Després de la negativa de Jinnah a acceptar l'Arakan del nord en el domini del Pakistan, alguns ancians rohingyes que van donar suport a un moviment de "jihad", van fundar el partit "Mujahid" al nord d'Arakan el 1947. L'objectiu del partit Mujahid era crear un estat islàmic autònom a Arakan. En la dècada de 1950, van començar a utilitzar el terme "Rohingya" que pot ser una continuació del terme Rooinga per establir una identitat distinta i identificar-se com a indígenes. Eren molt més actius abans del cop d'estat birmà de 1962.
del general Ne Win, un general birmà que va començar la seva carrera militar lluitant pels japonesos a la Segona Guerra Mundial. Ne Win va dur a terme operacions militars contra ells durant un període de dues dècades. El més destacat va ser l'Operació Rei Drac, que va tenir lloc el 1978; com a resultat, molts musulmans de la regió van fugir a la veïna Bangladesh com a refugiats. A més de Bangladesh, un gran nombre de rohingyas també van emigrar a Karachi, Pakistan. Els mujahidin rohingyes encara són actius a les zones remotes d'Arakan.