Durante i suoi 10 anni di presidenza, Prieto ha ampliato il potere governativo e ha gettato le basi per un'amministrazione pubblica in Cile. Vennero fondati i primi istituti di istruzione come l'"Instituto Nacional" e nel 1837 furono creati i ministeri della giustizia e dell'istruzione pubblica. La politica estera di Prieto fu dominata dalla guerra tra il Cile e il Perù.
tra il 1836 e il 1839. L'esercito cileno sotto Manuel Blanco Encalada subì pesanti perdite, che culminarono nel trattato di Paucarpata, dopo di che Manuel Bulnes assunse la guida dell'esercito e lo condusse alla vittoriosa battaglia di Yungay.