Mede als gevolg van het Nederlands-Indonesische conflict over Nieuw-Guinea worden in 1957 Nederlandse ondernemingen onder staatstoezicht gesteld en vervolgens genationaliseerd. Er vindt in deze tijd ook een ware exodus plaats van Nederlanders uit Indonesië. De laatste Nederlandse loges lopen nu snel leeg. Zo dooft Jan Müllemeister van Loge "De Vriendschap" op 22 februari 1959 de lichten in Soerabaja. De laatste Nederlandse loge die de lichten dooft is -passend genoeg- "De Ster in het Oosten". Op 23 juni 1960 staakte zij haar werkzaamheden gevolgd door een afscheidsbijeenkomst.
Diverse loges verhuizen naar Nederland ("De Ster in het Oosten" verhuist naar Bilthoven, De Vriendschap verhuist naar Den Haag, en "Sint Jan" wordt heropgericht in Den Haag). Een groot deel van de achttiende- en negentiende-eeuwse archieven van de Indische loges wordt tijdig overgebracht naar Nederland, maar veel achtergebleven gebouwen en bezittingen gaan verloren.