Il 3 febbraio 2008, durante una battaglia tra forze governative e ribelli
A N'Djamena, Saleh è stato arrestato da militari non identificati, presumibilmente guardie presidenziali, secondo il PLD. Più di una settimana dopo, non erano state rilasciate informazioni sull'arresto o sul luogo in cui Saleh era detenuto. Uno dei cugini di Saleh ha espresso una particolare preoccupazione per il fatto che Saleh era molto malato da qualche tempo, sperando che le medicine, il cibo e gli abiti potessero essere portati ovunque fosse detenuto. Il 27 febbraio, senza che fossero ancora disponibili informazioni sul luogo in cui si trovava Saleh o sul suo stato di salute, sua moglie ha incontrato Carla Bruni, la moglie del presidente francese in visita, Nicolas Sarkozy. Il presidente Sarkozy ha chiesto al suo omologo Idriss Déby di incontrarla anche lei, ma il 28 febbraio ha infine rifiutato di incontrarsi con Déby.