Holder prokuradore nagusi izatearen ondorio nagusia terrorismo aurkako kasuak auzitegi federaletara eramatea izan zen. Holderren agindupean, Justizia Departamentuak arrakastaz epaitu zituen terrorista asko auzitegi federal batean, eta biziarteko zigorrak ezarri zizkieten hainbat akusatuei, besteak beste, Sulaiman Abu Ghaith (Osama bin Ladenen bozeramailea); Ahmed Ghailani (Beste Afrikako 1998ko atentatuetako konspiratzailea).
); eta Abu Hamza (Al-Qaedako agentea). Faisal Shahzadek (Times Square-ko atentatua egin nahi izan zuenak) eta Omar Farouk Abdulmutallabek (ezina izan zen "zapi azpiko atentatua") erruduntzat jo zuten epaitegi federalean eta biziarteko kartzela zigorra ezarri zieten Holderren agintaldian. Holderren agintaldian, beste terrorista batzuek - besteak beste, Najibullah Zazi (New Yorkeko metroan eraso bat planeatu zuena) eta Ahmed Abdulkadir Warsame (al-Shabab-en aldekoa) - erruduntzat jo zuten eta gobernuarekin lankidetzan aritu ziren. Matt Olsen, 2011tik 2014ra Terrorismoaren Aurkako Zentro Nazionalaren zuzendaria, 2015ean idatzi zuen: "Bere iraunkortasunaren bidez, Holderrek jakinduria eta balioa erakutsi zituen terroristak auzitegi zibiletan epaitzeak eta ikuspegi hori finkatu zuen etorkizuneko administrazioetarako".