Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Il 17 maggio 2017, Werner è stato nominato nella squadra tedesca per la Coppa delle Confederazioni FIFA 2017 tenutasi in Russia. È apparso come sostituto di Sandro Wagner nella partita di apertura del torneo contro l'Australia, prima di segnare i suoi primi due gol internazionali quando è stato selezionato come titolare nella partita finale del gruppo tedesco contro il Camerun il 25 giugno. Quattro giorni dopo, Werner segnò il terzo gol della Germania in una vittoria in semifinale 4 a 1 contro il Messico. Il 2 luglio 2017, Werner ha assistito al gol vincente di Lars Stindl nella finale della Coppa delle Confederazioni FIFA 2017
Contro il Cile. Con tre gol e due assist, Werner ha vinto il Golden Boot del torneo.