Falcao ha perso la prima partita di La Liga del 2013 a causa della stanchezza muscolare, ma è tornato nella seconda partita contro il Real Zaragoza il 13 gennaio, dove ha segnato un penalty in una vittoria per 2-0. Nella prima tappa della Copa del Rey
Nel quarto di finale contro il Betis, Falcao ha segnato una testa in una vittoria di 2 a 0 il 18 gennaio. Ha subito un infortunio muscolare in una partita il 20 gennaio, causandogli la mancanza di 3 partite, tra cui la seconda tappa dei quarti di finale della Copa del Rey contro il Betis e la prima tappa delle semifinali contro il Siviglia. Falcao è tornato per la seconda partita per segnare contro il Siviglia in un pareggio di 2 a 2, aiutando l'Atlético ad avanzare in finale con un punteggio complessivo di 4 a 3. Falcao ha segnato un doppio contro Granada in una confortevole vittoria di 5 a 0 il 14 aprile. Il secondo gol ha segnato il 200esimo gol della carriera di Falcao (contando sia il club che la nazione). Una settimana dopo, Falcao ha segnato l'unico gol in una vittoria 0-1 in trasferta contro il Siviglia allo Stadio Ramón Sánchez Pizjuán.