1863ko martxoaren 26an, Cooperrek berriz hartu zuen agintea Kentuckyko 4. zalditeriako teniente-koronel gisa, eta apirilean bere koronela bihurtu zen Bayles koronelaren dimisioa jaso ondoren. 1863ko ekainaren 4an, Cooper zauritu egin zen zaldi batek Franklinen (Tennessee) gainera erori zionean. 1864ko irailean Chickamaugako guduan agindu zuen erregimentua. Cooper 1864an Lexingtonera itzuli zen gaixotasun-baimena hartzeko. Orduan Cooperrek tokiko armada gidatu zuen John Hunt Morganen erasoen aurka. 1864ko ekainaren 9an Lexingtongo errendizioaren Morganen eskakizunak ukatu zituen eta bere tropak atzera bota zituen. 1865eko apirilean Montgomeryko (Alabama) postuaren eta 1865eko maiatzean eta uztailean Albanyko (Georgia) postuaren komandantea izan zen. 1865eko abuztuaren 21ean Maconen (Georgia) errekrutatu zuten. Shiloh, Corinth, Richmond, Chickamauga, Morganen Kentuckyko erasoan, Resacako guduan eta Wilsonen Montgomeryko erasoan egindako zerbitzuengatik bataila-ohoreak jaso zituen. 1867ko martxoaren 2an Koronela eta Teniente Koronela izendatu zuten, Resacako guduan egindako zerbitzuengatik.
Georgian eta Alabaman Montgomeryn.