1796ko irailean, Johnston John Hunter gobernadorearen laguntzaile izendatu zuten, eta 1800ean bere brevet maila jaso zuen maior gisa. Urte berean, Johnston William Paterson teniente gobernadoreak atxilotu zuen, "sarjentu bati espirituak ordaintzeaz eta aginduak ez betetzeaz" egotzi zitzaiolako. Johnstonek koloniako gerra auzitegiaren aurka egin zuen, eta Hunterrek Ingalaterrara bidali zuen. Bertan, Australiako lekukoekin epaiketa egiteko zailtasunek prozedurak bertan behera uztea ekarri zuten, eta Johnston Hegoaldeko Gales Berrira itzuli zen 1802an. 1803an, Johnstonek New South Wales Corps-en agintea hartu zuen Paterson gaixorik zegoela, eta King eta militarren arteko gatazkan sartu zen. 1804ko martxoan gudaroste baten buru izendatu zuten... eta gaztelu-mendiko matxinada bat zapaldu behar izan zuten.
-Ez da izango. Paterson Port Dalrymple-ra bidali zutenean, Johnston Hegoaldeko Gales Berriko Korpusean komandantea izan zen.