El 29 de setembre de 1938, Thomas va ser cridat al servei actiu, i es va unir a la tripulació del cuirassat. El 13 d'agost de 1939, es va unir al creuers, on estava servint quan va esclatar la Segona Guerra Mundial. Va ser ascendit a comandant el 27 de juny de 1940. Després de ser enfonsat pels italians a la Batalla de la Badia de Souda
, va ser assignat al HMS "Nil", l'establiment de la costa de la Royal Navy a Egipte, i va servir en el personal del Comandant en Cap, Flota Mediterrània. Es va casar per segona vegada el 10 de setembre de 1941, amb Mary Fedora Douglas-Watson, pianista i compositora. Era la vídua d'un altre oficial naval, el comandant Francis Douglas-Watson, i la filla de l'ex senador australià Anthony St Ledger.