Nahiz eta kontratua luzatu zioten, Boyle eta Brad Lukowich San Jose Sharks-en sartu ziren 2008ko uztailaren 4an.
2009an hautatu zuten, eta 2010ean 4. Boyleri presioa egin zioten Tampa Bay-ren jabe berriek ez trukatzeko klausula kentzeko. Bestela, Atlanta Thrashers-ek eskatuko zioten. Joe Thornton, Patrick Marleau eta Evgeni Nabokov ezagutzen zituelarik, Boyle trukatzea onartu zuen Sharksekin.