2020ko otsailaren 3an, Rapid Wieneko zaleek Fountas 2019ko jokalari onena izendatu zuten Austriako klubarekin egindako emanaldi bikainei esker. Otsailaren 16an, denboraldiko hamabigarren gola egin zuen Thanos Petsos jokalariaren akats baten ondoren, WSG Swarovski Tirolen aurkako 2x0ko etxean irabazitako partidan. Martxoaren 1ean, Christoph Knasmüllnerren pase bat bihurtu zuen Fountasak eta bigarren gola sartu zuen SV Mattersburg-en aurkako 3-1ko etxean irabazitako partidan. Martxoaren 7an berriro sartu zuen gola, Nemanja Rnić-ek egindako akats larri batengatik eta denboraldiko 14. gola irabazi ondoren, Wolfsberger AC-ren aurka 2x2ko berdinketan. Ekainaren 7an, COVID-19 pandemiaren ondorioz liga bertan behera utzi ondoren, berriz ere gola egin zuen SK Sturm Grazen aurkako 4x0ko garaipenean. Hiru egun beranduago, gol garrantzitsua sartu zuen LASK Linzen aurkako 1-0eko garaipenean. Astebete beranduago berriro sartu zuen gola, TSV Hartberg-en aurka 1<unk>0eko garaipen bat lortuz. Ekainaren 24an, Ercan Kararen asistentziaren ondoren golea sartu zuen, Red Bull Salzburg txapeldunaren aurka 2x7ko etxeko porrot batean. Uztailaren 1ean, bere bosgarren partidan sartu zuen, eta 3-1ko garaipena lortu zuen LASK-ren aurka. Fountzek bere forma emankorra mantendu zuen Rapid Vienako taldearekin 2019-20 Austriako Futbol Bundesligaren amaiera arte.
19 gol sartu zituen kanpainan, bere klubak UEFAren txapeldunen ligako kanporaketa irabazteko. Gainera, Fountasek denboraldia amaitu zuen Austriako Bundesligako hirugarren markagailu gisa, Patson Daka (24 gol, RB Salzburg) eta Shon Weissman (30 gol, Wolfsberger) baino atzerago.