A més de la colonització espanyola, les Filipines també han patit en la història més recent de la colonització nord-americana que encara persisteix fins avui. El 10 de desembre de 1898, Espanya va cedir les Filipines als Estats Units a través del Tractat de París. Això va començar un llarg període de colonització nord-americana, que va jugar un paper enorme en l'arqueologia filipina, ja que va permetre als antropòlegs nord-americans explorar vastos llocs arqueològics amb evidències profundes de l'ocupació i l'evolució humana. Més tard, arqueòlegs com H. Otley Beyer van ser capaços de posar les Filipines en el registre arqueològic a través d'esdeveniments com l'Exposició Mundial de St. Louis de 1904
, que va iniciar el desenvolupament de l'arqueologia a les Filipines.