1882年,學院被分成捷克語同德語,自然科學學院喺 1920-1939年成為一個獨立嘅機構. 1939 年 學校被納粹德國嘅軍人封閉 然後對老師同學生施加殘酷迫害 1945年佔領結束之後,藝術學院又<unk>勃發展咗幾年,但喺 1948 年,由共產黨政變強制解散. 學院嘅聲望迅速下降, 因為好多受人尊敬嘅老師被迫離開, 引入咗馬克思主義同列寧主義嘅研究. 喺1960年代,學院開始慢慢開放俾當時嘅著名思想家,但喺1968年蘇聯佔領之後,呢個趨勢被扭轉
Jan Palach,系大學嘅一個學生, 點著自己來抗議. 1989年捷克斯洛伐克共產黨政權崩潰之後,同學代表離開學院,學校重新成為咗國家最受尊敬嘅大學.