Nel 1929, Khomeini sposò Khadijeh Saqafi, la figlia di 16 anni di un religioso di Teheran. Secondo tutti i resoconti il loro matrimonio fu armonioso e felice. Morì nel 2009. Avevano sette figli, anche se solo cinque sopravvissero all'infanzia. Le sue figlie si sposarono tutte in famiglie mercantili o clericali, e entrambi i suoi figli entrarono nella vita religiosa. Mostafa, il figlio maggiore, morì nel 1977 mentre era in esilio a Najaf, in Iraq con suo padre e fu ritenuto dai sostenitori di suo padre di essere stato assassinato dal SAVAK. Ahmad Khomeini, che morì nel 1995 all'età di 50 anni, fu anche ritenuto vittima di un gioco sporco, ma per mano del regime.
Khadijeh Saqafi