Con l'eccezione del Gran Premio d'Australia, in cui entrambi i piloti Ferrari hanno avuto delle pessime sessioni di qualificazione, Berger è stato tra i primi quattro in qualifica e gare in tutti i restanti Gran Premi, ma la scarsa affidabilità e gli incidenti hanno fatto sì che abbia terminato solo tre gare per tutto l'anno (a metà stagione il problema con la trasmissione semiautomatica è stato riscontrato come non sufficiente potenza dalla batteria che è stata corretta con l'aiuto dello sponsor della squadra, gli esperti elettrici Magneti Marelli). I suoi primi punti dell'anno non arrivarono fino a quando non finì al secondo posto nel dodicesimo round del Gran Premio d'Italia. Ha vinto la gara successiva in Portogallo, che è stata oscurata dall'incidente che ha coinvolto Mansell e Senna, e poi è arrivato secondo nella gara successiva in Spagna. Queste gare furono infatti i suoi unici punti segnati per l'anno, ma furono comunque sufficienti per dargli il settimo posto nel campionato dopo essere stato terzo nel 1988. Il miglioramento della forma da parte della Ferrari è arrivato troppo tardi. Al Gran Premio di Gran Bretagna
fu annunciato che Alain Prost avrebbe lasciato la McLaren alla fine della stagione per unirsi alla Scuderia mentre Berger decise di firmare per la McLaren che, con i loro motori Honda V10, era all'epoca la squadra migliore e più veloce nelle gare di Gran Premio.