1291年耶路撒冷王國落在阿克拉之後,德意志騎士組織開始對異教徒立陶宛發動戰爭 (見立陶宛神話),原因係嗰個地區長期存在嘅衝突 (包括異教徒入侵聖羅馬帝國領土嘅持續入侵),以及騎士組織冇一個合適嘅行動區域,之後佢哋喺匈牙利被驅逐. 一開始騎士嘅總部搬到威尼斯, 從嗰度開始計劃恢復 Outremer, 但呢個計劃好快就被放棄, 騎士團之後將總部搬到 Marienburg, 因為"立陶宛本國"一直冇接受基督教,直到 14 世紀末,比其他東歐地區晚好多,所以戰爭持續咗好長時間,好多來自西歐國家嘅騎士,例如英國同法國,都去普魯士參加季節性嘅戰爭 ("reyse") 抵抗立陶宛大公國. 1348 年,在斯特雷瓦戰役中,聖騎士團贏得了對立陶宛人的大勝利
嚴重削弱佢哋嘅力量 德意志騎士隊喺 1370 年嘅魯達烏戰爭中擊敗立陶宛