Tussen de verschillende eilanden van Indonesië varen openbare ferryboten. Reis je met jouw privé-auto en chauffeur van het ene eiland naar een ander, dan zijn de ferrykosten bij de autoprijs inbegrepen. Neem je zelf de ferry, dan kun je individuele tickets voor de ferry ter plekke kopen.
Op verschillende plekken in Indonesië varen openbare fastboats. Deze snelle boten varen tussen Bali en Lombok (waaronder de Gili-eilanden) en ook naar bijvoorbeeld de Mentawai-eilanden, Karimunjawa, Banda Neira, Seram, Saparua en Raja Ampat. Fastboats zijn comfortabel, maar wel gevoelig voor mindere weersomstandigheden. Bij hogere golven is er de kans dat ze worden stilgelegd (en moet er naar alternatieve boten of vluchten gekeken worden). Indotracks kan de tickets voor de verschillende fastboats vooraf voor je bestellen.
Vanuit Labuanbajo op Flores varen boten naar de eilanden van het Komodo National Park. Indotracks kan deze boottochten met privé-boten organiseren. Er zijn dagtrips mogelijk, maar ook meerdaagse boottrips (liveaboard). Er is een keuze tussen eenvoudige dekboten (waarbij je onder een afdak op een matrasje op het dek slaapt) of meer comfortabele cabine-boten (waarbij je slaapt in cabines).
Tussen de grote eilanden van Indonesie varen boten van het staatsbedrijf Pelni. Vanwege de onbetrouwbare vaarschema's en minimale service ontraden wij reizen met deze boten (tenzij er geen andere mogelijkheden zijn).