1656年瑞典入侵時,學院遭受嚴重人力與資本損失.
1710 年嘅瘟疫亦都喺呢度發生過 1773 年,耶穌會被鎮壓之後,學院嘅管理由國家教育委員會接管. 波蘭-立陶宛聯邦第三次分裂之後,由科萊納伊斯 (Kolainiai) 來嘅迦勒密教徒,由1797年到1817年管理學校. 1817年,沙皇政府將學校變成世俗化的,將學校改名為體育館,開設小學教育課程,並將學校嘅管理轉移到維爾紐斯大學. 學生嘅數目增加到超過四百人.