A l'alba del 3 de juny, va llançar nou B5N, escortats per sis Zeros, per atacar Dutch Harbor.
a l'illa Unalaska. Un B5N es va estrellar en el despegut, però sis dels B5N i tots els Zeros van ser capaços de fer-ho a través del mal temps, destruint dos PBY i infligint danys significatius als tancs d'emmagatzematge de petroli i barraques. Un segon atac aeri va ser llançat més tard en el dia per atacar un grup de destructors descoberts per avions del primer atac, però no van trobar els objectius. Un Zero de "Ryūjō" del segon atac va ser danyat per un Curtiss P-40 i va aterrar amb accident a l'illa d'Akutan. L'avió, més tard anomenat Akutan Zero, va romandre en gran part intacte i més tard va ser rescatat i volat per a proves. El dia següent, els dos portaavions van llançar un altre atac aeri, que consistia en 15 Zeros, 11 D3As i 6 B5Ns, que van bombardejar amb èxit Dutch Harbor. Poc després que els avions fossin llançats, els nord-americans van atacar els portaavions, però no van aconseguir causar cap dany. Un bombarder Martin B-26 Marauder i un PBY van ser abatuts pels Zeros, i un bombarder Boeing B-17 Flying Fortress va ser abatut per la flak durant l'atac.