1861ean, gerra zibila piztu zenean, Magruder soldaduak utzi egin zuen Armada. Penintsulako Armadaren komandante gisa, Virginiako Penintsula gotortu zuen eta Big Bethel-eko gudua irabazi zuen. Penintsulako kanpainan, McClellanen Potomaceko Armada gelditu zuen Yorktown kanpoaldean, Joseph E. Johnston komandanteak errefortzuekin iritsi ahal izateko, erretiroa antolatu eta Richmond hiriburua defendatzeko. Magruder kritikatu dute bere buruzagitzarengatik
eta Malvern Hill, Zazpi egunetako guduan. Gerraren gainerako denbora Texasko, New Mexikoko eta Arizonako Barrutiak eta Arkansasko Departamendua kudeatzen igaro zuen; bere agintaldian, Magruderek Galvestonen itsas blokeoa kendu zuen eta hiria berreskuratu zuen 1863an.