Het seizoen 1988/1989 van FC Groningen was het 18e jaar in het Nederlandse betaald voetbal voor de club uit Groningen. De club kwam dit seizoen uit in de Eredivisie, de KNVB Beker en de Uefa Cup. Het was een van de meest spraakmakende seizoenen van de club, naast dat voor het eerst de finale van het bekertoernooi gehaald werd kwam ook de zwartgeldaffaire van de club dit seizoen naar buiten.

Het was het eerste seizoen van de Groningers onder de nieuwe trainer Hans Westerhof, welke over kwam van ACV. Onder leiding van Westerhof behaalde het Groningse elftal de zesde plaats in de eindrangschikking van de Eredivisie, een goed resultaat voor de Groningers die een seizoen eerder nog als nummer elf eindigde. 

In het KNVB Bekertoernooi werd voor het eerst in de geschiedenis van de club de finale van het toernooi gehaald. Na onder andere Ajax en Willem II verslagen te hebben bleek PSV in de finale een maatje te groot. 

Doordat FC Groningen het voorgaande seizoen de nacompetitie om Europees voetbal had gewonnen mocht men dit seizoen uitkomen in de UEFA Cup. Het Europese avontuur begon goed, door in de eerste ronde ten koste van Atlético Madrid door te gaan en in de tweede ronde Servette FC te verslaan. In de derde ronde bleek het Duitse VfB Stuttgart te sterk, waardoor het avontuur daar eindigde voor de Groningers.

Op 23 januari 1989 viel de FIOD het stadion van de club binnen, waarbij de boekhouding en de administratie van de club in beslag werd genomen. Uit onderzoek bleek dat er bij het aantrekken van verschillende spelers voor 5 miljoen gulden gefraudeerd zou zijn. De affaire leidde uiteindelijk tot het opstappen van voorzitter Renze de Vries.

Selectie

Eredivisie

Wedstrijden

Eindstand

KNVB Beker

Wedstrijden 

*Na verlenging

UEFA Cup

Wedstrijden 

1989
Groningen