1948年12月24日,馬來海軍喺馬來亞緊急狀態爆發時重新啟動.
呢場由共產黨發起嘅反抗戰爭 抵抗英國殖民政府 馬來海軍 (MNF) 規則喺1949年3月4號由殖民政府發布,喺新加坡伍德蘭斯嘅前皇家空軍廣播基地. 基地叫做"MNF Barracks",但之後改名為HMS"Malaya". 皇家海軍志愿者儲備隊 (RNVR) 係由新加坡分隊同聯邦分隊組成嘅聯合部隊,依據 1952 年新加坡通過嘅條例. 馬來西亞海軍嘅主要任務係巡<unk>海岸,阻止共產黨從海上接收物資. 除此之外,軍隊仲負責保護新加坡同埋其他港口嘅入口. MNF上有一艘叫做"測試"嘅船, 用作訓練船. 到1950年,MNF艦隊擴大到包括前日本的雷<unk>裝置 HMS"Laburnum",陸上艇坦克 (LCT) HMS"Pelandok" ("Mousedeer"),機動漁船 HMS"Panglima" ("Marshal"),魚雷恢復船 HMS"Simbang"以及幾艘向海防護發射機 (SDML). 1952年8月,伊丽莎白二世女王授予馬來海軍"馬來海軍"嘅稱號,以表彰佢喺馬來緊急狀態嘅卓越服務.