Després de la guerra, O'Doherty va continuar la seva lleialtat a la Corona, però el 1608, després d'una disputa amb el nou governador de Derry, O'Doherty es va revoltar amb el castell com a seu. L'incendi de Derry
a l'abril va desencadenar el que es va conèixer com la rebel·lió d'O'Doherty. En resposta, les autoritats de Dublín van enviar tropes per envair les terres centrals d'Inishowen d'O'Doherty. Després d'un setge van capturar el Castell Burt i van alliberar els presoners presos a Derry que estaven retenits allà. Poc després O'Doherty va ser mort a la Batalla de Kilmacrennan i la rebel·lió va caure.