Companyies independents van continuar les operacions de guerrilla a Timor Oriental durant molts mesos fins que van ser evacuats el gener de 1943. Les companyies independents van jugar un paper important en la defensa de Nova Guinea, inicialment ocupant diversos llocs al nord d'Austràlia per proporcionar una capacitat d'alerta primerenca en els mesos anteriors a l'esclat de la Guerra del Pacífic, i després, després que els combats haguessin començat, van lluitar diverses campanyes de retard a Timor
, Nova Guinea i Nova Bretanya. Més tard en la guerra, aquestes unitats es van convertir en unitats de "comandos", que posteriorment van lluitar en diverses campanyes a Nova Guinea, Bougainville i Borneo.