Pearl Harborreko erasoan ere bizirik atera zen Naquin. 1941eko abenduaren 7an, Japoniako armadaren torpedoek eta bonbek erasotua izan ondoren, ur gutxi batzuetan hondoratu zen gerraontzia. Bigarren Mundu Gerran, Koral Itsasoko eta Midwayko batailetan, gurutzaontzi astunaren nabigatzaile izan zen.
-Ez da izango. 1942ko azaroaren 30eko Tassafarongako guduan, japoniar torpedo batek jo zuen gurutzagailua, ontziaren aurreko aldizkariak eta gasolina-biltegiak lehertu zituen eta ondorengo leherketak 2. dorrearen aurreko 150 oin moztu zituen. Lehenengo dorrearekin batera, aurreko aldea ebaki zuen eta New Orleanseko ontziaren aldean zuloak egin zituen, eta atzealdean hondoratu zen, eta barruko helizea kaltetu zuen. Naquinek Tulagi portura gidatu zuen ontzia, eta 1942ko abenduaren 1ean egunsentian iritsi zen konponketak egiteko eta Brontzezko Izarra eman zioten ontzia salbatzeko egindako lanagatik.