Inicialment, el temple va ser fundat com un centre de meditació, després que Maechi Chandra i el recentment ordenat monjo Luang Por Dhammajayo ja no poguessin acomodar el creixent nombre de participants en activitats a Wat Paknam Bhasicharoen. El centre es va convertir en un temple oficial el 1977. El temple va créixer exponencialment durant la dècada de 1980, quan els programes del temple es van fer àmpliament coneguts entre la classe mitjana urbana. Wat Phra Dhammakaya va expandir la seva àrea i es va començar la construcció d'un enorme "stupa" (pagoda). Durant el període de la crisi financera asiàtica de 1997, el temple va ser objecte de crítiques generalitzades pels seus mètodes i ensenyances de recaptació de fons, ja que Luang Por Dhammajayo va ser acusat de malversació de diners i destituït del seu càrrec com a abat. El 2006, els càrrecs van ser retirats i va ser restaurat com a abat. El temple va créixer i es va fer famós pels seus molts projectes en educació, promoció de l'ètica i erudició. El temple també va ser acceptat com a part de la sangha tailandesa (comunitat monàstica). Durant la junta militar de 2014
, l'abat i el temple van ser posats sota escrutini de nou i Luang Por Dhammajayo va ser acusat de rebre diners robats d'un partidari i blanqueig de diners. El temple ha estat referit com l'única organització influent a Tailàndia que encara no ha estat sotmesa per la junta governant, que ha tancat la majoria de l'oposició des que va prendre el poder. Els processos judicials contra l'abat i el temple des de la dècada de 1990 han portat a molts debats sobre els procediments i el paper de l'estat cap a la religió, un debat que s'ha intensificat durant el tancament del temple per la junta el 2017. El 2017, el paradís de Luang Por Dhammajayo encara era desconegut, i el 2018, Phrakhru Sangharak Rangsarit va ser designat com l'abat oficial.