1971n, Ekialdeko Pakistaneko armadaren eta herriaren arteko gatazka posible bat saihesteko asmoz, 1971ko martxoaren 23an, Khanek, beste pakistandar politikari batzuekin batera, Sheikh Mujibur Rahmanekin bildu zen. Gobernu bat eratzeko laguntza eskaini zioten Mujeeb-i, baina beranduegi zen, Yahya Khanek erabateko eraso militarra egitea erabaki baitzuen. Pakistanek gero eta erresistentzia handiagoa du eta nazioarteko haserrea gero eta handiagoa da borroka militar etengabearen aurrean.
Pakistanen eta Indiaren artean. Gerra honek hondamendia izan zuen eta Pakistango indar armatuak Ekialdeko Pakistanen garaituak izan ziren eta Bangladesh estatu berria sortu zen. Porrotaren ondorioz, Yahya Khanek kargutik eta militaritik dimisioa eman zuen. Gul Hassan Khan jeneralaren agintepean, Zulfikar Ali Bhutto Ameriketatik ekarri eta presidente izendatu zuten.