Berger ha anche consigliato il Presidente riguardo l'attentato alle torri di Khobar e le risposte al terrorismo
bombardamenti delle ambasciate americane in Kenya e Tanzania. Negli ultimi anni dell'amministrazione Clinton, la lotta al terrorismo era la priorità assoluta della politica estera; Berger ha detto nella sua intervista di storia orale del marzo 2005 al Miller Center dell'UVA: "Ho detto a Condoleezza Rice durante la transizione... che la questione numero uno che avrebbe affrontato come consigliere per la sicurezza nazionale era il terrorismo in generale e al-Qaeda in particolare".