Dopo la sostituzione di Pellew dal contrammiraglio William O'Bryen Drury, "Doris" fu inviata a servire nello Stretto di Malacca, in missione per ottenere un rapporto di lavoro con il governo spagnolo nelle Filippine. Per i suoi sforzi di successo gli fu dato il comando della fregata HMS "Caroline" nel 1809 e l'anno successivo gli fu dato il comando di uno squadrone con cui attaccare le isole Molucche su commissione gratuita. Navigando verso l'isola ben difesa di Banda Neira, Cole pianificò un audace attacco il 10 agosto 1810, le sue truppe assalendo la fortezza e catturandola con successo. L'anno successivo ebbe un ruolo di primo piano nella pianificazione dell'invasione di Giava.
, che fu completata con successo sotto il contrammiraglio Robert Stopford. Per i suoi servizi, fu nominato cavaliere nel maggio 1812, gli fu assegnata una medaglia coniata appositamente e gli fu conferito un dottorato honoris causa dall'Università di Oxford.