Gerra hasi zenean, Colquitt kapitaina izan zen Georgiako Infanteriako 6. Koronela izatera iritsi zenean, bere erregimentuaren buru izan zen Penintsulako kanpainan. -Ez, ez.
Seven Pines-en, Brigada jenerala Gabriel Rains zauritu ondoren brigadako agintea hartu zuen, eta Zazpi Egunetako guduan zehar gidatu zuen. Stonewall Jacksonen agindupean bere brigada zuzentzen zuen South Mountaineko guduan, Antietameko guduan, Fredericksburgeko guduan eta Chancellorsvilleko guduan. Colquittek Antietam-etik bizirik atera zen, nahiz eta brigadako ia beste ofizial guztiak hil edo zauritu egin ziren. Bataila ostean, berehala igo zuten brigadako jenerala izatera, irailaren 1etik aurrera.