Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Dopo l'invasione congiunta tedesco-sovietica della Polonia, che ha iniziato la seconda guerra mondiale nel settembre 1939, la città fu occupata dalla Germania
, che ha condotto una campagna di genocidio contro la popolazione polacca e ebraica locale. Chełmża fu uno dei siti di esecuzioni di polacchi effettuate dalla Germania nel 1939 come parte dell'"Intelligenzaktion". Molti polacchi locali, specialmente insegnanti, furono massacrati nella foresta di Barbarka nell'odierna Toruń, anche come parte dell'"Intelligenzaktion". Lo stato tedesco all'epoca considerava polacchi ed ebrei come "untermenschen" e pianificò il loro sradicamento come gruppi nazionali. Per sfuggire a questo destino molti polacchi locali presero il III e il IV gruppo di Volksliste. All'inizio del 1945, a Chełmża, i lavoratori forzati polacchi evacuati da Jajkowo furono arruolati forzatamente dai tedeschi nell'Organizzazione Todt, tuttavia alcuni riuscirono a fuggire. Come risultato dello sterminio e delle repressioni tedesche, la popolazione della città è diminuita a 10.000 nel marzo 1945.