Müller ha iniziato la stagione 2013/14 sotto il nuovo manager Pep Guardiola giocando nella Supercoppa tedesca. Il 5 agosto, Müller ha segnato un hat-trick quando il Bayern ha vinto 5 a 0 nella partita del primo turno della Coppa della Germania 2013/14 contro lo Schwarz-Weiß Rehden. Nella partita di apertura della Bundesliga 2013/14 del Bayern, Müller ha mancato un rigore per la prima volta. Pochi secondi dopo, il salvataggio dal rigore ha fatto saltare la mano di Álvaro Domínguez che ha portato a un altro rigore che David Alaba ha convertito. Dopo questo, Müller ha dichiarato: "Sono ancora felice di prendere i rigori, ma penso che David Alaba sia l'uomo principale per i calci a segno per ora". Ha giocato nella Supercoppa UEFA
- No, no.