Dopo Gettysburg, Munsell prese parte alla battaglia di Kelly's Ford, alla battaglia di Mine Run
, e la battaglia di Manassas Gap. Ha poi ricevuto un congedo prolungato per frequentare la Free Military School a Washington, D.C., da cui è uscito come primo tenente. Riunì poi il suo reggimento e prese parte alla battaglia di Cold Harbor, all'assedio di Petersburg e alla seconda battaglia di Deep Bottom. Nell'ultima battaglia, Munsell fu catturato e tenuto prigioniero di guerra fino al suo rilascio nel 1865. Tornò alla sua compagnia ancora una volta, questa volta come Capitano.