1938ko irailaren 29an, Thomas armadara deitu zuten. 1939ko abuztuaren 13an, gurutzailerekin bat egin zuen, eta han ari zen zerbitzatzen Bigarren Mundu Gerra hasi zenean. 1940ko ekainaren 27an komandante izendatu zuten. Italiarrek Souda Bay-n eraso egin ondoren hondoratu zuten.
, HMS "Nile" ontzira bidali zuten, Egipton, eta Mediterraneoko Flotako Komandante Nagusiaren langileen artean aritu zen. Bigarren aldiz ezkondu zen 1941eko irailaren 10ean, Mary Fedora Douglas-Watson pianista eta konpositorearekin. Francis Douglas-Watson komandantearen alarguna izan zen eta Anthony St. Ledger senatari australiarraren alaba.