El Pakistan va patir una derrota decisiva en la Guerra d'Alliberament de Bangladesh de 1971
, que va resultar en la dissolució del Comandament Oriental de l'Exèrcit del Pakistan i la secessió del Pakistan Oriental com a Bangladesh <unk> així el govern de Yahya Khan és àmpliament considerat com una de les principals causes de la ruptura de la unitat del Pakistan. Després d'aquests esdeveniments, va lliurar el lideratge del país a Zulfikar Ali Bhutto, el principal polític del Pakistan Occidental, i va dimitir del comandament de l'exèrcit en desgracia, tots dos el 20 de desembre de 1971. Després va ser desposseït dels seus honors de servei i va ser posat sota vigilància domiciliària durant la major part de la dècada de 1970.