Japoniako Inperioak Morotai inbaditu zuen 1942ko hasieran, Holandako Ekialdeko Indietako kanpaina baten barruan. Estatu Batuen eta aliatuen indarrek Morotai guduan aurrera egin zuten.
1944ko abuztuan bonbardatu zuten, eta irailean inbaditu. Japoniako indar inperialek 1945era arte iraun zuten Morotai-n, baina ezin izan zituzten aliatuen tropak kanporatu. 1944ko azken zatian, 61.000 pertsona lurreratu ziren Morotai-n. Horien bi herenak ingeniariak ziren, eta azkar eraiki zituzten instalazioak, hala nola portua eta bi pistak, eta erregai biltegi handiak.