1861eko irailean, Gerra Zibila hasi zenean, Brooks bolondresen brigadako jenerala izendatu zuten. Penintsulako kanpainan IV. Gorputzeko 2. brigadako 2. dibisioa agindu zuen, eta VII. Gorputzeko 2. dibisioko 2. brigada Zazpi Egunetako guduan, non zauritu zuten Savage's Stationeko guduan.
-Ez da izango. Osatuz, bere brigadaren agintea berreskuratu zuen Marylandeko kanpainan eta bere gizonak Crampton's Gap-en gidatu zituen, non Virginia Infanteriako 16. erregimentuko batailaren bandera konfederatua harrapatu zuten. Antietamko guduan, Brooks-en brigada erreserban zegoen, nahiz eta 48 orduz "artilleria eta tiratzaileen su gogorraren" pean egon.