Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Poco dopo lo scoppio della seconda guerra mondiale, i Morgenstern sono stati espropriati e deportati come ebrei nella Polonia occupata
, dove furono imprigionati nel ghetto di Łódź. Lì Samuel Morgenstern morì di svenimento nell'agosto del 1943. Fu sepolto nel cimitero del ghetto. Sua moglie, Emma, che, come suo cognato Wilhelm Abeles (che anche lui viveva nel ghetto e sopravvisse ad Auschwitz) fu testimone della morte di suo marito, fu molto probabilmente deportata nel campo di concentramento di Auschwitz-Birkenau nello stesso mese. Dato che a Auschwitz era prassi comune mandare direttamente nelle camere a gas la maggior parte dei nuovi arrivati, specialmente le donne anziane incapaci di lavorare, la loro morte può essere considerata certa. Di conseguenza, nel dicembre 1946 un tribunale viennese decise che non potevano essere sopravvissuti alla fine della guerra e li dichiarò morti, in accordo con una mozione presentata dal loro fratello Max Pragan.