Mexikorekin gerra hasi zenean, Morgan Ohioko 2. infanteriako koronelaren agindupean izan zen. Ondoren, 1847ko martxoan, Winfield Scott jeneralaren agindupean AEBetako 15. infanteriako koronelaren kargua jaso zuen. Gerrilla eta soldadu estatubatuarren hilketekin amaitzeko, Morgan koronelak Mexikoko herritar ospetsu batzuk atxilotu zituen eta aldarrikapen bat eman zuen gerrillariek hildako soldadu estatubatuar bakoitzeko herritar bat exekutatuko zutela. Bat-batean, hilketak amaitu ziren. 1848an brigada jeneralaren maila eman zioten Contreras eta Churubusco gudetan erakutsitako ausardiagatik.
Oso zaurituta dago. Osatzeko Ohiora itzuli zenean, Ohioko legegintzaldiaren esker ona jaso zuen.