Как и многие священнослужители того периода, будущий патриарх Пимен пережил гонения со стороны советской власти. Впервые иеромонаха (в миру — Сергей Извеков) арестовали в 1932 году по делу о церковно-монархической организации. Его обвинили в разговорах о восстановлении монархии и антисоветской агитации. Категорически отрицая свое участие в инкриминируемых ему «преступлениях», Пимен провел в тюрьме около месяца и был освобожден. В том же году его призвали в Красную армию. Пимен проходил службу в кавалерийских войсках и выучился на ветеринара. В начале 1937 года вернувшегося в церковь иеромонаха снова арестовали. Особое совещание при коллегии НКВД приговорило его к принудительным работам на строительстве канала Москва-Волга. Пимен, однако, избежал тяжелого физического труда. Будучи ветеринаром, он следил за здоровьем работавших на стройке лошадей. Гибель одной из них стала причиной для очередного приговора. Как следствие, Пимена выслали в Узбекистан, а после начала Великой Отечественной войны призвали в РККА. Пимен получил боевой опыт, несколько раз был контужен и однажды ранен, после чего комиссован из армии. В Москве, однако, пытавшегося вернуться к церковной службе арестовали по подозрению в уклонении от воинской службы. Он попал в лагеря, а в сентябре 1945-го был освобожден по амнистии для участников войны. Дальнейшее восхождение Пимена по церковной иерархии получилось стремительным. Он пользовался высокой популярностью среди прихожан за свои проповеди и вызывал доверие у клириков, стал наместником Троице-Сергиевой лавры, а в 1954 году был назначен патриархом Алексием I – епископом Балтским. В 1960 году Пимен уже архиепископ, а в 1963-м – митрополит Крутицкий и Коломенский. В воскресные и праздничные дни Пимен совершал богослужения в Богоявленском соборе в Елохове. С того же года митрополит Пимен являлся членом Всемирного Совета мира и Советского комитета защиты мира. ОТ РПЦ он принимал участие в Варшавской (1963 год) и Женевской (1966) сессиях Всемирного Совета мира, во всемирных конгрессах за всеобщее разоружение и мир в Москве (1962) и Хельсинки (1965). За свою деятельность в защиту мира Пимен был награжден золотой медалью «Борец за мир». 18 апреля 1970 года, после кончины патриарха Алексия, митрополит Крутицкий и Коломенский вступил в соответствии с «Положением об управлении РПЦ» в должность местоблюстителя Московского патриаршего престола. На этом посту он осуществлял руководство деятельностью Священного синода в сфере внутрицерковной жизни, межправославных отношений, экуменической и миротворческой деятельности РПЦ. Главным конкурентом Пимена был митрополит Ленинградский Никодим (Ротов), которого хотела видеть на патриаршем престоле часть епископата и светские власти. Два других кандидата в преемники — патриарший экзарх Украины Филарет (Денисенко, будущий предстоятель неканонической Украинской православной церкви Киевского патриархата) и митрополит Таллинский Алексий (Ридигер, будущий патриарх Алексий II ) – имели тогда немного шансов в силу возраста и малой известности в широких церковных кругах. Считается, что предпочтение было отдано Пимену в том числе потому, что, в отличие от связанного с КГБ Никодима, он не был склонен к авантюрам. Поместный Собор РПЦ торжественно открылся в Троице-Сергиевой Лавре в Загорске (ныне Сергиев Посад) 30 мая 1971 года. Членами Собора были по должности все архиереи РПЦ, а также клирики и миряне, представлявшие 67 внутренних и 14 зарубежных епархий, монастыри и духовные школы. При Соборе были аккредитованы корреспонденты ТАСС и АПН, работали репортеры советского телевидения и кинохроники. 31 мая митрополит Пимен выступил с докладом «Жизнь и деятельность РПЦ», в котором дал высокую оценку деятельности Алексия I: «Достойный хранитель духовных сокровищ нашей Церкви, как драгоценного опыта живой любви и богословского созерцания отцов и учителей Церкви, он научил нас любить и ценить эти духовные сокровища и традиции, завещал нам не только хранить их далее, но и укреплять, и умножать своей доброй христианской жизнью». Протоирей Владислав Цыпин замечал по поводу этого документа: «В докладе были упомянуты основные события церковной истории за четверть столетия; охарактеризованы разные стороны церковной жизни. Однако реальный характер взаимоотношений РПЦ с атеистическим Советским государством не мог быть по обстоятельствам времени не только вскрыт, но даже и обозначен в докладе местоблюстителя, не было в нем и статистических сведений о церковной жизни». Среди итоговых решений Поместного Собора было отмечено «выдающееся историческое событие жизни Русской православной церкви» — возвращение в православие в 1946 и 1949 годах греко-католиков Галиции и Закарпатья. 2 июня 1971 года Поместный Собор РПЦ избрал Пимена 14-м патриархом Московским и всея Руси. На следующий день в Богоявленском соборе в Москве за Божественной литургией состоялась его интронизация (возведение на патриарший престол — настолование). Литургию вместе с Пименом совершили предстоятели и представители поместных православных церквей, постоянные члены Священного синода и старейшие митрополиты РПЦ. Многие архипастыри со своими делегациями при волеизъявлении в отношении кандидата на избрание патриархом митрополита Пимена осеняли себя крестным знамением, призывая таким образом в свидетели Христа, что они хотят иметь этого кандидата, и что им никто его не навязывает. Согласие контролирующей инстанции – Совета по делам религий при Совете министров СССР – с этим выбором далось не просто, так как в руководстве Совета, в особенности у его председателя Владимира Куроедова , существовало «стойкое предубеждение» к митрополиту Пимену. Сам Патриарх Алексий I перед смертью желал видеть своим преемником именно Пимена. «Что касается духовенства и иерархов, среди них преобладало мнение о Пимене как о человеке скромном, внимательном к людям, имеющем богатый опыт церковной деятельности, хорошем организаторе и «церковном службисте», отличавшемся консерватизмом в отношении устройства религиозно-церковной жизни, не приемлющем «церковного модернизма», — отмечается в книге Валентина Никитина «Патриарх Пимен». Первыми словами Пимена в новом качестве были: «Исповедую немощь свою перед высотой патриаршего звания и предъявляемых требований к предстоятелю церкви, но уповаю на всесильную лестницу Божию, проведшую меня от иноческой кельи до патриаршего престола, и на вашу братскую действенную помощь». Очень серьезной для РПЦ оставалась в 1970-х годах кадровая проблема: число священников и диаконов неуклонно сокращалось. Светские власти всячески препятствовали новым рукоположениям. В 1972 году Пимену отправил полное упреков письмо Александр Солженицын. Писатель обличал патриарха в молчании на открытое попирание Советским государством основ свободы совести в гонениях на религию и верующих людей. Пимен оставил письмо без ответа, а своему окружению сказал: «Побыть бы ему в моих башмаках только пару дней!». Различные обвинения предъявляли патриарху и священники-диссиденты. Согласно критикам, при Пимене РПЦ находилась в состоянии застоя, что, впрочем, вполне соответствовало ситуации в стране в целом. В этот период церковь была полностью подконтрольна КПСС , а иерархам приходилось сотрудничать с КГБ. При всем при том патриарх предпринимал шаги для увеличения числа кандидатов для принятия священного сана, боролся за сохранение действующих монастырей, добился открытия завода по производству церковной утвари в Софрино и увеличения издания церковной литературы. В патриаршество Пимена было принято постановление о снятии проклятий со старообрядцев и частичном причастии с католиками. Незадолго до своей смерти в 1982 году Леонид Брежнев разрешил передать церкви Свято-Данилов монастырь на правом берегу Москвы-реки. Там был создан духовно-административный центр РПЦ. «В условиях тотального государственного контроля над Церковью он медленно, но упорно вел Церковь к ее возрождению, — отмечал церковный историк Дмитрий Сафонов. — Его ругали «церковные диссиденты», появилось знаменитое открытое письмо Солженицына. Не все понимали ситуацию, в которой жил и работал патриарх. Он понимал, что за ним ведется постоянное наблюдение; он вынужден был согласовывать в Совете все решения Синода. Часто казался он внешне молчаливым, инертным, скучающим. Но кто знал его ближе и видел, как он часами, страдая в последние годы от болезней, сидел в безмолвии перед чтимым образом, тихо перебирая четки, тот понимал, что патриарх был великим делателем умной молитвы». В свою очередь, архимандрит Дионисий (Шишигин) так высказывался о периоде 1971-1990 годов: «Патриарху Пимену удалось сохранить церковный мир. В определенном плане он был молчаливым миротворцем. Он вел такую политику, чтобы не навредить Церкви, потому что Церковь и так была лишена всего и вся. И это удавалось ему». При Пимене СССР отказался от политики государственного атеизма. Во время Перестройки начали открываться новые приходы и монастыри. В 1988 году состоялись масштабные празднования 1000-летия Крещения Руси: это событие рассматривается как начало возрождения РПЦ. В ходе торжеств Михаил Горбачев принял решение передать РПЦ часть Киево-Печерской лавры. В 1989 году тяжело болевший Пимен и его будущий преемник митрополит Алексий были избраны народными депутатами СССР. Патриарх скончался 3 мая 1990-го и был похоронен рядом с могилой своего предшественника Алексия I.
2 июня 1971 года митрополит Крутицкий и Коломенский Пимен был избран патриархом Московским и всея Руси. Из-за стремления воздержаться от критики советской власти он становился объектом нападок со стороны священников-диссидентов и Александра Солженицына. Считается, что в отношениях с руководством СССР патриарх придерживался политики, позволявшей не навредить РПЦ. При позднем Пимене в стране открывались церкви и состоялось празднование 1000-летия Крещения Руси.