2013an hasi zen Estatu Batuetako eta Alemaniako taldeen ordezkapenekin 2013ko Hopman Cupen.
John Isner eta Tommy Haasen ordez. Kokkinakis 2013ko Australian Openeko kanporaketan lehiatu zen, eta Steve Johnsonen aurka 15-17 galdu zuen hirugarren setean. Kokkinakisek bizkarreko estresio-haustura bat izan zuen Australian Open mutilen finalean, eta 2013ko erdialdera arte lehiaketatik kanpo egon zen. Ondoren, Txekiar Errepublikako, Kanadako eta Estatu Batuetako Futures txapelketetara itzuli zen lehiaketara. Irailean eta urrian, Kokkinakisek bi Challenger probatan lehiatu zuen Estatu Batuetan. Lehenengoa 2013ko Napa Valley Challenger izan zen, non sailkatu zen eta bigarren itzulian sartu zen, Bradley Klahn-en aurka, nahiz eta set batez aurreratu. Ondoren, 2013ko Sacramento Challenger-en sailkatu zen eta bigarren itzulian sartu zen. Berriro ere galdu zuen, Nick Kyrgios-en aurkako set baten aldean irabazi arren. Horren ondorioz, bere ranking karrerako onena 655 zenbakira igo zen. Urrian, Kokkinakis Benjamin Mitchellekin parekatu zen eta Melbourne Challenger irabazi zuen Alex Bolt eta Andrew Whittington garaituz finalean, serie zuzenetan. Honek 453 postu gehitu zizkion bere bikoitzeko sailkapenean, eta 505. postuan jarri zuen bere ibilbide osoan. Bakarkakoetan ere bigarren itzulia lortu zuen. Matt Ebdenen aurka jokatzen hasi eta bi partidu galdu zituen. 2013ko Traralgon Challenger-en amaitu zuen bere urtea, eta bigarren itzulian galdu zuen James Duckworth-en aurka, serie zuzenean.