Defrance servì anche nella campagna svizzera del 1799 come capo di stato maggiore divisionale della 1a divisione dell'esercito del Danubio di Jean-Baptiste Jourdan; dopo le perdite nelle battaglie di Ostrach
e Stockach nel marzo 1799, l'esercito del Danubio fu combinato con l'esercito di Helvetia, sotto il comando di Andre Massena. Defrance ha continuato nella sua qualità di capo di stato maggiore divisionale. Alla prima battaglia di Zurigo nel giugno 1799, fu nominato sul campo come brigadiere generale, un onore che declinò, chiedendo invece di ricevere il comando di un reggimento di cavalleria. Ha ricevuto il comando del 12° reggimento di "Chasseurs-a-Cheval". Come "Chef-de-Brigade", l'equivalente di un colonnello nell'esercito di campo francese dell'era rivoluzionaria, Defrance andò in Italia e partecipò alle azioni che portarono alla battaglia di Marengo. Durante l'inverno 1800-1801, fece una campagna nei Grisoni in Svizzera e tornò in Francia dopo il trattato di Lunéville nel 1801.