Dopo l'invasione della Polonia e lo scoppio della seconda guerra mondiale nel settembre 1939, Kępno fu occupata.
Il 6 e 7 settembre 1939 l'Einsatzgruppe III entrò nella città per commettere atrocità contro i polacchi. Alcuni polacchi di Kępno furono assassinati dalle truppe tedesche già il 7 settembre 1939 nel vicino villaggio di Wylazłów. La città fu annessa dalla Germania nazista, ribattezzata "Kempen" e amministrata come parte della contea o distretto ("kreis") dello stesso nome all'interno del Reichsgau Wartheland. La sua popolazione è stata soggetta a segregazione, germanizzazione, confisca delle proprietà, arresti, espulsioni, deportazioni per lavori forzati, prigionia nei campi di concentramento nazisti e esecuzioni. I tedeschi fondarono e operarono una prigione nazista nella città. I monumenti polacchi furono distrutti. Il movimento di resistenza polacco fu organizzato a Kępno nel novembre del 1939. Le truppe dell'Armata Rossa presero la città il 21 gennaio 1945 e con la fine della guerra, la città tornò in Polonia, anche se con un regime comunista sovietico, che rimase al potere fino alla caduta del comunismo negli anni '80. Il movimento di resistenza polacco rimase attivo nella città, e nel settembre 1945 catturò la stazione di polizia comunista locale e liberò i prigionieri.