Scrivi una continuazione per questo paragrafo - Nella campagna del 1796
, Joubert divenne parte del comando generale di Napoleone Bonaparte. Guidò una brigata sotto Pierre Augereau nella battaglia di Millesimo e sotto André Masséna nella battaglia di Lodi. Ha anche combattuto nella battaglia di Castiglione in agosto. Presto attirò l'attenzione speciale di Napoleone Bonaparte, che lo nominò generale di divisione nel dicembre 1796 e lo selezionò ripetutamente per il comando di importanti distaccamenti. Così, guidò la forza di contenimento nella valle del fiume Adige nella battaglia di Rivoli. Nella campagna di primavera del 1797 (invasione dell'Austria) comandò con grande distinzione l'ala sinistra distaccata dell'esercito di Bonaparte in Tirolo, combattendo attraverso le montagne per riunirsi al suo capo in Stiria. Il 15 febbraio 1797 il generale Joubert intervenne contro le compagnie tirolesi di cecchini, con un messaggio arrabbiato per schiacciare la loro resistenza: "Dichiaro che considero come nemici dei francesi, tutti i padri, i cui figli sono iscritti nelle compagnie tirolesi di cecchini, saranno imprigionati e le loro proprietà confiscate a beneficio della Repubblica".