Zebley era un agente speciale dell'FBI che ha lavorato per la divisione antiterrorismo dell'ufficio per sette anni. Come agente dell'FBI, Zebley ha indagato sulle operazioni di al-Qaeda
bombardamenti delle ambasciate americane nell'Africa orientale nel 1998, e dopo gli attacchi dell'11 settembre fu assegnato alla squadra PENTTBOM dell'FBI, che indagò sui terroristi responsabili degli attacchi. Zebley faceva parte della squadra di arresto che ha catturato uno degli attentatori dell'ambasciata, Khalfan Khamis Mohamed, nell'ottobre 1999 a Città del Capo, in Sud Africa. Zebley era uno degli investigatori che hanno costruito il caso contro Zacarias Moussaoui, che alla fine è stato condannato all'ergastolo. Zebley è stato un testimone sommario nel procedimento penale di Moussaoui, testimoniando sui modi in cui la confessione di Moussaoui nel 2005 avrebbe potuto aiutare a rintracciare i dirottamenti dell'11 settembre nel mese precedente gli attacchi se avesse fornito informazioni veritiere quando è stato arrestato per la prima volta.