1821 年墨西哥獨立之後,一大批西班牙軍隊繼續佔領聖胡安德烏魯亞,直到 1825 年. 1825年11月,佢係西班牙人佔領新西班牙嘅最後一座殖民地 佢喺墨西哥將軍米格爾·巴拉甘 (Miguel Barragán) 嘅手中 總統維森特. 蓋雷羅頒布嘅驱逐令 理由係因為佢哋唔想再征服墨西哥 從嗰時起,聖胡安德烏魯亞就成為墨西哥抵抗外國入侵同佔領嘅軍事同政治象徵, 因為十九世紀有好幾次入侵同佔領. 1836年,法國人喺Veracruz戰爭中轟炸堡<unk>,呢個係由一個在墨西哥嘅法國公民尋求賠償佢聲稱受損嘅糕點店而導致嘅衝突;喺墨西哥-美國戰爭中,美國圍攻咗堡<unk>
戰爭期間,德克薩斯新興共和國因爭議而出現嘅衝突,而喺1863年,法國人短時間佔領城市,當時係墨西哥皇帝馬克西米利安一世. 喺十九世紀嘅大部分時間 堡垒就好似一個監獄咁 尤其係為政治犯,因為佢哋被認為係反政府分子 好多墨西哥出名嘅政治家都喺呢度度過過 佢哋唔系掌權