Tra le otto specie di conifere documentate, le foreste di pino di Lodgepole coprono l'80% delle aree forestali totali. Altre conifere, come l'abete subalpino, l'abete di Engelmann, il pino di Rocky Mountain Douglas-fir e il pino di Whitebark, si trovano in boschi sparsi in tutto il parco. A partire dal 2007, il pino di pineta bianca è minacciato da un fungo noto come ruggine della bolla di pino bianco; tuttavia, questo è per lo più limitato alle foreste a nord e ovest. A Yellowstone, circa il sette per cento delle specie di pino di pineta bianca sono state colpite dal fungo, rispetto a infestazioni quasi complete nel nord del Montana.
Abete Subalpino, Abete Engelmann, Abete Douglas delle Montagne Rocciose e Abete Whitebark