2006ko irailaren 17an, Sgorbati bere haurren ospitaletik kanpo hil zuten, 12:30ak pasatxo, irakaskuntza amaitu eta arreben egoitzara joateko errepidea zeharkatzen ari zela, beste hiru mojak berarekin bazkaltzeko zain zeudela. Bere zaindaria eta gidaria Mohamed Osman Mahamud (lau seme-alaben aita) ere hil zuten. Erasoaren arrazoia izan zitekeen Benedict XVI.ak Regensburgen egindako hitzaldia.
Baina hori ez da frogatu oraindik. Bere heriotza irailaren 15eko adierazpenen ondoren gertatu zen, zeintzuetan lineako kleriko gogorrak, Abubakar Hassan Malin xekeak, bere mezkitan otoitz egiten zutenei esan zien Mahomet profeta iraindu zuten guztiak ehizatu eta hiltzeko. Garai hartan hainbat langile humanitario eta boluntario kristau hil ziren. Bi tiratzaile atera dira taxietatik eta bizkarrean hiru edo lau aldiz tiro egin diote... lehenengo bala aldakakoari eta gero poliziari. Bere zaindariak babestu zuen eta tirokatu egin zuten erasotzaileei tiro egin ondoren. Bala batek bizkarretik sartu zion eta berehala giharrean zauria egin zuen. Sgorbati SOS Ospitalera eraman zuten, baina handik gutxira hil zen ebakuntza-mahaian. Bere azken hitzak "barkatzen dut, barkatzen dut, barkatzen dut" izan ziren, eta ahizpa Marzia Feurrari xuxurlatu zion. Arratsaldeko 3etan izan zen hegazkin bat etorri zena bere gorpuzkiak Nairobira eramateko, eta 9etan iritsi zen; bere gorpuzkiak Lee Funeral Home-era eraman zituzten.