Va viatjar a Hong Kong i va morir allà el 7 de desembre de 1899, d'un atac de cor. Les seves restes van ser enterrades a Hong Kong i el 1920 van ser exhumades i conservades a la casa d'Andrés Luna, per ser més tard transferides a un nínxol a la cripta de l'església de Sant Agustí a les Filipines. Cinc anys més tard, Juan seria reintegrat com a artista de renom mundial i "Peuple et Rois", la seva última gran obra, va ser aclamat com la millor entrada a la Fira Mundial de Saint Louis
a Saint Louis, Missouri. Algunes de les seves pintures van ser destruïdes per un incendi a la Segona Guerra Mundial.