Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - By die 2004 Somer Olimpiese Spele in Athene het Stojanovska haar program uitgebrei deur in drie individuele kompetisies te swem. Sy het 'n FINA A-standaard van 2:13.01 (200 m vlinder) van die Europese Kampioenskappe behaal
in Madrid, Spanje, wat haar in staat stel om 200 en 400 m vryslag in haar kompetisie-reeks in te sluit. Op die tweede dag van die Spele het Stojanovska die 27ste plek in die 400 m vryslag behaal. Sy het in die tweede helfte geswem en 'n tyd van 4:19.39 behaal om 'n vierde saad oor Janelle Atkinson van Jamaika te kry. Die volgende dag het sy 34ste oor die algemeen agter Jana Myšková van Tsjeggië deur 0.02 van 'n sekonde in die oggend se hitte van die 200 m vryslag met 'n tyd van 2:04.64. In haar finale wedstryd, 200 m vlinder, het Stojanovska haar Olimpiese loop afgesluit met 'n 26ste plek, en nie die halfeindronde vir die vyfde agtereenvolgende keer sedert 2000 bereik nie. Sy het in die derde warmte geswem en 'n veld van agt swemmers afgerond om die laaste plek te beklee met 'n tyd van 2:16.51, byna vier sekondes van die nasionale rekord wat deur Mirjana Boševska gehou is.