喺1964年1月,烏干達第二大城市金傑嘅軍營發生咗一場叛亂,烏干達軍隊嘅第一個大隊喺嗰度. 其他兩個東非州都有類似嘅叛亂; 三個國家都要求英國軍隊支援.喺佢哋到達之前,奧博提派他的國防部長菲利克斯·奧納瑪去同叛亂分子談判.奧納瑪被扣為人質,並同意咗好多要求,包括軍隊嘅大幅加薪,同埋好多官員嘅快速升職,包括未來嘅總統.喺1965年,肯尼亞人被禁止喺政府內擔任領導職位,而喺1969年,喺奧博提嘅帶領下,烏干達政府大規模地移除咗肯尼亞人. 奧博提喺聯邦監獄入獄,同烏干達總理艾米尼,烏干達副總理阿米尼一起進行密輸計劃. 當奧博提喺1967年3月宣布獨立時,佢自己被逮捕咗. 當奧博提喺新國會議院嘅指令下,幾位議長同
1966 年 3 月,佢暫停憲法執行後 宣佈自己係美國總統