A Sepang, l'equip va introduir un motor actualitzat. Es va planificar que Alonso es portés la penalització del motor que el va relegar a l'últim lloc de la qualificació, mentre que es esperava que Button portés el nou motor i la penalització a Austin.
- No. Button va arribar a la Q3, utilitzant un motor més antic durant tot el cap de setmana amb el novè. El cotxe va ser prou competitiu per aconseguir un doble punt per segona vegada amb Alonso utilitzant el vell motor per tornar a un altre setè lloc, mentre que Button es va quedar en el novè. No obstant això, una setmana més tard a Suzuka, la cursa d'Honda, l'equip va experimentar la seva cursa més difícil de la temporada ja que les característiques del circuit no eren adequades ni al cotxe ni al motor, malgrat que tots dos pilots utilitzaven el motor actualitzat per a la cursa, el que va resultar en que McLaren va ser superat per Haas, Renault i fins i tot Sauber. Button no va aconseguir ni tan sols arribar a la Q2, mentre que Alonso es va classificar només 15è, amb Button optant per prendre el nou motor i la penalització destinada a Austin, per raons estratègiques a causa de la manca de competitivitat del cotxe per a aquesta cursa, i va començar en darrer lloc. Amb cap retirada de la cursa per segon any consecutiu, tant Alonso com Button només van poder aconseguir el 16è i el 18è lloc, les seves pitjors posicions de finalització (excluint les retirades) de 2016 fins ara.