El 1 de novembre de 1937 Mustafa Kemal Atatürk va nomenar Bayar com a Primer Ministre del 9è Govern de Turquia després que İsmet İnönü deixés el govern. Va continuar servint com a primer ministre quan Atatürk va morir i İnönü es va convertir en president el 1938 (10è govern de Turquia). Diferències d'opinió amb Inönü el van portar a dimitir del càrrec el 25 de gener de 1939.
Diferències d'opinió amb Inönü