Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Com a estudiant de l'escola llatina de la seva ciutat natal, Kerner, que era físicament petit i feble, va patir tant de la severitat del seu pare com de l'assetjament dels companys d'escola. No obstant això, el seu esperit opositor no es va trencar, fins i tot després que el seu pare li assegurés l'admissió el 1779 a l'elit Karlsschule (acadèmia militar i general) a Stuttgart, descrita per una font com "el prestigiós institut del duc destinat a proveir funcionaris lleials del govern, meitat internat, meitat universitat". Altres alumnes van incloure Friedrich Schiller. Malgrat l'acadèmia militar, Kerner mai va conformar-se intel·lectualment al que s'esperava d'ell. En un discurs en el dia del nom del fundador de l'acadèmia, el governant envellit de Württemberg, el duc Karl Eugen, Kerner va demanar l'establiment d'un sistema de benestar estatal per als pobres. Schiller va deixar l'acadèmia a favor d'una carrera en el teatre el 1782, però Kerner encara era estudiant el 1789. Va establir un club polític dins de l'acadèmia dedicat al suport de la revolució francesa. Altres membres eren Christian Heinrich Pfaff i Joseph Anton Koch. El 14 de juliol de 1790 van celebrar en secret el primer aniversari de la presa de la Bastilla.
- No. Aquestes i altres accions similars per part de Kerner i els seus amics van provocar una reacció adversa en el conservador Württemberg entre els ciutadans i els emigrants francesos aristocràtics que van prendre als seus cors. Amb l'ajuda d'amics Kerner va produir una tesi que va concloure els seus estudis i li va guanyar la seva qualificació, a Pasqua de 1791, com a metge. Ara, acompanyat pel primer amor seriós de la seva vida, es va traslladar a Estrasburg sota el pretext de voler millorar els seus coneixements mèdics a la universitat.