Escriu una continuació per a aquest paràgraf - En 1365 <unk> 66 i 1384 <unk> 85 la ciutat va servir de refugi per al bisbe de Constança quan va ser expulsat de la Constança. Abans de 1324 i entre 1371 i 1386 la ciutat va ser empenyada a propietaris externs com a garantia d'un préstec. Del 1359 al 1403 el castell va ser propietat dels locals. El 1374 se'ls va concedir una exempció de l'impost de guerra. El govern episcopal es va debilitar per la transició de la sobirania dels Habsburg al comtat de Baden el 1415. A causa de la seva ubicació a la frontera religiosa, Kaiserstuhl va presentar una important cap de pont per a les regions catòliques. Tant a la Primera Guerra de Villmergen, el 1655/56, com a la Guerra de Toggenburg
(o Segona Guerra de Villmergen), el 1712, el poble va ser ocupat per Zuric. Durant els conflictes religiosos, el trànsit a Kaiserstuhl es va veure obligat a travessar el Rin en zones controlades per Zurich. Com que la ciutat no tenia dret a gravar el trànsit naval al Rin, aquesta pèrdua de trànsit terrestre li va costar a la ciutat la major part dels seus ingressos duaners. No obstant això, la ciutat es va mantenir pròspera a causa de la viticultura i la ramaderia, a través del crèdit i la banca, i a través del servei exterior. La prosperitat es reflecteix en les cases majestuoses construïdes durant aquesta època. (Gasthaus zur Krone el 1550, sala d'administració del monestir de St. Blaise el 1563 i 1612, i el "Marschallhaus" el 1764). Els edificis que van permetre que Kaiserstuhl funcionés com a centre regional es trobaven a la riba dreta del Rin, i es van perdre el 1798 amb la creació del cantó de Baden. Després de la destrucció del pont pels francesos el 1799, el trànsit fronterer a través de Kaiserstuhl va acabar durant gairebé dues dècades.