Greer va ser ascendit a tinent-comandant i va servir a l'Esquadró de Mississipí del Contraalmirall David Dixon Porter de 1862 a 1863. Com a comandant de les cuirassades, va participar en la campanya de Vicksburg i el bombardeig de Grand Gulf.
així com la fallida expedició de la Unió al riu Roig a principis de 1864.