Čech è stato titolare nella prima partita della stagione 2012-13 del Chelsea, il Community Shield 2012 contro il Manchester City, ma non è riuscito a mantenere la scheda pulita mentre il Chelsea è sceso 3-2 a causa dei gol di Yaya Touré, Carlos Tevez e Samir Nasri. Ha anche partecipato all'ultima Supercoppa UEFA.
La partita si è giocata allo Stade Louis II di Monaco, in cui ha ammesso quattro gol mentre il Chelsea ha perso 4 a 1 contro l'Atlético Madrid, vincitore della UEFA Europa League. Nell'ottobre 2012, Čech ha preso la fascia del capitano come capitano regolare del Chelsea John Terry è stato messo da parte con una sospensione di quattro partite.