Virginia itsas armada Konfederatuen itsas armadarekin bat egin ondoren, Barron komandante izendatu zuten eta ekainaren 10ean agindu eta xehetasun ofizialaren buru izendatu zuten. Barron postu horretan uztailaren 20ra arte geratuko zen, Stephen R. Mallory Itsas Armadako idazkari konfederatuak Barronen eskaera onartu zuenean, Virginiako eta Ipar Karolinako kostaldeko defentsetako komandante izendatzeko, Pamlico Sound-en oinarritutako konfederatuen piraten portu garrantzitsua. Abuztuaren 28an Fort Hatteraseko bere egoitzara iritsi zenean, Barronek Hatteras eta Clark gotorlekuen defentsa agindu zuen, Silas H. Stringham ofizial ohiaren aurka, Hatteras Inleteko guduan.
Abuztuaren 28an. Barron atxilotu egin zuten, bi gotorlekuak errenditu ondoren. New Yorkeko portuko Fort Columbus-en izan zen, ondoren, Ft. Hurrengo urtean, Barron askatu egin zuten espetxean.