Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Il 5 novembre 1981, Papa Giovanni Paolo II nominò Micallef come terzo Vicario Apostolico del Kuwait. Fu consacrato dal Papa stesso nella festa dell'Epifania del 1982. Il 15 gennaio dello stesso anno, fu ufficialmente insediato come Vicario Apostolico del Kuwait e Vescovo titolare di Tinis in Proconsulari. Micallef rimase a Kuwait City durante l'invasione irachena del 1990
, uno dei pochi occidentali a farlo.