Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Solo cinque giorni dopo, con lo scoppio della guerra boera, a Knox fu dato il comando della 13a brigata di fanteria sulla mobilitazione della 6a divisione sotto il generale Kelly-Kenny, che faceva parte della Forza sul campo sudafricana. Dopo il sollievo di Kimberley, prese parte alla battaglia di Paardeberg
Nel febbraio del 1900, fu ferito gravemente da un colpo di pistola al petto. Nel marzo 1902, fu nominato comandante della guarnigione di Bloemfontein nella colonia dell'Orange River. Dopo la fine della guerra nel giugno di quell'anno, Knox tornò nel Regno Unito a bordo della "SS Dunottar Castle", che arrivò a Southampton nel luglio del 1902. Per i suoi servizi durante la guerra, fu menzionato tre volte nei dispacci, insignito della Queen's South Africa Medal e della King's South Africa Medal, promosso generale maggiore sostanziale (datato 4 dicembre 1899), e nominato Cavaliere Comandante dell'Ordine del Bagno (KCB) nell'aprile 1901 South Arica Honours list (l'ordine era datato 29 novembre 1900, e fu investito come tale solo dopo il suo ritorno a casa, da re Edoardo VII a Buckingham Palace il 24 ottobre 1902).