1939ko irailean Bigarren Mundu Gerra hasi zen Poloniako inbasio sobietar-alemaniarraren ondoren, Augustów okupatua izan zen.
Sobietar Batasunak 1941 arte. Biztanle asko Kazakistanera erbesteratu zituzten, eta handik 6 urte igaro ondoren itzuli ziren batzuk. 1941eko ekainaren 22an, alemaniarrek hiria hartu baino lehen, sobietarrek 30-34 preso poloniar hil zituzten Augustov-en, NKVDko presoen sarraskiaren barruan. Alemaniar indar naziek Augustów okupatzen zuten 1944ra arte, eta lan esparru bat kudeatzen zuten herrian. Bigarren Mundu Gerrak hiriko %70 inguru suntsitu zuen eta bertako biztanle gehienen heriotza edo irteera ekarri zuen, horien artean, ubidearen eta ibaiaren artean zegoen ghettoan preso zeuden hainbat mila juduz osatutako komunitatea. Alemaniarrek, alde egin baino lehen, ia denak akabatu zituzten. 1945ean, Sobietarrek Augustów gertuko eraso bat burutu zuten - Armia Krajowa-ko borrokalari antikomunisten aurkako operazio berezia.