1861eko martxoan, Ferguson kapitain izendatu zuten Hego Carolinako milizian, ondoren teniente izendatu zuten eta SS Armadako brigadier-generalaren P. G. T. Beauregard-en laguntzaile. Fort Sumter-en Robert Anderson AEBetako armadako maiorraren errendizio formala jaso zuen ofizialetako bat izan zen, lehen Estatu Konfederatuen bandera altxatu zuen eta lehenengo guardia jarri zituen Fort Sumter-en. Setioaren ondoren, etsaiaren tiro batek jotako lehen bandera konfederatua konfederatuen estatuen behin-behineko kongresuan aurkezteko bidali zuten. Beauregard jeneralaren laguntzailea izan zen...
Shiloheko bataila. Farmingtongo guduan, Mississippi zalditeriako 28. erregimentuan izan zen. Vicksburg defendatzen zuen bitartean unitatearen agintea hartu zuen, eta William T. Sherman eta David Porter komandantearen erasoak geldiarazten lagundu zuen.