Idatzi jarraipena paragrafo honetarako - 1341. urtean, Joan Bohemiako erregeak familia juduei hiriko harresietan bizitzeko baimena eman zien, eta lehenengo sinagoga 1380an eraiki zen; hala ere, hainbat pogromak gertatu ziren XV. mendearen amaieran eta XVI. mendearen hasieran. Hussiten gudatik hona
, hiria tradizionalki eliza katolikoaren gotorlekua izan zen Bohemiako Erresumako erlijio gatazka luzeetan. 1526tik Habsburgoko Monarkiaren parte izan zen Budejovice, eta Fernando II.a enperadorearen aldeko izan zen 30 urteko gerran. Budějovicek Prusiaren okupazio labur bat jasan zuen Sileziako Gerretan, eta Habsburgtarren eta Frantziako armadaren arteko gerran 1742an.