Escriu una continuació per a aquest paràgraf - El govern (i la independència) dels Ayyubids va acabar amb la invasió mongola de Síria el 1260, en la qual els mongols liderats per Kitbuqa van entrar a la ciutat l'1 de març de 1260, juntament amb el rei d'Armènia, Hethum I, i el príncep d'Antioquia, Bohemond VI; per tant, els ciutadans de Damasc van veure per primera vegada en sis segles tres potentats cristians cavalcant en triomf pels seus carrers. Tanmateix, després de la derrota mongola a Ain Jalut
El 3 de setembre de 1260, Damasc va ser capturada cinc dies més tard i es va convertir en la capital provincial del sultanat mameluc, governat des d'Egipte, després de la retirada mongola. Després de la seva victòria a la Batalla de Wadi al-Khaznadar, els mongols liderats per Ghazan van assetjar la ciutat durant deu dies, que es va rendir entre el 30 de desembre de 1299 i el 6 de gener de 1300, tot i que la seva Ciutadella va resistir. Ghazan després es va retirar amb la major part de les seves forces al febrer, probablement perquè els cavalls mongols necessitaven forrager, i va deixar darrere uns 10.000 cavalls sota el general mongol Mulay. Al voltant del març de 1300, Mulay va tornar amb els seus cavalls a Damasc, i després va seguir Ghazan de tornada a través de l'Eufrates. El maig de 1300, els mamelucs egipcis van tornar d'Egipte i van recuperar tota la zona sense una batalla. A l'abril de 1303, els mamelucs van aconseguir derrotar l'exèrcit mongol dirigit per Kutlushah i Mulay juntament amb els seus aliats armenis a la Batalla de Marj al-Saffar, per posar fi a les invasions mongols del Levant. Més tard, la Peste Negra de 1348-1349 va matar fins a la meitat de la població de la ciutat.