1861.urtean, Gerra Zibila hasi zenean, New Yorkeko guardia nazionalaren komandanteak, John F. Rathbone brigada jeneralak izendatu zuen mediku nagusi Albanyko estaziora. 1862ko ekainean, Savage's Stationeko bataila eta gero
Potomaceko armadak medikuekin batera erretiratu zenean, Swinburnek milaka preso zauritu zaintzera geratu zen, bai unionistak, bai konfederatuak. Bere printzipiozko jarrera errespetatuz, Stonewall Jackson konfederatuen komandanteak baimena eman zion, ohar pertsonal batekin batera, Unioko presoak bisitatzeko baimena. 1864an, Horatio Seymour gobernadoreak New Yorkeko Portuko Osasun Ofizialaren kargurako izendatu zuen eta, 1867an, Reuben Fenton gobernadoreak berriro izendatu zuen, sei urtez, 1870era arte. Bere administrazioan, Estatuko Legebiltzarrak dirulaguntza esleitzeko zalantzak izan arren, Swinburne eta Hoffman izeneko uharteetan berrogeialdi-instalazio modernoen eraikuntza gainbegiratu zuen.