Dopo la morte dell'arciduca Ernesto d'Austria nel 1595, Alberto fu inviato a Bruxelles per succedere al fratello maggiore come governatore generale dei Paesi Bassi asburgici. Entrò a Bruxelles l'11 febbraio 1596. La sua prima priorità era ripristinare la posizione militare della Spagna nei Paesi Bassi. La Spagna affrontava le forze combinate della Repubblica olandese, dell'Inghilterra e della Francia e non aveva conosciuto altro che sconfitte dal 1590. Durante la sua prima stagione di campagna, Alberto sorprese i suoi nemici catturando Calais e la vicina Ardres dai francesi e Hulst dagli olandesi. Questi successi furono tuttavia compensati dal terzo fallimento della corona spagnola più tardi quell'anno. Di conseguenza, il 1597 fu segnato da una serie di disastri militari. Lo stadtholder Maurizio d'Orange conquistò le ultime roccaforti spagnole rimaste a nord dei grandi fiumi, così come la città strategica di Rheinberg nell'elettorato di Colonia. Tra il 13 maggio e il 25 settembre 1597, gli spagnoli, che avevano inviato un grande esercito a marzo, avevano catturato facilmente la città di Amiens con un inganno. Alla fine l'esercito spagnolo delle Fiandre perse Amiens.
nel settembre dello stesso anno ad Enrico IV di Francia nonostante i disperati sforzi di Albert e Ernst von Mansfeld. Senza più soldi per pagare le truppe, Albert dovette affrontare anche una serie di ammutinamenti.