Dopo l'entrata degli Stati Uniti nella seconda guerra mondiale, Ballentine servì come secondo ufficiale comandante della portaerei di scorta USS "Long Island" dal 26 dicembre 1941 al 18 aprile 1942. Fu promosso capitano il 30 giugno 1942. Ballentine servì come capo di stato maggiore del contrammiraglio Ernest D. McWhorter a bordo durante l'invasione alleata dell'Africa settentrionale francese
Nel novembre del 1942.