1260年,拜巴爾斯和他的馬姆盧克軍在拿撒勒攻擊時摧毀教堂.少數弗朗西斯卡教徒成功喺拿撒勒留到1291年阿克拉城倒塌.喺之後嘅三個世紀,弗朗西斯卡教徒依據當地政治局勢,不斷地改變.這段時期嘅弗朗西斯卡教徒記錄喺1363年被驅逐,喺1468年返回,同埋喺1542年屠殺咗佢地嘅一啲成員.本地基督教家庭喺弗朗西斯卡支持下,喺這段期間都幫忙照顧教堂. 1620年,Emir Fakr ad-Din 允許弗朗西斯卡教徒返返回,當時佢哋建造咗一個小型建築物,封閉聖地被尊為瑪麗的屋子. 1730年,Zahir al-Umar 允許建造一個新教堂,讓拿撒勒成為一個中央教堂,依賴於當地政治局勢,一直在變動之中. 弗朗西斯卡教徒記錄呢段時期喺1363年被驅逐,喺1468
1954 年