En 1863, el nou regiment va lluitar a la Batalla del Gran Golf.
, la Batalla de Champion Hill, la Batalla del Pont del Gran Riu Negre, i el setge de Vicksburg, on el regiment va ser capturat com a part d'una rendició confederada. Els homes del regiment es van sotmetre a un intercanvi de presoners i van tornar a unir-se a l'exèrcit confederat, encara sota la designació del 1r i 4r Regiment d'Infanteria de Missouri (Consolidat). El 1864, el regiment va participar a la Batalla de l'Església de Nova Esperança, la Batalla de la Muntanya Kennesaw, el setge d'Atlanta, la Batalla d'Allatoona i la Batalla de Franklin. El 9 de maig de 1865, prop del final de la guerra, el 1r i el 4r de Missouri Infantry (Consolidated) es van rendir a la Batalla de Fort Blakely, posant fi a l'existència de la unitat.