I mí Eanáir 1964, tharla mothúchán ag an gcartlann míleata ag Jinja, an dara cathair Uganda agus baile don 1ú Bataillún de Arm Uganda. Bhí mutinies den chineál céanna i dhá stát eile san Afraic Thoir; d'iarr na trí thír tacaíocht trúpaí ó mhíleata na Breataine. Sula raibh siad ann, áfach, chuir Obote a Aire Cosanta Felix Onama chun dul i mbun caibidlíochta leis na trodaithe. Bhí Onama ina rabhadh, agus d'aontaigh sé le go leor éilimh, lena n-áirítear méaduithe pá suntasacha don arm, agus ardú go tapa ar go leor oifigeach, lena n-áirítear an t-uachtarán amach anseo. I 1965, cuireadh cosc ar Cheanadaigh ó phoist cheannaireachta laistigh den rialtas, agus lean sé seo le cur as na mban go mór i 1969, faoi Obote, príomhoide Obote.
chuir sé an bunreacht ar fionraí agus d'fhógair sé é féin ina uachtarán i mí an Mhárta 1966,