18 ноября 1918 года в подконтрольном антибольшевистским силам Омске произошел переворот. В результате одно из многочисленных в ту пору правительств в России, претендовавшее на высшую власть в стране – Директория – была распущена, а представители ее социал-демократического крыла взяты под стражу. Итогом драматичных событий явилась передача всей полноты власти в Омске и в Сибири в целом известному военно-политическому деятелю, в недалеком прошлом – исследователю-полярнику и флотскому командиру Александру Колчаку. Ему был присвоен титул Верховного правителя России. Кроме того, адмирал стал главнокомандующим Русской армией. Так западносибирский Омск на определенный период Гражданской войны превратился не только в ставку Колчака, но и фактически в столицу провозглашенного ранее Российского государства. Современники и исследователи двояко оценивали захват власти в Омске колчаковцами. С одной стороны, сосредоточение военной, политической и экономической власти в одних руках позволило белым силам оправиться от череды поражений в Поволжье осенью 1918 года. Но с другой, с началом гегемонии Колчака от антибольшевистского блока откололись эсеры , призвавшие к борьбе против адмирала. Один из виднейших военачальников Белого движения в Сибири Константин Сахаров, отрицательно, как считали ближайшие соратники Колчака, проявивший себя при обороне Омска в ноябре 1919 года, в своих мемуарах указывал на ошибки, допущенные при формировании органов власти в новоявленной столице Российского государства. «Для бедной и неустроенной Восточной России начали создавать аппарат во всероссийском масштабе; строились те многоэтажные постройки министерств, департаментов и управлений, которые рухнули в феврале – сентябре 1917 года в Петрограде. Люди, которые пришли к Верховному правителю и получили его доверие и полномочие, принялись воздвигать из обломков старых дореволюционных учреждений громадную и совершенно неработоспособную машину», — с досадой отмечал генерал. По мнению Сахарова, во всех министерствах Омска «шли тем же легчайшим путем постройки и копирования старых дореволюционных бюрократических аппаратов; но раньше в них были хотя бы свои хорошие стороны – десятилетиями налаженное дело, преемственность и опытные работники. Здесь же, в копиях, главное внимание обращалось на внешность». Генерал Сахаров считал в корне неправильным, что большое количество офицеров, вместо боев с красными, отсиживались в бесчисленных, но крайне бесполезных в военное время ведомствах и штабах. «Улицы Омска поражали количеством здоровых, сильных людей призывного возраста; много держалось здесь зря и офицерства, которое сидело на табуретах центральных управлений и учреждений. Переизбыток ненужных людей, так необходимых фронту, был и в других городах Сибири», — резюмировал он. Тем не менее, с Колчаком связывала огромные надежды нелояльная большевикам часть российского общества. Остальным белогвардейским вождям пришлось признать над собой верховенство адмирала: в противном случае им не приходилось рассчитывать на снабжение и политическую поддержку из Омска. Главнокомандующий Вооруженными силами Юга России (ВСЮР) генерал Антон Деникин присягнул Колчаку ради объединения усилий, получив статус заместителя Верховного правителя. Колчаку удалось сформировать и оснастить две Сибирские армии, вошедшие в состав Русской армии. На протяжении нескольких месяцев они теснили РККА на пространстве от Западной Сибири до Поволжья. В конце апреля 1919 года красные перешли в контрнаступление. К лету удача окончательно изменила колчаковским войскам. К тому же ожидаемого соединения с ВСЮР Деникина так и не произошло: лишь однажды в июле разъезд уральских казаков повстречал на берегу Волги недалеко от Царицына группу военнослужащих Кавказской армии Петра Врангеля. 6 августа 1919 года командующий 1-й Сибирской армией генерал Анатолий Пепеляев сообщал правительству, что «положение чрезвычайно грозно. Армия отходит на восток, неся большие потери. Нам надо остановить врага». Чтобы удержать фронт, он предлагал Колчаку мобилизовать всех, кто способен носить оружие, в том числе всю интеллигенцию. В следующие недели силы Колчака в основном отступали, вынужденно оставляя завоеванные с таким трудом позиции. Осенью их положение стало угрожающим. Военные полномочия были переданы генералу Михаилу Дитерихсу, Колчак сосредоточился на политическом руководстве. 4 ноября РККА, количественно превосходившая подразделения Русской армии в три раза, начала наступление на Омск. В тот же день генерала Сахарова назначили главнокомандующим Восточного фронта белых вместо Дитерихса. Для обороны города белые сосредоточились вдоль Иртыша. 5-я советская армия наступала вдоль Транссиба, 3-я – вдоль железной дороги Ишим – Омск. «Омск был объявлен на военном положении, — отмечал историк Георгий Порхунов в своей работе «Омский период правления адмирала Колчака: проблемы армии и власти». – Комендант города приказал населению в трехдневный срок сдать огнестрельное и холодное оружие. За нарушение правил порядка в городе предусматривались «самые суровые меры вплоть до расстрела». Однако удержать Омск не вышло. 10 ноября ударил сильный мороз. Иртыш замерз, и красные наладили переправу по льду. В критической ситуации белое командование решило завершить эвакуацию, уничтожить все военные запасы в Омске и уводить войска на восток, чтобы в будущем дать противнику генеральное сражение. 13 ноября 1919 года город в спешном порядке покинули пять эшелонов, увозившие Верховного правителя, его штаб и легендарный золотой запас. В ночь на 14 ноября 242-й Волжский стрелковый полк РККА скрытно переправился по льду на восточный берег Иртыша, без единого выстрела занял станцию Омск, здание вокзала и к утру разоружил 7 тыс. белых солдат и офицеров. Генерал Сахаров успел выскочить из мышеловки буквально в последние минуты, прорвавшись на поезде с горсткой людей в восточном направлении. Тем же, кому повезло меньше, угрожал расстрел. Гражданские лица, беженцы, служащие госпиталей, чиновники и тыловики пытались забраться вагоны и эвакуироваться. Практически не встречая сопротивления, на следующий день, 15 ноября 1919 года, красноармейцы вплотную приблизились к Омску и взяли город без боя. Их появление в столице Колчака оказалось настолько неожиданным, что многие учреждения еще не успели закрыться и продолжали работу в штатном режиме. Одна часть города не знала о наступившем уже в другой части господстве красных. По мнению генерала Николая Лохвицкого, «гибели всей армии под Омском удалось избежать только чудом: если бы Иртыш замерз на несколько дней позже – катастрофа была бы неизбежна». Сдача Омска повергла колчаковское правительство в уныние и растерянность. Генерал Пепеляев задержал поезд Колчака на станции Тайга и поставил Верховному правителю ультиматум, требуя немедленной отставки и ареста главкома Сахарова как ответственного за сдачу Омска. Адмирал пошел на уступки. Было назначено служебное расследование деятельности опального военачальника, отложенное до окончания Гражданской войны. Колчаковская армия утратила способность наступать. Участились случаи отказа солдат воевать. Они больше не верили, что сражаются за правое дело и заявляли, что «в случае отправки на фронт перейдут к красным». Напротив, советские войска получили возможность для дальнейшего наступления. Отступление армии Колчака на восток в конце 1919 – начале 1920 года известно в белогвардейской традиции как Великий Сибирский Ледяной поход. В тяжелейших погодных условиях, испытывая большие проблемы со снабжением, остатки разбитых войск прошли порядка 2,5 тыс. км пешим и конным строем, периодически вступая в стычки с преследовавшими их красными. Руководитель отступления генерал Василий Каппель умер от последствий болезни 26 января 1920-го. Перед смертью он освободил генерала Сахарова из-под ареста. Сам Верховный правитель вместе со своим правительством перебрался в Иркутск, заняв здание Русско-Азиатского банка. В январе 1920 года Колчак был выдан в результате предательства главнокомандующего чехословацкими войсками в России, французского генерала Мориса Жанена иркутскому Политцентру, представлявшему коалицию эсеров и меньшевиков, а после захвата власти в городе РККА адмирал попал в руки большевиков и в феврале был расстрелян. «Сдача Омска открывает последний период истории правления адмирала Колчака, — говорилось во вступительном замечании к протоколам допроса Верховного правителя России чрезвычайной следственной комиссией в Иркутске, которые продлились с 21 января по 7 февраля 1920 года. – Катастрофичность падения Омска была подчеркнута еще тем, что за несколько дней до этого, 1 ноября, в торжественном заседании совещания при начальнике добровольческих формирований адмирал Колчак заявил, что Омск сдан не будет. «Сдача Омска, — сказал он, — невозможна. Потеря этого центра явилась бы тяжелым ударом всему делу возрождения русской государственности, допустить которого нельзя». Тогда же главнокомандующим вместо Дитерихса был назначен Сахаров, единственный из генералов, высказавшийся за возможность обороны Омска». На постоянной основе большевистская власть установилась в городе с марта 1920 года.
15 ноября 1919 года части Красной армии без сопротивления вступили в Омск, откуда были спешно эвакуированы Верховный правитель России Александр Колчак, его правительство и золотой запас. Остаткам белых войск предстояло отступать на восток в тяжелейших условиях и практически без веры в положительный исход. Столица колчаковского Российского государства пала легко и буднично, несмотря на обещания адмирала отстоять ее любой ценой.