Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Czisny va acabar tercer al Skate Canada International 2008 en la sèrie de Gran Premi 2008-09 darrere de Joannie Rochette i Fumie Suguri. Al Campionat dels Estats Units de 2009
, va guanyar el programa curt per més de cinc punts. Va acabar tercera en el programa llarg, però va guanyar la medalla d'or a causa del seu lideratge en el curt. Czisny va guanyar el seu primer títol nacional, per davant de Rachael Flatt i Caroline Zhang. Va guanyar el seu segon viatge als Quatre Continents i al Campionat del Món, en el qual va acabar novè i onzè, respectivament.