De archiefbescheiden van de Enquête-Commissie Regeringsbeleid 1940 - 1945 werden aangetroffen in het Centraal Archief van de Tweede Kamer der Staten-Generaal, Binnenhof I A, in het gedeelte van de semi-statische archiefbewaarplaats. Nadat de Commissie was opgeheven, berustte het archief aanvankelijk in de archiefbewaarplaats van de Bibliotheek van de Kamer, om tenslotte, in de zeventiger jaren, te verhuizen naar het hierboven genoemde Centraal Archief van de Kamer.
Gedurende het bestaan van de Commissie, in de periode 12 november 1947 - 21 december 1956 is het hoofd van de administratie van het bureau van de Commissie belast geweest met het beheer van al haar archiefbescheiden. Hij registreerde de ingekomen - en uitgaande bescheiden in de correspondentieregisters en vormde het archief. De onder zijn leiding functionerende archiefambtenaren waren vooral belast met het vermenigvuldigen van de door derden ter informatie toegezonden bescheiden en van de vergaderstukken ten behoeve van alle leden van de Commissie. De aan de Commissie toegezonden bescheiden werden, nadat deze ten behoeve van elk van de commissieleden waren vermenigvuldigd, naar de afzenders teruggezonden.
De minuten van de notulen der vergaderingen van de plenaire Commissie werden door het hoofd van het bureau afzonderlijk bewaard. Deze minuten werden nergens aangetroffen. Desgevraagd wist niemand mee te delen, waarom deze minuten uit het archief verdwenen zijn. Wel werden aangetroffen gestencilde afschriften van deze notulen.
De meeste archiefbescheiden van de Commissie waren opgeborgen in portefeuilles en ordners; de rest lag in mappen en los in stapels.