1939 年莫洛托夫 - 里本特朗普協定之後 蘇聯佔據咗俄羅斯 俄羅斯 NKVD 嘅嚴<unk>政策亦被實行 1939 年 12 月,未完工嘅監獄被 NKVD 接管,並用嚟收容來自蘇聯佔領波蘭各個地方嘅政治犯. 喺嗰度有 1,500 到 3,000 位囚犯生活喺極恶劣嘅條件之下 新嘅囚犯喺之前被轉移到古拉格同埋其他蘇聯監獄之後先至嚟到呢度 1940年,當地大多數波蘭人被捕,被轉移到蘇聯各個監獄. 1941年,蘇聯同德國爆發戰爭之後,喺1941年6月24日至6月25日,大約550名杜布諾監獄嘅囚犯被撤離的國民安全部處決,其中只有8人幸存下來. 大概喺嗰個時候,喺市區附近 (同埋魯茨克同布羅迪附近) 發生咗一場大型坦克戰爭. 1941年喺布羅迪戰役,德國第1坦克集團嘅隊長,Ewald von Kleist, 打破咗蘇聯第九,十九機械化軍團,以及第八機械化軍團嘅反擊. 第八軍團坦克集團奪取了杜布諾,並在德國更強大的軍隊奪回之前佔領了5天 (在Konstantin Rokossovski,Nikolay Feklenko和D.I Rybjasev的指揮下,第八軍團坦克集團的指揮官分別是大隊委員N.K. Popel). 冇幾耐之後,德國入侵咗呢座城市 喺戰爭期間
德國人炸毀咗 18 世紀嘅市政廳