John Paul II.a Aita Santua 2005eko apirilaren 2an hil ondoren, Bergoglio haren hiletara joan zen eta Aita Santuaren oinordekotza lortzeko "papabile"etako bat izan zen. 2005eko konklabe pontifikoko kardinal hautatzaile gisa parte hartu zuen.
Benedikto XVI.a Aita Santua hautatu zuena. "National Catholic Reporter" egunkarian, John L. Allen Jr.k, Bergoglio 2005eko konklabean aurreneko postuan zegoela salatu zuen. 2005eko irailean, "Limes" aldizkari italiarrak argitaratu zuen Bergoglio konklabe horretan Ratzinger kardinalaren aurkari nagusia izan zela eta hirugarren bozketan 40 boto jaso zituela, baina laugarren eta erabakigarrian 26 boto jaso zituen. Konklabean egon zen kardinal anonimo baten egunkarian oinarritu ziren erreklamazioak. Andrea Tornielli kazetari italiarraren arabera, boto kopuru horrek ez zuen aurrekaririk Latinoamerikako "papabile" batentzat. La Stampak jakinarazi zuenez, Bergoglio Ratzingerren aurka zegoen hauteskundeetan, harik eta kardinalek berari botoa ez emateko erregutu zuen arte. Torniellik dioenez, Bergogliok eskatu zuen konklabeak gehiegi atzeratzea Aita Santua aukeratzeko.