Amb l'esclat de la Guerra Civil, Brooks va ser nomenat general de brigada de voluntaris al setembre de 1861. Va comandar la 2a Brigada, 2a Divisió del IV Cos en la Campanya de la Península, i la 2a Brigada, 2a Divisió del VI Cos en les Batalles dels Set Dies, on va ser ferit a la Batalla de Savage's Station
- No. Recuperant-se, va reprendre el comandament de la seva brigada per a la Campanya de Maryland i va dirigir els seus homes a Crampton's Gap, on van capturar una bandera de batalla confederada pertanyent al 16è Regiment d'Infanteria de Virgínia. A la Batalla d'Antietam, la brigada de Brooks estava principalment en reserva, tot i estar sota "el foc de l'artilleria i els tiradors" durant 48 hores.