Va començar l'any 2013 substituint els equips dels Estats Units i Alemanya durant la Copa Hopman 2013
com a substitut dels ferits John Isner i Tommy Haas. Kokkinakis va competir en la competició de classificació de l'Open d'Austràlia de 2013, perdent a Steve Johnson 15<unk>17 en el tercer set. Kokkinakis va patir una fractura d'estrès a l'esquena en la final masculina de l'Open d'Austràlia que el va mantenir fora de competició fins a mitjan 2013. Després va tornar a la competició jugant a tornejos de Futures a la República Txeca, Canadà i els Estats Units amb el punt culminant en un quart de final de l'esdeveniment Canadà F5. Al setembre i a l'octubre, Kokkinakis va competir en dues proves Challenger als Estats Units. El primer va ser el 2013 Napa Valley Challenger on es va classificar i va arribar a la segona ronda, baixant a Bradley Klahn malgrat liderar per un set. Després, el 2013, va ser classificat i va arribar a la segona ronda. Va perdre de nou malgrat liderar per un set contra Nick Kyrgios. Com a resultat d'això, el seu rànquing va pujar a la millor posició de la seva carrera, el número 655. A l'octubre, Kokkinakis es va unir a Benjamin Mitchell i va guanyar el Melbourne Challenger derrotant Alex Bolt i Andrew Whittington a la final en sets rectes. Això va augmentar el seu rànquing de dobles en 453 llocs, el que el va situar a la màxima posició de la seva carrera, el número 505. També va arribar a la segona ronda en individual. Semblava que causaria un gran trastorn després de prendre el primer set contra Matt Ebden abans de perdre els següents dos sets. Va acabar el seu any al 2013 Traralgon Challenger on va perdre en la segona ronda a James Duckworth en sets rectes.