Dopo la lotta per l'indipendenza, il nuovo governatore progressista di Buenos Aires, Martín Rodríguez, assegnò a Pergamino un giudice di pace nel 1822 e la prima scuola fu aperta nel 1828. La città divenne presto sede di numerosi macelli e dopo l'ascesa del governatore Juan Manuel de Rosas nel 1829 (i cui interessi familiari erano incentrati sull'allevamento del bestiame) si sviluppò una stretta alleanza tra il governatore e le famiglie più importanti di Pergamino, gli Acevedos e gli Anchorenas; Il regime repressivo di Rosas, tuttavia, portò alla chiusura dell'unica scuola nel 1838. Dopo il rovesciamento del governatore Rosas nel 1852
, la nobiltà locale si alleò con Bartolomé Mitre, un importante sostenitore della provincia di Buenos Aires per una maggiore autonomia. Mitre fu eletto governatore nel 1860 e presidente dell'Argentina nel 1862. Nel 1862 il presidente Mitre istituì il primo istituto di agronomia dell'Argentina, che contribuì allo sviluppo di una nuova attività economica nella regione intorno a Pergamino: l'agricoltura intensiva. La prima spedizione di grano argentino ad arrivare intatta nel Regno Unito nel 1875 ha scatenato un boom agricolo che per Pergamino, ha portato alla coltivazione massiccia di mais. La crescita della città accelerò ulteriormente con l'arrivo della ferrovia centrale argentina nel 1882, in rotta verso Rosario. Pergamino, la cui popolazione allora superava i 10.000 abitanti e ospitava oltre 90 imprese registrate, fu formalmente designata come città il 23 ottobre 1895.