1841ean, Scott Estatu Batuetako Armadako buru bihurtu zen, Edmund P. Gaines bere aurkaria garaituz. 1846an Mexikoko-Amerikar Gerra hasi zenean, Scott administrazio-lanetan sartu zen, baina 1847an Mexikoko hiriburuaren aurkako kanpaina bat zuzendu zuen. Harrapatu ondoren.
Veracruzeko portuan, Antonio López de Santa Anna jeneral mexikarraren armadak garaitu zituen Cerro Gordo, Contreras eta Churubusco gudaldietan. Ondoren, Mexiko Hiria hartu zuen, eta ondoren, Mexikoko hiriburuan ordena mantendu zuen eta, zeharka, Nicholas Trist enbaxadoreari lagundu zion Guadalupe Hidalgo ituna negoziatzen, gerra amaitu zuena.