Gerra hasi zenean, Patterson boluntarioen generala izan zen eta okupazio armadako 2. dibisioa agindu zuen Tampico espedizioan. Veracruzera egindako espedizioaren agintea hartu zuen kontuan, azkenean Winfield Scott-en esku geratu zena. Hala ere, espedizioaren Boluntarioen Dibisioaren agintea hartu zuen eta ekintza ikusi zuen
Veracruzeko setioan eta Cerro Gordoko guduan, zauritu egin zuten. Mexikoko armadaren jarraipena gidatu zuen eta Jalapan sartu zen lehena izan zen. AEBetako Armada Jalapan kokatuta zegoen bitartean, Patterson AEBetara itzuli zen beste boluntario batzuekin, alistatzeko epea amaitu zitzaienekin. Ondoren, Pensilvaniako bere negozioekin jarraitu zuen, non 30 kotoi fabrika eskuratu zituen eta nahiko aberatsa bihurtu zen. Patterson, Estatu Batuetako errota-jabe handienetako bat bihurtu zen, eta azukre-iraindegietan eta kotoi-plantazioetan oso sartuta zegoen. Filadelfiako politikari eragin handiko figura izan zen berriro ere.