Promogut a comodor, Keppel es va convertir en segon al comandament de les Índies Orientals i l'Estació de la Xina, amb el seu ampli banderó a la fragata HMS "Raleigh", al setembre de 1856. El HMS "Raleigh" es va perdre en una roca desconeguda prop de Hong Kong, i, tot i que Keppel va ser posteriorment sotmès a un tribunal militar, va ser honorablement absolt per la pèrdua del vaixell. Després va transferir el seu banderol al sisè de classe HMS "Alligator". Després de comandar el vapor fletat, va comandar l'esquadró britànic, que consistia en el "Hong Kong" i set canonetes, en l'acció amb els pirates xinesos a la batalla de Fatshan Creek el juny de 1857 quan va enfonsar al voltant de 100 vaixells de guerra enemics. Per la seva part en aquesta acció, Keppel va ser ascendit a cavaller comandant de l'Orde del Baig el 12 de setembre de 1857. També va participar en la captura de Canton.
al desembre de 1857 durant la Segona Guerra de l'opi.