Sotto il nuovo allenatore del Napoli Maurizio Sarri, Hamšík è tornato a giocare come centrocampista centrale a sinistra nel centrocampo a tre giocatori del Napoli per la stagione 2015-16, che ha descritto come il suo ruolo preferito. Il 23 agosto 2015, Hamšík ha segnato il gol di apertura in una sconfitta di 2 a 1 contro il Sassuolo nella partita di apertura della stagione di Serie A
- No, no. Il 17 settembre, ha segnato in una vittoria per 5 a 0 contro il Club Brugge nella fase a gironi dell'Europa League. Il 6 gennaio 2016 ha fatto la sua 300esima apparizione in Serie A, segnando in una vittoria a casa 2 a 1 contro il Torino. Nella partita di campionato successiva, il 10 gennaio, fece la sua 300a apparizione in Serie A per il Napoli in una vittoria in trasferta 5-1 contro il Frosinone, mentre il Napoli terminò la prima metà della stagione come "campioni invernali" non ufficiali. Ha segnato l'occasione segnando un gol, il suo 80 ° in Serie A, tutti segnati con il Napoli.