Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - In 1341 het koning Johannes van Boheme Joodse gesinne toegelaat om binne die stadsmure te woon, en die eerste sinagoge is in 1380 gebou; daar was egter verskeie pogroms in die laat 15de en vroeë 16de eeu. Sedert die Hussitiese oorloë
Die stad was tradisioneel 'n vesting van die Katolieke Kerk tydens die langdurige godsdienstige konflikte in die Koninkryk Boheme. Budejovice was vanaf 1526 deel van die Habsburgse Monargie en het 'n lojale ondersteuner van keiser Ferdinand II in die Dertigjarige Oorlog gebly. Budějovice het 'n kort besetting deur Pruise ondergaan tydens die Silesiese Oorloë, en die oorlog tussen die Habsburgers en die Franse leër in 1742.