De vlag van het Brits Indische Oceaanterritorium werd aangenomen op 8 november 1990. De vlag komt overeen met die van vrijwel alle andere Britse afhankelijke gebieden voor wat betreft de opname van de vlag van het Verenigd Koninkrijk in het kanton. De palm in combinatie met de kroon, aan de rechterzijde van de vlag, is het symbool van het territorium. De oorsprong of bedoeling van de golvende banen is onbekend (al is het waarschijnlijk dat ze de oceaan voorstellen), en de opname ervan in de vlag is een breekpunt met het traditionele ontwerp van vlaggen van Britse afhankelijke gebieden.

Aangezien burgers het Brits Indische Oceaanterritorium niet mogen bezoeken, is het weinig duidelijk waar en wanneer de vlag gebruikt wordt. De eilanden zijn momenteel enkel in gebruik als Amerikaanse militaire basis.

Historische vlaggen 
In 1990 werd een iets andere versie van de vlag gevoerd:

Zie ook 
 🇮🇴 (emoji BIOT)
 🇩🇬  (emoji Diego Garcia)

Brits Territorium in de Indische Oceaan
Brits Indische Oceaanterritorium
Brits Indische Oceaan