1779an, Johnstone-ri Lisboako estazioko komodore izateko lanpostua eskaini zioten, eta onartu egin zuen, nahiz eta aurretik ministroaren aurkako erasoak egin, eta esku-hartze militarraren aurkako adiskidetzearen alde egin zuen. Bere burua justifikatu zuen Frantzia gerran sartu zenez Amerikaren alde, ezin zuela jada gerratik kanpo egotea babestu. Portugaleko estazioan misio bat agindu zioten, eta aurretik Frantziako kostaldean ibili zen bere itsasontzi nagusian, inbasio prestaketaren frogak bilatuz. Laster jakin zen Frantziako eta Espainiako armadak... asmoa zutela... armada handi bat eratzea... Ingalaterra inbaditzeko.
-Ez da izango. Johnstone-k "Romney" hartu zuen Charles Hardy almirantearen Kanal Flotan sartzeko, eta borroka bilatzeko presioa egin zion. Hardy-k nahiago izan zuen ekintzak saihestu, etsaiaren flota itsasoan nekatuz, bereak ingeles kostaldeko baseetatik berregiten eta hornitzen jarraitu zuen bitartean. Hardyren taktika arrakastatsua izan zen, eta flota britainiar fresko eta ondo hornitua aurre egin beharrean, etsai armada planak bertan behera utzi eta Frantziako portuetara itzuli zen.