La loro 24 Ore di Le Mans del 1999 è iniziata amaramente dopo che la squadra è stata tormentata da molteplici guasti di pneumatici Michelin, la situazione è diventata in qualche modo una reminiscenza del 1998, quando le vetture n. 1 e n. 2 sono state ritirate. Martin Brundle nella Toyota numero 1 ha subito una foratura ad alta velocità sul rettilineo di Mulsanne, la sospensione posteriore della vettura è stata gravemente danneggiata e non è stato in grado di tornare ai box. La Toyota n. 2 guidata da Thierry Boutsen era la prossima a morire quando ha subito un incidente ad alta velocità sotto il ponte Dunlop a causa di una rapida deflazione. L'auto è stata distrutta e Boutsen ha subito lesioni alla parte bassa della schiena. All'alba, la BMW n. 15 era quasi un giro avanti alla Toyota n. 3 che girava tranquillamente a ritmo costante. Con questo fiuto di vittoria, Ukyo Katayama ha messo il piede sulla Toyota e ha fatto il giro più veloce della gara. Ha ridotto l'intervallo a meno di un minuto, fino a quando un'altra esplosione di pneumatico ha colpito di nuovo la squadra Toyota. Katayama è stato comunque in grado di tornare ai box per nuovi pneumatici e ha continuato. È riuscito a finire secondo dopo un coraggioso sforzo, piazzandosi primo nella classe GT-P. Tuttavia, non sono riusciti a ottenere la vittoria complessiva a Le Mans, il che li avrebbe resi solo il secondo costruttore giapponese a ottenere una vittoria complessiva (Mazda è stata la prima nel 1991).
)