Junípero Serra va dedicar vuit anys al projecte de construcció de les missions fins al 1770. Quan una sèrie d'esdeveniments històrics, inclosa l'expulsió dels jesuïtes, van forçar l'abandonament de les missions. Serra es va mudar a Califòrnia. Quan Serra va marxar, les missions van quedar en mans del clergat regular. Tant durant la Guerra d'Independència com durant la Revolució Mexicana
, les missions van ser saquejades i destruïdes. Les primeres obres de restauració de l'exterior de les esglésies de la missió es van iniciar en la dècada de 1980. Entre 1991 i 1997, es van realitzar obres d'interior en els altars, coros, òrgans i pintures. Un altre treball va ser patrocinat per l'estat entre 1997 i 2002. Els treballs realitzats en la dècada de 1990 també van incloure els de les places i monuments circumdants. L'esforç per inscriure les missions com a Patrimoni de la Humanitat va començar el 2000 i va tenir èxit el 2003, quan es va afegir durant la 27a reunió del Comitè del Patrimoni de la Humanitat.