Bij een annuïteitenhypotheek wordt gedurende de looptijd - bij gelijkblijvende rente - een vast bedrag aan rente en aflossing (annuïteit) betaald. Op deze manier betaalt u steeds hetzelfde bruto bedrag. Echter de netto lasten stijgen gedurende de looptijd, omdat u steeds minder rente betaalt. De vaststelling van deze annuïteit geschiedt altijd zo dat aan het einde van de looptijd de volledige hypotheekschuld is afgelost. De annuïteiten worden veelal maandelijks voldaan.
Bij de lineaire hypotheek wordt gedurende de looptijd periodiek een vast bedrag afgelost. Bij een looptijd van 30 jaar (= 360 maanden) moet per maand dus 1/360e deel worden betaald. Gevolg hiervan is dat de rente en daarmee de fiscale aftrek jaarlijks lager worden. Door de geldverstrekker wordt de lineaire hypotheek nog wel eens vereist vanwege de snelle aflossing in de beginfase, bijvoorbeeld bij incourante onderpanden. Op deze manier vermindert het risico voor de bank snel.