En maig de 1814, Ruffo va tornar a Roma on la població i el Col·legi de Cardenals el van rebre amb indiferència, de manera que va decidir anar cap a Nàpols i establir-se allà. El 8 de febrer de 1815, el papa Pius VII va cridar Ruffo a Roma i el va nomenar prefecte de l'Annona i de Grascia, per dir-ho així, responsable de la compra de carn, greix i oli. El 8 de maig de 2017 va esdevenir Gran Prior de l'Orde de Malta dins de l'Estat Pontifici. Del 29 de març de 1819 al 21 de febrer de 1820, va ser Camerlengo de la Sagrada Església Romana fins al seu nomenament com a Prefecte de la Congregació per a l'Aigua, els Pantans Pontins i de Chiani. El març de 1821 va tornar a Nàpols, que estava afectada per la rebel·lió popular contra les forces militars austríaques. El 27 de juny va escollir la diaconia de Santa Maria a Via Lata i va tenir el títol de cardenal protodiàcone. A l'agost de 1823, Ruffo va participar en el conclave papal
que va elegir el Papa Lleó XII. Al final de l'any, Ruffo va tornar a Nàpols.