El 16 de juliol de 1942 Kofman va ser arrestat per la policia de Vichy durant la rafle du Vélodrome d'Hiver.
, juntament amb uns 13.000 altres jueus, i es va traslladar al camp d'internament de Drancy per esperar la deportació. Segons la seva filla Sarah, el seu pare va saber de la redada a través de rumors i havia deixat la seva residència molt d'hora per advertir als altres jueus del perill, abans de tornar a casa, preparat per sacrificar-se per la seva família. Va ser arrestat a les quatre de la tarda. La seva família, que no el va tornar a veure mai més, va rebre una postal, escrita per algú altre, del campament de Drancy. Va ser deportat a Auschwitz pel Convoi (Convoi) No 12 el 29 de juliol de 1942. Després de la guerra, es va enviar un certificat de mort d'Auschwitz. Segons el testimoni d'un supervivent d'Auschwitz durant aquest temps, el rabí Kofman va estar al camp durant un any abans de ser assassinat per un Kapo en un Shabbat perquè es va negar a treballar. Va ser colpejat amb un pic i enterrat viu. L'autor del crim, un carnisser jueu, va tornar de la deportació i va reobrir la seva botiga, Rue des Rosiers, al Pletzl.