1784an Poloniara itzuli zenean, Kościuszko poloniar-lituaniar Komunitatearen Armadako jeneral nagusia izendatu zuten 1789an. 1792ko gerra poloniar-errusiarraren ondoren
1794ko martxoan Errusiar Inperioaren aurkako altxamendu bat agindu zuen, 1794ko urrian Maciejowice-ko guduan harrapatu zuten arte. Azaro hartan Kościuszko altxamenduaren porrotak Poloniaren hirugarren zatiketa ekarri zuen 1795ean, eta horrek Erresuma Batua amaitu zuen. 1796an, Katalina II.a tsaritzaren heriotzaren ondoren, Kościuszko bere ondorengoak, Paul I.a tsarrak, barkatu zuen eta Estatu Batuetara emigratu zen. Thomas Jeffersonen lagun gertukoak, zeinekin giza eskubideen idealak partekatzen zituen, Kościuszko testamentua idatzi zuen 1798an, bere AEBetako ondasunak AEBetako esklaboen hezkuntzari eta askatasunari eskainiz. Kościuszko Europara itzuli zen eta Suitzan bizi izan zen 1817an hil zen arte. Bere testamentua betearaztea geroago zaila izan zen, eta funtsak ez ziren inoiz Kościuszokok nahi zuen helburuarekin erabili.