Completa la següent frase: Stewart va ser nomenat general de brigada el 8 de novembre i assignat a comandar la 2a Brigada, 2a Divisió, Districte de Columbus, del Departament Confederat No. Dos (el precursor del Departament de Tennessee), sota Leonidas Polk. Stewart va ocupar aquesta posició des del 16 de novembre fins al desembre, quan la seva brigada va ser transferida a la Primera Divisió Geogràfica del Departament, fins al febrer de 1862. La seva brigada va ser retornada a l'oest de Kentucky, afegint-se breument a la divisió de John P. McCown, liderant les defenses de la ciutat a la Batalla de New Madrid abans que McCown ordenés que fos evacuada i es retirés pel riu Mississipí. L'1 d'abril, els homes de Stewart es van unir a la divisió de Charles Clark, en el cos de Leonidas Polk, de l'Exèrcit de Mississipí d'Albert Sidney Johnston, just a temps per a l'arribada de l'exèrcit.
Batalla de Shiloh. Allà, Stewart va liderar la seva brigada en els atacs del primer dia a la zona del "Nest de la Formiga" al centre de la línia de la Unió.