Escriu una continuació per a aquest paràgraf - A l'agost de 1845, Magruder es va presentar com a voluntari per a una assignació a Corpus Christi, Texas, per unir-se a l'exèrcit del general Zachary Taylor allà, ocupant l'antiga república; els EUA estaven a punt de guerra amb Mèxic per la qüestió de l'annexió. Després que les hostilitats comencessin el 25 d'abril de 1846, Magruder va veure combat per primera vegada a la Batalla de Palo Alto
, 14 dies després. El 18 d'abril de 1847, Magruder va servir amb "zell i habilitat", en l'expedició del general Winfield Scott, sota un intens foc i va girar l'artilleria mexicana contra ells a Cerro Gordo, per la qual cosa va ser elogiat pels seus superiors i va obtenir el títol de major. El 12 de setembre, les forces nord-americanes havien començat a atacar Chapultepec, en un d'una sèrie d'enfrontaments a la Batalla de la Ciutat de Mèxic. Magruder, lleugerament ferit, va ordenar els primers trets a primera hora del matí del dia 13 i va oferir la persecució, malgrat el nombre superior de mexicans, per capturar la intersecció d'Anzures, Verònica i Belen, una cruïlla crucial que bloquejaria els esforços del general Santa Anna per alleujar el palau.