Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Des de 1903, Mischchenko va ser comandant de la Brigada cosaca Trans-Baikal. Durant la guerra russojaponesa de 1904-1905 va comandar una brigada cosaca separat de Baikal Oriental, que va ser activa en moltes de les batalles d'aquesta guerra. Inicialment, les seves forces estaven a Corea, amb instruccions per obstruir l'aterratge del Primer Exèrcit japonès i la seva marxa cap a Manxúria. No obstant això, després de diverses escaramuces menors, Mischchenko es va retirar a través del riu Ialu. Va jugar un paper menor als flancs de la Batalla del riu Yalu.
, i també va formar part de les defenses russes a la Batalla de Hsimucheng, i Batalla de Te-li-Ssu. A la Batalla de Liaoyang i a la Batalla de Shaho, va comandar les formacions de cavalleria russa que cobrien la rereguarda de la retirada russa. Va ser ascendit a tinent general a l'octubre de 1904, i va ser nomenat comandant del nou Cos de Cavallers el desembre de 1904 i va dirigir una gran incursió al sud el 6 de gener de 1905 amb 6000 cavallers en una missió per destruir els subministraments japonesos emmagatzemats a Niuchang. La missió va ser un desastre, i la força va tornar dotze dies més tard amb baixes massives. Va ser ferit a la cama durant la Batalla de Sandepu i tot i que va ser reintegrat com a comandant del Cos de Cavallers el març de 1905, no va participar a la Batalla de Mukden.