Haller va lluitar contra els indis seminoles a Florida el 1840-1841 i més tard va servir amb distinció a Monterrey, Veracruz.
, i altres batalles durant la Guerra Mexicano-Americana, oficial en el mateix regiment que Ulysses S. Grant. Es va distingir en la Batalla de Churubusco, on va tenir un paper clau en l'assalt a Molino del Rey. El 1852, l'Exèrcit va promoure Haller a major i el va transferir el 1853 al Territori de Washington, estacionat a Fort Dalles, Oregon amb les unitats de la 4a Infanteria dels Estats Units. Va participar en les Guerres Índies del Nord-oest de 1855-56 i en la Guerra dels Porcs de les Illes San Juan, una crisi fronterera entre els Estats Units i Gran Bretanya el 1859.