Jupiterren atmosferan nitrogenoa, sufrea eta gas nobleak eguzki-baloreak baino hiru aldiz handiagoak dira. Jupiterren atmosferak ez du muga baxu garbirik eta pixkanaka planeta likidoaren barruko transitoak egiten ditu. Beheko eta goi mailako atmosferako geruzak troposfera, estratosfera, BA eta exosfera dira. Geruza bakoitzak tenperatura-gradienteak ditu.
Planetaren azpiko korronte sekretu batetik planetaren barruko korronte likido batera pasatzen da.