Na zijn aantreden in 1625 als stadhouder koos Frederik Hendrik voor een gematigder koers. Desondanks was het duidelijk dat hij meer sympathie had voor de politieke remonstranten.[2]:544 Frederik Hendrik erkende het contraremonstantisme als de enige officiële staatsgodsdienst, maar vond net als zijn mentor de predikant Johannes Uytenbogaert, dat er ruimte moest zijn voor andere stromingen. Hij ondernam geen poging de door de Staten van Holland en West-Friesland uitgevaardigde godsdienstige plakkaten tegen de remonstranten te laten intrekken. Evenmin ondernam hij actie om de plakkaten af te dwingen in steden, zoals Maurits dat gedaan had. Tegen de contraremonstranten trad hij alleen op als de openbare orde in gevaar was; bijvoorbeeld toen in 1628 de contraremonstrantse bevolking van Amsterdam in opstand kwam tegen de remonstrantse vroedschap en Frederik Hendrik met het leger de orde kwam herstellen. Behendig nam hij een middenpositie in om beide partijen afhankelijk van hem te houden. Omdat de preciezen Frederik Hendrik niet aan hun kant hadden staan, werd hun enige wapen de publiciteit door het verspreiden van pamfletten, wat tot een felle pennenstrijd leidde. In de loop der jaren kwamen er heel langzaam meer rekkelijken in de stadsbesturen en vanaf halverwege de jaren dertig van de zeventiende eeuw kregen die de overhand in de Staten van Holland.