Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Il CSKA di Mosca è stato uno dei membri fondatori della neonata Top Division russa dopo la dissoluzione dell'Unione Sovietica. Nelle prime sei stagioni, la squadra ha occupato i posti in mezzo alla tabella. Nella stagione 1998 il club fu secondo e nella stagione successiva
Terzo. Nelle due stagioni successive, il CSKA di Mosca occupò nuovamente i posti in mezzo alla tabella. Nella stagione 2002, la squadra allenata da Valery Gazzaev ha preso di nuovo il secondo posto, vincendo la Coppa di Russia. Nel 2003, la squadra ha vinto il suo primo campionato nella storia della Premier League russa. Dopo di che, l'allenatore Valery Gassayev è stato licenziato in modo sorprendente e l'allenatore portoghese Artur Jorge è stato firmato come suo successore. Sotto il nuovo allenatore, la squadra non ha potuto costruire sulle prestazioni della stagione precedente. Dopo essere sceso al quinto posto nel luglio 2004, Arthur Jorge è stato licenziato dopo soli otto mesi al timone del club. Dopo il ritorno di Valery Gassaev, il CSKA è stato in grado di salvare la stagione e diventare vice-campione.