1526年,Vladislas唯一嘅兒子路易斯喺莫哈茨戰役中被殺,終結了雅蓋倫王朝在波希米亞嘅統治,波希米亞貴族嘅會議選咗他的岳兄,奧地利哈布斯堡大公爵費爾登登一世,成為波希米亞王國嘅新王. 同奧地利大公國同匈牙利王國,佢哋組成咗哈布斯堡君主制,喺之後嘅幾百年,呢個帝國由神聖羅馬帝國演變成咗 一個獨立嘅歐洲強國. 波希米亞嘅新教改革宗領地試圖建立一個自治聯邦,但喺 1620 年嘅白山戰爭中失敗
之後,行政部門轉移到維也納. 1635年布拉格和平之後,哈布斯堡統治者失去盧薩提亞,最後落入薩克遜選民國,1742年布雷斯拉夫和平之後,亦失去大部分西里西亞,包括克拉德斯科,都落入普魯士王國.