Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Il Kirkyard era coinvolto nella storia dei Covenanters. Il movimento Covenanting iniziò con la firma del Patto Nazionale a Greyfriars Kirk il 28 febbraio 1638. Dopo la sconfitta dei militanti Covenanters a Bothwell Brig
Nel 1679, circa 1200 membri del Covenant furono imprigionati in un campo a sud del cimitero. Quando, nel XVIII secolo, parte di questo campo fu amalgamata nel cimitero come tombe a volta, l'area divenne nota come "Prisone dei Covenanti".