1964-1966 bitartean, 1. Eskuadroiaren komandantea izan zen. 1966ko urtarriletik 1966ko apirila bitartean, Babangidak Ofizial Gazteen Ikastaroa egin zuen Erresuma Batuko Errege Armadurako Zentroan, non artilleria eta Saladin auto blindatua ikasi zituen. Babangida tenientea 1. esplorazio-estazioko komandantea zen Kadunan.
1966ko estatu-kolpea izan zen, Ahmadu Bello jaunaren hilketarekin amaituta. Nigeriako iparraldeko hainbat ofizial gazteekin batera, Murtala Mohammedek zuzendutako uztaileko kontra-kolpean parte hartu zuen, Aguiyi Ironsi jenerala bota eta Yakubu Gowon jeneralarekin ordezkatu zuena.