Branch entrò nell'esercito confederato nel maggio del 1861, come soldato dei Raleigh Rifles. Più tardi quel mese accettò l'ufficio di quartier generale dello stato, ma si dimise per il servizio sul campo. A settembre fu eletto colonnello del 33° North Carolina. Fu nominato generale di brigata nel gennaio 1862. Dopo la battaglia di New Bern, la sua brigata fu assegnata alla divisione di A.P. Hill del corpo di Stonewall Jackson. Era il maggiore generale di brigata nella divisione di Hill. La brigata di Branch combatté nella battaglia di Hanover Courthouse, nelle battaglie dei sette giorni, Cedar Mountain, Second Manassas, Chantilly
, e Harper's Ferry