Het seizoen 1999/00 van de zaterdag Hoofdklasse A ging van start op 4 september 1999. De laatste speelronde was op 6 mei 2000. De zaterdag Hoofdklasse A is een van de zes hoogste voetbalcompetities in Nederland uitgeoefend door amateurs. De titelhouder van het vorige seizoen (1998/99) was VV Noordwijk.

Teams

Eindstand

1 Winnaar eerste periodetitel 
2 Winnaar tweede periodetitel 
3 Winnaar derde periodetitel

Uitleg kleuren

Wedstrijdtabel

Topscorers 

Hoofdklasse Nederland
Hoofdklasse, Zaterdag A