Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Il 28 agosto 1941, più di due mesi dopo l'inizio dell'Operazione Barbarossa, l'invasione tedesca dell'Unione Sovietica, Pukhov ricevette l'ordine di sostituire il comandante della 304a divisione di fucilieri della 38a armata; questo era il suo primo comando sul campo dal momento che il reggimento di fucilieri circa 15 anni prima. All'inizio di settembre fu trasferito nella zona di Kozelshchyna, dove fino al 17 settembre subì pesanti perdite in pesanti combattimenti difensivi, ritirandosi a est nella zona di Sanzhery, Reshetylivka e Poltava. Il 304th combatté poi nell'operazione difensiva del Donbass durante ottobre, poi fu ritirato nella riserva nell'area di Snezhny Kut. Pukhov ricoprì questa posizione fino al 20 gennaio 1942, quando gli fu dato il comando della 13a Armata, che ricoprì fino alla metà del 1946. Fino alla metà del 1942 l'esercito, parte del fronte di Bryansk, mantenne posizioni difensive sulla linea di Skorodnoye e Kolpny. L'esercito ha combattuto nella battaglia di Voronezh
la metà del 1942 e l'operazione offensiva di Voronezh-Kastornensk all'inizio del 1943. Il 14 febbraio, a seguito di quest'ultimo, Pukhov fu promosso tenente generale. Durante la battaglia di Kursk nel mese di luglio, l'esercito, tenendo posizioni sulla faccia settentrionale del rigonfiamento di Kursk, respinse sei giorni di attacchi tedeschi in combattimenti feroci, impedendo una svolta tedesca e limitando l'avanzata tedesca a 10 × 12 chilometri. Quando le truppe sovietiche passarono all'attacco dopo aver sconfitto decisamente l'esercito tedesco, la 13a Armata combatté nell'Operazione Kutuzov.