La guerra naval també va continuar, amb el Regne Unit mantenint un bloqueig de França per mar. Els no combatents Rússia, Prússia, Dinamarca i Suècia es van unir per protegir la navegació neutral dels atacs britànics, però no van tenir èxit. L'almirall britànic Horatio Nelson va atacar la flota danesa al port a la Batalla de Copenhaguen, destruint gran part de la flota d'un dels aliats més estables de França durant el període. Un armistici li va impedir continuar al mar Bàltic per atacar la flota russa a Reval (Tallinn). Mentrestant, a Gibraltar, l'esquadró francès sota Linois va rebutjar un primer atac britànic sota Saumarez en la primera batalla d'Algeciras.
, capturant un vaixell de línia de batalla. En la segona batalla d'Algeciras, quatre dies més tard, els britànics van capturar un vaixell francès i van enfonsar dos espanyols, matant al voltant de 2000 mariners, principalment espanyols, per la pèrdua de 12 britànics.