Maguire è stato sobrio dall'età di 19 anni dopo aver sperimentato "qualche difficoltà" con l'alcol alla fine dell'adolescenza. Maguire ha incontrato la designer di gioielli Jennifer Meyer nel 2003 mentre stava girando il film Seabiscuit agli Universal Studios, e si sono fidanzati nell'aprile 2006. La loro figlia è nata nel novembre 2006. Maguire e Meyer si sono sposati il 3 settembre 2007, a Hawaii. Il loro secondo figlio, un figlio, è nato nel maggio 2009.
Kona, Hawaii