An séasúr ina dhiaidh sin scóráil Nesta a chéad chúnamh do Milan i mbua 2<unk>1 i gcoinne Chievo sa Serie A. Thosaigh sé ag teacht chun cinn mar thosaitheoir don chlub agus bhí sé ar cheann de na himreoirí is comhsheasmhaí i Milan i rith an tséasúir 2009<unk>10 ar fad faoi Leonardo. Lean Nesta a chomhpháirtíocht den scoth leis an gcaidrimh lár-chúl Thiago Silva i rith shéasúr 2010-11 faoi Massimiliano Allegri, ag cruthú péireáil cosanta uafásach, gan ach 24 sprioc a ligean isteach i 38 chluiche le linn bua na Mílaoise
Feachtas Serie A. D'éirigh le Milan dul go dtí leathchríochnaithe an Coppa Italia freisin, ach bhí siad díomá arís eile a scriosadh sa bhabhta de 16 de Chumann na Seaimpíní. Le linn shéasúr 2010-11, léiríodh go raibh Nesta ag dul ar scor ag deireadh an tséasúir. Mar sin féin, dhearbhaigh sé ina dhiaidh sin go raibh sé ag iarraidh séasúr amháin eile a imirt ag Milan sula ndeachaigh sé ar scor agus shínigh sé síneadh conartha ar 18 Bealtaine 2011, rud a choinnigh air ar fhoireann Milan go dtí samhradh 2012. Toghadh Nesta chun a bheith mar chuid den fhoireann Serie A na Bliana as a chuid léirithe le linn rith teideal rathúil Milan an séasúr sin.