Scarificeren is in de plantkunde de naam voor een aantal processen waarbij de zaadhuid doordringbaar wordt voor lucht en water, waardoor kieming kan plaatsvinden. De naam komt van het Engelse woord scar dat 'litteken' betekent.

Veel planten hebben een harde zaadhuid die in het begin niet doordringbaar is voor lucht of water. Sommige planten hebben van nature al vuur nodig waardoor deze huid doordringbaar kan worden, bijvoorbeeld in het Chaparral-bioom in Californië. Kunstmatig scarificeren betekent dat natuurlijke processen versneld worden, waardoor het zaad sneller tot kieming komt.

Er zijn verschillende vormen van scarificeren:
Mechanisch scarificeren: door de zaadhuid te bewerken met een metalen vijl, met schuurpapier, door het in te kerven met een mes of voorzichtig open te breken met een hamer
Chemisch scarificeren: bijvoorbeeld door het zaad in geconcentreerd zwavelzuur te dompelen
Thermisch scarificeren: door het zaad in heet water te dompelen of bloot te stellen aan vuur of rook

Nadat het zaad gescarificeerd is moet het snel gezaaid worden, omdat het niet lang houdbaar meer is.

Zie ook 
Stratificatie (botanie)

Plantenfysiologie
Tuinieren