Il 1° ottobre 2003, tre organizzazioni si sono fuse per formare la nuova JAXA: l'Istituto giapponese di scienze spaziali e astronautiche (ISAS), il Laboratorio nazionale aerospaziale del Giappone (NAL) e l'Agenzia nazionale per lo sviluppo spaziale del Giappone (NASDA). La JAXA è stata costituita come un'istituzione amministrativa indipendente amministrata dal Ministero dell'Istruzione, della Cultura, dello Sport, della Scienza e della Tecnologia (MEXT) e dal Ministero degli Affari interni e delle Comunicazioni (MIC). Prima della fusione, ISAS era responsabile della ricerca spaziale e planetaria, mentre la NAL era focalizzata sulla ricerca aeronautica.
1° ottobre 2003