Tot i que va néixer en una família anglicana, als trenta anys Newton tenia una fe cristiana que, si hagués estat feta pública, no hauria estat considerada ortodoxa pel cristianisme convencional; en temps recents ha estat descrit com un hereu. Cap al 1672 havia començat a registrar les seves investigacions teològiques en quaderns que no va mostrar a ningú i que només han estat examinats recentment. Demostren un extens coneixement dels escrits de l'església primerenca i mostren que en el conflicte entre Atanasi i Ari que va definir el Credo, va prendre el costat d'Ario, el perdedor, que va rebutjar la visió convencional de la Trinitat. Newton "va reconèixer Crist com un mediador diví entre Déu i l'home, que era subordinat al Pare que el va crear".
era un heretge