Bij aangetaste planten zijn alle of een deel van de bolschubben grijs tot zwart verkleurd, zacht en inwendig vaalgrijs. Ook de wortels en het ondergrondse stengeldeel zijn vaak zwart en verschrompeld.
Op de aangetaste schubben en stengels kunnen zwarte, platte sclerotiën voorkomen, terwijl in de omringende grond en op en tussen de bolschubben meestal een donkergrijs schimmelpluis aanwezig is. De aangetaste plekken kunnen zich tot aan de oogsttijd uitbreiden. Na de oogst worden alle schubben donkergrijs en zacht.
Verspreid door de aanplant of pleksgewijs komen planten niet op of vertonen planten een matige stand en sterven in de zomer voortijdig af. Zwartbenigheid kan met het plantgoed overgaan en veroorzaakt daardoor symptomen verspreid in de aanplant. Bij aantasting vanuit de grond komt de aantasting pleksgewijs voor. Het is niet bekend hoelang de schimmel bij afwezigheid van waardplanten in de grond in leven blijft. De meeste leliesoorten en -cultivars kunnen worden aangetast. Zwartbenigheid komt ook voor bij iris en tulp.