Mentre la maggior parte della Luftwaffe era impegnata nella battaglia terrestre, il III./KG 26 cercava di interrompere le comunicazioni marittime sovietiche. Hanno affondato la petroliera "Mikhail Gromov", ma il capo della flottiglia "Tashkent", il cacciatorpediniere "Bezuprechnyy" e il trasporto "Abkhaziya" sono fuggiti per portare 2.785 soldati nella fortezza. Il supporto aereo continuò con 643 sortie il 3 giugno, 585 il 4 giugno e 555 il 5 giugno, con alcuni equipaggi tedeschi che volavano in media 18 missioni al giorno. All'inizio dell'attacco di terra il 7 giugno, la Luftwaffe aveva effettuato 3.069 sortie e 2.264 tonnellate di esplosivi e 23.800 bombe incendiarie erano state sganciate. Molte delle bombe sganciate erano di 1.000 kg SC 1000, 1.400 kg SC 1400 e 2.500 kg SC 2500 bombe. Le armi di calibro pesante miravano ai bunker di cemento sovietici. Ivan Laskin, comandante della 172a divisione di fucilieri nel settore settentrionale, ricordava: "I bombardieri in gruppi di venti o trenta ci attaccarono senza preoccuparsi dei loro obiettivi. Sono arrivati, onda dopo onda, e hanno letteralmente arato la terra in tutta la nostra area di difesa. Gli aerei tedeschi erano in aria sopra le nostre posizioni per tutto il giorno. Il cielo era coperto dal fumo delle esplosioni di migliaia di bombe e di proiettili. Un'enorme nube grigio scuro di fumo e polvere si alzò sempre più in alto ed alla fine eclissò il sole". La campagna aerea tedesca contro Sebastopoli nel giugno 1942 superò di gran lunga i bombardamenti tedeschi di Varsavia
, Rotterdam o Londra. Dal 3 al 6 giugno, la Luftwaffe ha effettuato 2.355 operazioni e ha sganciato 1.800 tonnellate di esplosivi.