La ricombinazione genetica può anche essere coinvolta nella riparazione del DNA, in particolare nella risposta della cellula alle rotture a doppio filamento. La forma più comune di incrocio cromosomico è la ricombinazione omologa, in cui i due cromosomi coinvolti condividono sequenze molto simili. La ricombinazione non omologa può essere dannosa per le cellule, in quanto può produrre traslocazioni cromosomiche e anomalie genetiche. La reazione di ricombinazione è catalizzata da enzimi noti come ricombinazioni, come RAD51. Il primo passo nella ricombinazione è un doppio taglio causato da una nucleasi o da un danno al DNA a ovest. Una serie di passaggi di ricombinazione può anche essere coinvolta nella riparazione del DNA, in particolare nella risposta della cellula alle rotture a doppio filamento. La forma più comune di incrocio cromosomico è la ricombinazione omologa, in cui i due cromosomi coinvolti condividono sequenze molto simili.
clivaggio della giunzione e rilegazione