Després de les eleccions de 1986, Sadiq va formar un govern de coalició que comprenia el Partit Umma (que va liderar); el Front Nacional Islàmic (liderat pel seu cunyat, Hassan Al-Turabi); el Partit Unionista Democràtic (liderat per Mohammed Uthman al-Mirghani al-Khatim); i quatre petits partits del sud. No obstant això, aquesta coalició va resultar inestable, impedint a Sadiq complir les seves promeses de posar fi a la segona guerra civil sudanesa i solucionar la crisi econòmica en curs. El 30 de juny de 1989, el seu govern va ser enderrocat en un cop d'estat.
liderats pel general de brigada Omar al-Bashir. El càrrec de Primer Ministre del Sudan va ser abolit.