Bonaga va debutar per a Panamà a les semifinals de la Copa de les Nacions de la UNCAF 2009 entrant com a substitut d'últim moment contra Honduras el 30 de gener de 2009 i, a partir de l'1 de maig de 2015, ha guanyat un total de 23 partits, marcant 1 gol. Va representar el seu país en 2 partits de classificació per a la Copa del Món de la FIFA i va jugar a la Copa del Món de la FIFA 2011.
i la Copa d'Or de la CONCACAF 2013. El 10 de gener de 2013 va marcar contra Guatemala en un amistós al minut 67.