Kiernan gudara joan nahi izan zuen eta komandante egin zuten 6. Missouriko erregimentuan. 1863ko maiatzean
Port Gibson, Missouri, zauritu egin zuten ezkerreko biriketan, eta hilda zegoela uste zuten. Berreskuratu eta espetxeratu ondoren, ihes egin zuen eta bere kargua utzi zuen. 1863ko abuztuaren 1ean, Abraham Lincoln presidenteak boluntarioen brigadier jenerala izendatu zuen; Mississippi ibaian Miliken's Bend-en postu bat zuzentzen zuen. Hala ere, osasun-arazoak, gudu-zelaian jasandako zaurien ondorioz, 1864ko otsailaren 3an dimisioa ematera behartu zuen.