Dopo l'invasione svedese della Polonia nel 1655 durante la Seconda Guerra del Nord, Czerniecki iniziò la sua carriera militare sotto il comando di Jan "Sobiepan" Zamoyski. Ha preso parte alle battaglie di Gołąb e Varsavia
Nel 1656. Dopo la guerra con la Svezia, continuò il suo servizio militare combattendo nella battaglia di Chudnov contro le forze moscovite nel 1660 e nella battaglia di Brayiliv contro i tartari e i cosacchi di Crimea (guerra polacca-cossacca-tatara) nel 1666.