2015eko abuztuan, Frederiksen Danimarkako 21 urtez azpiko taldeko entrenatzaile izendatu zuten, bi urteko kontratua sinatuz. Bere lehen partidan, 1<unk>2 galdu zuten Alemaniaren aurka Lübecken, Schleswig-Holsteinen, Lohmühle estadioan jokatu zen lagunarteko batean. Frederiksenen agintepean, Danimarka U21 Europako Txapelketarako sailkatu zen 2017an.
eta 2019an, non taldeko faseetan kanporatu ziren, hirugarren eta bigarren sailkatuz, hurrenez hurren.