1940ko urrian Japoniako Itsas Armadako Estatu Nagusietara, Operazioetako sailburu izendatu zuten, eta hala jarraitu zuen Pazifikoko Gerraren lehenengo bi urteetan, Pearl Harborreko erasoari aurre egin zuen garaian. Era berean, gogor egin zion aurre Isoroku Yamamoto almirantearen Midwayko operazioaren planei.
Japoniak okupa dezala Fiji eta Samoa, garrantzi estrategiko handikoak. Tomiokak ere bultzatu zuen Port Moresby okupatzean zentratu zedin, Australian inbasio bat egiteko edo AEBetako garraiolari flota bere etxeko baseetatik ahalik eta urrunen ateratzeko. Yamamotok dimisioa emateko mehatxua egin zuenean, uko egin zioten.