Kiernan soldaduak borrokatu nahian ibili zen... eta komandante izendatu zuten Missouri 6. 1863ko maiatzean Port Gibsonen
Ezkerreko biriketan zauritu zuten eta hilda zegoela uste zuten. Berreskuratu eta espetxeratu ondoren, ihes egin zuen eta bere kargua utzi zuen. 1863ko abuztuaren 1ean, Abraham Lincoln presidenteak boluntarioen brigadier jenerala izendatu zuen; Mississippi ibaian Miliken's Bend-en postu bat zuzentzen zuen. Hala ere, osasun-arazoak, gudu-zelaian jasandako zaurien ondorioz, 1864ko otsailaren 3an dimisioa ematera behartu zuen.