Le bainisteoir nua Napoli, Maurizio Sarri, d'fhill Hamšík ar ais chun imirt mar mheánchluicheoir lárnach ar chlé i meánchluiche trí dhuine Napoli don séasúr 2015-16, a thuairiscigh sé mar a ról is fearr leis. Ar an 23 Lúnasa 2015, scóráil Hamšík an sprioc tosaigh i n-a defeat 2<unk>1 ar shiúl go Sassuolo ar an gcluiche oscailte den séasúr Serie A
. Ar an 17 Meán Fómhair, scóráil sé i mbua 5 go 0 i gcoinne Club Brugge i gcéim na ngrúpaí de Chorn na hEorpa. Rinne sé a 300ú chuma sa Serie A an 6 Eanáir 2016, ag scóráil i gcogadh baile 2 go 1 i gcoinne Torino. Sa chéad chluiche eile, ar an 10 Eanáir, rinne sé a 300ú léiriú sa Serie A le haghaidh Napoli i gcogadh 5-1 ar shiúl i gcoinne Frosinone, mar chríochnaigh Napoli an chéad leath den séasúr mar "campaí geimhridh" neamhoifigiúil. Chuir sé an ócáid in iúl trí sprioc a scóráil, a 80ú i Serie A, a scóráil go léir le Napoli.