Quando la Lituania fu occupata dall'Unione Sovietica nel giugno 1940, Aukštuolis insieme ad altri dignitari salutò Vladimir Dekanozov, vice di Vyacheslav Molotov, all'aeroporto di Kaunas. Rimase in Lituania anche se sua moglie fuggì in Argentina e usò i suoi contatti diplomatici per aiutare Martynas Yčas a fuggire a Berlino. Dopo l'acquisizione sovietica, Aukštuolis perse il suo lavoro presso il ministero, ma con una raccomandazione di Justas Paleckis (lavano insieme alla legazione lituana a Riga) ottenne un lavoro come insegnante di lingua russa presso la scuola secondaria n. 1 di Panevėžys. Era uno dei 17.500 lituani deportati in Siberia durante la deportazione di giugno
Nel 1941. Insieme a diversi altri importanti lituani, tra cui l'ex presidente Aleksandras Stulginskis e il ministro Stasys Šilingas, Aukštuolis finì a Kraslag nel Krasnoyarsk Krai. Nel 1942, lui e altri 16 lituani furono nuovamente arrestati e accusati di attività antisovietiche. L'NKVD raccomandò una condanna a morte, ma la condanna finale a 25 anni di carcere fu annunciata solo nel febbraio del 1952, quasi tre anni dopo la morte di Aukštuolis per tubercolosi e malnutrizione a Dubravlag.