Voltooi die volgende sin: Hamšík begin in die
2012 Supercoppa Italiana, gehou in Beijing, op 11 Augustus; Napoli is egter deur Juventus 4<unk>2 in die verlengde tyd verslaan. Later daardie maand, in Napoli se eerste ligawedstryd van die 2012-13 Serie A-seisoen, het Hamšík die klub se eerste doel aangeteken en Christian Maggio se staking gehelp in 'n uiteindelike 3-0 nederlaag van Palermo. Die voorste doelskieter Edinson Cavani het op 28 Oktober 2012 vir die klub se wedstryd teen Chievo ontbreek. Hamšík het op 'n Juan Camilo Zúñiga-kruis gekoppel om Napoli 'n oorwinning van 1<unk>0 te gee. Op 6 Januarie 2013 het hy sy 200ste Serie A-wedstryd gespeel in 'n 4-1 tuiswedstryd teen Roma. Op die voorlaaste wedstryddag van die Serie A-seisoen het Hamšík 'n pas van Goran Pandev gekry en die bal in die 93ste minuut huis toe geskop en 'n oorwinning van 2 teen 1 oor Siena behaal, wat die klub se plek in die groepsfase van die Kampioeneliga bevestig het terwyl Siena veroordeel is tot afname. Die Slowaak het in elke Serie A-wedstryd vir Napoli tydens die 2012-13 seisoen gespeel en 11 doele en 14 assists gelewer toe die "Partenopei" tweede agter die regerende kampioene Juventus geëindig het, 'n seisoen wat die bestuurder Walter Mazzarri se laaste by die klub was, aangesien hy later daardie somer die afrigter van Internazionale geword het.