Francona izan zen indioak arrakastaz garaitu zituena 2016an. Bere taldeak bere klub ohia, Boston Red Sox, hiru partidetan garaitu zuen serie dibisionalean. 2016ko urriaren 10ean Fenway Park-en irabazi zuen eta ALCS-an sartu zen. 2016ko urriaren 19an, Francona's Indians taldeak Toronto Blue Jays taldea garaitu zuen eta World Series-era pasa zen.
Indiansek 6-0 irabazi zioten Chicagoko Cubs-ei. Bere lehen World Series partida galdu zuen Indiansek Cubs-ek 5-1ko emaitzarekin garaitu zutenean 2. partidan. Indiansek Chicagoko Cubs-en aurkako 3. partidua 1-0 irabazi zuten. Indiansek 7 eta 2 irabazi zuten Chicago Cubsen aurka Clevelandek 3 eta 1eko abantaila izan zezan. Indiansek 3-2 galdu dute 5. partidan. Clevelandek 6. partidua galdu zuen 9-3ko markagailuarekin, eta ondoren, 8. partidua galdu zuen 7. partidan, 10 jardunaldietan, Francona bere lehen World Series-eko porrotarekin. 2016ko azaroaren 15ean, Francona AEBetako Ligako Urteko Zuzendari izendatu zuten, bere ibilbidean bigarren aldiz.