Durante la seconda guerra mondiale, l'Imperial Airways e in seguito la British Overseas Airways Corporation continuarono il servizio a Lydda fino alla caduta della Francia nel giugno 1940. Quando l'esercito giapponese avanzò in Birmania e Malesia
Nel febbraio 1942, la KLM ridusse la rotta per Batavia e fece di Lydda il capolinea orientale della rotta. Misr Airwork, che aveva sospeso i voli dopo la dichiarazione di guerra britannica, riprese il servizio settimanale Cairo-Lidda-Nicosia nel maggio 1940.