Il gruppo è composto da 18 isole principali, 3 isole più piccole e 107 rocce e isolotti. Le isole si trovano al Galapagos Triple Junction. L'arcipelago si trova sulla Placca di Nazca (una placca tettonica), che si sta muovendo a est / sud-est, immergendosi sotto la Placca sudamericana ad un ritmo di circa 2,5 pollici (6,4 cm) all'anno. È anche in cima al punto caldo delle Galapagos, un luogo in cui la crosta terrestre si sta fondendo dal basso da un pennacchio del mantello, creando vulcani. Le prime isole si sono formate almeno 8 milioni e forse fino a 90 milioni di anni fa. Mentre le isole più vecchie sono scomparse sotto il mare mentre si allontanavano dal pennacchio del mantello, le isole più giovani, Isabela e Fernandina, sono ancora in fase di formazione vulcanica.
18 isole principali