1861-62ko neguan, Willsonek Baltimoreko eta Ohioko trenbidea zaintzen parte hartu zuen eta Virginiako kanpainak egin zituen Nathaniel Banks eta John Pope jeneralaren agindupean. Antietamko guduan borrokatu zen, 1862ko irailaren 17an. 1863ko maiatzaren 5ean, larriki zauritu zuten Chancellorsvilleko guduan. Ez zen 1863ko irailean itzuli, Joseph Hooker jeneralaren agindupean, Potomaceko Armadako XI eta XII Gorputzak mendebalderantz mugitu zirenean, Chattanooga inguruan Cumberlandeko Armada indartzeko. Han, Willsonek Wauhatchie eta Lookout mendiaren batailetan parte hartu zuen.
Misioaren Kontseilua, Peavine Creek, eta Ringgold Gap.