Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Bourdais ha testato significativamente per il team Toro Rosso durante l'inverno, anche se era incerto di un drive diretto al nuovo anno. Il 6 febbraio 2009 tuttavia è stato confermato come pilota Toro Rosso per un secondo anno, in coppia con il rookie svizzero Sébastien Buemi. Nonostante due punti all'ultimo Gran Premio d' Australia.
E a Monaco, Bourdais ha faticato a superare il suo compagno di squadra meno esperto. In Spagna Bourdais ha colpito l'auto di Buemi mentre il campo tentava di evitare un Jarno Trulli girato nel primo giro, ponendo fine alla gara per entrambi i piloti. Al Gran Premio di Gran Bretagna, Bourdais si scontrò con il pilota della McLaren Heikki Kovalainen, ponendo nuovamente fine alla gara per entrambi. Al Gran Premio di Germania ha subito un guasto meccanico dopo essersi qualificato ultimo di oltre un secondo.