Gerra Zibila hasi zenean, Kirkland hasiera batean kapitain izendatu zuten Konfederatuen armadan eta gero Ipar Karolinako 11. Boluntarioen koronela aukeratu zuten, geroago Ipar Karolinako 21.a izendatu zuten, 1861eko ekainean. Lehen Manassas-en bere erregimentuaren agintea hartu zuen Milledge Bonham brigada jeneralaren barruan, baina ez zen esanguratsua izan. Urrian, Ipar Karolinako 21. erregimentua Isaac Trimble-ren brigadari atxiki zitzaion eta hurrengo udaberrian, Stonewall Jackson-en Shenandoah Haraneko kanpainan parte hartu zuen. Kirklandek bi izterretatik jaso zuen tiroa Winchesterreko lehen guduan.
Hilabeteak daramatza eraginkortasunik gabe. Osatu zenean, Patrick Cleburnen kabineteburu izan zen 1862ko abenduan Murfreesboro kanpainan.