Maflin va guanyar tres partits per arribar a la ronda final en la qualificació per a dos dels cinc primers esdeveniments de classificació de la temporada 2012/2013. Aquests van arribar al Classic de Wuxi on va perdre en un marc decisiu contra Michael Holt, i el Campionat Internacional on va perdre 2<unk>6 contra Mark Davis. Va aprofitar el nou sistema de qualificació més pla utilitzat en el German Masters, pel qual només necessitaria guanyar dos partits per avançar a l'etapa principal a Berlín, vençant a Joel Walker i Tom Ford, deixant caure només un frame en el procés. En el lloc Maflin va derrotar Xiao Guodong 5<unk>4, abans de perdre 3<unk>5 a Holt en els últims 16. Maflin va tenir una molt bona temporada en els esdeveniments PTC de menor rang, amb els seus millors resultats en el Gdynia Open i el FFB Open, on va ser eliminat en els quarts de final per Jamie Burnett i Rod Lawler respectivament. En aquest últim cas, Maflin va tenir sens dubte la millor victòria de la seva carrera, tornant de 0<unk>3 per derrotar a Neil Robertson en un partit televisat. També va arribar als 16 finals de l'Open d'Escòcia.
(s'ha aconseguit el seu segon break màxim al llarg del camí) per ajudar-lo a acabar en el 23è lloc de l'Orde del Mèrit, dins dels 26 millors que es van classificar per a les Finals. Allà, Maflin va tenir la millor cursa en un rànquing de la seva carrera al batre el campió del món de 1997 Ken Doherty 4×2, Lawler i Ben Woollaston ambdós 4×3 per arribar a les semifinals. Va jugar contra Ding Junhui i va ser derrotat en una derrota de 0 a 4, només aconseguint marcar un total de 52 punts en tot el partit. No obstant això, el xec de 20.000 lliures per arribar als quatre últims va ser el més alt de la seva carrera fins ara. Maflin va vèncer a Craig Steadman i Steve Davis per avançar a la ronda final del Campionat del Món de Qualificació. Va liderar a l'ex campió del món Peter Ebdon 8<unk>6 però va perdre quatre fotogrames seguits per ser negat un lloc en el Campionat del Món per primera vegada. Va augmentar el seu rànquing en vuit punts durant l'any per acabar en el número 64 del món.