Ondorengo esaldia osatu: 2013ko urtarrilaren 16an, Guardiolak Bayern Municheko entrenatzaile kargua hartuko zuela iragarri zen 2012-13 denboraldiaren ondoren, Jupp Heynckes ordezkatzeko hurrengo denboraldian. Bere lehen prentsaurrekoa egin zuen Bayernko entrenatzaile gisa, 2013ko ekainaren 24an, alemanez, eta bere lehen entrenamendua izan zuen bi egun geroago. Bere lehen partidu ofiziala Alemaniako Super Kopa izan zen Borussia Dortmunden aurka, eta Bayern 4-2 galdu zuen. Bere lehen garaipena Bayernekin izan zen,
2013ko UEFA Super Kopa, José Mourinho aspaldiko aurkaria garaituz, Chelseako entrenatzaile izatera itzuli berria zena. Bayernek Chelsea gainditu zuen Manuel Neuerrek Romelu Lukaku salbatu ondoren.