Scríobh leanúint don mhír seo - Nuair a thosaigh Cogadh Cathartha Mheiriceá, chuaigh Jones go réidh leis an Arm an Aontais. Ar an 7 Iúil, 1861, chláraigh sé leis an 37ú Saoránaigh Nua-Eabhrac, ar a dtugtar go coitianta mar na "Rifílí Éireannacha", faoi Colún John H. McCunn. Ar dtús bhí sé ina phríobháideach ach fuair sé féin go tapa toghadh go rang dara leifteanant ag na fir sa ríchimint. Bhí sé i láthair ag an Chéad Cath ag Bull Run, ach dhá sheachtain tar éis a liostála, ach níor fheictear aon ghníomh mar a bhí an t-aonad i gcúlchiste. Léirigh Jones "iompar gallant" le linn a chéad bhlianta leis an reiligimint agus go luath d'ardaigh sé i rang go chéad leifteanant agus cúntóir ar an 4 Samhain, 1861, agus ansin mór ar an 21 Eanáir, 1862. Ina dhiaidh sin chuaigh sé féin agus na "Rifílí Éireannacha" isteach i III Corps an Ghinéarail Samuel P. Heintzelman, mar chuid den 3ú Bratach den 3ú Rannán faoi Bhratach an Ghinéarail Philip Kearny, le linn an fheachtais ar an gCéimír agus ghlac sé páirt i Williamsburg, Seven Pines
agus an feachtas Seacht Laethanta. Bhí Jones i láthair freisin nuair a bhí an 37ú Saoránaigh Nua-Eabhrac, ansin ceangailte leis an 3ú Briogáid den 1ú Rannán den III Corps, ag an Dara Cath ag Bull Run. I mí na Bealtaine agus i mí an Mheithimh, thosaigh sé ag fulaingt ó mhalaria agus cuireadh san ospidéal é i Washington, D.C. an 26 Meán Fómhair ag fanacht ann go dtí deireadh mhí Dheireadh Fómhair. Bhí sé ina oifigeach go gairid do Mhórghinearál Franz Sigel roimh ghinearál Ambrose Burnside a scor agus atógáil Arm an Potomac.