Hasiera batean Umayyad eta Abbasid Kalifatetako probintzia izan ondoren, Fustat hiriburu administratiboa izanik, Egiptoko politikoki independentzia handiagoa izan zen IX. mendean Tulunid dinastiaren pean. X. mendean, Fatimiden Kalifatuak Egiptora eraman zuen bere botere-oinarria eta Kairo hiria sortu zuen, Fustatetik gertu. Egipton Fatimiden arkitektura Kairoko monumentu erlijiosoetan ikus daiteke, hala nola Al-Azhar mezkitan (azken mendeetan nabarmen aldatu zen), Al-Hakim mezkitan eta Aqmar mezkitan, txiki baina artistiko garrantzitsua. Garai horretako beste aztarna batzuk Kairoko harrizko ate monumentalak dira <unk> Bab al-Futuh, Bab al-Nasr eta Bab Zuweila <unk>, Fatimidetako bisir batek XI. mendean eraiki zituenak. Fatimidetako jauregi handiak, kalifa bizi zirenak, ez dira kontserbatu. Fatimideen ondoren, Egiptoko Ayyubid dinastiaren hiriburu bihurtu zen, Salah ad-Din (Saladin) -ek sortu zuena. Garai horretako monumentu esanguratsuena Kairoko Zitadela izan zen, XIX. mendera arte Egiptoko gobernuaren zentroa bihurtu zena. XIII. mendearen erdialdean, mamelukoek Kairotik inperio baten kontrola hartu zuten, 1517an otomandarrek konkistatu zuten arte.
-Ez da izango. Mamelukak arkitektura babesle nagusiak izan ziren eta Kairo islamiarraren ondare historikoaren zati handi bat haien garaikoa da. Mamelukoen arkitektura-monumentu nagusiak funtzio anitzeko erlijio- eta hileta-konplexuak ziren, hiriko ingurune trinkoan egokitzeko egokitutako maketak zituztenak. Garai horretako adibide esanguratsuenetako batzuk Qalawun sultanen konplexua, Hasan sultanen Madrasa-mezkita eta Qaytbay sultanen hileta-konplexua dira.