Osatu hurrengo esaldia: Euro 2000ren ondoren, Nesta Italiako lehen aukera izan zen Giovanni Trapattoni entrenatzaile berriarekin, 2002ko Munduko Txapelketako kanpainan asko aritu zena. 2002ko Munduko Txapelketan, Fabio Cannavarorekin batera defentsa zentralean aritu zen, Ekuadorren aurkako hasierako garaipenean fitxa garbia mantenduz, baina berriro ere, lesio batek ez zion utzi bigarren itzulian jokatzen, eta Nesta ez zen agertu bigarren itzulian, Koreako taldearen aurka. Nesta nabarmen agertu zen Italiak Euro 2004ko sailkapen taldearen gailurra hartu zuenean. Italiaren atsekabeak txapelketa handienetan jarraitu zuen:
2004ko Europako txapelketan, ordea, lehen itzulian kanporatu ziren, Danimarkarekin eta Suediarekin hiru norabideko bost puntuko berdinketa izan ondoren, zuzenean borrokatuz kanporatzeko. Nesta minik gabe geratu zen eta 90 minutu jokatu zituen hiru taldeko partiduetan, Italiari lehenengo partidan fitxa garbia mantentzen lagundu zion Danimarkaren aurka.