Het seizoen 1998/99 was het 82e seizoen van de Coupe de France in het voetbal. Het toernooi werd georganiseerd door de Franse voetbalbond.

Dit seizoen namen er 5957 clubs deel. De competitie ging in de zomer van 1998 van start en eindigde op 15 mei 1999 met de finale in het Stade de France in Saint-Denis. De finale werd gespeeld tussen FC Nantes (voor de zevende keer finalist) en CS Sedan (voor de vierde keer finalist). FC Nantes veroverde voor de tweede keer de beker door CS Sedan met 1-0 te verslaan.

Als bekerwinnaar nam FC Nantes in het seizoen 1999/2000 deel in de UEFA Cup.

Uitslagen

1/32 finale
De 18 clubs van de Division 1 kwamen in deze ronde voor het eerst in actie. De wedstrijden werden op 23 en 24 januari en 9 februari (2e wedstrijd tussen St.Germain-Thouars) gespeeld. 
  * = thuis; ** drie wedstrijden werden op neutraal terrein gespeeld; *** 1e wedstrijd (in Angers) werd na 67 minuten afgebroken vanwege dichte mist, de 2e wedstrijd werd in Poitiers gespeeld.

1/16 finale
De wedstrijden werden op 19, 20 en 21 februari gespeeld.
  * = thuis; ** vier wedstrijden werden op neutraal terrein gespeeld.

1/8 finale
De wedstrijden werden op 13 en 14 maart gespeeld.
  * = thuis; ** twee wedstrijden werden op neutraal terrein gespeeld.

Kwartfinale
De wedstrijden werden op 8,9 en 11 april gespeeld.
  * = thuis; ** Nimes-Angoulême in Poitiers.

Halve finale
De wedstrijden werden op 27 (Sedan-Le Mans) en 28 april (Nantes-Nimes) gespeeld.
  * = thuis

Finale
De wedstrijd werd op 15 mei 1999 gespeeld in het Stade de France in Saint-Denis voor 78.586 toeschouwers. De wedstrijd stond onder leiding van scheidsrechter Pascal Garibian.

Zie ook
Frans voetbalkampioenschap 1998/99
Coupe de la Ligue 1998/99

Coupe de France naar seizoen
Bekervoetbal 1998/99