Dopo la fine della guerra Hirszfeld e sua moglie tornarono a Varsavia, dove fondarono un istituto di siero modellato sull'Ehrlich Institute for Experimental Therapy di Francoforte. Divenne presto vice direttore e capo scientifico dell'Istituto di Igiene dello Stato di Varsavia e, nel 1924, professore. Nel 1931 fu nominato professore ordinario all'Università di Varsavia e prestò servizio in molti consigli internazionali. Dopo l'occupazione della Polonia
Hirszfeld fu licenziato dall'Istituto di Igiene come "non ariano" dall'esercito tedesco, ma, grazie alla protezione di amici, riuscì a svolgere ulteriori lavori scientifici a casa fino al febbraio 1941; era, tuttavia, quasi impossibile per lui pubblicare.