Passatge: La història es desenvolupa l'any 3394, mil anys després que la humanitat fugeixi de la Terra després de ser destruïda per una raça d'extraterrestres que canvien de forma, els Gauna, a bord de centenars de naus espacials massives creades a partir de les restes del planeta. Un d'aquests vaixells és el Sidonia, que ha desenvolupat la seva pròpia cultura humana estretament basada en la del Japó, on la clonació humana, la reproducció asexual i l'enginyeria genètica humana, com la concessió de la fotosíntesi humana, són comuns. També es revela que els escalons superiors d'aquesta societat s'han atorgat secretament l'immortalitat. Amb una població de més de 500.000 persones, Sidonia és possiblement l'últim assentament humà que queda, ja que els destins dels altres vaixells són desconeguts.
Japó