1941年至1945年1951年,蘇聯從愛沙尼亞大量驅逐出境. 1941 年六月,兩個最大嘅流放浪潮發生
喺波羅的海三個國家 (愛沙尼亞,拉脫維亞同立陶宛) 同時舉行. 遣返嘅目標主要係婦女,兒童同老人 被稱為"反蘇聯分子". 除此之外,有根據種族 (德國人於1945年,英格蘭芬蘭人於1947年至1950年) 及宗教 (耶和華見證人於1951年) 而被驅逐出境. 列寧格勒地區嘅愛沙尼亞人自 1935 年開始被驅逐出境