Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - In 1989 was Janša betrokke by die stigting van een van die eerste opposisiepartye in Slowenië, die Sloweense Demokratiese Unie (SDZ) en het sy eerste vise-president en later president van die Partyraad geword. Ná die eerste vrye verkiesings in Mei 1990 het hy die Minister van Verdediging in Lojze Peterle se kabinet geword, 'n posisie wat hy gedurende die Sloweense oorlog vir onafhanklikheid beklee het.
in Junie en Julie 1991. Saam met die Minister van Binnelandse Sake, Igor Bavčar, was Janša die hooforganiseerder van Slowenië se strategie teen die Joego-Slawiese Volksleër.