Wollstonecraft nacque il 27 aprile 1759 a Spitalfields, Londra. Era la seconda di sette figli di Elizabeth Dixon e Edward John Wollstonecraft. Anche se la sua famiglia aveva un reddito confortevole durante la sua infanzia, suo padre gradualmente lo sprecava in progetti speculativi. Di conseguenza, la famiglia divenne finanziariamente instabile e furono spesso costretti a trasferirsi durante la giovinezza di Wollstonecraft. La situazione finanziaria della famiglia alla fine divenne così grave che il padre di Wollstonecraft la costrinse a consegnare il denaro che avrebbe ereditato alla sua maturità. Inoltre, era apparentemente un uomo violento che avrebbe picchiato sua moglie in momenti di ubriachezza. Da adolescente, Wollstonecraft era abituata a mentire fuori dalla porta della camera da letto di sua madre per proteggerla.
Elizabeth Dixon e Edward John Wollstonecraft