Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Un ferm oponent de la resposta de la cancellera Angela Merkel a la crisi migratòria dels anys 2010
Seehofer va amenaçar amb presentar una denúncia formal al Tribunal Constitucional, amb l'històrica aliança CDU/CSU en perill de dividir-se i competir entre si a tota Alemanya per primera vegada, però no va passar res. És partidari d'un límit federal al nombre de refugiats que el govern alemany ha d'acollir. Després d'un mal resultat històric en les eleccions federals de 2017 amb una campanya que va ser criticada per imitar l'Alternativa per Alemanya, el partit va rebre el seu pitjor resultat des de 1949, i va intentar sense èxit presentar-se per un tercer mandat com a ministre president el 2018, va ser pressionat pel seu partit per renunciar i en canvi va decidir assumir el càrrec de ministre de l'Interior, la Construcció i la Comunitat (originàriament destinat a Joachim Herrmann) en el quart govern de Merkel, per tal de donar forma a la política migratòria segons les seves opinions. Al juliol de 2018, una dissidència de una setmana entre Seehofer i Merkel gairebé va portar al govern i va amenaçar seriosament una escletxa CDU / CSU, però finalment van trobar un compromís.