A pesar de la seva important ubicació, l'edifici no va patir grans danys dels bombardejos que van devastar Madrid durant la Guerra Civil Espanyola. Durant el setge de Madrid
, l'edifici va ser atacat. Els forats de bala encara es poden veure avui en dia a la façana blanca de l'edifici. Els forats de bala van ser causats per les accions militars al final de la Guerra Civil (a principis de març de 1939), com a conseqüència de la revolta de Segismundo Casado contra el govern de Juan Negerín. La constitució del Consell de Defensa Nacional va col·locar una bateria d'artilleria a la plaça de Cibeles. L'edifici va estar involucrat en una batalla els dies 8 i 9 de març quan les tropes comunistes van aconseguir prendre el Palacio de Comunicaciones en poques hores, mentre que les tropes de Casado resistien a l'Oficina Naval ("Ministerio de la Marina"), l'Oficina de Guerra i el Banc d'Espanya. Molt més tard seria confirmat com l'inici del carrer Gran Vía ("El Gran Camí").