La CBSA è stata creata il 12 dicembre 2003 da un ordine del Consiglio che ha amalgamato le dogane del Canada (dall'ormai defunta Canada Customs and Revenue Agency) con il personale di frontiera e di esecuzione del Dipartimento di Cittadinanza e Immigrazione Canada (CIC) e dell'Agenzia canadese per l'ispezione degli alimenti (CFIA).
12 dicembre 2003