1861.urtean, Gerra Zibila hasi zenean, New Yorkeko guardia nazionalaren komandanteak, John F. Rathbone brigada jeneralak izendatu zuen mediku nagusi Albanyn. 1862ko ekainean,
Swinburne-k milaka preso zauritu zaintzeko geratu zen, bai Batasunekoak bai Konfederatuetakoak. Bere printzipiozko jarrera errespetatuz, Stonewall Jackson konfederatuen komandanteak baimena eman zion, ohar pertsonal batekin batera, Unioko presoak bisitatzeko baimena. 1864an, Horatio Seymour gobernadoreak New Yorkeko Portuko Osasun Ofizialaren kargurako izendatu zuen eta, 1867an, Reuben Fenton gobernadoreak berriro izendatu zuen, sei urtez, 1870era arte. Bere administrazioan, Estatuko Legebiltzarrak dirulaguntza esleitzeko zalantzak izan arren, Swinburne eta Hoffman izeneko uharteetan berrogeialdi-instalazio modernoen eraikuntza gainbegiratu zuen.