Britainiar garraiolariek ez bezala, zeinen hegazkin-erregaiak itsasoko urak inguratutako zilindro edo kutxa banatan gordetzen ziren, gerra aurreko japoniar garraiolari guztiek hegazkin-erregaien tankeak ontziaren osotasunean eraiki zituzten eta "Shōkaku" ez zen salbuespena izan. Hala ere, gerrako esperientziak erakusten zuen arte, horrek sortzen zituen arriskuak ez ziren nabarmenak izan, izan ere, horiek maiz hausten ziren eta isurtzen ziren, zeren eta zakarrak eta estresak, talka edo ia talka egindakoak, eramaten zuten ontziaren hodietara, eta erregaia biltegiek xurgatzen zuten. Midwayn gertatutakoaren ondoren,
1942ko erdialdean, Shokaku hegazkinetako erregai-biltegien inguruan zeuden aire-espazio hutsak, normalean karbono dioxido inertez betetzen zirenak, hormigoiz bete ziren, kalte posibletatik babesteko asmoz. Baina honek ez zuen eragotzi lurrunkorrak hangarretara zabaltzea, kalteak gertatuz gero, batez ere "Cavalla" torpedo batek hondoratu eta hondoratu zuenean. "Shōkaku"-k 150.000 litro Avgas gordetzen zituen normalean, operazioetarako.