Nel gennaio del 1964 si verificò un ammutinamento presso la caserma militare di Jinja, seconda città dell'Uganda e sede del 1 ° battaglione dell'esercito ugandese. Ci furono ammutinamenti simili in altri due stati dell'Africa orientale; tutti e tre i paesi chiesero il sostegno delle truppe dall'esercito britannico. Prima che arrivassero, tuttavia, Obote inviò il suo ministro della difesa Felix Onama a negoziare con gli ammutinati. Onama fu tenuto in ostaggio e accettò molte richieste, tra cui aumenti salariali significativi per l'esercito e la rapida promozione di molti ufficiali, compreso il futuro presidente. Nel 1965 i keniani erano stati esclusi dalle posizioni di leadership all'interno del governo, e questo fu seguito dalla rimozione di massa dei keniani dall'Uganda nel 1969, sotto la guida di Obote. Nel marzo del 1967, Obote fu arrestato con un complotto di contrabbando in esilio federale, con Idi Amin, vice presidente dell'esercito ugandese, e il suo stesso arrestato quando il presidente Obote si rivoltò contro il
ha sospeso la costituzione e si è dichiarato presidente nel marzo 1966,