Nel gennaio e febbraio del 1554, la ribellione di Wyatt scoppiò; fu presto soppressa. Elisabetta fu portata in tribunale e interrogata per il suo ruolo, e il 18 marzo fu imprigionata nella Torre di Londra. Elisabetta protestò con fervore contro la sua innocenza. Anche se è improbabile che avesse complottato con i ribelli, alcuni di loro erano noti per averla avvicinata. Il più vicino confidente di Maria, l'ambasciatore di Carlo V, Simon Renard, sostenne che il suo trono non sarebbe mai stato al sicuro finché Elisabetta viveva; e il cancelliere, Stephen Gardiner, lavorò per far giudicare Elisabetta. I sostenitori di Elisabetta nel governo, tra cui Lord Paget, convinse Maria a risparmiare sua sorella in assenza di prove concrete contro di lei. Invece, il 22 maggio, Elisabetta fu trasferita dalla Torre di Woodstock a Crow, dove passò quasi un anno sotto l'incarico di Sir Henry Bedingfield.
Torre di Londra