1937an, Inperioaren Kuartel Nagusiak... flota hori bere gain hartu zuen. Ozeano Bareko Gerraren hasierarekin, Flota Konbinatuaren "Kido Butai" (I. Air Fleet) taldeak Pearl Harborren egindako erasoarekin, Flota Konbinatua Japoniako Itsas Armadaren sinonimo bihurtu zen, Isoroku Yamamoto almirantearen agindupean 1943ko apirila arte, bere hegazkina Bougainville uhartean AEBetako aireko indarrek erori ondoren hil zenean. Batailoiak, hegazkin-ontziak, hegazkinak eta IJNren borroka-indar nagusia osatzen zuten osagaiak zituen. Hasieran Midwayren guduan mobilizatu zen. Midwayn eta Salomon uharteetan galera izugarriak izan ondoren,
, itsas armada "Eremu flota" batzuetan birrantolatu zen, hainbat eremu geografikoen kontrol operatibo lokala lortzeko. Gero, flota konbinatua erakunde administratibo bihurtu zen.