Wilson va buscar relacions més properes amb Amèrica Llatina, i esperava crear una organització panamericana per arbitrar disputes internacionals. També va negociar un tractat amb Colòmbia que hauria pagat a aquest país una indemnització pel paper dels Estats Units en la secessió de Panamà, però el Senat va derrotar aquest tractat. No obstant això, Wilson freqüentment va intervenir en els assumptes d'Amèrica Llatina, dient el 1913: "Ensenyaré a les repúbliques sud-americanes a elegir bons homes". La República Dominicana havia estat de facto un protectorat nord-americà des de la presidència de Roosevelt, però va patir d'inestabilitat. El 1916, Wilson va enviar tropes per ocupar l'illa, i els soldats nord-americans es quedarien fins al 1924. El 1915, els EUA van intervenir
a Haití després d'una revolta que va enderrocar el govern haitià, començant una ocupació que duraria fins al 1919. Wilson també va autoritzar intervencions militars a Cuba, Panamà i Honduras. El Tractat Bryan-Chamorro de 1914 va convertir Nicaragua en un altre protectorat de facto, i els Estats Units van estacionar soldats allà durant tota la presidència de Wilson.