1941eko hasieran, McGrigor, aldi batez, Sir James Somerville-ren itsasontzi nagusiko kapitaina izan zen eta Maltako Konboietan eta Atlantikoan eta Mediterraneoan egindako beste operazio batzuetan parte hartu zuen, 1941eko otsailean Genovako bonbardaketan eta 1941eko maiatzean "Bismarck" urperatzean. 1941eko uztailaren 8an kontradmiral izendatu zuten. 1941eko irailaren 9tik 1943ko hasierara bitartean, Itsas Armadako Estatu Nagusiaren (Armak) laguntzailea izan zen. 1943ko amaieran, Pantelleria uharte italiarraren (Operation Corkscrew) eta ondoren Siziliako Inbasioa estaltzen zuen Itsas Indarra (B indarra) agindu zuen.
Ohorezko domina eman zioten. Hiru hilabetez izan zen Siziliako bandera ofiziala, non zauritu egin zuten, Taranto eta Adriatikako bandera ofiziala (Alexandriako kostaldeko establezimenduan kokatua) izan aurretik, 1943ko amaiera arte.