Il PWS è causato da un fenomeno epigenetico noto come imprinting, causato dalla cancellazione delle copie paterne dei geni SNRPN e NDN necdin insieme a cluster di snoRNA: SNORD64, SNORD107, SNORD108 e due copie di SNORD109, 29 copie di SNORD116 (HBII-85) e 48 copie di SNORD115 (HBII-52). Queste sono sul cromosoma 15 situato nella regione 15q11-13. Questa cosiddetta regione PWS / AS può essere persa da uno dei diversi meccanismi genetici, che nella maggior parte dei casi si verifica attraverso la mutazione casuale. Altri meccanismi meno comuni includono casi di disparità genetica, mutazioni sporadiche, traslocazioni cromosomiche e cancellazioni di geni. A causa dell'imprinting materno, le copie ereditate di questi geni sono virtualmente silenziose e rappresentano solo le copie paterne, le prime copie del PWS sono espresse nella regione 15q11-13.
fenomeno noto come imprinting