Ancora determinato a deporre Cleopatra VII, Tolomeo XIII si alleò con Arsinoe IV. Insieme, organizzarono le fazioni dell'esercito leale a loro contro quelli leali a Cleopatra VII e la relativamente piccola parte del suo esercito che aveva accompagnato Cesare in Egitto. La battaglia tra le fazioni belligeranti avvenne a metà dicembre del 48 a.C. all'interno di Alessandria stessa (Assedio di Alessandria (47 a.C.)
), che ha subito gravi danni. Intorno a questo periodo, avvenne l'incendio della Biblioteca di Alessandria.