Scrivi una continuazione per questo paragrafo - La maggior parte della sua produzione compositiva risale al suo ritorno in Italia, e solo una manciata di composizioni di dubbia attribuzione risalgono alla sua permanenza in Germania. Il suo genere principale era il balletto, tuttavia è difficile formulare un giudizio sulla qualità della sua produzione, poiché la maggior parte della sua musica non è sopravvissuta e sono noti pochi giudizi critici della sua epoca. Tra il 1775 e il 1777 scrisse sei balletti, e nel 1778 due balletti per il Teatro Comunale di Firenze e un'opera per Stoccarda. Nel 1779 divenne maestro di concerto e direttore del Teatro alla Scala, posizione che mantenne per 23 anni. Tra il 1783 e il 1788 scrisse sette balletti per la Scala, e nello stesso periodo fu anche concertista al Pio Istituto de' Professori di Musica. Nel 1797, sotto l'occupazione francese
, ha scritto un balletto di ispirazione repubblicana. Nel 1802 fu arbitro in una controversia tra la direzione del teatro e l'orchestra. Nel 1803 lasciò la sua posizione alla Scala, dove fu sostituito da Alessandro Rolla. Baillou morì a Milano nel 1804 e fu sepolto nel Cimitero di San Gregorio, demolito alla fine del XIX secolo. Il suo ultimo balletto, "La disfatta di Abderamo", fu presentato postumo nel 1809. Diversi dei suoi figli e nipoti divennero musicisti e lavorarono alla Scala.