Zo’n 5.000-6.000 jaar geleden had de Noordzee in grote lijnen haar huidige vorm aangenomen. Omstreeks die tijd moet ter plekke van het oostelijke Nederlandse Waddengebied ook een Waddengebied zijn ontstaan, met aan de Noordzee-zijde eilanden: de voorlopers van onze huidige Waddeneilanden.
Het achterliggende waddengebied ving steeds een deel van het zand in dat bij vloed naar binnen werd gevoerd. Door de doorgaande zeespiegelstijging kon steeds meer zand naar binnen worden gevoerd en opgeslagen in het waddengebied zonder dat dit gebied verzandde. Het ingevangen zand kwam vrij uit de Noordzeekust van de Waddeneilanden. Deze trokken zich daardoor geleidelijk in landwaartse richting terug’. Door de zeespiegelstijging trok ook de vastelandskust zich terug voordat de mens dit tegen ging.
Dit in tegenstelling tot Holland waar het zandaanbod dermate groot was dat het oorspronkelijk aanwezige Waddengebied daar verzandde en de zeegaten zich sloten, waarna de kust, ondanks de doorgaande zeespiegelstijging tot ca. 800 A.D. zeewaarts kon uitbouwen.
Terwijl de zeespiegelstijging steeds langzamer verliep nam de kust haar huidige profiel aan. Daarbij kwam zand vrij dat kustwaarts en naar het achterliggende waddengebied werd getransporteerd. Door de doorgaande zeespiegelstijging raakten de kwelders en het veen overspoeld door de Noordzee en werden deze met sediment bedekt of verdwenen door afslag. Niet altijd heeft zeewaarts van de plaats waar nu Ameland ligt een eiland gelegen. Soms verplaatsten zeegaten zich in oostwaartse richting en bevond zich ter hoogte van het huidige Ameland een opening.
De hoeveelheid leven op een waddenplaat is een aantal malen hoger dan een weiland en ook de kwelders zijn een rijke bron van voedsel. Door deze enorme rijkdom aan voedsel is het waarschijnlijk dat de mens hier op af kwam. Een aanwijzing hiervoor is dat twee 6.000 jaar oude landbouwhakken werden gevonden in suppletiemateriaal dat opgezogen werd ter hoogte van de vroegere positie van de eilandenboog.
Zij laten zien dat de vroege bewoners van het Waddengebied aan landbouw hebben gedaan. Daarnaast zullen zij vis hebben gevangen, schelpen hebben verzameld en hebben gejaagd op vogels en ander wild. Op de overgang naar het land ontstonden kwelders en meer landwaarts vond veenvorming plaats. Hun levenspatroon is vermoedelijk vergelijkbaar geweest met de kustbewoners van Ypenburg, die in dezelfde periode op lage duinen bij de zee woonden.
In het begin van onze jaartelling ligt de eilandenboog vermoedelijk iets noordwaarts van de huidige eilandenboog, maar strekt het eiland Vlieland al zo ver zuidwaarts dat de noordkust van het huidige oostelijke deel van het eiland er al onder viel.
Rond het jaar 0 liggen er in totaal vanaf de Rijnmonding tot Esbjerg zo’n 23 eilanden. Dit wijst er, samen met modelmatige reconstructies van de getijhoogte, op dat vermoedelijk de getijdenverschil in die tijd iets kleiner is dan tegenwoordig. Daarom zullen over het algemeen de Waddeneilanden in die tijd dan ook gemiddeld iets langer zijn geweest.