Le nucleasi che idrolizzano i nucleotidi dalle estremità dei filamenti di DNA sono chiamate esonucleasi, mentre le endonucleasi tagliano all'interno dei filamenti. Le nucleasi più frequentemente utilizzate in biologia molecolare sono le endonucleasi di restrizione, che tagliano il DNA in sequenze specifiche. Per esempio, l'enzima EcoRV mostrato a sinistra riconosce la sequenza a 6 basi 5′-GATC-3′ e fa un taglio sulla linea orizzontale. In natura, questi enzimi proteggono i batteri dalle infezioni da fago digerendo il DNA da fago quando entra nella cellula batterica, come parte del sistema di restrizione. Nella tecnologia di sequenza, queste nucleasi specifiche sono utilizzate nel clonaggio molecolare del DNA e nell'impronta digitale Domanda: Che tipo di nucleasi sono le macromolecole?
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