Wanneer de Darling kinderen in bed liggen, vliegt Peter Pan hun slaapkamer binnen om hen te zien slapen. Zijn aanwezigheid trekt de aandacht van Nana, de familiehond, die mevrouw Darling wakker maakt. Uit vrees ontdekt te worden, vlucht Peter Pan en laat in alle commotie zijn schaduw achter …
Peter keert terug naar het huis van de Darlings om zijn schaduw op te halen. Hij maakt Wendy, Michael en John wakker en overtuigt hen mee te gaan op een magische reis naar Neverland.
Peter, Wendy, Michael en John vliegen naar het eiland Neverland waar de Lost Boys, indianen, zeemeerminnen en piraten hen opwachten en meenemen in een reeks avonturen die hun wildste dromen voorbij gaan.
Niet iedereen is blij met de komst van Peter en zijn nieuwe vrienden. De angstaanjagende Kapitein Haak bedenkt een plan om de “indringers” te vangen en te doden met de hulp van de Lost Boys.
De piraten van Kapitein Haak lanceren een gedurfde aanval op de indianen en nemen Wendy, Michael en John gevangen.
Met de kinderen in zijn macht, probeert Kapitein Haak Peter Pan op een sluwe manier in de val te lokken.Wanneer Peter Pan ligt te slapen, vermengt Haak vergif met de medicijnen van Peter. Zo weet hij zeker dat Peter het gif onmiddellijk zal innemen wanneer hij wakker wordt. Of dat denkt hij toch …
Nog voor Peter Pan wakker wordt, verschijnt Tinker Bell. Ze brengt haar eigen leven in gevaar om haar geliefde vriend te helpen. Zal ze het overleven? Het is aan de kinderen in de zaal om haar lot te bepalen.
Peter Pan komt aan boord van het piratenschip van kapitein Haak om zijn vrienden te redden. Het belooft een dramatisch duel te worden en voor één van hen is het einde nabij …