12 urtean, Zanetti ez zuten kanporatu. Bere ibilbidean lehen aldiz 1999ko otsailaren 17an kaleratu zuten Italiako Kopako Parmaren aurkako partidan, baina Serie A-ko partida batean kaleratu zutenean bere sarea hautsi zuen.
Udinezen aurkako partida, 2011ko abenduaren 3an. Bi aldiz bakarrik bota dute, Interren bere ibilbidean zehar.