Facchetti va passar tota la seva carrera professional a l'Inter, més tard capità l'equip, després d'Armando Picchi, Mario Corso i Sandro Mazzola, durant la seva última temporada amb el club, entre 1977 i 1978. Amb el seu club, Facchetti va guanyar quatre escudets el 1963, 1965, 1966 i 1971; una Copa d'Itàlia el 1978; dues Copas d'Europa el 1964 i el 1965; i dues Copas Intercontinents el 1964
i el 1965. A causa de les seves actuacions per a l'Inter, Facchetti també va perdre per poc l'oportunitat de convertir-se en el primer defensor en guanyar el Ballon d'Or, ocupant el segon lloc el 1965, després de perdre per poc una temporada de tres victòries amb l'Inter aquell any; l'Inter va guanyar la Serie A i la Copa d'Europa, però van ser derrotats en la final de la Copa d'Itàlia de 1965 per la Juventus. Els 59 gols de Facchetti a la Serie A el converteixen en el defensor més prolífic de la història de la lliga italiana.