En 1996, Johnson va tornar a Baltimore com a manager dels Orioles amb un contracte de tres anys i 2,25 milions de dòlars. Els Orioles havien anat 71-73 l'any anterior, però l'equip tenia un talent prometedor per anar amb els futurs membres del Saló de la Fam Cal Ripken, Jr., Mike Mussina, Eddie Murray i Roberto Alomar. L'equip va fer 88-74, acabant quatre partits darrere dels New York Yankees a l'AL East, però va ser prou bo per a la Wild Card per tres partits. Va ser el primer viatge dels Orioles a la postemporada des de la victòria a la World Series de 1983. Els Orioles es van enfrontar als Indians de Cleveland a la Divisió, el campió defensor de la Lliga Americana que havia guanyat 99 partits, el millor de les majors d'aquella temporada. Els Orioles van guanyar els dos primers partits abans que Cleveland forçés un quart partit amb una victòria, i estaven a un inning de forçar un altre abans que els Orioles es recuperessin amb un RBI de Alomar de dos sortides, i els va donar el lideratge al 12è en un home run que va portar Baltimore a la Serie del Campionat.
contra els New York Yankees. Els Orioles lideraven el partit 1 amb 4-3 en la setena entrada abans que una pilota de Derek Jeter fos atrapada il·legalment per la cerca pel fan Jeffrey Maier sobre les mans de Tony Tarasco que va empatar el partit. Els Yankees van guanyar el partit a la onzena entrada, i mentre que els Orioles es van recuperar per guanyar el partit 2, els Yankees van guanyar els tres següents; el partit 3 va veure un lideratge de les Orioles a la vuitena entrada que va convertir un lideratge de 2-1 en una derrota de 5-2, mentre que els Yankees van marcar tres carreres a la vuitena en el partit 4 per obrir una decisió de 8-4, mentre que el partit 5 va veure als Yankees marcar totes les carreres que necessitaven a la tercera entrada per a una victòria decisiva de 6-4.