Obasanjo 1966ko urtarrilean itzuli zen Nigeriara, estatu-kolpe militar baten erdian.
Emmanuel Ifeajuna maiorrak zuzendua. Kolpearen antolakuntzan parte hartu zuten ia guztiak Nigeriako hegoaldeko igbo herritarrak ziren. Obasanjo egoera gerra zibila izan zitekeela ohartarazten zutenetako bat zen. Kolpista eta gobernu zibilaren arteko bitartekari gisa lan egitea eskaini zion, boterea Johnson Aguiyi-Ironsi komandante nagusi militarrari transferitu zionean. Kolpeak porrot egin zuenean, Olusegunek Lagosen ezagutu zuen Ironsi. Ironsi laster amaitu zuen federalismoa Nigerian, 1966ko maiatzean, bere batasun dekretuaren bidez, eta horrek tentsio etnikoak piztu zituen. Uztailaren amaieran, bigarren kolpe bat izan zen. Ibadanen, iparraldeko Nigeriako jatorriko tropek matxinatu eta Ironsi hil zuten, baita berrehun igbo soldadu inguru sarraskitu ere. Yakubu Gowon jeneralak hartu zuen agintea.