Escriu una continuació per a aquest paràgraf - En el curs del segle V, l'Imperi Occidental va ser envaït per les invasions de les tribus germàniques. No obstant això, la prefectura d'Itàlia va ser retinguda pel nou Regne Ostrogòtic, que encara era "de jure" part de l'Imperi, i el rei ostrogòtic Teodoric el Gran fins i tot va restablir la prefectura de Gàl·lia en la petita porció de Gàl·lia que va conquerir en la dècada del 510. Després de la reconquesta de l'Àfrica del Nord per l'Imperi Oriental durant la Guerra Vàndalica
El 533-534, les noves províncies van ser agrupades per l'emperador Justinià I en una nova prefectura pretoriana d'Àfrica, que més tard es transformaria en l'Exarcat d'Àfrica. La prefectura pretoriana d'Itàlia també es va restablir després del final de la Guerra Gòtica, abans que també es convertís en un exàrcat. A l'Est, les prefectures continuarien funcionant fins a mitjans del segle VII, quan la pèrdua de la majoria de les províncies orientals a la conquesta musulmana i dels Balcans a les tribus eslaves va conduir a la creació del sistema de Temes. Mentrestant, però, les reformes d'Heracli havien desposseït el prefecte d'un nombre de les seves oficines financeres subordinades, que es van establir com a departaments independents sota logotetes. L'última vegada que el prefecte d'Orient és directament atestat prové d'una llei de 629. No obstant això, segons alguns estudiosos, les traces del sistema van sobreviure fins a principis del segle IX: Ernst Stein va demostrar que alguns aspectes de la prefectura iliria van sobreviure en l'administració de Tessalònica, mentre que John Haldon, basat en evidències sigillogràfiques i referències a la "Tàctica" bizantina, ha documentat la supervivència de l'administració provincial civil anterior dins del sistema temàtic, amb el prefecte a Constantinoble possiblement en una capacitat de supervisió, fins als anys 840.