1861. urteko uztailean, J. W. Bissell koronelak Mendebaldeko Ingeniaritza Erregimentua izeneko erregimentua antolatu zuen, Illinois eta Missouri estatuetan errekrutatu zena, eta Henry Flad B konpainiako kapitaina izendatu zuten. Urte bereko abuztuan Frémont jeneralak, orduko komandantea Saint Louisen, Girardeau lurmuturreko gotorlekuen eraikuntzan zerbitzatzeko agindu zion, Missouri, eta han egon zen hainbat hilabetez. Urte beranduago, Frémont Halleck jeneralak ordezkatu zuenean, Flad kapitainari agindu zioten Pope jeneralarekin bat egiteko Missouri hego-ekialdean, eta New Madrid eta Point Pleasanteko kanpainan eta Hamar zenbakiko uhartea hartzean agintari gisa zerbitzatu zuen, eta ondoren bere erregimentura itzuli zen New Madrilen. Bere erregimentuarekin izan zen Pillow gotorlekuan.
Pittsburgheko lurreratze gunea, eta Corinthen. 1862ko udan, Mobile eta Ohio trenbidea konpontzen, Korinton gotorlekuak eraikitzen eta Mississippi Central trenbidea konpontzen aritu zen. Granaten aurrerapenean ere parte hartu zuen. 1863ko otsailean Young's Point-era bidali zuten, ingeniaritza lanetan, geroago Baxter Bayou, Lake Providence eta Bayou Macon-en izan zen bezala.