Come la guerra era finita, le organizzazioni comuniste furono legalizzate, e Pekkala fu rieletto al Parlamento nelle elezioni parlamentari del 1945 in rappresentanza della Lega Democratica Popolare Finlandese. Nel 1945-1946 fu ministro dell'Istruzione e nel 1946-1948 ministro della Giustizia. Nel 1946-1947, Pekkala fu membro del tribunale speciale dei processi di guerra.
stabilito dagli Alleati. Pekkala lasciò la politica nel 1948 e diresse uno studio legale a Helsinki fino alla sua morte nel settembre 1956.