因為1920年代同1930年代嘅反猶太主義同迫害, 科尼斯堡嘅猶太人口喺1933年納粹黨通過"Machtergreifung"控制時已經下降. 喺嗰年,只有 3,500 個猶太人住喺嗰個城市 戰前納粹德國嘅反猶太立法,由埃里希·科赫 (Erich Koch) 實施,限制咗生意,令好多科尼格斯堡嘅猶太人移民,大多去咗美國同英國. 迈克爾. 維克 (Michael Wieck) 寫道 希特勒青年組織對佢造成嘅歧視 喺1935年奧斯特博覽會嘅開幕式上,Hjalmar Schacht 無效咁批評迫害. 因為迫害,猶太人社區於1935年4月創立咗一間獨立嘅猶太學校,有82個學生; 到1935年10月,學校已經擴大到有180個學生,有6個班,有4個老師. 1938年2月,宣傳報紙"Der Student der Ostmark"發表 201位猶太商人,38位醫生,以及22位律師嘅名字.
喺 1938 年 11 月 新嘅會堂被燒毀,正教嘅 Adass Jisroel 會堂同兩個墓地被破壞;猶太學校受到攻擊,但之後又重新開放,正教會堂亦一樣,Michael Wieck喺 1941 年中旬成為巴米茨瓦. 好多猶太人被送到德國嘅納粹集中營