De eerste Nederlandse handelspost of factorij werd in 1609 op het eiland Hirado gevestigd door Jacques Specx. 
In 1623 werd Tokugawa Iemitsu de derde shogun van het Tokugawa-shogunaat. Vanaf dat moment was het Japanse overheidsbeleid gericht op de vernietiging van de missie van de jezuïeten in Japan en het christendom meer in het algemeen in het land. Tot 1639 konden Portugese schepen in Japanse havens blijven handelen. 

Dit beleid paste in de opvatting dat buitenlandse invloeden tot een minimum moesten worden teruggebracht. In 1639 werd het besluit van de Sakoku genomen en uitgevoerd dat tot 1867 een vrijwel gehele afsluiting van Japan voor de buitenwereld tot resultaat had. Japanners werd verboden het land te verlaten. De eliminatie van het christendom was een onderdeel van dat beleid. Naast Chinese en Koreaanse schepen konden alleen Nederlandse schepen nog handel drijven in het land.

In 1637 en 1639 waren een aantal pakhuizen op Hirado gebouwd die dit feit met vermelding van de christelijke jaartelling op de gebouwen benoemden. Het shogunaat eiste daarop de onmiddellijke sloop van de gebouwen. Het argument werd ook gebruikt om de Nederlanders te dwingen te verhuizen naar Dejima nabij Nagasaki. Het is mogelijk dat de feitelijke reden voor het shogunaat lag in de wens om de in Hirado dominante clan de voordelen van de handel met Nederlandse schepen te ontnemen. 

In 1640 kreeg opperkoopman François Caron de opdracht de pakhuizen op Hirado zo snel mogelijk af te breken. Daartoe werd 's nachts doorgewerkt.Maximiliaan le Maire kreeg toestemming zeven lege huizen te betrekken op het waaiervormige Dejima en mocht acht pakhuizen in gebruik nemen. Hij moest alle Japanse klerken naar huis sturen. Hij had - zoals ook de daimyo's - de plicht een hofreis naar Edo te maken. Aanvankelijk werd ieder jaar een dergelijke reis gemaakt. Na 1790, werd dit door het afnemen van het economisch belang van de handelspost, eens per vier jaar.  

Vanaf 1641 waren ongeveer twintig Nederlanders op het eiland woonachtig: vier opperkooplieden, een koopman, drie onderkooplieden, een chirurg, een aantal assistenten en jongens in opleiding. De op de handelspost overleden Nederlanders kregen aanvankelijk een zeemansgraf, aangezien er geen kerkhof was.

Het opperhoofd had de leiding van de factorij. Vanaf 1641 moest hij ieder jaar worden vervangen. Vanwege het directe belang van Formosa bij de aan- en afvoer, zijn een aantal opperhoofden ook op dat eiland aangesteld. 

Hieronder een lijst van de opperhoofden van Hirado en van Dejima:

Hirado

 1609-1613 Jacques Specx
 1613-1614 Hendrik Brouwer
 1614-1621 Jacques Specx (2e periode)
 1621-1623 Leonard Camps
 1623-1632 Cornelis van Nijenrode
 1632-1633 Pieter van Santen
 1633-1639 Nicolaes Coeckebacker
 1639-1641 François Caron (3-2-1639 - 13-2-1641)

Dejima

Geschiedenis van Nagasaki
 
VOC-opperhoofden in Japan
VOC-opperhoofden