Nel 1958, Alam entrò a far parte della Commissione per l'energia atomica del Pakistan come ricercatore, e fu diretto a unirsi all'Istituto di scienza e tecnologia nucleare (PINSTECH), il sito del laboratorio nazionale a Nilore, nel 1970. Durante la guerra con l' India
Nel 1971, Alam si interessò al calcolo e alla matematica, scrivendo brevemente un programma per computer mentre lavorava a problemi relativi alla logica e alla matematica. Alam ha contribuito alla creazione del dipartimento di informatica presso l'Istituto di Scienza e Tecnologia Nucleare prima di trasferirsi alla Divisione di Fisica.