Het seizoen 2008/09 van de Belgische Tweede Klasse ging van start in de zomer van 2008 en eindigt in de lente van 2009. Als gevolg van de zaak-Geel/Namen (seizoen 2007/2008) speelden er dit seizoen uitzonderlijk ook nog 19 clubs in deze reeks.

Gedegradeerde teams
Deze teams waren gedegradeerd uit de Eerste Klasse voor de start van het seizoen:
 FC Brussels (laatste)
 K. Sint-Truidense VV (voorlaatste)

Gepromoveerde teams
Deze teams promoveerden uit de Derde Klasse:
 KSK Ronse (kampioen in Derde Klasse A)
 RFC Liège (kampioen in Derde Klasse B)

Promoverende teams
Deze teams promoveerden naar Eerste Klasse op het eind van het seizoen:
 K. Sint-Truidense VV (kampioen)

Er promoveerde geen andere tweedeklasser. De eindronde werd gewonnen door eersteklasser KSV Roeselare, die zich kon handhaven in Eerste Klasse.

Degraderende teams
Deze teams degradeerden naar Derde Klasse op het eind van het seizoen:
 KMSK Deinze (voorlaatste plaats)
 UR Namur (laatste plaats)
 R. Olympic Club de Charleroi-Marchienne (verlies eindronde)
 R. Excelsior Virton (verlies eindronde)
 KFC Vigor Wuitens Hamme (verlies eindronde)

Ploegen
Deze ploegen spelen in het seizoen 2008/2009 in Tweede Klasse.

Titelstrijd
K. Lierse SK en K. Sint-Truidense VV, dat net was gedegradeerd, streden het hele seizoen mee bovenin. Naar het einde toe kon Sint-Truiden een ruime voorsprong opbouwen, en op de voorlaatste speeldag verzekerde de ploeg zich na een 1-0 zege tegen FC Brussels van de titel.

Eindstand

P: wedstrijden gespeeld, W: wedstrijden gewonnen, G: gelijke spelen, V: wedstrijden verloren, +: gescoorde doelpunten, -: doelpunten tegen, DS: doelsaldo, Ptn: totaal punten K: kampioen en promotie, EP: eindronde voor promotie, ED: eindronde voor degradatie D: degradatie

Eindronde voor promotie
Waar vorig seizoen de eindrondewinnaar direct mocht promoveren, wordt dit seizoen eerst een kwalificatieronde gespeeld. De twee winnaars treden vervolgens aan in een eindronde met de nummers 15 en 16 uit Eerste Klasse, FCV Dender EH en KSV Roeselare.

Op de voorlaatste speeldag van de eindronde verzekerde eersteklasser KSV Roeselare zich van de winst.

Degradatie-eindronde
Normaal speelde enkel het nummer 16 de eindronde voor behoud, maar als tijdelijke overgangsmaatregel werd dit gespeeld door de teams die eindigden op plaatsen 15, 16 en 17: R. Olympic Club de Charleroi-Marchienne, R. Excelsior Virton en KFC Vigor Wuitens Hamme. Deze drie teams speelden een eindronde met een aantal derdeklassers en ging daar van start in de tweede ronde van die eindronde.

Topscorers

Tweede klasse voetbal België
Belgisch competitievoetbal 2008/09