Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Subito dopo l'occupazione, le autorità sovietiche iniziarono la rapida sovietizzazione della Lituania. Tutta la terra fu nazionalizzata. Per ottenere il sostegno del nuovo regime tra i contadini più poveri, le grandi fattorie furono distribuite ai piccoli proprietari terrieri. Tuttavia, in preparazione per l'eventuale collettivizzazione, le tasse agricole furono drasticamente aumentate nel tentativo di far fallire tutti gli agricoltori. La nazionalizzazione delle banche, delle grandi imprese e degli immobili ha provocato interruzioni nella produzione che hanno causato enormi carenze di beni. Il litas lituano fu artificialmente sottovalutato e ritirato dalla primavera del 1941. Il tenore di vita precipitò. Tutte le organizzazioni religiose, culturali e politiche furono bandite, lasciando solo il Partito Comunista della Lituania e la sua sezione giovanile. Si calcola che furono arrestati 12.000 "nemici del popolo". Durante la deportazione di giugno
Nel corso della campagna del 1941, circa 12.600 persone (per lo più ex ufficiali militari, poliziotti, figure politiche, intelligentsia e loro famiglie) furono deportate nei Gulags in Siberia sotto la politica di eliminazione delle élite nazionali. Molti deportati morirono a causa delle condizioni disumane; 3.600 furono imprigionati e oltre 1.000 furono uccisi.