En juny de 1945 Jones va ser ascendit a Capità RNR i enviat al Comandament del Sud-est asiàtic sota l'Almirall Mountbatten. Va ser nomenat oficial de transport marítim divisional de les Índies Orientals Neerlandeses, amb seu a Java, Batavia. La guerra a Àsia havia acabat a l'agost de 1945 amb la capitulació japonesa.
Però encara havien d'ocupar-se del transport de retorn de tropes i subministraments, així com el trasllat dels presoners de guerra civils i militars fora dels camps japonesos.