1493tik, espainiarrak uhartean finkatu zirenean, eta ofizialki 1498ko abuztuaren 5etik, Santo Domingo Ameriketako Europako hiririk zaharrena bihurtu zen. Bartolomeo Kolonek sortu zuen kokalekua eta La Nueva Isabela izena eman zion, Espainiako erregina Isabella I.aren omenez izendatutako iparraldeko lehenago zegoen kokalekua. 1495ean "Santo Domingo" izena eman zitzaion, San Domingosen omenez. Santo Domingo "Kariberako Atea" bezala ezaguna izan zen eta ordutik Hispaniolako hiriburu nagusia. Ponce de Leónek Puerto Rico kolonizatzea, Diego Velázquez de Cuéllarrek Kuba kolonizatzea, Hernando Cortesek Mexiko konkistatzea ekarri zuten espedizioak
, eta Vasco Núñez de Balboaren Ozeano Bareko ikerketak Santo Domingotik abiatu ziren.