Mentrestant, l'alt comandament japonès havia activat el seu pla per defensar les Filipines amb la Flota Combinada. Els vaixells de guerra japonesos es van organitzar en quatre grups. La força del nord es va construir al voltant dels portaavions restants de la Flota Combinada, ara privats dels seus avions de guerra, i havia d'esperar com un engany al nord de Luzon. El Japó esperava atraure la Força de Treball de Portaavions Ràpids dels Estats Units a un punt prou lluny del golf de Leyte perquè estigués fora d'acció mentre que les altres tres forces de l'Emperador, compostes de vaixells de guerra de superfície, aniquilien la nau nord-americana que donava suport al cap de platja del major general Douglas MacArthur a Leyte. Així, esperaven atrapar els invasors americans a Leyte.
com els soldats de MacArthur havien estat atrapats a Bataan uns tres anys abans. La més poderosa d'aquestes forces de superfície havia de creuar el mar de Sibuyan, transitar per l'estret de San Bernardino i baixar sobre el golf de Leyte des del nord. Els altres dos havien d'emergir de l'estret de Surigao i atacar els invasors al golf de Leyte des del sud.