Il primo figlio, Marjorie, nacque nell'ottobre del 1898; Mignon, la seconda figlia, nacque nel novembre del 1900. Il più giovane, Malcolm Rider (chiamato Tom), nacque 18 mesi dopo Barbara. Da bambina, i suoi genitori decisero che Eleanor, un nome "fine" e "delicato", non era appropriato per lei, e scelsero Barbara McClintock. McClintock era una bambina indipendente fin dall'inizio, un tratto che in seguito identificò come la sua "capacità di essere sola".
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