Frederiksberg fu fondata quando il re Cristiano III trasferì 20 famiglie olandesi da Amager nell'area, che divenne nota come "Ny Hollænderbyen" ("Nuova città olandese") o Ny Amager ("Nuova città olandese"). I residenti di questa comunità costruirono una piccola chiesa di legno nel 1653 di fronte all'attuale chiesa di Frederiksberg, approssimativamente dove oggi si trova il Museo di Storm P. Fu bruciata dalle truppe svedesi nel 1658 durante l'assalto a Copenaghen
nella seconda guerra del Nord. Dopo la guerra, la comunità olandese tornò nell'area, ma, colpita dalla profonda povertà, una nuova chiesa non fu completata fino al 1681.