Les seqüències de les cadenes d'ADN que formen una estructura objectiu es dissenyen computacionalment, utilitzant programari de modelatge molecular i modelatge termodinàmic. Els àcids nucleics mateixos són llavors sintetitzats utilitzant mètodes estàndards de síntesi d'oligonucleòtids, normalment automatitzats en un sintetitzador d'oligonucleòtids, i les cadenes de seqüències personalitzades estan comercialment disponibles. Les cadenes es poden purificar desnaturalitzant l'electroforesi en gel si és necessari, i les concentracions precises determinades a través de qualsevol dels diversos mètodes d'absorció quàntica d'àcids nucleics utilitzant l'espectroscòpia d'absorció ultravioleta. Les estructures d'objectiu completament formades es poden verificar utilitzant l'electroforesi en gel natiu, que dóna informació sobre la mida i la forma dels àcids nucleics complexos.
si una estructura incorpora tots els fils desitjats