Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Anche se i sostenitori di Guglielmo dominavano il governo, rimaneva un seguito significativo per Giacomo, in particolare nelle Highlands. La sua causa, che divenne nota come giacobitismo, dal latino (Jacobus) per Giacomo, portò a una serie di sollevazioni. Un primo tentativo militare giacobita fu guidato da John Graham, ora visconte di Dundee. Le sue forze, quasi tutte Highlanders, sconfissero le forze di Guglielmo nella battaglia di Killiecrankie
nel 1689, ma subirono pesanti perdite e Dundee fu ucciso nei combattimenti. Senza la sua guida l'esercito giacobita fu presto sconfitto nella battaglia di Dunkeld. La completa sconfitta di Giacomo in Irlanda da parte di Guglielmo nella battaglia di Aughrim (1691), pose fine alla prima fase dello sforzo militare giacobita. In seguito alla sconfitta giacobita il 13 febbraio 1692 in un incidente noto come il massacro di Glencoe, 38 membri del clan MacDonald di Glencoe furono uccisi da membri del reggimento di fanti del conte di Argyll, che avevano accettato la loro ospitalità, sulla base del fatto che non erano stati pronti a giurare fedeltà ai nuovi monarchi.