Escriure una continuació per a aquest paràgraf - Pocs dies abans del final de la Copa d'Àfrica 2010 a Angola, Issa Hayatou es va trobar enmig d'una controvèrsia després de la suspensió de l'equip nacional de futbol de Togo per la CAF de les dues properes Copas d'Àfrica de Nacions. Hayatou va acusar el govern togolès d'interferència en els assumptes de l'Associació de Futbol de Togo quan l'equip es va retirar de la copa de 2010 abans del seu començament. L'equip togolès va ser víctima d'un atac armat el 8 de gener de 2010
mentre viatjava a Angola en autobús abans de l'inici de la Copa, resultant en dues morts en la delegació de Togo. El capità togolès Emmanuel Adebayor i l'entrenador togolès Hubert Velud van criticar durament Hayatou en particular per la decisió de la CAF, demanant-li que renunciés a la presidència de la CAF.