Apirilaren amaieran, Yamaguchi Japoniara itzuli zen, ontzidiaren mantentze lanetan. 1942ko ekainean Midwayko erasoan parte hartu zuen...
-Ez da izango. 1942ko ekainaren 6an, Yamaguchi armadako komandantearekin, Chūichi Nagumo almiranteordearekin, desadostasuna izan zuen. Hegazkin batek Midwayren ondoan dagoen... hegazkin-ontzi bat hartu du. Une hartan, hegazkin japoniarrak bigarren eraso baterako prest zeuden, "Kate" mailako bonbardatzaileek bonbak zeramatzatela, torpedoak ordez. Yamaguchik berehalako eraso bat eskatu zuen ontzi amerikarraren aurka, hegazkinak armatuta zeudela, baina Nagumok erabaki zuen hegazkinak berriz armatuta egon arte itxoitea. Handik gutxira, Estatu Batuetako hegazkin-ontziek Japoniako hegazkin-ontzi guztiak suntsitu zituzten, Yamaguchiren "Hiryū" itsasontzia izan ezik. Yamaguchik bi eraso agindu zizkion "Yorktown" ontziari, eta suntsitu egin zuten. "Hiryū" gero suntsitu egin zuten, eta "Yorktown"eko hegazkin batzuk ere.