1936ko uztailean Espainiako Gerra Zibila hasi zenean, Juan Guillotok Cuartel de la Montañako erasoan parte hartu zuen, eta Guadarramako guduan Guadarrama mendilerroan borrokatu zen. Bosgarren Erregimentuaren buruzagietako bat izan zen, 1936ko urritik aurrera bere komandantea bihurtuz. Talavera de la Reinan borrokatu zen.
, Santa Olalla eta Illescas (1936ko irailean), Madrilgo defentsa eta Corunako bigarren bataila, baita Jaramako guduan ere (1937ko otsailean).