Durante la seconda guerra mondiale, trasportò il presidente Franklin D. Roosevelt attraverso l'Atlantico a Mers El Kébir, in Algeria, in rotta verso un incontro di vitale importanza nel 1943 a Teheran con il primo ministro Winston Churchill della Gran Bretagna e Joseph Stalin, leader dell'Unione Sovietica. Quando fu trasferito alla Flotta del Pacifico nel 1944, l'Iowa bombardò le teste di spiaggia a Kwajalein ed Eniwetok in anticipo degli sbarchi anfibi alleati e controllava le portaerei che operavano nelle Isole Marshall.
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