Ondorengo esaldia osatu: Alemanian, 2019ko azaroaren 3an, Niko Kovač-ek Bayern Munich utzi zuen adostasunez, Eintracht Frankfurt-en 5-1 galdu ondoren, bere laguntzaile Hansi Flick, aldi baterako entrenatzaile izendatu zuten. Bere lehen partidan, Bayern-ek Olympiakos 2-0 irabazi zuen 2019ko azaroaren 6an, UEFA Champions League taldeko fasean. 2020ko apirilean, Bayern Munich-ek Flick izendatu zuen entrenatzaile iraunkor gisa, 2023ra arte kontratuarekin. Flick-ek arrakastaz gidatu zuen Bayern Bundesliga, DFB-Pokal eta UEFA Champions League irabazteko, horrela klubaren historian bigarren aldiz kontinentala osatuz. Hurrengo denboraldian, Bayern-ek Bundesliga irabaztea lortu zuen.
2020ko UEFAren Super Kopa Sevillaren aurka. 2021eko otsailean Munduko Kluba irabazi ondoren, Mexikoko Tigres taldeari irabazita, lehen sextuplea irabazteko ere lagundu zuen.