Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Löhr succedette al generale der Pioniere Walter Kuntze come comandante in capo della 12a Armata il 3 luglio 1942. Fu nominato comandante della Wehrmacht nell'Europa sud-orientale il 1 agosto 1942, e dal 28 dicembre 1942 questa posizione fu nuovamente designata come comandante in capo nell'Europa sud-orientale. Le forze sotto il suo comando furono anche designate come Gruppo d'Armata E, e fu nominato comandante. In questo ruolo, Löhr controllava tutti i comandi subordinati nell'Europa sudorientale, tra cui il generale comandante in Serbia (Paul Bader), il comandante militare nell'area Salonicco-Egeo, il comandante militare nella Grecia meridionale, il comandante di Creta, il comandante navale nel Mar Egeo, il generale plenipotenziario tedesco nello Stato indipendente di Croazia, il comandante generale delle truppe tedesche in Croazia e l'attaccato militare a Sofia, Bulgaria. Löhr organizzò la quarta e la quinta offensiva.
contro i partigiani jugoslavi nel 1943, durante il quale la maggior parte dei prigionieri, compresi i feriti, furono uccisi sul posto. Come comandante in capo del gruppo d'armata E, Löhr supervisionò la campagna del Dodecaneso. Il 26 agosto 1944, con gli Alleati che avanzavano sulla Germania su tre fronti, Hitler ordinò a Löhr di iniziare l'evacuazione del Gruppo d'Armata E dalla Grecia e di spostarsi a nord per difendere la Patria.