Idaz ezazu paragrafo honetarako jarraipena - Fakultatea txekiar eta alemaniar zatietan banatu zen 1882an, eta Natur Zientzien Fakultatea erakunde bereizi bihurtu zen 1920-1939 bitartean. 1939an, Alemania naziaren okupazio indarrek eskola itxi zuten, eta irakasle eta ikasleen jazarpen basatia jarraitu zuen. 1945ean okupazioa amaitu ondoren, Arte Fakultateak berriro loraldia izan zuen urte batzuetan; 1948an indarrez amaitu zen 1948ko estatu kolpe komunistaren ondorioz. Fakultatearen prestigioa azkar jaitsi zen irakasle errespetatu askoren irteera behartuaren ondorioz eta Marxismo-Leninismo ikasketak sartzearen ondorioz. 1960ko hamarkadan, fakultatea astiro-astiro hasi zen garai hartako pentsalari nabarmenentzat irekitzen, baina joera hori 1968ko okupazio sobietarrak irauli zuen.
Jan Palach, fakultatean ikasten ari zen ikasle batek, bere burua erre zuen. Txekoslovakiako erregimen komunista 1989an amaitu eta gero, eta irakasle-taldean bere ordezkariek alde egin ondoren, herrialdeko unibertsitate-erakunde errespetatuenetako bat bezala berritu zen.