Het tweede deel van de header bestaat uit de sitenavigatie. Het menu bevat links naar alle hoofdonderdelen van de site. Naar goed gebruik staan de links in een element <nav>. Dit zegt de HTML-specificatie daarover:
Het element <nav> representeert een sectie in de pagina die koppelingen bevat naar andere pagina’s of andere delen van de pagina: een sectie met navigatiekoppelingen.
Niet alle links horen thuis in <nav>. Het element is bedoeld voor navigatie van de site, niet voor een lijst van gerelateerde links; die komen in een <aside>.