Enmig de la data límit de canvi del 2002 va ser traslladat als Florida Marlins. Les seves estadístiques per a la temporada van millorar dràsticament després del canvi. La temporada següent, va ser de nou un paper clau a l'hora d'ajudar els inexperts Marlins a guanyar la Serie Mundial de 2003. En el 6è partit de la NLCS, els Marlins estaven a cinc outs de ser eliminats quan el fan dels Cubs, Steve Bartman
, va evitar que una pilota fallida fos potencialment capturada estenent els braços sobre Moisés Alou mentre Alou intentava llançar el pop-up. El següent doble de tres carreres de Mordecai va obrir el joc, destacant el col·lapse històric dels Cubs en el que de vegades es coneix simplement com "The Inning". Mordecai guanyaria la seva segona Serie Mundial, ja que els Marlins van derrotar els Yankees a la Serie Mundial.