Dopo l'Operazione Barbarossa, l'invasione tedesca dell'Unione Sovietica, iniziata il 22 giugno 1941, Drozd guidò il distaccamento per le operazioni di posa di mine nello Stretto di Irbe e nel Golfo di Finlandia. Ha supervisionato il movimento dell'incrociatore dal Golfo di Riga a Tallinn, e ha guidato il distaccamento nella difesa della base navale principale in quest'ultimo porto, e la sua evacuazione
a Kronstadt. Conosciuto per la sua "coraggiosa leadership" in queste operazioni dal Comitato centrale del Partito comunista dell'Unione Sovietica, Drozd fu promosso vice ammiraglio il 16 settembre e fu nominato comandante della flotta baltica. In questa posizione supervisionò l'evacuazione di ottobre della base navale di Hanko e guidò lo squadrone nella difesa di Leningrado. Nel 1942 gli fu assegnato il suo secondo Ordine della Bandiera Rossa, Drozd ispezionò le riparazioni delle navi dello squadrone e l'addestramento al combattimento del suo personale. Morì il 29 gennaio 1943 quando la sua auto cadde attraverso il ghiaccio tra Kronstadt e Leningrado nel Golfo di Finlandia dopo che un proiettile tedesco aveva rotto il ghiaccio. Fu sepolto nel cimitero comunista della Lavra di Alessandro Nevsky a Leningrado.