Osatu hurrengo esaldia: 1949an, Txekiar Errepublikan jadanik bazegoen judu komunitatearen Pragako Kontseiluak, erregimen komunistari eman zion museoaren kontrola. 1950eko apirilaren 4an, Estatuko Museo Judu izenez aldatu zen, sei sinagogetan, zeremonia areto batean eta hilerri batean banatutako kultur erakundea, "memoriala, kontserbazio agentzia historikoa eta ikerketa institutu" gisa sortu zena. Komunistek judaismoa deuseztatu zuten, atzerriko ikertzaileekin harremanak debekatu zituzten, eta baimendutako erakusketa bakarrak Terezíneko haurren marrazkiak ziren. Jarraian
1968ko inbasio sobietarrean, erakusketa berri gutxi egin ziren. Museo hori Txekoslovakiako erakargarritasun turistiko handiena izan arren, urtero 700.000 bisitari biltzen baititu, Judaica bilduma arlo horretako adituek bakarrik ezagutzen zuten.