1567年2月,達爾尼利的住所被爆炸毀滅,他在花園中被發現被謀殺. James Hepburn,Bothwell的第4伯爵,通常被認為策劃了達爾尼利的死亡,但他在1567年4月被釋放,下個月他嫁給瑪麗.對夫妻的起義之後,瑪麗被囚喺Loch Leven Castle.在1567年7月24日,她被迫放棄身分,為她一歲大的兒子有利.在未成功的試圖奪回王位後,她逃往南方尋求她一旦被移除的第一表哥伊麗莎白一世女王的保護.瑪麗曾經宣稱伊麗莎白的王位為自己的,被認為是英國的合法君主,包括許多天主教參與者,在一場名為伊麗莎白一世的反叛中,被稱為執政者.在1586年,瑪麗被判犯有謀殺伊麗莎白一世的謀殺案,並被判處在英國內部監獄.
馬利亞