1580ko ondorengotza-krisiak 60 urteko monarkia bikoitza hasi zuen Portugaleten eta Espainian, Habsburgoko espainiarren menpe. "Filipinoen Dominion" ("Domínio Filipino") izena jarri zitzaion, garai hartan Espainiako hiru erregeek Felipe ("Filipe") izena hartu zutelako. 1589an Lisboa Ingalaterrako Itsas Armadan erori zen
Francis Drake-k gidatutako espedizioan, Elisabet erreginak Antonio, Cratoko abadea, portugaldar pretendente bat babestu zuen, baina Cratoren aldeko laguntza falta zen eta espedizioa porrot egin zuen. Portugaleko Errestaurazio Gerra, Lisboako nobleziak eta burgesia antolatutako estatu kolpe batekin hasi zen eta 1640ko abenduaren 1ean exekutatu zen, Portugaleko independentzia berreskuratuz. 1640tik 1668ra bitarteko garaia Portugal eta Espainiaren arteko eskrimulak izan ziren, baita gerra larriagoen epizodo laburrak ere, Lisboako Ituna 1668an sinatu zen arte.