Il 16 gennaio 2013, è stato annunciato che Guardiola avrebbe assunto la carica di allenatore del Bayern Monaco dopo la stagione 2012-13, sostituendo Jupp Heynckes per la stagione successiva. Ha tenuto la sua prima conferenza stampa come allenatore del Bayern, il 24 giugno 2013, in tedesco, e ha avuto la sua prima sessione di allenamento due giorni dopo. La sua prima partita ufficiale è stata la Supercoppa tedesca contro il Borussia Dortmund, con il Bayern che ha perso 4-2. Il suo primo trofeo con il Bayern fu la Supercoppa UEFA 2013
, sconfiggendo l'avversario di lunga data José Mourinho, che era appena tornato come allenatore al Chelsea. Il Bayern ha battuto il Chelsea a dieci uomini in una sparatoria dopo che Manuel Neuer ha salvato il calcio di Romelu Lukaku.