Des dels seus orígens al segle XV fins a la seva dissolució el 1833, els objectius principals de la Casa da Índia van canviar amb el temps, així com les seves relacions amb la Corona de Portugal i l'administració imperial. Després de 1642, va perdre tots els seus monopolis comercials sobre or, plata, marfil, espècies i altres productes valuosos, transformant la competència de l'organització només en un regulador comercial i una agència de duanes. Després de la destrucció de la seu del Palau de la Ribeira i les seves instal·lacions en el Gran Terratrèmol de Lisboa de 1755
La Casa da Índia es va tornar cada vegada més obsoleta en relació amb les polítiques comercials i colonials transformadores de Portugal, el que va conduir a que la majoria de les seves funcions fossin absortides lentament en ministerios i agències del govern portuguès fins a la seva dissolució final el 1833.