De thermische energie kan ook in de woonboot eenvoudig met warmtewisselaars worden teruggewonnen. De meeste thermische energie bevindt zich in het grijze water. Het terugwinnen van de warmte uit het douchewater biedt veel perspectief omdat de gewonnen warmte (of het teruggewonnen warme water) direct weer bij het douchen kan worden hergebruikt. Hiervoor zijn inmiddels kant-en-klare douchecabines op de markt die eenvoudig in elke woning kunnen worden geplaatst.
De extra kosten van de investering laten zich via de energiebesparing terugverdienen. Het totale energieverbruik van een woonboot zal dalen. Houd er wel rekening mee dat na warmteterugwinning een eventueel helofytenfilter minder goed werkt (doordat het water kouder is) en dus groter moet zijn.
Diverse sanitairspecialisten leveren al baden en douchecabines waarin de warmte wordt teruggewonnen en hergebruikt.