El 1 de novembre de 1864, José Luís va ser nomenat comandant de la 2a Divisió de l'exèrcit principal del Brasil, que en aquell moment es deia "Exèrcit del Sud" i dirigit pel seu oncle, el Mariscal de Camp João Propício Mena Barreto (més tard Baró de São Gabriel). L'Exèrcit del Sud va envair Uruguai l'1 de desembre. José Luís va participar en el setge
de la ciutat uruguaiana de Paysandú, que va caure el 2 de gener de 1865. L'exèrcit brasiler i la força aliada de Colorados van assetjar la capital uruguaiana, Montevideo. Abans que es pogués llançar qualsevol atac contra la ciutat, els Blancos van capitular, posant fi al conflicte.