An 1 Deireadh Fómhair 2003, d'aontaíodh trí eagraíocht chun an JAXA nua a fhoirmiú: Institiúid Spáis agus Eolaíochta Astronautaí na Seapáine (ISAS), Saotharlann Náisiúnta Aerospáis na Seapáine (NAL), agus Gníomhaireacht Forbartha Spáis Náisiúnta na Seapáine (NASDA). Bunaíodh JAXA mar Institiúid Riaracháin Neamhspleách arna riaradh ag an Aireacht Oideachais, Cultúir, Spóirt, Eolaíochta agus Teicneolaíochta (MEXT) agus an Aireacht Gnóthaí Inmheánacha agus Cumarsáide (MIC). Sula raibh an cumasc i bhfeidhm, bhí ISAS freagrach as taighde spáis agus pláinéidí, agus dírithe NAL ar thaighde eitlíochta.
1 Deireadh Fómhair 2003