1580an, 1580ko krisi dinastikoan, Guardako gotzainak, D. Joak, Portugaleko independentziaren alde egin zuen eta Filipinetako aginteari aurre egin zion. Apezpikuak Alcantara gudaldiaren ondorioei aurre egin zien.
eta António, Cratoko abadearen alde egiten jarraitu zuen, gainerako apezpiku portugaldarrek ez bezala. 1582ko martxoaren 18an, Aita Santuak D. João Guardiako gotzainaren "gehiegikeriak" gaitzetsi zituen, eta 1592an hil zen Felipe II.a Espainiakoaren (Filipe I.a Portugalgoaren) erregealdian.