Scríobh leanúint ar aghaidh don mhír seo - Tar éis Chogadh Cosanta na Polainne i 1939, ghlac an Ghearmáin
an limistéar agus ar an 26 Deireadh Fómhair cuireadh Wadowice le Gearmáine na Naitsithe. Ar an 29 Nollaig den bhliain chéanna athainmníodh an baile go "Wadowitz". Ar dtús, bhí an intleacht na Polainne mar sprioc ag polasaithe géarchéime agus polasaithe cultúrtha na Gearmáine agus maraíodh na céadta duine ón gceantar, go háirithe sagairt, múinteoirí agus ealaíontóirí, i dtimpeallachtaí mais (féach "Intelligenzaktion"). Cuireadh go leor acu i bpríosún Montelupich an-chláraithe i gCrákó agus ansin dúnmharaíodh iad i gCáirdeas Krzesławice i gCáirdeas Kraków i mí na Nollag 1939. Cuireadh na céadta eile ar shiúl agus athlonnaíodh iad chuig an Rialtas Ginearálta d'fhonn áit a dhéanamh do chónaitheoirí Gearmánacha i gcomhréir leis an mbeartas "Lebensraum". Bhunaigh an Ghearmáinis agus oibrigh siad príosún na Naitsithe sa bhaile freisin. Idir 1941 agus 1943 bunaíodh ghetto sa chathair. Cuireadh deireadh le beagnach an daonra Giúdach áitiúil ar fad (níos mó ná 2,000), den chuid is mó i gcampa comhchruinnithe Auschwitz in aice láimhe. Ina theannta sin, chuir na Gearmánaigh campa príosúnach cogaidh ar bun do shaighdiúirí na gComhghuaillithe agus campa pionóis a d'fhóin mar champa aistrithe do champaí coimhlinte éagsúla na Gearmáine. In ainneoin sceimhlitheoireachta na Gearmáine, bhí na haonaid Arm Baile gníomhach sa cheantar, go háirithe sa bhaile féin agus i sléibhte Beskid ó dheas.