Nel 637, poco dopo che Gerusalemme fu catturata dagli eserciti musulmani, 'Umar ibn al-Khattāb, il secondo califfo, promise che la Chiesa della Natività sarebbe stata conservata per uso cristiano. Nel 1189 sotto il regno di Fatima, un moschea dedicata a Umar fu costruita sul luogo in cui egli pregava, accanto alla chiesa. Betlemme passò quindi sotto il controllo dei califfati islamici degli Umayyads nell'VIII secolo, poi degli Abbasidi nel IX secolo. Un geografo persiano registrò a metà del IX secolo che esisteva nella città una chiesa ben conservata e molto venerata. Nel 985, il geografo arabo al-Muqaddasi visitò Betlemme, e si riferì alla sua chiesa come "Basilica di Costantino, che non è uguale a quella cristiana in tutto il paese". Nel 1009, il re di Betlemme, sotto il regno del sesto re Fatima, costruì una moschea dedicata a Umar, accanto alla chiesa.
Chierici latini