"Japoniarekin gerra hasi ondoren, Allen Australiara itzuli zen 1942ko martxoan, eta abuztuan
Japoniarrek Kokoda Tracks zeharkatu dute. Nahiz eta arrakastatsua izan, Allenek kritikak jaso zituen, askok uste dutenez, bidegabekeriaz, Hego-Mendebaldeko Pazifikoko Eremuko komandante aliatuaren, Douglas MacArthur AEBetako generalaren eta Aliatuen lehorreko indarren komandantearen, Sir Thomas Blamey australiar jeneralaren, Owen Stanley Ranges zeharkatzeko japoniarren atzetik oso mantso mugitu zelako. 1942ko urriaren 29an kendu zioten agintea. Izendapen txikiagoak egin ziren, baina 1944ko urrian, Blameyk gomendatu zuen Allen Britainiar Inperioaren Ordeneko Komandante Zalduna izatea, nahiz eta Allen ez zuten inoiz izendatu.