Gamarra Paraguaiko selekzio nazionalean 110 aldiz aritu zen, 12 gol sartuz, 1993tik 2006ra bitartean, 10 txapelketa nagusietan taldea ordezkatuz eta bere ibilbidearen azken aldian taldeko kapitaina izanik. Talde nazionalaren bigarren jokalari onena da, bere errekorra Paulo da Silvak hautsi zuen 2013an. Gamarra Paraguaiko taldean aritu zen hiru FIFA Munduko Kopa txapelketatan (1998, 2002 eta 2006), bost Copa América txapelketatan (1993, 1995, 1997, 1999 eta 2004).
), eta bi aldiz Udako Olinpiar Jokoetan (1992 eta 2004, Paraguai zilarrezko domina eskatzeko azken hauetan). Gamarra 1997an eta 1998an urteko futbolari paraguayarra izendatu zuten, eta 1998ko FIFA Munduko Kopako Txapelketako Taldean ere sartu zuten.