Després de la guerra, Ančerl va dirigir per a Radio Praga fins a 1950, quan es va convertir en director artístic de la Filarmònica Txeca, un càrrec que va ocupar amb èxit durant divuit anys. Després de la invasió de Txecoslovàquia el 1968
Ančerl va emigrar a Toronto, Canadà, on va treballar com a director musical de l'Orquestra Simfònica de Toronto fins a la seva mort el 1973.