McKinnon è nata e cresciuta nella città di Long Island di Sea Cliff, New York da Laura Campbell, un'educatrice di genitori, e Michael Thomas Berthold, un architetto. Ha una sorella minore, Emily Lynne. Suo padre è morto quando aveva 18 anni. Da bambina, McKinnon ha suonato diversi strumenti. Ha iniziato a suonare il pianoforte quando aveva 5 anni, il violoncello quando aveva 12 anni, e ha imparato da sola a suonare la chitarra quando aveva 15 anni. Si è laureata alla North Shore High School nel 2002 e alla Columbia University nel 2006 con una laurea in teatro, dove ha co-fondato un gruppo comico, Tea Party, incentrato sulla commedia musicale improvvisata.
Festa del tè