Completa la seguente frase: Lasciando il Minnesota, Clarke tornò a Philadelphia per assumere il ruolo di Senior Vice President durante la stagione 1992-93, e servì come mentore per il giovane fenomeno Eric Lindros durante la sua prima stagione. Clarke si trasferì poco dopo e prese la posizione di direttore generale con l'espansione Florida Panthers, una squadra che stabilì il record della squadra di espansione per vittorie e punti durante una stagione nel 1993-94. È tornato al ruolo di general manager dei Flyers prima della stagione 1994-95 (la Florida è stata compensata in contanti e la scelta del secondo turno di Philadelphia nel draft del 1994-95).
1994 NHL Entry Draft), e ha ricostruito la squadra in un contendente per la Coppa. Durante il suo secondo mandato come direttore generale dei Flyers, la squadra ha fatto i playoff per 11 stagioni consecutive, ma ha raggiunto le finali una volta (1997). A seguito di un pessimo inizio della stagione 2006-07, Clarke si è dimesso citando un possibile burnout e una mancanza di desiderio. Clarke è tornato alla franchigia il 4 dicembre 2006 ed è stato nominato Senior Vice President.