2002an, Williams Houston Astros taldeko entrenatzaile egin zen. 2004ko Houstongo All-Star Jokoan Liga Nazionalaren entrenatzaile gisa aritu zen garaian, Astrosek.500 markoan borrokan ari zirenean, Houstongo Minute Maid Parkeko jendeak Williams-en aurkezpenari erantzun zion erreakzio nahasiarekin, All-Star jokoan aurkezten diren etxeko taldeko kideei emandako ohizko oihuen aldean. Hurrengo egunean, Astros taldeak Williams eta bi entrenatzaile nagusi kaleratu zituen, ziurrenik jaiak amaitu arte itxaron baitzuten jendearen lotsa saihesteko. Williams Phil Garnerrek ordezkatu zuen, Astros taldea 2004ko National League txapelketara eraman zuena.
Baina partida bat falta zaie Houstonentzat Munduko Txapelketarako. Hurrengo urtean, Garnerrek Astros taldea munduko txapelketara eraman zuen. Williamsek 215 garaipen eta 197 porrot izan zituen.