En els primers dies de l'Islam, segons fonts islàmics, una tribu jueva d'Aràbia (veure Banu Qurayza) va ser acusada d'haver trencat el tractat de pau amb els primers musulmans, resultant en l'execució de més de 700 jueus. Moltes de les dones supervivents van ser posteriorment preses pels soldats musulmans; una d'aquestes, Safiyya bint Huyayy, el marit de Kenana ibn al-Rabi també havia estat mort, va ser presa per Mahoma com a esposa. Hi va haver persecucions notables de jueus com la massacre de Fez el 1033, la massacre de Granada el 1066 i el saqueig de Safed el 1834. A finals del segle XIX, el moviment sionista va intentar restablir una pàtria jueva a l'històric Israel, dins del territori històric de Palestina, també conegut com a Sion, també conegut com a Terra Santa. Això va crear tensions entre els jueus palestins i els àrabs palestins, el que va conduir, a partir de 1947, a una guerra civil i el posterior èxode de molts àrabs palestins i molts jueus dels països musulmans. El 1948, l'estat d'Israel va ser declarat, i poc després de la seva declaració d'independència, els estats àrabs van declarar la guerra
a Israel, i els israelites van ser els vencedors. Després de la guerra àrab-israeliana de 1948, es van lluitar dotze guerres més entre els estats àrabs i Israel. El conflicte àrab-israelià ha debilitat greument les relacions islàmica-judía.