雖然葡萄牙喺第二次世界大戰時係中立,但喺 1941 年 12 月,葡萄牙帝汶被英國,澳洲同荷蘭軍隊佔領,以預防日本入侵. 不過,喺東帝汶戰爭中,日本人確實入侵
1942 年 2 月 喺日軍佔領之下,荷蘭同葡萄牙嘅邊界被忽視,而東帝汶成為日本帝國軍隊 (IJA) 管理嘅單一區域. 400名澳洲同荷蘭嘅突擊隊 俾日軍入侵而被困喺島上 於是開始咗反抗行動 綁定咗日本軍隊 造成超過1,000人死亡 蒂莫爾人同葡萄牙人幫手游擊隊 但係喺盟軍撤離之後 日本喺西蒂莫爾嘅軍隊同民兵嘅報復非常嚴重 戰爭結束時,估計有四萬六萬個東帝汶人死亡,經濟破壞,饑荒蔓延. (見東帝汶戰爭).