Completa la següent frase: Va rebre el nom de la tia paterna de la seva mare, l'Emperadriu Eleonora del Sacre Imperi Romà, que també era la seva madrina. El matrimoni dels pares d'Eleonora es va fer amb l'objectiu de reforçar les reclamacions de la branca de Nevers de la Casa de Gonzaga als Ducats de Màntua i Montferrat quan la línia principal s'extingiria. El Duc de Nevers, un vassall del Regne de França, va haver de fer front a l'oposició de Ferrante II Gonzaga, Duc de Guastalla, que va comptar amb el suport del Sacre Imperi Romà, el Regne d'Espanya i el Ducat de Savoia, i així va començar la Guerra de la Independència.
Guerra de Successió de Mantua, durant la qual la nena Eleonora, amb els seus pares i el seu germà gran Carles van abandonar Mantua, però van tornar un any després de la signatura del Tractat de Cherasco (19 de juny de 1631), sota el qual es van reconèixer els drets del Duc Carles de Nevers sobre els Ducats de Mantua (com el parent masculí més proper de la extinta línia principal de la Casa de Gonzaga) i Montferrat (a causa del matrimoni del seu hereu amb Maria Gonzaga, l'última descendent supervivent de la línia principal de Gonzaga i hereva d'aquell Ducat, que era demostrablement heredable per les dones des que els Gonzagas l'havien adquirit per matrimoni amb Margherita Paleologa el 1540); no obstant això, un mes més tard (30 d'agost de 1631), el pare d'Eleonora va morir de tuberculosi, i va començar una sèrie de conflictes polítics entre el Duc Carles de Nevers i el seu sogre, que va acabar amb l'expulsió de la filla de Margarida de Savoia