Dopo aver avuto un tentativo fallito con il Barcellona all'età di 15 anni, Balotelli è stato firmato dall'Inter Milan nel 2006 in prestito con un prezzo prestabilito di € 150.000 per co-proprietario del giocatore. Nel giugno 2007, l'Inter ha esercitato l'opzione e ha acquistato l'altra metà per ulteriori 190.000 euro. L'8 novembre 2007, come parte delle celebrazioni del 150° anniversario dello Sheffield F.C., Balotelli ha partecipato a un'amichevole tra le due squadre a Bramall Lane dello Sheffield United. La partita finì 5 a 2 contro l'Inter, con Balotelli che segnò due volte. Ha fatto il suo debutto in prima squadra e in Serie A il 16 dicembre 2007, sostituendo David Suazo in una vittoria di 2 a 0 contro il Cagliari. Tre giorni dopo, è stato inserito nella formazione di partenza in una Coppa Italia contro la Reggina, segnando due gol in una vittoria di 4 a 1. Balotelli ha guadagnato l'attenzione nazionale dopo aver segnato due gol contro la Juventus nella partita di ritorno dei quarti di finale della Coppa Italia, essendo fondamentale per una vittoria in trasferta di 3 a 2 per l'Inter. Il suo primo gol in Serie A è arrivato nell'aprile 2008 in una vittoria di 2 a 0 contro l'Atalanta. L'Inter ha vinto la Serie A 2007-08. Balotelli è stato un sostituto nel 2008
In finale della Supercoppa Italiana contro la Roma, entra come sostituto di Luís Figo e segna all'83° minuto. L'Inter ha vinto l'ultima partita 6/5 a rigori dopo che la partita era finita 2-2.