Després de la seva llibertat, Bohne va organitzar un grup d'atletes comunistes a partir de 1939 i es va unir al Grup Bästlein-Jacob-Abshagen, un grup de resistència antinazi, el 1941. Va ser detingut i empresonat de nou el 1942, però va aconseguir escapar després del bombardeig d'Hamburg.
al juliol de 1943. El 5 de gener de 1944, tres oficials de la Gestapo van intentar arrestar Bohne a Hamburg; quan va intentar defensar-se, va ser assassinat.