De CECAFA Cup 1999 was de 23e editie van de CECAFA Cup georganiseerd door de CECAFA (Confederation of East and Central Africa Football Association). Het toernooi duurde van 24 juli tot en met 7 augustus 1999 en werd gehouden in Rwanda. Er deden 12 landen mee, maar het thuisland stuurde 2 teams naar het toernooi. Rwanda deed mee met een A-team en een B-team. Het B-team won het toernooi door in de finale Kenia met 3–1 te verslaan. Het A-team van Rwanda werd derde.

Deelnemers

Groepsfase

Groep A

Groep B

Groep C

Groep D

Rwanda won de loting.

Knock-outfase

Kwartfinale

Halve finale

Troostfinale

Finale

Externe link 
  Officiële website van de CECAFA
  CECAFA Cup 1999 op rsssf

Voetbal in 1999
Voetbal in Rwanda
CECAFA Cup
Sportevenement in Rwanda