En 1911, Ross i Fordham ordenen a John actuar com a caçador de recompenses i detenir els seus antics amics fora de la llei. Per motivar i assegurar que John compleixi, els agents segresten Jack i Abigail, prometent el seu alliberament quan John compleix les seves obligacions. Treballa amb moltes persones a tot l'estat de Nova Austin, que l'ajuden a assaltar el fort de l'ex membre de la banda Bill Williamson. Quan Bill fuig a Mèxic per buscar l'ajuda d'un ex membre de la banda Javier Escuella, John els persegueix. Allà, John s'enredarà involuntàriament en una guerra civil.
entre rebels i soldats. Treballa de mala gana per a ambdós costats, només vol informació sobre Bill i Javier, però renuncia als soldats quan el traïxen. Finalment localitza a Javier, i el jugador pot decidir si el mata o el dóna als agents. Bill també és localitzat i assassinat, ja sigui per John o el líder rebel Abraham Reyes.