De boommier komt vooral in loofbossen voor, al bouwt hij zijn nest ook wel eens in een geïsoleerde boom. In huizen wordt hij soms aangetroffen in een oude balk. Meestal betreft het hout met een hoog vochtgehalte dat door een schimmel is aangetast. De boommier als bewoner van een bosmierennest is wel erg uitzonderlijk.