Nel mese di ottobre 1566, durante il soggiorno a Jedburgh, nei confini scozzesi, Mary fece un viaggio a cavallo di almeno quattro ore in ogni direzione per visitare il conte di Bothwell al castello dell'Ermitage, dove giaceva malato per le ferite subite in una scaramuccia con reivers. Il viaggio fu in seguito utilizzato come prova dai nemici di Mary che i due erano amanti, anche se non furono espressi sospetti all'epoca e Mary era stata accompagnata dai suoi consiglieri e guardie. Subito dopo il suo ritorno a Jedburgh, soffrì di una grave malattia che includeva frequenti vomiti, perdita di visione, convulsioni, e incoscienza.
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