Irakurri pasarte hau, eta erantzun ondoren galdera pasartearen hizkuntza berean:  1856an Kekulé Heidelbergeko Unibertsitateko Privatdozent izendatu zuten. 1858an Ghenteko Unibertsitateko irakasle titular gisa kontratatu zuten, eta 1867an Bonera deitu zuten, eta han egon zen bere ibilbidearen gainerakoan. Bere ideiak Williamson, Edward Frankland, William Odling, Auguste Laurent, Charles-Adolphe Wurtz eta beste batzuen aurrekoen ideietan oinarrituz, Kekulé egitura kimikoaren teoriaren formulazio nagusia izan zen (1857-58). Teoria hau balio atomikoaren ideiatik abiatzen da, batez ere karbonoaren tetrabalentziatik (1857ko amaieran Kekulék iragarri zuena) eta karbono atomoek elkarri lotzeko duten gaitasunetik (1858ko maiatzean argitaratutako artikulu batean iragarri zena), molekula bateko atomo guztien lotura ordena zehazteko. Archibald Scott Couper, modu independentean, karbono atomoen auto-loturaren ideiara iritsi zen (bere artikulua 1858ko ekainean agertu zen), eta lehen formula molekularrak eman zituen, non lerroek atomoak lotzen dituzten loturak sinbolizatzen dituzten. Kimikari organikoentzat, estruktura-teoriak ulermenaren argitasun berria eman zuen, eta gidari fidagarria, bai lan analitikoa bai bereziki sintetikoa egiteko. Ondorioz, kimika organikoaren alorrak leherketa handiz garatu zen puntu honetatik. Hasierako ikerketa estrukturalak jarraitzean aktiboen izan zirenen artean, Kekulé eta Couper, Frankland, Wurtz, Alexander Crum Brown, Emil Erlenmeyer eta Alexander Butlerov izan ziren. Kekuleren ideia zenbait atomo molekularen barnean zenbait posiziora esleitzeko eta eskematikoki lotzeko "Verwandtschaftseinheiten" ("affinity unitateak", gaur egun "valentziak" edo "bondaketa" deitzen direnak) izenekoak erabiliz, neurri handi batean erreakzio kimikoen ebidentzietan oinarritzen zen, molekulari zuzenean begiratzeko metodo instrumentaletan baino, hala nola X izpien kristalografian. Egitura zehazteko metodo fisiko horiek ez ziren oraindik garatu, beraz, Kekuleren garaiko kimikariek ia erabateko konfiantza izan behar izan zuten kimika "busti" delakoan. Hermann Kolbe, bereziki, gai kimikoaz oso kritikoa izan zen...  Galdera: Zein zen Kekuleren teoria zientziaren arloa?
egitura kimikoa