19世紀,當兩國都脫離西班牙獨立時, 秘魯同智利之間建立咗和平關係, 經濟同政治關係亦因此形成, 喺聯邦戰爭期間
(1836年至1839年),智利同異議派秘魯人結成軍事同盟,解放並將南秘魯同北秘魯嘅共和國從秘魯-玻利維亞聯邦重新聯合. 後來,喺1864年至1866年嘅辛查群島戰爭 (Chincha Islands War) 期間,秘魯同智利聯手抵抗佔領秘魯辛查群島嘅西班牙艦隊,打破南太平洋嘅貿易. 1870年代,喺太平洋戰爭之前嘅早期衝突當中 秘魯嘗試喺玻利維亞同智利之間 達成和平外交解決方案 儘管秘魯同玻利維亞有秘密嘅防<unk>同盟, 但即使智利入侵玻利維亞嘅安托法加斯塔港, 秘魯都冇對智利宣戰. 直到1879年智利正式宣戰秘魯同玻利維亞 兩國都冇正式宣戰 第二日,秘魯同智利宣戰 呢場戰爭嘅結果係智利入侵秘魯,摧毀咗幾座秘魯嘅建築,城市,大規模入侵,並佔領咗秘魯首都利馬兩年. 戰爭最後嘅結果喺三個參與戰爭嘅社會留下深刻嘅傷痕,秘魯同智利嘅關係持續咗一個多世紀,雖然兩國喺 1929 年嘅利馬条约下在一定程度上得到穩定.