Johann Michael Haydn (Rohrau, 14 september 1737 – Salzburg, 10 augustus 1806) was een Oostenrijks componist. Hij was een jongere broer van de veel bekendere Joseph Haydn.

Hij begon zijn muzikale loopbaan als koorknaap (jongenssopraan) bij de Stephansdom te Wenen. Toen zijn stem volwassen werd, moest hij daarom het koor verlaten en ging zich helemaal toeleggen op het componeren.

Hij componeerde voornamelijk kerkmuziek en daarnaast een veertigtal symfonieën, partita's, orgelwerken en kamermuziek. Vooral zijn missen, met opmerkelijk gebruik van het gregoriaans, weerspiegelen de Oostenrijkse kerkmuziekpraktijk van de Verlichting. Zijn Requiem heeft aanzienlijke invloed uitgeoefend op dat van Mozart.

In 1757 werd hij in Großwardein benoemd tot Musikdirektor van de bisschop aldaar.
In 1762 werd hij benoemd tot concertmeester en dirigent van de bisschop in Salzburg. Dit ambt bekleedde hij 43 jaar lang. In Salzburg raakte hij bevriend met Mozart, die zijn werk zeer waardeerde.  Ondertussen schreef hij in die periode 360 composities. Michael Haydn geldt als de eerste componist die belangrijke werken voor mannenkoor schreef. Ook gaf hij les aan onder andere Carl Maria von Weber en Anton Diabelli. Schubert, die zijn mannenkoren ongetwijfeld kende, stond nog tot tranen geroerd bij zijn grafmonument in Salzburg.

In Rohrau staat het geboortehuis van Haydn. Dit is het geboortehuis van zowel Joseph als Michael Haydn. Tegenwoordig is het ingericht als museum.

Opnames 

 Michael Haydn: Symfonie N.1-12,15,16,18,25-28 (1998, CPO) - Slovak Chamber Orchestra o.l.v. Bohdan Warchal
 Johann Michael Haydn: Schäfer Kantate. Missa pro Defunctis. (1998, LFC-I) - Liszt Ferenc chorus en orkest o.l.v. Peter Scholcz
 Michael Haydn: Die Wahrheit der Natur (2018, CPO) - Salzburger Hofmusik o.l.v. Wolfgang Brunner
 Michael Haydn: Endimione (2021, CPO) - Salzburger Hofmusik o.l.v. Wolfgang Brunner
 Michael Haydn: Kaiser Constantin I (2022, Accent ACC26504) -  Purcell Choir & Orfeo Orchestra o.l.v. György Vashegyi
 Michael Haydn: Missa Sancti Aloysii (2022, Brilliant Classics) -  Genova Vocal Ensemble & Accademia Vocaledi Genova o.l.v. Roberta Paraninfo

Externe links
 Website over Johann Michael Haydn
 Partituren van Michael Haydn op IMSLP

Oostenrijks componist
Klassiek componist