L'interior de l'església és una barreja de gòtic polonès i impressionant arquitectura barroca polonesa amb característiques estructurals com un gran altari barroca daurat, un púlpit en forma de vaixell (1750) i l'òrgan. L'església va ser saquejada i l'interior va ser completament devastat pels soldats de la invasió sueca de 1655 (el Diluvi
), que explica la prevalença del barroc en la seva decoració actual. Es diu que l'església conté una de les més belles banques del cor barroc d'Europa Central. Bartolommeo Berrecci, l'artista renaixentista que va dissenyar la capella de Sigismund al Wawel, està enterrat allà.