A més, Jolie va interpretar el paper secundari d'una pacient psiquiàtrica sociòpata en Girl, Interrupted (1999), una adaptació de les memòries de Susanna Kaysen del mateix nom. Mentre que Winona Ryder va interpretar el personatge principal en el que es esperava que fos una reaparició per a ella, la pel·lícula va marcar el gran èxit final de Jolie a Hollywood. Va guanyar el seu tercer Premi Golden Globe, el seu segon Premi Screen Actors Guild, i un Premi de l'Acadèmia a la Millor Actriu de Reparte. Per a Variety, Emanuel Levy va assenyalar, "Jolie és la nena flamboyant, irresponsable que resulta ser molt més instrumental que els metges en la rehabilitació de Susanna".
Premi Globus d'Or, el seu segon Premi Screen Actors Guild, i un Premi de l'Acadèmia a la Millor Actriu de Reparte.