Comey è nato il 14 dicembre 1960, a Yonkers, New York, da genitori Joan Marie Comey (nata Herald) e J. Brien Comey. Suo nonno, William J. Comey, era un ufficiale e in seguito commissario del Dipartimento di Polizia di Yonkers. La famiglia si è trasferita ad Allendale, New Jersey, nei primi anni '70. Suo padre ha lavorato in immobili aziendali e sua madre era una consulente informatica e casalinga. Comey è di origine irlandese. Ha frequentato la Northern Highlands Regional High School di Allendale; nel 1977 lui e suo fratello sono stati vittime di un'invasione domestica da parte di un criminale chiamato "The Ramsey Rapist". Comey si è laureato al College of William and Mary nel 1982, specializzandosi in chimica e religione. La sua tesi ha analizzato il televangelista Reinhold Niebuhr e il televangelista Jerry Falwell, sottolineando la loro fede comune. Comey ha ricevuto il suo dottorato in giurisprudenza dalla Scuola di Giurisprudenza dell'Università di Chicago nel
Dottorato in giurisprudenza (JD)