El fill de l'ex jugador internacional gabonès Pierre Aubameyang, Pierre-Emerick va començar la seva carrera com a jugador del club italià A.C. Milan, però mai va aparèixer per al club, ja que va passar una sèrie de prestats a França. Es va traslladar a Saint-Étienne el 2011. Allà, va guanyar un títol de la Copa de la Lliga i es va unir al Borussia Dortmund el 2013. A Alemanya, Aubameyang va acabar com el màxim goleador de la lliga en la temporada 2016-17 i va guanyar una DFB-Pokal
- No. També és el sisè goleador més alt de tots els temps del club. El 2018, Aubameyang va ser objecte d'una transferència de futbol d'associació de rècord del club quan va signar per a l'Arsenal en un trasllat de 56 milions de lliures esterlines (60 milions d'euros), convertint-lo en el jugador gabonès més car de tots els temps. Amb l'Arsenal, va guanyar la FA Cup i va acabar com a golejador de la lliga en la temporada 2018-19.