Durante la battaglia di White Oak Swamp nel giugno del 1862, Lewis fu colpito alla gamba destra da un frammento di un proiettile d'artiglieria. Successivamente partecipò a tutte le battaglie del 5° Reggimento con l'eccezione di Mine Run
e Antietam fino al maggio 1864, quando il suo braccio sinistro fu amputato alla spalla a causa delle ferite subite durante il primo giorno della battaglia del Wilderness. Fu poi trasportato a Fredericksburg, e poi a Buffalo, dove sua moglie si prese cura di lui durante la sua convalescenza. Nel settembre 1864, fu congedato con onore e si unì al Veteran Reserve Corps (VRC) come colonnello; nel marzo 1865, fu promosso brigadiere generale.