Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Prkačin va ser membre de l'equip nacional croata sub-22 de juniors. El seu debut en un gran torneig amb la selecció nacional croata senior va ser a l'EuroBasket de 1997. Després d'això, va jugar amb Croàcia en els següents grans tornejos de la FIBA: l'EuroBasket de 1999, l'EuroBasket de 2001, l'EuroBasket de 2003, l'EuroBasket de 2005 i l'EuroBasket de 2007. També va representar Croàcia als Jocs Olímpics d'estiu de 2008.
i l'EuroBasket 2009. Prkačin va ser capità de l'equip de Croàcia dues vegades.