I treni di trasporto arrivarono a Westerbork ogni martedì da luglio 1942 a settembre 1944, e deportarono circa 97.776 ebrei durante il periodo. I prigionieri ebrei furono deportati a ondate nel campo di concentramento di Auschwitz (65 treni carichi per un totale di 60.330 persone), Sobibor (19 treni carichi; 34.313 persone), ghetto di Theresienstadt e campo di concentramento di Bergen-Belsen (9 treni carichi; 4.894 persone). Quasi tutte le 94.643 persone deportate ad Auschwitz e a Sobibor nella Polonia occupata dai tedeschi
sono stati uccisi all'arrivo.