1944 年 2 月 2 日 列宁格勒嘅包围结束咗 苏联军队抵达爱沙尼亚边境 因為佢哋未能通過
蘇聯喺8月10日發動塔爾圖攻勢,喺9月14日發動波羅的海攻勢, 9月16日,德軍最高司令部發佈咗"阿斯特"行動,愛沙尼亞軍隊將掩蓋德軍撤退. 蘇聯重新佔領愛沙尼亞首都塔林之後, NKVD 第一個任務就係阻止任何逃離國家嘅人;然而,好多難民確實逃到瑞典或芬蘭,特別係愛沙尼亞嘅瑞典人,佢哋自丹麥同瑞典愛沙尼亞統治時期就已經喺愛沙尼亞沿岸生活. NKVD亦都針對愛沙尼亞共和國國民委員會嘅成員. 1941年成立嘅"愛沙尼亞森林兄弟" (Estonian Forest Brothers) 團體,喺蘇聯重新佔領嘅時候,一開始一直保持低調. 1945 年嘅戰勝日並無帶嚟愛沙尼亞獨立嘅恢復, 森林兄弟重新開始殺死蘇聯軍人同 NKVD 官員嘅行動.