1861eko uztailean, J. W. Bissell koronelak Mendebaldeko Ingeniaritza Erregimentua izeneko erregimentua antolatu zuen, batez ere Illinois eta Missouri estatuetan erreklutatua, eta Henry Flad B konpainiako kapitaina izendatu zuten. Urte bereko abuztuan Frémont jeneralak, orduan Saint Louisen agintzen zuena, Saint Louisen, Girardeau lurmuturreko gotorlekuen eraikuntzan zerbitzatzeko, non hilabete batzuetan egon zen. Urte beranduago, Frémont Halleck jeneralak ordezkatu zuenean, Flad kapitainari agindu zioten Pope jeneralarekin bat egiteko Missouri hego-ekialdean, eta New Madrid eta Point Pleasanteko kanpainan eta Hamar zenbakiko uhartea hartzean agintari gisa zerbitzatu zuen, eta ondoren bere erregimentura itzuli zen New Madrilen. Bere erregimentuarekin izan zen Fort Pillow-en eta Pittsburgh-en.
eta Korinton aurreko ekintzetan. 1862ko udan, Mobile eta Ohio trenbidea konpontzen, Korinton gotorlekuak eraikitzen eta Mississippi Central trenbidea konpontzen aritu zen. Granaten aurrerapenean ere parte hartu zuen. 1863ko otsailean Young's Point-era bidali zuten, ingeniaritza lanetan, geroago Baxter Bayou, Lake Providence eta Bayou Macon-en izan zen bezala.