Alla fine di agosto 1862, il generale Kearny guidò la sua divisione nella disastrosa seconda battaglia di Bull Run, che vide l'esercito dell'Unione in rotta e quasi distrutto dall'esercito confederato del generale Robert E. Lee della Virginia settentrionale. L'esercito dell'Unione si ritirò verso Washington e combatté con il corpo confederato di Stonewall Jackson il 1o settembre 1862, nella battaglia di Chantilly
- No, no. In una violenta tempesta con fulmini e pioggia torrente, Kearny decise di indagare su una breccia nella linea dell'Unione. Rispondendo agli avvertimenti di un subordinato, disse: "Il proiettile ribelle che può uccidermi non è ancora stato modellato". Incontrando le truppe confederate, Kearny ignorò una richiesta di arrendersi e, mentre cercava di fuggire a cavallo, una "mezza dozzina di moschetti sparati" e fu colpito da una palla Minié che gli entrò nell'anca e gli uscì dalla spalla, uccidendolo istantaneamente. Il maggiore generale confederato A.P. Hill, sentendo gli spari, corse verso il corpo dell'illustre soldato con una lanterna ed esclamò: "Hai ucciso Phil Kearny, meritava un destino migliore che morire nel fango". Il generale Lee ha rispedito il suo corpo alle forze dell'Unione, con una lettera di condoglianze. All'epoca, a Washington si diceva che il presidente Abraham Lincoln stesse pensando di sostituire George B. McClellan con "Kearny il Magnifico". Il corpo fu portato in retroguardia dopo che i Confederati si resero conto che un generale era stato ucciso. I soldati confederati procedettero rapidamente a spogliare il corpo di Kearny del suo cappotto, degli stivali, dell'orologio da tasca, dei documenti e di altri oggetti di valore. Tuttavia, dopo che si rese conto di chi fosse il defunto, Robert E. Lee ordinò che tutti i suoi averi fossero restituiti nonostante le obiezioni dei soldati scarsamente vestiti che protestavano che un uomo morto non aveva più bisogno di un cappotto e stivali caldi. I documenti di Kearny furono dati a Lee per l'esame, ma consistevano solo di lettere personali a sua moglie e non contenevano documenti militari utili; Lee li bruciò rapidamente.