Escriu una continuació per a aquest paràgraf - El 15 de febrer de 2006, el Papa Benet XVI el va nomenar Nunci Apostòlic a Egipte i Delegat a la Lliga dels Estats Àrabs, el seu primer càrrec diplomàtic. Va ser un dels pocs nuncis que no va assistir a l'Acadèmia Eclesiàstica Pontificia. Segons la BBC, "La decisió del pontífex d'origen alemany ha causat un esclat. Els observadors del Vaticà estan intentant determinar si el moviment és una degradació, o un reconeixement dels talents especials de l'arquebisbe". Fitzgerald va dir: "El meu antecedent en estudis àrabs i islàmics és probablement considerat útil en aquest moment per al desenvolupament de les relacions amb Egipte i la resta del món islàmic". Un corresponsal del Vaticà va dir que la reassignació de Fitzgerald era "la pitjor decisió del Papa fins ara" i la seva absència va ser notada per la premsa quan el Papa Benet va ofendre els musulmans amb la seva conferència de Regensburg
al setembre de 2006. El trasllat de Fitzgerald va resultar ser part de la reestructuració de Benedict dels departaments curials per reorientar les discussions interreligioses amb els no cristians unint el paper de president del PCID amb el del Consell Pontifici de Cultura, una reestructuració que Benedict va iniciar el març de 2006 i va revertir el juny de 2007.