La 13a Divisió va ser creada inicialment a la ciutat de Takada, en l'actual Jōetsu, Niigata, a partir d'homes de la Prefectura de Niigata sota el comandament del tinent general Haraguchi Kensai. Se li va donar l'encàrrec independent d'ocupar Sakhalin
abans de la conclusió del Tractat de Portsmouth, desembarcant a Sakhalin el 7 de juliol de 1905, només tres mesos després de formar-se, i assegurant l'illa per l'1 d'agost de 1905. Com a resultat de la seva operació exitosa, al Japó se li va concedir el sud de Karafuto durant el Tractat de Portsmouth, una de les poques victòries territorials del Japó durant la guerra.