Il padre di Eduardo Luiz Saverin, Roberto Saverin, era un uomo d'affari che lavorava nel settore dell'abbigliamento, della spedizione e dell'immobiliare. Sua madre, Sandra, era una psicologa. Ha due fratelli. Suo nonno, Eugenio Saverin (nato Eugen Saverin), nato in Romania, è il fondatore di Tip Top, una catena di negozi di abbigliamento per bambini. Nel 1993, la famiglia emigrò negli Stati Uniti, stabilendosi a Miami. Saverin frequentò la Gulliver Preparatory School di Miami. Poi frequentò l'Università di Harvard, dove fu residente di Eliot House, membro del S.K. Phoenix e presidente dell'Associazione di Investimenti di Harvard. Mentre era un laureato a Harvard, Saverin si laureò con un diploma di laurea in economia presso la Harvard University e un membro del capitolo di trading di petrolio della fraternità Alpha Psi Psi.
Il 2006