De rivieren in Estland zijn over het algemeen kort en hebben een laag debiet. Slechts tien rivieren zijn langer dan 100 km.

Langste rivieren

Alfabetische lijst van rivieren en beken

A 
Aavoja
- Agali (rivier)
- Ahja (rivier)
- Alajõgi
- Alatskivi (rivier)
- Allika (rivier)
- Ambla (rivier)
- Amme (rivier)
- Angerja (beek)
- Anguse (rivier)
- Antsla (rivier)
- Apna (rivier)
- Aruküla (rivier)
- Atla (rivier)
- Avaste (beek)
- Avijõgi

E 
Emajõgi (Embach)
- Elbu (rivier)
- Elva (rivier)
- Enge (rivier)
- Erra (rivier)
- Esna (rivier)

G 
Gorodenka (rivier) (bij Narva)

H 
Häädemeeste (rivier)
- Haavakivi (rivier)
- Halliste (rivier)
- Härjapea (rivier)
- Harku (beek)
- Helme (rivier)
- Hundikuristiku (beek)

I 
Ilmandu (rivier)
- Ilmatsalu (rivier)
- Iskna

J 
Jaama (rivier) (= Struuga (rivier))
- Jägala (rivier)
- Jänijõgi
- Järveotsa (beek)
- Jõelähtme (rivier)
- Jõku (rivier)

K 
Kääpa (rivier)
- Kaave (rivier)
- Kalli (rivier)
- Kargaja (rivier)
- Kärla (rivier)
- Käru (rivier)
- Kasari (rivier)
- Kata (rivier)
- Katku (beek)
- Kavilda (rivier)
- Keila (rivier)
- Kloostri (rivier)
- Kodila (rivier)
- Kohtla (rivier)
- Kohtra (rivier)
- Kolga (rivier)
- Koosa (rivier)
- Kõpu (rivier)
- Kroodi (beek)
- Kulgu (rivier)
- Kullavere (rivier)
- Kunda (rivier)
- Kurina (rivier)
- Kurna (beek)
- Kuura (rivier)

L 
Laeva (rivier)
- Leisi (rivier)
- Lemmejõgi
- Lemmjõgi
- Liivi (rivier)
- Lintsi (rivier)
- Loo (rivier)
- Loobu (rivier)
- Lõve (rivier)
- Luguse (rivier)
- Lutsu (rivier)
- Luutsna (rivier)

M 
Maadevahe
- Mädajõgi
- Mäetaguse (rivier)
- Mähe (beek)
- Mõra (rivier)
- Mudajõgi
- Munalaskme (beek)
- Mustajõgi
- Mustjõgi (bij Endla)
- Mustjõgi (stroomgebied Gauja)
- Mustjõgi (stroomgebied Jägala)
- Mustjõgi (bij Tallinn)
- Mustoja (Lahemaa)
- Muuga (beek)

N 
Narva (rivier)
- Nasva (rivier)
- Navesti (rivier)
- Nurtu (rivier)
- Nuutri (rivier)

O 
Õhne
- Orajõgi

P 
Paadrema (rivier)
- Pääsküla (rivier)
- Pada (rivier)
- Paltra (rivier)
- Pärlijõgi
- Pärnu (rivier)
- Pede (rivier)
- Pedeli
- Pedetsi (rivier)
- Pedja
- Peetri (rivier)
- Penijõgi
- Pirita (rivier)
- Piusa (rivier)
- Põduste (rivier)
- Põltsamaa (rivier)
- Poruni (rivier)
- Prandi (rivier)
- Preedi (rivier)
- Pühajõgi (Ida-Virumaa)
- Purtse (rivier)

R 
Rannamõisa (rivier)
- Rannapungerja (rivier)
- Räpu (rivier)
- Raudna (rivier)
- Reiu
- Retla (rivier)
- Rõngu (rivier)
- Rõuge (rivier)

S 
Saki (rivier)
- Salajõgi
- Salla (rivier)
- Sämi (rivier)
- Sauga (rivier)
- Selja (rivier)
- Sitapätsi (rivier)
- Sõmeru (rivier)
- Soodla (rivier)
- Sõtke (rivier)
- Struuga (rivier) (= Jaama (rivier))
- Suuremõisa (rivier)

T 
Taebla (rivier)
- Tagajõgi
- Tänassilma (rivier)
- Tarvasjõgi
- Tarvastu (rivier)
- Tatra (rivier)
- Timmkanal
- Tirtsi (rivier)
- Tiskre (beek)
- Toolse (rivier)
- Tori (rivier)
- Tõrvajõgi
- Treppoja
- Tuhala (rivier)
- Tuudi (rivier)

U 
Uhmardu (rivier)
- Ulila
- Umbusi
- Ura

V 
Vääna (rivier)
- Vaemla (rivier)
- Väike-Emajõgi
- Vainupea (rivier)
- Valgejõgi
- Vanajõgi
- Vardi (rivier)
- Vardja (rivier)
- Varsaallika (beek)
- Värska (beek)
- Vasalemma (rivier)
- Velise (rivier)
- Vigala (rivier)
- Vihterpalu (rivier)
- Visela (rivier)
- Vodja (rivier)
- Võhandu (rivier)
- Võhu (rivier)
– Võlupe (rivier)
- Vorsti (rivier)

 
Estland
Rivieren