El 1938, el govern francès el va nomenar governador de l'Índia francesa, una colònia sacsejada per disturbis a les fàbriques tèxtils. En el transcurs de la debacle militar francesa durant la Segona Guerra Mundial, Bonvin va telegrafar al govern francès (aleshores a Bordeus) el 20 de juny de 1940, declarant la voluntat del poble de l'Índia francesa de continuar la guerra al costat dels Aliats. No obstant això, després de la signatura de l'armistici del 22 de juny de 1940,
, immediatament va reconèixer el govern del Mariscal Pétain. Poc després, sota la pressió del coronel Schomberg, el cònsol britànic a Pondicherry, que el va advertir que l'exèrcit indi britànic ocuparia la colònia si no es declarava pel general de Gaulle, va revertir la seva decisió. En una crida al poble del 27 de juny de 1940, Bonvin va anunciar que l'imperi colonial francès (i per tant els establiments francesos a l'Índia) "permaneixeran al costat britànic fins a la victòria final". El 12 de juliol, el governador Bonvin, a través dels britànics, va assegurar a De Gaulle la cooperació de l'Índia francesa.