Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Quando la guerra fu rinnovata nel 1799, Jourdan era a capo dell'esercito sul Reno, ma di nuovo subì la sconfitta per mano dell'arciduca Carlo nelle battaglie di Ostrach
e Stockach alla fine di marzo. Deluso e in cattiva salute, consegnò il comando al generale André Masséna. Riprese i suoi doveri politici ed era un importante oppositore del colpo di stato del 18 Brumaire, dopo di che fu espulso dal Consiglio dei Cinquecento. Ben presto, tuttavia, si riconciliò formalmente con il nuovo "régime" e accettò da Napoleone un nuovo impiego militare e civile. Nel 1800, Jourdan divenne ispettore generale della cavalleria e della fanteria e rappresentante degli interessi francesi nella Repubblica Cisalpina.