Sobietarrek Estatu Batuetako bizitza politiko, ekonomiko eta kulturalaren kontrola hartu zuten. Sobietatze-politika ezberdinak azkar gauzatu zituzten: enpresa pribatuen nazionalizazioa, kolektibaziorako prestatzeko lur erreforma, erakunde politiko, kulturalak eta erlijiosoak zapaltzea. Bizitza ekonomikoa hondatu zen eta bizi-maila jaitsi. Ekintzaile politikoak eta "herriaren etsaiak" izendatutako beste pertsona batzuk atxilotu eta espetxeratu zituzten. 1941eko ekainean, 17.000 lituaniar deportatu zituzten lehenengo deportazioan
-Ez da izango. Naziek Sobietar Batasuna inbaditu zutenean, errepresio gehiago ekidin ziren. Astebetean, Lituania naziaren menpe zegoen. Hasieran, alemaniarrak sobietarren agintarietatik askatzailetzat hartu zituzten. Lituaniarrak erregimen naziarekin desilusionatuta eta erresistentzia antolatu zutenean ere, batez ere Lituaniako Askapenerako Batzorde Gorena, Sobietar Batasuna "Herriaren etsai nagusia" izaten jarraitu zuen.