Het seizoen 1988/89 van de KNVB beker was de 71ste editie van de Nederlandse voetbalcompetitie, met als inzet de KNVB beker en een plek in de Europacup II. Het toernooi bestond uit zes knock-outronden. Het toernooi kende PSV als winnaar, het versloeg FC Groningen in de finale en ontving de beker voor de vijfde keer.

In totaal namen 64 teams deel aan de competitie: achttien clubs uit de Eredivisie, negentien clubs uit de Eerste divisie en 27 amateurclubs. De amateurclubs hadden zich in het voorgaande seizoen via kampioenschappen, districtsbekers en periodetitels voor het toernooi geplaatst.

De eerste ronde vond plaats op 1 en 2 oktober 1988. De finale was op 25 mei 1989. PSV versloeg Groningen in de finale met 4-1.

Verloop 
In de eerste ronde kregen de 27 amateurclubs en de vijf in het vorig seizoen laagst geëindigde teams uit de Eerste divisie een thuiswedstrijd toegewezen. Vijf amateurclubs wisten zich ten koste van een profclub te plaatsen voor de tweede ronde: Rijnsburgse Boys, Spakenburg, VVOG, VC Vlissingen en Blauw Wit. PSV won maar nipt van de amateurs van Rheden (2-1).

Van de amateurclubs kwam VVOG uiteindelijk tot de derde ronde en Vlissingen zelfs tot de kwartfinale. Vlissingen (met een tot dan toe onbekende Peter van Vossen) versloeg achtereenvolgens De Graafschap, BVV Den Bosch en Telstar, voordat het werd uitgeschakeld door FC Den Haag. VVOG werd in de derde ronde met 1-0 verslagen door FC Groningen, dat vervolgens in de kwartfinale Ajax met maar liefst 3-0 uitschakelde.

De halve finales gingen tussen PSV en Eerste-divisionist FC Den Haag en FC Groningen en Willem II en eindigden in respectievelijk 5-2 en 5-1. Voor Groningen was het de eerste keer in de historie dat het zich plaatste voor de bekerfinale. PSV won hierin echter, met 4-1. Het doelpunt van Romário in de tweede minuut van de wedstrijd is het snelste doelpunt in een KNVB bekerfinale ooit. PSV veroverde in het jaar 1989 ook de landstitel en verzekerde zich zodoende van de dubbel. Doordat PSV tevens landskampioen was geworden, plaatste FC Groningen zich als verliezend bekerfinalist voor de Europacup II 1989/90.

1e ronde

2e ronde

3e ronde

Kwartfinales

Halve finales

Finale

Wedstrijd

Zie ook 
 KNVB bekerfinales
 , door de Rec.Sport.Soccer Statistics Foundation (RSSSF)

KNVB Beker (mannen) naar seizoen
KNVB
Nederlands voetbalseizoen 1988/89