喺 1861 年 7 月 2 日,巴尼被任命為南方聯邦海軍中尉 佢指挥CSS"Jamestown"喺Hampton Roads戰役中,呢個著名嘅戰爭,佢喺Newport News Point沖捕捉咗兩艘<unk>船同埋一艘Accomac schooner,而CSS"Virginia"則引起聯合海軍嘅關注. 聯邦軍撤離諾福克之後 "詹姆斯城"被<unk>下去,阻止詹姆斯河嘅流入. 喺接落嚟嘅Drewry's Bluff戰役中
美國聯合國陸軍炮擊隊擊退聯合軍海軍部隊 抵達里士滿,而"詹姆斯敦"炮火被認為是擊退敵艦隊嘅主要因素. 戰鬥結束後,他獲得南方聯邦國會嘅讚揚,並被提升為司令.