Lee 1941eko martxoan askatu zuten Turkiako postutik, eta Egiptora iritsi eta berehala, John D'Albiac aireko komandantearen goi ofiziala izendatu zuten. Greziako aireko armadaren komandantea,
Italiarren inbasioa. Hasierako arrakastak izan arren, alemaniarren esku hartzeak laster defentsiban jarri zituen aliatuen indarrak, eta britainiarrak azkenean kanporatu zituzten, lehenik Kretara, eta gero Egiptora. 1941eko gainerako urteetan, Lee Estatu Nagusiko RAF Ekialde Hurbileko Komandoko (operazioak) ofiziala izan zen, eta gero Desert Air Force-eko Aireko Estatu Nagusiko Ofiziala.