En 1943, el govern d'ocupació japonès va formar els Defensors de l'Exèrcit de la Pàtria, una força auxiliar formada per indonesians que va ser dissenyada per ajudar als japonesos en cas que els aliats vinguessin a envair Indonèsia. Com molts dels seus contemporanis militars, Panggabean es va unir. En el cas de Panggabean, però, sembla que només va aconseguir passar per l'escola militar i l'entrenament bàsic abans que els japonesos es rendissin.
i els líders nacionalistes Sukarno i Mohammad Hatta van proclamar la independència d'Indonèsia.