Les costoses guerres contra Venècia i l'impacte devastador de la Peste Negra van reduir en gran manera la força de la marina genovesa. L'ascens d'estats-nació més grans també va minar la capacitat de la ciutat-estat relativament petita per competir militarment. Gènova (amb el suport francès) va llançar una croada
contra Tunísia el 1390, amb la intenció de protegir les colònies comercials genoveses dels pirates musulmans. Durant la guerra, la marina genovesa va proporcionar vaixells mentre els cavallers francesos van assetjar la fortalesa de Mahdi. La guerra va ser un èxit per a les forces cristianes, però també va donar lloc a l'adquisició d'influència política francesa a Gènova, que va ser pressionada per declarar-se un feudat francès el 1396. La marina genovesa va ser posada sota control francès, i el 7 d'octubre de 1403 va ser derrotada decisivament per Venècia a la Batalla de Modon després que la flota genovesa ataqués les colònies comercials venecianes. La República va obtenir la independència de França el 1409, però el prestigi dels militars havia estat greument danyat i la ciutat va romandre com una conquesta política desitjada tant per a França com per a Aragó. El 1435 una flota genovesa va ser enviada a petició de Milà a la ciutat de Gaeta, que va ser assetjada per Aragó. En aquell moment, el duc de Milà i el rei d'Aragó estaven lluitant per controlar el Regne de Sicília. La flota genovesa va arribar a Gaeta i va derrotar la flota aragonesa superior en nombre a la Batalla de Ponza. El vaixell insignia aragonès va ser forçat a rendir-se i el rei Alfons V d'Aragó va ser capturat. Malgrat aquest revés, Aragó va prevaler en el conflicte i Sicília va passar sota el control aragonès, fent difícil el pas a través de l'estret de Messina i interrompent encara més les activitats navals genoveses.