Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Il debutto di Niyonkuru in una competizione internazionale è stato ai Campionati mondiali di cross country IAAF del 2005. Ha gareggiato nella gara junior maschile e ha finito 33° su 133 atleti in un tempo di 25 minuti e 32 secondi. Ai Jeux de la Francophonie del 2005 Niyonkuru ha gareggiato nei 10.000 metri. Niyonkuru è arrivato quarto con un tempo di 29 minuti e 18,08 secondi, solo 0,03 secondi dietro al medaglia d'argento, il marocchino Abderrahim Goumri. Niyonkuru ha poi gareggiato nei Campionati del Mondo Junior del 2006. Finì quinto nei 10.000 metri in un tempo di 28 minuti e 59,92 secondi. Era a 6,63 secondi dal vincitore della gara, Ibrahim Jeilan dell'Etiopia. Nel 2007, Niyonkuru ha gareggiato ai Campionati del Mondo di Cross Country 2007 nella gara maschile junior. Finì tredicesimo in 24 minuti e 56 secondi. Ha finito 49 secondi dietro il medaglia d'oro, il keniano Asbel Kiprop. Ai Campionati mondiali di atletica militare del 2009, Niyonkuru ha vinto la medaglia d'argento nei 10.000 metri. Il suo tempo di 29 minuti e 37,14 secondi era di 23,67 secondi dietro il medaglia d'oro, Essa Ismail Rashed del Qatar. Niyonkuru era a 4,97 secondi davanti al medaglia di bronzo, il tunisino El Akhdar Hachani. Niyonkuru ha vinto la Mezza Maratona Auray-Vannes del 2015 con un tempo di un'ora, tre minuti e venti secondi. Alle Olimpiadi estive del 2016, Niyonkuru ha gareggiato nella maratona maschile
il 21 agosto 2016, ma non ha terminato la gara. Nel 2017 ha gareggiato nella maratona maschile ai Campionati mondiali di atletica leggera del 2017, classificandosi 71 ° in 2:42:27.