In ongeveer 1759 begon Baster met zijn bekendste werk, het onderzoek naar mariene organismen in de Oosterschelde en langs de Noordzee. Hij begon met het bestuderen van ‘zeeboompjes’ (hydropoliepen), dit om deel te nemen aan de discussie of het leven op de bodem van de zee uit planten, dieren of plant-dieren (zoöphyten) bestond. Helaas voor hem concludeerde hij dat ze samengesteld waren uit afzonderlijke plantaardige en dierlijke delen, een idee dat zeer sceptisch ontvangen werd. Door de felle kritiek hierop verloor hij waarschijnlijk een groot deel van zijn internationale erkenning. In Nederland had hij meer succes, hij was lid van diverse wetenschappelijke kringen, onder andere in Haarlem en Middelburg. Met succes stimuleerde hij ook twee vrienden, Martinus Slabber en Leendert Bomme tot het bestuderen van mariene ongewervelden.