Nativo di Napoli, Ferrara ha iniziato la sua carriera con il sistema giovanile del club della sua città natale Napoli nel 1980. Si è laureato nella squadra giovanile "primavera" nel 1984 e ha iniziato a guadagnare le chiamate della prima squadra in quella stagione. Ha fatto 14 presenze totali con il club nella sua prima stagione completa. La stagione successiva, Ferrara divenne parte dell'undicesimo iniziale, e presto iniziò a guadagnare chiamate alla nazionale italiana, facendo la squadra per la Coppa del Mondo FIFA 1990. Ha anche segnato uno dei gol del Napoli quando hanno vinto la finale della Coppa UEFA del 1989. Oltre alla Coppa UEFA, con il Napoli ha vinto due titoli di Serie A (nel 1986 e nel 1987).
e 1989-1990), la finale della Coppa Italia del 1987 e la Supercoppa Italiana del 1990, quest'ultima contro la sua futura squadra, la Juventus.