La sinagoga aviat es va convertir en el centre d'una petita però vibrante comunitat jueva, un dels seus líders, Abraham Reuben, es va convertir en conseller de la corporació de la ciutat de Karachi el 1936. La partició de l'Índia britànica per línies religioses entre hindús i musulmans a l'agost de 1947 va veure la ciutat de Karachi caure dins de les fronteres del nou estat de majoria musulmana del Pakistan, després de la qual cosa el cartell d'afiliació frontal de la sinagoga va ser canviat, designant-la sota la "Comunitat Pakistan Bene Israel". Menys d'un any després, la sinagoga va ser atacada i incendiada per alborotadors musulmans després de la Declaració d'Independència de l'Estat d'Israel el 1948. Durant aquest temps, diversos jueus de tot el Pakistan van ser atacats, el que va conduir a parts de la comunitat a fugir a la veïna Índia. No obstant això, la freqüència d'atacs contra jueus al Pakistan va augmentar després de cadascuna de les guerres àrab-israelianes el 1948
, 1956, 1967 i 1973. A principis de la dècada de 1970, la comunitat jueva pakistanesa havia marxat en gran part a Israel o l'Índia a causa de l'èxode jueu dels estats musulmans, fent que la sinagoga fos en gran part inactiva. El 17 de juliol de 1988, la sinagoga va ser demolida i finalment reemplaçada per una plaça comercial (Madiha Square) al barri de Ranchore Line al sud de Karachi.