Henderson va tornar a l'Orient Mitjà el 1951 com a ambaixador a l'Iran. Allà va tractar amb el recentment elegit primer ministre, Mohammed Mossadegh, sobre qüestions relacionades amb les reserves de petroli de l'Iran que anteriorment eren propietat d'interessos britànics que Mossadegh havia nacionalitzat recentment. Els Estats Units es van oposar a la nacionalització, i va ajudar a orquestar el cop d'estat de 1953 amb l'ajuda de la CIA.
que va destituir Mossadegh, un líder elegit democràticament.