五日後,當布爾戰爭爆發時,諾克斯被授予第十三步兵旅嘅指揮權,指揮第六師團嘅動員,指揮官係凱利-肯尼將軍,呢個師團係南非戰地部隊嘅一部分. 喺金伯利嘅救援之後,佢參加咗帕爾德伯格戰役
1900 年 2 月,佢喺胸部俾人射傷得好嚴重 1902年3月,佢被任命為<unk>蘭河殖民地的布倫<unk>登駐<unk>隊嘅指揮官. 當年六月戰爭結束後,諾克斯喺"SS Dunottar Castle"上返回英國,佢喺1902年七月抵達南安普敦. 喺戰爭期間,佢三次被提及,獲得南非女王<unk>章同南非國王<unk>章,提升為將軍 (1899年12月4日),並喺1901年4月南非榮<unk>榜上被授予<unk>章 (<unk>章係1900年11月29日,佢返國後,喺1902年10月24日,愛德華七世王喺白金漢宮授予佢).