La història segueix les aventures del pilot de la Guàrdia Nagate Tanikaze, que va viure a la capa subterrània de Sidonia des del seu naixement i va ser criat pel seu avi. No havent conegut ningú més, s'entrenen en un vell simulador de pilot de la Guàrdia cada dia, finalment el dominen. Després de la mort del seu avi, emergeix a la superfície i és seleccionat com a pilot de la Guàrdia, així com Sidonia és una vegada més amenaçada pel Gauna. Pregunta: Com és seleccionat després de la mort del seu avi?
Pilots de Guardians