1862an, Potomaceko armadako komandantea izan zen eta mendebaldeko frontean sartu zen. 1862ko martxoaren 17an boluntarioen brigadako jenerala izendatu zuten. Geroago dibisio bat agindu zuen Port Hudson kanpainan. Ondoren, ekialdera itzuli zen XIX Korpusuaren komandante gisa, eta 1864ko Shenandoah Haraneko kanpainan gudaldi nagusietan zerbitzatu zuen.
Cedar Creekeko guduan, Emoryren ekintzek Batasuneko armada porrot izugarri batetik salbatzen lagundu zuten, Philip Sheridan jenerala iritsi arte.