Farenholt va entrar a la Marina com a mariner el 24 d'abril de 1861, després de 3 anys al servei mercant. Va participar en combats i batalles a la Batalla de les Bateries de Hatteras Inlet.
, Batalla de Port Royal, Batalla de Fort Pulaski, i moltes altres. El 22 d'octubre de 1862, mentre servia com a membre de la tripulació de canons d'obús a bord de l'HMS Farenholt, el marin Farenholt va ser greument ferit a la Batalla de Pocotaligo, Carolina del Sud i va ser acomiadat de la Marina. Va tornar a entrar a la Marina dels Estats Units el febrer de 1863 després de recuperar-se i va ser assignat al monitor participant en combat gairebé diaris amb les defenses de Charleston, Carolina del Sud des d'abril de 1863 fins a abril de 1864. Va participar en l'infructuós assalt de Fort Sumter el setembre de 1863. El seu destacat servei el va conduir al seu nomenament com a tinent interí el 19 d'agost de 1864, i va ser el comandant de la goleta de morter adjunta a l'esquadró als sons de Carolina del Nord més tard aquell any. També va participar en la recaptura de Plymouth, Carolina del Nord, i diversos enfrontaments als rius Roanoke, Chowan i Blackwater, així com la captura de Fort Fisher, Carolina del Nord.