Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Ha rimbalzato, tuttavia, prendendo l'argento nei 10.000 metri ai Campionati mondiali di atletica leggera del 2009, finendo dietro Kenenisa Bekele. Zersenay aveva guidato per gran parte della gara, stabilendo un ritmo veloce, ma è stato battuto per l'oro da Bekele. In seguito, ha vinto la sua terza Mezza Maratona Mondiale
titolo, stabilendo un record di 59:35 e vincendo anche una medaglia d'argento con l'Eritrea nella competizione a squadre. La medaglia d'oro sulla distanza della mezza maratona lo ha reso il secondo corridore in assoluto a vincere una medaglia del Campionato del Mondo in cross country, pista e corsa su strada nello stesso anno, un'impresa realizzata in precedenza solo da Paul Tergat.