2006ko otsailaren 15ean, Benedikto XVI.a Aita Santuak Egiptoko Nunzio Apostol eta Estatu Arabiarren Ligako Ordezkari izendatu zuen, bere lehen postu diplomatikoa. Akademia Elizko Pontifikora joan ez den nunzio gutxietako bat izan zen. BBCren arabera, "Alemanian jaio zen pontifizearen erabakiak nahasmena eragin du. Vatikanoari buruzko txosten baten arabera erabakia hartuta dago. Fitzgeraldek esan zuen: "Arabierazko eta islamiar ikerketetan dudan oinarria, ziurrenik, erabilgarria dela une honetan Egiptorekin eta mundu islamiarreko gainerakoekin harremanak garatzeko". Vatikanoaren korrespontsal batek Fitzgeralden aldaketa honela izendatu zuen: "Aspaldiko Aita Santuaren erabaki txarrena" eta prentsak bere ausentziari erreparatu zion Benediktok musulmanak iraindu zituenean bere Regensburgeko hitzaldiarekin.
2006ko irailean. Fitzgerald-en transferentzia Benedikto-k Kuriako sailen berrantolaketaren parte zela frogatu zen, kristau ez direnekin erlijioen arteko eztabaidak berorientatzeko, PCID-ko presidentearen papera Kultura Kontseilu Pontifikokoarekin bat eginez, Benedikto-k 2006ko martxoan abiarazi zuen berrantolaketa eta 2007ko ekainean atzera egin zuen.