Per la stagione 2011-12 Connacht si è qualificata per la Heineken Cup, la competizione di rugby per club più importante d'Europa, per la prima volta, e il compagno di squadra dei Galwegians di Muldoon e compagno di squadra irlandese, Gavin Duffy, è stato nominato capitano della squadra. L'inizio della stagione ha visto anche il rinominato Celtic League, diventando il Pro12. Nella prima stagione di Pro12
Muldoon ha giocato in tutte le 22 partite di Connacht, iniziando tutte tranne due. Muldoon ha giocato la sua prima partita alla Heineken Cup l'11 novembre 2011, contro gli Harlequins nello Stoop. Ha iniziato tutte e sei le partite della squadra, comprese le sconfitte in punti bonus contro il Gloucester e la vittoria contro gli Harlequins nella partita di ritorno a Galway, che è stata la prima vittoria della Heineken Cup di Connacht.