L'11 febbraio, Neill lasciò l'Alamo per prendersi cura della sua famiglia, sopraffatto da una grave malattia. Passò il comando a William Barret Travis, l'ufficiale dell'esercito regolare di più alto rango della guarnigione. A causa di una spaccatura nel comando dell'Alamo tra Bowie e Travis, Neill tornò all'Alamo il 14 febbraio e risolse la controversia. Fu raggiunta una risoluzione, Bowie e Travis avrebbero avuto il comando congiunto dell'Alamo. Neill avrebbe lasciato San Antonio poco prima dell'assedio di Alamo. Il giorno della battaglia finale di Alamo, Neill era a Gonzales e lavorava costantemente per aumentare il roster delle forze di soccorso di Alamo. A Gonzales, firmò un buono personale il 6 marzo, per novanta dollari per comprare medicine per la guarnigione di Alamo. Neill era intenzionato a tornare ad Alamo dove, a sua insaputa, il forte era già caduto alle truppe messicane il 6 marzo, durante la battaglia di Alamo.
- No, no. Il 7 marzo, Neill e Burleson radunarono 50 uomini e si diressero verso Alamo.