Vanaf begin 2008 heeft de Johanniter Opvang een cliëntenraad . Deze raad behartigt de gemeenschappelijke belangen van alle cliënten binnen de Johanniter Opvang. Het is een onafhankelijk en zelfstandig orgaan.
Drie van de vier leden binnen de raad zijn (ex)cliënten / bewoners van de Johanniter Opvang. De leden houden regelmatig contact met de cliënten van alle voorzieningen. Op die manier blijft de raad op de hoogte van het reilen en zeilen binnen de Johanniter Opvang en kan de raad eventuele knelpunten signaleren.
Zes keer per jaar vergaderen de leden en bij drie daarvan is de directie aanwezig. Onderwerpen die aan bod kunnen komen zijn onder andere: veiligheid, privacy, huisregels en duidelijke informatie voor cliënten.