Dopo la deportazione di Rizal, molti nazionalisti filippini fondarono il Katipunan, un'altra società segreta, ma questa volta con l'obiettivo di ottenere l'indipendenza dalla Spagna attraverso una rivoluzione. Ispirati dalle opere di Rizal, il Katipunan organizzò una resistenza armata al dominio spagnolo, guidata da Andrés Bonifacio. Dopo che le attività dei Katipun furono scoperte nell'agosto del 1896, iniziò la Rivoluzione filippina. I membri del Katipunan si ribellarono a Caloocan, istituendo la Repubblica Tagalog e dichiarando una rivoluzione armata a livello nazionale. Rizal, che non aveva preso parte alla rivoluzione, fu processato per ribellione, sedizione e cospirazione. Fu condannato per tutte le accuse e fu giustiziato da un plotone d'esecuzione. Nel 1897, Bonifacio fu deposto ed eseguito da Emilio Aguinaldo, che assunse la guida del movimento rivoluzionario. Dopo aver cacciato gli spagnoli dall'arcipelago, Aguinaldo stabilì successivamente una dittatura e dichiarò l'indipendenza. Tuttavia, il trattato di Parigi cedeva ufficialmente le Filippine agli Stati Uniti, che accese un conflitto armato
con la neonata Prima Repubblica Filippina.