Completa la següent frase: Quan va començar la Guerra Civil Americana el 1861, Jones es va presentar com a voluntari per al servei a l'Exèrcit de la Unió. El 3 d'octubre va ser elegit capità del 53è Regiment d'Infanteria d'Ohio, i va veure l'acció com a tal durant la Batalla de Shiloh i el Setge de Corint. El 2 de maig de 1862, Jones es va convertir en coronel del 53r Ohio i el seu oficial al comandament. Va dirigir el seu regiment durant el setge de Vicksburg i a la batalla de Missionary Ridge, tots dos el 1863. Jones va veure més acció durant la campanya d'Atlanta de 1864, lluitant a Resaca, Dallas, Kennesaw Mountain i
A Atlanta. A l'agost, Jones va ser nomenat al comandament de la brigada quan el seu oficial superior, el general de brigada Joseph A. J. Lightburn va ser ferit i va renunciar al comandament per a la resta de la guerra. El coronel Jones ara va dirigir la 2a Brigada de la 2a Divisió de William B. Hazen del XV Cos a Jonesboro. Per coincidència, la 1a Brigada d'aquesta divisió també estava dirigida per un altre "Colonel Jones", Theodore Jones del 30è Ohio. Wells Jones va participar en la Marxa al Mar de 1864, i va ser ferit durant les operacions al voltant de Fort McAllister, Geòrgia, el 13 de desembre.