En la temporada 2011-12 Júlio César va jugar el seu partit número 200 a la Serie A l'1 d'octubre de 2011 en la derrota a casa 3 a 0 contra el Napoli, salvant un penalty a la primera meitat. Més tard, el 22 de novembre, Júlio César va fer la seva cinquantena aparició a la Lliga de Campions de l'UEFA en el sorteig 1-1 contra el Trabzonspor en la 4a jornada de partits del Grup B de la Lliga de Campions de l'UEFA 2011-12. Aquest empate va ser suficient per a l'Inter per assegurar-se un lloc a la ronda de 16. Va assolir un segle de llibretes netes a la Serie A el 18 de març de 2012 jugant en el empat sense gols contra l'Atalanta en la jornada 28. Aquest empate va significar que l'Inter ha guanyat només un dels seus últims nou partits de lliga. La 300a aparició de Júlio César en totes les competicions per a l'Inter es va produir el 6 de maig en la penúltima setmana de la Serie A contra el Milan en la qual l'Inter va guanyar 4-2. Va concedir un polèmic penal a Kevin-Prince Boateng i va ser inclòs en una confrontació verbal amb Zlatan Ibrahimović que va convertir el penal. Va ser reservat per la penalització que el va fer perdre l'últim partit de la temporada contra el Lazio. Va concloure la seva setena temporada a l'Inter amb 40 aparicions en totes les competicions i va acabar sisè a la lliga.
, amb l'equip només cinc gols per igualar la seva pitjor concessió de tots els temps en una sola campanya de la Serie A. A la Lliga de Campions, l'equip va ser eliminat a la ronda de 16 pel Marsel·la per gol fora de casa i va ser eliminat de la Copa d'Itàlia pel Napoli. Amb alguns crítics creient que Júlio César havia disminuït en forma des de la temporada 2009-10, l'Inter va signar al porter eslovè Samir Handanović de l'Udinese per assumir com a porter de primera opció.