Bi denboraldi oso arrakastatsuren ondoren, 2004ko sasoiaren erdialdera Astros taldea ez aurrera ez atzera zegoen. Denboraldia hasi baino lehen, Astros taldeak Andy Pettitte eta Roger Clemens izarrak gehitu zituen Lance Berkman eta Jeff Kent bezalako izarrak eta Bagwell eta Biggioren nukleoa. Liga Nagusia irabazteko faboritoen artean daude. Hala ere, All-Star Break-ean, 44-44 izan ziren, batez ere lasterketak egiteko ezintasunagatik, eta 1 lasterketako partidetan errekor txarra izateagatik. Minute Maid Parken egindako 2004ko All-Star Game-an, National League-ko entrenatzaile gisa aritu zenean, Williams kaleratu eta Phil Garner-ek ordezkatu zuen, Astros-en bigarren dibisioko irabazlearen izarra izan zena 1986an. Nahiz eta jende askok Garnerrekiko eszeptizismo handia izan zuen, Milwaukee eta Detroiteko aurreko jardunaldietan errekor mediokrea izan zuena, garaipen bakar bat izan zuen denboraldi batean (1992an), taldeak Garnerri erantzun zion, taldeari 46-26ko errekorra ekarri ziona bigarren zatian eta Liga Nazionalaren Wild Card. Zortzi saiakeran lehenengo playoff seriea irabazi zuten, Braves taldeari irabazita National League Division Serieseko bost partidetan eta National League Championship Seriesera igaro ziren.
Hirugarren aldiz. Hala ere, St. Louis Cardinalsen aurka galdu zuten zazpi partidetan, Jim Edmondsen walk-off home run batean 6. partiduaren 12. jardunaldian.