L'Imperi del Japó va envair Morotai a principis de 1942 com a part de la seva Campanya de les Índies Orientals Neerlandeses. Les forces nord-americanes i els seus aliats van llançar la Batalla de Morotai
el 1944, bombardejant l'illa a l'agost i envaint-la al setembre. Les forces imperialistes japoneses a Morotai van resistir fins a 1945, però no van poder expulsar les tropes aliades. A la darrera part de 1944, 61.000 persones van desembarcar a Morotai. Dos terços d'ells eren enginyers, que van establir ràpidament instal·lacions que incloïen ports i dues pistes d'aterratge, a més de grans botigues de combustible.