El 1900, Clarke es va unir als Pirates de Pittsburgh com a jugador i entrenador, funcions que exerciria fins a la seva jubilació el 1915. Va ser sens dubte la millor temporada de bates de la carrera de Clarke, ja que va liderar les Grandes Lligues en mitjana de slugging i OPS i va liderar la Lliga Nacional en dobles. Va acabar segon només al seu company d'equip, Honus Wagner, per al títol de bateria de la Lliga Nacional. A la primera Serie Mundial
Clarke va batejar.265 però Cy Young i Bill Dinneen de Boston van superar a Pittsburgh en general i van guanyar la sèrie en vuit partits.