Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Il 31 agosto 2010 è stato ingaggiato dalla squadra italiana della Serie A Bologna per 2,1 milioni di euro (compreso il 5% di contributo di solidarietà ai club giovanili). Non era previsto il pagamento di alcuna tassa in quel giorno, ma erano previste due rate uguali il 31 dicembre 2010 e il 30 giugno 2011. A Bologna, ha fatto squadra con altri internazionali uruguaiani, Henry Damián Giménez, Gastón Ramírez e Miguel Britos, prima di lasciare la squadra per unirsi al S.S.C. Napoli. In Pérez prima stagione in Serie A
Nel 2009, il Bologna ha ottenuto il 16 ° posto e ha chiuso a sei punti dal retrocesso, confermando una quarta stagione consecutiva nella prima divisione italiana. Ha anche gestito tre assist durante la campagna, pari per la maggior parte della squadra insieme a Riccardo Meggiorini.