Nel 1980, dopo che Microsoft si era impegnata a consegnare a IBM un sistema operativo a disco (DOS) per l'originale IBM PC, anche se non ne aveva ancora sviluppato uno, Allen ha guidato un accordo per Microsoft per l'acquisto di QDOS (Quick and Dirty Operating System), scritto da Tim Paterson, che, all'epoca, era impiegato presso Seattle Computer Products. Come risultato di questa transazione, Microsoft è stata in grado di assicurare un contratto per la fornitura del DOS che alla fine avrebbe funzionato sulla linea di contratto di IBM PC.
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