Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Zersenay non è riuscito a salire sul podio per la seconda volta ai Campionati del Mondo di Cross Country del 2006
, ma il suo quarto posto ha condotto la squadra eritrea verso la medaglia d'argento nella competizione a squadre. Il mese successivo, Zersenay vinse sia Fabiano Joseph che Boniface Kiprop per vincere la Great Manchester Run. Corse fino alla linea di arrivo con un tempo di 27:36; un record eritreo e il secondo più veloce quell'anno. Nell'agosto di quell'anno, migliorò significativamente il suo record di 10.000 m al Memorial Van Damme; il suo tempo di 26:37.25 ha battuto quasi trenta secondi dal suo marchio precedente per renderlo l'ottava persona più veloce di sempre, ma ha comunque finito dietro l'emergente Micah Kogo che ha corso il decimo più veloce di sempre. Un nuovo record di 59:16 di Zersenay alla Mezza Maratona di Rotterdam eguagliò il record di Samuel Wanjiru e prometteva bene per la prossima gara di campionato.