En les temporades següents, Muldoon va continuar sent un membre clau de l'equip de Connacht. Va jugar en 19 partits per la província a la Lliga Celta 2005-06 i va començar en tots els set partits de l'equip a la Challenge Cup 2005-06, mentre que a la temporada següent va començar 19 partits a la lliga i quatre dels sis partits de l'equip a la Challenge Cup. En cadascuna de les dues temporades, Muldoon va rebre una targeta groga en dos partits de lliga. En la temporada 2007-08, Muldoon va jugar 17 partits a la Lliga Celta
, 15 d'ells comencen i comencen quatre partits en la Challenge Cup d'aquella temporada.