1952an, Frantziak aljeriarrak Indotxinako Gerran borrokatzeko errekrutatzen zituenean, Boumédiène Kairora joan zen, eta Al-Azhar Unibertsitatean ikasi zuen. Han ezagutu zuen Ahmed Ben Bella. Aljeriako Independentzia Gerran Nazio Askapen Frontean (FLN) sartu zen.
1955ean, "Houari Boumédiène" bere gerra-izena hartu zuen (Sidi Boumediène-tik, Tlemcen hiriaren patronaren izena, Aljeriako mendebaldean, non ofizial gisa aritu zen gerran, eta Sidi El Houari, Oran gertuko patronaren izena). Koronelara iritsi zen, orduan FLNren indarren maila gorena zen, eta 1960tik ALNko kabineteburu izan zen, FLNren adar militarra.