Taffarel va debutar amb el Brasil el 7 de juliol de 1988 a la Copa d'Or del Bicentenari d'Austràlia, jugant els quatre partits i concedint dos gols quan el seu equip va guanyar el torneig. També va estar a la porteria de la Copa Amèrica de l'any següent.
, que també va guanyar Brasil (durant la seva carrera internacional de deu anys, va aparèixer en cinc edicions d'aquest últim torneig, guanyant el títol per segona vegada el 1997 i recollint medalles de finalistes el 1991 i el 1995). Als Jocs Olímpics d'estiu de 1988 a Seül, va guanyar una medalla de plata, salvant tres penals contra Alemanya Occidental a les semifinales del torneig: un en el temps reglamentari, i dos en l'èxit de Brasil. També va ser membre de l'equip brasilèr que va participar a la Copa del Món de la FIFA de 1990 a Itàlia, on el Brasil va ser eliminat en la ronda de 16 després d'una derrota de 1 a 0 davant dels rivals i campions defensors d'Argentina, amb Taffarel admès només dos gols en total durant tot el torneig.