Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Dopo l'Euro 2000, Nesta è rimasto un centro di prima scelta per l'Italia sotto il nuovo manager Giovanni Trapattoni, che ha partecipato ampiamente durante la campagna di qualificazione per la Coppa del Mondo 2002. Durante la Coppa del Mondo 2002, ha collaborato con Fabio Cannavaro nella difesa centrale, mantenendo la scheda pulita nella vittoria inaugurale contro l'Ecuador, ma ancora una volta, un infortunio gli ha impedito di giocare nel secondo turno, e Nesta non è apparso nella controversa sconfitta del secondo turno contro la Corea del Sud. Nesta ha avuto un ruolo di primo piano quando l'Italia ha vinto il gruppo di qualificazione per l'Euro 2004. La delusione dell'Italia nei tornei più importanti è continuata all'Euro 2004
, tuttavia, dove sono stati eliminati nel primo turno a seguito di un pareggio a tre a cinque punti con la Danimarca e la Svezia, solo per essere eliminati in incontri diretti. Nesta è riuscito a rimanere libero da infortuni e ha giocato per 90 minuti in tutte e tre le partite di gruppo, aiutando l'Italia a mantenere la scheda pulita nel primo pareggio contro la Danimarca.