Cabrera ha aperto il 2013 come shortstop dei Padres e ha iniziato 69 partite consecutive in quella posizione prima di passare alla lista degli invalidi per 15 giorni a metà giugno con un infortunio al tendine del piede. Il 14 maggio, Cabrera raccolse il 60.000esimo colpo nella storia dei Padres. E'stato selezionato per la squadra All-Star.
come riserva, con una media di battuta di.291, percentuale di base di.373, e 34 basi rubate all'inizio.