El Convent de la Mare de Déu, o Monestir Reial d'Enxobregas, va ser fundat el 1509 per iniciativa de la reina D. Leonor, esposa de D. João II. Hi va haver diverses reformes i restauracions realitzades a l'edifici durant el regnat de D. João III, D. Pedro II, D. João V. El temple va ser parcialment destruït pel terratrèmol de 1755
- No. L'església va ser tancada al culte el 1868 amb la intenció de transformar el temple en un museu. Només en 1957-1958 es van dur a terme les obres per realitzar aquest projecte amb motiu del 500 aniversari del naixement de la reina Leonor. El Museu va ser fundat el 1965, i el primer director va ser Santos Simões.