Scrivi una continuazione per questo paragrafo - È stato nominato nel marzo 811 dal califfo al-Amin, in sostituzione di Hatim ibn Harthamah ibn A'yan. Poco dopo, tuttavia, fu costretto a far fronte allo scoppio della guerra civile.
tra al-Amin e suo fratello al-Ma'mun, e in poco tempo la sua continua lealtà al primo lo aveva messo in contrasto con una fazione della "jund" locale guidata da al-Sari ibn al-Hakam, che era favorevole al riconoscimento di al-Ma'mun come califfo. Nella primavera dell'812 il "jund", con l'incoraggiamento di al-Ma'mun, cambiò apertamente lealtà e si ribellò, e Jabir fu rovesciato dalla sua posizione. Un partigiano di al-Ma'mun, Abbad ibn Muhammad ibn Hayyan, assunse poi il governatorato e prese il potere a Fustat, ma altre parti dell'Egitto continuarono a rimanere fedeli ad al-Amin sotto l'anti-governatore Rabi'ah ibn Qays ibn Zubayr al-Jurashi.