Nascut a Wiener Neustadt el 1558, Maximilià III va ser el quart fill de l'emperador Maximilià II i l'emperadriu Maria d'Àustria. El 1585, es va convertir en el Gran Mestre de l'Ordre Teutònic, i des de llavors va ser conegut amb l'epítet "el Mestre Alemany" ("der Deutschmeister"). El 1587, va ser candidat al tron de la Mancomunitat de Polònia i Lituània, i una part de la noblesa polonesa el va elegir rei. No obstant això, com a resultat d'un procés electoral caòtic, també va ser elegit un altre candidat. Maximilià va intentar resoldre la disputa per mitjans militars, iniciant així la Guerra de Successió de Polònia. Tot i que tenia un suport considerable a Polònia, el seu rival va atraure més partidaris. Després d'un intent fallit d'assaltar Cracòvia a finals de 1587, Maximilià va ser derrotat a la Batalla de Byczyna
al gener de 1588, i va ser capturat. Només va ser alliberat a través de la intervenció del Papa Sixt V. El 1589, va renunciar formalment a la seva reclamació a la corona polonesa. El 1595, va succeir al seu oncle Ferran II com a archiduque d'Àustria i governador de Tirol, on va demostrar ser un sòlid defensor de la Contra-Reforma. Maximilià va morir a Viena el 1618, i va ser enterrat a la tomba de la catedral d'Innsbruck.