Recuperant-se de les seves malalties, va ser nomenat oficial de connexió a la divisió 6 al setembre de 1943 i va ser ascendit a major temporal aquell mes, que es va convertir en substancial al maig de 1945. Més tard va assistir a l'Escola d'Estat Major a Cabarlah, Queensland, i després de completar el curs va ser enviat a la 1a Secció d'Operacions Combinades d'Austràlia a l'octubre de 1944. Va estar adscrit al quarter general de la 7a Divisió i va ajudar a planificar els desembarcaments amfibis a Morotai.
i Balikpapan. Ferguson va ser esmentat en els despatxos per la seva planificació.