Completa la següent frase: El 1341 el rei Joan de Bohèmia va permetre a les famílies jueves residir dins de les muralles de la ciutat, i la primera sinagoga va ser construïda el 1380, però diversos pogroms van ocórrer a finals del segle XV i principis del XVI. Des del
Durant les guerres hussites, la ciutat va ser tradicionalment un baluard de l'Església Catòlica durant els conflictes religiosos de llarga durada al Regne de Bohèmia. Budejovice va formar part de la monarquia dels Habsburg des de 1526, i va seguir sent un partidari lleial de l'emperador Ferran II en la Guerra dels Trenta Anys. Budějovice va patir una breu ocupació per Prússia durant les Guerres de Silèsia, i la guerra entre els Habsburg i l'exèrcit francès el 1742.