Scrivi una continuazione per questo paragrafo - In seguito all'invasione tedesca della Polonia, che iniziò la seconda guerra mondiale nel settembre 1939, la "SS-Totenkopf-Standarte Brandenburg" entrò nella città per commettere vari crimini contro la popolazione. Già alla fine di settembre 1939, i tedeschi assassinarono gli ostaggi polacchi di Kłodawa nella vicina foresta di Rzuchów, e uno dei sindaci di pre-guerra, Władysław Zalewski, fu assassinato nel novembre 1939 a Środa Wielkopolska. Durante l'occupazione della Germania nazista
, la città fu ribattezzata "Tonningen" (1940 <unk> 1945). Già nel 1940, il movimento di resistenza clandestino polacco si formò nella città e fu organizzata anche una scuola polacca segreta. Nel 1941, più di 1.500 ebrei di Kłodawa furono uccisi dai nazisti nel campo di sterminio di Chełmno. Nel 1943, i tedeschi arrestarono alcuni dei membri della resistenza polacca locale, che furono poi condannati a morte o alla prigione. Il parroco di Kłodawa, padre Teofil Choynowski, fu ucciso nel campo di concentramento di Dachau nel 1943. Kłodawa fu infine liberata il 19 gennaio 1945 dall'Armata Rossa e restituita alla Polonia.