1805etik aurrera, Saint-Hilaire "Grande Armée"n zerbitzatzen jarraitu zuen, hainbat dibisioetako aginduak betez. 1805ean, Jean-de-Dieu Soult mariskalaren IV Korpusean dibisio bat agindu zuen Hirugarren Koalizioaren Gerran eta Austerlitzeko guduan.
, Pratzeneko goi-lautadan eraso erabakigarria burutu zuen, erasoaren hasieran zauri larria jaso zuen baina, hala ere, gerra osorako bere agintea mantendu zuen. 1806 eta 1807 artean, Jena, Eylau eta Heilsberg-en distintzioarekin borrokatu zen. 1808an Inperioko Konde izendatu zuten eta Alemaniako Armadako dibisioko agindu bat jaso zuen, Alemaniako hegoaldean eta Austrian kanpaina egingo zuena. 1809ko apirilaren 22an, Saint-Hilaire bere burua nabarmendu zuen Napoleonen begien aurrean Eckmühlko guduan.