Martin Vagner (nato il 16 marzo 1984 a Jaroměř, Cecoslovacchia) è un giocatore di hockey su ghiaccio ceco che gioca attualmente con HC Hradec Králové della 1. národní hokejová liga. È stato selezionato nel primo round, 26° in assoluto, dai Dallas Stars nel Draft NHL del 2002. E' rientrato nel Draft nel 2004.
E' stato scelto nel nono round, 268° in assoluto, dagli Hurricanes della Carolina. Non ha ancora giocato nella National Hockey League, trascorrendo la sua carriera fino ad oggi nella Czech Extraliga.