Lui e i suoi colleghi civili sono stati rimossi dal loro incarico nel colpo di stato militare del 15 gennaio 1966
E' stato il politico più importante ad evitare l'assassinio dopo il colpo di stato. Azikiwe fu un portavoce del Biafra e consigliò il suo leader, Chukwuemeka Odumegwu Ojukwu, durante la guerra del Biafra (1967-1970). Durante la guerra cambiò la sua alleanza con la Nigeria e si rivolse a Ojukwu per porre fine alla guerra in opuscoli e interviste. "Il New York Times" ha detto della sua politica: "Per tutta la vita, l'alleanza del dottor Azikiwe con i nordici lo ha messo in contrasto con Obafemi Awolowo, un leader socialista degli Yoruba, l'altro importante gruppo meridionale del paese".