Scrivi una continuazione per questo paragrafo. E' stato nominato capitano nel marzo del 1805. Nel luglio 1805 ricommissionò il 22-gun per il servizio nel Mediterraneo, e nell'ottobre 1806 prese il comando del 36-gun. Elliot la comandò per i successivi sei anni e salpò per le Indie Orientali e la Cina il 15 febbraio 1807. L'8 ottobre 1808 inseguì e catturò la corvetta francese "Iéna" da 18 cannoni mentre si trovava nel Golfo del Bengala, e il 15 luglio 1809 le barche della "Modeste" e tagliò fuori la "Tuijneelar" da 8 cannoni nello Stretto di Sunda. Elliot poi ha preso parte alle operazioni per catturare Java
tra agosto e settembre 1811. Prese il comando della 38 cannoni nel 1813 e fu coinvolto nella soppressione dei pirati del Borneo nel mese di giugno. Le sue azioni durante queste campagne attirarono l'attenzione dei suoi superiori, così come il suo aiuto al colonnello McGregor nel ripristinare il sultano di Palembang. La fine delle guerre napoleoniche lo lasciò senza alcun comando, sebbene fosse in grado di assicurarsi un incarico al comando della HMS "Victory", servendo poi come guardia a Portsmouth dal 1o maggio 1827 al 24 gennaio 1832. Il suo servizio durante questo periodo ha fatto guadagnare a Elliot l'elogio del duca di Clarence, il futuro re Guglielmo IV.