Escriu una continuació d'aquest paràgraf - Sobre l'esclat de la guerra greco-italiana
el 1940, Karouzou i el seu marit (juntament amb altres arqueòlegs, guàrdies del museu i les seves famílies) van empaquetar les col·leccions del museu per a la seguretat durant la Segona Guerra Mundial. Karouzou va recordar més tard que "Va ser amb orgull per la nostra gent que em van assegurar que, al final de la guerra quan es van obrir les caixes i es van rebre les antiguitats, malgrat [la] fatal insuficiència de supervisió [del procés d'embalatge] no hi havia un sol objecte d'or, cap gema preciosa que faltés". Quan Atenes va ser ocupada per l'exèrcit alemany el 1941, els Karouzous van ser els únics arqueòlegs a Grècia que van retirar la seva afiliació a l'Institut Arqueològic Alemany en protesta. Després del final de la Segona Guerra Mundial, van ser responsables de reinstal·lar les col·leccions del museu, utilitzant els catàlegs que Karouzou havia fet; aquesta reinstal·lació es va completar el 1947.