Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Nel settembre del 1796, Johnston fu nominato aiutante di campo del governatore John Hunter, e nel 1800 ricevette il suo brevetto come maggiore. Nello stesso anno Johnston fu arrestato dal tenente governatore William Paterson con l'accusa di "pagare gli spiriti a un sergente come parte della sua paga e disobbedienza agli ordini". Johnston si oppose al processo di corte marziale nella colonia, e Hunter lo mandò in Inghilterra. Lì le difficoltà di condurre un processo con testimoni in Australia portarono all'abbandono dei procedimenti, e Johnston tornò nel Nuovo Galles del Sud nel 1802. Nel 1803 Johnston prese il comando temporaneo del New South Wales Corps durante la malattia di Paterson, e fu coinvolto nel conflitto tra King e i militari. Nel marzo del 1804 agì con decisione quando comandò l'esercito inviato contro alcuni condannati che si erano ribellati a Castle Hill
- No, no. Quando Paterson fu inviato a Port Dalrymple, Johnston divenne comandante del New South Wales Corps.