Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Hy het sy speelloopbaan by die Oostenrykse klub Red Bull Salzburg beëindig, waar hy dan die nie-speelrol van die reserwe-afrigter aanvaar het en uiteindelik assistent-bestuurder geword het onder spanbestuurder Ricardo Moniz. In Januarie 2013 het Kovač die Kroasiese nasionale span onder-21 oorgeneem en in Oktober 2013 het hy die Kroasiese senior span oorgeneem ná die ontslag van Igor Štimac. Kovač het Kroasië by die 2014 FIFA Wêreldbeker-toernooi bestuur, en daarna in 2016 die hoofafrigter van Eintracht Frankfurt geword en die 2018 DFB-Pokal-eindstryd gewen.
met die klub. By Bayern het Kovač die binnelandse dubbel in 2019 gewen ná 'n sterk einde aan die seisoen, maar het later in dieselfde herfs sy werk verloor. In die somer van 2020 is Kovač aangestel as bestuurder van Monaco.