Seguint un patró que no era infreqüent entre els intel·lectuals d'Amèrica Llatina de classes altes i mitjanes d'aquella època, Morote va abraçar primer la religió (convertint-se en el pastor d'una església cristiana evangèlica) i més tard el comunisme. Al començament del seu mandat com a rector, Morote va reclutar a Abimael Guzmán com a professor de filosofia a la universitat. Guzmán es va convertir en el líder d'un grup terrorista, el Sendero Luminoso, que va intentar provocar un aixecament pro-comunista al Perú inspirat en la revolució de Mao Zedong a la Xina. El Sendero Luminós va iniciar un conflicte de 13 anys.
tant amb el govern peruà com amb militants rivals d'esquerres. Osmán Morote Barrionuevo, un dels fills d'Efraín Morote, es va convertir en el segon al comandament del Sendero Luminoso. Els altres dos fills d'Efraín Morote també es van convertir en membres del Sendero Luminoso.