L'exèrcit mexicà va deslocar els monjos que vivien aquí durant la guerra mexicano-americana per tal de defensar la ciutat de Mèxic de l'exèrcit invasor dels Estats Units. Els mexicans van fortificar l'edifici, que va incloure la construcció del parapet. En aquell moment, el complex estava molt fora dels límits de la ciutat. El 20 d'agost de 1847, Batalla de Churubusco
es va lluitar. Quan els mexicans es van quedar sense municions, la batalla es va convertir en combat manual. Quan els mexicans van ser derrotats, el general David Twiggs va demanar al general Pedro María de Anaya que li lliurés les seves municions. La resposta d'Anaya és: "Si hi hagués algun, no estaries aquí". Aquesta també va ser l'última posició del Batalló de Saint Patrick, un regiment de desertors irlandesos de l'exèrcit dels Estats Units. Una placa en honor d'ells es col·loca a l'entrada principal. El 1869, el president Benito Juárez va declarar el lloc com a monument nacional en honor a la batalla, que va ser reafirmat el 1933. No obstant això, això no el va convertir en un museu. Des de 1876 fins a 1914, va servir com a hospital militar, especialitzat en malalties contagioses. En la dècada de 1920, va ser una escola d'art, i de 1920 a 1960 va ser un dipòsit. En els anys 1960 i 1970, aquest edifici era conegut extraoficialment com el Museu del Transport, ja que hi havia un gran nombre de vehicles vells emmagatzemats. Aquesta col·lecció va ser enviada a Zacatecas el 1985.