Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Quan va esclatar la Guerra Civil, Kirkland va ser nomenat inicialment com a capità de l'exèrcit confederat i després va ser elegit coronel del 11è Regiment de Voluntaris de Carolina del Nord, més tard designat com el 21è Regiment de Carolina del Nord, el juny de 1861. Va comandar el seu regiment a First Manassas com a part de la brigada del general de brigada Milledge Bonham, però no va participar significativament. A l'octubre, el 21 North Carolina va ser adscrit a la brigada d'Isaac Trimble i la primavera següent, va participar en la campanya de Stonewall Jackson a la vall de Shenandoah. Kirkland va rebre un tret en els dos muscles durant la Primera Batalla de Winchester.
, deixant-lo fora d'acció durant diversos mesos. Durant la seva recuperació, Kirkland va servir com a cap d'estat major de Patrick Cleburne durant la campanya de Murfreesboro al desembre de 1862.