Scríobh leanúint don mhír seo - Timpeall an 16ú haois, tar éis Phálás Ribeira a thógáil in aice le abhainn Tagus, thosaigh Pálás Alcáçova ag cailleadh a thábhachtacht. Rinne crith talún a tharla i 1531 damáiste níos mó don sean-chaisleán, rud a chuir leis an dílseacht agus an dearmad a bhí air. Sa bhliain 1569, d'ordaigh an Rí Sebastian athchóiriú a dhéanamh ar na árasáin ríoga sa chaisleán, agus é ar intinn aige é a úsáid mar a chónaí oifigiúil. Mar chuid den atógáil, i 1577 scrios Filippo Terzi ceann de na túir in aice le príomh-chomhchomhchomh na hEaglaise Loreto. Mar sin féin, níor cuireadh go leor de na hoibreacha i gcrích riamh tar éis bás an rí óg le linn Cath Alcácer Quibir
. D'oscail an ghéarchéim dhínastach Portaingéile ina dhiaidh sin an bealach le haghaidh seasca bliain de riail na Spáinne agus rinneadh an caisleán a thiontú ina bharaic míleata agus ina phríosún. Ar an 30 Nollaig 1642, ceapadh Teodósio de Frias an Óg mar mháistir-tógtha chun leanúint leis na hoibreacha a thosaigh a athair, Luís de Frias, agus a sheanathair, Teodósio de Frias. Bhí sé seo mar chuid de phlean níos mó ag na fórsaí Spáinneacha chun an daingneacht a athchúrsáil.