La sua prima competizione internazionale è stata il Campionato Mondiale Giovanile IAAF 2004, dove è arrivata quarta nelle sue classifiche. Kowalska ha vinto l'oro in steeplechase ai Campionati europei di atletica leggera U23 del 2005. Nel 2006, ha vinto un bronzo nella Coppa Europea
e ai Campionati europei di atletica leggera del 2006 ha registrato un record personale di 9:42.50 nelle qualifiche prima di finire nona nella finale. Ha rappresentato l'Europa nei 5000 metri alla Coppa del Mondo IAAF 2006 ad Atene, ma ha finito in ultimo posto. Ha corso ai Campionati europei di cross country del 2006 nella gara under-23 e, sebbene abbia finito nona, ha guidato la Polonia alla medaglia d'argento di squadra.