Hasi hau amaitzen: 1939ko irailaren 16an eliza itxi egin zuten
Alemaniako armadak erasoak jasan zituen eta misiolarien kalea atzeman zuten. Alemaniako tropa eta poliziaren biltegiak hornitu zituzten. Eraikina erauzi egin zuten, eta materiala ostu ziguten. Hiritik erretiratzen ari zirenean, atzera egiten ari ziren alemaniar indarrek eraikina erre zuten 1945eko urtarrilaren 19an, eta hiru egun iraun zuen. Tropa sobietarrek elizarekiko artilleria tiroak egin zituzten, kupula larriki kaltetuz eta ganbarako bizitegi zatian beste su bat eraginz.