Giudicando che questo accordo favorisse Cleopatra rispetto a Tolomeo XIII e che l'esercito di quest'ultimo di 20.000 uomini, compresi i Gabiniani, potesse molto probabilmente sconfiggere l'esercito di Cesare di 4.000 soldati senza supporto, Potheinos decise di far guidare Achille le loro forze ad Alessandria per attaccare sia Cesare che Cleopatra. Dopo che Cesare riuscì a giustiziare Potheinos, Arsinoe IV unì le forze con Achillas e fu dichiarata regina, ma poco dopo fece uccidere Achillas dal suo tutore Ganimede e assunse la sua posizione di comandante del suo esercito. Ganimede ingannò quindi Cesare per richiedere la presenza dell'ex prigioniero Tolomeo XIII come negoziatore, solo per farlo unirsi all'esercito di Arsinoe IV. Il conseguente assedio del palazzo
, con Cesare e Cleopatra intrappolati insieme all'interno, durò fino all'anno successivo del 47 a.C.