1939ko irailaren 16an, alemanen armadak eliza itxi zuen.
Misiolariak alemaniar tropa eta poliziaren biltegiak erabiltzen ditu. Eraikina erauzi egin zuten, eta materiala ostu ziguten. Hiritik erretiratzen ari zirenean, atzera egiten ari ziren alemaniar indarrek eraikina erre zuten 1945eko urtarrilaren 19an, eta hiru egun iraun zuen. Tropa sobietarrek elizarekiko artilleria tiroak egin zituzten, kupula larriki kaltetuz eta ganbarako bizitegi zatian beste su bat eraginz.