De 49e editie van de Belgische wielerwedstrijd Grote Prijs Raf Jonckheere werd verreden op 26 juli 1999. De start en finish vonden plaats in Westrozebeke. De winnaar was Wim Omloop, gevolgd door Marc Streel en Mikael Kyneb.

Uitslag 

Grote Prijs Raf Jonckheere  Eendagswielerwedstrijd in 1999