Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Durante la guerra civile russa, Malyshev si unì all'Armata Rossa nel marzo 1919 e fu inviato alla 7a divisione di fucilieri, con la quale servì come capo del distaccamento di mitragliatrici del 30o e 58o reggimento di fucilieri. La divisione fu inviata al fronte orientale con la 2a Armata, combattendo contro le forze di Kolchak nelle battaglie nell'area di Votkinsk e nella cattura di Votkinsk e Izhevsk. Nell'estate del 1919 la divisione fu inviata sul fronte meridionale, dove combatté contro le forze armate della Russia meridionale nella zona di Oboyan e Sudzha. In autunno la divisione combatté nell'operazione Orel-Kursk.
e la cattura di Dmitrovsk, e nel gennaio 1920 nella soppressione della resistenza anti-sovietica nell'area di Glukhov, Putivyl e Konotop. Nell'aprile Malyshev fu nominato vice comandante per il personale del 58o reggimento di fucilieri, combattendo nella guerra polacco-sovietica sul fronte occidentale, poi nella soppressione delle forze di Stanisław Bułak-Bałachowicz nella zona di Ovruch e dei makhnovisti nel governatorato di Poltava. Per essersi distinto in battaglia, Malyshev fu insignito dell'Ordine della Bandiera Rossa nel maggio 1920.