Shelby American va treballar amb Ford per re-enginyeria el GT40 per a la temporada del '66, substituint el motor de 289 polzades cúbiques (4.7 L) amb més gran, més potent de Ford 427 cu. en. (7.0 L) motor. El Mk II GT40 va aconseguir un gran èxit, amb les victòries de Shelby American a Daytona, Sebring i Le Mans que van guanyar a Ford el Campionat Internacional de Fabricants el 1966. Els cotxes Shelby American van acabar primer (Miles & Ruby de nou) i segon (Gurney & Jerry Grant) a Daytona, primer a Sebring (Miles & Ruby), i primer (McLaren & Chris Amon) i segon (Miles & Denny Hulme) a Le Mans
- No. Gurney i Grant haurien acabat segons a Sebring, però el seu cotxe es va trencar en l'última volta i Gurney el va empènyer a través de la línia de meta, desqualificant-los automàticament.