1861.urtean, Irwinek bere burua aurkeztu zuen eskaera, "Borondatezko naufragoa" izenekoa. 1861eko apirilean Estatu Batuetako Gerra Zibila piztu zen, eta Irwinek ekintza handia ikusi zuen "Wabash" ontzian konfederatuen indarren aurka. Irwin-en biran, "Wabash" Hatteras eta Clark gotorlekuak hartzean parte hartu zuen
Hatteras Inlet-en, Ipar Karolinako, 1861eko abuztuaren 29an, Hego Atlantikoaren blokeatzeko eskuadroiaren itsasontzi nagusia bihurtu aurretik, konfederatuen portuen blokean parte hartu zuen eskuadroietako bat. "Wabashek" ondoren parte hartu zuen Fort Walker, Fort Beauregard eta Port Royal Sound, Hego Karolinako, Port Royaleko guduan 1861eko azaroaren 7an. Geroago, Irwin "Wabash" ontzi-hobizen komandantea izan zen, Port Royal Ferryko batailan, Hego Carolinan, 1862ko urtarrilaren 1ean, eta "Wabash" ontzian izan zen Cockspur uhartean, Georgian, 1862ko apirilaren 10-11an, Fort Pulaski-ko batailan. 1862ko uztailaren 16an teniente komandante izendatu zuten.