Escriu una continuació per a aquest paràgraf - El terrible terratrèmol que va destruir Lisboa
l'1 de novembre de 1755, va canviar per sempre la producció de Pérez. L'Ópera do Tejo va ser destruïda sis mesos després de l'obertura i la cort es va retirar dels teatres. No es van produir òperes durant els set anys següents, i després només de manera menys espectacular. Durant els últims 23 anys de la seva vida, Pérez va escriure només tres òperes noves. En canvi, va compondre una gran quantitat de música eclesiàstica, que cobreix gairebé tots els rituals i pràctiques de les dues principals capelles musicals de Lisboa, la Reial i el Seminário da Patriarcal. Mai va deixar Portugal, de manera que la seva aclamació internacional va disminuir lentament. Tot i això, Gerber va assenyalar que des de 1766 les composicions de Pérez eren conegudes i demanades a Alemanya i que el 1790 era "un dels compositors més celebrats i estimats entre els mestres italians... un dels últims compositors que va mantenir el rigor del contrapunt". J. C. Krause va nomenar Hasse, Pérez i Paisiello com a models satisfactoris. El 1774 Pérez es va convertir per aclamació en membre de l'Acadèmia de Música Antigua de Londres, i va tenir l'única peça a escala completa impresa durant la seva vida, el "Mattutino de' Morti" (el seu tercer conjunt de l'Oficina dels Morts), publicat allà per Bremner. La seva música, especialment la religiosa, va ser àmpliament copiada a Itàlia. Durant els últims quatre anys de la seva vida, Pérez va patir una malaltia crònica, i finalment va perdre la vista, però va continuar compost. El 1778 la seva pupila, ara la reina Maria I de Portugal, el va fer cavaller de l'Orde de Crist; quan va morir a Lisboa, va ordenar un funeral elaborat a costa de la Corona.