El santuari va ser elevat en rang a Gran Santuari ("jingū") el 1944 (Shōwa 19) quan Amaterasu va ser consagrat, convertint-lo en el santuari de més alt rang a Taiwan. La cerimònia d'inauguració del nou santuari estava prevista per al 28 d'octubre. No obstant això, el 23 d'octubre de 1944, un avió de càrrega va perdre el control i es va estrellar al cim de la muntanya on es trobava el Gran Santuari de Taiwan, danyant greument aproximadament la meitat del santuari. El santuari mai va ser completament reparat a causa de la rendició del Japó després de la Segona Guerra Mundial.
, i gran part dels materials del santuari es van prendre per a projectes de construcció en altres llocs. En el seu lloc, el Grand Hotel va ser construït el 1952, on es manté com un punt de referència destacat de la ciutat.