Completa la següent frase: Johnston era entusiasta sobre l'esclat de la Guerra Mèxic-Americana. Va servir en l'estat major del tinent general Winfield Scott a la
El setge de Veracruz, havent estat escollit per Scott per ser l'oficial que porta la demanda de rendició prèviament al governador provincial. Va estar a l'avantguarda del moviment interior sota el comandament del general de brigada David E. Twiggs i va ser greument ferit per un grapeshot mentre realitzava un reconeixement abans de la Batalla de Cerro Gordo. Va ser nomenat tinent coronel per les seves accions a Cerro Gordo. Després de recuperar-se en un hospital de camp, va tornar a unir-se a l'exèrcit a Puebla. Durant l'avanç cap a la Ciutat de Mèxic, va ser el segon al comandament del "Regiment dels Voltigeurs dels Estats Units", una unitat composta d'infanteria lleugera o escaramuceres. Es va distingir a Contreras i Churubusco, va ser ferit de nou a Chapultepec, i va rebre dos promocions de brevet pels dos últims enfrontaments, acabant la guerra com a coronel de brevet de voluntaris. (Després del final de les hostilitats, va tornar al seu rang de temps de pau de capità dels enginyers topogràfics.) Winfield Scott va comentar humorísticament que "Johnston és un gran soldat, però tenia la mala sort de fer-se disparar en gairebé tots els enfrontaments". La major angoixa de Johnston durant la guerra va ser la mort del seu nebot, Preston Johnston. Quan Robert E. Lee va informar a Johnston que Preston havia estat mort per un projectil d'artilleria mexicana a Contreras, tots dos oficials van plorar, i Johnston es va afligir per la resta de la seva vida.