Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Yegipko va tornar a l'URSS l'agost de 1938, assumint el càrrec de comandant de la Segona Brigada Submarina de la Flota del Mar Negre. Va ocupar aquest càrrec fins al desembre de 1939, quan es va convertir en comandant de la brigada de submarins de la Flota del Bàltic. Va ocupar aquest càrrec durant la Guerra Soviètic-Finlàndia.
, que va marxar el maig de 1940 per reprendre els seus estudis a l'Acadèmia Naval. Es va graduar l'abril de 1941, i el 26 d'abril va ser ascendit a capità de primer rang. Des d'aquest mes fins al setembre va ser comandant de la 1a Brigada Submarina de la Flota del Bàltic. Yegipko va participar en operacions militars després de la invasió alemanya de la Unió Soviètica el juny de 1941. Durant l'evacuació soviètica de Tallinn a l'agost de 1941, el seu submarí, "S-5", va colpejar una mina, i Yegipko va ser llançat des de la torre de control a l'aigua. Va ser rescatat, amb una gran conmoció cerebral, per un altre vaixell. De setembre a octubre de 1941 va estar a disposició del Consell Militar de la Flota del Bàltic, abans de ser nomenat ataixat naval a l'ambaixada soviètica al Regne Unit. Com a ataixat naval, Yegipko sovint va actuar com a observador en vaixells de guerra britànics, i va navegar a bord de vaixells britànics en deures de comboi a l'Àrtic.