1940年10月23日,立陶宛空軍正式解散. 立陶宛空軍 (77名高级官員,72名初級官員,59名私兵,20架飛機) 一部分被重組成紅軍第29個領土步兵隊航空隊,亦被稱為國家中隊 ("Tautinė eskadrilė"). 其他飛機同裝置都被紅軍13號同213號空軍基地收走. 大約有三分之一的Tautinė eskadrilė人員受到壓制
蘇聯當局,有好大一部分加入六月起義, 開始德國入侵蘇聯之後, 多個Tautinė eskadrilė嘅飛行員,少過六架飛機都同蘇聯軍隊撤退.