Het jaar 1039 is het 39e jaar in de 11e eeuw volgens de christelijke jaartelling.

Gebeurtenissen 
 4 juni - keizer Koenraad II overlijdt te Utrecht en wordt opgevolgd door zijn zoon Hendrik III.
 Casimir, de zoon van de overleden koning Mieszko II Lambert, vormt een leger waarmee hij de hereniging van Polen inzet. Hij wordt hertog van Polen.
 De Sint-Servaasbasiliek (Maastricht) wordt door twaalf bisschoppen gewijd in aanwezigheid van keizer Hendrik III.
 In Utrecht wordt de bouw van de Pieterskerk begonnen, mogelijk als begin van een kerkenkruis.
 Napels valt in handen van de Noormannen, die daarmee geheel Zuid-Italië beheersen.
 Gruffudd ap Llywelyn verslaat koning Iago ab Idwal van Gwynedd, neemt diens rijk over en dwingt zijn zoon Cynan ab Iago te vluchten naar Ierland. Ook verslaat hij Hywel ab Edwin van Deheubarth en plundert Ceredigion, en verslaat de Engelsen van Mercia in de slag bij Rhyd-y-Gors
 Waldetrudis van Bergen wordt heilig verklaard.
 De latere koning Andreas I van Hongarije trouwt met Anastasia van Kiev (jaartal bij benadering)
 Voor het eerst genoemd: Libeň

Opvolging 
 Aquitanië en Poitiers - Otto opgevolgd door zijn halfbroer Willem VII.
 Bergen - Reinier V opgevolgd door zijn zoon Herman
 Chalon - Hugo I opgevolgd door zijn neef Theobald
 Duitsland, Italië en Bourgondië - Koenraad II opgevolgd door zijn zoon Hendrik III
 bisdom Freising - Egilbert van Moosburg opgevolgd door Nitker
 Gascogen - Otto opgevolgd door zijn neef Bernard II van Armagnac
 Gwynedd (inclusief Powys) - Iago ab Idwal opgevolgd door Gruffudd ap Llywelyn
 West-Frisia - Dirk III opgevolgd door zijn zoon Dirk IV
 katapanaat van Italië - Michael Spondyles opgevolgd door Nicephorus Doukeianos
 Karinthië en Verona - Koenraad II opgevolgd door koning Hendrik III
 Weimar - Willem III opgevolgd door zijn zoon Willem IV

Geboren 
 Anselmus, aartsbisschop van Canterbury

Overleden 
 30 januari - Sophia van Gandersheim (~64), Duits abdis
 10 maart - Otto (~27), hertog van Gascogne (1032-1039) en Aquitanië (1038-1039) en graaf van Poitiers
 16 april - Willem III, graaf van Weimar (1003-1039)
 27 mei - Dirk III, graaf van West-Frisia (993-1039)
 4 juni - Koenraad II (~48), koning en keizer van Duitsland (1024-1039)
 20 juli - Koenraad II (~35), hertog van Karinthië en markgraaf van Verona (1035-1039)
 4 november - Hugo I, graaf van Chalon
 29 november - Adalbero van Eppenstein (~59), hertog van Karinthië en markgraaf van Verona (1011-1035)
 Hu Ze (~76), vergoddelijkt Chinees staatsman
 Iago ab Idwal, koning van Gwynedd (1023-1039)
 Reinier V, graaf van Bergen (1013-1039)

Jaar