Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Fenati ha iniziato la stagione 2016 con una pole position in Qatar. Tuttavia, è riuscito solo al quarto posto nella gara. Finì ventiesimo in Argentina, prima della sua prima vittoria della stagione negli Stati Uniti. Fu settimo a Jerez, prima di un secondo posto a Le Mans, perdendo contro Brad Binder per 0,099 secondi. Fenati si è qualificato con la pole a Mugello, ma non è riuscito a finire la gara. È stato quarto sia in Catalogna che nei Paesi Bassi.
, prima di un'inutile posizione 18 in Germania. Fenati è stato eliminato dalla Sky Racing VR46 in Austria come azione disciplinare per essere in disaccordo con Uccio Salucci. Il 16 agosto il team VR46 ha risolto il contratto con Romano per le stagioni 2016 e 2017, citando problemi comportamentali in conflitto con la politica della squadra come motivo della rottura.