Gerra Zibilaren hasieran, Hays berriro sartu zen zerbitzuan, Pensilvaniako Boluntarioen Infanteriako 63. Erregimentuaren koronelarekin, eta, halaber, kapitain maila hartu zuen 1861. urteko maiatzaren 14tik aurrera. Bere gizonek ezagutzen zuten adorea zuela, lehoiaren antzera. Penintsulako kanpainan, bere erregimentuarekin batera, Kearny-ren dibisioko lehen brigadako Heintzelman-en III. Yorktowneko, Williamsburgeko, Seven Pineseko... eta Savage geltokiko guduan ere parte hartu zuen.
, eta Malvern Hill. Zazpi Egunetako Gudaldiaren amaieran, ohiko armadako teniente koronela izendatu zuten ekintzan erakutsitako ausardiagatik, Haysek bere erregimentuarekin bajoneta karga zuzendu baitzuen etsaiaren lerroetara bere brigadaren erretiroa estaltzeko. Hilabete bat geroago, Hays gaixotasun-bajan egon zen, itsutasun partziala eta ezkerreko besoaren paralisia jasanez, gudan jasandako zauriak direla eta.