Nakajima Williamsek kontratatu zuen 2009ko denboraldirako. 2009ko Australiako Grand Prix-an, seigarren bihurgunean hormara jo zuen, eta lasterketatik kanpo utzi zuen. Nakajima izan zen Bahrein-en erretiratu zen gidari bakarra, bost itzuli egin zituen amaitu aurretik, olio berotuarekin. Monako Sari Nagusiaren aurreko azken txandan ere istripu bat izan zuen, hamargarren postuan. Hainbat Grand Prixetan gol bat lortzear egon zen, besteak beste, Turkiako Grand Prix-ko pit lanean atzeratu ondoren puntuak galtzea. Britainiako Sari Nagusian, Nakajimak Formula 1eko inoizko postu altuena lortu zuen, bosgarren postuan sailkatuz, Jenson Button munduko txapelketako liderraren aurretik. Hala ere, bere lasterketa arriskuan jarri zuen pit estrategia txarraren ondorioz, eta azkenean puntuetatik kanpo amaitu zuen. Nakajimak ia gol bat sartu du berriro...
Hungarian Grand Prix, 0.7 segunduko atzerapena Jarno Trullirena, 8.a. Bederatzigarren amaitu zuen berriro ere Singapurren. Brasilgoan, Nakajima berriro ere puntuak lortzeko lehian zegoen, Kamui Kobayashi hasiberriak eta bere herrikideak kanporatu zuen arte. Nakajimak denboraldia amaitu zuen puntuak lortu gabe, bere taldekidea zen Nico Rosberg-ekin, Williams taldeak lortutako txapelketako puntu guztien erantzulea izanik, Nakajima 2009an lasterketa bakoitzean parte hartu zuten pilotuetatik puntuak lortu ez zituen bakarra izanik.