Ondorengo esaldia osatu: 2008ko irailaren 16an, Puyol-ek 400. agerraldi bat egin zuen Bartzelonaren alde, Txapeldunen Ligako talde fasean, Sporting CP-ren aurka. Ligako denboraldian, lesio arazoak gorabehera, 28 partidetan parte hartu zuen eta beste liga bat irabazten lagundu zien. Bere gol bakarra Real Madrilen aurka egin zuen "El Clásico" partidan, Santiago Bernabéun, 2009ko maiatzaren 2an, 6 eta 2ko garaipenarekin amaitu zena, eta bere gola ospatu zuen Kataluniako bandera beso-orratza musukatuz Madrilgo zale amorratzen aurrean. Taldearentzat ezinbestekoa izan zen, baita 2009ko Copa del Rey irabazteko ere, 2009ko Txapeldunen Liga,
2009ko UEFAren Super Kopa eta 2009ko FIFA Klubeko Munduko Kopa aurrekaririk gabeko sextuplea osatzeko, ia 100 partida ofizialetan parte hartuz.