In Europa, l'adozione di opinioni atee era rara durante il primo medioevo e il medioevo (vedi Inquisizione medievale); metafisica e teologia erano gli interessi dominanti relativi alla religione. Ci furono, tuttavia, movimenti in questo periodo che promuovevano concezioni eterodosse del dio cristiano, tra cui diverse visioni della natura, trascendenza e credibilità di Dio. Individui e gruppi come Johannes Eriotus Scugena, David di Dinant, Amalric di Bena, e i Fratelli dello Spirito Libero mantennero punti di vista cristiani con tendenze panteistiche. Nicola di Cusa sostene una forma di fideismo che chiamò docta ignoranti ("un'ignoranza istruita"), affermando che Dio è al di là della categorizzazione umana, e quindi la nostra conoscenza di lui è limitata alle congetture. Gli anti-metapsici di William Ockham si ispirarono alle concezioni ipotiche del dio cristiano, tra cui diverse visioni della natura, trascendenza e credibilità di Dio. Gli individui e i gruppi come Johannes Eriotus Scugena, David di Dinant,
Giovanni di Mirecourt e Nicola di Autrecourt