Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Nel giugno 1940, il governo lituano accettò incondizionatamente l'ultimatum sovietico. La Lituania fu occupata, trasformata nella RSS lituana e incorporata nell'Unione Sovietica. I sovietici iniziarono a mettere in atto varie politiche di sovietizzazione, tra cui la nazionalizzazione della proprietà privata e gli arresti di massa di attivisti politici e altri soprannominati "nemici del popolo". Questi arresti hanno preso di mira molti politici di spicco (ad esempio Aleksandras Stulginskis, Juozas Urbšys, Leonas Bistras, Antanas Merkys, Pranas Dovydaitis, Petras Klimas), funzionari governativi, ufficiali militari, membri dell'Unione dei fucilieri lituani. L'esercito lituano fu riorganizzato come il 29° Corpo di fucilieri dell'Armata Rossa. I sovietici chiusero anche tutte le organizzazioni culturali, religiose e politiche non comuniste. La situazione economica peggiorò costantemente e il tenore di vita diminuì. Un anno dopo, appena una settimana prima dell'insurrezione, circa 17.000 lituani, soprattutto intellettuali, furono portati con le loro intere famiglie e deportati in Siberia, dove molti morirono a causa delle condizioni di vita disumane (cfr.
) Fu l'unico evento importante che incitò il sostegno popolare alla rivolta. Questa tragedia inizialmente creò anche una predisposizione positiva verso l'invasione tedesca. Le persone che sfuggivano alle deportazioni o agli arresti si organizzavano spontaneamente in gruppi armati, si nascondevano nelle foreste e aspettavano una rivolta più ampia.