Escriu una continuació per a aquest paràgraf - El març de 1861, Ferguson va ser nomenat capità de la milícia de Carolina del Sud, després de ser nomenat tinent i ajudant de camp del general de brigada de l'exèrcit de Carolina del Sud, P. G. T. Beauregard. Va ser un dels oficials que va rebre la rendició formal del major de l'exèrcit dels Estats Units Robert Anderson a Fort Sumter, va aixecar la primera bandera dels Estats Confederats i va enviar els primers guàrdies a Fort Sumter. Després del setge, va ser enviat per presentar la primera bandera confederada colpejada per un tret enemic al Congrés Provisional dels Estats Confederats. Va ser tinent coronel i ajudant de camp del general Beauregard durant la Batalla de Shiloh.
- No. Durant la Batalla de Farmington, va estar al 28è Regiment de Cavalleria de Mississipí. Va comandar la unitat mentre defensava Vicksburg, i va ajudar a aturar els atacs realitzats pel major general dels Estats Units William T. Sherman i el commodore dels Estats Units David Porter.