Estatu Batuetako Gerra Zibila hasi zenean, Bunnek Pennsylvaniako Infanteriako 72. erregimentuan egin zuen izena. 1862ko ekainaren 29an, Savage's Stationeko guduan
Zauritu egin zuten eta preso hartu zuten konfederatuen tropek. Bunn Richmond-en, Virginian, gerra preso gisa eduki zuten, urte hartan bertan, presoen truke batean aske utzi zuten arte. Filadelfiara bueltatzean, Bunnek zauriaren arazoa berreskuratu zuen eta medikuen baimena jaso zuen.