En la Guerra Civil Americana, Geddes va servir en l'exèrcit de la Unió, enlistant-se com a soldat en el 8è Regiment d'Infanteria d'Iowa. Va ser ascendit a capità i després a tinent coronel, i després de febrer de 1862 com a coronel de voluntaris. Va participar en les batalles de Shiloh
, on va ser ferit i capturat. Va ser empresonat durant un temps a Madison, Geòrgia, i a la presó de Libby a Richmond, Virginia. Després de ser canviat, va lluitar a Vicksburg i Jackson. A l'octubre de 1863, va rebre el comandament d'una brigada i va ser enviat a Brownsville, Texas. Posteriorment, va servir com a prefecte mariscal de Memphis, Tennessee, que va salvar de la captura per la cavalleria confederada sota Nathan Bedford Forrest. Va comandar una brigada a la Campanya Móbil i va lluitar amb distinció a la Batalla del Fort Espanyol. El 13 de gener de 1866, el president Andrew Johnson va nomenar a Geddes per al nomenament al grau de brigadier general de brevet dels voluntaris, per al rang a partir del 5 de juny de 1865, i el Senat dels Estats Units va confirmar el nomenament el 12 de març de 1866.