Trajkovskiren agintaldia mazedoniarren eta albaniar gutxiengoaren arteko tentsioek markatu zuten. Kosovoko gerraren ondorioak hilabeteetako borroka armatuetara eraman zuen.
Mazedoniako segurtasun indarren eta albaniar matxinoen arteko gatazka, haien estatusaren hobekuntzak nahi dituztenak gutxiengo legitimatutzat eta oro har, baldintza ekonomiko, administratibo eta juridiko hobeak. Bere botereak mugatuak izan arren eta bere rola, neurri handi batean, zeremoniala izan arren, 2001ean NATOk bitartekari izandako bake akordio baten buru izan zen, indarkeria amaitu eta Mazedoniako Errepublikan gerra zibila eragotzi zuena. Elkarrizketa etnikoan moderatu gisa ikusi zuten, albaniar etnikoen inklusio handiagoaren alde argudiatuz, eta gatazkaren konponbidean funtsezko pertsonaia izan dela esan dute. Boris Trajkovskiren laguna eta aholkularia bere kabineteburu Zoran Jolevski izan zen, Mazedoniako enbaxadorea izan zen Amerikako Estatu Batuetan eta Estatuaren izenaren negoziatzailea izan zen Mazedoniako izenaren gatazkan.