Durante l'invasione tedesca della Polonia, che iniziò la seconda guerra mondiale, l'"Einsatzgruppe I" entrò a Bielsko-Biała nella prima metà di settembre 1939 per torturare, saccheggiare e uccidere gli ebrei. Durante la guerra Bielsko-Biała fu annessa e occupata
dalla Germania nazista. Nel 1939 i tedeschi arrestarono diversi insegnanti e direttori polacchi che furono poi deportati nei campi di concentramento nazisti e lì uccisi. Un carcere per i polacchi era gestito dai tedeschi a Bielsko-Biała. Molti dei suoi abitanti ebrei furono uccisi nel vicino campo di sterminio di Auschwitz. Meno di 1000 della comunità ebraica di Bielsko-Biala di quasi 8000 sopravvissero alla guerra. Dopo la sconfitta della Germania nazista nel 1945, la rimanente popolazione tedesca fuggì verso ovest o fu espulsa. La città fu polonizzata e gradualmente ripopolata da coloni polacchi.