Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Pablo Morillo finalment capturat
Santa Fe el 6 de maig de 1816. Com els altres líders del moviment independentista, Caldas va fugir de la ciutat, originalment amb l'objectiu d'arribar a Buenaventura per escapar a l'estranger. En el camí, però, el futur virrei Sámano és victoriós sobre les tropes republicanes a la Batalla de la Cuchilla de El Tambo, i reconquereix Popayán, i Caldas es veu obligat a amagar-se a la Granja Paisbamba a Sotará, on aviat és arrestat pels reialistes espanyols el 1816. Després va ser enviat de nou a Santafé, i executat per un pelotó de fusilament el 29 d'octubre de 1816, a la plaça de San Francisco per ordre de Morillo, comte de Cartagena. Quan Caldas estava a punt de ser executat i la gent present al lloc va demanar la vida del científic, Morillo va respondre: "Espanya no necessita savis" (Espanya: "España no necesita sabios"). Abans de morir, Caldas va escriure a la paret una gran lletra grega θ, que s'ha interpretat com exclamant "Oh llarga i fosca sortida!" (Español: "¡Oh larga y negra partida!". A l'Atena clàssica, Theta va ser utilitzat com una abreviació del grec θάνατος (thanatos, <unk>mort<unk>).