喺德國入侵蘇聯時,海軍係 蘇聯唯一一支軍隊 完全準備就緒嘅部隊之一. 6月19號號號碼號已經準備好,而6月21號午夜,海軍總司令庫茲涅佐夫提督將號碼號轉移到第1號號碼號. 作為波羅的海艦隊的總長,潘特萊耶夫喺將艦隊準備好打仗方面有很大嘅參與. 八月下旬,入侵期間,佢係蘇聯撤離塔林嘅隊伍中
9月1日,佢指揮一隊蘇聯戰艦,並喺科伊維斯托撤離第50步兵隊. 佢喺日記中描述 塔林喺夜晚遭到強烈攻擊 敵人已經改咗戰術, <unk>入咗小隊伍... 所有飛行場都被敵人佔領 我哋嘅飛機飛去東方. 舰队和城市都受到轰炸和炮击. 迷人嘅Pirita燒著... 其他郊區亦都著火 大型城市火災 啲輸油管都喺港口<unk>起嘅 煙霧遍佈到每個地方... 船隻同岸邊嘅炮火並無停止 我哋喺緬納港嘅指揮站 受到不斷嘅攻擊