Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Con la nazionale ha partecipato alla Coppa del Mondo FIFA 2018 e ha giocato a due tornei della Copa América: il Centenario
e Brasile 2019, quest'ultimo dei quali ha aiutato a finire secondo. Dopo aver segnato 13 gol in 51 presenze, Flores è il terzo miglior marcatore del Perù.