Completa la següent frase: Sota la Confederació, el seu jutge va tenir un castell a la riba dreta del Limmat, controlant l'accés al pont. La Dieta Suïssa es va reunir a Baden repetidament des de 1426 fins al 1712, fent de Baden una mena de capital per a Suïssa. L'Ajuntament ('), on es reunia la Dieta, encara es pot visitar. En el curs del segle XV, la ciutat va recuperar la seva popularitat com a centre turístic ('). La ciutat va ser el lloc d'un famós debat sobre la transsubstanciació del 21 de maig al 18 de juny de 1526. Tot i que Zwingli va negar-se a assistir en persona, va imprimir fulletons al llarg de la seva durada i va enviar el seu ajudant Johannes Oecolampadius per debatre Johann Eck i Thomas Murner. Al final, una majoria va decidir en contra dels reformistes, però també va sorgir un bloc substancial en el seu nom. Johann Pistorius va celebrar una disputa a la ciutat el 1589. Stein va ser refortificat en algun moment entre 1658 i 1670, però la fortalesa va ser abandonada el 1712. El 1714, els tractats de Rastatt i Baden van posar fi a les hostilitats entre França i els Habsburg, l'últim teatre de la Guerra de Successió Espanyola. Un altre Tractat de Baden va posar fi a la
Guerra de Toggenburg entre els cantons suïssos protestants i catòlics el 1718. Baden va ser la capital del cantó de Baden des de 1798 fins a 1803, quan es va crear el cantó d'Argau.