1796年九月,Johnston 被任命為州長John Hunter的副軍長,1800年獲得少校的<unk>士<unk>位. 同一年,约翰斯顿被州长威廉·帕特森 (William Paterson) 逮捕,指控他"支付警官酒费,以及违反命令". Johnston 拒絕在殖民地接受軍事法庭審訊, 所以 Hunter 派佢去英格蘭. 喺嗰度,因為喺澳洲有證人參與審理嘅困難, 訴訟結束咗,Johnston喺 1802 年返到新南威爾斯. 1803年,喺帕特森病嘅時候,約翰斯頓暫時領導新南威爾士軍團,並參與國王同軍隊之間嘅衝突. 1804 年 3 月,佢喺城堡山上 反抗軍嘅囚犯陣營嘅指揮官
我覺得: 當帕特森被派去達林普爾港時,約翰斯頓成為新南威爾士軍團嘅指揮官.