Maiatzaren 1ean, erregimentuak portua hartu zuen Gibson Guduan.
Han, Missouri Infanteriako 3. erregimentuak Unioneko lerroari eraso egin zion, etsaiaren hegalari agerian uztearen asmoz. Hala ere, bi erregimentuek huts egin zuten Union linearen alboan jotzea, eta horren ordez laguntza handiagoa zuen eremu bat jo zuten. Borroka gogor baten ondoren, bi erregimentuak erretiratu egin behar izan zuten. Maiatzaren 16an, erregimentuak eraso handia egin zuen Champion muinoaren batailan. Champion Hill-eko konfederatuen erasoak bataila-eremuaren bi ezaugarri garrantzitsu harrapatu zituen, baina Batasuneko errefortzuek eta munizio faltak gizonak erretiratzera behartu zituzten. Maiatzaren 17an Black River zubiaren batailan garaitua izan ondoren, erregimentua Vicksburgeko defentsan sartu zen, Mississippin. Vicksburgeko setioan erregimentuak lagundu zuen unionisten erasoak atzera botatzen maiatzaren 19an eta 22an. Ekainaren 25ean eta uztailaren 1ean, erregimentuak kontra egin zien unionisten saiakerari, Konfederatuen lerroak hautsi nahi zituztelako, hauts beltz bat lehertuz. Vicksburgeko konfederatuen goarnizioak uztailaren 4an errenditu zen, eta 5. Missouri Infanteriako soldaduak aske utzi zituzten. Trukatu ondoren, 5. Missouri Infanteriak 3. Missouri Infanteriarekin bat egin zuen 3. eta 5. Missouri Infanteriaren Erregimentua (Konsolidatua) osatzeko; 5. Missouri Infanteriak berezko unitate gisa existitzeari utzi zion.