Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Il Bayern ha soddisfatto il desiderio di Guardiola di firmare Thiago Alcântara dall'FC Barcelona e la prima stagione di Guardiola è iniziata bene con il Bayern che ha esteso una serie di partite di campionato senza sconfitte dalla scorsa stagione a 53 partite. L'eventuale sconfitta contro l'Augsburg avvenne due giorni dopo che il Bayern aveva già conquistato il titolo di campionato. Durante la stagione, il Bayern aveva anche conquistato altri due titoli, la Coppa del Mondo FIFA e la Supercoppa UEFA.
, quest'ultimo è l'ultimo trofeo importante che il club non aveva ancora vinto. Il Bayern vinse anche la coppa per completare il suo decimo doppio nazionale, ma perse nella semifinale della Champions League contro il Real Madrid. Il 13 marzo 2014 il presidente del Bayern, Uli Hoeneß, è stato condannato per evasione fiscale e condannato a tre anni e mezzo di carcere. Hoeneß si dimise il giorno dopo. Il vicepresidente Karl Hopfner è stato eletto presidente il 2 maggio. Prima della stagione 2014-15, il Bayern ha preso Robert Lewandowski dopo la fine del suo contratto con il Borussia Dortmund e ha prestato Xabi Alonso dal Real Madrid. Anche il Bayern ha lasciato andare Toni Kroos al Real. Le icone del club Bastian Schweinsteiger e Claudio Pizarro se ne andarono prima della stagione 2015-16. In queste due stagioni, il Bayern ha difeso il suo titolo di campionato, incluso un altro doppio nel 2015-16, ma non è riuscito a superare le semifinali della Champions League. Sebbene la dirigenza del club abbia cercato di convincere Guardiola a rimanere, l'allenatore ha deciso di non prolungare il suo contratto triennale.