Nella stagione successiva, Nesta ha sconfitto la sua ex squadra Lazio per conquistare la Supercoppa Italiana 2004.
- No, no. Il Milan ha anche raggiunto la finale della Champions League nel 2005, perdendo contro il Liverpool ai rigori, mentre in Serie A, ha finito dietro i campioni della Juventus. Nonostante il secondo posto sia in Serie A che in Champions League, Nesta è stato eletto per la prima volta nella sua carriera nella FIFPro World XI del 2005, per le sue prestazioni.