Durante la guerra civile americana, Crandall offrì i suoi servizi per aiutare i malati e i feriti della battaglia di Fair Oaks.
e la battaglia di Fredericksburg. Vedendo le condizioni lì lo portò a credere nella necessità di inviare agenti medici per aiutare i feriti, e nel 1863 alla riunione della New York State Medical Society propose una risoluzione per nominare un agente medico a Washington per prendersi cura dei malati e dei feriti di New York. La risoluzione fu presentata e approvata dal Governatore e dalla Legislatura. Quando due dei suoi fratelli furono feriti fuori da Atlanta nel 1864, venne in loro aiuto e lavorò negli ospedali di Nashville e Louisville per diverse settimane. Fu nominato chirurgo del 141° New York Volunteer Infantry, con il voto unanime degli ufficiali del reggimento. Poiché era stato appena nominato per la rielezione all'Assemblea dello Stato, ha rifiutato. Nell'aprile del 1865, il governatore Fenton lo nominò agente militare di New York a City Point, in Virginia. Ha anche servito come agente di visita degli ospedali militari e ha lavorato nei vari ospedali del Dipartimento del Potomac.