1861eko urrian, Scott Ohioko infanteriako 68. erregimentuko teniente koronela izendatu zuten, eta 1862an erregimentu horretako koronela. Tennesseen zerbitzatu zuen, eta han John A. Logan jeneralaren dibisioa gidatu zuen Mississippirako martxan. Port Gibsonen zegoen.
Raymond eta Champion Hill.