Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Rowley servì come colonnello della 13a fanteria della Pennsylvania dal 25 aprile 1861 al 6 agosto dello stesso anno. Divenne poi colonnello del 102o Reggimento di fanteria volontaria della Pennsylvania. Fu ferito nella battaglia di Seven Pines.
, mentre guidava il suo reggimento nell'esercito del Potomac. Ha (brevemente) guidato una brigata nel VI Corpo nella battaglia di Fredericksburg. Promosso al grado di brigadiere generale a partire dal 29 novembre 1862, Rowley comandò una brigata del I Corpo nella battaglia di Chancellorsville. Era comandante della 3a Divisione, I Corpo all'inizio della Battaglia di Gettysburg, mentre il maggiore generale Abner Doubleday era comandante del corpo. (Chapman Biddle ha guidato la brigata di Rowley.) Il 1o luglio 1863, la brigata subì pesanti perdite affrontando i confederati della divisione del maggiore generale Harry Heth. E' stato gettato dal suo cavallo durante la ritirata quando si e' fermato al torrente. Malato di infezioni da foruncoli delle dimensioni di uova di gallina sulle sue cosce interne, era febbrile e temperamentale. A seguito di un confronto tra Rowley e il generale di brigata Lysander Cutler sulla condotta di alcuni ufficiali del 7° Wisconsin, Cutler presentò accuse di ubriachezza nell'aprile 1864. Con meno di 24 ore per preparare la difesa per il processo, Rowley è stato condannato da una corte marziale che l'autore John F. Krumwiede affermava fosse "priva di imparzialità e che marciava al proprio tamburo". Sebbene reintegrato per ordine del Segretario alla Guerra Edwin M. Stanton e del Presidente Abraham Lincoln, a Rowley fu assegnato solo un comando distrettuale nella Pennsylvania occidentale, a causa della faida in corso tra il comandante dell'esercito generale George G. Meade e l'attuale comandante del corpo generale Gouverneur K. Warren. Bloccato dalle azioni del generale Darius N. Couch nel tentativo di fermare l'invasione della Pennsylvania del 1864 da parte del generale confederato Jubal Early, si dimise dalla sua commissione il 29 dicembre 1864.