De Stichting wordt bestuurd door een College van Bestuur (CvB). Dit bestuur bestaat uit 2 leden, te weten de voorzitter CvB (Arjan Brunger) en lid CvB (Frank Nijhuis). CvB en de directies van de scholen worden ondersteund door stafmedewerkers en een secretariaat. Het CvB houdt zich met name bezig met het vaststellen en evalueren van het beleid van de Stichting, dat is ontwikkeld door de regiegroepen en het Konotberaad in nauwe samenwerking met het CvB. Tevens stuurt het CvB nieuwe onderwijskundige ontwikkelingen, projecten en activiteiten (ook voortgekomen uit regiegroepen en Konotberaad) aan om directeuren te ondersteunen bij het realiseren van kwalitatief goed onderwijs in een bijzondere school. Het CvB legt verantwoording af aan de Raad van Toezicht (RvT). Op het niveau van de Stichting is een Gemeenschappelijke Medezeggenschaps Raad (GMR) actief, conform de Wet Medezeggenschap Scholen. Zij adviseert over bepaalde punten van het beleid en heeft op een aantal beleidsterreinen instemmingsbevoegdheid.