1778年八月,林肯喺紐約郊外 返到華盛頓,並喺九月份被任命為南方部門嘅指揮官. 華盛頓派林肯,拉法耶特同李 (亨利"輕馬哈利") 去南方部門,抵制克林頓同康沃利斯領導嘅英軍. 林肯參加咗唔成功嘅法國嘅圍攻
1779 年十月,佢喺佐治亞州薩凡納嘅會場上演咗一次演唱會 然後退到南卡羅萊納州嘅查爾斯頓 佢接管咗查爾斯頓嘅軍隊 1780年3月,一個由紐約派發嘅英國大隊圍攻咗呢個城市 1780年5月12日,經過相對短暫嘅圍攻,林肯被迫向軍長亨利. 克林頓 (Henry Clinton) 投降五千多名士兵,但佢做嘅方式令南卡羅萊納民兵逃脫,同埋一啲大陸軍,令英國人對林肯感到煩<unk>.