Na de inslag van de eerste brokstukken toonde de Hubble Space Telescope een zwarte vlek met een diameter van 6 000 km, half zo groot als de aarde dus. Er ontstonden echter geen grote draaikolken, en dus ook geen nieuwe "Grote Rode Vlek", zoals sommigen hadden gedacht. De explosie zorgde wel voor een enorme plotse warmteontwikkeling. Op infraroodfoto's was een vuurzuil te zien die heter was dan het vulkanische maantje Io. Ook werd op 19 juli, bij de inslag van brokstuk K, een opstoot van röntgenstralen gemeten. De straling hield drie minuten aan, en werd mogelijk veroorzaakt door de verstoring van het magnetische veld van Jupiter door het brokstuk.
Afbeelding: Enkele sporen, nagelaten door de impact van brokken van de komeet Shoemaker-Levy 9 op Jupiter. [Foto: STScI]
De littekens op Jupiter bleven een tweetal jaar bestaan, in de vorm van wervelingen in de atmosfeer en donkere plekjes waar gaten in de wolken waren geslagen. Intussen is Jupiter echter geheel hersteld.