaziarekin, Leverkusenekin eta Bayernekin, Kovač bere anaia nagusiarekin taldekide izan zen Niko Kovač. 2009ko udazkenean erretiratu zen selekzio nazionaletik, 2008an bere anaiaren erretiroaren ondoren taldeko kapitaina izan ondoren.