Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Die Ierse kiesers se verwerping van die bekragtiging van die Verdrag van Lissabon op 12 Junie 2008, is deur sommige media en politieke waarnemers beskou as 'n protes teen Cowen en sy regering. Die "Irish Independent" het die gevolge van die mislukte referendum die regering se "grootste politieke krisis in dekades" genoem. Die rubriekskrywer Brendan O'Connor het die uitslag "'n vernederende mislukking vir Cowen en die mense wat hom daar gesit het", genoem. Die Taoiseach self het waarskynlik 'n skadelike slag aan sy eie kant toegedien toe hy op 12 Mei 2008 in 'n radio-onderhoud erken het dat hy nie die Verdrag van Lissabon in sy geheel gelees het nie. Die verdrag is uiteindelik deur die Ierse kiesers goedgekeur toe die suksesvolle 28ste wysiging
van die grondwet goedgekeur is in die tweede Lissabon-referendum, wat in Oktober 2009 gehou is.