Nel 1260 Baybars e il suo esercito mamelucco distrussero la chiesa durante il loro attacco a Nazareth. Nel 1730, un piccolo numero di francescani riuscì a rimanere a Nazareth fino alla caduta di Acre nel 1291. Nei tre secoli successivi, i francescani erano dentro e fuori Nazareth, a seconda della situazione politica locale, che era costantemente in movimento. I resoconti francescani di questo periodo documentano la loro espulsione nel 1363, il loro ritorno nel 1468 e un massacro di alcuni dei loro membri nel 1542. Le famiglie cristiane locali con il sostegno francescano hanno aiutato a prendersi cura della chiesa anche durante questo periodo. L'ammir Fakr ad-Din ha concesso ai francescani il permesso di tornare nel 1620, momento in cui hanno costruito una piccola struttura per racchiudere la grotta santa che è venerata come la casa di Maria. Nel 1730, Zahir al-Umar ha permesso la costruzione di una nuova chiesa cristiana, che è diventata una basilica centrale di Nazareth, a seconda della situazione politica locale, che era costantemente in movimento.
Nel 1954