El 16 de setembre de 2008, Puyol va fer la seva aparició número 400 amb el Barcelona en un partit de la fase de grups de la Lliga de Campions contra el Sporting CP. En la temporada de lliga, malgrat els problemes de lesions, va aparèixer en 28 partits i els va ajudar a guanyar un altre títol de lliga. El seu únic gol va ser contra el Reial Madrid en "El Clásico" al Santiago Bernabéu el 2 de maig de 2009, que va acabar amb una gran victòria de 6 a 2, i va celebrar el seu gol besant el seu braçall de la bandera catalana davant dels fans indignats de Madrid. Va ser essencial per a l'equip que també va guanyar la Copa del Rei de 2009, la Lliga de Campions de 2009, la Supercopa de la UEFA de 2009.
i la Copa del Món de Clubs de la FIFA 2009 per completar un sextuple sense precedents, apareixent en gairebé 100 partits oficials.