Pettitte goi-mailako jokalaria zelakoan, Yankeesek Hitchcock trukatuko zuen 1996ko sasoiaren aurretik. Denboraldia errotazioan hasiz, Pettitte-k 13-4ko errekorra izan zuen denboraldiko lehen zatiaren amaieran, eta AL All-Star taldean sartu zen. 1996ko MLBko All-Star Jokoan ez zen agertu, besoko mina zela eta. 21 garaipenekin liderra izan zen eta hirugarrena izan zen irabazteko ehunekoan (.724), eta zortzigarrena ERAn (3.87). Bigarren postua lortu zuen, Pat Hentgenen atzetik, AL Cy Young saria irabaztean, 1972az geroztik botoen alde txikiena izanda. Hentgenek saria irabazi zuen, zati batean, Pettitte baino partidu osatuagoak jaurti zituelako. Yankeesek Texas Rangers garaitu zuten 1996ko ALDSetan eta Baltimore Orioles 1996ko American League txapelketan.
(Eusko Jaurlaritza) Pettitte-k bi partida irabazi zituen Orioles-en aurka, eta bere aukera izan zuen hirugarren hasieran seriean, euriagatik bertan behera geratu zena. Pettitte hasi zen 1996ko Munduko Seriearen 1. partidan Atlanta Bravesen aurka. Lehen partidan zazpi lasterketa onartu zituen, baina John Smoltz gainditu zuen 5. partidan, Yankeesek 1: 0 irabazi zutelako. Yankeesek 6. partidan irabazi zieten Braves-ei.