Fassbender è fluente in tedesco e ha espresso interesse a recitare in un film o un'opera teatrale in lingua tedesca. È un cattolico decaduto, anche se va ancora in chiesa ad accendere candele. È un sostenitore del club di calcio Liverpool. Nel 2010, l'ex fidanzata di Fassbender, Sunawin Andrews, ha presentato un ordine di restrizione contro di lui alla Corte Superiore della Contea di Los Angeles, sostenendo che lui "mi ha lanciato su una sedia che mi ha rotto il naso" nel 2009, e che l'aveva anche trascinata accanto alla sua auto, ferendola alla caviglia e al ginocchio, oltre a farle scoppiare un ovario.
La luce tra gli oceani