Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Happer va anar a un permís mèdic el 1855 i la Segona Guerra Anglo-Xinesa
va retardar el retorn del Happer de la llicència fins al 1859. Després de la guerra, però, els tractats produïts per la guerra van promoure l'accés lliure i sense restriccions a Canton. Això va conduir a un augment de missioners al cantó amb un augment de conversions al cristianisme. En la dècada de 1860, Happer va fundar la Primera Església Presbiteriana, nombrosos internats i escoles diürnes, i una escola de formació per a predicadors, mestres i colportors de Canton. Happer va servir com a pastor de la Primera Església Presbiteriana a Canton, establerta el 1862. A través de l'establiment de múltiples formes de serveis educatius, Happer va complir la seva missió de portar l'educació superior cristiana a la Xina, tot i que gran part del cos estudiantil de l'escola de formació incloïa els que treballaven per a l'església. Per tal d'arribar als líders governamentals xinesos a través de l'educació occidental, des de 1865 i 1867, Happer va dirigir el Col·legi d'Interpretes del govern xinès a Canton i va ensenyar anglès i matemàtiques als estudiants que entraven en els serveis governamentals com a especialistes estrangers. En introduir els ensenyaments cristians en els seus cursos, va continuar la seva missió d'evangelització i va observar el creixement gradual dels presbiterians de Canton. Això està recolzat per les estadístiques informades de la Missió de Canton que el 1866: 147 persones estaven matriculades a les escoles de la missió.