Een stam van een micro-organisme is een verzameling micro-organismen die afstamt van één enkel geïsoleerd micro-organisme. Ieder micro-organisme bezit daardoor exact dezelfde genetische eigenschappen als het oorspronkelijke micro-organisme. De term stam heeft hier niets te maken met het begrip stam zoals gebruikt in de taxonomie.

"Stammen" komen voor bij bacteriën, schimmels (onder andere gisten) en virussen. Virussen worden echter niet tot de micro-organismen gerekend.

Door middel van een reincultuur kan een zuiver isolaat worden verkregen van cellen van één enkele stam. Het kweken van een reincultuur kan dienen voor de identificatie van de stam bij diagnostisch onderzoek of bij taxonomie, of voor toepassing in de industrie en wetenschappelijk onderzoek.

Iedere stam behoort tot een bepaalde soort (bijvoorbeeld Saccharomyces cerevisiae). Als precies bekend is wat de genetische verschillen zijn met die van andere stammen van dezelfde soort, krijgt de stam een eigen naam door toevoeging van een naam of letter-cijfercombinatie aan de soortnaam.

Nomenclatuur 
Bacteriën Iedere bacteriestam behoort tot een bepaalde soort (bijvoorbeeld E. coli). Als precies bekend is wat de genetische verschillen zijn met die van andere stammen van dezelfde soort krijgt de stam een eigen naam door toevoeging van een naam of letter-cijfercombinatie aan de soortnaam. Zo zijn Escherichia coli EPEC en Escherichia coli ETEC verschillende stammen van E. coli.
Virussen Bij virussen is de naamgeving anders. A/Vietnam/1194/2004 (H5N1) is een stam van het subtype H5N1 van het influenza-virustype A. Het is speciaal gekweekt voor de productie van een griepvaccin, komt oorspronkelijk uit Vietnam en is in 2004 geïsoleerd.
 Schimmels  Bij de schimmels, geen gist zijnde, wordt niet van een stam maar een fysio gesproken.

Ontstaan van nieuwe stammen 
Het DNA van een micro-organisme kan veranderen door spontane mutatie, omgevingsfactoren, contact met een vreemd micro-organisme of door menselijk ingrijpen met behulp van genetische modificatie. Een micro-organisme met veranderde genetische eigenschappen is het begin van een nieuwe stam. Zo'n stam is te beschouwen als een verzameling genetische kopieën van één enkel micro-organisme, die tezamen een variëteit van een soort vormen.

Toepassingen 

Bacteriestammen worden inmiddels op talloze wijzen benut. Enkele voorbeelden:
Een medische toepassing is de inname van bacteriën tegen de ziekte van Crohn.
Voor diabetespatiënten wordt insuline gemaakt met behulp van genetisch gemanipuleerde E coli-bacteriën.
Ook worden genetisch gemodificeerde bacteriën gebruikt voor de productie van aminozuren als additief in veevoer.
De culturen die gebruikt worden bij de productie van yoghurt bevatten bacteriestammen die per fabrikant verschillen.   Zie ook: Lactobacillus casei

Zie ook 
 Antigene shift (het ontstaan van nieuwe virus-subtypen)
 Fysio
 Pathotype
 Reincultuur

Bacteriologie