Claus Thomsen (Århus, 31 mei 1970) is een voormalig voetballer uit Denemarken, die speelde als verdediger. Hij beëindigde zijn loopbaan in 2001 bij de Duitse club VfL Wolfsburg.

Clubcarrière
Thomsen begon zijn profloopbaan bij Aarhus GF. In de zomer van 1994 stapte hij over naar Ipswich Town. Met Aarhus won hij tweemaal de Deense beker. Hij kwam één seizoen (1997-1998) uit voor Everton.

Interlandcarrière
Thomsen speelde in totaal 20 officiële interlands voor Denemarken. Onder leiding van bondscoach Richard Møller Nielsen maakte hij zijn debuut op 26 april 1995 in de EK-kwalificatiewedstrijd tegen Macedonië (1-0) in Kopenhagen, net als Erik Bo Andersen (Aalborg BK). Thomsen nam met zijn vaderland deel aan het EK voetbal 1996 en aan de Olympische Spelen 1992.

Erelijst
 Aarhus GF 
Deense beker 
1988, 1992

 AB Kopenhagen
Deense beker 
1999

Zie ook
Lijst van spelers van Aarhus GF
Lijst van spelers van VfL Wolfsburg
Lijst van spelers van Ipswich Town FC

Deens voetballer
Deens olympisch deelnemer