Després de la Copa del Món de 1990, l'entrenador de l'equip nacional, Óscar Tabárez, va ser reemplaçat per Luis Cubilla, que havia entrenat Francescoli a River Plate, quan Francescoli havia arribat al club anys abans. Cubilla va portar un fort sentiment de nacionalisme entre els aficionats uruguaians en aquell moment, específicament de ressentiment contra els atletes del país que jugaven a Europa, i fins i tot va insinuar que Francescoli, i també Rubén Sosa, Carlos Aguilera i Oscar Herrera, eren "dinheiristas" ("mercenaris"). Consternats, es van negar a jugar si Cubilla no es retirava dels seus comentaris i aquests jugadors es van quedar fora de la Copa América de 1991. Sense les estrelles "europees", l'Uruguay va caure en la primera ronda. En el moment del torneig de 1993
Quan va arribar, els jugadors ja havien estat cridats de nou a l'equip. Tot i que havia estat cridat per Cubilla, Francescoli va quedar a la banqueta durant tot el torneig, i l'Uruguai va decepcionar una vegada més, patint una eliminació en els quarts de final. En un partit amistós més tard aquell any, Francescoli va fer la seva primera aparició per al "Celeste" en molts anys. Mentrestant, els rivals sud-americans d'Argentina van guanyar les edicions de 1991 i 1993 del torneig, superant a Uruguai com a equip amb més títols de Copa América (14).