Werknesh ha iniziato la sua stagione del 2003 con una vittoria all'Antrim International Cross Country e poi ha vinto il titolo di corsa lunga femminile ai Campionati del Mondo di Cross Country IAAF del 2003. Ha vinto la medaglia d'argento nei 10.000 m ai Giochi di tutta l'Africa del 2003, finendo dietro il collega etiope Ejegayehu Dibaba. La sua stagione ha raggiunto il suo apice ai Campionati del Mondo di atletica leggera del 2003 dove ha stabilito un record personale di 10.000 m di 30:07.15 minuti per assicurarsi la seconda posizione dietro il veterano etiope Berhane Adere che ha battuto il record africano per l'evento. L'anno successivo è arrivata quarta nell'evento alle Olimpiadi di Atene del 2004. Ha anche vinto la medaglia di bronzo in gara lunga ai Campionati mondiali di cross country IAAF del 2004
, oltre a prendere il quarto posto nella corsa corta.