Durante l'invasione tedesca della Polonia, che iniziò la seconda guerra mondiale, Gostyń fu catturata dalla Wehrmacht il 6 settembre 1939. Durante l'occupazione tedesca nazista della Polonia
Gostyń divenne il luogo di esecuzioni pubbliche, arresti e espulsioni di polacchi. I primi arresti e esecuzioni di massa furono effettuati già nel settembre del 1939. Il 21 ottobre 1939 circa 30 cittadini della città i cui nomi erano elencati nel "Sonderfahndungsbuch Polen" (Libro speciale di accusa-Polonia) preparato dalla minoranza tedesca locale, furono giustiziati da un Einsatzkommando. Tra gli uccisi c'erano il sindaco di Gostyń, Hipolit Niestrawski, attivisti polacchi, funzionari, artigiani e ex insorti della Grande Polonia. Fu uno dei molti massacri di polacchi commessi dalla Germania il 20-23 ottobre 1939 in tutta la regione nel tentativo di pacificare e terrorizzare la popolazione polacca. Le espulsioni di massa iniziarono il 4 dicembre 1939, con fino a 2.000 polacchi deportati al Governo Generale su ordine del SS-Standartenführer Ernst Damzog di stanza a Poznań. Tra la primavera del 1940 e il 15 marzo 1941 altri 3.222 furono deportati., ufficiale polacco e presidente del club di calcio locale di pre-guerra Kania Gostyń, fu assassinato dai sovietici nel massacro di Katyn nel 1940.