Escriure una continuació per a aquest paràgraf - prop de la fi de juny de 1861, Hotchkiss va signar com un convoi de la Confederació per portar subministraments a la cavalleria de Churchville a Rich Mountain, West Virginia. Hotchkiss va oferir els seus serveis com a cartògraf al general de brigada Richard B. Garnett, la brigada confederada del qual operava a Virgínia occidental. Hotchkiss va servir a Rich Mountain i va crear mapes per a la campanya planificada del general Robert E. Lee a les muntanyes. Va prendre un breu permís mèdic després de ser afectat per la febre tifoide, però va tornar al servei el març de 1862 com a enginyer topogràfic en cap del districte de Valley, reportant-se al major general Stonewall Jackson. Després de la derrota inicial a la Batalla de Kernstown durant la seva Campanya de la Vall de 1862
, el 26 de març de 1862, Jackson va cridar Hotchkiss al seu quarter general a Narrow Passage prop de Woodstock i li va ordenar que "me fes un mapa de la Vall, des de Harper's Ferry fins a Lexington, mostrant tots els punts d'ofensiva i defensa [sic] en aquells llocs". La recomanació immediata d'Hotchkiss va ser que la línia de Jackson a Stony Creek a Woodstock era indefensible, i que Jackson s'hauria de retirar a Rude's Hill, un petit promontori defensible al sud de Mt. Jackson. - Què? Va ser a Rude's Hill on Jackson va reorganitzar el seu comandament per a la resta de la seva exitosa campanya de 1862 a la vall de Shenandoah.