El Palau de la Ribeira de Lisboa, un palau reial construït a principis del segle XVI en estil manuelí pel rei Manuel I, va ser remodelat cap a finals del segle XVI per ordres de Felip I (Filip II d'Espanya). En aquesta època la façana del palau va ser modernitzada i es va construir una gran torre d'estil renaixentista amb una cúpula al costat del riu Tajo. El palau i la seva torre destacada van dominar el paisatge urbà de Lisboa fins a 1755, quan el Gran terratrèmol de Lisboa
la va destruir. Amb el palau reial destruït, potser el palau més important del Renaixement tardà a Portugal és el Palau Ducal de Vila Viçosa, construït entre finals del segle XVI i principis del segle XVII per als ducs de Bragança.