"John Rodgers" va tornar a Holanda el 2 d'octubre per preparar la invasió de les Filipines. Es va posar en marxa cap a Leyte el 13 d'octubre i va arribar per donar suport als aterratges.
7 dies després. Ara comandat pel comandant J. G. Franklin, va protegir els vaixells que transportaven el general Douglas MacArthur i les seves tropes de tornada a les Filipines. A mesura que les tropes nord-americanes es desplaçaven cap a l'interior i ocupaven els aeròdroms, va proporcionar suport de foc i va patrullar la zona.