Durante la seconda guerra mondiale, lo zoo fu bombardato due volte.
, dai nazisti nel 1941 e dagli alleati nel 1944, danneggiando pesantemente le infrastrutture e uccidendo la maggior parte degli animali. Lo zoo perse anche sette ettari di terreno. Il bombardamento dello zoo del 1941 è stato descritto nel romanzo di Winston Churchill "La seconda guerra mondiale" e nel film di Emir Kusturica del 1995 "Underground". Miodrag Savković, direttore dello zoo durante l'occupazione della seconda guerra mondiale, fu arrestato subito dalle nuove autorità comuniste e fucilato, anche se le accuse contro di lui né il suo luogo di riposo sono noti.