Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Isotalo era in congedo per malattia e non poteva prendere parte alla prima spedizione tribale nell'estate del 1918 a causa delle ferite che ricevette nella guerra civile. Si dimise dall'esercito nel novembre 1918 e reclutò volontari per la guerra d'indipendenza estone all'inizio del 1919. Nello stesso anno, si unì a un gruppo di volontari finlandesi nella spedizione Aunus
, la più grande spedizione delle guerre tribali, dove guidò la sua compagnia alle prime vittorie e ebbe un ruolo importante nella conquista di Olonets (Aunuksenkaupunki). Le sue azioni durante questo periodo ispirarono una canzone popolare (Kuularuiskulaulu), ma le sue vittorie non ebbero un impatto a lungo termine poiché la spedizione alla fine si concluse con la sconfitta, in parte a causa della mancanza di sostegno da parte del governo finlandese.