De Nederlandse Kankerregistratie (NKR) wordt beheerd door medewerkers van Integraal Kankercentrum Nederland (IKNL). De gegevens worden door speciaal opgeleide registratiemedewerkers van IKNL in de ziekenhuizen verzameld op basis van informatie in het medisch dossier. Zij hebben hiervoor toestemming van de specialisten en de ziekenhuizen.
De registratiemedewerkers registreren de gegevens van alle patiënten met kanker die in een ziekenhuis zijn opgenomen of waarvan de ziekte door middel van weefselonderzoek is vastgesteld. Zo wordt ruim 95 procent van alle gevallen van kanker in Nederland geregistreerd in de NKR. De registratie betreft een tumorregistratie, wat betekent dat er van een patiënt meer tumoren in de registratie kunnen voorkomen.
De belangrijkste bronnen voor de gegevens die worden verzameld in de NKR zijn:
pathologielaboratoria (deze zijn aangesloten bij het Pathologisch Anatomisch Landelijk Geautomatiseerd Archief (PALGA). PALGA levert ten behoeve van de kankerregistratie wekelijks overzichten van nieuwe maligniteiten.)
medische registraties van ziekenhuizen (tevens wordt gebruik gemaakt van gegevens uit de Landelijke Medische Registratie (LMR), een registratie van ontslagdiagnoses)