Sergei Yushenkov va ser assassinat a tir prop de la seva casa a Moscou el 17 d'abril de 2003, poques hores després d'obtenir finalment les inscripcions necessàries perquè el seu partit Rússia Liberal participés en les eleccions parlamentàries de desembre de 2003 a 55 regions. La seva última declaració pública coneguda va ser "El registre s'ha completat". Mikhail Trepashkin creia que Yushenkov va ser assassinat perquè era un líder d'un partit d'oposició que contestava obertament el poder del FSB i les autoritats russes. A més, Yushenkov va prometre als votants una investigació independent dels bombardejos d'apartaments russos
com un tema clau de la seva campanya electoral (una entrevista de Trepashkin es pot veure en el documental del director Andrei Nekrasov "Disbelief", Google Video).