1862ko martxoan, Waddell komandantea Konfederatuetako itsas armadan sartu zen. New Orleansera bidali zuten, eta CSS "Mississippi" blindatu osatugabeari esleitu zioten apirilaren amaieran suntsitu arte. Hurrengo hilabetean, lehorreko artillero ofizial gisa,
Konfederatuen lerroen eta Virginiako armadaren artean. 1862ko gainerakoan eta 1863an Charlestonen, Hego Carolinan, lehorreko bateriaren zerbitzu gehiago ikusi zuen. 1863ko martxoan atzerrira bidali zuten Waddell tenientea, Ingalaterran egon zen itsasoko posizio baten eskuragarritasunaren zain.