1940年10月,佢被派到日本海軍總司令部做作戰部長.佢喺太平洋戰爭嘅前兩年繼續擔任呢個職位,喺嗰段時間,佢唔成功地抵制咗對珍珠港嘅攻擊. 佢亦都強烈反对 伊索羅庫·山本提督對中途任務嘅計劃
, 提議日本佔領更有戰略意義嘅斐濟群島和薩摩亞群島 托米奧卡亦鼓勵大家將重點放喺新幾內亞嘅莫爾斯比港, 用作入侵澳洲嘅基地,或者將美國嘅航母艦隊 拉離本地基地. 當 Yamamoto 威脅辭職之後,佢被推翻咗.