Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Nel 1900, Ōkubo fu promosso tenente generale e capo di stato maggiore dell'Ispettorato generale dell'addestramento militare. Nel maggio 1902, divenne comandante della 6a divisione di fanteria IJA. Durante la guerra russo-giapponese, la 6a divisione di fanteria IJA fu assegnata alla Seconda Armata giapponese, ma dopo la battaglia di Shaho
Fu trasferito alla Quarta Armata giapponese prima della Battaglia di Mukden. Dopo la guerra, fu insignito dell'Ordine del Sole Levante, 1a classe e dell'Ordine del Kite d'Oro, 2a classe. Nel luglio del 1906 fu trasferito al comando della 3a divisione dell'IJA e nel settembre del 1907 fu elevato alla nobiltà "kazoku" con il titolo di "danshaku" (barone).