En 1805 va esdevenir professor de medicina a Kiel (aleshores a Dinamarca i part del Ducat de Holstein) amb el títol de Conseller de Justícia i, més tard, Conseller d'Estat. Aquests van ser anys difícils per a Dinamarca, que s'havia aliat amb França en les guerres napoleòniques.
contra Anglaterra (i els seus aliats) per preservar el seu imperi marítim. Els diners eren un problema i Wiedemann va utilitzar els seus propis recursos per establir la clínica de partícules proposada com una de les seves funcions com a professor.