Il corpo di McKinley era passato dallo stomaco a Buffalo, poi attraverso il colon trasversale, e scomparso attraverso il peritoneo dopo aver penetrato un angolo del rene sinistro. C'erano anche danni alle ghiandole surrenali e al pancreas. Mynter, che ha partecipato all'autopsia, ha successivamente dichiarato di credere che il proiettile si fosse depositato da qualche parte nei muscoli della schiena, anche se questa testimonianza è incerta in quanto non è mai stata trovata. Dopo quattro ore, Ida McKinley ha chiesto che l'autopsia finisse. Una maschera di morte è stata presa, e servizi privati hanno avuto luogo nella Milburn House prima che il corpo fosse trasferito a Buffalo e nella Buffalo County Hall per l'inizio di cinque giorni di lutto nazionale. Il corpo di McKinley è stato portato principalmente da Buffalo a Washington, poi attraverso il colon trasversale, e scomparso attraverso il peritoneo dopo aver penetrato un angolo del rene sinistro.
19 settembre