Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Nel 1985, la cattiva salute (in particolare l'artrite grave nella schiena) portò Kubelík a ritirarsi dalla conduzione a tempo pieno, ma la caduta del comunismo
nel suo paese natale lo portò ad accettare un invito del 1990 per tornare a dirigere la Filarmonica Ceca al festival che aveva fondato, il Festival della Primavera di Praga. Ha registrato "Má Vlast" di Smetana dal vivo con la Filarmonica Ceca per Supraphon, la sua quinta registrazione del pezzo. Ha anche registrato la Sinfonia "Praga" di Mozart e la Sinfonia "Nuovo Mondo" di Dvořák al festival. Durante la prova del "Nuovo Mondo", disse alla Filarmonica Ceca: "Sono felice di sentirlo. Ho sempre voluto che suonasse così, ma non l'ho mai trovato in nessun'altra orchestra al mondo. Quell'ottava [nota] è fantastica!"