Jimmy Murphy zuzendariordeak hartu zuen zuzendari kargua, Busby zaurietatik osatu zen bitartean eta klubaren aldi baterako taldea FA Cup finala irabazi zuen, Bolton Wanderers-en aurka galdu zuena. Taldearen tragedia aintzat hartuta, UEFAk 1958/59ko Europako Kopa lehiatzera gonbidatu zuen Wolverhampton Wanderers taldearekin batera. Futbol Elkargoaren onespena izan arren, Futbol Ligak erabaki zuen klubak ez zuela lehiaketan parte hartu behar, ez zelako sailkatu. Busbyk taldea berreraiki zuen 1960ko hamarkadan zehar, Denis Law eta Pat Crerand bezalako jokalariak fitxatuz, 1963an FA Kopa irabazteko hurrengo belaunaldiko gazte jokalariekin konbinatu zirenak, George Best barne. Hurrengo denboraldian bigarren sailkatu ziren eta 1965 eta 1967an txapelketa irabazi zuten. 1968an, Manchester United Europako Kopa irabazi zuen lehen klub ingelesa (eta bigarrena britainiarra) bihurtu zen, Benfica 4-1 garaituz finalean, hiru Europako Urteko Futbolariak zituen talde batekin: Bobby Charlton, Denis Law eta George Best. Gero, Europaren ordezkari izan ziren 1968ko Kontinente arteko Kopan.
Estudiantes argentinarraren aurka, baina berdinketa galdu zuen Buenos Airesen lehenengo jardunaldia galdu ondoren, Old Trafford-en 1x1 berdinketa baino lehen hiru aste geroago. Busbyk 1969an utzi zuen entrenatzaile kargua, eta bere ordez, erreserbako entrenatzailea, Wilf McGuinness, Manchester Unitedeko jokalari ohia jarri zen.