Gowon 1954an sartu zen Nigeriako Armadara, eta 1955eko urriaren 19an, bere 21. urtebetetzean, bigarren teniente gisa jaso zuen. Britainia Handiko Royal Military Academy Sandhurst-en (1955-56), Camberley-ko Staff College-n (1962), eta Latimer-eko Joint Staff College-n (1965an) trebatua izan zen. Kongon borrokatu zen.
Nazio Batuen Bake Indarraren zati gisa, 1960-61ean eta 1963an. 1966an batailoi-komandante mailara igo zen, garai hartan teniente koronela zen oraindik.