Bourdaisek gogor egin du lan Toro Rosso taldean neguan, baina zalantzak zituen urte berrirako lasterketa nolakoa izango zen. 2009ko otsailaren 6an, berriz, Toro Rosso gidari gisa berretsi zuten bigarren urterako, Sébastien Buemi suizarraren rookiearekin. Urte horretan Australian eta Monakon bi puntu eskuratu arren, Bourdaisek bere taldekide eskarmentudunari aurre egitea kostatu zitzaion. Barruan.
Espainiako Bourdaisek Buemiren autoa jo zuen, zelaiak Jarno Trulli-ren biraketa saihesten saiatu zenean lehen itzulian, eta bi pilotuen lasterketa amaitu zuen. Britainiako Sari Nagusian, Bourdaisek Heikki Kovalainen McLaren gidariarekin talka egin zuen, berriro ere bientzat lasterketa amaituz. Alemaniako Sari Nagusian akats mekaniko bat izan zuen, segundu bat baino gehiagoz azken sailkatu ondoren.