1394. urtean, Bayezid I.a sultanak Konstantinopla setiatu zuen. Manuelek hiria utzi zuen 1399an, Mendebaldeko Europan zehar bidaiatzeko laguntza militarra bilatzeko, eta Joan VII.ari Konstantinoplako erregeorde gisa lan egitea agindu zion, bere defentsa gainbegiratzen. Otomanoekin konspiratzearen salaketak gorabehera, Joan VII.ak hiriari leialtasunez eutsi zion Manuelen hiru urte eta erdiko bidaia osoan zehar, Bayezideri ez errenditzeko. Konstantinoplaren aurkako mehatxuak Bayezid-en porrotarekin amaitu zen Timuriden aurka
Ankarako gudua, 1402. Bataila honen ondorioz, Joan VII.ak Bayezid-en semeetako batekin, Süleyman Çelebi-rekin, itun onuragarria negoziatu zuen, eta horrek bermatu zuen 1387an Otomandarren eskuetara galdu zen Tesalonikako hiri garrantzitsua, Manuelen ekintzen ondorioz, inperioaren kontrolera itzuli zela. Joan VII.ak leialki zerbitzatu arren, 1403an itzuli zenean, Manuelek lotsaz bidali zuen, eta berriro ere etsaiak izan ziren. Errieta hau laburra izan zen, hilabete batzuk geroago adiskidetu baitzituzten eta akordio berri bat egin zen, non Joan VII.ari baimena eman zitzaion Tesalonikako jabetza hartzea eta izenburu inperialarekin aitortu zitzaion. 1403tik 1408an hil zen arte, Joan VII.a "Tesaluniako enperadore" gisa gobernatu zuen, bere gortasun propioarekin. Tesalonikako herritarrek buruzagi trebe bat zela uste zuten, eta bertako eliz kontuetan eta hiriko defentsa-egiturak hobetzeko egindako lanek oroitzapen ona sortu zioten.