Dopo aver frequentato la North Hollywood High School, ha frequentato la California State University, Northridge, dove è stata membro della sorellanza Alpha Chi Omega e ha conseguito una laurea in psicologia. Il primo ruolo importante di Hannigan è stato in My Stepmother Is an Alien, una commedia di fantascienza pubblicata nel 1988; uno dei suoi co-protagonisti del film era l'attore Seth Green, che in seguito si è unito al cast regolare di Buffy come suo fidanzato sullo schermo. Nel 1989, il suo primo ruolo regolare in una serie TV è arrivato quando è stata scelta per la sitcom di breve durata della ABC Free Spirit.
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