Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Badoer è tornato in Formula Uno nel 2004, di nuovo con il team Minardi. A Melbourne, Badoer ha corso fino al quinto posto ad un certo punto fino a quando i problemi del cambio lo hanno costretto a ritirarsi con 15 giri prima della fine. Prima del Brasile, ha subito un incidente di prova che lo ha lasciato con una mano rotta. Stéphane Sarrazin ha preso il suo posto per la gara. E'tornato per Imola.
con la mano che continuava a causare problemi, ma riuscì a finire ottavo. Ha sofferto di problemi al cambio e ha fatto un giro a Monaco e in Spagna. Nel mese di luglio, il pilota numero uno della Ferrari Michael Schumacher si è rotto la gamba in un incidente al Gran Premio di Gran Bretagna a Silverstone. In qualità di pilota di prova della Ferrari, Badoer si aspettava di essere promosso al posto di guida in assenza di Schumacher, ma la squadra ha optato per Mika Salo, suscitando le critiche dell'ex pilota della Ferrari Jean Alesi, che aveva rifiutato la posizione. La sua migliore occasione per segnare punti è arrivata nel caotico Gran Premio d'Europa del 1999, solo per il guasto del cambio che lo ha portato fuori 13 giri dalla fine quando correva in quarta posizione; il compagno di squadra Marc Gené è stato promosso al sesto posto come risultato (finirà lì per segnare il punto ampiamente ritenuto il fattore decisivo nel Campionato Piloti del 1999, tenendo fuori Eddie Irvine della Ferrari dopo che Mika Häkkinen della McLaren lo aveva superato a seguito di un guasto della macchina che ha portato Jacques Villeneuve fuori dalla quinta posizione). Badoer era cosi' sconvolto che ha pianto dopo essere sceso dall'auto.