Gerra 1939ko irailean hasi zen eta Möller armadan sartu zen.
1945ean izan zen. Urte hartan Nirrnheim hil zen bere laurogeita hamargarren urtebetetzearen bi egunera, eta Möller gerratik Hamburgora itzuli zen, bere eginkizunak berreskuratuz bai Hamburgo Historiaren Elkartean, bai hiriko artxiboko zuzendaritza taldeko kide nagusi gisa. 1948an izendatu zuten zuzendari (burua) 1948ko urtarrilaren 1ean hartu zuen kargua, baina gero 1948ko otsaileko hasieran baja eman zioten, kaleratzeko aukerari aurre eginez.