Dopo aver conseguito l'abilitazione nel 1928 insegnò teoria politica e sociologia. Mentre in Austria Voegelin iniziò amicizie di lunga durata con Alfred Schütz e con F. A. Hayek. Come risultato dell'Anschluss dell'Austria con la Germania nel 1938, Voegelin fu licenziato dal suo lavoro. Evitando di poco l'arresto della Gestapo, e dopo un breve soggiorno in Svizzera, arrivò negli Stati Uniti. Insegnò in varie università prima di entrare nel Dipartimento di Governo dello Stato della Louisiana nel 1942. Voegelin rimase a Baton Rouge nel 1958 quando accettò un'offerta da parte della Ludwig-Mailians-Universität di Monaco per riempire la cattedra di scienze politiche della Maximilians-Universität di Monaco. Nel 1969 ritornò alla sua ex cattedra di scienze politiche presso l'Università di Philadelphia, dove aveva continuato a lavorare fino alla sua morte.
Il 1969