La guerra va esclatar el setembre de 1939 i Möller es va unir a l' exèrcit. Va reprendre les seves responsabilitats a la Societat de la Ciutat, tot i que l' associació sembla haver estat bastant inactiva fins al 1945.
- No. Aquell any Nirrnheim va morir un parell de dies després del seu vuitantaè aniversari, i Möller va tornar de la guerra a Hamburg, reprenent les seves funcions tant a l'Associació d'Història de Hamburg com a membre superior de l'equip de gestió dels arxius de la ciutat. El 1948 va ser nomenat director (cap) de la successió a. Va assumir el càrrec l'1 de gener de 1948, però va ser enviat a la baixa a principis de febrer de 1948, enfrontant-se a la perspectiva de destitució.