Les disputes entre candidats rivals a la regència i els conflictes comercials entre Venècia i Gènova, van donar lloc a una nova guerra civil el 1256 coneguda com la Guerra de Sant Sabas. El conflicte del pro-venecià Bohemond VI amb els seus vassalls genovesos els Embriaci va portar la guerra a Trípoli i Antioquia. El 1258, Hulagu, germà petit del Gran Khan Möngke, va saquejar Bagdad i va acabar amb el Califat Abbasí. Dos anys més tard, Hethum I de Cilícia i Bohemond VI van unir forces amb els mongols en el sac d'Alep, quan Bohemond va cremar la seva mesquita, i en la conquesta del nord de Síria. Els mongols van emancipar els cristians de la seva condició, i la població cristiana local va cooperar amb els conqueridors. Jerusalem es va mantenir neutral quan els mamelucs d'Egipte es van moure per enfrontar-se als mongols després de Hulagu, i gran part de la seva força es va traslladar a l'est a la mort de Möngke per abordar la successió mongola. Els mamelucs van derrotar l'exèrcit mongol molt reduït a Ain Jalut
- No. En el seu retorn, el sultà mameluc Qutuz va ser assassinat i substituït pel general Baibars. Baibars va reviure l'imperi de Saladino unint Egipte i Síria i va mantenir Hulagu sota control a través d'una aliança amb els mongols de l'Horda Daurada. Va reformar el govern a Egipte, donant poder a l'elit. Els francs no tenien la capacitat militar per resistir aquesta nova amenaça. Una guarnició mongola estava estacionada a Antioquia, i els barons francs van concloure tregues separades amb Baibars. Estava decidit a conquerir els estats croats. Va capturar Cesarea i Arsuf el 1265 i Safed el 1266, i va saquejar Antioquia el 1268. Jaffa es va rendir i Baibers va debilitar les ordres militars capturant els castells de Krak des Chevaliers i Montfort abans de tornar la seva atenció als mongols de l'Ilkhanat per a la resta de la seva vida. Les massacres dels francs i els cristians nadius van seguir regularment una conquesta mameluca.