La fine del 1798 e l'inizio del 1799 segnò l'inizio della guerra della Seconda Coalizione. Nel giro di un anno dalla sua formazione, la Legione era diventata di circa 10.000 uomini. Tuttavia, la nuova serie di lotte si rivelò molto più difficile, poiché la coalizione anti-francese avanzò sull'Italia, ora priva delle unità francesi d'élite che erano con Napoleone in Egitto. Nel complesso, il 1799 vide le Legioni subire perdite significative. A metà del 1799, la Prima Legione sotto il comando del generale Dąbrowski combatté contro i russi a Trebbia (17-19 giugno 1799), dove subì pesanti perdite (solo due dei cinque battaglioni sopravvissero alla battaglia e Dąbrowski fu ferito). I legionari polacchi combatterono anche nella battaglia di Novi (15 luglio 1799) e nella seconda battaglia di Zurigo
26 settembre.