Es va fer un esforç per defensar els territoris portuguesos d'ultramar a l'Àfrica, Àsia i Oceania. Tot i que els recursos navals i militars sempre van ser pocs per a un nombre tan gran de territoris, encara era possible mantenir la integritat de la gran majoria d'ells. L'excepció principal és Timor Portuguès, que va ser ocupat per forces australianes i holandeses al desembre de 1941, suposadament per defensar-lo contra una possible invasió japonesa. Després de les protestes del govern portuguès, es va arribar a un acord en el qual les forces aliades es retirarien del territori portuguès després de l'arribada dels reforços militars portuguesos que van ser enviats des de Moçambic a bord de l'aviso i el vaixell de transport "João Belo". El febrer de 1942, quan els reforços portuguesos encara estaven en camí, els japonesos van utilitzar el pretext de la invasió australiana i holandesa per envair Timor portuguès, agafant les forces aliades per sorpresa i obligant-les a retirar-se a les muntanyes. Això va evolucionar a la Batalla de Timor
, va lluitar des de 1942 fins a 1945.