Lur Santuan izandako gerrak babesteaz gain, itsas armadak funtsezko zeregina izan zuen genovarrek Pisa Errepublikaren aurkako lehian, Genovarekin lehiatzen zena Korsikan eta Sardinian eraginagatik. Italiako itsas estatuek ohikoa zen aurkarien merkataritza-ontziak harrapatzea, eta genovarreko itsas armada ezaguna zen praktika hori zapaltzeko eta parte hartzeko. 1119an, genovtarren eskuadroi batek Pisan merkatari konboi bat eraso zuen, genovtarren eta pisatarren arteko lehen gerra hasiz. Gerra horietako lehenak erabateko porrota izan zuen, baina mende bateko sarekadak eta pirateriaren ondorioz, bi hiriek Korsika eta Sardiniaren alde borrokatu baitzituzten. 1230ko hamarkadan, Genoa eta Pizaren arteko bigarren gerra deklaratu gabekoa sortu zen, Guelfoen eta Ghibellinen arteko gatazka zabal baten zati gisa. Gerra hasi zenean, Erromatar Inperio Sainduak Pisarekin bat egin zuen, eta Genovak atzerrian aliatuak bilatu behar izan zituen. Errepublikak Aita Santuaren alde egin zuen (garai hartan, Erromatar Inperio Santuarekin eztabaidan zegoen), eta flota bat bidali zuen Guelfoen armada bat Erromara eramateko, Aita Santuaren kausa babesteko. Ghibellinek plana aurkitu zuten eta, Pisaneko flotarekin batera, Genoako itsas armada harrapatu zuten Giglioko guduan.
1241. urtean. Bidaiari eta ekipajez astunduta, Genoako itsas armadak 3 galera galdu zituen hondoratuta eta 27 harrapatuta. Pisarekin izandako bigarren gerra 1243. urtean bake zuri batean amaitu zen.