Completate la seguente frase: All'inizio della guerra civile americana, Jones si arruolò prontamente nell'esercito dell'Unione. Il 7 luglio 1861 si arruolò nel 37o New York Volunteers, popolarmente noto come "Irish Rifles", sotto il colonnello John H. McCunn. Inizialmente era un soldato ma si trovò rapidamente eletto al rango di secondo tenente dagli uomini del reggimento. Fu presente alla prima battaglia di Bull Run, solo due settimane dopo il suo arruolamento, ma non vide alcuna azione poiché l'unità era tenuta in riserva. Jones mostrò una "condotta galante" durante i suoi primi anni con il reggimento e presto salì in grado di primo tenente e aiutante il 4 novembre 1861 e poi maggiore il 21 gennaio 1862. Lui e gli "Irish Rifles" in seguito si unirono al III Corpo del generale Samuel P. Heintzelman, come parte della 3a Brigata della 3a Divisione sotto il generale di brigata Philip Kearny, durante la campagna della penisola e parteciparono a Williamsburg,
Seven Pines e la campagna dei sette giorni. Jones era anche presente quando il 37o New York Volunteers, allora collegato alla 3a Brigata della 1a Divisione del III Corpo, era alla Seconda Battaglia di Bull Run. Nel maggio e giugno, iniziò a soffrire di malaria e fu ricoverato in ospedale a Washington, DC il 26 settembre rimanendo lì fino alla fine di ottobre. Fu anche per un breve periodo ufficiale del maggiore generale Franz Sigel prima del pensionamento del generale Ambrose Burnside e della riorganizzazione dell'esercito del Potomac.