1935ean, Estatu Batuek, Filipinetako subiranotasun osoa aginduta, Filipinetako Commonwealth sortu zuten 1935eko Konstituzioaren ratifikazioaren ondoren, lehendakaritza ere berreskuratu zuena. Lehenengo hauteskunde nazionalak egin ziren, eta Manuel L. Quezon (1935-1944) sei urteko agintaldi baterako aukeratu zuten, berriro hautatzeko xedapenik gabe, Filipinetako bigarren presidente eta Commonwealtheko lehen presidente bezala. 1940an, ordea, Konstituzioa aldatu zen, berriz hautatzea ahalbidetzeko, baina agintaldia lau urtera murriztu zen. Hiru urte geroago gobernu aldaketa gertatu zen, Bigarren Filipinetako Errepublika antolatu zenean, 1943ko Konstituzioa indarrean jarriz, Japoniak 1942an Filipinak okupatu ondoren, Bigarren Mundu Gerran. José P. Laurel japoniarrek babestutako gobernu berriaren presidente txotxongilo gisa aritu zen; bere "de facto" lehendakaritza, 1960ko hamarkadara arte legez aitortua ez zena, exiliora joan zen Commonwealtheko presidentearekin gainjartzen zen. Bigarren Errepublika, Japoniaren errendizioaren ondorioz desegin zen.
1945ean Aliatuekin bat egin zuen; Commonwealth Filipinetan berreskuratu zen urte berean Sergio Osmeña (1944-1946) lehendakari zela.