Poco dopo aver lasciato l'Assemblea alla fine del suo mandato nel 1986, Naylor è stato eletto presidente del Partito Repubblicano della California, dal 1987 al 1989. Come presidente del partito, ha presieduto gli sforzi repubblicani per vincere la California nelle elezioni presidenziali del 1988, che si sono rivelate l'ultima volta che i repubblicani hanno portato lo stato in un'elezione presidenziale. Naylor ha rappresentato la California come delegato a dieci Convenzioni nazionali repubblicane, tra cui nel 1972, 1976 e 1980 (è stato un delegato alternativo nel 2008).
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