Durante la seconda guerra dello Schleswig del 1864, Werner comandò una corvetta contro le forze navali danesi. Werner combatté con distinzione nella battaglia di Jasmund.
, sotto il comando di Eduard von Jachmann; La nave di Werner,, fu gravemente danneggiata durante l'impegno e il suo equipaggio subì 13 vittime. I danesi bloccarono con successo il tentativo prussiano di sfondare il blocco danese e li costrinsero a tornare a Swinemünde. Werner e il resto della flotta stazionata lì rimasero in porto per il resto della guerra.