Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - In 2001, na die uitbreek van die Tweede Tsjetsjeense Oorlog, het Khangoshvili by die gewapende weerstand van die Tsjetsjeense Republiek van Ichkeria aangesluit in hul stryd teen Rusland. Khangoshvili was 'n veldbevelvoerder en het noue bande gehad met die voormalige Tsjetsjeense president Aslan Maskhadov. Maskhadov is in Maart 2005 dood in 'n inval deur die FSB, Rusland se binnelandse intelligensie-agentskap. Volgens Khangoshvili se broer, Zurab, het Zelimkhan aan die aanval in Junie 2004 deelgeneem
veiligheid, militêre en polisiemagte in die Russiese republieke Ingoesje en Dagestan, waarin 88 polisiebeamptes en burgerlikes dood is; Zelimkhan is na bewering in die been gewond tydens die operasie. Die Russiese president Vladimir Poetin het beweer dat hy een van die oortreders van 'n Moskou metro-bombardement was. Zelimkhan self het egter ontken dat hy ooit verantwoordelik was vir oorlogsmisdade en het aan Georgiese media gesê: "Die Russe blameer my vir baie dinge, insluitend terreuraanvalle. Dit is 'n leuen. Niemand kan enige bewyse lewer dat 'n enkele burger beseer of dood is in enige van my aksies nie!".