Aquest servei va continuar fins a principis de 1809, quan va tornar a Gran Bretanya. Per ara, Gran Bretanya estava molt involucrada al Bàltic, protegint els interessos mercants. Una expedició comandada per Sir James Gambier el juliol de 1807 havia capturat la major part de la Marina danesa a la Segona Batalla de Copenhaguen, en resposta a la por que pogués caure en mans de Napoleó, a costa d'iniciar una guerra amb Dinamarca.
- No. El capità Hamilton va abandonar el vaixell, i va ser substituït pel capità Edward Sneyd Clay. El Temeraire es va convertir en el vaixell insignia del contraalmirall Sir Manley Dixon, amb ordres d'anar al Bàltic per reforçar la flota estacionada allà sota Sir James Saumarez. El Temeraire va arribar el maig de 1809 i va ser enviat a bloquejar Karlskrona a la costa sueca.