Ha lavorato per 12 anni negli uffici del Procuratore degli Stati Uniti per il Distretto settentrionale della California a San Francisco, dove è diventato capo della divisione criminale, e nel 1982 si è trasferito a Boston per lavorare nell'ufficio del Procuratore degli Stati Uniti per il Massachusetts come Assistente Procuratore degli Stati Uniti, dove ha indagato e perseguito casi di frode finanziaria, terrorismo e corruzione pubblica, così come cospirazioni narcotiche e lavaggio di denaro internazionale. Dopo aver lavorato come partner presso lo studio legale di Boston e Barlow Hill, Mueller ha lavorato come assistente legale presso il Dipartimento di Giustizia degli Stati Uniti dal 1991, dove è diventato assistente legale del Dipartimento di Giustizia del Distretto settentrionale della California a San Francisco, e nel 1998 è diventato assistente legale presso il Dipartimento di Giustizia del Dipartimento di Giustizia del Dipartimento di Giustizia del Distretto di Boston, dove ha lavorato come assistente legale presso il Dipartimento di Giustizia del Dipartimento di Giustizia del Distretto degli Stati Uniti fino
Facoltà di Giurisprudenza dell'Università della Virginia