Il prossimo grande progresso fu negli anni '40, quando Linus Pauling confermò la teoria della chiave e del lucchetto proposta da Ehrlich dimostrando che le interazioni tra anticorpi e antigeni dipendono più dalla loro forma che dalla loro composizione chimica. Nel 1948, Astrid Fagreaus scoprì che le cellule B, sotto forma di cellule plasmatiche, erano responsabili della generazione di anticorpi. Ulteriori lavori si concentrarono sulla caratterizzazione delle strutture degli anticorpi.
caratterizzando le strutture delle proteine degli anticorpi.