Queste classificazioni si basano fortemente sull'uso della sequenza dei geni dell'RNA ribosomale per rivelare le relazioni tra gli organismi (filogenetica molecolare). La maggior parte delle specie di archaea coltivabili e ben studiate sono membri di due gruppi principali, l'Euryarchaeota e il Crenarchaeota. Altri gruppi sono stati creati provvisoriamente. Per esempio, la peculiare specie Nanoarchaeum equitans, scoperta nel 2003, è stata data al suo filum, il Nanoarchaeota. Un nuovo filum è stato proposto per organizzare gli archaea in gruppi di organismi che condividono caratteristiche strutturali e antenati comuni.
Euryarchaeota e Crenarchaeota