Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Dopo il primo campionato NFL dei Colts, la squadra ancora una volta ha registrato un record di 9 a 3 durante la stagione 1959 e ancora una volta ha sconfitto i Giants nella partita per il campionato NFL
per reclamare il loro secondo titolo nella moda back to back. Dopo i due campionati nel 1958 e 1959, i Colts non tornarono al campionato NFL per quattro stagioni e videro una transizione dall'allenatore Ewbank al giovane Don Shula nel 1963. Nella seconda stagione di Shula i Colts compilarono un record di 12 a 2, ma persero 27 a 0 contro i Cleveland Browns nel campionato NFL. Nel 1965 i Colts giocarono contro i Green Bay Packers in un playoff per determinare chi sarebbe andato alla partita del campionato NFL. I Colts erano in vantaggio di 10 a 7 sui Green Bay Packers con due minuti di gioco quando il calciatore dei Packers, Don Chandler, sembrava mancare a malapena un field goal. L'arbitro lo chiamò comunque buono, e i Packers vinsero la partita negli straordinari. L'errore ha precipitato cambiamenti alle regole: la NFL ha deciso che due arbitri avrebbero giudicato i futuri gol sul campo e che i pali verticali avrebbero dovuto essere sollevati di tre metri. Nel 1968 i Colts tornarono con la continua leadership di Unitas e Shula e vinsero il terzo campionato NFL dei Colts e fecero un'apparizione nel Super Bowl III. Nel 1968, Unitas venne ferito e sostituito da Earl Morrall che divenne il MVP della lega.