Construït en l'època antiga, el Partenó va ser molt danyat pels terratrèmols. També, durant la Sexta Guerra Otomana-Veneta (1684-1699)
Contra l'Imperi Otomà, els turcs defensors van fortificar l'Acròpoli i van utilitzar el Partenó com a castell. El 26 de setembre de 1687, una ronda d'artilleria veneciana, disparada des del turó de Filopap, va fer saltar el Partenó, i l'edifici va ser parcialment destruït. L'explosió va destruir la part central de l'edifici i va fer que les parets de la cella es desintegressin en escombraries. Tres de les quatre parets es van esfondrar, o gairebé, i aproximadament tres quintes parts de les escultures del fris van caure. Al voltant de tres-centes persones van morir en l'explosió, que va fer caure fragments de marbre sobre una àrea significativa. Durant el següent segle i mig, parts de l'estructura restant van ser trencades per a material de construcció i saquejades de qualsevol objecte de valor restant.