Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Durant el segon any d'estudis de Latimer, va esclatar la Guerra Civil i Latimer va deixar VMI per servir a la Confederació del Sud. Primer va servir com a mestre d'entrenament de cadets per a l'artilleria de Richmond Hampden durant la primavera i l'estiu de 1861. A la tardor, va ser comissionat com a primer tinent i va veure l'acció amb la divisió del major general Richard S. Ewell en la Campanya de la Vall de Shenandoah de 1862. Després de distingir-se amb la seva bateria en batalles com la Primera Winchester
i Cedar Mountain, Latimer va ser ascendit al comandament del batalló que anteriorment havia pertanyut a A. R. Courtney. Després de comandar el batalló a Fredericksburg al desembre de 1862, Latimer va ser ascendit a major al març de 1863. Ewell es referia a ell com el "Jove Napoleó", però els seus contemporanis van notar la seva joventut i petita estatura lleugera anomenant-lo "Boy Major". Es va convertir en oficial del batalló del major Richard Snowden Andrews de la divisió del major general Edward "Allegheny" Johnson.