De Abdij van Obermünster was een tot de Beierse Kreits behorende vorstelijke abdij binnen het Heilige Roomse Rijk.

Het klooster lag binnen de muren van de rijksstad Regensburg.

De Abdij van Obermünster werd vermoedelijk in de achtste eeuw gesticht en wordt in 866 met zekerheid vermeld. Het werd door keizer Lodewijk de Duitser in 833 voor het Rijk verworven door ruil tegen het klooster Mondsee van het prinsbisdom Regensburg verworven. Koningin Hemma werd zelf abdis van het klooster, dat een vorstelijk sticht voor adellijke dames bleef. In 1002 kwam het onder koninklijke beschermingen in 1229 ook onder pauselijke bescherming.

Paragraaf 25 van de Reichsdeputationshauptschluss van 25 februari 1803 voegde de abdij bij een nieuwe staat: het vorstendom Regensburg, dat weer deel uitmaakt van het keurvorstendom van de aartskanselier.

In een verdrag van 16 februari 1810 met Frankrijk stond de keurvorst (die inmiddels sinds 1806 de titel vorst-primaat droeg) het vorstendom Regensburg en dus ook de voormalige abdij Sankt Emmeram af aan Frankrijk, dat het vervolgens afstond aan het koninkrijk Beieren.

Abdissen
 Mathilde ca. 900/945
 Irmgard
 Salome
 Wikpurg 1020-1029
 ?
 Willa 1052-1089
 Hazecha 1089- ?
 Hadamuda 1117
 Hadwiga 1142-1177
 Euphemia van Helffenstein 1193
 Gertrude I 1216
 Jutta 1259
 Gertrude II 1265
 Wilburg van Leuchtenberg 1272
 Ryssa I van Leuchtenberg 1286-1292
 Ryssa II van Dornberg 1299
 Bertha Walterin -1325
 Adelheid van Arenbach
 Catharina van Murach
 Agnes I. van Wunebach -1374
 Elisabeth I van Parsberg 1374-1400
 Elisabeth II van Murach 1400-1402
 Margaretha I Sattelbogerin -1435
 Barbara van Absberg 1435-1456
 Kunigunde van Egloffstein 1456-1479
 Sibylla van Paulsdorff 1479-1500
 Agnes II van Paulsdorff 1500- ?
 Catharina II van Redwitz 1533-1536, †1560
 Wandula van Schaumberg 1536-1542
 Barbara II van Sandizell -1564
 Barbara III Ratzin 1564-1579
 Magdalena van Gleissenthal 1579-1594
 Margaretha II Mufflin 1594-1608
 Catharina Praxedis van Perckhausen 1608-1649
 Maria Elisabeth van Salis 1649-1683
 Maria Theresia van Sandizell 1683-1719
 Anna Magdalena Franziska von Dondorff 1719-1765
 Maria Franziska van Freudenberg 1765-1775
 Maria Josepha van Neuenstein-Hubacker 1775-1803

Obermun
Obermun
Obermun
Geschiedenis van Regensburg
Geschiedenis van Beieren
Kloosterruïne