Osatu hurrengo esaldia: 1989an, Janša Esloveniako lehen oposizioko alderdietako bat, SDZ, sortzean parte hartu zuen eta lehen lehendakariordea izan zen, eta geroago alderdiaren kontseiluko lehendakaria. 1990eko maiatzean egin ziren lehen hauteskunde libreen ondoren, Lojze Peterleren kabinetean Defentsa ministroa bihurtu zen, kargu hori izan zuen
Esloveniako independentzia gerra 1991ko ekain eta uztailean. Igor Bavčar Barne ministroarekin batera, Janša Jugoslaviako Herri Armadaren aurkako Esloveniako estrategiaren antolatzaile nagusia izan zen.