Beckett va fer el seu debut en la postemporada en el primer partit de la Serie de Divisió de la Lliga Nacional (NL) de 2003, on va permetre només una carrera en set entrades contra els Gigants de San Francisco, però va agafar la derrota quan Jason Schmidt va llançar un joc complet. No obstant això, els Marlins van tornar a guanyar la sèrie en quatre partits. El seu següent començament, en el primer partit de la Serie del Campionat de la Lliga Nacional de 2003 contra els Chicago Cubs, no va anar bé, ja que va permetre quatre carreres en la primera entrada, dues d'elles en un home run de Moisés Alou, i sis carreres en les seves entrades. Els Marlins van lluitar i van guanyar el partit en entrades addicionals. Els Cubs van guanyar els següents tres partits i només necessitaven una victòria més per guanyar la sèrie quan Beckett va tornar al montet en el cinquè partit. Va permetre que només tres Cubs arribessin a la base en el joc, en dos singles i una caminada, en el shut-out complet del joc per mantenir el seu equip viu. Els Marlins també van guanyar el partit sis, gràcies en part al trist incident de Steve Bartman.
- No. En el setè partit, amb dos dies de descans, Beckett va sortir del bullpen per llançar quatre entrades i els Marlins van guanyar 9 a 6 per aconseguir el campionat de la Lliga Nacional.