Cuir an abairt seo a leanas i gcrích: Ag déanamh comhghuaillíocht pholaitiúil leis an Empress Dowager, agus ag éirí ina namhaid buan d'Impire Guangxu, d'fhág Yuan an phríomhchathair i 1899 chun a cheapadh nua mar Gobharnóir Shandong. Le linn a théarma trí bliana d'fhás an Rebellion Boxer (1899<unk>1901) amach; chinnigh Yuan go gcuirfí bac ar Bhóicéirí sa chúige, cé nár ghlac a chuid trúpaí páirt ghníomhach lasmuigh de Shandong féin. Ghlac Yuan taobh na ngrúpa pro-eachtrannach sa Chúirt Impiriúil, in éineacht le Prionsa Qing, Li Hongzhang, agus Ronglu. Dhiúltaigh sé páirt a ghlacadh leis na Boxers agus ionsaí a dhéanamh ar fhórsaí Alliance Eight-Nation, ag teacht le gobharnóirí Síneacha eile a bhí i gceannas ar arm nua-aimseartha suntasach cosúil le Zhang Zhidong nach raibh rannpháirteach sa Rebellion Boxer. Rinne sé féin agus Zhang neamhaird ar dhearbhú cogaidh an Impire Dowager Cixi i gcoinne na gcumhachtaí eachtracha agus lean siad ar aghaidh ag cur bac ar na Boxers. Bhí an clice seo ar a dtugtar The Mutual Protection of Southeast China. Chomh maith leis nach raibh sé ag troid leis an gComhghuaillíocht Ocht Náisiún agus ag cur síos ar na Boxers i Shandong, chabhraigh Yuan agus a arm (an Roinn Ceart) leis an gComhghuaillíocht Ocht Náisiún na Boxers a chur síos tar éis
Ghlac an Chomhghuaillíocht Beijing i mí Lúnasa 1900. Mharaigh fórsaí Yuan Shikai na mílte duine ina bhfeachtas frith-Boxer i Zhili. D'oibrigh Yuan as Baoding le linn an fheachtais, a chríochnaigh i 1902.