Simeone ha portato l'Atlético alla seconda vittoria della Europa League nei tre anni dalla sua creazione, battendo l'Athletic Bilbao 3 a 0 nella finale del 9 maggio 2012 alla National Arena di Bucarest con Radamel Falcao due volte e Diego come marcatore. Ancora una volta, vincendo l'Europa League, si sono qualificati per la Supercoppa UEFA 2012
contro il Chelsea, vincitore della Champions League della stagione precedente, giocata allo Stade Louis II di Monaco il 31 agosto 2012; l'Atlético ha vinto 4 a 1, tra cui un hat-trick di Falcao nel primo tempo. Il 17 maggio 2013, l'Atlético ha battuto il Real Madrid 2<unk>1 nella finale della Copa del Rey in una partita tesa in cui entrambe le squadre hanno finito con 10 uomini. Questo pose fine a una striscia di 14 anni e 25 partite senza vittorie nel derby di Madrid. La stagione 2012-13 ha visto il club finire con tre trofei in poco più di un anno.