Hegoaldeko 11 estatuk ihes egin ondoren eta gerra zibila piztu ondoren, Millerrek Batasuneko armadan sartu zen. 1861eko abuztuaren 27an, Oliver P. Morton gobernadoreak Millerrek Indiana Infanteriako 29. erregimentuko koronel izendatu zuen. Entrenamenduaren ondoren, erregimentua Alexander M. McCooken dibisioko Kirk's brigadari esleitu zitzaion Buell's Army of the Ohio eta Tennesseera joan zen. Millerrek ekintzan sartu zen...
Shiloko guduan, baita Korinthoko setioan ere. Millerrek bere erregimentua Alabamako iparraldean eta Tennesseen zehar eraman zuen eta Braxton Bragg Kentuckyn zehar jarraitu zuen. Millerrek James Negleyren agindupean brigada bat agindu zuen Stones ibaiaren guduan, 1862ko abenduaren amaieran. Guduaren bigarren egunean, Millerrek Stones ibaiaren beste aldeko kontraeraso federala gidatu zuen, John C. Breckinridgeren eraso konfederatua atzera bota zuena. Eraso horretan, Miller zauritu egin zuten lepoan.