Completa la següent frase: El 13 de juliol de 2011, es va anunciar que Jonathan deixaria Santos per entrenar amb el gegant de la Serie A Inter de Milà, pendent de la finalització del traspàs. Dos dies després, el 15 de juliol, es va convertir oficialment en jugador de l'Inter, firmant un contracte de quatre anys. Jonathan va fer el seu debut a la Inter l'11 de setembre de 2011 a la segona setmana de
2011<unk>12 Serie A, jugant els 90 minuts complets en una derrota de 4<unk>3 a Palermo. Tres dies més tard, Jonathan va debutar a la Lliga de Campions, jugant tot el partit el primer dia de partit contra el Trabzonspor turc en una derrota de 0 a 1 al San Siro.