En 1806, les autoritats franceses d'ocupació dels Països Baixos van rebaixar la Universitat d'Utrecht a una "école secondaire" (escola secundària), però després de l'establiment del Regne Unit dels Països Baixos el 1813, va recuperar el seu estatus anterior. Leiden, Leuven, Groningen, Utrecht i Ghent van ser les cinc universitats () del nou estat. Dues de les universitats (Leuven i Ghent) van formar part del nou estat belga després que les seves respectives províncies es separessin.
del Regne Unit dels Països Baixos el 1830. Com a resultat, la Universitat d'Utrecht va romandre com una de les tres universitats holandeses. Durant l'ocupació francesa, el rei Lluís Napoleó va ordenar la construcció d'un palau al centre d'Utrecht, que finalment es va convertir en la Biblioteca Universitària del Centre de la Ciutat.