Osatu sentsazio hau: Clemens erretirora itzuli zen eta urtebeteko kontratua sinatu zuen Houston Astrosekin 2004ko urtarrilaren 12an. 2004ko maiatzaren 5ean, Clemensek bere 4.137 strikeout karrera grabatu zuen, Nolan Ryanen atzetik bigarren postuan kokatuz. National League All-Star taldeko titular izendatu zuten, baina azkenean galdu zuen partidu hartan, sei lasterketa egin eta bost kolpe lortu ondoren, tartean Alfonso Soriano-ren hiru lasterketako home run bat. Clemensek 18-4ko errekor batekin amaitu zuen denboraldia, eta bere zazpigarren Cy Young saria jaso zuen, inoizko jokalari zaharrena bihurtuz, 42 urte zituela. Horrela, bi ligatan saria irabazi duten sei pitcherretako bat bihurtu zen, Gaylord Perry, Pedro Martínez eta Randy Johnsonekin bat eginez, eta geroago Roy Halladay eta Max Scherzerekin. Clemens izan da pitcherrik onena Astros taldean.
2004ko NLCSan St. Louis Cardinals taldearen aurka, 6 jardunaldietan 4 lasterketa egin zituen. Ondo jaurtitzen zuen arren, seigarren jardunaldian nekatu egin zen, eta lau lasterketa eman zituen.