Scríobh leanúint ar aghaidh don mhír seo - d'fhóin Rowley mar choilíneach ar an 13ú Rannóg Infantry Pennsylvania ón 25 Aibreán, 1861, go dtí an 6 Lúnasa den bhliain chéanna. Ansin tháinig sé chun bheith ina choirnéal ar an 102ú Rithimint Infantry Saorálach Pennsylvania. Bhí sé gortaithe ag Cath na Seacht Píne
, agus é ag stiúradh a reisimint in Arm an Potomac. Bhí sé (go gairid) i gceannas ar bhriogáid i VI Corps i gCath Fredericksburg. Arna chur chun cinn go grád ginearál brígéadóir go grád ón 29 Samhain, 1862, bhí Rowley i gceannas ar bhriogáid den I Corps ag Cath Chancellorsville. Bhí sé ag gníomhú mar cheannasaí ar an 3ú Rannán, I Corps ag tús Cath Gettysburg, agus bhí an t-Major General Abner Doubleday ag gníomhú mar cheannasaí corps. (Ba é Chapman Biddle a bhí i gceannas ar bhriogáid Rowley.) Ar an 1 Iúil, 1863, d'fhulaing an brigáid caillteanais throm ag tabhairt aghaidh ar Chónaidhmeannaigh ó rannán an Mhór-Ginearálta Harry Heth. Cuireadh as a chuid capaill é le linn an aisghabhála nuair a stop sé go gairid ag an sruthán. Breoite le ionfhabhtú ó boils an méid de uibheacha na mbanna ar a thighs istigh, bhí sé fiabhrasach, agus temperamental. Tar éis agóidí idir Rowley agus an Briogáid Ghinearál Lysander Cutler maidir le hiompar cuid de na hoifigigh 7ú Wisconsin, chuir Cutler cúisimh ar easpa deoch i mí Aibreáin 1864. Tugadh níos lú ná 24 uair an chloig dó chun cosaint a ullmhú le haghaidh trialach, ciontaíodh Rowley ag cúirt mhíleata a dúirt an t-údar John F. Krumwiede, "ag easpa neamhchlaontachta agus ag imeacht lena druma féin". Cé gur cuireadh ar ais é de réir ordú an Rúnaí Cogaidh Edwin M. Stanton agus an Uachtaráin Abraham Lincoln, níor sannadh ach ceannas ceantair i Pennsylvania thiar, mar gheall ar an feall leanúnach idir an ceannasaí arm Ginearálta George G. Meade agus an ceannasaí corp anois Ginearálta Gouverneur K. Warren. Ag cur bac ar ghníomhartha an Ghinearála Darius N. Couch i iarracht stop a chur le ionradh 1864 ar Pennsylvania ag an Ginearál Comhtháthaithe Jubal Early, d'éirigh sé as a choimisiún an 29 Nollaig, 1864.