喺格蘭特嘅維克斯堡戰役中,羅根指揮詹姆斯. 麥克菲爾森嘅第十七軍團嘅第三師團, 係第一個喺1863年七月入侵維克斯堡之後入侵嘅. 洛根之後任咗呢個城市嘅軍事總督 1863年11月,佢接替 William Tecumseh Sherman 指揮第十五軍團;喺亞特蘭大戰爭
(1864年7月22日),喺 James B. McPherson 日頭去世之後,佢接手咗田納西軍嘅指揮. 冇幾耐之後,佢被 Oliver O. Howard 取代 佢返到伊利諾伊州參加1864年的選舉,但之後又加入軍隊,並喺夏曼嘅卡羅萊納戰役中指揮第十五個軍團.