Després de la mort de Gussie Busch el 1989, la cervesera va prendre el control i va contractar Joe Torre per dirigir a finals del 1990, després va vendre l'equip a un grup d'inversió dirigit per William DeWitt, Jr. el 1996. Tony La Russa va substituir Torre a la primavera de 1996. El 1998, Mark McGwire va competir amb Sammy Sosa dels Cubs per a un bombardeig d'home runs en la seva recerca del rècord de home run d'una sola temporada. De 2000 a 2013, els Cardinals van restablir el seu camí cap a la part superior amb deu aparicions en els playoffs, quatre banderins de la NL, dos títols de la Sèrie Mundial i 1.274 victòries de temporada regular contra 993 derrotes per un percentatge de victòries de.560, liderant la Lliga Nacional i segon en MLB només als New York Yankees. Amb l'addició de Jim Edmonds, Albert Pujols, i Scott Rolen, els Cardinals van presentar tres prominent sluggers i defensors sobrenomenats "MV3;" Pujols va guanyar tres MVPs i va colpejar.328 amb 445 home runs en la seva carrera als Cardinals. El 2004, l'establerta dels playoffs, Chris Carpenter, amb 3.09 ERA i 15 victòries, va ajudar a l'equip a aconseguir un record de 105 victòries i a guanyar el pennant de la NL.
- No. El 2006, amb lesions i incoherències, van guanyar la World Series, derrotant Detroit en cinc partits per establir un rècord de 83 victòries per a un guanyador de la World Series.