Començant la seva carrera com a soldat, Hanneken va servir en les Guerres de la Banana dels anys 1910 i 1920. Durant l'ocupació dels Estats Units d'Haití
, va assassinar el líder de la resistència Carlemany Péralte, per la qual cosa va ser guardonat amb la Medalla d'Honor. Posteriorment, Hanneken va rebre una comissió i va servir a Haití durant diversos mesos més i va ser guardonat amb una Creu de la Marina per matar a un altre líder rebel. Va rebre una segona Creu de la Marina per les seves accions durant l'ocupació de Nicaragua a finals de la dècada de 1920.