Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Durante l'occupazione tedesca nazista della Polonia
Durante la seconda guerra mondiale, le ricerche di Weigl attirarono l'attenzione dei nazisti. Quando hanno occupato Lviv, gli hanno ordinato di creare un impianto di produzione di vaccini contro il tifo presso il suo Istituto. Weigl assunse un certo numero di amici ebrei e colleghi nello stabilimento di produzione. Circa mille persone lavoravano lì. Weigl impiegò e protesse intellettuali polacchi, ebrei e membri della clandestinità polacca. Molte di queste persone lo assistevano nelle sue ricerche sul tifo e negli esperimenti sui pidocchi. Molti dei suoi associati ebrei aiutarono principalmente a nutrire i pidocchi e in cambio ricevettero cibo, protezione e dosi del vaccino quando fu completamente sviluppato. I suoi vaccini furono contrabbandati nei ghetti di Lviv e Varsavia, in vari campi di concentramento e persino in alcune prigioni della Gestapo. Si stima che Weigl sia stato in grado di salvare circa 5.000 vite durante il regno nazista. Il suo istituto fu successivamente chiuso dall'Unione Sovietica dopo la loro offensiva anti-tedesca del 1944.