John W. Dawson va tornar a Joggins a l'estiu de 1853 sense Charles Lyell, que havia estat contractat per treballar a la Fira Mundial de 1853
a Nova York. Dawson va continuar investigant la Formació Joggins per si sol, i el 2 de novembre de 1853 va enviar el seu estudi completat a Lyell. Dawson va afirmar que les seves i les de Lyell coincidien amb les realitzades per William Logan, i el 1855 Dawson ja no utilitzava la seva pròpia enquesta i va començar a confiar només en la de Logan com a referència. En una revisió de 2005 de les seves respectives enquestes, es va determinar que el treball de Dawson i Lyell era més precís que el de Logan. "Hylonomus lyelli" va ser descobert als penya-segats de Joggins per Dawson i formalment descrit el 1859. Nomat en honor del seu col·lega, Charles Lyell, l'espècie més tard seria reconeguda com el rèptil més antic conegut i es convertiria en el fòssil provincial de Nova Escòcia. Una pista fòssil que Dawson va descobrir el 1866 va ser creguda en un moment que havia estat feta pel més gran invertebrat conegut "Arthropleura", però Dawson finalment va trobar la pista prou distinta per ser assignat a la seva pròpia espècie: "Diplichnites aenigma". Dawson dedicaria gran part de la seva carrera a estudiar la Formació Joggins i tornaria el 1877, emprenent una expedició finançada per la Royal Society per buscar més exemplars incrustats en els arbres fòssils. Els explosius van ser detonats a Coal Mine Point, exposant vint-i-cinc arbres de licopsides; d'aquests, quinze contenen fòssils de vertebrats que representen més de cent exemplars, la col·lecció més gran de tetràpodes del Paleozoic mai trobada. Dawson i Lyell van arribar amb moltes teories al llarg dels anys per explicar per què tant d'animals s'hi reunirien. El primer suggeriment va ser que les criatures s'havien estat amuntant, però també es va suggerir que havien mort en un altre lloc i van ser abocats en els troncs per l'aigua. Finalment, Dawson creuria que els animals havien caigut al maleter i havien mort allà, sense poder escapar.