1998-99 was het zevende seizoen van de Beker van Kazachstan. De 14 deelnemende ploegen streden van 6 mei 1998 t/m 16 juli 1999 in een knock-outsysteem. Alle rondes (behalve de finale) bestonden uit een heen- en een terugwedstrijd.

Achtste finale
De wedstrijden werden gespeeld op 6, 8, 26, 28 mei & 15 juli 1998.

Kwartfinale
De wedstrijden werden gespeeld op 28 mei, 24, 26, 29 juli, 9 augustus, 9 & 22 oktober 1998.

Halve finale
De wedstrijden werden gespeeld op 4 mei, 6, 17 juni & 6 juli 1999.

4 Vostok FK Öskemen heet m.i.v. 1999 Vostok-Altın FK Öskemen.

Finale
</div>

Externe link
 Statistieken op de site van Kazachstanskij Futbol (Russisch)

Beker van Kazachstan
Kazachstan