Després de l'atac britànic a Copenhaguen el 1807 i l'esclat de la Guerra de les Barques de Canó
Entre la Gran Bretanya i el regne danès-noruec, va prendre un petit vaixell danès, l'Almirall Juul, i en l'acció del 2 de març de 1808 va enfrontar-se al HMS Sappho; els britànics van capturar l'Almirall Juul i van tractar Jørgensen com un corsari. El 1809, mentre estava a Anglaterra en llibertat condicional, va suggerir a un comerciant que un viatge a Islàndia podria ser rendible, ja que l'illa patia escassetat d'aliments en aquell moment, a causa del monopoli danès sobre el comerç islandès. Jørgensen va acompanyar el viatge del "Clarence" com a intèrpret. Aquest viatge no va comercialitzar cap mercaderia ja que el vaixell era britànic i Dinamarca havia prohibit el comerç amb Gran Bretanya. Poc després, el Rover va arribar a Reykjavík. La Junta de l'Almirallat l'havia enviat per preparar el camí per a un segon viatge mercant britànic.