1882年,學院被分成捷克語同德語,自然科學學院喺 1920-1939年成為一個獨立嘅機構. 1939 年 學校被納粹德國嘅軍人封閉 然後對老師同學生施加殘酷迫害 1945年佔領結束之後,藝術學院又<unk>勃發展咗幾年,但喺 1948 年,由共產黨政變強制解散. 學院嘅聲望迅速下降, 因為好多受人尊敬嘅老師被迫離開, 引入咗馬克思主義同列寧主義嘅研究. 十九世紀六十年代,學院開始慢慢地開放俾當時嘅著名思想家,但呢個趨勢喺1968年被蘇聯佔領之後扭轉,而Jan Palach,系學院嘅一個學生,抗議自己放火. 捷克斯洛伐克嘅共產主義政權崩潰之後
1989年,同學會嘅代表離開咗,佢重新成為咗國內最受尊敬嘅大學之一.