Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Barney va ser nomenat tinent a la Marina dels Estats Confederats el 2 de juliol de 1861. Va comandar el CSS "Jamestown" durant la Batalla de Hampton Roads, la famosa batalla amb el, durant la qual va capturar dos brigs i una goleta Accomac a Newport News Point mentre que el CSS "Virginia" va cridar l'atenció de la Marina de la Unió. Després de l'evacuació confederada de Norfolk, el "Jamestown" va ser enfonsat per bloquejar el riu James a Drewry's Bluff. En la posterior Batalla de Drewry's Bluff
En la Batalla d'Hamilton, en la qual les bateries de la costa confederades van expulsar una força de la Marina de la Unió dirigint-se cap a Richmond, els canons de la "Jamestown" es van considerar el factor principal en la repulsió dels vaixells enemics. Després de la batalla, va rebre elogi del Congrés Confederat i va ser ascendit a comandant.