Jacksonek Estatu Batuetako Armadako ibilbidea hasi zuen K Konpainiako bigarren teniente gisa, Estatu Batuetako 1. Artilleriaren Erregimentuan, Pensilvaniatik, Ohio eta Mississippi ibaietatik New Orleanseraino, eta handik tropak Point Isabelera, Texasera, ontziratu ziren eta 1846tik 1848ra Mexiko-Estatu Batuen Gerran borrokatzera bidali zituzten. Jacksonen agintariek Taylor jeneralaren aurrean aurkeztu eta Matamoros eta Camargotik Montereyra eta gero Saltillo-ra joateko agindu zioten. Buena Vistako gudua baino lehen, Jackson tenientearen agintaritzak Taylor jeneralaren armadatik erretiratzeko agindua jaso zuen eta Rio Grande ibaiaren bokalekura joateko, non Veracruzera transferituko ziren. Veracruzeko setioan izan zen.
Contreras, Chapultepec eta Mexiko Hiriko batailetan. Bi promozio izan zituen, batailetan lehen tenientea, eta bestean, Armadako ofizial goren bat. Mexikon izan zen Thomas Jackson Robert E. Leerekin topo egin zuena.