Gobernu militar berriak, Proceso de Reorganización Nacional izendatu zutenak, hasieran gerrillaren kanpainak amaitzen saiatu ziren, baina nazioa azkar desagertu zen istilu zibiletan. Erakunde terroristak eta gerrillak estatuaren izuaren eta paranoiaren nahasketa bat dira. Zibilak poliziaren estatu baten atxilotuta zeuden orain, diktadura militar paranoiko eta basati baten eta gerrillari komunista dissidenteen artean. PRNk "Gerra zikina" deitu zion garai horri, 1985eko Juntaren Epaiketan juristek ukatu zuten termino hori. 601. Inteligentzia Batailoiak ospe txarra izan zuen garai hartan. 70eko hamarkadaren amaieran sortua, Inteligentzia militarreko zerbitzu berezi bat zen.
eta "Condor" operazioa, eta hori 2000. urtean amaitu zen. Bere langileek gerrillarien eta giza eskubideen aldeko erakundeen inguruko informazioa bildu eta infiltratu zuten, eta hilketak, bahiketak eta beste gehiegikeriak koordinatu zituzten. Unitateak Nikaraguako kontrakoen entrenamenduan ere parte hartu zuen AEBetako laguntzaz, besteak beste, John Negroponteren laguntzaz.