Nel 1990, insieme ai suoi rivali di Formula Tre Heinz-Harald Frentzen e Karl Wendlinger, si unì al programma di corse junior di Mercedes nel Campionato Mondiale delle Auto Sportive. Questo era insolito per un giovane pilota: la maggior parte dei contemporanei di Schumacher ha gareggiato in Formula 3000 sulla strada per la Formula 1. Tuttavia, Weber consigliò a Schumacher che essere esposto a conferenze stampa professionali e guidare auto potenti in gare a lunga distanza avrebbe aiutato la sua carriera. Nella stagione 1990 del World Sportscar Championship, Schumacher vinse l'ultima gara della stagione all'Autódromo Hermanos Rodríguez in una Sauber <unk> Mercedes C11 e terminò quinto nel Campionato Piloti nonostante avesse guidato solo in tre delle nove gare. Ha continuato con la squadra nella stagione 1991 del Campionato Mondiale delle Auto Sportive, vincendo di nuovo nell'ultima gara della stagione ad Autopolis in Giappone con una Sauber Mercedes-Benz C291, portando a un nono posto nel Campionato Piloti. Ha anche gareggiato a Le Mans durante quella stagione.
, finendo quinto in una macchina condivisa con Wendlinger e Fritz Kreutzpointner. Nel 1991, ha gareggiato in una gara nel campionato giapponese di Formula 3000, finendo secondo.