En el moment en què Alexander Farnese, el futur duc de Parma, va prendre el control de l'exèrcit el 1578, els Països Baixos estaven cada vegada més dividits entre el nord rebel i les províncies del sud que encara eren lleials a Espanya. Amb l'arribada d'un gran nombre de tropes d'Espanya, Farnese va començar a consolidar el control espanyol al sud, començant per Maastricht. Farnese va iniciar el setge de Maastricht el 12 de març de 1579. Va ordenar a les seves tropes que esborressin les muralles. Els habitants de Maastricht també estaven cavant per arribar als túnels espanyols. En les profunditats subterrànies la lluita va continuar. Centenars de soldats espanyols van morir quan es va vessar aigua calenta als seus túnels. Altres van morir per falta d'oxigen quan els defensors holandesos van encendre focs dins d'ells. Altres 500 soldats espanyols van morir quan una mina, que planejaven utilitzar per fer saltar la muralla, va explotar prematurament. A la nit del 29 de juny, Farnese va aconseguir entrar a la ciutat mentre els exaurits defensors dormíen. Les unitats espanyoles que van trencar les muralles de la ciutat primer van violar les dones (algunes de les quals, en lluitar per defensar la ciutat, havien transgredit els rols de gènere i havien perdut el seu dret a la misericòrdia), després van massacrar la població. El 1585, Farnese havia reconquerit les ciutats de Brussel·les, Gand i Anvers
, així com la província de Brabant i la major part de Flandes. En aquest punt, l'Exèrcit va ser desviat de la seva funció original de combatre els rebels del nord per abordar el problema d'Anglaterra, en guerra amb Espanya. Farnese creia que l'exèrcit podia esperar travessar el Canal amb força, confiant en un aixecament catòlic a Anglaterra per donar-li suport; en canvi, Felip va decidir emprendre un atac naval utilitzant l'Armada espanyola el 1588. L'Exèrcit de Flandes es va moure contra Ostenda i Dunkerque en preparació d'una maniobra de seguiment a través del Canal en suport de l'Armada, però la derrota de la principal força naval va posar fi a aquests plans.