São Tomé e Príncipe ha partecipato alle Paralimpiadi estive 2016 a Rio de Janeiro, in Brasile, dal 7 al 18 settembre 2016. La partecipazione del paese a Rio ha segnato la sua prima apparizione nell'evento quadriennale, anche se aveva gareggiato alle Olimpiadi estive sei volte dai Giochi del 1996. La delegazione era composta da un solo corridore di corta distanza, Alex Anjos, che è stato scelto come portabandiera di São Tomé e Príncipe per la cerimonia di apertura
- No, no. Anjos è stato squalificato dai 100 metri maschili (T47) per essere arrivato in ritardo e non è riuscito a passare alla finale dei 400 metri maschili (T47) dopo non aver stabilito un tempo di giro abbastanza veloce.