Completa la seguente frase: Dopo il pensionamento, Ishii è diventato allenatore dei Kashima Antlers nel 1999. Ha servito principalmente come allenatore fisico. Nel luglio 2015, il manager Toninho Cerezo è stato licenziato e Ishii è diventato un nuovo manager. È stato il manager giapponese del club per la prima volta in 21 anni da Masakatsu Miyamoto nel 1994 (tranne il caregiver Takashi Sekizuka nel 1998 e 1999). Nell'ottobre, il club ha vinto la Champions 2015 J.League Cup. Nel 2016, il club ha vinto la Champions J1 League e si è qualificato per
Coppa del Mondo dei Club 2016. È stato anche eletto manager dell'anno della J.League. Alla Coppa del Mondo dei Club, il club è diventato la prima squadra asiatica a raggiungere la finale della Coppa del Mondo dei Club. Nella finale, dopo un pareggio di 2 a 2 contro i campioni europei del Real Madrid dopo 90 minuti, sono stati sconfitti 4 a 2 dopo i tempi supplementari. Tuttavia, le prestazioni del club nel 2017 sono state pessime, e fu licenziato nel maggio 2017.