Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Con l'inizio della seconda guerra mondiale nel 1939, l'Istituto di istruzione speciale fu chiuso e Grzegorzewska iniziò a lavorare come infermiera in un ospedale militare gestito dalla Croce Rossa polacca. Tra il 1939 e il 1944 insegnò alla Scuola Speciale n. 177 di Varsavia e partecipò al sistema educativo clandestino. Attiva nel movimento di resistenza polacco, distribuì armi e opuscoli; si unì a Żegota, fornendo assistenza "meritevole" agli ebrei; e partecipò a nascondere gli ebrei per salvarne la vita. Ha servito come membro della pattuglia sanitaria di Ochota durante la rivolta di Varsavia. Durante la rivolta, la sua casa fu distrutta, e in essa, manoscritti inediti di due dei suoi libri, secondo volume di "Psicologia dei sordi" (), primo volume pubblicato nel 1930) e "Personalità dell'insegnante" (). Dopo la liberazione della Polonia
Nel 1945, Grzegorzewska riattivò l'Istituto di istruzione speciale, che era stato distrutto durante il conflitto. Riconoscendo che il 30% degli insegnanti era morto in guerra, ha avviato programmi per aiutare a formare rapidamente nuovi insegnanti. Il sindacato degli insegnanti polacchi è stato ristabilito e ha iniziato la ricerca per valutare i programmi educativi esistenti, lo status socio-economico degli insegnanti e il ruolo delle scuole nelle loro comunità, tra gli altri argomenti.