Voltooi die volgende sin: In 1861 het Hawkins gehelp om die 9de New York-infanterie, 'n regiment in Zouave-styl, wat algemeen bekend staan as "Hawkins Zouaves" vir diens in die Burgeroorlog, op te stel. Hawkins is op 4 Mei 1861 as kolonel van die regiment aangestel en het vroeg in die oorlog met onderskeid in Noord-Carolina gedien. Hy was deel van Benjamin F. Butler se ekspedisie na
die vang van Fort Hatteras in 1861. Hy het verwag om 'n bevordering tot brigadier-generaal te wen vir sy diens by Fort Hatteras, maar is in plaas daarvan van bevel ontslaan vir ongehoorsaamheid. Op 8 Oktober 1861 het 'n ontevrede Hawkins geskryf: "Brigadeergeneraals is deesdae so vreemd gemaak dat ek dit nie as 'n groot eer beskou om een te word nie". Hawkins sou in werklikheid in 1866 'n brevetbevordering tot brigadiergeneraal ontvang om op 13 Maart 1865 te rangskik. Ten spyte van sy oorlogsgesindheid het 'n vroeë versending van Hawkins die aandag van president Abraham Lincoln getrek. Hawkins is na die Withuis genooi om met die president en generaal-in-hoof George B. McClellan te vergader. Daar was hy instrumenteel in die oortuiging van die Unie-hoë bevel van die moontlikheid van 'n gekombineerde operasie teen Pamlico Sound in Noord-Carolina.