Een ecologische hoofdstructuur is een samenhangend netwerk van bestaande en toekomstige natuurgebieden dat wordt vormgegeven in het natuurbeleid van een bepaald land of regio en kan verwijzen naar:
 De ecologische hoofdstructuur van Vlaanderen: het Vlaams Ecologisch Netwerk (VEN)
 De ecologische hoofdstructuur van Nederland: het Natuurnetwerk Nederland (ook EHS)