Kiernan va insistir en unir-se a les files de combat, i en aquesta capacitat va ser nomenat Major al 6è Missouri. El maig de 1863 a Port Gibson
Va ser ferit en el pulmó esquerre i va ser deixat a terra per morir. Recuperat i empresonat, va escapar de nou a les forces de la Unió i va dimitir de la seva comissió. L'1 d'agost de 1863 va ser nomenat general de brigada dels Voluntaris pel president Abraham Lincoln; comandant un lloc a Miliken's Bend al Mississipí. No obstant això, la mala salut com a resultat de les seves ferides al camp de batalla el va obligar a dimitir el 3 de febrer de 1864.