Doherty 2012-13 denboraldia hasi zen 4<unk>5 galduz Stuart Bingham-en Wuxi Klasikoaren bigarren jardunaldian eta 3<unk>5 Martin Gould-en Australian Goldfields Open-en lehen jardunaldian. Ondoren, final laurdenetara iritsi zen, eta Mark Selbyren aurka 0-4 galdu zuen. Doherty Shanghai Masters eta 2012ko Erresuma Batuko Txapelketako sailkapenean garaitua izan zen eta ez zuen lortu nazioarteko txapelketako jokalari-rondea gainditzea. Europako Tourraren bosgarren ekitaldian,
Scottish Openen, Luca Brecel eta Ryan Day bezalakoak garaitu zituen finalerdietara iristeko, non 2x4 galdu zuen Ding Junhui-ren aurka. Doherty Peter Lines-ek kanporatu zuen Alemaniako Masters-eko lehen itzulian, baina ondoren, bere denboraldiko lasterketarik onena izan zuen Galesko Irekian. John Higgins munduko lau aldizko txapelduna 4x1 eta Tom Ford 4x3 irabazi zituen final laurdenetara iristeko. Stuart Bingham-ek 2 0 irabazi zuen, baina galdutako pot batzuen ondorioz Doherty-k konfiantza galdu zuen eta 3 5 galdu zuen. Scottish Openeko finalerdietara iristeak PTC Orden of Meriteko 16. postuan sailkatzea lagundu zion finalerako 26 jokalari onenen artean sartzeko, baina Kurt Maflinen aurka 2-4 galdu zuen lehen itzulian. Dohertyk ia bere itzulera markako bat lortu zuen Matthew Selt-en aurka Munduko Txapelketako azken txandan, 4x9tik behera 9x9ra berdindu baitzuen, baina erabakigarria galdu zuen. Emaitzak esan nahi zuen hau izan zela lehen denboraldia non Doherty ez zen agertu snookerren Triple Crown probetan. Dohertyk zortzi postu igo zituen denboraldian, eta munduko 27. postuan amaitu zuen.