Gerra Zibila hasi zenean, Brooks brigada jenerala izendatu zuten 1861eko irailean. Penintsulako kanpainan IV. Gorputzeko 2. brigadako 2. dibisioa agindu zuen, eta VI. Gorputzeko 2. dibisioko 2. brigadakoa Zazpi Egunetako guduan, non zauritu zuten
Basatien estazioko bataila. Osatuz, bere brigadaren agintea berreskuratu zuen Marylandeko kanpainan eta bere gizonak Crampton's Gap-en gidatu zituen, non Virginia Infanteriako 16. erregimentuko batailaren bandera konfederatua harrapatu zuten. Antietamko guduan, Brooks-en brigada erreserban zegoen, nahiz eta 48 orduz "artilleria eta tiratzaileen su gogorraren" pean egon.