Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Il 9 settembre 1939, Wejherowo fu catturato dalla Wehrmacht. Dopo l'invasione della Polonia, che segnò l'inizio della seconda guerra mondiale, Wejherowo fu annessa dalla Germania nazista e fu amministrata come parte del Regierungsbezirk Danzig nella provincia di Reichsgau Danzica-Prussia Occidentale. La maggior parte della comunità ebraica della città fu assassinata dai nazisti durante l'occupazione.
, mentre molti polacchi locali sono stati anche vittime della politica di sterminio nazista.