Conosciuto per i suoi lunghi capelli biondi, la maglia numero 15 e il soprannome di "El Matador", Hernández ha giocato per la prima volta contro l'Uruguay il 1° febbraio 1995. Hernández ha segnato il suo primo gol internazionale il 16 novembre 1995 contro la Jugoslavia. Hernández ha guadagnato notorietà durante la Copa América del 1997
, dove ha segnato sei gol ed è diventato il miglior marcatore del torneo. Alla Coppa del Mondo FIFA del 1998, è finito tra i migliori marcatori della competizione con quattro gol, ed è diventato il primo giocatore messicano a segnare più di due gol nella storia della Coppa del Mondo. I 35 gol che ha segnato per il Messico lo legano a Carlos Hermosillo per seguire Cuauhtémoc Blanco (39 gol), Jared Borgetti (46 gol) e Javier Hernandez (51 gol) come quarto più alto marcatore di tutti i tempi della nazione.