La ciutat va ser declarada capital nacional el 1852. Anteriorment, la capital va alternar entre les ciutats de León i Granada. El terratrèmol de Nicaragua de 1972
i anys de guerra civil en la dècada de 1980 va interrompre i atrofiar greument el creixement de Managua. No va ser fins a mitjan anys noranta que Managua va començar a veure un ressorgiment.