Escriu una continuació d'aquest paràgraf - El 1991, Barghouti va ser delegat a la Conferència de Madrid
, que es va celebrar amb l'objectiu de posar fi al conflicte israelià-palestí i a la Primera Intifada. El 1996, es va presentar sense èxit com a candidat a un seient legislatiu a les primeres eleccions de l'Autoritat Palestina. El 2002 Barghouti va deixar el Partit Popular Palestí. El juny de 2002, Barghouti, Haidar Abdel-Shafi, Ibrahim Dakkak i Edward Said van establir la Iniciativa Nacional Palestina ("al-Mubadara al-Wataniyya al-Filistiniyya"), un intent de construir una alternativa reformista i inclusiva tant a l'Organització de Llibertat de Palestina com a grups militants islàmics com Hamas. Barghouti actua com a secretari general de la Iniciativa.