Scegliere una continuazione per questo paragrafo - All'inizio della guerra con la Francia nel 1793 fu nominato comandante della nave ammiraglia di Hotham, la 100-gun, vedendo l'azione nell'assedio di Tolone. A seguito del richiamo dell'ammiraglio Samuel Hood alla fine del 1794, Hotham divenne comandante in capo della flotta del Mediterraneo e Holloway divenne il suo capitano della flotta. Come tale prese parte alla battaglia di Genova.
Nel marzo del 1795 e nella battaglia delle isole Hyères nel luglio. Alla fine dell'anno Hotham fu sostituito dall'ammiraglio Sir John Jervis, e Holloway fu nominato comandante del 98-gun. Fu presente in lei durante l'ammutinamento di Spithead nel maggio del 1797, e in seguito comandò la flotta della Manica.