Scríobh leanúint ar aghaidh don mhír seo - bhí CSKA Moscó ar cheann de na baill bunaitheacha den Dara Rannán Rúisis a bunaíodh le déanaí tar éis an Aontais Shóivéadaigh a dhíscaoileadh. Sna chéad sé shéasúr, bhí an fhoireann i lár an tábla. Sa séasúr 1998, bhí an club ina runner-up agus sa chéad séasúr eile
chríochnaigh an tríú. Sna dhá shéasúr ina dhiaidh sin, ghlac CSKA Moscó áiteanna arís i lár an tábla. Sa séasúr 2002, ghlac an fhoireann arna oiliúint ag Valery Gazzaev an dara háit arís, agus bhuaigh sé Corn na Rúise. Sa bhliain 2003, bhuaigh an fhoireann a chéad chraobhchomórtais i stair Chraobhchomórtais na Rúise. Ina dhiaidh sin, cuireadh an príomhchóitseálaí Valery Gassayev as oifig go hionraic agus síníodh an cóitseálaí Portaingéile Artur Jorge mar a chomharba. Faoi an cóitseálaí nua, ní raibh an fhoireann in ann tógáil ar na léirithe ón séasúr roimhe sin. Tar éis dó titim go dtí an cúigiú háit i mí Iúil 2004, d'éirigh le Arthur Jorge tar éis ach ocht mí ag stiúir an chlub. Tar éis filleadh Valery Gassaev, bhí CSKA in ann an séasúr a shábháil agus a bheith ina leas-chraobh.