Kiernan het daarop aangedring om by die gevegsliggame aan te sluit, en in daardie hoedanigheid is hy blykbaar tot 'n majoor in die 6de Missouri aangewys. In Mei 1863 by Port Gibson
Hy is in die linkerlong gewond en op die veld gelaat vir dood. Nadat hy herstel en in die tronk gegooi is, het hy terug gevlug na die Unie-magte en sy kommissie bedank. Op 1 Augustus 1863 is hy aangestel as 'n Brigadier-generaal van Vrywilligers deur president Abraham Lincoln; hy het 'n pos by Miliken's Bend aan die Mississippi beveel. Maar swak gesondheid as gevolg van sy slagveldwonde het hom gedwing om op 3 Februarie 1864 af te tree.