1991n, Batistuta Argentinako selekzioan jokatu zuen Txilen ospatutako Copa América txapelketan, eta txapelketa amaitu zuen sei golekin, Argentinak garaipena lortu zuenean. Hurrengo urtean, FIFA Konfederazioen Kopa irabazi zuen Argentinarekin, txapelketako goiko markagailu gisa amaituz. 1993an, Batistuta bere bigarren Copa América jokatu zuen.
, oraingoan Ekuadorren, Argentinak irabazi zuena, Batistuta bi gol sartuz Mexikoren aurka 2 eta 1eko garaipenean finalean.