Nascut a Kilkea, comtat de Kildare, Irlanda, Shackleton i la seva família anglo-irlandesa es van traslladar a Sydenham, al sud de Londres, quan tenia deu anys. La primera experiència de Shackleton amb les regions polars va ser com a tercer oficial de l'expedició "Discovery" del capità Robert Falcon Scott de 1901-1904, de la qual va ser enviat a casa abans per motius de salut, després que ell i els seus companys Scott i Edward Adrian Wilson van establir un nou rècord meridional en marxar a la latitud 82 ° S. Durant l'expedició "Nimrod"
De 1907 a 1909, ell i tres companys van establir un nou rècord de latitud més al sud a 88 ° S, a només 97 milles geogràfiques (112 milles estatutàries o 180 quilòmetres) del Pol Sud, el major avanç al pol en la història de l'exploració. A més, membres del seu equip van pujar al mont Erebus, el volcà més actiu de l'Antàrtida. Per aquests èxits, Shackleton va ser nomenat cavaller pel rei Eduard VII a la seva tornada a casa.