1861年四月,南北戰爭爆發時,佢被任命為大西洋封鎖中隊嘅指揮官. 八月,佢同班傑明·巴特勒將軍嘅軍隊去哈特拉斯角附近嘅兩座海岸堡<unk>. 喺接著嘅戰鬥中,
戰爭結束後,堡垒被無損失奪得, 雖然因為天氣嘅原因,幾乎冇難度, 艦隊返回蒙羅堡, 但好快就有人開始批評斯特林厄姆 因為佢唔使將船隻拉近岸邊,而繼續沿著海岸線進行攻擊. 事實上,佢嘅船只抽取太多水進入浅<unk>海域,同埋佢直接被命令立即返回,最後出現咗,但好可能太遲,以至於平息佢嘅憤怒,因為下個月,喺佢自己的要求下,佢被解除了指揮. 1862年8月1日,佢被提升到退役軍人名單上嘅後提督.