Dopo aver ricevuto una laurea da Fisk, ha frequentato l'Harvard College (che non ha accettato crediti di corso da Fisk) dal 1888 al 1890, dove è stato fortemente influenzato dal suo professore William James, prominente nella filosofia americana. Bois ha pagato il suo percorso di tre anni a Harvard con soldi di Nashville, Tennessee, da 1885 a 1888. Il suo viaggio e la residenza nel Sud è stata la prima esperienza di Du Bois con il razzismo meridionale, che all'epoca comprendeva le leggi Jim Crow, il bigottismo, la soppressione del voto nero e i linciaggi; quest'ultimo ha raggiunto un picco nel decennio successivo. Dopo aver ricevuto una laurea da Fisk, ha frequentato l'Harvard College (che non ha accettato crediti di corso da Fisk) dal 1888 al 1890, dove è stato fortemente influenzato dal suo professore William James, prominente nella filosofia americana.
Gustav von Schmoller, Adolph Wagner e Heinrich von Treitschke