Després de la independència de Mèxic el 1821, un gran cos de tropes espanyoles van continuar ocupant San Juan de Ulúa fins al 1825. Va ser l'últim lloc de l'antiga colònia de Nova Espanya a ser mantingut pels espanyols i va ser lliurat al general mexicà Miguel Barragán el novembre de 1825. La justificació de l'ordre d'expulsió emesa pel president Vicente Guerrero va ser el seu intent fallit de reconquerir Mèxic. Des de llavors, San Juan de Ulúa va servir com a símbol militar i polític de la resistència mexicana a les invasions i ocupacions estrangeres, gràcies a diverses de les quals van tenir lloc durant el segle XIX. El 1836, els francesos van bombardejar la fortalesa a la Batalla de Veracruz durant la Guerra de la Pastisseria, un conflicte que va resultar d'un ciutadà francès a Mèxic que cercava reparacions per la seva pastisseria suposadament danyada; durant la Guerra Mèxic-Americana, els Estats Units van assetjar la fortalesa.
a la fortalesa durant la guerra, un conflicte que va resultar de disputes sobre la nascente República de Texas, i el 1863 els francesos van ocupar breument la ciutat quan van instal·lar Maximilià I com a emperador de Mèxic. Durant gran part del segle XIX, la fortalesa va servir com a presó, especialment per a presos polítics considerats com a opositors al govern. Molts polítics mexicans prominents van passar temps aquí mentre no estaven en el poder.