2013ko abenduaren hasieran, Harperrek 2014ko Eskoziako independentziaren erreferendumean "baietz erabat" bozkatuko zuela iragarri zuen.
, eta esan zuen pozik lagunduko ziola "Better Together" kanpainari eta "gutxiengo nabarmena" zegoela Greenen independentziaren aurka zeudenak.