El temple va ser fundat el 778 per Sakanoue no Tamuramaro, i els seus edificis actuals van ser construïts el 1633, ordenat pel Tokugawa Iemitsu. No hi ha un sol clavec utilitzat en tota l'estructura. Prèn el seu nom de la cascada dins del complex, que corre fora de les muntanyes properes. Kiyomizu significa aigua clara, o aigua pura.
El 1965