Completa la següent frase: Quan la Guerra Civil va començar el 1861, Magruder va deixar l'Exèrcit de la Unió per acceptar una comissió a la Confederació. Com a comandant de l'Exèrcit de la Península, va fortificar la Península de Virgínia i va guanyar la Batalla de Big Bethel. En la Campanya de la Península, va aturar l'Exèrcit del Potomac de McClellan fora de Yorktown, permetent al major general Joseph E. Johnston arribar amb reforços, organitzar una retirada i defensar la capital confederada, Richmond. Magruder va ser criticat pel seu lideratge en batalles a
La Estació Savage i Malvern Hill durant les Batalles dels Set Dies. Va passar la resta de la guerra administrant el Districte de Texas, Nou Mèxic i Arizona i el Departament d'Arkansas; en el seu mandat, Magruder va aixecar el bloqueig naval sobre Galveston i va recapturar la ciutat el 1863.