Linscott va ser nomenat oficial d'operacions i d'entrenament en l'estat major de la Força Amfibia, Flota de l'Atlàntic sota el Major General Holland Smith i promogut al rang de coronel a l'octubre de 1941. Després de l'entrada dels Estats Units a la Segona Guerra Mundial, Linscott va ser enviat al Pacífic Sud el juny de 1942 i va ser adscrit al comandament de la Força Amfibia del Pacífic Sud sota el vicealmirall Richmond K. Turner. Linscott va ser nomenat ajudant del cap d'estat major i va participar en diverses campanyes importants a les Illes Salomó.
, Nova Geòrgia, Bougainville i les Illes Gilbert i Marshall. Va romandre a l'estat major de Turner després de la re-designació de la Força Amfibia del Pacífic Sud a la Tercera Força Amfibia i es va distingir en aquesta capacitat. Més tard va rebre dos premis de la Legió del Merit pel seu servei.