Haqqani lur-jabe eta merkatari aberats baten semea zen, 1939an jaio zen Karezgay herrian, Zadran barrutian, Paktia probintzian, Afganistanen, nahiz eta familia geroago Sultankhelera joan zen bizitzera. Khosteko Zadran tributik etorritako Pashtun etniakoa zen. Erlijio-ikasketak egin zituen Dar-al-'Ulam Haqqaniya Deobandi seminarioan 1964an eta graduatu zen eta 1970ean Peshawar-en mawlawi estatusa izateko eskubidea izan zuen. Zahir Shah erregea erbesteratu eta Daoud Khan presidentea 1973an boterera igo ondoren, Afganistanen egoera politikoa pixkanaka aldatzen hasi zen. Hainbat alderdi, hala nola Afganistaneko Alderdi Demokratiko Herria (PDPA) eta beste batzuk, boterea bilatzen ari ziren. Haqqani horietako bat zen, eta gobernuaren aurkako konspirazioan susmagarria izan ondoren erbesteratu egin zen eta Miranshah-en eta inguruetan finkatu, Pakistanen. Bertatik, Daoud Khan-en gobernuaren aurkako matxinada antolatzen hasi zen 1975ean. 1978ko iraultza marxistaren ondoren
PDPAk Haqqani Mawlawi Mohammad Yunus Khalisen Hezb-i Islami taldearekin bat egin zuen.