Bourdaisek gogor egin du lan Toro Rosso taldean neguan, baina zalantzak zituen urte berrira iristeko. 2009ko otsailaren 6an, berriz, Toro Rosso-ko gidari gisa berretsi zuten bigarren urterako, Sébastien Buemi suizarrarekin batera. Urte horretan Australian eta Monakon bi puntu eskuratu arren, Bourdaisek bere taldekide eskarmentudunari aurre egitea kostatu zitzaion. Espainian
Bourdaisek Buemiren autoa jo zuen lehen txandan Jarno Trullirengandik ihes egiten saiatu zenean, eta bi pilotuen lasterketa amaitu zuen. Britainiako Sari Nagusian, Bourdaisek Heikki Kovalainen McLaren gidariarekin talka egin zuen, berriro ere bientzat lasterketa amaituz. Alemaniako Sari Nagusian akats mekaniko bat izan zuen, segundu bat baino gehiagoz azken sailkatu ondoren.