Het archief van de gemeente Bruinisse over de periode 1941 tot en met 1996 is gevormd onder verantwoordelijkheid van de gemeentesecretaris. In 1941 is overgegaan op het registratuurstelsel, waarbij zaaksgewijze rangschikking de opbouw van de dossiers bepaalde. De Vereniging van Nederlandse Gemeenten heeft de Basisarchiefcode (Basisarchiefcode, uitgeverij Vereniging voor Nederlandse Gemeenten, Hilversum: zesde druk 1952, wijzigingen en aanvullingen 1971, herdruk 1979 en herziening 1987 (achtste druk) ontwikkeld. Als uitgangspunt hiervoor is de universele decimale classificatie gebruikt.
Het bestand was toegankelijk via een vastbladige getypte 'index archief' over de periode +/-1940-1970. Na 1970 werden er twee losbladige registers aangelegd. In het ene register stond de dossiers die voor blijvende bewaring in aanmerking kwamen vermeld. In het andere register werden de dossiers vermeld wat vernietigbaar waren. De dossiers werden op volgnummer weggezet in archiefdozen. De dossiers die na de herindeling nodig waren ter afronding van een zaak werden in archiefkasten geplaatst in de tijdelijke huisvesting aan het Hatfieldpark te Zierikzee. Bij de verhuizing van de tijdelijke huisvesting naar het nieuwe gemeentehuis werden deze dossiers op classificatienummer in archiefdozen geplaatst en in de archiefbewaarplaats opgenomen. Hierop bestond geen toegang.
Het beheer van het archief kwam na de herindeling bij het gemeentearchief van de nieuwe gemeente Schouwen-Duiveland. Het archief berustte vanaf de datum van de herindeling tot 1999 in het voormalige gemeentehuis in Bruinisse. In 1999 werd het archief overgebracht naar de archiefbewaarplaats van de voormalige gemeente Duiveland in Nieuwerkerk. In 2002 werd het vervolgens overgeplaatst naar de archiefbewaarplaats in het nieuwe gemeentehuis aan de Laan van St. Hilaire te Zierikzee.
Er is in de loop der jaren regelmatig vernietigd uit het archief. De streekarchivaris van Schouwen-Duiveland en Sint Philipsland werd om advies gevraagd over de jaarlijkse lijst van vernietigbare stukken