Quando le forze israeliane, supportate da aerei da combattimento britannici e francesi, hanno fatto uscire
Le forze egiziane della penisola del Sinai e del canale di Suez - che erano state nazionalizzate da Nasser nel 1956 - il comandante delle forze armate egiziane, Abdel Hakim Amer, entrò nel panico e suggerì di arrendersi. Nasser rifiutò e mise Boghdadi a capo dell'organizzazione della resistenza egiziana lungo il canale. Dopo la guerra di Suez, è stato nominato amministratore generale per la ricostruzione dell'area del canale e secondo l'autore Said Aburish, "ha svolto un lavoro ammirevole". È stato anche nominato ministro delle comunicazioni e, insieme a Zakaria Mohieddine e Amer, è stato inserito in una commissione che avrebbe selezionato i candidati della nuova Assemblea nazionale di 350 membri. Boghdadi fu eletto come presidente della Prima Assemblea Nazionale.