1580年嘅繼承危機 引發咗西班牙哈布斯堡王國統治葡萄牙同西班牙 60年嘅雙王制 呢個被稱為"菲律賓統治權" ("Domínio Filipino"), 因為當時嘅三個西班牙王都叫菲利普 ("Filipe"). 1589 年,里斯本 成為 英國 軍艦 侵攻 目標
弗朗西斯·德雷克 (Francis Drake) 率領,而伊莉莎白女王支持葡萄牙的冒充者安東尼奧 (Antonio),克拉托 (Crato) 的主教,但克拉托 (Crato) 缺乏支持,而這次遠征失敗了. 1640年12月1日,由里斯本嘅貴族同資產階級組織嘅政變開始,重建葡萄牙嘅獨立. 1640 年到 1668 年嘅呢個時期,葡萄牙同西班牙之間經常發生衝突,亦有短時間嘅更嚴重嘅戰爭,直至 1668 年嘅里斯本条约簽署.