Escriu una continuació per a aquest paràgraf - La guerra va acabar
el maig de 1945 amb els dos terços occidentals d'Alemanya dividits en quatre zones d'ocupació militar. Baviera estava ocupada per l'exèrcit dels Estats Units. El 1946, Johannes Müller va enfrontar una forma de judici davant el Comissari de Baviera sobre persecució racial, religiosa i política. A causa de la seva "Eulogising of Hitler in speech and writing" ("Verherrlichung von Hitler in Wort und Schrift") Müller, ara amb més de 80 anys, va ser "convictat" com a criminal de guerra seriós ("com a "Hauptschuldiger""). El veredicte va ser controvertit perquè Müller mai havia estat membre del Partit Nazi i no havia estat militarment involucrat, el que semblava significar que no hi havia base legal per a la condemna. Una sol·licitud relacionada per a la confiscació de Schloss Elmau va fracassar, inicialment perquè Elsa, comtessa de Waldersee, que encara era part propietària, es va negar a vendre la seva part. Müller es va negar a defensar-se davant el comissari, però l'expropiació permanent de Schloss Elmau no es va dur a terme. Müller va acceptar obertament que s'havia equivocat en la seva avaluació d'Hitler i es va distanciar del nacionalsocialisme, però en altres aspectes es va mantenir al seu "ensenyament".