Кенисберг был взят советскими войсками в ходе проведения Восточно-Прусской операции 9 апреля 1945 года. Это была вторая попытка овладеть Восточной Пруссией. В октябре 1944-го войска 3-го Белорусского фронта достигли лишь частичного успеха: разгромить немецкую группировку им тогда не удалось, хотя они достаточно далеко продвинулись. Через Восточную Пруссию СССР прорубал себе дорогу на Берлин. Советское командование учло ошибки первого похода, когда наступление велось сравнительно небольшим числом. Поэтому к операции в Восточной Пруссии весной 1945 года с советской стороны были подключены порядка 1,67 млн человек при 25,5 тыс. орудий, 3,85 тыс. танков и 3 тыс. самолетов. Им противостояли 780 тыс. немецких солдат и офицеров. Восточная Пруссия прикрывала подступы к центральным районам Германии и была первоклассно подготовлена к обороне. На ее территории нацисты возвели ряд совершенных в инженерном отношении укреплений, модернизировали старые крепости. На руку им играли особенности рельефа Восточной Пруссии — озера, реки, болота и каналы, развитая сеть железных и шоссейных дорог и крепкие каменные постройки. Тем не менее, войскам 3-го Белорусского фронта под командованием маршала Александра Василевского удалось окружить Кенигсберг и после четырехдневного штурма овладеть городом. Разгневанный потерей важнейшего форпоста Адольф Гитлер заочно приговорил коменданта крепости Отто Лаша к смертной казни — тот в 22 ч. 45 мин. 9 апреля 1945-го отдал приказ своим подчиненным о немедленном прекращении сопротивления. «Никак нельзя было предполагать, что такая крепость, как Кенигсберг, столь быстро падет, — констатировал Лаш на допросе. — Русское командование хорошо разработало и прекрасно осуществило эту операцию. Под Кенигсбергом мы потеряли всю 100-тысячную армию. Потеря Кенигсберга — это утрата крупнейшей крепости и немецкого оплота на Востоке». А командующий 11-й гвардейской армией 3-го Белорусского фронта Кузьма Галицкий отмечал в своих мемуарах: «С падением Кенигсберга очаг и форпост германского империализма на востоке — Восточная Пруссия — был ликвидирован. Отныне на исконно славянских землях, отвоеванных у захватчиков, развивается советская область». Безвозвратные потери СССР за период проведения Восточно-Прусской операции составили 126 646 человек, нацистской Германии — 105 538. Это было третье в истории вступление русских солдат в Кенигсберг: впервые город покорился им во время Семилетней войны при Елизавете Петровне в 1758 году, во второй раз — в ходе войны с Наполеоном при Александре I в 1813-м. А вот Николаю II взять Кенигсберг не удалось: Восточно-Прусская операция 1914 года завершилась разгромом 2-й армии и самоубийством ее командующего генерала Александра Самсонова. На основании решений Ялтинской и Потсдамской конференций с августа 1945 года примерно треть ликвидированной Восточной Пруссии отошла к советской стороне. СССР получил Кенигсберг и примыкающий к нему район площадью 15,1 тыс. км². Война нанесла колоссальный урон экономике края. Так, из 364 промышленных предприятий полностью были разрушены 186, а оставшиеся — сильно повреждены. Большинство административных и жилых зданий лежали в руинах. Не работали электростанции, транспорт, связь, водопровод, канализация. Значительная часть сельскохозяйственных угодий оказалась затопленной. Серьезной проблемой являлись неразорвавшиеся боеприпасы. После занятия Восточной Пруссии советскими войсками на территории будущей области власть принадлежала военным. Здесь дислоцировалась 11-я гвардейская армия, затем Особый военный округ. Почти год регион не был встроен в систему советских административно-политических отношений. Только 7 апреля 1946 года вышел указ Президиума Верховного Совета СССР «Об образовании Кенигсбергской области в составе РСФСР». В ее составе было образовано 14 районов: Гумбинненский, Даркеменский, Земландский, Инстербургский, Кенигсбергский, Кройцбургский, Лабиауский, Пиллькалленский, Фридландский, Хайлигенбайльский, Хайнрихсвальдский, Шталлупененский. Осталось невыясненным, почему советские власти, во-первых, так долго тянули с образованием нового субъекта, а, во-вторых, в итоге организовали область в спешном порядке и без должной подготовки — даже не поменяв немецкие названия городов. Есть версия, что вопрос о создании области обсуждался в союзных органах власти на протяжении длительного времени. Резко ускорить процесс пришлось после Фултонской речи бывшего премьера Великобритании Уинстона Черчилля 5 марта 1946 года и ответа Иосифа Сталина через газету «Правда», что привело к ухудшению отношений между СССР с одной стороны и западными союзниками с другой. В новых реалиях советское руководство могло опасаться пересмотра договоренностей о принадлежности Кенигсберга, в марте 1946 года еще не имевшего ясного административного статуса в СССР. Так что закон об административном устройстве северной части бывшей Восточной Пруссии, вероятно, был подготовлен и принят в авральном порядке. «Возникает вопрос, почему территория, отделенная от России Литвой, стала составной частью Российской Федерации? Аргументированного ответа на данный вопрос до сих пор нет, так как не обнаружены документы, объясняющие принятое решение, или же к ним исследователи еще не получили доступ. Однако ясно, что такое мнение сформировалось до разгрома Германии», — писал в своей статье «Создание Кенигсбергской области и ее переименование в 1946 г.» историк Виталий Маслов. Уже в апреле 1946 года власти РСФСР санкционировали подготовку масштабного переименования восточнопрусских топонимов. Для Кенигсберга рассматривалось множество вариантов, например: Балтийск, Королевец (старое русское название), Славгород — «город славы русского оружия». Соответственно, область предлагалось переименовать в Балтийскую (или Прибалтийскую), Королевецкую или Славгородскую. Старорусские названия активно подыскивались и для других восточнопрусских городов. Председатель Президиума Верховного Совета СССР Николай Шверник и глава правительства РСФСР Михаил Родионов в середине мая 1946 года выступили за переименование Кенигсберга в Балтийск. Проблема поиска названия отпала сама собой ввиду кончины от рака кишечника 3 июня 1946-го бывшего председателя Президиума Верховного Совета СССР, одного из самых популярных советских деятелей Михаила Калинина. 30 июня Совет Министров СССР принял постановление «Об увековечивании памяти Михаила Ивановича Калинина». В частности, предлагалось переименовать в честь «всесоюзного старосты» Кенигсберг и Кенигсбергскую область. 2 июля в Кенигсберге начались митинги в поддержку этого предложения. Наконец, 4 июля 1946 года Указом Президиума Верховного Совета СССР Кенигсбергская область была переименована в Калининградскую, а город Кенигсберг — в Калининград. Следом были закреплены новые названия населенных пунктов и районов. Тильзит стал Советском, Гумбиннен — Гусевым, Пиллау — Балтийском, Кранц — Зеленоградском, Нойхаузен — Гурьевском, Инстербург — Черняховском (в честь погибшего командующего войсками 3-го Белорусского фронта Ивана Черняховского ) и т. д. В мае 1947-го был образован Калининградский городской исполнительный комитет, а в декабре проведены первые выборы в местные Советы. Параллельно советское правительство распорядилось принять меры по налаживанию хозяйства и заселению области. Начиная с августа 1946 года, переселенцы массово прибывали из Брянской, Московской, Курской областей и других регионов РСФСР, Белоруссии и Украины. Заселение Калининградской области продолжалось до 1952 года и стало одним из самых масштабных миграционных процессов в послевоенном СССР. Напротив, почти все жители немецкого происхождения в 1947-1948 годах были принудительно депортированы в Германию.
7 апреля 1946 года на территории отошедшей к СССР по итогам Второй мировой войны части Восточной Пруссии была образована Кенигсбергская область. Через три месяца регион переименовали в честь скончавшегося советского государственного деятеля Михаила Калинина. В дальнейшем кенигсбергских немцев принудительно депортировали в Германию, а Калининградскую область заселили жителями разных областей России, Украины и Белоруссии.