1862ko ekainean, Jewett Unioneko armadan sartu zen, gerra zibilean parte hartzeko. Abuztuaren 3an harrapatu zuten, eta 25 egunez egon zen konfederatuen preso. Jewett lehen teniente izendatu zuten 1863ko maiatzean. Bere zerbitzuan, Harper's Ferryko (13. eta 15. iraila, 1862), Newporteko kuarteleko (2. otsaila, 1864), Chaffin's Farmeko (29. iraila, 1864) eta
Fair Oaks (1864ko urriaren 27a). 1864ko azaroan dimisioa eman zuen eta Vermontera itzuli zen.