A finals del segle XIII, Palestina i Síria es van convertir en el front principal contra l'Imperi mongol en ràpida expansió, el qual va arribar a Palestina per primera vegada el 1260, començant amb les incursions mongols a Palestina sota el general cristià nestorià Kitbuqa. El líder mongol Hulagu Khan va enviar un missatge a Lluís IX de França que Jerusalem havia estat remesa als cristians sota l'Aliança Franco-Mongol; no obstant això, poc després va haver de tornar a Mongòlia després de la mort de Mongke, deixant Kitbuqa i un exèrcit reduït. Kitbuqa després va lluitar contra els mamelucs sota Baibars en la crucial Batalla d'Ain Jalut
a la vall de Jezreel. La victòria decisiva dels mamelucs a Palestina és vista com una de les batalles més significatives de la història mundial, establint una marca d'alta mar per a les conquestes mongols. No obstant això, els mongols van ser capaços d'enfrontar-se a algunes breus incursions més el 1300 sota Ghazan i Mulay, arribant fins a Gaza. Jerusalem va ser ocupada pels mongols durant quatre mesos (veure Novena Croada).