Gerra Zibilean Geddesek zerbitzua eskaini zion Union Armadari. Kapitain eta ondoren teniente koronela izendatu zuten, eta 1862ko otsailetik aurrera boluntarioen koronela. Borrokan egon zen.
Shiloh-en, zauritu eta preso hartu zuten. Denboraldi batean Madisonen (Georgia) eta Richmondeko (Virginia) Libbyko espetxean egon zen. Trukatu ondoren, Vicksburg eta Jacksonen borrokatu zen. 1863ko urrian, brigada baten agintea eman zioten eta Brownsvillera bidali zuten, Texas. Ondoren, Memphisen, Tennesseen, federal okupatuaren mariskala izan zen, Nathan Bedford Forrest-en agindupean konfederatuen zalditeriaren atzematea salbatu zuen. Brigada bat agindu zuen kanpaina mugikorrean eta distintzioarekin borrokatu zen Espainiako gotorlekuaren guduan. 1866ko urtarrilaren 13an, Andrew Johnson presidenteak Geddes izendatu zuen boluntarioen brigadako brigadako jeneralaren mailara, 1865eko ekainaren 5etik aurrera, eta Estatu Batuetako Senatuak izendapena berretsi zuen 1866ko martxoaren 12an.