1861. urteko ekainaren amaieran, Hotchkiss soldadu federala bihurtu zen. Hotchkissek bere zerbitzuak eskaini zizkion Richard B. Garnett brigada jeneralari, bere brigada konfederatua Mendebaldeko Virginian ari zela. Hotchkissek Rich Mountain-en zerbitzatu zuen eta Robert E. Lee jeneralaren mendietako kanpaina aurreikusitako mapak sortu zituen. Mediku-baimena hartu zuen tifoideko sukarraren ondorioz, baina 1862ko martxoan itzuli zen Valley Distrituko ingeniari topografiko nagusi gisa, Stonewall Jackson jeneralaren agindupean. 1862ko Haraneko kanpainan Kernstowneko guduan izan zuen lehen porrotaren ondoren
1862ko martxoaren 26an, Jacksonek Hotchkiss deitu zuen Woodstock-etik gertu zegoen Narrow Passage-ko bere egoitzara eta agindu zion "Harper's Ferry-tik Lexington-era arteko haraneko mapa bat egitea, leku horietako eraso eta defentsako puntu guztiak erakutsiz". Hotchkiss-en berehalako gomendioa izan zen Woodstock-eko Stony Creek-eko Jackson-en lerroa defendatu ezinekoa zela, eta Jacksonek Rude's Hill-era erretiratu behar zuela, Mt. Jackson, ez egin hori. Rude's Hill-en, Jacksonek bere agintea berrantolatu zuen Shenandoah bailaran 1862ko kanpaina arrakastatsua burutzeko.