Hasieran, kristautasuna shogunaren boterearen aurkako mehatxu gisa ikusi zen. 1643an, kristautasuna debekatu egin zen, eliza guztiak suntsitu egin ziren, kristau ezagunak torturatu eta budismoa bihurtzeko edo exekuzioari aurre egiteko eskatu zuten, eta kristau eraginaren zantzu guztiak sistematikoki desagerrarazi zituzten.
San Frantzisko Xabier