En 1916, després de l'entrada de Romania a la Primera Guerra Mundial, Rainer va tornar a Bucarest i es va unir a Marta, sent cridat al servei mèdic com a coronel. Durant la contraofensiva de 1916, els Rainers van establir cambres d'operacions en els hospitals que s'havien omplert de ferits de la Batalla de Turtucaia.
i l'atac del zepelín a Bucarest. Més tard, durant l'ocupació de Bucarest per les Potències Centrals, Francisc Rainer va establir hospitals temporals a les escoles. Va continuar ensenyar sota l'administració alemanya, de manera que els seus estudiants no faltessin un any, però també estava obligat a ensenyar cursos separats per a estudiants alemanys. Va aconseguir evitar que les autoritats d'ocupació requisitessin les possessions de la facultat. Vist com a sospitosos polítics, els Rainers van ser seleccionats per a l'internament a Bulgària, però es van estalviar per la intervenció de Minovici en el seu nom. Marta Rainer, que va dirigir hospitals de guerra, va organitzar equips de cirurgians per ajudar a fer front a la crisi humanitària, i va operar sense parar durant l'hivern extremadament fred de 1917-1918.