Otto anni dopo aver partecipato alle sue ultime Olimpiadi, Ndjissipou si è qualificato per la terza volta per la squadra centrafricana, a 31 anni, nella maratona maschile.
alle Olimpiadi estive del 2004 ad Atene, ricevendo un posto ai Campionati del Mondo IAAF di Parigi. Ha terminato la gara con un tempo di 2:21:23, dietro al corridore italiano e medaglia d'oro Stefano Baldini e al brasiliano Vanderlei de Lima (la cui gara era stata presa e spinta dal manifestante irlandese Cornelius Horan) con una stima di dieci secondi. Ndjissipou, che ha vinto tre volte le Olimpiadi, è stato nominato dal Comitato Olimpico Nazionale (CNO) per portare la bandiera centrafricana nella cerimonia di apertura.