Durante la seconda guerra mondiale fu uno dei principali leader della sinistra alla Camera dei Comuni, in opposizione al governo di coalizione del tempo di guerra. Bevan si oppose alla pesante censura imposta alla radio e ai giornali e al Regolamento 18B sulla difesa in tempo di guerra, che dava al Segretario dell'Interno il potere di internare i cittadini. Bevan chiese la nazionalizzazione dell'industria del carbone e sostenne l'apertura di un secondo fronte in Europa occidentale per aiutare l'Unione Sovietica nella sua lotta contro la Germania. In uno dei suoi più noti discorsi contro Churchill, egli disse che il primo ministro "vince dibattito dopo dibattito e perde battaglia dopo battaglia". Churchill in seguito avrebbe definito Bevan "una squallida seccatura". Churchill era un frequente bersaglio di Bevan, che già non lo apprezzava dopo il suo intervento nelle rivolte di Tonypandy e nello sciopero generale del 1926 nel Regno Unito.
Che Bevan considerava una cosa pesante. Bevan credeva che la chiave della guerra fosse il coinvolgimento della Russia e considerava Churchill troppo focalizzato sull'intervento degli Stati Uniti. Bevan temeva anche che consentire a Churchill di continuare in Parlamento durante la guerra lo avrebbe lasciato quasi imbattibile per il Partito laburista nelle future elezioni. Lo storico Max Hastings descrisse il ruolo di Bevan nel Parlamento durante la guerra come "i suoi dati erano accurati ma il suo disprezzo era in contrasto con lo spirito del momento - pieno di gratitudine, come il primo ministro". La sua feroce opposizione lo rese impopolare presso alcune parti del pubblico all'epoca, sua moglie descrisse in seguito come la coppia ricevesse frequentemente pacchi pieni di escrementi a casa loro.