Quando Hotze prese le armi contro i francesi in Svizzera, il governo rivoluzionario svizzero a Berna gli revocò la cittadinanza svizzera. Per gli alleati della Coalizione, tuttavia, le sue radici svizzere lo rendevano un emissario ideale tra Vienna e i simpatizzanti della Confederazione in Svizzera. Lavorò con William Wickham e un colonnello Williams, un inglese in servizio austriaco, per stabilire la Flotta del Bodensee (Lago di Costanza). Come Feldmaresciallo tenente, comandò 15.000 soldati nel Vorarlberg contro l'esercito francese della Svizzera, comandato da André Masséna. Dopo aver fortificato Feldkirch, ha sopraffatto la fortezza di St. Luzisteig, un importante passo (elevazione: ) nel Cantone dei Grigioni che collega la Confederazione svizzera e il Liechtenstein. Poi, rendendosi conto che l'esercito francese principale aveva attraversato il Reno e si era spostato a nord del lago di Costanza, riorganizzò le difese di Feldkirch e delegò il comando a Franjo Jelačić, un abile ufficiale e comandante. Hotze prese 10.000 dei 15.500 soldati designati per la difesa del Vorarlberg verso il Lago di Costanza, con l'intenzione di sostenere l'ala sinistra dell'arciduca Carlo nelle battaglie di Ostrach
e, pochi giorni dopo, Stockach. Anche se le sue forze non arrivarono in tempo per partecipare alle battaglie, la minaccia del loro arrivo in attesa influenzò la pianificazione francese. In sua assenza, i 5.500 uomini di Jellacic affrontarono 12.000 sotto il comando dei generali di divisione Jean-Joseph Dessolles e Claude Lecourbe, infliggendo enormi perdite (3000) ai francesi mentre soffrivano perdite minime (900) delle loro.