Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Die spel bestaan uit agt vlakke wat op drie plekke gespeel word: Mexiko (twee vlakke), Frankryk (twee vlakke) en Duitsland (vier vlakke). Die vroeë vlakke van die spel is gebaseer op episodes van die televisiereeks, terwyl latere vlakke 'n oorspronklike storielyn bevat. As Indiana begin die speler deur in die Mexikaanse Burgeroorlog te veg
, en daarna veg in Europa tydens die Eerste Wêreldoorlog. Elke vlak bevat 'n baasvyand wat verslaan moet word.