Un llarg període d'entrenament va seguir-se a les mesetes d'Atherton, ja que la política interaliada va resultar en oportunitats limitades per a l'ocupació de tropes australianes durant tot 1944 i fins a 1945. Com a resultat, no va ser fins a mitjans de 1945 que el 2/32 va tornar a la batalla. La campanya de Borneo va resultar ser la seva última participació en la guerra. Durant les operacions inicials per capturar Labuan
, el batalló va romandre en reserva, i només va arribar a terra el 12 de juny. El batalló va ser transportat de Labuan a la badia de Padas quatre dies, el 16 de juny, a través de vaixells de desembarcament, i després va participar en la captura de Weston l'endemà. El 2/32 posteriorment va patrullar cap a Beaufort, realitzant un atac a la ciutat en concert amb el 2/43r Batalló el 26 de juny, per assegurar la línia de ferrocarril Weston-Beaufort. A principis de juliol el batalló avançà cap a Papar. El principal avanç es va fer al llarg de la línia de ferrocarril amb un moviment de flanqueig proporcionat per una companyia que va realitzar un desembarcament amfibia al sud; després d'aquests moviments, la ciutat va ser presa posteriorment el 12 de juliol de 1945.