Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Hamšík va començar a la Supercoppa Italiana 2012
, celebrada a Pequín, l'11 d'agost; no obstant això, el Napoli va ser derrotat per la Juventus 4-2 en el temps addicional. Més tard aquell mes, en el primer partit de lliga del Napoli de la temporada 2012-13 de la Serie A, Hamšík va marcar el primer gol del club i va assistir a l'atac de Christian Maggio en una eventual derrota de 3-0 contra el Palerme. El 28 d'octubre de 2012, en el partit del club contra el Chievo, va fallar el primer goleador Edinson Cavani, Hamšík va connectar en un cross de Juan Camilo Zúñiga per donar al Napoli una victòria de 1-0. El 6 de gener de 2013, va fer la seva 200a aparició a la Serie A en una victòria a casa 4-1 sobre la Roma. En l'penúltim partit de la temporada de la Serie A, Hamšík va recollir un pas de Goran Pandev i va empènyer la pilota a casa al minut 93, rescatant una victòria de 2 a 1 sobre Siena, confirmant el lloc del club en les fases de grups de la Lliga de Campions mentre condemnava Siena al retrocessament. L'eslovac va participar en tots els partits de la Serie A per al Napoli durant la temporada 2012-13, proporcionant 11 gols i 14 assistències quan el "Partenopei" va acabar segon darrere del campió en exercici Juventus, una temporada que va resultar ser l'última del manager Walter Mazzarri al club, ja que es va convertir en entrenador de l'Internazionale més tard aquell estiu.