Laveran è stato insignito del Premio Bréant dell'Accademia francese delle scienze nel 1889 e della Medaglia Edward Jenner della Royal Society of Medicine nel 1902 per la sua scoperta del parassita malarico. Ha ricevuto il Premio Nobel per la fisiologia o la medicina nel 1907. Ha dato metà del premio per la fondazione del Laboratorio di medicina tropicale presso l'Istituto Pasteur. Nel 1908 ha fondato la Société de pathologie exotique, che ha presieduto per 12 anni. È stato eletto membro dell'Accademia francese delle scienze nel 1893 e è stato conferito Comandante dell'Ordine nazionale della Legione d'onore nel 1912. È stato Direttore onorario dell'Istituto Pasteur nel 1915 per il suo 70 ° compleanno. È stato eletto Presidente dell'Accademia francese di medicina nel 1920. Il suo lavoro è stato commemorativamente premiato su un francobollo filateco emesso dall'Algeria nel 1954.
Premio Nobel per la fisiologia o la medicina