1938年9月29日,托马斯被召回服役,加入了战舰的船员. 1939年8月13日,佢加入巡洋艦,第二次世界大戰爆發時,佢喺嗰度服役. 1940年6月27日,佢被提升為指揮官. 意大利人喺蘇達灣入侵之後
喺1947年,佢被派到尼羅河號 (HMS "Nile") 上,皇家海軍喺埃及嘅岸邊基地,佢喺地中海艦隊嘅總司令嘅工作人員裏面服務. 1941年9月10日,佢第二次結婚,結婚嘅女係Mary Fedora Douglas-Watson,佢係個鋼琴家同作曲家. 佢係同一個海軍官員嘅寡婦,指揮官弗朗西斯.道格拉斯-沃森,同埋前澳洲參議院議員安東尼.聖雷傑嘅女兒.