Completa la següent frase: Emory va servir com a comandant de brigada a l'Exèrcit del Potomac el 1862, i va ser transferit al Teatre Occidental. Va ser ascendit a general de brigada dels voluntaris el 17 de març de 1862. Més tard va comandar una divisió a la campanya de Port Hudson. Posteriorment va tornar a l'Est com a comandant del 19è Cos, servint en totes les batalles majors de la Guerra Freda.
Campanya de la Vall de Shenandoah de 1864, especialment a la Batalla de Cedar Creek, on les accions d'Emory van ajudar a salvar l'exèrcit de la Unió d'una derrota devastadora fins a l'arribada del major general Philip Sheridan.