1996ko hauteskundeetan, hauteskundeetara aurkeztu zen lehendakari hautagai bakarra. Sudan alderdi bakarreko estatu bihurtu zen Kongresu Nazionalaren (NCP) eskuetan. 1990eko hamarkadan, Hassan al-Turabi, Asanblada Nazionaleko lehendakaria, talde fundamentalista islamiarrekin harremanetan jarri zen, eta Osama bin Laden gonbidatu zuen herrialdera. Estatu Batuek Sudan terrorismoa babesten duen estatutzat jo zuten. Al-Qaedak Kenian eta Tanzanian dauden AEBetako enbaxaden aurkako atentatuaren ondoren,
Estatu Batuek "Infinity Reach" operazioa abiatu zuten eta Al-Shifa farmazeutikoen lantegia hartu zuten helburu. Estatu Batuek, uste zuten, arma kimikoak egiten zituzten terroristentzat. Al-Turabiren eragina ahultzen hasi zen, eta lidergo pragmatikoago baten aldeko beste batzuek Sudango nazioarteko isolamendua aldatzen saiatu ziren. Herrialdeak bere kritikoak lasaitzeko lan egin zuen, Jihad Islamiko Egiptoko kideak kanporatuz eta bin Laden alde egitera animatuz.