1945eko abuztuan, Brown Walter Krueger jeneralaren agindupean 6. armadako kabineteburuorde izendatu zuten. Ofizial esperientziadun gisa, Downfall operazioaren plangintzan parte hartu zuen, Japoniako inbasioaren plangintzan. "Hala ere, Japoniako Inperioak
1945eko irailaren 2an eman zuten amore. Operazioa bertan behera utzi zuten. Brown Brontzezko Izarreko Dominarekin saritua izan zen planifikazioan parte hartzeagatik. Kargu horretan aritu zen bitartean, Japoniako okupazioan ere parte hartu zuen.