喺第二次世界大戰期間,德國佔領咗呢個城市
1939 年 9 月 5 日到 1945 年 1 月 22 日,呢個地區成為 Reichsgau Wartheland 嘅一部分. 波蘭人受到各種罪行折磨 包括謀殺,被送到納粹集中營同埋被驅逐. 1939 年 11 月 7 日,馬爾戈寧嘅居民係喺附近嘅莫茲沃村被殺嘅 41 個波蘭人之中. 1939年12月10日至12日,德國人將好多波蘭人趕到德國佔領中部波蘭嘅華沙區. 德國喺呢座城市設立咗一間納粹監獄 同埋一個強制勞動營俾猶太人使用. 波蘭嘅地下抵抗運動喺馬爾戈寧活躍, 好多成員喺集中營死咗, 因為德國人發現咗佢哋嘅活動. 第二次世界大戰結束之後,呢個地區重新歸屬波蘭.