Jeffersonek ez zuen nahiago izan nazioarteko gatazka batean parte hartu, baina uste zuen indarrak geldiaraziko zituela Barbary Estatuek tributu gehiago eskatzea. AEBetako Itsas Armadari agindu zion Mediterraneoan barrena joateko eta Barbaroen Piraten aurka defendatzeko. Horrela hasi zen Lehen Barbaroen Gerra.
-Ez da izango. Administrazioaren hasierako ahaleginak ez ziren eraginkorrak izan, eta 1803an Tripolik fregata hartu zuen. 1804ko otsailean, Stephen Decatur tenienteak Tripoliko portuan eraso arrakastatsua egin zuen eta "Philadelphia" erre zuen, Decatur heroi nazionala bihurtuz. Jeffersonek eta Estatu Batuetako itsas armadak... Tunisia eta Aljeria Tripolirekin aliantza hausteko... behartu zituzten... eta gerratik kanpo jarrai zezaten. Halaber, Jeffersonek bost bonbardaketa itsasoko agindu zituen Tripolira, eta horrek Mediterraneoan bakea berreskuratu zuen, nahiz eta Jeffersonek bere lehendakaritzaren amaiera arte Barbary Estatuetako gainerako estatuei ordaintzen jarraitu zuen.