Con lo scoppio della guerra filippino-americana
Malone venne trasferito al 27° Reggimento di fanteria nelle Filippine a metà del 1901 e prese parte alla caccia del leader ribelle Emilio Aguinaldo nelle paludi e nelle paludi della Luzon. Gli fu ordinato di tornare negli Stati Uniti, e dopo la sua promozione a Capitano il 2 novembre 1901, fu nominato istruttore di Chimica all'Accademia Militare degli Stati Uniti a West Point, New York. In questa veste, Malone insegnò a un futuro generale dell'esercito e destinatario della Medaglia d'Onore, Douglas MacArthur.