1845ko abuztuan, Magruder boluntario aurkeztu zen Corpus Christi-ra, Texas, Zachary Taylor jeneralaren armadarekin bat egiteko, eta han errepublika zaharra okupatzeko; AEBak Mexikorekin gerra bat egiteko zorian zegoen, anexioaren gaiaren inguruan. 1846ko apirilaren 25ean etsaitasunak hasi eta gero, Magruderrek lehen borroka ikusi zuen Palo Altoko guduan.
14 egun beranduago. 1847ko apirilaren 18an, Magruderrek "zaletasunez eta gaitasunez" zerbitzatu zuen Winfield Scott jeneralaren espedizioan, su gogorraren pean eta artilleria mexikarra haien aurka jarri zuen Cerro Gordon, eta horregatik bere agintariek goraipatu zuten eta maiorrera igo zuten. Irailaren 12an, AEBetako indarrak Chapultepec erasotzen hasi ziren, Mexiko Hiriko batailaren borrokaldi batzuetako batean. Magruderrek, zaurituta, lehen tiroak agindu zituen hilaren 13ko goizean goiz eta jazarpena eskaini zuen, nahiz eta mexikar kopuruak handiagoak izan, Anzures, Veronica eta Belen elkargunea harrapatzeko, Santa Anna jeneralak jauregia askatzeko egindako ahaleginak oztopatuko zituen bidegurutze garrantzitsua.