Scríobh leanúint ar aghaidh don mhír seo - Nuair a athnuaitear an cogadh i 1799, bhí Jourdan i gceannas ar an arm ar an Rhin, ach d'fhulaing sé caillteanas arís ag lámha an Archduke Charles ag cathanna Ostrach
agus Stockach ag deireadh mhí an Mhárta. Díomá air agus a shláinte briste, thug sé an ceannasacht ar láimh don Ghinearál André Masséna. D'fhill sé ar a dhualgais pholaitiúla agus bhí sé ina fhreasúraí suntasach ar Chuairt 18 Brumaire, agus ina dhiaidh sin díbríodh é as Chomhairle na Cúig Cheud. Go gairid, áfach, tháinig sé le chéile go foirmiúil leis an "régime" nua, agus ghlac sé le fostaíocht nua míleata agus sibhialta ó Napoleon. Sa bhliain 1800, rinneadh Jourdan ina iniúchóir ginearálta ar chaibalraíocht agus ar choisitheacht agus ina ionadaí ar leasanna na Fraince i bPoblacht Cisalpine.