Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Nel luglio 1999, Jacoby è stato assegnato come direttore per l'intelligence (J2) dello Stato Maggiore Congiunto. Il suo mandato è iniziato con la guida dello sforzo di intelligence per esaminare le operazioni nei Balcani e in Kosovo. Le operazioni Northern e Southern Watch hanno continuato a far rispettare le zone di divieto di volo e le sanzioni contro l'Iraq. Inoltre, l'aereo da ricognizione EP-3 della US Navy è stato sequestrato dai cinesi sull'isola di Hainan in seguito a una collisione con un caccia cinese durante le operazioni sul Mar Cinese Meridionale e l'attacco alla USS "Cole"
si è svolta ad Aden, nello Yemen. Quest'ultimo evento ha provocato un cambiamento fondamentale nell'approccio all'analisi del terrorismo e al sostegno alle forze operative che è stato incarnato nella proposta Joint Intelligence Task Force, Combating Terrorism (JITF-CT) che opera sotto la guida dello Staff Joint J-2 come parte della Defense Intelligence Agency. Jacoby stava sostenendo un aumento dei finanziamenti per il JITF-CT nel pomeriggio del 10 settembre 2001 con il personale di alto livello del Comitato Permanente Selezionato per l'Intelligence della Camera. Era al Pentagono quando e' stato attaccato l'11 settembre 2001. Ha guidato lo stand-up della JITF-CT, è stato attivo nella pianificazione dell'intelligence per la guerra globale al terrorismo e le operazioni militari in Afghanistan, ha supervisionato le attività J-2 durante la fase iniziale delle operazioni di combattimento in Afghanistan e ha contribuito a sviluppare e sostenere un concetto operativo chiamato "2 Plus 7" che è diventato il punto centrale per le operazioni statunitensi per smantellare l'organizzazione Al-Qaeda e attaccare le sue funzioni centralizzate di leadership e pianificazione. Lo sforzo si è concentrato sulle operazioni contro i due leader e i sette pianificatori operativi senior. Il risultato è stato un significativo degrado delle capacità dell'organizzazione. Jacoby ha concluso la sua estensione di un anno come Joint Staff J-2 nel luglio 2002.