Osatu hurrengo esaldia: 1805etik aurrera, Saint-Hilaire "Grande Armée"n zerbitzatzen jarraituko zuen, hainbat dibisioetako aginteak hartuz. 1805ean, Jean-de-Dieu Soult mariskalaren IV Korpusean dibisio bat agindu zuen Hirugarren Koalizioaren Gerran eta
Austerlitzko guduan, Pratzeneko goi-lautada erasotu zuen, eta zauri larria jaso zuen erasoaren hasieran, baina hala ere, gerra osoan agindu zuen. 1806 eta 1807 artean, Jena, Eylau eta Heilsberg-en distintzioarekin borrokatu zen. 1808an Inperioko Konde izendatu zuten eta Alemaniako Armadako dibisioko agindu bat jaso zuen, Alemaniako hegoaldean eta Austrian kanpaina egingo zuena. 1809ko apirilaren 22an, Saint-Hilaire bere burua nabarmendu zuen Napoleonen begien aurrean Eckmühlko guduan.