1989an, Janša Esloveniako lehen oposizioko alderdietako bat, SDZ, sortzean parte hartu zuen eta lehen lehendakariordea izan zen, eta geroago alderdiaren kontseiluko lehendakaria. 1990eko maiatzean izandako lehen hauteskunde libreen ondoren, Lojze Peterleren kabinetean Defentsa sailburua bihurtu zen, Esloveniako independentzia gerran zehar izandako kargua.
1991ko ekaina eta uztaila. Igor Bavčar Barne ministroarekin batera, Janša Jugoslaviako Herri Armadaren aurkako Esloveniako estrategiaren antolatzaile nagusia izan zen.