Osatu esaldi hau: 1861ean, Hawkins-ek lagundu zuen New Yorkeko 9. Infanteriaren sortzen, Zouave estiloko erregimentu bat, "Hawkins Zouaves" izenarekin ezaguna, Gerra Zibilean zerbitzatzeko. 1861eko maiatzaren 4an erregimentuaren koronel izendatu zuten Hawkins eta bereizketaz zerbitzatu zuen Ipar Karolinan gerraren hasieran. Benjamin F. Butlerren esploratzaile taldeak
1861. urtean Hatteras gotorlekua hartu zuten. Fort Hatteras-eko bere zerbitzuengatik brigada jeneralaren mailara igotzea espero zuen, baina, ordea, aginteari uko egiteagatik kendu zioten. 1861eko urriaren 8an, Hawkins-ek ez zegoen pozik idatzi zuen: "Brigadako jeneralak hain arraroak dira gaur egun, ez nukeela ohore handitzat hartuko bat izateak". Hawkins-ek 1866an brigadako jeneralaren mailako promozioa jasoko zuen, 1865eko martxoaren 13tik aurrera. Bere borrokarako grina izan arren, Hawkins-ek Abraham Lincoln lehendakariaren arreta bereganatu zuen. Hawkins Etxe Zurira gonbidatu zuten, lehendakariarekin eta George B. McClellan jeneralarekin hitz egiteko. Han, funtsezkoa izan zen Ipar Karolinako Pamlico Sound-en aurkako operazio bateratu bat egiteko aukerari buruz Batasuneko aginte gorena konbentzitzeko.