Con l'inizio della Guerra dei Trenta Anni nel 1618, tuttavia, la ricchezza intellettuale e fiscale dell'università declinò. Nel 1622, l'allora famosa Bibliotheca Palatina (la biblioteca dell'università) fu rubata dalla Cattedrale Universitaria e portata a Roma. Gli sforzi di ricostruzione successivamente furono sconfitti dalle truppe del re Luigi XIV, che la distrussero quasi completamente nel 1693. Come conseguenza della tarda Controriforma, l'università protestante perse il suo carattere e fu canalizzata da personaggi come Paul Schede, Jan Gruter, Martin Opitz e Matthäus Merian. Nel 1735, però, con l'inizio della Guerra dei Trenta Anni nel 1618, la ricchezza intellettuale e fiscale dell'università declinò.
la ricchezza intellettuale e fiscale dell'università è diminuita