Il 31 agosto 2015, Ljajić ha firmato per l'Internazionale in prestito per tutta la stagione, con l'Inter che paga alla Roma 1,75 milioni di euro e include un'opzione per rendere il trasferimento permanente alla fine della stagione.
per 11 milioni di euro. Il 1 dicembre 2015, Ljajić ha segnato il suo primo gol con l'Inter in una sconfitta 2-1 contro il Napoli.