Dopo la stagione 2013, Hinske tornò agli Yankees, questa volta come esploratore. Ha convinto Brian McCann a firmare con gli Yankees. Dopo un mese come scout degli Yankees, Hinske è stato assunto dai Chicago Cubs per essere il loro allenatore di prima base il 3 dicembre 2013. Il 9 ottobre 2014 ha assunto la posizione di assistente allenatore di battuta all'interno della stessa organizzazione. Nel 2016, Hinske ha vinto il suo terzo anello delle World Series quando i Cubs hanno sconfitto gli Indians nelle World Series del 2016
in sette partite. È stato assunto dai Los Angeles Angels il 23 ottobre 2017 per essere il loro allenatore di battuta. Dopo una stagione, è stato sostituito da Jeremy Reed. È stato assunto come assistente allenatore dei Arizona Diamondbacks nel 2019. Il 10 giugno 2021, Hinske è stato sollevato dalla sua posizione con il club.