Completa la següent frase: Després que la flota de Virgínia s'integrés amb la Marina Confederada, Barron va ser nomenat com a comandant i va ser nomenat cap de l'Oficina d'Ordres i Detalls el 10 de juny. Barron romandria en aquest càrrec fins al 20 de juliol, quan el secretari de la Marina de la Confederació, Stephen R. Mallory, va acceptar la sol·licitud de Barron per ser assignat com a comandant de les defenses costaneres de Virgínia i Carolina del Nord, un important port per als corsaris confederats basats a Pamlico Sound. Arribant al seu quarter general a Fort Hatteras el 28 d'agost, Barron va comandar la defensa dels forts Hatteras i Clark contra l'oficial de la bandera de la Unió Silas H. Stringham durant la Guerra Civil Americana.
Batalla de la badia de Hatteras el 28-29 d'agost. Barron va ser capturat després de la rendició de les dues fortaleses. Es va celebrar a Fort Columbus a Governors Island al port de Nova York, després a Ft. Warren, port de Boston, Barron va ser alliberat en un intercanvi de presoners l'any següent.