A Atenes, el govern oligàrquic que havia governat des del 411 va donar pas a una democràcia restaurada pocs mesos després de la batalla. Una força expedicionària sota Thrasyllus estava preparada per unir-se a les forces a l'Hellespont. No obstant això, aquesta força no va marxar fins a més d'un any després de la batalla, i tot i que els atenesos finalment van recuperar Bizanci i van reprendre la recollida d'homenatge de Calcedònia, mai van aprofitar l'avantatge que Cyzicus els havia donat. En gran part, això va ser el resultat de la incapacitat financera; fins i tot després de la victòria, el tresor atenenc va ser durament pressionat per donar suport a operacions ofensives a gran escala. Mentrestant, els espartans, amb finançament persa, van reconstruir ràpidament la seva flota, i continuarien minant l'avantatge atení. Atenes només guanyaria una batalla naval més en la guerra, a Arginusae, i la seva derrota a Egospotami
el 405 aC acabaria amb la guerra. Tot i que Cyzicus va ser una victòria dramàtica per als atenesos, els espartans van ser finalment capaços de recuperar la seva força i acabar la guerra en el seu favor, amb la rendició d'Atenes i els seus aliats 6 anys més tard.