1586年巴托里去世之後,薩莫伊斯基幫助西吉斯蒙三世瓦薩奪得波蘭王位,喺短暫嘅內戰中同支持哈布斯堡大公馬克西米利安三世嘅軍隊作戰. 支持西吉斯蒙德嘅陣營圍繞佐莫伊斯基,而馬克西米利安嘅陣營則係由Zborowski家族支持. 扎莫伊斯基捍衛咗克拉科夫,喺比奇納戰役中擊敗咗馬克西米利安嘅軍隊
喺 1588 年 斯拉沃米爾·列斯尼奧夫斯基 (Sławomir Leśniewski) 描述嘅這場戰鬥係"波蘭歷史上最重要嘅戰鬥之一,亦係薩莫伊斯基軍人生涯中最重要嘅戰鬥",馬克西米利安被俘,並喺 1589 年嘅比托姆和貝茲丁戰爭中放棄所有對波蘭王位嘅權利. 同年晚些時候,Zamoyski 提議改革皇室選舉,但未能通過 Sejm. Zamoyski 提交咗一個計劃畀 Sejm 如果現今嘅国王死咗,冇後代 只有斯拉夫血統嘅候選人 至可以繼承波蘭王位 呢個計劃甚至可以想像到 波蘭天主教,俄羅斯正教同波希米亞半新教之間嘅聯盟. 事實上,呢個計劃只係 針對哈布斯堡王朝嘅政策做咗一個<unk>形而又<unk>拙嘅回應