Stein nacque da Nathan Stein e Anna Hirschler, una coppia ebrea residente a Budapest nell'Impero austro-ungarico. I suoi genitori e la sorella mantennero la loro fede ebraica, ma Stein e suo fratello, Ernst Eduard, furono battezzati come luterani, apparentemente per liberarli dall'antisemitismo che avrebbe negato loro l'accesso all'istruzione e al progresso. A casa la famiglia parlava tedesco e ungherese, la lingua del risveglio nazionalista ungherese nel XIX secolo, e Stein era orgoglioso di questa eredità per il resto della sua vita.
Giudeo