Promogut a contramiral el juny, Sprague va comandar la Divisió 22 de portaavions, que va cobrir l'assalt a Guam de juliol a agost i Morotai
al setembre. En el comandament del Grup de Treball 77.4 i la Unitat de Treball 77.4.1 ("Taffy 1") durant la Batalla del Golf de Leyte del 24 al 25 d'octubre, Sprague va comandar breument portaavions d'entrenament del Pacífic sota la Divisió de Portaavions 11, abans de liderar la Divisió de Portaavions 3 de Okinawa d'abril a juny de 1945. Va comandar la Task Force 38.1 durant les últimes operacions aèries contra el Japó al final de la guerra.