El seu pare, també anomenat Isaac Newton, havia mort tres mesos abans. Nascut prematurament, Newton era un nen petit; la seva mare Hannah Ayscoughly va informar que ell podria haver encaixat dins d'una tassa de quart. Quan Newton tenia tres anys, la seva mare es va tornar a casar i va anar a viure amb el seu nou marit, el reverend Barnabas Smith, deixant el seu fill a la cura de la seva mare materna, Margery Ayscough. El seu pare no li agradava i va mantenir certa enemistat contra la seva mare per casar-se amb ell, va ser descobert per la seva mare a l'edat de dotze anys, el 16 de juny de 1661, quan la seva mare va començar a ensenyar els seus fills a l'Escola de la Trinitat, i li va donar una garantia de que la seva mare li havia fet una gran part del que havia ensenyat a l'escola.
1665