Escriu una continuació per a aquest paràgraf - En els Jocs Olímpics d'Estiu de 2012, en la tercera fase del 400m individual femení
Va nadar 4:31.73, una millora de dos segons sobre el seu millor temps anterior als Jocs Asiàtics de 2010. A la final va guanyar la medalla d'or i va trencar el rècord mundial (que tenia Stephanie Rice des dels Jocs Olímpics d'estiu de 2008) amb un temps de 4:28.43, una millora de tres segons més, nadant els últims 50 metres en 28,93 segons. El temps de Ye en els 50 metres finals va ser comparat amb el de Ryan Lochte, el guanyador de l'esdeveniment masculí corresponent, que va nadar poc menys d'una cinquena de segon més lent en 29.10. Això va provocar acusacions de dopatge contra Ye. No obstant això, els comentaristes van assenyalar que aquestes dues vegades eren enganyoses. El temps general de Lochte va ser de 23,25 segons més ràpid, 4:05.18, que el de Ye, i els temps de tots els vuit finalistes en els 400 metres IM masculins van ser almenys 10 segons més ràpids que el de Ye. Quan Lochte va aconseguir la etapa d'estile lliure de la cursa, tenia un avantatge còmode sobre els seus oponents, mentre que Ye encara era una longitud de cos darrere de la nedadora dels Estats Units Elizabeth Beisel en aquest punt de la seva cursa. Phil Lutton, redactor esportiu del "Brisbane Times", va observar que Ye "va haver de colpejar els cremadors per passar el Beisel". L'anàlisi de dades d'actuacions de 2.600 nedadors per dos investigadors de la Universitat de Kansas no troba la millora de Ye com a inusual.