Cooper va ser reconvocat com a tinent coronel del 4th Kentucky Cavalry el 26 de març de 1863 i es va convertir en el seu coronel a l'abril; després de la dimissió del coronel Bayles. El 4 de juny de 1863, Cooper va resultar ferit quan un cavall va caure sobre ell a Franklin, Tennessee. Va comandar el regiment a la Batalla de Chickamauga al setembre de 1864. Cooper va tornar a Lexington, Kentucky, el 1864 per una baixa per malaltia. Llavors Cooper va dirigir les forces locals contra els assaltants de John Hunt Morgan. Va rebutjar les demandes de Morgan per a la rendició de Lexington el 9 de juny de 1864 i va repel·lir les seves tropes. L'abril de 1865 va comandar el lloc de Montgomery, Alabama i el maig i juliol de 1865 el lloc d'Albany, Geòrgia. Va ser honorablement reclutat el 21 d'agost de 1865 a Macon, Geòrgia. Va rebre honors de batalla pel seu servei a Shiloh, Corint, Richmond, Chickamauga, la Raid de Morgan a Kentucky, la Batalla de Resaca i per la Raid de Wilson a Montgomery. Va ser ascendit a tinent coronel i coronel de l'Exèrcit Regular el 2 de març de 1867, per serveis valents i meritorios a la Batalla de Resaca
a Geòrgia i en la captura de Montgomery, Alabama.