Japoniako Inperioak Maluku inbaditu zuen 1942ko hasieran, Bigarren Mundu Gerrako Ekialdeko Indietako Holandako kanpaina baten barruan, holandarrak eskualdetik kanporatuz. Halmahera Kao badian itsas base japoniar baten gune bihurtu zen. Bi urte geroago, Estatu Batuen eta beraien aliatuen indarrek Morotai-ko gudua jo zuten.
1944ko abuztuan bonbardatu zuten, eta irailean inbaditu. Japoniako indar inperialek 1945era arte iraun zuten Morotai-n, baina ezin izan zituzten aliatuen inbaditzaileak kanporatu. 1944ko azken zatian, 61.000 pertsona lurreratu ziren Morotai-n. Horien bi herenak ingeniariak ziren, eta azkar eraiki zituzten instalazioak, hala nola portua eta bi pistak, eta erregai biltegi handiak. Bigarren Armada japoniarraren errendizio formala 1945eko irailaren 9an gertatu zen Morotai-n. Gerrako azken japoniarra, Teruo Nakamura soldadua (Amis: Attun Palalin), Indonesiako Aireko Indarrek aurkitu zuten Morotai-n, eta 1974ko abenduaren 18an errenditu zen bilaketa patruila baten aurrean.