Idatzi jarraipena paragrafo honetarako - Hamšík 2012ko Italiako Supercoppan hasi zen
, Pekinen, abuztuaren 11n; hala ere, Napoli 4 eta 2 galdu zuen Juventusek luzapenean. Hilabete beranduago, 2012-13 Serie A denboraldiko Napoliren lehen liga partidan, Hamšíkek klubaren lehen gola sartu zuen eta Christian Maggioren strike-a lagundu zuen Palermo 3-0 galdu zuen garaipenean. 2012ko urriaren 28an, Chievo taldearen aurkako partidan, Edinson Cavani golari nagusia falta izan zen, eta Hamšík Juan Camilo Zúñigaren gurutze batekin sartu zen, Napoliri 1<unk>0eko garaipena emateko. 2013ko urtarrilaren 6an, bere Serie Ako 200. agerraldiari ekin zion, 4-1ko garaipenean Romaren aurka. Serie A denboraldiko azken aurreko partidan, Hamšíkek Goran Pandev-en pase bat jaso zuen eta 93. minutuan baloia etxera eraman zuen, Sienaren aurka 2 eta 1eko garaipena lortuz, klubaren tokia berretsiz Txapeldunen Ligako talde-etapetan, Siena jaitsiera kondenatuz. Eslovakiarrak Serie A-ko partida guztietan parte hartu zuen Napoli-rekin 2012-13 denboraldian, 11 gol eta 14 assist emanez, "Partenopei"k bigarren sailkatu baitzuen Juventus txapeldun nagusiaren atzean. Walter Mazzarri entrenatzailearen azken denboraldia izan zen klubean, uda hartan bertan Internazionalen entrenatzaile bihurtu zenean.