Scríobh leanúint don mhír seo - Sa bhliain 2016, thosaigh Bagnaia an séasúr le críochnú ar an ardán ag Losail agus críochnú ar an ardán eile ag Jerez, ag críochnú ar an 3ú háit ag an dá ócáid. Ag a rás baile san Iodáil, shocraigh Bagnaia an 3ú háit eile ag bualadh Niccolò Antonelli le 0.006 soicind. Tar éis tubaiste i mBaircelona, chinnigh Bagnaia a chéad bhuachan Grand Prix ag an Assen stairiúil
Bhí sé ina chuaird i a 59ú rása Moto3 agus ba é an chéad bhua do Mahindra freisin. Bhí 4 phoidiam aige anois sna chéad 8 rása den séasúr agus fuair sé féin ag troid as an teideal. Tar éis dhá rása ar an meán agus timpiste i Brno, fuair Bagnaia a chéad phoist sa Silverstone a raibh tionchar ag an bháisteach air agus chríochnaigh sé sa dara háit taobh thiar de Brad Binder i rása spreagúil. Bhuaigh Bagnaia a dara rása den séasúr ag Sepang, ag buachan an rása go compordach le bearna mór tar éis do Brad Binder, Joan Mir agus Lorenzo Dalla Porta go léir titim amach sa chúinne céanna le linn thús na rása, a bhí lán le tubaistí iomadúla. Chríochnaigh sé an séasúr le 145 pointe chun an 4ú háit a bhaint amach i gCraobhchomórtas Moto3 le 2 bhuaigh agus 6 podea. Bhí deis ag Bagnaia an dara háit a chríochnú i gCraobhchomórtas an Domhain taobh thiar de Brad Binder ach ar an drochuair, chuir Gabriel Rodrigo amach i Phillip Island agus Valencia. Chuir Rodrigo amach Fabio Di Giannantonio san Astráil a chuaigh síos agus a bhailiú Bagnaia leis. I Valencia rinne Rodrigo timpiste ard ar an gcéad bhabhta ag druidim leis an gcúlra deireanach, arís chuaigh Bagnaia síos gan choinne.