Het seizoen 2012/13 van FC Schalke 04 was het 109e jaar in het Duits betaald voetbal voor de club uit Gelsenkirchen. De club kwam uit in de Duitsland nam deel aan het toernooi om de DFB-Pokal. Internationaal was Schalke een van de deelnemers aan de UEFA Champions League.

Trainer-coach Jens Keller stond gedurende het hele seizoen langs het veld; in mei 2013 werd zijn contract met twee jaar verlengd. Onder leiding van Keller won Schalke 16 van de 34 competitieduels en eindigde daardoor op een vierde plaats, waarmee het zich verzekerde van een plaats in de play-offs voor kwalificatie voor de Champions League van het volgende seizoen.

In het bekertoernooi verloor de club in de derde ronde van latere kwartfinalist 1. FSV Mainz 05: 1–2. Klaas-Jan Huntelaar herstelde in de 75ste minuut een 0–1 achterstand. Nicolai Müller maakte acht minuten later het winnende doelpunt voor Mainz 05.

Topscorer van het seizoen werd aanvaller Klaas-Jan Huntelaar met tien treffers in 34 competitieduels en zes in de andere twee competities.

Bundesliga

DFB-Pokal

UEFA Champions League

Statistieken

Zie ook 
 Lijst van spelers van FC Schalke 04

2013
Schalke 04