Passage: An Air manga è stato pubblicato in serie nella rivista giapponese di giochi per computer Comptiq tra il 10 agosto 2004 e il 10 febbraio 2006. I singoli capitoli sono stati successivamente raccolti in due volumi separati pubblicati da Kadokawa Shoten. La storia è stata adattata dalla versione visual novel che l'ha preceduta, ed è stata illustrata dall'artista giapponese Yukimaru Katsura. Tra i due volumi, ci sono 15 capitoli principali (nove nel volume uno e sei nel volume due), e due capitoli bonus inclusi alla fine di ogni volume. La versione manga passa attraverso gli archi Dream e Air in dettaglio, mentre l'arco Summer è toccato solo brevemente in tutto il manga. L'attenzione principale è sulla storia di Misuzu con Kano e Minagi che fungono da personaggi minori in Minagi. Tuttavia, la storia di Kanagi è spiegata nella puntata alla fine del volume due. Ci sono anche cinque serie di volumi scritti dalla visual novel che l'hanno preceduta, ed è stata illustrata dall'artista giapponese Yukimaru Katsura.
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