L'experiència adquirida en 1964 i 1965 va permetre que el Mk II de 7 litres dominés l'any següent. El febrer, el GT40 va guanyar de nou a Daytona. Aquest va ser el primer any en què Daytona va ser disputada en el format de 24 hores i Mk II va acabar primer, segon i tercer. Al març de 1966, a les 12 hores de Sebring, els GT40 van tornar a ocupar els tres primers llocs, amb el X-1 Roadster primer, un Mk II en segon lloc i un Mk I en tercer. Després, al juny, a les 24 hores de Le Mans
, el GT40 va aconseguir un altre resultat 1<unk>2<unk>3.