I mí Feabhra 1567, scriosadh áit chónaithe Darnley le pléascadh, agus fuarthas é mar a maraíodh sa ghairdín. Ceaptar go ginearálta go ndearna James Hepburn, 4ú Iarla Bothwell, bás Darnley a orchestrating, ach d'éirigh sé as an muirear i mí Aibreáin 1567, agus an mhí ina dhiaidh sin phós sé Mary. Tar éis éirí amach i gcoinne an lánúin, cuireadh Mary i bpríosún i gCaisleán Loch Leven. Ar 24 Iúil 1567, cuireadh iallach uirthi éirí as a thionlacan i bhfabhar a mac bliain d'aois. Tar éis iarracht neamhthógtha a dhéanamh ar an ríchathaoir a fháil ar ais, theith sí siar ó dheas ag lorg cosaint a chéad choisín nuair a cuireadh í, Banríon Eilís I d'Shéalainn.
Máire