Neffa va fer el seu debut internacional per a l'equip nacional de futbol del Paraguai l'1 de juliol de 1989 a la Copa América de 1989.
partit contra el Perú (5-2), en el qual va marcar un gol (2-1). Va obtenir un total de 15 partits internacionals, marcant quatre gols per a l'equip nacional.