Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Sota les instruccions de Madani, va participar i es va convertir en un líder en el moviment d'independència de l'Índia. Després de la partició de l'Índia el 1947, Chowdhury va donar suport al desenvolupament del Pakistan recentment creat, treballant al costat del lideratge de l'organització Jamiat Ulema-e-Hind. Després que Bangladesh declarés la independència
El 1971, va intentar evitar incidents de violència contra la gent per part de l'exèrcit pakistanès. Quan cinquanta dels seus familiars a Ronokali van ser acorralats per l'exèrcit, Chowdhury va fer una crida als soldats perquè els perdonessin. En una altra ocasió, va ser capaç d'intervenir per salvar la vida de set hindús en circumstàncies similars. Chowdhury posteriorment va jugar un paper actiu en el moviment Khilafat de Bangladesh, treballant sota el lideratge de Hafezzi Huzur i presidint moltes de les seves conferències.