Per por a la amenaça de l'Imperi Japonès durant la Segona Guerra Mundial, els Estats Units, llavors neutrals, van començar a fortificar Dutch Harbor el 1940, el que va resultar en la construcció de la Base Operativa Naval de Dutch Harbor i Fort Mears que va ser completada per complet el setembre de 1941, tres mesos abans de l'atac sorpresa a Pearl Harbor que va causar que els Estats Units entressin a la guerra. El 3 de juny de 1942, la ciutat va ser atacada per les forces aèries japoneses en la Batalla de Dutch Harbor
, part de la Campanya de les Illes Aleutianes. Després de l'atac i l'ocupació japonesa de Kiska i Attu, gairebé tots els residents natius de l'illa Amaknak van ser evacuats. Molts van ser detinguts, en condicions dolentes, en camps al sud-est d'Alaska durant la guerra; un nombre substancial dels internats va morir durant la presó.