Pavlyuchenko ha debuttato per il club, entrando come sostituto, in una sconfitta per 1-0 contro Mosca il 5 aprile 1999. Il 15 maggio 1999, Pavlyuchenko ha fornito un doppio assist in una vittoria per 2-1 contro Chita. Nella sua prima stagione, Pavlyuchenko ha fatto 31 presenze e ha segnato 11 gol. Tuttavia, il club è stato ancora relegato alla Seconda Divisione dopo che il club è stato l'ultimo posto. Nonostante questo, Pavlyuchenko è stato nominato 'Team of the top' per la prima divisione junior del giornale Sport Express.
Dynamo Stavropol