L'Imperi del Japó va envair Maluku a principis de 1942 com a part de la seva Campanya de les Índies Orientals Neerlandeses de la Segona Guerra Mundial, expulsant els neerlandesos de la regió. Halmahera es va convertir en el lloc d'una base naval japonesa a la badia de Kao. Dos anys més tard, les forces nord-americanes i els seus aliats van llançar la Batalla de Morotai.
el 1944, bombardejant l'illa a l'agost i envaint-la al setembre. Les forces imperialistes japoneses a Morotai van resistir fins a 1945, però no van poder expulsar els invasors aliats. A la darrera part de 1944, 61.000 persones van desembarcar a Morotai. Dos terços d'ells eren enginyers, que van establir ràpidament instal·lacions que incloïen ports i dues pistes d'aterratge, a més de grans botigues de combustible. La rendició formal del Segon Exèrcit japonès va tenir lloc a Morotai el 9 de setembre de 1945. L'últim japonès que va resistir a la guerra, el soldat Teruo Nakamura (Amis: Attun Palalin), va ser descobert per la Força Aèria Indonesiana a Morotai, i es va rendir a una patrulla de cerca el 18 de desembre de 1974.