1998 年,奧尼爾將重點放喺拉登身上 佢喺組織裏面設立咗一個基地組織 1998 年 8 月,美國兩間大使館遭到炸彈攻擊
肯尼亞首都奈洛比 同坦桑尼亞首都達爾薩拉姆 同時發生嘅事件 奧尼爾希望能夠參與呢個調查 因為佢對奧薩瑪·本拉登嘅恐怖組織 基地組織有好大嘅了解 佢說服咗FBI局長Freeh 將案件交畀佢嘅辦公室 檢察官Mary Jo White之後話.. "John O'Neill 調查緊東非大使館爆炸案 針對世界各地嘅國際恐怖分子嘅成功調查 畫咗個模板".