Durant aquest temps, els rebels, majoritàriament d'ètnia xinesa, sota el lideratge del Partit Comunista de Malàisia van llançar operacions de guerrilla per forçar els britànics a sortir de Malàisia. L'emergència de Malàisia (1948-1960)
va implicar una llarga campanya anti-insurgència per les tropes de la Commonwealth a Malàisia. El 31 d'agost de 1957, Malàisia es va convertir en un membre independent de la Mancomunitat de Nacions. Després d'això es va posar en marxa un pla per federar Malàisia amb les colònies de la corona de Borneo del Nord (que es van unir com Sabah), Sarawak i Singapur. La data de la federació estava prevista per ser el 31 d'agost de 1963 per coincidir amb l'aniversari de la independència de Malàisia; no obstant això, la federació es va retardar fins al 16 de setembre de 1963 per tal que es completés una enquesta de les Nacions Unides sobre el suport a la federació a Sabah i Sarawak, demanada pels partits oposats a la federació, incloent el Sukarno d'Indonèsia i el Partit dels Pobles Units de Sarawak.