Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Al març de 1937 Schniewind va ser destituït del seu càrrec a la universitat i a principis de 1938 les autoritats van iniciar un cas d'investigació criminal sobre la seva implicació amb l'Església Confessant. Va ser obligat a acceptar un 80% de retallament salarial. Moltes fonts suposen o impliquen que va romandre privat del seu professorat fins que la guerra va acabar.
el maig de 1945, però una investigació recent dels registres de personal conservats en els arxius de la Universitat de Halle ha indicat que la cátedra de Schniewind va ser tranquil·lament restaurada en alguna forma més tard el 1938. No hi ha cap informe de que el cas penal hagi arribat a l'etapa d'un processament. Segons una font, juntament amb les seves activitats de conferència en nom de l'Església Confessant, va poder continuar "mentorant als seus estudiants en privat". Després de 1939 va combinar les seves activitats a la universitat amb el treball com a capellà d'hospital militar.