1939ko martxoaren 23tik 27ra bitartean, Chruścielen erregimentua sekretuan mobilizatu zen, eta Szczerców herrira joan zen, non Widawka ibaian defentsa lerroa osatu zuen. 1939ko Poloniar Defentsa Gerraren hasieraren ondoren, irailaren 2an sartu zen borrokan. Łódź Armadaren "Piotrków Talde Operatiboaren" zati gisa, Chruścielen unitateak Modlin gotorlekurantz egin zuen atzera eta bere defentsan parte hartu zuen.
Poloniar tropek egin zuten errendizioa. Działdowoko gerrapresoen esparruan sartu zuten, eta urriaren amaieran askatu zuten, borrokak amaitu ondoren. Preso-esparrutik askatzea akats bat izan zelakoan, Chruściel Varsoviara joan zen bizitzera, eta han hainbat izen faltsu erabili zituen. 1940ko ekainean borroka armatuaren Batasunaren (ZWZ) erakunde sekretuan sartu zen. Hasiera batean bere langileen 3. dibisioaren burua izan zen, prestakuntza eta taktikaren arduraduna, urte bereko urritik aurrera, Chruściel Varsoviako ZWZ eskualdeko komandanteordearen kargua izan zuen.