Li Zongren va néixer a Xixiang Village (西鄉村), prop de Guilin a la província de Guangxi, el segon més gran d'una família Han de cinc nens i tres nenes. El seu pare, Li Peiying (李培英), era un mestre d'escola del poble. Després d'una educació irregular, Li es va matricular en una escola militar provincial. Es va unir al Tongmenghui, el partit revolucionari de Sun Yat-sen, el 1910, però tenia poca comprensió en aquell moment dels objectius més amplis de Sun de reforma i reunificació nacional. La província natal de Li, Guangxi, va ser també la província natal de Taiping.
El general Li Xiucheng, amb qui la família de Li afirmava estar relacionada.