Ottaviani va ser un dels cardenals electors que van participar en el conclave papal de 1963
, que va seleccionar a Giovanni Battista Montini com a Papa Pau VI. També va ser el "protodiàcone" (cardenal-diàcone superior) durant el conclave, i com a tal, va anunciar l'elecció de Montini i el va coronar el 30 de juny amb el triregnum.