2015eko abuztuaren 23an, Bonaventurak bere denboraldiko debuta egin zuen, Milanek 2<unk>0 galdu baitzuen Fiorentinarekin. Ondorengo partidan, Empoliren aurka, Bonaventura 55 minutuan sartu zen zelaira Suso ordezkatzeko eta 15 minutu geroago Luiz Adriano-ren garaipenaren gola laguntzea lortu zuen. Irailaren 19an, Bonaventurak Carlos Baccaren lehenengo gola lagundu zuen eta zuzenean gola sartu zuen, 3x2ko garaipenean Palermon. Gainera, beste asistentzia bat eta gol bat lortu zituen Milanen hurrengo partidan, Udinesen 2 eta 3ko garaipenean. Berriro ere, Carlos Baccaren eta Philippe Mexèsen golei lagundu zien Lazioren aurka, azaroaren 1ean 3-1ko kanpoko garaipenean. Siniša Mihajlović taldeko entrenatzailearen agindupean ondo jokatzen jarraitu zuen eta denboraldi osoan zehar bere taldearen funtsezko jokalari bihurtu zen. Suspentsioaren ondorioz 0 eta 0 berdinketa galdu zuen Atalanta talde ohiaren aurka, eta hasierako gola sartu zuen Sampdoria taldearen aurkako 4 eta 1eko porrot batean, azaroaren 28an. Abenduaren 1eko bere hurrengo partidan berriro sartu zuen gola, Crotonen 3-1ko Coppa Italia garaipenean, 20 yardako jaurtiketa aske bikain baten bidez. Abenduaren 20an Carlos Baccaren gola lagundu zuen eta golea sartu zuen Milanek Frosinone 4-2 irabazi zuenean. 2016ko urtarrilaren 17an, beste assist bat eman zion Carlos Baccaren Rossonerik Fiorentina 2-0 irabazi zuenean. Denboraldia amaitu zuen 7 golekin eta 8 assistekin lehiaketa guztietan, Milanek 7. postuan amaitu zuen Serie A-n.
, eta Italiako Kopako finalean galdu zuen Juventusen aurka, luzapenean 1 eta 0ko porrotaren ondoren.