El mandat de Trajkovski va estar marcat per tensions entre els macedonis ètnics i la gran minoria albanesa de la república. Les conseqüències de la guerra de Kosovo van portar a mesos de violents enfrontaments armats
entre les forces de seguretat macedònies i els rebels albanesos que busquen millorar la seva condició de minoria legítima i, en general, millors condicions econòmiques, administratives i legals. Tot i que els seus poders eren limitats i el seu paper en gran part cerimonial, va presidir un acord de pau negociat per l'OTAN el 2001 que va posar fi a la violència i va evitar una guerra civil a tot pla a la República de Macedònia. Va ser vist com un moderat en el diàleg ètnic, argumentant per una major inclusió dels albanesos ètnics, i s'ha acreditat com una figura clau en la resolució del conflicte. L'amic i assessor de Boris Trajkovski va ser el seu cap d'estat major Zoran Jolevski, que va ser l'ambaixador macedoni als Estats Units d'Amèrica i el negociador del nom de l'estat en la disputa del nom de Macedònia.