Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Durant la guerra de 1654<unk>1667 amb Rússia i durant la Gran Guerra del Nord (1700<unk>1721) Merkinė va patir molt dels exèrcits rusos i suecs i va perdre la seva importància estratègica i econòmica. Merkinė va ser cremada de nou per l'exèrcit rus durant la revolta de 1794
que va intentar alliberar la Mancomunitat de Polònia i Lituània de la influència russa. El 1794 es menciona el port fluvial del riu Nemunas en l'inventari de la ciutat, també es van avaluar els rius Nemunas i Merkys com a aptes per a la navegació. En els documents del segle XIX Merkinė va ser esmentat com a centre de comerç fluvial en el qual es construïen vaixells de comerç fluvial.