En 1856 Kekulé es va convertir en Privatdozent a la Universitat de Heidelberg. El 1858 va ser contractat com a professor a la Universitat de Gent, i el 1867 va ser cridat a Bonn, on va romandre per la resta de la seva carrera. Basant les seves idees en les dels seus predecessors com Williamson, Edward Frankland, William Odling, Auguste Laurent, Charles-Adolphe Wurtz i altres, Kekulé va ser el principal formulador de la teoria de l'estructura química (1857-58). Aquesta teoria procedeix de la idea de la valència atòmica, especialment la tetravalència del carboni (que Kekulé va anunciar a finals de 1857) i la capacitat dels àtoms de carboni per vincular-se entre si (anunciat en un article publicat el 1858), encara que va ser contractat com a professor titular a la Universitat de Ghent, després el 1867 va ser cridat a Bonn, on va romandre activa per la resta de la seva carrera.
estructura química