Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Durante la rivolta di gennaio
Nel 1863, si ebbero pesanti combattimenti all'interno della città, ma furono brutalmente pacificati da Mikhail Muravyov, soprannominato "Il boia" dalla popolazione a causa delle numerose esecuzioni che organizzò. Dopo la rivolta, tutte le libertà civili furono revocate e l'uso delle lingue polacca e lituana fu vietato. Vilnius aveva una vivace popolazione ebraica: secondo il censimento russo del 1897, della popolazione totale di 154.500, gli ebrei costituivano 64.000 (circa il 40%). All'inizio del XX secolo, la popolazione di lingua lituana di Vilnius costituiva solo una piccola minoranza, con polacchi, yiddish e russi che comprendevano la maggioranza della popolazione della città. Il 4 e 5 dicembre 1905, il Grande Seimas di Vilnius si tenne nell'attuale edificio della Società Filarmonica Nazionale Lituana con oltre 2000 partecipanti. Fu il primo congresso nazionale moderno in Lituania. L'assemblea decise di chiedere un'ampia autonomia politica all'interno dell'Impero russo e di raggiungere questo obiettivo con mezzi pacifici. È considerato un passo importante verso l'atto di indipendenza della Lituania, adottato il 16 febbraio 1918 dal Consiglio della Lituania, poiché il Seimas ha gettato le basi per la creazione di uno stato lituano indipendente.