Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Anche se i sostenitori di Guglielmo dominavano il governo, rimaneva un seguito significativo per Giacomo, in particolare nelle Highlands. La sua causa, che divenne nota come giacobitismo, dal latino "Jacobus" per Giacomo, portò a una serie di sollevazioni. Un primo tentativo militare giacobita fu guidato da John Graham, visconte di Dundee. Le sue forze, quasi tutte Highlanders, sconfissero le forze di Guglielmo nella battaglia di Killiecrankie
nel 1689, ma subirono pesanti perdite e Dundee fu ucciso nei combattimenti. Senza la sua guida l'esercito giacobita fu presto sconfitto nella battaglia di Dunkeld. In seguito alla sconfitta giacobita il 13 febbraio 1692, in un incidente noto come il massacro di Glencoe, 38 membri del clan MacDonald di Glencoe furono uccisi da membri del reggimento di fanteria del conte di Argyll, sulla base del fatto che non erano stati pronti a giurare fedeltà ai nuovi monarchi.