Villalobos è stato uno dei principali leader dell'Ejército Revolucionario del Pueblo, un gruppo che è emerso in El Salvador nei primi anni '70 come una federazione sciolta di cellule con radici in vari gruppi marxisti e cattolici di sinistra. L'ERP è stata una delle cinque organizzazioni che si sono unite nel 1980 per formare il Fronte di Liberazione Nazionale Farabundo Martí durante la guerra civile salvadoregna.
, in cui guerriglieri di sinistra hanno combattuto contro il governo di destra di El Salvador, dominato dai militari e sostenuto dagli Stati Uniti. Studente di economia e attivista di sinistra, Villalobos si unì all'ERP nel 1971, all'età di 19 anni. Da allora è stato accusato di essere coinvolto nell'omicidio del 1975 di Roque Dalton, il poeta rivoluzionario e collega leader dell'ERP che è stato ucciso dai suoi compagni dopo una lotta per il potere nel gruppo che ha portato ad accuse di essere una spia della CIA. All'epoca, l'omicidio portò a divisioni e recriminazioni all'interno dell'ERP e critiche da parte di altri di sinistra, ma dopo il 1980 Villalobos divenne uno dei principali strateghi militari dell'FMLN. L'ERP sotto la sua guida è stata descritta come "l'organizzazione militare più efficiente della sinistra salvadoregna" durante la guerra civile, con Villalobos che ha sviluppato una "reputazione di brillantezza strategica impetuosa". Il Financial Times descrisse Villalobos come "il vero maestro della guerriglia latinoamericana del XX secolo", al di sopra di Che Guevara.