Després de contraure la grip, Hanyu es va retirar dels campionats nacionals japonesos.
- No. Tot i això, va ser seleccionat per competir al Campionat dels Quatre Continents 2017 i al Campionat del Món 2017. Al Campionat de Quatre Continents de 2017, Hanyu va quedar tercer en el programa curt amb una puntuació de 97,04 punts, a causa d'un error en la seva combinació. Durant el patinatge lliure, malgrat un bon començament, va cometre un error en el que se suposava ser una combinació quadruple-triple. Hanyu va improvisar el seu disseny per a la segona meitat del programa, canviant amb èxit tres dels seus passos de salt en elements més difícils per maximitzar la seva puntuació després de l'error. Va quedar primer en el patinatge lliure amb una puntuació de 206,67, però en general va acabar segon darrere de Nathan Chen per aproximadament quatre punts.