Phelps va servir a bord del "Bonita" i el "Jamestown" durant la Guerra Mexicano-Americana, donant suport naval a l'exèrcit de Winfield Scott durant el setge de Veracruz
- No. Gran part del seu temps també es va passar patrullant la costa mexicana en servei de bloqueig. En poc temps, Phelps ja havia desenvolupat fortes opinions sobre com s'hauria de dur a terme la guerra, i no estava satisfet que la Marina prestés gran part del seu servei de protecció de vaixells mercants mentre els mariners s'afeblien per escorbut per falta de provisions.