1282年,斯科普耶被塞爾維亞國王史蒂芬·米魯丁 (Stefan Milutin) 征服. 喺尼曼吉奇統治時期嘅政治穩定下,定居地已經喺城堡嘅牆外擴展到加齊巴巴山. 佢哋起咗教堂,修道院同市場 威尼斯同杜布羅夫尼克嘅商人開設咗商店 呢座城市因靠近歐洲,中東同非洲市場而受惠 十四世紀,斯科普耶成為咗一個非常重要嘅城市 塞爾維亞國王斯蒂芬·杜珊 (Stefan Dušan) 將佢定為塞爾維亞帝國嘅首都 1346 年,他在斯科普耶被冠為"塞爾維亞同希臘嘅皇帝". 塞爾維亞帝國喺佢死後,分裂成幾個獨立王國,唔能夠對抗土耳其人. 斯科普耶最初係普里勒普領主所繼承嘅,最後喺馬里薩戰爭之後,係Vuk Branković所佔領
(1371) 成為 1392 年奧斯曼帝國的一部分.