1999年7月,Jacoby被任命为联合参谋部的情报主任 (J2). 佢一開始帶領情報部門 研究巴爾干半島同科索沃嘅行動 北部同南部嘅監察團繼續實行對伊拉克嘅禁飛區同制裁 另外,美國海軍嘅EP-3偵察機喺海南島被中國人扣押, 因為佢同中國戰鬥機喺南海嘅任務中碰撞,
發生喺葉門嘅Aden 呢次事件促使一個根本嘅改變去分析恐怖主義 同埋支持行動部隊嘅方法,呢個改變就喺 聯合情報任務部隊,反恐 (JITF-CT) 裏面體現,呢個聯合工作人員喺聯合軍總長J-2嘅指引下喺国防情報局嘅一部分運作. 2001 年 9 月 10 日下午,Jacoby 提倡增加 JITF-CT 资金. 2001 年 9 月 11 日 五角大楼遇襲時,佢喺嗰度 佢帶領聯合情報部隊嘅組織,參與全球反恐戰爭嘅情報計劃同喺阿富汗嘅軍事行動,喺阿富汗嘅戰鬥行動嘅初步階段監督咗J-2嘅活動,並喺開發同支持一個叫做"2加7"嘅行動概念方面發揮咗重要作用,呢個概念成為咗美國拆除基地組織嘅行動嘅中心點,並攻擊咗基地組織嘅中央領導同規劃功能. 佢哋嘅行動係集中喺兩個領袖 同七位最高嘅行動規劃者身上 結果就係組織能力大幅下降 Jacoby喺2002年7月 完成咗佢一年嘅延續任期