1937an, Inperioaren Kuartel Nagusiak agindua eman zion flota bateratuari. Ozeano Bareko Gerraren hasierarekin, Flota Konbinatuaren "Kido Butai" (I. Air Fleet) taldeak Pearl Harborren egindako erasoarekin, Flota Konbinatua Japoniako Itsas Armadaren sinonimo bihurtu zen, Isoroku Yamamoto almirantearen agindupean 1943ko apirila arte, bere hegazkina Bougainville uhartean AEBetako aireko indarrek erori ondoren hil zenean. Batailoiak, hegazkin-ontziak, hegazkinak eta IJNren borroka-indar nagusia osatzen zuten osagaiak zituen. Hasieran Midwayren guduan mobilizatu zen. Midwayn izan ziren txikizioen ondoren eta hondamendiaren ondoren
Salomon uharteetako kanpainan, itsas armada "Area Fleets" zenbait "Area Fleets" bihurtu zen, hainbat eremu geografikoen kontrol operatibo lokala lortzeko. Gero, flota konbinatua erakunde administratibo bihurtu zen.