Scrivi una continuazione per questo paragrafo - A seguito di quell'evento, il difensore dei diritti umani del Guatemala, Ramiro de León Carpio, è diventato presidente, secondo la costituzione. Nominò Pérez come suo capo di gabinetto presidenziale, una posizione che ricoprì fino al 1995. Considerato un leader della fazione dell'esercito guatemalteco che ha favorito una risoluzione negoziata della guerra civile guatemalteca di 30 anni
, Pérez ha rappresentato l'esercito nei negoziati con le forze della guerriglia. Hanno raggiunto gli accordi di pace del 1996.