1990eko abenduaren 5ean, Alomar eta Joe Carter Toronto Blue Jays taldera joan ziren Fred McGriff eta Tony Fernandezen truke. Toronton, lehen ofentsiba bigarren base bihurtu zen. 300 batez besteko onura, potentzia eta abiadura konbinatuz. 1991n, bere abiadurari etekina atera zion 11 hiruko eta 53 base lapurtuz, taldeari jarraian hiru playoffeko lehenengoa emanez. Hurrengo urtean, 105 lasterketa egin zituen, 87 paseo egin zituen eta 405eko portzentajea zuen. 1993an, Alomarrek bere denboraldirik onena izan zuen Blue Jays-ekin, 17 home run (HR), 93 runs batted in (RBI) eta 55 base lapurtuak ekoiztuz,.326 batzen zuen bitartean, American Leagueko hirugarren postuan John Olerud eta Paul Molitor taldekideen atzean. 1992an eta 1993an Torontoko World Series txapelketako pertsonaia zentrala izan zen; 1992ko World Serieseko 6. partidan, serie irabazteko lasterketa egin zuen Dave Winfield-en bi lasterketako bikoitza 11. jardunaldian. Alomarrek home run harrigarria egin zuen... Oaklandeko Dennis Eckersleyren aurka... 4. partidan.
1992ko American League Championship Series (ALCS), klubaren historiako arrakasta garrantzitsuena dela uste dute askok, taldearen aurreko hiru ALCS bidaiak etsipenarekin amaitu baitzituzten; Seriearen jokalari baliotsuena (MVP) izendatu zuten. 1995ean, 104 partida jarraian jokatu zituen akatsik egin gabe, bigarren baseetako jokalarien AL errekorra ezarriz. Blue Jays-ekin egindako bost denboraldietan, Alomar All-Star taldean izendatu zuten eta Urrezko Eskularrua irabazi zuen.