Durante la guerra arabo-israeliana del 1948, Arafat lasciò l'Università e, insieme ad altri arabi, cercò di entrare in Palestina per unirsi alle forze arabe che combattevano contro le truppe israeliane e la creazione dello stato di Israele. Tuttavia, invece di unirsi alle fila dei palestinesi, Arafat combatté al fianco dei Fratelli Musulmani, anche se non si unì all'organizzazione. Partecipò al dibattito di Gaza nel 1956 (che era il principale campo di battaglia delle forze arabo-israeliane nel conflitto britannico della Palestina), ma nel 1949 divenne un nazionalista arabo e iniziò a procurarsi armi da contrabbandare nell'ex Mandato britannico della Palestina, per l'uso degli irregolari nel Comitato Arabo Superiore e nelle milizie dell'Esercito della Guerra Santa. Dopo il suo ritorno dall'Università di Praga nel 1952, tornò a studiare all'Università di Cairo, dove aveva studiato come ingegnere durante la Guerra di Suezia.
Il 1949