Escriu una continuació per a aquest paràgraf - La facultat es va dividir en parts txeques i alemanyes el 1882, i la Facultat de Ciències Naturals es va convertir en una institució separada entre 1920-1939. El 1939, l'escola va ser tancada per les forces d'ocupació de l'Alemanya nazi, i va seguir una persecució brutal dels professors i estudiants. Després del final de l'ocupació el 1945, la Facultat d'Arts va florir de nou durant uns quants anys; això va ser acabat forçosament el 1948 pel cop comunista el 1948. El prestigi de la facultat va disminuir ràpidament com a resultat de la sortida forçada de nombrosos professors respectats i la introducció d'estudis marxistes-leninistes. En la dècada de 1960, la facultat va començar a obrir-se lentament a pensadors destacats de l'època, però aquesta tendència va ser invertida per l'ocupació soviètica el 1968.
, contra la qual Jan Palach, un estudiant de la facultat, va protestar prendent foc a si mateix. Després del final del règim comunista a Txecoslovàquia el 1989, i la sortida dels seus representants en la facultat, es va restablir com una de les institucions universitàries més respectades del país.