隨著南方11個州嘅分裂 同內戰爆發,米勒加入咗北軍 1861 年 8 月 27 日,州長 Oliver P. Morton 任命 Miller 成為第 29 個印第安納步兵隊的上校. 訓練完畢之後,軍團被分配到 Alexander M. McCook 在 Buell 的俄<unk>俄軍隊嘅 Kirk 旅隊,並向田納西行進. 米勒喺示羅戰爭嘅第二日參加咗戰鬥
同埋喺接落嚟嘅科林斯城包圍期間. 米勒帶領他的軍隊穿過亞拉巴馬州北部同田納西州,並追趕布拉克斯頓布拉格穿過肯塔基州. 1862 年 12 月末,米勒喺 James Negley 嘅指揮下指揮一支旅. 喺第二日嘅戰鬥中,米勒率領聯邦軍喺斯通斯河 (Stones River) 擊退 John C. Breckinridge 聯邦軍嘅攻擊. 喺呢次襲擊中,米勒嘅<unk>部受咗傷