1862ko ekainean, White Oakeko igerilekuan, Lewisek eraso egin zion soldadu armatu bati... eta hanka zauritu zuen. 5. erregimentuko bataila guztietan parte hartu zuen geroago, Mine Run izan ezik.
1864ko maiatza arte, ezkerreko besoa anputatu ziotenean sorbaldan, Basamortuko batailaren lehen egunean jasandako zaurien ondorioz. Ondoren Fredericksburgera eraman zuten, eta gero Buffalora, non bere emazteak zaindu zuen sendatze garaian. 1864ko irailean, ohorezko baja eman zioten, eta beteranoen erreserbako korpusera (VRC) sartu zen koronel gisa; 1865eko martxoan, brigada-generalaren mailara igo zuten.