Sinagoga laster komunitate judu txiki baina bizia izan zen, eta bere buruzagietako bat, Abraham Reuben, Karachi hiriko korporazioko zinegotzi bihurtu zen 1936an. 1947ko abuztuan, Hinduen eta musulmanen arteko erlijio lerroetan zehar Britainiar Indiaren zatiketak, Karachi hiria Pakistaneko musulman gehiengoa duen estatu berriaren mugetan erori zen, eta horren ondoren, sinagogaren aurreko afiliazio-taula aldatu egin zen, "Pakistan Bene Israel Komunitatea" izenpean izendatuz. Urtebete baino gutxiago geroago, sinagogari eraso eta su eman zioten iskanbila musulmanek 1948an Israelgo Estatuaren Independentzia Adierazpenaren ondoren. Garai hartan, Pakistan osoan hainbat judu eraso zituzten, eta, azkenean, komunitatearen zati batzuk India aldamenera ihes egitera bultzatu zituzten. Hala ere, Pakistaneko juduen aurkako erasoen maiztasuna handitu egin zen 1948ko Arabako eta Israelgo gerra bakoitzaren ondoren.
1956, 1967 eta 1973. 1970eko hamarkadaren hasieran, pakistandar judu komunitatea Israelera edo Indiara joan zen, musulman estatuetatik juduen exodoa zela eta, eta, beraz, sinagogak ez zuen funtzionatzen. 1988ko uztailaren 17an, sinagoga eraitsi egin zuten eta azkenean erosketa plaza (Madiha plaza) jarri zuten haren ordez Karachi hegoaldeko Ranchore Line auzoan.