Dos mesos abans del seu 29è aniversari, J. Wallace Scott es va convertir en un dels primers responsors de Pennsilvània a la crida del president Abraham Lincoln de voluntaris per defensar Washington, DC després de la caiguda d'abril de 1861 de Fort Sumter a l'Exèrcit dels Estats Confederats. Després d'inscriure's per al servei militar a West Chester el 4 de juny de 1861, es va reclutar com a soldat privat amb la Companyia A del 1r Regiment de Reserva de Pennsilvània (també conegut com a 30th Pennsylvania Volunteer Infantry). Promogut al rang de caporal durant la seva permanència al servei, ell i els seus homes van capturar dos vagons de subministrament enemics mentre eren assignats a piquets de treball al llarg d'una línia de ferrocarril d'Annapolis a Virgínia a l'agost de 1861. Arrancats per dos cavalls cadascun, els carros estaven carregats amb 5.000 dòlars en lingots d'or i seda destinats a ser usats en uniformes i banderes militars de la CSA, així com subministraments de quinina destinats als metges de la CSA. Va participar amb el seu regiment en les Batalles dels Set Dies prop de Richmond, Virginia, del 25 de juny al 1 de juliol de 1862, incloent les batalles de Beaver Dam Creek (26 de juny), Gaines's Mill (27 de juny), Savage's Station
(Juny 29), Glendale (Juny 30), i Malvern Hill (July 1), després va lluitar en la Segona Batalla de Bull Run (Agost 28-30), i les batalles de South Mountain (14 de setembre) i Antietam (17 de setembre). Avançat al rang de sergent, va ser acomiadat honorablement el 23 d'octubre per assumir un nou càrrec amb un regiment diferent.