2011ko uztailaren 13an, Jonathanek Santos utzi eta Serie Ako Inter Milango erraldoiekin entrenatuko zuela iragarri zen, transferentzia amaitu arte. Bi egun geroago, uztailaren 15ean, ofizialki Interreko jokalari bihurtu zen, lau urteko kontratua sinatuz. Jonathanek 2011ko irailaren 11n egin zuen bere debuta Interren 2011-12 Serie A-ko bigarren astean.
90 minutu jokatu ditu... eta 4-3 galdu du Palermon. Hiru egun beranduago Jonathanek bere debuta egin zuen Txapeldunen Ligan, lehen partidan Trabzonspor talde turkiarraren aurka partidu osoa jokatuz, San Siron 0-1 galduta.