Ondorengo esaldia osatu: 2011ko uztailaren 13an, Jonathanek Santos utzi eta Serie Ako Inter Milanekin entrenatuko zuela iragarri zen, transferentzia amaitu arte. Bi egun geroago, uztailaren 15ean, ofizialki Interreko jokalari bihurtu zen, lau urteko kontratua sinatuz. Jonathanek 2011ko irailaren 11n egin zuen bere debuta Interren, 2011ko bigarren astean.
2011-12 Serie A, 90 minutuak jokatu zituen Palermon 4-3ko kanporaketa batean. Hiru egun beranduago Jonathanek bere debuta egin zuen Txapeldunen Ligan, lehen partidan Trabzonspor talde turkiarraren aurka partidu osoa jokatuz, San Siron 0-1 galduta.