Badoglio va ser Cap d'Estat Major de 1925 a 1940, i va ser ell qui va tenir l'última paraula en tota l'estructura de les Forces Armades, incloent la doctrina, la selecció d'oficials, armaments, durant aquest període, influint en tot l'entorn militar. Badoglio no era a favor del Pacte d'Acer italo-alemany i era pessimista sobre les possibilitats d'èxit italià en qualsevol guerra europea. Malgrat aquests dubtes, no es va oposar a la decisió de Mussolini i el rei de declarar la guerra a França i Gran Bretanya. Després del mal rendiment de l'exèrcit italià en la invasió de Grècia
el desembre de 1940, va dimitir de l'Estat Major General. Badoglio va ser reemplaçat per Ugo Cavallero.