Bat Ayin 1989an sortu zuten Yitzchak Ginsburg Rabinoak gidatutako zazpi familiek, juduek 1948 aurretik erositako lurretan.
1967ra arte Jordaniako agintariek " etsaiaren jabetza" gisa tratatzen zuten. Azkenean, lursail handiak banatu zizkieten 40 familia ingururi. Koloniako biztanleak ez ziren jatorrizko kolonoak. Jatorrizko kolono asko "muino" hauetan hazi ziren. Bereziki muturrekoa izateagatik eta bertako palestinarekiko sentimendu txarrekoa izateagatik ospea lortu zuen, haietako inor ez baitzuten baimenduta koloniatik gertu ibiltzea. 2000ko hamarkadaren hasierako hauteskunde orokorretan, Bat Ayineko hautetsien erdiak Heruteko Baruch Marzel hautagaiaren alde agertu ziren. 1993an, Motti Karpel-ek eta Chaim Nativ-ek "Chai Vekayam" (Bizirik eta ondo) mugimendua sortu zuten Bat Ayin-en, zeinaren dokumentuak, "Nortasun Agiria", argi eta garbi adierazi zuen Israelgo estatuaren legeak ez direla lotesleak Zisjordaniako kolonoentzat. Bertako bizilagun baten arabera, elkarrizketa luze batean, Israel bakarrik juduentzat da, "herri aukeratua" direnak, eta palestinarrek haiek zerbitzatu behar dituzte, Toran dioenaren arabera: "Herriak zuretzat lan egingo du, nazioak zure aurrean belaunikatuko dira". Esaten da koloniak interes hedatzaileak dituela, West-West Bat Ayin izeneko legez kanpoko postu bat ezarri baitute.