Wouda va ser l'entrenador en cap de la natació junior neerlandesa durant dos anys, abans de ser nomenat entrenador assistent de Verhaeren a Eindhoven, a l'octubre de 2006. Va guiar a Maarten van der Weijden al seu títol mundial en els 25 km i el títol olímpic en els 10 km. També és l'entrenador de Hinkelien Schreuder, que va formar part de l'equip holandès d'or de 4×100 m d'estil lliure i va aconseguir un 7è lloc individual als 50 m d'estil lliure.
als Jocs Olímpics de Pequín el 2008.