Dopo essere stato rifiutato per molteplici promozioni (a vice direttore responsabile della sicurezza nazionale nel 1999 e a capo dell'ufficio dell'FBI di New York all'inizio del 2000), O'Neill era lieto di essere stato assegnato come comandante dell'indagine dell'FBI sull'attentato alla USS "Cole"
nell'ottobre 2000. Tuttavia, al suo arrivo in Yemen, si è lamentato della sicurezza inadeguata. Mentre la sua squadra indagava, O'Neill entrò in conflitto con Barbara Bodine, l'ambasciatore degli Stati Uniti in Yemen. I due avevano opinioni molto divergenti su come gestire le perquisizioni di proprietà yemenite e le interviste ai cittadini e ai funzionari governativi, e si sono allontanati ulteriormente col passare del tempo.