A diciassette anni Rodgers fu nominato primo ufficiale della nave mercantile "Harmony" dal capitano Folger. Nel momento in cui Rodgers completò i suoi cinque anni di apprendistato nel 1793, Folger lo raccomandò altamente per il comando di una nave mercantile chiamata "Jane" che era regolarmente impiegata nel commercio europeo e di proprietà dei prominenti mercanti di Baltimora Samuel e John Smith. Rodgers servì come capitano di questa nave tra quattro e cinque anni, navigando da Baltimora per vari porti in Europa. Il suo primo viaggio lo portò al porto spagnolo di Cadice nei primi mesi del 1793, tornando a casa con un carico di sale. Il viaggio successivo di Rodgers lo mandò ad Amburgo, in Germania, ma a causa delle gravi condizioni del Mare del Nord fu costretto a fermarsi in Inghilterra per l'inverno e non raggiunse la sua destinazione fino alla primavera dell'anno successivo. Nel settembre del 1795 partì per Baltimora da Liverpool, arrivando a casa dopo un passaggio di tre mesi. Molti eventi durante il suo comando della "Jane" possono essere accertati dai diari di bordo della nave che coprono il periodo luglio-agosto 1796, un periodo in cui la Francia e l'Inghilterra erano ancora in guerra
- No, no. Fu a bordo della "Jane" che Rodgers imparò l'arte del comando di una nave, le cui abilità gli vennero facilmente.