Completa la següent frase: prop de la fi de juny de 1861, Hotchkiss va signar com a carregador confederat per portar subministraments a la cavalleria de Churchville a Rich Mountain, West Virginia. Hotchkiss va oferir els seus serveis com a cartògraf al general de brigada Richard B. Garnett, la brigada confederada del qual operava a Virgínia occidental. Hotchkiss va servir a Rich Mountain i va crear mapes per a la campanya planificada del general Robert E. Lee a les muntanyes. Va prendre un breu permís mèdic després de ser afectat per la febre tifoide, però va tornar al servei el març de 1862 com a enginyer topogràfic en cap del districte de Valley, reportant-se al major general Stonewall Jackson. Després de la derrota inicial de la Batalla de Kernstown durant la seva
Campanya de la Vall de 1862, el 26 de març de 1862, Jackson va cridar Hotchkiss al seu quart de comandament a Narrow Passage prop de Woodstock i li va ordenar que "me fes un mapa de la Vall, des de Harper's Ferry fins a Lexington, mostrant tots els punts d'ofensiva i defensa [sic] en aquells llocs". La recomanació immediata d'Hotchkiss va ser que la línia de Jackson a Stony Creek a Woodstock era indefensible, i que Jackson s'hauria de retirar a Rude's Hill, un petit promontori defensible al sud de Mt. Jackson. - Què? Va ser a Rude's Hill on Jackson va reorganitzar el seu comandament per a la resta de la seva exitosa campanya de 1862 a la vall de Shenandoah.