Completa la següent frase: El 1861, Hawkins va ajudar a crear el 9è New York Infantry, un regiment d'estil Zouave, popularment conegut com a "Hawkins Zouaves" per al servei a la Guerra Civil. Hawkins va ser nomenat coronel del regiment el 4 de maig de 1861 i va servir amb distinció a Carolina del Nord a principis de la guerra. Va formar part de l'expedició de Benjamin F. Butler a
Captura de Fort Hatteras el 1861. Esperant guanyar un ascens a general de brigada pel seu servei a Fort Hatteras, va ser alliberat del comandament per insubordinació. L'8 d'octubre de 1861, un descontent Hawkins va escriure "els generals de brigada estan fets de coses tan estranyes avui en dia, que no hauria d'estimar-ho com un gran honor ser fet un". De fet, Hawkins rebrà una promoció de brevet a general de brigada el 1866 a partir del 13 de març de 1865. Malgrat la seva bel·ligerància, un despatx d'Hawkins va cridar l'atenció del president Abraham Lincoln. Hawkins va ser convidat a la Casa Blanca per consultar amb el president i general en cap George B. McClellan. Allà va ser instrumental en convèncer l'alt comandament de la Unió de la possibilitat d'una operació combinada contra Pamlico Sound a Carolina del Nord.