Grant-en Vicksburgeko kanpainan, Logan-ek James B. McPherson-en XVII. Korpusean zegoen 3. dibisioa agindu zuen, Vicksburgeko hirian sartu zen lehena 1863ko uztailean, hura hartu ondoren. Orduan, Logan hiriko gobernadore militarra izan zen. 1863ko azaroan William Tecumseh Shermanen ondorengoa izan zen XV Korpusuaren agintean; eta Atlantako guduan
1864ko uztailaren 22an, James B. McPherson hil ondoren, Tennesseeko Armadaren agintea hartu zuen. Handik gutxira Oliver O. Howardek ordezkatu zuen. 1864ko hauteskundeetarako Illinoisera itzuli zen, baina ondoren berriro armadan sartu zen eta bere XV.