Durante l'Operazione Arpione, uno dei due convogli alleati simultanei inviati a rifornire Malta nel Mar Mediterraneo centrale dominato dall'Asse a metà giugno 1942, i C.202 furono coinvolti in scontri con i Sea Hurricanes. Tuttavia, fu durante questo periodo che l'Asse dovette abbandonare i suoi piani per l'invasione di Malta (conosciuta come Operazione C3).
) a causa del fatto che gli aerei e gli uomini sono necessari altrove. Il 7 marzo 1942, il vettore consegnò i primi Spitfire a Malta, e la superiorità aerea dell'Asse iniziò a spostarsi a favore degli Alleati. Alla fine di giugno, tuttavia, circa 60 C.202 potevano essere radunati in Sicilia per operare contro Malta, che aveva ricevuto lo Spitfire Mk. V in quantità sempre crescenti. I Macchi riuscirono a battere gli Spitfire, ma i "Folgores" soffrirono della mancanza di un armamento più potente e, senza radio, i piloti della "Regia Aeronautica" furono costretti a comunicare tra loro agitando le ali e, di conseguenza, dovettero adottare formazioni troppo strette e meno efficaci in combattimento. Le loro prestazioni erano anche state danneggiate dalla mancanza di radar, che la RAF stava facendo ampio uso per condurre con successo i loro caccia contro l'opposizione aerea.