Després de la caiguda de les Filipines, la divisió va començar l'entrenament per a l'atac al mateix Japó, però la rendició
va venir primer. La divisió es va traslladar al Japó on va ocupar l'illa de Honshū durant uns mesos. La 41a Divisió d'Infanteria va ser inactivada a Kure-Hiro, Japó el 31 de desembre de 1945.