La famiglia di Jinnah era di origine ismailica gujaratica, anche se Jinnah in seguito seguì gli insegnamenti dei dodici sciiti. Dopo la sua morte, i suoi parenti e altri testimoni affermarono che si era convertito nella vita successiva alla setta sunnita. La sua religione al momento della sua morte fu contestata nei casi giudiziari. Jinnah era di ricco background mercantile, suo padre era un mercante e nacque in una famiglia di fondatori cristiani del villaggio di Fatli nel principato di Gondli vicino a Karachi, ora nello Sindh, Pakistan, ma poi all'interno della presidenza di Bombay dell'India britannica.
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