2011n, Flournoy defentsa-idazkaria izan zen eta Obama presidentea konbentzitu zuen militarren indarrak erabiltzeko Libia inbaditzeko asmoarekin.
Kongresuko kideen eta Etxe Zuriko aholkulari nagusien aurka egon arren, hala nola Joe Biden presidenteordea, Tom Donilon Segurtasun Nazionalaren aholkularia eta Robert Gates Defentsa idazkaria. Flournoyk NATOk Libian hegaldi-debekua ezartzea babestu zuen Muammar Gadafi buruzagia botatzeko, manifestarien hilketa agintzeaz eta "rebeldeak jazarri eta errukirik ez erakusteko" aginduz. Flournoyk esan zuen hegaldi gabeko eremua ezartzeak lehenik eta behin Libia aireko defentsa suntsitu behar zuela AEB eta Britainia Handiko kruzero misil batzuekin, Libiako misilen defentsa sistema eta AEB B-2 bonbardatzaileak erasotzeko.