De Primera División 1998/99 was de 68e uitvoering van de hoogste betaaldvoetbalafdeling in Spanje. FC Barcelona werd onder Louis van Gaal voor het tweede jaar op rij landskampioen.

Promovendi 
Gepromoveerd uit de Segunda División A waren Villarreal CF, CF Extremadura en Deportivo Alavés.

Stand

Uitslagen 
 

Groen : Thuisteam heeft gewonnen
Blauw : Gelijkspel
Rood : Uitteam heeft gewonnen

Topscorers 
De Pichichi-trofee wordt jaarlijks uitgereikt aan de topscorer van de Primera División. In 1998/1999 werd Raúl topscorer met 25 doelpunten.

Primera División
Competitievoetbal 1998/99