Fairbourn fu assegnato all'incrociatore pesante USS "Chester" come ufficiale comandante del distaccamento dei Marines e fu promosso al grado di capitano nell'aprile del 1941. Era a bordo di quella nave, quando i giapponesi attaccarono Pearl Harbor nel dicembre del 1941 e successivamente prese parte alle azioni su Tulagi, nel Mare dei Coralli.
o a Midway.