Completa la següent frase: Pinturault no va poder començar la temporada a Sölden a l'octubre de 2012, ja que es va lesionar el turmell mentre jugava a tennis i va haver de fer una pausa de tres mesos. Al desembre, va guanyar la seva segona cursa de la Copa del Món en un slalom a Val-d'Isère, on va emocionar els aficionats de casa amb una brillant segona cursa sota els reflectors per pujar del sisè lloc. Va derrotar convincentment a l'alemany Felix Neureuther per mig segon i al futur campió del Mundial Marcel Hirscher, que liderava per 0,57 segons després de la primera cursa. La tercera victòria de Pinturault va ser en el supercombinat a Wengen, Suïssa, on les seves habilitats superiors en slalom van ser clau. Després de col·locar el 22n en la part de descens, va acabar 1.15 segons per davant d'Ivica Kostelić de Croàcia. La carrera d'entrenament per a la part de descens va ser la seva primera vegada en esquís de descens des de fa mesos, ja que va perdre l'entrenament de velocitat de la pretemporada després de la cirurgia al seu turmell esquerre a l'agost per reparar els lligaments danyats mentre jugava a tennis. Pinturault no va guanyar medalles en els campionats del món de
2013, però va tenir quatre de les sis primeres posicions. Una setmana després va reclamar la seva quarta victòria a la Copa del Món, la seva primera en slalom gegant, a Garmisch, Alemanya. Segon després de la primera cursa, el temps total de Pinturault era de 0,60 segons per davant del segon Hirscher. El 15 de març, va ser honrat com a 2013 Longines Rising Star, com el millor corredor jove (menors de 23 anys) de la temporada.