Gerra ostean, Mackay-k fisika ikasi zuen Ernest Rutherford-en irakaskuntzan Cambridgeko Unibertsitatean, Australiara itzuli aurretik, eta bere lehengo lana egin zuen, Sidneyko Unibertsitateko irakasle gisa. 1933tik 1940ra Sydneyko Cranbrook ikastetxeko zuzendari izan zen. Milizian jarraitu zuen gerra artean, eta generala zen Bigarren Mundu Gerra hasi zenean. 1940an 6. dibisioa zuzentzeko aukeratu zuten, eta Australiako Armadaren lehen gudak gidatu zituen gerran. Bere gaitasunari buruzko zalantzak laster desagertu ziren, Dibisioa Mendebaldeko Basamortuko Kanpainan konprometitu zenean. Bardia-ko guduan
1941eko urtarrilean, Seigarren Dibisioa hiria mendean hartu zuen 36.000 italiar preso zituela. Greziako guduan, "Waffen-SS"ren aurka borrokatu zuen australiar jenerala bakarra izan zen. Grezian porrotak izan zituen, baina bere agindupean zeuden tropak harritu zituen suaren aurrean erakutsitako ausardiaz. 1941ean Australiara deitu zuten, Etxeko Indarren Komandante Ofizial Nagusi gisa zerbitzatzeko. 1942ko apirilaren 6an Bigarren Armadaren agintea hartu zuen. 1943an, bi aldiz agindu zuen Guinea Berriko indarrak, Guinea Berriko kanpainan. Bere zerbitzu aktiboa 1943ko azaroan Indiako goi komisario izendatzearekin amaitu zen.