Nel 1960, il presidente Dwight D. Eisenhower nominò Timberlake come primo ambasciatore degli Stati Uniti nella nuova indipendenza della Repubblica Democratica del Congo, un'ex colonia belga. Durante la crisi del Congo
Hayes è stato un sostenitore vocale di Mobutu Sese Seko e ha sostenuto la deposizione di Patrice Lumumba. Nel marzo del 1961, Hayes ordinò personalmente a cinque navi della marina militare statunitense di entrare nelle acque al largo del Congo, una mossa che colse di sorpresa l'amministrazione Kennedy.