Historia 3394. urtean kokatzen da, gizateriak Lurretik ihes egin eta mila urte geroago, forma aldatzen duten alienen arraza batek suntsitu ondoren, Gauna (奇居子 ((ガウナ))), planetaren hondakinetatik sortutako ehunka espazio-ontzi masiboetan. Halako ontzietako bat Sidonia da, bere giza kultura garatu duena, Japoniakoan oinarrituta, non giza klonazioa, ugalketa asexuala eta giza ingeniaritza genetikoa, gizakiari fotosintesia ematea, ohikoak diren. Halaber, agerian dago gizarte honen goi mailak hilezkortasuna eman dietela ezkutuan. 500.000 biztanletik gorako biztanleekin, Sidonia da, agian, beste ontzien zoria ez dakigunez, azken gizaki-kolonizazioa.
Japonia