2017ko martxoaren 4an, Aubameyangek 20 gol sartu zituen Bundesligan, bigarren denboraldi jarraitua, bi golekin, Bayer Leverkusenen 6 eta 2ko garaipenean. Lau egun beranduago, hat-trick bat egin zuen Benficaren aurkako 4-0ko garaipenean, Dortmund Txapeldunen Ligako final laurdenetara eramateko. Maiatzaren 20an, Aubameyangek bi gol sartu zituen Borussia-ren azken eguneko garaipenean Werder Bremen-en, denboraldia bukatzeko Bundesligako golari onena izan zen 31 golekin. Finalean,
2016-17ko DFB-Pokal txapelketan, 2017ko maiatzaren 27an, garaipenaren gola sartu zuen, penalti bat, Dortmundek Eintracht Frankfurt 2-1 irabazi zuenean.