Il club fu fondato il 4 febbraio 1899 come Fußballverein Werder da un gruppo di 16 studenti delle scuole superiori professionali che avevano vinto un premio di attrezzature sportive. Gli studenti presero il nome del club da una parola tedesca per "penisola fluviale", che descrisse il campo fluviale sul quale giocarono le loro prime partite di calcio. Il predecessore di Brema, noto come SV Werder, giocò la sua prima partita il 10 settembre 1899 contro l'ASC 1898 Brema venendo via con una vittoria di 1<unk>0. Nel 1900, il FV Brema fu rappresentato alla fondazione della Federazione tedesca di calcio (BDF) a Lipsia. Il club godette poi di alcuni primi successi sul campo, vincendo squadre competitive e vincendo un certo numero di campioni locali.
Fußballverein Werder