Thomas è stato scambiato con i New York Islanders il 7 febbraio 2013, in cambio di una scelta condizionale del secondo round del draft nel 2014
o nel 2015. Prima dello scambio, i Bruins avevano sospeso Thomas per non essersi presentato al campo di addestramento. Thomas non ha giocato nessuna partita con l'organizzazione degli Islanders prima che il suo contratto venisse scaduto.