Duterte va reprendre les converses de pau amb el Partit Comunista de les Filipines el 2016, però va cancel·lar totes les negociacions el febrer de 2017 després d'atacs i segrest de soldats per part de membres de l'ANP, declarant oficialment el PCP-ANP com a grup terrorista. Després de l'ocupació de Marawi per part del Grup Maute
Duterte ha declarat la llei marcial a tot Mindanao, que més tard va ser estesa per dos anys fins al 2019 en un intent d'assegurar l'ordre a l'illa. La Batalla de Marawi va durar cinc mesos, del 23 de maig al 17 d'octubre de 2017, el dia després de la mort dels líders militants Omar Maute i Isnilon Hapilon, amb Duterte declarant Marawi com "liberat de la influència terrorista".