An 31 Eanáir 2013, d'aontaigh Kovačić le haistriú go Inter Milan. Nochtadh go raibh an déileáil luach €15 milliún san iomlán, le €11 milliún a íocadh láithreach agus €4 milliún nuair agus má cháilíonn Inter do Chraobh na Seaimpíní UEFA.
Inter Milan