Escriu una continuació per a aquest paràgraf - El 1988, Lebed es va convertir en el comandant de la 106a Divisió Aerotransportada de la Guàrdia. Amb les seves tropes va participar en la supressió de les revoltes a tot el Caucas soviètic, a Geòrgia (1989
) i Azerbaidjan (1990), en el qual es va negar a utilitzar la brutalitat per reprimir els manifestants. El 1991, Lebed va tenir el rang de major general i va esdevenir el segon al comandament de les tropes aerotransportades. Durant l'intent de cop d'estat de 1991 per part dels radicalitzats soviètics contra el nou govern rus, va guanyar fama al negar-se a seguir ordres per dirigir les seves forces contra Boris Yeltsin a la Casa Blanca russa, contribuint al col·lapse del cop. També va ser durant aquest temps que Lebed es va convertir en un rival del general Pavel Grachev, comandant de les tropes aerotransportades i futur ministre de Defensa rus, a causa del que Lebed considerava que eren les seves reformes militars equivocades. Grachev es convertiria així en el seu principal rival. Segons els informes, va ser a causa de Grachev que Lebed es va trobar desplegat a Moldàvia el 1992, com a comandant del 14è Exèrcit de Guàrdies. Allà, en el conflicte entre les faccions russa i romanesa, va intervenir i va utilitzar la seva posició per negociar un acord de pau, també proporcionant protecció als russos ètnics. Tot i això, Lebed va seguir sent hostil al lideratge separatista, que va percebre com a corrupte i va declarar que estava "malat i cansat de vigilar el son i la seguretat dels estafadors". No obstant això, es va mantenir en contra de la decisió del president Boris Ieltsin de retirar la major part del 14è Exèrcit de Moldàvia, ja que temia que portaria el caos a la regió.