A l'estiu de 1981, Filipović, de 28 anys, es va unir al campió portuguès S.L. Benfica, on en les tres temporades següents va marcar 28 gols en 54 partits de lliga. Zoran Filipović també va guiar el club Benfica a la final de la Copa de la UEFA de 1983.
contra el R.S.C. Anderlecht, sent el màxim goleador de la competició d'aquella temporada i anotant gols memorables per als portuguesos en el quart de final contra l'AS Roma i en la semifinal contra la Universitat de Craiova.