Un grup musulmà conegut com els Rabedis, que s'havia revoltat a Córdoba a Al-Andalus (Andalusia a l'actual Espanya), es va reassentar a Volubilis el 818. Tot i que la gent va continuar vivint a Volubilis durant diversos segles més, probablement va ser gairebé desert pel segle XIV. Leo Africanus descriu els seus murs i portes, així com la tomba d'Idris, guardada només per dos o tres castells. El seu cos va ser posteriorment traslladat a Moulay Idriss Zerhoun, on es va construir un gran mausoleu. El nom de la ciutat va ser oblidat i va ser anomenat "Ksar Faraoun", o el "Castell del faraó", per la gent local, al·ludint a una llegenda que els antics egipcis l'havien construït. No obstant això, alguns dels seus edificis van romandre en peu, encara que en ruïnes, fins a finals del segle XVII, quan Moulay Ismail va saquejar el lloc per proporcionar material de construcció per a la seva nova capital imperial a Meknes. El terratrèmol de Lisboa de 1755
va causar més destrucció severa. No obstant això, l'antiquari anglès John Windus havia esbossat el lloc el 1722. En el seu llibre de 1725 "Un viatge a Mequinez", Windus va descriure l'escena: