Escriure una continuació per a aquest paràgraf - Durant la Guerra Civil Espanyola en plena defensa de Madrid
, l'església està tancada i l'hospital continua funcionant. La zona està devastada per intensos bombardejos d'artilleria, i l'església està completament en ruïnes. Després de la guerra l'edifici va ser reconstruït. L'Acta del 7 de març de 1940 el Patronat Reial és integrat al Patrimoni Nacional amb la resta dels antics Patronats Reials. El declivi final de l'hospital està marcat per la resolució de la Junta d'Administració del Patrimoni Nacional del 9 de juny de 1942, per la qual es va retirar els serveis hospitalaris de el Buen Suceso, que es van convertir en coberts per la Direcció General de Salut de l'Exèrcit de l'Aire, utilitzant el mateix edifici a través d'un contracte d'arrendament. Això va significar, de fet, la liquidació del Patronat històric, privant-lo del seu propòsit essencial, fins i tot si, legalment, ha prolongat la seva existència fins avui. El culte religiós continua fins ara, gràcies a l'acord signat entre el Patrimoni Nacional i la Diòcesi de Madrid-Alcalá, per la qual es cedeix l'edifici per al funcionament de la nova parròquia del Beat Corpus Christi a l'Iglesia del Buen Suceso.