Com a entrenador, Deschamps va començar la seva carrera amb el Mònaco, i va ajudar al club a guanyar la Copa de la Lliga el 2003, i va arribar a la final de la Lliga de Campions de la UEFA el 2004, sent nomenat entrenador de l'any de la Lliga 1 el 2004. Durant la temporada 2006-07, va ajudar al seu antic club Juventus a guanyar el títol de la Serie B i tornar a la Serie A després de la seva relegada a causa de la seva implicació en l'escàndol Calciopoli de la temporada anterior. Posteriorment, va dirigir un altre dels seus antics clubs, el Marsella, on va guanyar el títol de Lliga 1 durant la temporada 2009-10, així com tres títols consecutius de la Copa de la Lliga entre 2010 i 2012, i tres títols consecutius de Trophée des Champions el 2010.
i el 2011.