1170etik aurrera, Goryeoko gobernua gerlari klaseko familia boteretsuek kontrolatzen zuten, batez ere Choe familiak, "shogunatu" baten antzeko diktadura militar batean. Gobernu militarraren garaian, Goryeok inbasioei aurre egin zien Mongoliar Inperioari.
ia 30 urtez, Choe familiako buruzagia 1258an gortean aurkariek erail zuten arte, eta ondoren agintea monarkia berreskuratu eta mongoliarrekin bakea egin zen; hala ere, botere borrokak gortean jarraitu ziren eta aginte militarra ez zen 1270 arte amaitu. Une horretatik aurrera, Goryeo Yuan dinastiaren "izeko-nazio" erdi autonomoa bihurtu zen, errege-ezkontza eta odol harremanen bidez. Gongmin-en erregealdian berreskuratu zuten independentzia XIV. mendearen erdialdean, eta ondoren Choe Yeong eta Yi Seong-gye jeneralak ospea lortu zuten iparraldeko Turban Gorrien eta hegoaldeko Wokou harrapariei aurre eginez. 1388an, Yi Seong-gye Ming dinastia inbaditzeko bidali zuten Liaodong-era, baina bere indarrak itzuli eta Choe Yeong garaitu zuen "estatu kolpean"; 1392an, Goryeo ordezkatu zuen Joseon estatu berriarekin, 474 urteko Goryeoren aginteari amaiera emanez Koreako Penintsulan.