Osatu esaldi hau: Bakterioek hainbat konposatu organiko desegiteko gaitasuna dute, harrigarria da, eta hondakinen tratamenduan eta biorremediazioan erabili izan da. Petrolioaren hidrokarburoak digeritzeko gai diren bakterioak petrolio isuriak garbitzeko erabiltzen dira maiz. Ongarriak gehitu zizkioten William Prinsipearen itsaslabarretako hondartza batzuetan 1989an izandako uholdearen ondoren.
"Exxon Valdez" gas isurketa. Saiakera hauek emaitza onak izan zituzten hondartzetan, ez baitziren gehiegi petrolioz estalita. Bakterioak industria hondakin toxikoen biorremediazioan ere erabiltzen dira. Industria kimikoan, bakterioak garrantzitsuenak dira produktu kimiko enantiomerikoki garbiak ekoizteko, farmazeutiko edo nekazaritzako produktu kimiko gisa erabiltzeko.