Escriure una continuació d'aquest paràgraf - Issoufou va quedar en quart lloc (recebent només el 7,60% dels vots) en les fallides i controvertites eleccions presidencials del 7-8 de juliol de 1996
que va donar a Maïnassara una victòria absoluta. Juntament amb els altres tres candidats de l'oposició, Issoufou va ser posat sota arrest domiciliari el segon dia de votació i va ser detingut durant dues setmanes. Després, es va negar a reunir-se amb Maïnassara, va apel·lar sense èxit al Tribunal Suprem per anular les eleccions, i el PNDS va cridar a manifestacions. El 26 de juliol va ser posat de nou sota arrest domiciliari, juntament amb un altre membre destacat del PNDS, Mohamed Bazoum; van ser alliberats per ordre d'un jutge el 12 d'agost. Després d'una manifestació a favor de la democràcia l'11 de gener de 1997, Issoufou va ser arrestat juntament amb Ousmane i Tandja i va ser detingut fins al 23 de gener.