I capi del Clan Menzies si opposero alle politiche di Giacomo VII di Scozia (II d'Inghilterra). Quando Giacomo fu costretto a lasciare il trono nel 1688, i capi di Menzies sostennero Maria II d'Inghilterra e il principe Guglielmo d'Orange. Tuttavia il clan fu di nuovo diviso quando il maggiore Duncan Menzies di Fornock guidò i suoi uomini nella carica delle Highlands nella battaglia di Killiecrankie.
in cui hanno sconfitto le truppe governative. Tra le truppe governative a Killiecrankie c'erano centinaia di loro parenti del Perthshire, che avevano formato la Independent Highland Company. La Compagnia Indipendente Menzies combatté successivamente nella battaglia di Cromdale nel 1690, dove i giacobiti furono sconfitti.