Joernaliste het gesê dat hy moontlik "'n leidende rol gespeel het in die orkestrasie" van Ahmadinejad se verkiesingsoorwinning, en dat hy moontlik "'n sleutelfiguur was in die orkestrasie van die onderdrukking van anti-regerings betogers" in Junie 2009, en direk in beheer van die paramilitêre Basij, ondanks 'n verduistering van sy naam in die regime se pers. In 'n oop brief, Mehdi Karroubi, voormalige voorsitter van die Majlis (parlement) en 'n reformistiese kandidaat in die presidensiële verkiesing van 2009
, het Mojtaba Khamenei uitdruklik daarvan beskuldig dat hy deelgeneem het aan 'n sameswering om die verkiesing te rig, met verwysing na onwettige inmenging deur "n netwerk".