Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Dopo l'occupazione sovietica della Lituania nel giugno 1940, Šliūpas è stato invitato (probabilmente tramite Mečislovas Gedvilas, che era un membro della Società della cultura etica) al governo popolare della Lituania, ma ha rifiutato. L'ex primo ministro Antanas Merkys si è fermato a casa di Šliūpas a Palanga quando ha cercato di fuggire all'estero. A differenza di molti periodici lituani, "Laisvoji mintis" non è stato abolito dal nuovo regime comunista, ma Šliūpas è stato sostituito come redattore da. Gli investimenti e le altre proprietà di Šliūpas furono nazionalizzati, ma il nuovo governo fece un'eccezione speciale che gli permise di mantenere la sua casa a Palanga. Durante la deportazione di giugno
, la cognata di Šliūpas è stata deportata in Siberia e ha ricevuto un avvertimento che la sua famiglia era su una lista di deportati.