Escriu una continuació per a aquest paràgraf - MacRae es va alistar com a soldat en la infanteria lleugera de Monroe, i va ser elegit capità quan es va convertir en la Companyia B, del 15è regiment d'infanteria de Carolina del Nord. L'abril de 1862, va ser ascendit a tinent coronel. Durant la Campanya de la Península i a la Segona Manassas el seu regiment va formar part de la brigada de Howell Cobb. A la Batalla d'Antietam, MacRae va comandar la brigada que havia estat reduïda a 250 homes durant els combats de les setmanes anteriors. La brigada de MacRae va rebutjar tres assalts de la Unió, però es va retirar quan només li quedaven 50 efectius i el seu subministrament de municions s'havia esgotat. A Fredericksburg va lluitar amb el seu regiment a Marye's Heights. Immediatament després de la batalla, la 15a Carolina del Nord va ser transferida a la brigada de Carolina del Nord del general de brigada John Rogers Cooke. Cooke havia estat greument ferit a Fredericksburg i no tornaria a la brigada fins a l'abril de 1863. El febrer de 1863, MacRae va ser ascendit a coronel. Aquesta brigada va servir a Carolina del Nord i el sud-est de Virgínia fins després de la Campanya de Gettysburg. el febrer de 1863, va ser nomenat coronel, i el 1864 va ser comissionat com a general de brigada. Després de tornar a unir-se a l'Exèrcit de Virgínia del Nord, MacRae va ser distingit pel valor a la Batalla de Bristoe Station. Després que el general de brigada William Whedbee Kirkland fos ferit a la Batalla de Cold Harbor, MacRae va ser ascendit temporalment al rang de general de brigada i va ser assignat al comandament de la brigada de Kirkland (que també era l'antiga brigada del general de brigada J. Johnston Pettigrew). A l'estació de Ream
Les brigades de MacRae, Lane i Cooke van expulsar la 2a Divisió de John Gibbon del II Cos de Winfield Scott Hancock de les seves trinxeres al seu front i van capturar una bateria d'artilleria. Després del seu servei meritori a la Batalla de Boydton Plank Road, MacRae va romandre amb l'exèrcit durant la Campanya d'Appomattox.