Uhartea 1942ko hasieran hartu zuten japoniarrek. Morotai-ko hegoaldeko zelaia estatubatuar indarrek hartu zuten 1944ko irailean, Morotai-ko guduan.
, eta 1945eko hasieran Filipinetako aliatuen inbasioaren eta urte hartako maiatzean eta ekainean Borneoko inbasioaren oinarri gisa erabili zen. Teruo Nakamura soldadu japoniarra Morotai oihanean aurkitu zuten 1974an, Bigarren Mundu Gerrako soldadu japoniarretako bat bezala, Japoniako armadaren errendizioaren ondoren.