Després d'un breu període de descans, el 2/1 es va desplegar a Nova Guinea, arribant-hi al setembre de 1942, just quan la marea de la campanya de Kokoda Track
va començar a tornar en favor dels Aliats. El batalló posteriorment es va unir a la persecució aliada de la retirada japonesa cap al nord cap als seus caps de platja al voltant de Buna<unk>Gona, i durant la contraofensiva el 2/1 Batalló va estar involucrat en les principals batalles a Eora Creek i després a Gorari, seguit de Sanananda entre octubre i finals de novembre de 1942. El batalló va patir greus baixes durant la campanya, amb més del 60 per cent de morts, ferits o evacuats malalts. Després de la campanya de Kokoda, el 2/1 va tornar a Austràlia per reconstruir. En aquest moment van rebre un gran lot de reforços del 49è Batalló, un batalló de la milícia que havia lluitat al voltant de Sanananda abans de ser dissolt.