Els japonesos van entrar a la guerra al desembre de 1941 i mentre avançaven cap al sud cap a Papua, el 49è es va trobar sota atac aeri. Durant la campanya de Kokoda Track
, es va fer un intent de volar elements del batalló a Kokoda per donar suport al 39è Batalló durant la Batalla de Kokoda, però això va resultar infructuós. Més tard, les tropes del 49è Batalló es van unir a la Honner Force, una unitat ad hoc encarregada de realitzar patrulles de llarg abast al llarg del riu Goldie per evitar que els japonesos tallessin la pista, mentre que la resta del batalló va establir patrulles permanents entre els rius Goldie i Laloki. Tot i que no es va fer contacte amb els japonesos, el paper de combat va ajudar a millorar les perspectives dels soldats i la moral va millorar. Al llarg dels mesos anteriors, la força del batalló havia augmentat i al setembre de 1942 tenia una força de 37 oficials i 818 altres rangs, incloent un projecte de 12 oficials que havien estat enviats des de les unitats experimentades de la Segona Força Imperial Australiana a l'agost. El batalló va continuar expandint-se durant els mesos d'octubre i novembre, moment en què més de la meitat del seu personal s'havia voluntariat per transferir-se a l'AIF. Les oportunitats d'entrenament van romandre limitades, tot i que es van fer preparatius per enviar la unitat a la batalla. Al voltant d'aquest temps, la companyia de metralladores del batalló va ser destacada i, en conjunció amb diverses altres companyies de metralladores de la milícia, es va utilitzar per formar el 7è Batalló de Metralladores.