Osatu esaldi hau: 1861ean, Estatu Batuetako Gerra Zibila hasi zenean, Jonesek bere burua eskaini zuen Armadako zerbitzuan. Urriaren 3an, Ohioko 53. infanteriar erregimentuko kapitaina hautatu zuten, eta Shilohko guduan eta Korintoko setioan aritu zen. 1862ko maiatzaren 2an, Jones Ohioko 53. erregimentuko koronela eta bere komandantea bihurtu zen. Vicksburgeko setioan eta Missionary Ridge-ko guduan bere erregimentua gidatu zuen, 1863an biak. Jonesek 1864ko Atlanta kanpainan zehar ekintza gehiago ikusi zituen, Resaca, Dallas, Kennesaw Mountain eta
Atlantako harribitxia. Abuztuan, Jones brigadako komandante izendatu zuten, bere nagusia, Joseph A. J. Lightburn brigada-generala zauritu eta gerraren gainerakoan aginteari uko egin zionean. Jones koronelak orain 2. brigada gidatzen zuen William B. Hazen-en XV. Korpusoaren 2. dibisioa Jonesboron. Kointzidentziaz, dibisio horretako 1. brigada ere beste "Jones koronela" batek zuzentzen zuen, Theodore Jones Ohioko 30. Wells Jonesek 1864ko Itsasorako Martxan parte hartu zuen, eta abenduaren 13an zauritu egin zuten Fort McAllister inguruan.