Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Nel 1394, il sultano ottomano Bayezid I assediò Costantinopoli. Manuel lasciò la città nel 1399 per viaggiare in tutta l'Europa occidentale in cerca di aiuti militari e affidò a Giovanni VII il compito di reggente a Costantinopoli, sovrintendendone la difesa. Nonostante le accuse di cospirazione con gli ottomani, Giovanni VII tenne la città lealmente per tutta la durata del viaggio di Manuel di tre anni e mezzo, rifiutandosi di arrenderla a Bayezid. La minaccia a Costantinopoli terminò con la sconfitta di Bayezid contro i Timuridi nella battaglia di Ankara
Nel 1402. A seguito di questa battaglia, Giovanni VII negoziò un trattato favorevole con uno dei figli di Bayezid, Süleyman Çelebi, che assicurò che l'importante città di Salonicco, persa agli ottomani nel 1387 a causa delle azioni di Manuel, fosse restituita al controllo imperiale. Nonostante il leale servizio di Giovanni VII, Manuel lo mandò via in disgrazia una volta tornato nel 1403, e i due furono ancora una volta nemici. Questa faida si rivelò breve, poiché furono riconciliati pochi mesi dopo e fu fatto un nuovo accordo, in cui Giovanni VII fu autorizzato a prendere possesso di Salonicco e fu riconosciuto con il pieno titolo imperiale. Dal 1403 fino alla sua morte nel 1408, Giovanni VII governò quindi a Tessalonica come "Imperatore di tutta la Tessalonia", con la sua propria corte imperiale separata. I tessalonicesi lo consideravano un abile governante, e il suo lavoro per gli affari della chiesa locale e il miglioramento delle strutture difensive della città gli fecero guadagnare un ricordo positivo.