La influència de Malagrida a la Cort de Lisboa es va trobar amb una profunda hostilitat del primer ministre, Carvalho, el futur marquès de Pombal. Carvalho estava intentant reconstruir Lisboa després del terratrèmol de 1755
, que Malagrida predicava era el càstig d'un Déu just sobre un poble pecador. Carvalho es va ressentir de la crítica implícita del govern, i va convèncer al rei José d'exiliar Malagrida a Setúbal el novembre de 1756 i va fer que tots els jesuïtes fossin retirats de la Cort.