La flota de Villeneuve es va sotmetre a reparacions a Cádiz, coberta per un bloqueig de vaixells de guerra britànics, inicialment comandat pel contraalmirall Cuthbert Collingwood, i des del 27 de setembre pel vicealmirall Nelson, que havia arribat d'Anglaterra per prendre el comandament. Va passar les setmanes següents preparant i refinant les seves tàctiques per a la batalla anticipada i dinant amb els seus capitans per assegurar-se que entenguessin les seves intencions. Nelson havia ideat un pla d'atac que anticipava que la flota aliada es formaria en una línia de batalla tradicional. Basant-se en la seva pròpia experiència del Nil i Copenhaguen, i els exemples de Duncan a Camperdown i Rodney a les Saintes
, Nelson va decidir dividir la seva flota en esquadrons en lloc de formar-la en una línia similar paral·lela a l'enemic. Aquests esquadrons, llavors, tallaren la línia enemiga en diversos llocs, permetent que es desenvolupés una batalla de pell-mell en la qual els vaixells britànics podrien aclaparar i destruir parts de la formació dels seus oponents, abans que els vaixells enemics no involucrats poguessin venir a la seva ajuda.