Això va conduir al moment més perillós de la carrera de Ferran, el 1529, quan Suleiman va aprofitar aquest suport hongarès per a un assalt massiu però finalment sense èxit a la capital de Ferran: el setge de Viena
, que va enviar a Ferran a refugiar-se a Bohèmia. Una altra invasió otomana va ser rebutjada el 1532 (vegeu Assegurament de Güns). En aquest any, Ferran va fer la pau amb els otomans, dividint Hongria en un sector dels Habsburg a l'oest i el domini de Joan Zápolya a l'est, aquest últim efectivament un estat vassall de l'Imperi Otomà.