Fontàs va debutar al primer equip el 31 d'agost de 2009, substituint a un altre graduat de "La Masia", Gerard Piqué, en els sis últims minuts d'una victòria a casa de 3<unk>0 a la Lliga contra el Sporting de Gijón. A principis de la campanya 2009-10 va ser cridat pel manager Pep Guardiola a la Supercopa d'Espanya i la Supercopa de la UEFA
Jocs, respectivament, contra l'Athletic Bilbao i el FC Shakhtar Donetsk, però finalment no va fer el banc en cap ocasió. Va passar la gran majoria de les seves primeres temporades com a senior registrat amb les reserves.