除咗支持聖地嘅戰爭,海軍喺日內瓦人同鄰近嘅比薩共和國嘅對抗中扮演咗重要嘅角色. 皮薩共和國同日內瓦人爭奪科西嘉同撒丁島嘅影響力. 意大利嘅海上國家通常會掠奪對手嘅商船,而日內瓦海軍亦都被人知係壓制同參與呢種做法. 1119年,一個日內瓦中隊襲擊咗一個比薩商人車隊,開始咗第一個日內瓦-比薩戰爭. 第一次嘅戰爭亦無果斷嘅結束 但最終導致一百年嘅掠奪同海盜活動 當兩座城市都為科西嘉同撒丁島而戰 1230年代,第二場未宣佈嘅戰爭爆發喺日諾瓦同皮薩之間,呢個係格維爾夫人同吉貝林人之間嘅衝突嘅一部分. 戰爭爆發時,神聖羅馬帝國係比薩嘅一方 迫使幾內瓦去搵其他國家嘅盟友 共和國支持教皇 (當時教皇同神聖羅馬帝國皇帝有爭議),並派船隊運送一個蓋爾夫軍到羅馬,以表達對教皇的支持. 吉貝林人發現咗呢個計劃 然後同一個皮薩船隊 喺吉利奧戰役中拦截咗日內瓦海軍
喺 1241 年 因為乘客同行李嘅重擔,日內瓦海軍損失咗三艘船,另有27艘被俘. 第二次與比薩嘅戰爭喺 1243 年以白人和平結束