Il rapporto tra il governo di Paoli e gli inglesi non fu mai chiaramente definito, tuttavia, provocando numerose questioni di autorità; in particolare, le tensioni derivarono dal conflitto tra la fedeltà di Sir Gilbert alla monarchia britannica e le inclinazioni repubblicane di Paoli e il desiderio di difendere l'autonomia della Corsica. C'era anche una divisione pronunciata tra Corte, la capitale tradizionale e una roccaforte nell'entroterra, e Bastia sulla costa, dove Sir Gilbert spostò la capitale all'inizio del 1795, e che era il centro per i monarchi francesi e corsi. Con la Spagna che entrava dalla parte dei francesi, gli inglesi si resero conto che la loro posizione nel Mediterraneo era precaria e ritirarono le loro forze dall'isola da ottobre. La corona invitò Paoli a dimettersi e tornare in esilio con una pensione, che, non avendo alternative, fu costretto a unirsi all'isola britannica, ritirandosi dalla Corsica nel mese di ottobre 1796.
Sir Gilbert.