Ritornando a casa nel marzo 1801, le fu ordinato di prepararsi per una crociera di un anno nel Mediterraneo in uno squadrone comandato dal commodoro Richard Dale. Su sua richiesta, Decatur fu sollevato dal comando della "Philadelphia" dal capitano Samuel Barron. Lo squadrone arrivò a Gibilterra il 1° luglio, con il commodoro Dale sulla fregata. La "Philadelphia" fu incaricata di attraversare lo Stretto e bloccare la costa di Tripoli, dal momento che nel maggio 1801 il Pasha Yusuf Karamanli aveva minacciato di intraprendere la guerra
e aveva sequestrato navi mercantili americane per ottenere un riscatto.