Stallman è nato il 16 marzo 1953, a New York City, in una famiglia di origini ebraiche. I suoi genitori sono Alice Lippman, un insegnante di scuola, e Daniel Stallman, un broker di stampa. Stallman ha avuto un rapporto difficile con i suoi genitori, poiché suo padre aveva l'abitudine di bere e abusò verbalmente della sua matrigna. In seguito descrisse i suoi genitori come "tiranni". Si interessò ai computer in giovane età; quando Stallman era un preadolescente in un campo estivo, lesse manuali per l'IBM 7094. Dal 1967 al 1969, Stallman frequentò un programma sabato della Columbia University per gli studenti delle scuole superiori. Stallman fu anche un assistente di laboratorio volontario nel dipartimento di biologia della Rockefeller University.
il dipartimento di biologia della Rockefeller University