Secondo alcune fonti, Mohéli è tornato al controllo del governo nel 1998. Nel 1999, Anjouan ha avuto conflitti interni e il 1° agosto di quell'anno, il primo presidente ottantenne Foundi Abdallah Ibrahim si è dimesso, trasferendo il potere a un coordinatore nazionale, Abe Said. Il governo è stato rovesciato in un colpo di stato da esercito e ufficiali navali il 9 agosto 2001. Mohamed Bacaré è presto salito alla guida della giunta che ha preso il controllo e alla fine del mese è stato il leader del paese. Nonostante i due tentativi di riconciliazione, l'Unione Africana sta attualmente negoziando per effettuare una riconciliazione.
Il 1997