El 29 de juliol de 2015, Sabonis va debutar per a l'equip nacional masculí de Lituània en un partit contra Austràlia, anotant 4 punts i agafant 7 rebots. Sabonis va ser el jugador més jove que ha jugat per a l'equip nacional, batent a Jonas Valančiūnas en qüestió de dies. Sabonis va fer una mitjana de 6 punts i 5,9 rebots durant la fase de preparació dels partits, i va ser el segon millor rebotador de l'equip després de Valančiūnas. Sabonis va jugar per Lituània a l'EuroBasket 2015, guanyant una medalla de plata en el seu any de debut. També va ser membre de l'equip olímpic nacional lituà durant els Jocs Olímpics d'estiu de 2016.
, on va fer una mitjana de 5,5 punts i 4,5 rebots.