Després de l'esclat de la guerra amb el Japó, Allen va tornar a Austràlia el març de 1942, i l'agost es va fer càrrec de les operacions contra l'avanç japonès al llarg de la via Kokoda
- No. Tot i que va tenir èxit, Allen va ser objecte de les crítiques que molts consideren injustes del comandant aliat a l'Àrea del Pacífic Sud-oest, el general estatunidenc Douglas MacArthur i el comandant de les forces terrestres aliades, el general australià Sir Thomas Blamey, per moure's massa lentament en la persecució dels japonesos a través de les Owen Stanley Ranges. Va ser alliberat del seu comandament el 29 d'octubre de 1942. Van seguir-se nomenaments menors, però a l'octubre de 1944, Blamey va recomanar que Allen fos nomenat Cavaller Comandant de l'Orde de l'Imperi Britànic, tot i que Allen mai va ser nomenat.