La stagione 2012-13 dell'Atlético Madrid è stata l'82a stagione nella storia del club. L'Atlético ha gareggiato in La Liga, la Copa del Rey
, e in Europa League come campioni in carica. Sono stati eliminati nel round di 32 da Rubin Kazan. Hanno vinto la Copa del Rey dopo aver battuto i rivali del Real Madrid 2 a 1 nel tempo supplementare.