Després del seu retorn a Austràlia, al batalló se li va concedir un període de permís de 24 dies abans de reagrupar-se al març a Ravenshoe, Queensland, per començar els preparatius per a la següent fase de la guerra. El batalló va experimentar una alta rotació de personal, i quan va tornar a entrar en combat a mitjans de 1945, només quedaven 141 persones que s'havien desplegat a l'Orient Mitjà el 1940. Un nou comandant, el tinent coronel Noel Simpson, va arribar el maig de 1944, juntament amb un gran grup d'altres reforços, en substitució de molts homes que encara pateixen malària de la campanya anterior. Va seguir un llarg període d'entrenament, ja que hi havia un grau d'incertesa sobre el paper de l'Exèrcit australià en futures operacions al Pacífic després que l'exèrcit dels Estats Units assumís la responsabilitat principal de les operacions de combat en el teatre. No obstant això, en els últims mesos de la guerra, el 2/43 va participar en els esforços per recuperar Labuan.
i Borneo del Nord com a part de l'Operació Oboe Six.