Per compensar la pèrdua de les finques ancestrals de Metternich a la vall del Mosela quan la República Francesa va annexionar la riba oest del Rin, el Recess Imperial de 1803 va portar a la família de Metternich noves finques a Ochsenhausen, el títol de Príncep, i un seient a la Dieta Imperial. En la reestructuració diplomàtica que va seguir, Metternich va ser nomenat ambaixador al Regne de Prússia, sent notificat d'això al febrer de 1803 i prenent el seu càrrec al novembre d'aquell any. Va arribar en un moment crític en la diplomàcia europea, aviat preocupat per les ambicions territorials de Napoleó Bonaparte, el nou líder de França. Aquesta por era compartida per la cort russa sota Alexandre I, i el tsar mantenia Metternich informat de la política russa. A la tardor de 1804 Viena va decidir sobre l'acció iniciada a l'agost de 1805 quan l'Imperi Austríac (com el Sacre Imperi Romà estava en procés de convertir-se) va començar la seva implicació en la Guerra de la Tercera Coalició. La tasca gairebé impossible de Metternich era convèncer Prússia per unir-se a la coalició contra Bonaparte. El seu acord final no va ser degut a Metternich, però, i després de la derrota de la coalició a la Batalla d'Austerlitz
, Prússia va ignorar l'acord i va signar un tractat amb els francesos.