1941年6月22日,德國入侵蘇聯嘅"巴巴羅薩行動"開始後,耶莫爾金同佢嘅部隊喺西南戰線作戰. 作為第26個軍隊嘅一部分,呢個師團同佢嘅軍團喺Drogobych地區開始咗戰爭. 喺1941年6月25日嘅邊境戰爭中,作為部隊嘅一部分,該師團發動咗反擊行動
喺布羅迪 (Brody) 同杜布諾 (Dubno) 區域,然後激烈嘅戰鬥後,佢哋向普羅斯庫羅夫 (Proskurov) 同維尼茨 (Vinnytsia) 撤退. 6月28日,在拉迪维洛夫 (Radzivilov) 地区的战斗中,当时的少校耶莫尔金 (Yermolkin) 被弹片伤. 8月,喺基輔戰爭中,佢被任命為第7號機動師團第300號機動步槍連隊嘅指揮官,佢喺基輔以南嘅激烈戰鬥中領導第26軍. 耶莫爾金喺九月被圍困,但喺十月返到蘇聯陣線之後,佢接手169步兵師團第680步兵連隊嘅指揮,佢喺沃爾<unk>斯克地區嘅西南戰線第38軍團嘅一部分,參與咗重戰. 從12月開始,佢指揮第199步兵師團嘅第584步兵師團. 1942年7月,耶爾莫爾金成為304步兵師團的副指揮官.