Entre les ciutats en creixement de la confederació, Lucerna va ser especialment popular per atraure nous residents. Encara que predominantment catòlica, Lucerna va acollir el seu propi espectacle anual de la passió de 1453 a 1616, un espectacle de dos dies de durada de 12 hores d'actuació per dia. A mesura que la confederació es va trencar durant la Reforma, després de 1520, la majoria de les ciutats properes es van convertir en protestants, però Lucerna va romandre catòlica. Després de la victòria dels catòlics sobre els protestants a la batalla de Kappel el 1531, les ciutats catòliques van dominar la confederació. Va ser durant aquest període que els jesuïtes van arribar per primera vegada a Lucerna el 1567, amb el seu suport considerable del cardenal Carlo Borromeo, arquebisbe de Milà. La regió, però, estava destinada a ser dominada per ciutats protestants com Zuric, Berna i Basilea, que van derrotar les forces catòliques a la Guerra de Toggenburg de 1712.
- No. La antiga posició destacada de Lucerna a la confederació es va perdre per sempre. En els segles XVI i XVII, les guerres i les epidèmies es van fer cada vegada menys freqüents i, com a resultat, la població del país va augmentar fortament.