Durante la stagione 2013/14 ha giocato nella DFL-Supercup 2013 contro il Borussia Dortmund, la Supercoppa UEFA
contro il Chelsea, e due partite nella Coppa del Mondo dei Club FIFA; la prima contro il Guangzhou Evergrande e la seconda contro il Raja Casablanca. Il 2 dicembre 2013, Alaba ha firmato un nuovo contratto con il Bayern Monaco, che scadrebbe nel 2018. Il 20 dicembre, Alaba è stato nominato calciatore austriaco dell'anno per il terzo anno consecutivo. Nel gennaio 2014, Alaba è stato nominato come difensore sinistro nella squadra UEFA dell'anno 2013 per la prima volta.