La prima università a Bratislava, nel Regno d'Ungheria (e anche nel territorio dell'attuale Slovacchia) è stata Universitas Istropolitana, fondata nel 1465 dal re Mattia Corvino. È stata chiusa nel 1490 dopo la sua morte. Bratislava è la sede della più grande università (Università Comenius, 27.771 studenti), la più grande università tecnica (Università Slovacca di Tecnologia, 18.473 studenti), e le più antiche scuole d'arte (l'Accademia di Arti dello Spettacolo e l'Accademia di Belle Arti e Design) in Slovacchia. Altre istituzioni di istruzione terziaria sono l'Università pubblica di Economia e il primo college privato in Slovacchia, la City University of Seattle. In totale, circa 56.000 studenti frequentano l'università a Bratislava. Ci sono 65 scuole elementari pubbliche, nove scuole elementari private e dieci scuole elementari religiose.
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