Johnston ha fatto il suo debutto per il Munster il 5 settembre 2015, partendo dalla partita di apertura del 2015-16 Pro12
contro la Benetton. Nel gennaio 2016, è stato annunciato che Johnston aveva firmato un contratto con il Munster che lo vedrà unirsi alla squadra senior dalla stagione 2016-17, prima su un contratto di sviluppo e poi, dal 2017-18, su un contratto completo. Johnston è stato nominato per il 2016 Munster Academy Player of the Year Award.