Het seizoen 1999/00 van de Zaterdag Hoofdklasse C ging van start op 4 september 1999. De laatste speelronde was op 6 mei 2000. De Zaterdag Hoofdklasse C is een van de zes hoogste voetbalcompetities in Nederland uitgeoefend door amateurs. De titelhouder van het vorige seizoen (1998/99) was VV IJsselmeervogels.

Teams

Eindstand

Uitleg kleuren

Wedstrijdtabel 
Ter info: de thuisspelende ploeg staat in de linker kolom vermeld.

Topscorers 

Hoofdklasse Nederland
Hoofdklasse, Zaterdag C