Es diu que el khanat va ser fundat el 1466 però no es va separar completament de l'Horda d'Or fins al final de l'Horda el 1502. El 1459 el governant de l'Horda d'Or Küchük Muhammad va morir i el poder es va dividir entre els seus fills Ahmed Khan bin Küchük, l'home que va perdre Rússia el 1480, i Mahmud bin Küchük que estava basat al voltant d'Astrakhan. El khanat va ser fundat ja sigui per Mahmud o pel seu fill Qasim I. Els khans d'Astrakhan eren tots descendents de Mahmud o del seu germà Ahmed. Va ser visitada per Ambrogio Contarini el 1476. Howorth (només) diu que va ser assetjada per Ahmed i Ibak Khan algun temps abans de 1480. La Wikipèdia russa (només) diu que va ser assetjada pel germà d'Ibak i els Nogais el 1492. Va ser ocupada per dues vegades per Crimea (Mehmed I Giray el 1523 i Sahib I Giray el 1549). El khanat tradicionalment tenia relacions militars i diplomàtiques amb Crimea, els nogais i de vegades els cirquesos. El contacte diplomàtic amb Moscou va començar el 1532 o abans. Al voltant d'aquest temps Moscou s'estava expandint cap a l'est cap a Kazan, que va conquerir el 1552. També estava guanyant el poder d'exercir força pel Volga entre Kazan i Astrakhan, una cosa que no s'explica en les fonts. El 1551 Yamghurchi d'Astrakhan es va sotmetre nominalment a Moscou. Aviat va canviar de costat i es va aliar amb Crimea i els Nogais. Rússia va enviar 30.000 soldats contra ell. El 1554 va fugir de la ciutat i Rússia va imposar al seu client el dervix Ali Astrakhani que aviat va començar a intrigar amb els crimeans. Rússia va enviar més tropes i va ocupar Astrakhan el 1556, procedint a destruir el mercat d'esclaus més gran del Volga. El 1558 Astrakhan va ser traslladat 12 km al sud a la seva ubicació actual. El 1569 els otomans no van poder
per recuperar Astrakhan per a l'Islam.