En 1991, Batistuta va ser seleccionat per jugar per a l'Argentina a la Copa América celebrada a Xile, on va acabar el torneig com a màxim goleador amb sis gols mentre l'Argentina va triomfar a la victòria. L'any següent, va guanyar la Copa de les Confederacions de la FIFA amb l'Argentina, acabant com el màxim goleador del torneig. El 1993, Batistuta va jugar la seva segona Copa América.
, aquesta vegada celebrada a l'Equador, que l'Argentina va guanyar amb Batistuta marcant ambdós gols en una victòria de 2 a 1 sobre Mèxic a la final.