Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Toe die Burgeroorlog uitgebreek het, is Kirkland aanvanklik aangestel as 'n kaptein in die Konfederasie-leër en toe in Junie 1861 as kolonel van die 11ste Noord-Carolina-vrywilligers, later aangewys as die 21ste Noord-Carolina, verkies. Hy het sy regiment by Eerste Manassas as deel van Brig. Gen Milledge Bonham se brigade beveel, maar was nie beduidend betrokke nie. In Oktober is die 21ste Noord-Carolina aan Isaac Trimble se brigade gekoppel en die volgende lente het hy deelgeneem aan Stonewall Jackson se Shenandoah Valley-veldtog. Kirkland is in albei dye geskiet tydens die Eerste Slag van Winchester
, wat hom vir 'n paar maande uit die spel stel. Tydens sy herstel het Kirkland as stafhoof vir Patrick Cleburne gedien tydens die Murfreesboro-veldtog in Desember 1862.