Il 6 maggio, Mary e Bothwell tornarono a Edimburgo e il 15 maggio, sia al Holyrood Palace che all'Abbazia di Holyrood, si sposarono secondo i riti protestanti. Entrambi i signori Mary e John Gordon, che erano la sorella di Lord Huntly, avevano divorziato dodici giorni prima. Originariamente Mary credeva che molti nobili avessero sostenuto il suo matrimonio, ma le relazioni tra il nuovo nobile Bothwell (creato Duca di Orkney) e i suoi coetanei si sono rapidamente deteriorate, e il matrimonio si è rivelato essere profondamente impopolare.
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