De marathon van Fukuoka 1999 werd gelopen op zondag 5 december 1999. Het was de 53e editie van deze Fukuoka. Aan deze wedstrijd mochten alleen mannelijke elitelopers deelnemen.

De Ethiopiër Gezahegne Abera finishte als eerste in 2:07.54.

Uitslag 

Fukuoka 1999
Fukuoka