En 1861-62 Kimberly va servir a bord de la fragata en l'Esquadró de Bloqueig del Golf Oest, participant en les operacions del riu Mississipí a Port Hudson, Grand Gulf
, i Vicksburg, i va rebre promoció a tinent comandant el 16 de juliol de 1862. El 1863-1864 va servir com a oficial executiu del sloop de vapor, veient l'acció a la Batalla de la Badia de Mobile, després de la qual va ser encoratjat calorosament pel seu servei valent i eficient. Després de la guerra, es va unir a l'Ordre Militar de la Legió Leal dels Estats Units.