Completa la següent frase: Bourdais va provar significativament per a l'equip de Toro Rosso durant l'hivern, tot i que no estava segur d'una conducció cap a l'any nou. El 6 de febrer de 2009 va ser confirmat com a pilot de Toro Rosso per un segon any, associant-se al novell suís Sébastien Buemi. Malgrat dos punts en el Gran Premi d'Austràlia i a Mònaco, Bourdais va lluitar per igualar el seu company d'equip menys experimentat. En
Espanya Bourdais va colpejar el cotxe de Buemi quan el camp va intentar evitar un girat Jarno Trulli en la primera volta, posant fi a la cursa per als dos pilots. Al Gran Premi de Gran Bretanya, Bourdais va col·lidir amb el pilot de McLaren Heikki Kovalainen, de nou acabant la cursa per a tots dos. Al Gran Premi d'Alemanya va patir una fallada mecànica després de classificar darrer per més d'un segon.