Henry IV.a erregea 1474an hil zenean, Isabellak bere burua erregeorde izendatu zuen, Juana la Beltranejaren (erregearen 13 urteko alaba eta haren iloba) tronura igotzeko eskubidea zalantzan jarriz. Ondorengo gerra zibilean
Isabellaren eta Juanaren jarraitzaileen artean, gatazka bat sortu zen Portugaleko Alfontso V.a erregeak bere ilobaren alde egin zuelako. Gonzalo Isabellarekin borrokatu zen Alonso de Cárdenasen agindupean, Santiagoko Ordenako maisu nagusia. 1479an, portugaldarren aurkako azken guduan borrokatu zen, 120 lantzariren buru. Cardenasek goraipatu zuen bere zerbitzua. Gerra amaitu zenean, Isabella eta bere senarra, Fernando, Gaztela eta Aragoiko agintariak ziren.