Verstappen va començar la temporada 2016 a Toro Rosso, de nou al costat de Sainz. Verstappen es va classificar cinquè per a la cursa d'obertura de la temporada a Austràlia, però durant la cursa va fer diverses trucades per ràdio al seu equip a causa de la frustració per estar darrere de Sainz a la pista abans de tallar el seu company d'equip mentre intentava passar-lo amb tres voltes per acabar, i finalment va acabar desè. Verstappen va gaudir d'un cap de setmana més reeixit a la següent cursa a Bahrain
, finalitzant sisena per marcar els primers punts de Toro Rosso en el circuit de Sakhir.