Nel 1939, dopo aver invaso la Polonia, le forze di occupazione tedesche naziste
Chiuse l'università. Gli uomini abili erano tenuti a lavorare, quindi dal 1940 al 1944 Wojtyła lavorò variamente come messaggero per un ristorante, come operaio in una cava di calcare e per la fabbrica chimica Solvay, al fine di evitare la deportazione in Germania. Nel febbraio 1940, incontrò Jan Tyranowski che lo introdusse alla spiritualità carmelitana e ai gruppi giovanili "Rosario Vivente". Nello stesso anno ha avuto due incidenti gravi, subendo una frattura del cranio dopo essere stato colpito da un tram e subendo lesioni che lo hanno lasciato con una spalla più alta dell'altra e una pendenza permanente dopo essere stato colpito da un camion in una cava. Suo padre, un ex sottufficiale austro-ungarico e in seguito ufficiale dell'esercito polacco, morì di un attacco di cuore nel 1941, lasciando Wojtyła come unico membro sopravvissuto della famiglia. "Non ero alla morte di mia madre, non ero alla morte di mio fratello, non ero alla morte di mio padre", disse, riflettendo su questi momenti della sua vita, quasi quarant'anni dopo, "A vent'anni, avevo già perso tutte le persone che amavo".