Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Dopo il colpo di stato nigeriano del 1966
Aghanya è stato arrestato il 18 gennaio 1966 e, insieme al tenente colonnello Victor Banjo, accusato di aver complottato per assassinare il capo di stato militare, il maggiore generale Johnson Aguiyi-Ironsi. Aghanya è detenuto senza processo nella prigione di massima sicurezza di Kirikiri insieme ad altri presunti coinvolti nel colpo di stato. Successivamente è stato trasferito alle prigioni di Enugu e successivamente di Abakaliki. In retrospettiva, coloro che sono stati attivamente coinvolti nella pianificazione e nell'esecuzione del colpo di stato, come il maggiore Adewale Ademoyega, hanno attestato l'innocenza di Aghanya e Banjo nelle loro memorie. Dopo il contro-colpo di stato nigeriano del 1966 in cui Aguyi Ironsi fu assassinato, Aghanya fu rilasciato dal carcere nel marzo 1967 su ordine dell'allora governatore della regione orientale, il colonnello (in seguito generale) Odumegwu Ojukwu, sfidando gli ordini del nuovo capo di stato colonnello (in seguito generale) Yakubu Gowon. In risposta, Gowon ha annunciato il rilascio di Aghanya e degli altri dopo il fatto.