1139 年開始,科因布拉成為葡萄牙王國嘅首都,並主要受惠於國王嘅慷慨捐贈,直至 1260 年政府轉移到里斯本. 有名嘅主教包括:Pedro (1300年),Dinis國王的總理; João Galvão,他於1472年9月25日被阿方索五世國王授予阿加尼爾伯爵的稱號,以表達他對阿西拉和坦吉爾的征服服務的感激;以及 Manuel de Menezes (1573<unk>78),1556年至1560年科因布拉大學的前校長,他在Alcácer Quibir戰役中與塞巴斯蒂安國王一同死亡
1578 年 8 月 4 日