Peale a vegades treballava en medalles per al govern, tenint cura d'excloure Longacre del procés. Durant la Guerra Mexicano-Americana, el Congrés va votar una medalla d'or al Major General Zachary Taylor per les seves victòries a Palo Alto
i Resaca de la Palma. Peale va gravar el disseny d'un retrat de William Carl Brown i un model de John T. Battin. Després que Taylor esdevingués president, Peale va dissenyar la seva Medalla de la Pau de l'Índia; Peale també va gravar Medalles de la Pau de l'Índia per als presidents John Tyler i James Polk, treballant a partir de dissenys o models d'altres homes. El 1846, Peale va dissenyar i va gravar la Medalla d'Enquesta de la Costa (també anomenada medalla George M. Bache). Peale creia que totes les medalles commemoratives nacionals, aquelles autoritzades pel Congrés, haurien de tenir les seves dies allotjades a la Casa de la Moneda de Filadèlfia, i ser batejades allà, i amb el suport de Patterson va instar a l'emissió de medalles per als presidents per als quals no s'havia dissenyat cap Medalla de la Pau de l'Índia, com John Adams i William Henry Harrison. Això es va fer, però no en el temps de Peale - per exemple, la medalla William Henry Harrison va ser dissenyada per George T. Morgan, posteriorment assistent i gravador en cap. Aquestes obres, com les Medalles de la Pau de Peale, formen part de la sèrie Presidential de la Casa de la Moneda, que continua fins al dia d'avui.