Completa la següent frase: L'estiu següent, però, el capità Cristiano Doni va ser listat entre els sospitosos per la seva implicació en un escàndol d'armar partits (també conegut com a "Calcioscommesse"). L'Atalanta s'enfrontava a una penalització de sis punts en el
2011-12 classificació de la Serie A, i Doni va rebre una suspensió de tres anys i mig de totes les activitats relacionades amb el futbol el 19 d'agost, acabant efectivament la seva carrera als 38 anys. El defensor Thomas Manfredini també va ser acusat d'implicació en l'escàndol i inicialment va rebre una suspensió de tres anys, tot i que més tard seria absolt. També aquell estiu, l'Atalanta va signar l'atac de l'argentí Germán Denis, que es convertiria en un dels golejadors més prolífics del club amb 56 gols en quatre temporades i mitja. Al començament de la temporada, l'Atalanta va obtenir 10 punts en els seus quatre primers partits, mentre que la companyia treballava per defensar-se i defensar als seus jugadors d'aquestes acusacions. L'Atalanta va aconseguir 52 punts abans de la penalització de sis punts, establint un nou rècord del club per a la majoria de punts a la Serie A. Això va seguir a les actuacions consistents al llarg de la temporada (26 punts en cada meitat) i la quarta millor defensa de la lliga amb 43 gols concedits, a la par amb el Bolonya i la Fiorentina. El club es va assegurar la seguretat de la Serie A en la penúltima jornada de partits amb una victòria a casa de 2 a 0 contra la Fiorentina, tot i que va perdre els últims tres partits contra el Milan, el Lazio i la Juventus.