Nel novembre 1777, la legislatura del New Jersey nominò Boudinot come uno dei loro delegati al Secondo Congresso Continentale.
- No, no. I suoi doveri come commissario gli impedirono di partecipare, così nel maggio 1778 si dimise. All'inizio di luglio era stato sostituito e partecipò alla sua prima riunione del Congresso il 7 luglio 1778. Come delegato, continuò a preoccuparsi del benessere dei prigionieri di guerra. Il suo primo mandato terminò quell'anno.