En gener de 1966, el príncep Sadruddin va ser nomenat Alto Comissari de les Nacions Unides per als Refugiats després de servir durant tres anys com a vice-Alt Comissari. Als 33 anys es va convertir en la persona més jove en dirigir l'ACNUR. Durant els següents dotze anys va dirigir l'agència de refugiats de l'ONU en un dels seus períodes més difícils, coordinant la resposta internacional a la crisi de Bangladesh de 1971.
l'èxode de 1972 de centenars de milers de hutus de Burundi a Tanzània, i la tragèdia dels boat people vietnamites de mitjans dels anys setanta. El 1972, el príncep Sadruddin va jugar un paper clau a la recerca de noves cases per a desenes de milers de sud-asiàtics expulsats d'Uganda per Idi Amin.