Nagatomok hasi zuen bere bigarren denboraldia Inter Milanen 62 minutuz jokatzen hasi zenean
Palermo-ren aurkako Serie A partida, 4-3ko kanpoko porrotarekin amaitu zen. 2011ko irailaren 27an, Nagatomok Giampaolo Pazzini-ri lagundu zion, Aleksei Berezutski muskatxoa irabazita, 3x2ko kanporako garaipenean, Txapeldunen Ligako bigarren talde fasean. Denboraldiko lehen gola 2011ko abenduaren 10ean sartu zuen, Fiorentinarek 2-0ko garaipenean, Serie Ako 15. partidan. 2011ko azken partidan Lecceren aurka etxean, Nagatomok "partiduaren gizona" eman zuen, bi asistentzia emanez 4-1ko garaipenean.