El seu pare, també anomenat Isaac Newton, havia mort tres mesos abans. Nascut prematurament, Newton era un nen petit; la seva mare Hannah Ayscoughly va informar que ell podria haver encaixat dins d'una tassa de quart. Quan Newton tenia tres anys, la seva mare es va tornar a casar i va anar a viure amb el seu nou marit, el reverend Barnabas Smith, deixant el seu fill en la cura de la seva mare materna, Margery Ayscough. El seu pare no li agradava i va mantenir certa enemistat cap a la seva mare per casar-se amb ell, es va revelar com un estudiant de Woolsthorpe Manor a Woolsthorpe-by-Colsterworth, un poble del comtat de Lincolnshire. El seu pare, també anomenat Isaac Newton, havia mort tres mesos abans.
va convèncer la seva mare per enviar-lo de nou a l'escola