Molte classificazioni più recenti tentano di presentare gruppi monofiletici basati su informazioni morfologiche (specialmente ultrastrutturali), biochimiche (chemotaxonomia) e sulla sequenza del DNA (ricerca molecolare). Tuttavia, a volte ci sono discordanze tra indagini molecolari e morfologiche; questi possono essere classificati in due tipi: (i) una morfologia, più lignaggi (ad esempio convergenza morfologica, specie criptiche) e (ii) una linea, più morfologie (ad esempio plasticità fenotipica, più fasi del ciclo di vita).
non monofiletico