Nel mese di agosto 2005, è tornato in Serie A con un trasferimento all'Internazionale con un contratto di quattro anni per una commissione di 16 milioni di euro. Ha iniziato la sua avventura all'Inter vincendo la Supercoppa Italiana del 2005
contro la Juventus, entrando al 63esimo minuto come "Nerazzurri" ha vinto in tempo supplementare grazie al vincitore di Verón. Più tardi, il 13 settembre, ha fatto il suo debutto in campionato per la sua nuova squadra il 21 settembre, iniziando nella vittoria 1-0 contro il Chievo. Il 24 novembre, durante una partita della fase a gironi della Champions League contro il Petržalka, Samuel ha giocato in una schiera di 11 giocatori stranieri in campo, con Luís Figo come unico europeo. Ha terminato la sua prima stagione all'Inter facendo 42 presenze in tutte le competizioni, con la squadra che ha vinto il campionato dopo la retrocessione della Juventus a causa di match-fixing, e la Coppa Italia sconfiggendo la Roma 4<unk>2 in totale, con Samuel che ha giocato in entrambe le finali, completando così un imprevisto triplo nazionale.