Il Sud Sudan ha ottenuto l'indipendenza dal Sudan nel 2011, ma la guerra civile sud sudanese ha reso difficile per la nazione raccogliere il sostegno di cinque federazioni sportive, come richiesto dal Comitato Olimpico Nazionale per ottenere il riconoscimento del Comitato Olimpico Internazionale. Guor Marial, un rifugiato sud sudanese che vive negli Stati Uniti, ha gareggiato nella maratona maschile alle Olimpiadi estive del 2012
, ma lo ha fatto come atleta olimpico indipendente dopo aver rifiutato di competere per il Sudan. Il Sud Sudan è diventato il 206° membro del CIO nell'agosto 2015, con le affiliazioni di atletica leggera, basket, calcio, pallamano, judo, tennis da tavolo e taekwondo. La nazione ha scelto Marial come portabandiera sia per le cerimonie di apertura che di chiusura.