Per al 2006, Super Aguri va prendre Montagny com a tercer pilot; no obstant això, va ser promogut a pilot de carreres complet al maig després que es anunciés que Yuji Ide havia de tornar a les proves; Ide va ser degradat a petició de l'òrgan de govern que el considerava insuficientment experimentat per a la Fórmula 1. Montagny va competir en el seu primer Gran Premi, el Gran Premi d'Europa de 2006.
El 7 de maig, va classificar darrer i es va retirar amb un problema hidràulic. No va acabar la seva segona cursa del Gran Premi d'Espanya 2006: després d'un gran començament, que li va permetre guanyar 3 posicions, es va retirar a la volta 10 amb una falla mecànica. Va ser la tercera vegada que va tenir sort al Gran Premi de Mònaco, quan va acabar la cursa de 78 voltes en el lloc 16, tres voltes darrere del líder.