Saleh è nato nel villaggio di Hafir Meshou, a nord di Dongola. Ha frequentato la scuola elementare di Al-Hafir, e successivamente si è trasferito alla scuola centrale di Al-Barqeeq per ricevere la sua istruzione mediterranea. Ha studiato alla scuola secondaria di Dongola dal 1964 al 1968. Si è laureato presso l'Accademia militare sudanese con il grado di tenente nel 1973. È stato comandante delle forze speciali dal 1985 al 1987 e di nuovo dal 1988 al 1989. Come ufficiale dell'esercito, Saleh ha partecipato alla rivolta militare del giugno 1989 che ha portato Omar al-Bashir al potere, e ha servito come membro del Consiglio di comando rivoluzionario per la salvezza nazionale, che ha governato il Sudan in seguito al colpo di stato. Saleh ha ricoperto posizioni di rilievo nelle agenzie di sicurezza sudanesi. È stato direttore del Servizio di sicurezza nazionale dal 1990 al 1995, ministro degli affari interni dal 1995 al 1998, primo ministro dal 1998 al 2000, primo ministro dal 2000 al 2005.
Primo vicepresidente