La sua attenzione si rivolse presto alla lotta del Texas contro il Messico. Henderson iniziò a fare discorsi per raccogliere fondi e un esercito per andare in aiuto della causa del Texas. Henderson e diversi volontari si recarono in Texas sperando di partecipare alla lotta per l'indipendenza. Quando il gruppo arrivò nel giugno del 1836, molti degli eventi principali erano già avvenuti. La Dichiarazione di Indipendenza del Texas era già stata firmata il 2 marzo e David G. Burnet fu eletto presidente ad interim della nuova Repubblica del Texas il 10 marzo. L' Alamo.
era caduto il 6 marzo, e Sam Houston era stato vittorioso il 21 aprile nella battaglia di San Jacinto. Il 14 maggio 1836, Antonio López de Santa Anna ha firmato i Trattati di Velasco, accettando di ritirare le sue truppe dal Texas. Il presidente ad interim Burnet nominò Henderson brigadiere generale nell'esercito del Texas, con l'ordine di tornare in North Carolina per raccogliere truppe per servire in Texas. Questo Henderson ha fatto a proprie spese.