Osatu hurrengo esaldia: Mississippi Estatua bereizi ondoren, Gerra Zibila hasi baino lehen, Barksdale Kongresutik dimisioa eman zuen Mississippi Miliziako jeneral laguntzaile izateko, eta ondoren kuartelburu nagusia, brigadako jeneralaren mailakoa, 1861eko martxoaren 1ean. Maiatzaren 1ean, Estatu Konfederatuen Armadako koronela izendatu zuten 13. Mississippi Infanteriako, uda hartan Bull Runeko lehen guduan eta urrian Ball's Bluffeko guduan gidatu zuen erregimentua. Hurrengo udaberrian, bere erregimentua Virginiako penintsularantz eraman zuen eta Penintsulako kanpainan eta Zazpi Egunetako guduan borrokatu zen. Bere brigadako komandantea, Richard Griffith jenerala... hil egin zen...
1862ko ekainaren 29an, Barksdalek brigadaren agintea hartu zuen eta Malvern Hill-eko guduan eraso heroiko, baina odoltsua eta alferrikakoa egin zuen. Brigada "Barksdaleko Mississippi Brigada" bezala ezaguna egin zen. 1862ko abuztuaren 12an brigada jeneralaren mailara igo zuten.