Després de dues temporades bastant reeixides sense una aparició en els playoffs, a mitjan temporada el 2004 els Astros estaven en dificultats. Abans de la temporada, els Astros havien afegit els pitchers estrella Andy Pettitte i Roger Clemens a un equip que ja incloïa estrelles com Lance Berkman i Jeff Kent, així com el nucli de Bagwell i Biggio. Van ser ràpidament escollits com un dels favorits per guanyar la Lliga Nacional. No obstant això, a l'All-Star Break, van ser 44 a 44 en gran part a causa d'una incapacitat per anotar carreres, i un mal rècord en jocs d'una sola carrera. Després de ser buidat en el All-Star Game de 2004 que es va celebrar al Minute Maid Park mentre era entrenador de la Lliga Nacional, Williams va ser acomiadat i va ser reemplaçat per Phil Garner, que havia estat una estrella del guanyador de la segona divisió dels Astros el 1986. Tot i que moltes persones eren molt escèptiques amb Garner, que tenia un historial mediocre en les seves passades anteriors com a entrenador a Milwaukee i Detroit, amb només una temporada guanyadora en qualsevol parada (el 1992), l'equip va respondre a Garner, que va portar l'equip a un rècord de 46 a 26 en la segona meitat i a la targeta salvatge de la Lliga Nacional. Van guanyar la seva primera sèrie de playoffs en vuit intents, derrotant els Braves en cinc partits de la National League Division Series per avançar a la National League Championship Series.
per tercera vegada. No obstant això, van perdre contra els St. Louis Cardinals en set partits, més dramàticament en un home run de Jim Edmonds en la 12a entrada del Joc 6.