Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Barney is op 2 Julie 1861 as 'n luitenant in die Konfederasie-vloot aangestel. Hy het die CSS "Jamestown" tydens die Slag van Hampton Roads, die beroemde geveg met die, waartydens hy twee brigs en 'n Accomac-schoener by Newport News Point gevang het terwyl die CSS "Virginia" die aandag van die Unie-vloot gehou het. Na die Konfederasie se ontruiming van Norfolk is die "Jamestown" gesink om die Jamesrivier by Drewry's Bluff te blokkeer. In die daaropvolgende Slag van Drewry's Bluff
In die Tweede Wêreldoorlog, waarin die Konfederasie se kusbatterye 'n Unie-vlootmag wat na Richmond op pad was, afgedryf het, is die kanonne van die "Jamestown" as die belangrikste faktor beskou om die vyandelike skepe af te stoot. Ná die geveg het hy lof van die Konfederasie-kongres ontvang en is hy tot bevelvoerder bevorder.