Alla fine del X secolo, l'attuale Repubblica di Macedonia del Nord divenne il cuore politico e culturale del Primo Impero bulgaro, dopo che gli imperatori bizantini Giovanni I Tzimiskes conquistarono la parte orientale dello stato bulgaro durante la guerra russo-bizantina del 970-971. La capitale bulgara Preslav e lo zar bulgaro Boris II furono catturati, e con la deposizione delle regalie bulgare a Santa Sofia, la Bulgaria fu ufficialmente annessa a Bisanzio. Una nuova capitale fu stabilita a Ohrid, che divenne anche la sede del Patriarcato bulgaro. Una nuova dinastia, quella dei Comitopuli sotto lo zar Samuil e i suoi successori, continuò la resistenza contro i bizantini per diversi decenni, prima di soccombere anche
Nel 1018. La parte occidentale della Bulgaria, compresa la Macedonia, fu incorporata nell'Impero bizantino come provincia della Bulgaria (Tema della Bulgaria) e il Patriarcato bulgaro fu ridotto in grado di un Arcivescovado.