De Supercopa Sudamericana 1990 was de derde editie van deze voetbalcompetitie, die enkel open stond voor winnaars van de Copa Libertadores. Dertien van de veertien voormalige winnaars namen deel aan dit toernooi. Titelverdediger CA Boca Juniors werd in de kwartfinales uitgeschakeld door CA Peñarol. Winnaar werd Club Olimpia uit Paraguay, dat zich dankzij deze zege normaal gesproken zou plaatsen voor de Recopa Sudamericana 1991. Omdat ze echter de Copa Libertadores 1990 ook hadden gewonnen, mocht Club Olimpia de Recopa Sudamericana automatisch in ontvangst nemen.

Deelnemers
De winnaar van de Copa Libertadores van 1990 had het deelnemersveld kunnen uitbreiden, maar omdat de winnaar van dit toernooi, Club Olimpia, zich al had geplaatst, was er geen ploeg die zijn debuut maakte in de Supercopa Sudamericana. Het aantal deelnemers lag zelfs lager dan vorige editie omdat de Zuid-Amerikaanse voetbalbond het had verboden om wedstrijden in Colombia te spelen, na een incident in de Copa Libertadores. Club Atlético Nacional zag zich daardoor gedwongen om zich terug te trekken.CR Vasco da Gama, de winnaar van het Campeonato Sudamericano de Campeones, mocht niet meedoen, omdat dit toernooi pas in 1996 werd erkend door de Zuid-Amerikaanse voetbalbond.

Toernooi-opzet
Vanwege een oneven aantal deelnemers, kreeg titelverdediger CA Boca Juniors een vrijstelling voor de eerste ronde. De overige twaalf teams speelden om zes plekken in de kwartfinale, waarbij teams uit hetzelfde land niet tegen elkaar konden loten. Omdat er in de kwartfinale nog altijd een oneven aantal teams in het toernooi zat, werd er wederom een vrijstelling gegeven, ditmaal bepaald door loting. De andere zes teams speelden om de andere drie plekken in de halve finales. Vanaf de kwartfinales konden ploegen uit hetzelfde land wel tegen elkaar loten.
Elke ronde (ook de finale) bestond uit een thuis- en een uitduel. Het team dat de meeste doelpunten maakte plaatste zich voor de volgende ronde. Bij een gelijke stand werd er niet gekeken naar het aantal uitdoelpunten, maar werden er direct strafschoppen genomen.

Eerste ronde
De eerste ronde werd gespeeld van 18 tot 31 oktober (heen) en op 7 en 8 november (terug).
CA Boca Juniors (titelverdediger) kreeg een vrijstelling.

|}

Kwartfinales
De kwartfinales werden gespeeld op 14, 16 (heen) en 21 november (terug).
Club Estudiantes de La Plata kreeg een vrijstelling.

|}

Halve finales
De halve finales werden gespeeld op 28 november (heen) en 5 en 10 december (terug).

|}

Finale

Toernooi van de CONMEBOL
Voetbal in 1990