1238. urtean, Gregorio IX.a Aita Santuak Genoaren eta Veneziaren arteko ituna egin zuen Inperioaren aurka, eta ondorioz Pizaren aurka ere bai. Urtebete geroago, Frederick II.a exkomunizatu zuen eta 1241ean Erroman inperioaren aurkako kontseilu bat deitu zuen. 1241ko maiatzaren 3an, Enzo enperadorearen semeak gidatutako Pisan eta Siziliako itsasontzien flota bateratuak, Italiako iparraldeko eta Frantziako prelatuak zeramatzan Genovako konboi bati eraso zion, Giglio uhartearen ondoan (Giglio-ko bataila
), Toskanaren aurrean; Genovarrek 25 itsasontzi galdu zituzten, eta mila bat marinelak, bi kardinalak eta gotzain bat preso hartu zituzten. Garaipen garrantzitsu horren ondoren, Erromako kontzilioak porrot egin zuen, baina Pizako kontzilioa exkomunizatu egin zuten. Muturreko neurri hori 1257an kendu zuten bakarrik. Nolanahi ere, Toskanako hiriak egoera onuragarria aprobetxatu nahi izan zuen Aleria Korsikako hiria konkistatzeko eta 1243an Genova bera setiatzeko.