Després de la Batalla de Mohács, els otomans no van tenir èxit en el seu setge de Viena el 1529
i Ferran I va aconseguir signar el Tractat de Constantinoble, posposant els intents d'expansió otomana. Ferran i el seu germà Carles V, que era emperador del Sacre Imperi Romà al mateix temps, van haver de tractar no només amb la amenaça otomana, sinó també amb la Lliga Esmalcalda que es va formar el 1531 per promoure els interessos dels estats luterans al Sacre Imperi Romà. En gran part, la noblesa txeca protestant tenia una visió favorable dels objectius de la Lliga Esmalcaldesa i així, quan el 1546 Ferran I va ordenar als estats txecs que aixequessin el seu exèrcit i marxaven contra l'Electorat protestant de Saxònia com a part de la Guerra Esmalcaldesa, ho van fer amb molta reticència. L'any següent, els estats txecs es van negar a reunir un exèrcit de nou i es van rebel·lar, per la qual cosa van ser castigats després que la Lliga Schmalkaldic perdés decisivament la Batalla de Mühlberg. Com a resultat, Ferran I va aconseguir enfortir la seva posició a la Terra de la Corona de Bohèmia, limitar els privilegis de la ciutat i començar el procés de recatolicització convidant l'Ordre Jesuïta a Praga el 1556.