Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Toe die Burgeroorlog uitgebreek het, het hy die 18de Louisiana-infanterie-regiment beveel, waar hy 'n streng dissiplinêre was wat ook besonder vriendelik en gesellig was met die gewone mense. Verwond by Silo
In 1866 is hy 'n brigadebevelvoerder gemaak onder generaal Richard Taylor, met wie hy suksesvol die Unie se pogings om die Bayou Teche-streek in die suide van Louisiana te beveilig, belemmer het. In die Red River-veldtog is Mouton in die Slag van Mansfield dood, terwyl hy sy manne in 'n kavallerie-aanval gelei het.