1102年,之前獨立嘅克羅埃西亞王國同匈牙利王國係同一國王拉迪斯拉夫一世所統治嘅個人聯盟.喺1527年,奧斯曼帝國征服咗克羅埃西亞,喺莫哈奇戰役敗戰慘敗之後,克羅埃西亞貴族選咗神聖羅馬帝國皇帝費爾登登一世為克羅埃西亞嘅新王. 匈牙利嘅貴族分咗兩份,但哈布斯堡王朝吞咗匈牙利王國,令克羅埃西亞同匈牙利都喺一個王國之下. 1848 年匈牙利革命期間
克羅埃西亞支持奧地利人,因此克羅埃西亞人班約西普·耶拉奇奇 (Ban Josip Jelačić) 幫助奧地利喺1849年擊敗匈牙利軍隊,開始德國化時期. 到 1860 年代,呢個政策的失敗顯然,導致 1867 年嘅奧地利-匈牙利妥协,以及奧地利帝國同匈牙利王國之間建立個人聯盟. 克羅埃西亞嘅地位問題喺 1868 年嘅克羅埃西亞同匈牙利和解中得到解決,克羅埃西亞同斯拉夫尼亞兩個王國合而為一,成為克羅埃西亞-斯拉夫尼亞王國. 1918年10月29日,奧地利-匈牙利在第一次世界大戰敗戰之後,克羅埃西亞國會宣布獨立,並決定加入新成立的斯洛文尼亞人,克羅埃西亞人與塞爾維亞人國,終結了哈布斯堡統治和816年以來跟匈牙利的個人聯盟. 通過"特里安諾条约",匈牙利失去梅季穆爾耶縣同埋巴拉尼亞嘅南部,歸屬咗克羅埃西亞. 自從二戰之後 兩國之間嘅關係一直都係由同納粹,蘇聯同南斯拉夫合作 直到1989年革命同南斯拉夫解體之前 1992年匈牙利同其他歐盟成员国承認克羅埃西亞獨立,並喺克羅埃西亞獨立戰爭中支持克羅埃西亞.