Escriure una continuació d'aquest paràgraf - Relacions entre els dos països des del cop d'estat sudanès de 1989
han tingut els seus alts i baixos. Van arribar al seu punt més baix el 1995, quan elements del govern sudanès van ser còmplices d'un complot d'un grup terrorista egipci, Gama'a Islamiyya, per assassinar al president d'Egipte, Husni Mubarak, mentre era en camí de l'aeroport d'Addis Abeba a una cimera de l'Organització de la Unitat Africana (ara Unió Africana) a la capital d'Etiòpia. A finals de 1999, l'ira egípcia cap al Sudan havia disminuït, i el president al-Bashir va visitar Egipte, on els dos líders van acordar normalitzar les relacions diplomàtiques. Al-Bashir va tornar al Caire el 2002, moment en què van ampliar la cooperació en una varietat de qüestions pràctiques. Mubarak va pagar la visita anant a Khartoum l'any següent. El 2004, al-Bashir va tornar al Caire, on els dos líders van signar l'Acord de les Quatre Llibertats que tracta de la llibertat de propietat, moviment, residència i treball entre els dos països. Hi ha hagut cooperació en projectes de lluita contra el terrorisme i desenvolupament que aprofiten l'aigua del Nil, i els dos governs van acordar establir una zona de lliure comerç al llarg de la frontera entre el Sudan i Egipte, on intercanviarien mercaderies lliures de drets. Sudan ha apreciat especialment el suport verbal i moral d'Egipte per a la seva política a Darfur. Egipte també va enviar tropes a la missió de les Nacions Unides i la Unió Africana a Darfur. Les inversions egípcies al Sudan van arribar als 2.500 milions de dòlars americans el 2008, mentre que les inversions sudaneses a Egipte van totalizar gairebé 200 milions de dòlars americans. El 2010, les relacions entre Egipte i el Sudan eren millors del que havien estat en molts anys, tot i que diversos problemes controvertits a llarg termini, com l'estatut futur del Sudan del Sud, la propietat del triangle Hala<unk>ib i l'ús de l'aigua del Nil, van romandre sense resoldre.