Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Dopo la morte del re Enrico (31 gennaio 1580), Francesco del Portogallo fu uno dei pochi membri dell'alta aristocrazia a sostenere attivamente "Dom" António come re del Portogallo. Fu nominato dal nuovo re come suo Contable, e parteciparono insieme alla battaglia di Alcântara (1580)
, che difendeva Lisbona dagli eserciti spagnoli, guidati dal duca d'Alba.