1938ko irailaren 29an, Thomas armadara deitu zuten eta gerraontziko tripulazioarekin bat egin zuen. 1939ko abuztuaren 13an, gurutzailerekin bat egin zuen, eta han ari zen zerbitzatzen Bigarren Mundu Gerra hasi zenean. 1940ko ekainaren 27an komandante izendatu zuten. Italiarrek zeharkatu eta hondoratzean
Souda badian erasoa egin ondoren, Nile itsasontzira bidali zuten, Egipton, eta Mediterraneoko Flotako Komandante Nagusiaren taldean zerbitzatu zuen. Bigarren aldiz ezkondu zen 1941eko irailaren 10ean, Mary Fedora Douglas-Watson pianista eta konpositorearekin. Francis Douglas-Watson komandantearen alarguna izan zen eta Anthony St. Ledger senatari australiarraren alaba.