2002an, Williams Houston Astros taldeko entrenatzaile egin zen. 2004ko Houstongo All-Star Jokoan Liga Nazionalaren entrenatzaile gisa aritu zen garaian, Astrosek.500 marka lortzeko borrokan zeudela, Houstongo Minute Maid Parkeko jendeak Williams-en aurkezpenari erantzun zion erreakzio nahasiarekin, All-Star jokoan aurkezten diren etxeko taldeko kideei emandako ohizko oihuen aldean. Hurrengo egunean, Astros taldeak Williams eta bi entrenatzaile nagusi kaleratu zituen, ziurrenik jaiak amaitu arte itxaron baitzuten jendearen lotsa saihesteko. Williamsek Phil Garnerren lekua hartu du... Astros taldea azken partidara eraman duena.
2004ko Liga Nazionalaren txapelketako partida... falta zuen Houston... Munduko txapelketa irabazteko. Hurrengo urtean, Garnerrek Astros taldea munduko txapelketara eraman zuen. Williamsek 215 garaipen eta 197 porrot izan zituen.