Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Tuttavia, la Confederazione ha generato resistenze tra diversi gruppi in entrambi i paesi che risentirono della diluizione delle identità nazionali e dai paesi vicini. Molti politici peruviani contrari all'idea della Confederazione fuggirono in Cile, dove ricevettero sostegno e questo portò alla Guerra della Confederazione
Il 28 dicembre 1836 il Cile dichiarò guerra, e l'Argentina fece lo stesso il 9 maggio 1837. La spedizione militare cilena contro Santa Cruz, guidata dall'ammiraglio Manuel Blanco Encalada, fallì e dovette sottomettersi alla firma del Trattato di Paucarpata, il 17 novembre 1837.