La Guerra del Dagestan va començar el 7 d'agost de 1999, durant la qual la Brigada Internacional Islàmica (IIPB) va començar una incursió sense èxit a la veïna república russa del Dagestan en favor de la Shura del Dagestan que buscava la independència de Rússia. Al setembre, una sèrie de bombes d'apartaments
que va matar a prop de 300 persones en diverses ciutats russes, incloent Moscou, van ser atribuïts als separatistes txecenos. Alguns periodistes van qüestionar l'explicació oficial, en comptes d'acusar els Serveis Secrets russos de fer saltar els edificis per iniciar una nova campanya militar contra Txetxènia. En resposta als bombardejos, una prolongada campanya aèria de atacs de represàlia contra el règim d'Ichkerian i una ofensiva terrestre que va començar a l'octubre de 1999 va marcar l'inici de la Segona Guerra de Txetxènia. Molt millor organitzades i planificades que en la primera guerra de Txetxènia, les forces armades russes van prendre el control de la majoria de les regions. Les forces russes van utilitzar la força brutal, matant a 60 civils txecenos durant una operació de neteja a Aldy, Txetxènia, el 5 de febrer de 2000. Després de la recaptura de Grozni el febrer de 2000, el règim d'Ixkeria es va desintegrar.