Va ser nomenat primer tinent de la Companyia D, 2a Infanteria de Vermont, el 20 de maig de 1861, però va dimitir el 5 de novembre de 1861, per raons mèdiques. Va tornar al negoci del seu pare, i va tornar a la zona de Washington, venent fàrmacs a sutlers i cirurgians militars. Després va acceptar una posició com a major de la 10a Infanteria de Vermont el 26 d'agost de 1862. Va ser ascendit a tinent coronel el 17 d'octubre de 1862 i va assumir el comandament del regiment com a coronel el 26 d'abril de 1864, en substitució d'Albert B. Jewett, que havia dimitit. Va comandar el seu regiment a les batalles de Wilderness, Spotsylvania, North Anna, Totopotomy Creek
, Cold Harbor, i Cedar Creek.