2008ko irailaren 16an, Puyol-ek 400. agerraldi bat egin zuen Bartzelonaren alde, Txapeldunen Ligako talde fasean, Sporting CP-ren aurka. Ligako denboraldian, lesio arazoak gorabehera, 28 partidetan parte hartu zuen eta beste liga bat irabazten lagundu zien. Bere gol bakarra Real Madrilen aurka egin zuen "El Clásico" partidan, Santiago Bernabéun, 2009ko maiatzaren 2an, 6 eta 2ko garaipenarekin amaitu zena, eta bere gola ospatu zuen Kataluniako bandera beso-orratza musukatuz Madrilgo zale amorratzen aurrean. 2009ko Copa del Rey, 2009ko Txapeldunen Liga eta 2009ko UEFA Super Cup irabaztean ere funtsezkoa izan zen.
eta 2009ko FIFA Kluben Munduko Kopako finalean, inoiz ez ikusitako sei aldiz, ia 100 partida ofizialetan parte hartuz.