Nel corso degli anni '90, dopo la guerra del Golfo, gli attacchi terroristici hanno avuto un impatto importante sulle forze del CENTCOM. Di fronte ad attacchi come il bombardamento delle torri di Khobar del 1996, che uccise 19 aviatori americani, il comando lanciò l'operazione Desert Focus, progettata per trasferire le installazioni statunitensi in posizioni più difendibili (come la base aerea Prince Sultan), ridurre l'impronta degli Stati Uniti eliminando gli alloggi non essenziali e restituire i dipendenti negli Stati Uniti. Nel 1998 i terroristi hanno attaccato le ambasciate statunitensi in Kenya e in Tanzania, uccidendo 250 persone, tra cui 12 americani. L'attacco dell'ottobre 2000 alla USS Cole
, che ha provocato la morte di 17 marinai americani, era legato all'organizzazione di Osama bin Laden, Al Qaeda.