Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Uno di un gruppo di tre, conosciuti come "Benjamin di Thugut" (assistenti di fiducia del ministro degli Esteri Johann Amadeus Francis de Paula, barone di Thugut, durante la campagna del 1799, Weyrother ha servito come capo di stato maggiore del Feldzeugmeister Pál Kray, dove si è distinto a Legnago (26 marzo), Magnano (5 aprile) e, ora in qualità di ufficiale di collegamento con il maresciallo russo Alexander Suvorov, a Novi
15 agosto. Ha poi pianificato l'epica marcia delle truppe russe sotto Alexander Suvorov attraverso il passo di San Gottardo. Promosso a "Oberst" (colonnello) il 5 febbraio 1800, Weyrother ricevette il comando del reggimento di fanteria n. 7 "Schröder", che faceva parte dell'esercito in Germania sotto Pál Kray, ma un'ulteriore ferita e le tensioni della campagna lo portarono a lasciare l'esercito per recuperare. Richiamato nell'autunno del 1800, l'imperatore Francesco II lo assegnò come capo di stato maggiore all'arciduca Giovanni d'Austria, diciottenne, nuovo comandante dell'esercito in Baviera, e al suo "Adlatus" (consigliere capo) Franz von Lauer. Credendo che l'esercito francese di Jean Moreau fosse in ritirata, Weyrother organizzò un inseguimento aggressivo attraverso un terreno densamente boscoso da quattro colonne non mutuamente supportanti. Invece, Moreau rimase fermo, organizzò un'imboscata e avvolse il fianco sinistro austriaco. La conseguente battaglia di Hohenlinden si rivelò una catastrofe per gli austriaci, ponendo fine alla guerra della Seconda Coalizione. Tuttavia, Weyrother fu nominato consigliere militare del nuovo ministro degli Esteri, il conte Ludwig Cobenzl, nei negoziati successivi all'armistizio di Steyr, che portò alla pace di Luneville nel 1801.