Agron è nata a Savannah, in Georgia, ed è cresciuta a San Antonio, in Texas, e a San Francisco, in California, figlia di Mary (nata Barnes) e Ronald S. Agron, direttore generale degli hotel Hyatt. A causa della carriera di suo padre, Agron ha detto che lei e la sua famiglia hanno vissuto in diversi alberghi crescendo. Ha un fratello minore, Jason. Suo padre è nato in una famiglia ebraica, mentre sua madre si è convertita all'ebraismo. Agron ha frequentato la scuola ebraica e ha avuto una Bat Mitzvah.
Scuola ebraica