Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Nella stagione 2016, Shoji ha iniziato la stagione quando ha aiutato Kashima Antlers a mantenere due schede pulite nelle prime due partite di campionato della stagione. Dall'inizio della stagione, Shoji ha continuato a riconquistare il suo posto nella prima squadra, giocando nella posizione di centralista. Fu solo il 6 aprile 2016 che segnò il suo primo gol della stagione, in una vittoria di 3 a 1 contro il Nagoya Grampus nella J.League Cup. Alla fine della prima fase della J.League, il contributo di Shoji alla prima squadra ha aiutato la squadra a finire in cima alla classifica. Dopo aver scontato una sospensione di una partita, è tornato nella formazione di partenza, quando i Kashima Antlers hanno perso 3 a 1 contro Gamba Osaka il 2 luglio 2016. Shoji continuò ad aiutare la squadra a rimanere in cima alla classifica per le undici prossime partite. Fu solo il 16 settembre 2016 che segnò il suo secondo gol della stagione, in una vittoria di 3 a 0 contro Júbilo Iwata. A un certo punto di questo mese, ha firmato un contratto con il club. Dopo la qualificazione del club per finire al terzo posto alla fine della seconda fase della J.League, Shoji ha poi aiutato il club a vincere il campionato dopo aver giocato entrambe le tappe per battere Urawa Red Diamonds 2<unk>2 in aggregato attraverso un gol in trasferta. Shoji ha giocato tutte e quattro le partite della Coppa del Mondo per Club FIFA
, mentre aiutava Kashima Antlers a raggiungere la finale, solo per perdere 4-2 contro il Real Madrid. Nonostante la sconfitta nella finale, la partnership di Shoji e Naomichi Ueda come difensori centrali è stata elogiata dai media, sia in Giappone che al di fuori. Shoji ha anche aiutato il club a raggiungere la finale della Coppa dell'Imperatore battendo il Kawasaki Frontale 2<unk>1. Alla fine della stagione 2016, ha continuato a fare quarantacinque presenze e ha segnato due volte in tutte le competizioni. Per le sue prestazioni nella stagione 2016, Shoji è stato nominato J.League Best XI.