Alla fine del 1826, Bonaparte e la sua famiglia tornarono in Europa. Visitò la Germania, dove incontrò Philipp Jakob Cretzschmar, e l'Inghilterra, dove incontrò John Edward Gray al British Museum, e rinnovò la sua conoscenza con Audubon. Nel 1828, la famiglia si stabilì a Roma. In Italia, fu l'ideatore di diversi congressi scientifici, e tenne conferenze e scrisse ampiamente sull'ornitologia americana ed europea e su altri rami della storia naturale. Tra il 1832 e il 1841, Bonaparte pubblicò il suo lavoro sugli animali d'Italia, Iconografia della Fauna Italica. Aveva anche pubblicato Specchio Comparativo delle Ornithologie di Roma e Filadelfia di Filadelfia (Pisa, 1827), un confronto tra la latitudine attuale delle specie di uccelli di Filadelfia.
Audubon