Escriu una continuació per a aquest paràgraf. La Flota Combinada va passar a estar sota el comandament directe del Quarter General Imperial el 1937. Amb l'inici de la Guerra del Pacífic amb l'atac a Pearl Harbor dut a terme per la Combined Fleet "Kido Butai" (1a Flota Aèria), la Flota Combinada es va convertir gairebé en sinònim de la Marina Imperial Japonesa, sota el comandament de l'almirall Isoroku Yamamoto fins a l'abril de 1943, quan va morir després que el seu avió fos abatut per les forces aèries dels Estats Units sobre l'illa de Bougainville. Comprenia els cuirassats, portaavions, avions i els components que formaven la principal força de combat de la IJN. Va ser mobilitzat per primera vegada en el seu conjunt per a la Batalla de Midway. Després de les devastadores pèrdues de portaavions a Midway i en la campanya de les Illes Salomó
, la marina va ser reorganitzada en un nombre de "flotes d'àrea" per al control operatiu local de diverses zones geogràfiques. La Flota Combinada després va evolucionar en una organització més administrativa.