Un'importante eredita' del mandato di Holder come Procuratore Generale e' stato il trasferimento dei casi di terrorismo ai tribunali civili federali. Sotto Holder, il Dipartimento di Giustizia ha processato con successo molti terroristi in tribunale federale, ottenendo condanne e condanne a vita contro una serie di imputati, tra cui Sulaiman Abu Ghaith (il portavoce di Osama bin Laden); Ahmed Ghailani (un cospiratore negli attentati dell'Africa orientale del 1998)
); e Abu Hamza (agente di al-Qaeda). Faisal Shahzad (il tentato attentatore di Times Square); e Omar Farouk Abdulmutallab (il fallito attentatore di biancheria intima) si sono dichiarati colpevoli in tribunale federale e sono stati condannati all'ergastolo durante il mandato di Holder. Durante il mandato di Holder, altri terroristi, tra cui Najibullah Zazi (che ha pianificato un attacco alla metropolitana di New York) e Ahmed Abdulkadir Warsame (un sostenitore di al-Shabab), si sono dichiarati colpevoli e hanno collaborato con il governo. Matt Olsen, direttore del National Counterterrorism Center dal 2011 al 2014, ha scritto nel 2015: "Attraverso la sua persistenza, Holder ha dimostrato la saggezza e il valore di perseguire i terroristi in tribunali civili e ha cementato questo approccio per le amministrazioni future".