Críochnaigh an abairt seo a leanas: Thosaigh Müller an séasúr 2013-14 faoi bhainisteoir nua Pep Guardiola trí imirt sa Super Cup na Gearmáine. Ar 5 Lúnasa, scóráil Müller hat-trick mar bhuaigh Bayern 5<unk>0 i gcluiche chéad bhabhta DFB-Pokal 2013<unk>14 an fhoireann i gcoinne Schwarz-Weiß Rehden. Sa chluiche oscailte 2013-14 Bundesliga de chuid Bayern, chaill Müller pionós den chéad uair. Soicind ina dhiaidh sin, chuir an t-aistriú ón pionós lámh Álvaro Domínguez a d'fhág pionós eile a d'athraigh David Alaba. Tar éis seo, dúirt Müller, "Táim fós sásta pionóis a ghlacadh, ach sílim gurb é David Alaba an príomhfhear le haghaidh cíosanna láthair faoi láthair". D'imir sé sa
Super Cup UEFA.