Després de Fort Donelson, el 41 Illinois va ser assignat a la 1a Brigada en la 4a Divisió de Stephen A. Hurlbut de l'Exèrcit del Tennessee. Poc després que comencessin els combats a la Batalla de Shiloh
, el comandant de la 1a Brigada, el coronel Nelson G. Williams, va ser ferit greument i el comandament de la brigada va ser lliurat a Pugh. El coronel Pugh va liderar amb habilitat la brigada durant els dos dies de lluita a Shiloh a les proximitats de "Bloody Pond".