1864ko irailean graduatu ondoren, Nietzsche teologia eta filologia klasikoan ikasten hasi zen Bonneko Unibertsitatean, ministro izateko asmoz. Denbora labur batez, bera eta Deussen Burschenschaft Frankonia-ko kideak bihurtu ziren. Seihileko bat igaro ondoren (eta bere amaren haserrerako), bere ikasketak utzi eta fedea galdu zuen.
1864ko iraila