OPMERKING: De zoekvolgorde wordt weergegeven in de bovenste regel(figuur 2A, 1). Afhankelijk van de volgorde van de exonen in het circulaire RNA zal BLAT niet alle exonen met elkaar verbinden. In dit voorbeeld is exon 12 (figuur 2A, 4) niet verbonden met 11 ( figuur2A, 2, 3), omdat exon 12 stroomopwaarts van exon 11 in de cirkelvormige RNA-sequentie(aanvullende figuur 1) is. De repetitieve elementen bevinden zich in het 'herhalingsmasker'-spoor, aangegeven door dozen, waarbij de zwarte naar de grijze kleur de evolutionaire conservering aangeeft(figuur 2A, 5).
Muis over de repetitieve elementen om hun subtype te identificeren in een zwevend venster. De elementen van Alu zijn in de lijn SINE (korte gestrooid kernelement). Gebruik de knop 'standaardtracks' onder het venster om de browser opnieuw in te stellen als er een andere afbeelding is verkregen dan figuur 2.
OPMERKING: Mousing over de exonen in het gendisplay genereert een venster met exonnummers die computer gegenereerd zijn. Deze aantallen komen niet overeen met de exonnummering die in de literatuur wordt gevestigd en veranderen ook tussen isoforms.
Download de DNA-sequentie in het venster door naar View → DNA op de bovenste lijn van de UCSC genoom browser. Selecteer in de optie Sequencing-opmaakde optie Extended Case/Color.
Selecteer de standaardaanvraag als Lager en selecteer de schakelaanvraag voor NCBI refseq. Selecteer onderstrepen en vet en cursief voor Herhaalmasker. Klik op Verzenden. Er zullen exons als hoofdletters en introns als kleine letters. Controleer de exon/intron grenzen.
In dit voorbeeld is er een 'ccctttacCTTTTT'-reeks, wat aangeeft dat de browser de omgekeerde aanvulling weergeeft. Als dit het geval is, ga dan terug en selecteer de omgekeerde complementbox totdat u de juiste exon intron-randen (agEXONgt) ziet, in dit voorbeeld AAAAAGgtaaaggg.
Kopieer het bestand met de juiste oriëntatie (interne exons worden omringd door intronic ag... gt) in een tekstverwerkingsdocument en markeer de exonen (Aanvullende figuur 2).
OPMERKING: In dit voorbeeld is het genomische fragment dat exons 9-12 omvat ongeveer 24 kb en dus te groot om te worden versterkt uit genomisch DNA. Daarom wordt elke exon omgeven door ongeveer 1 kb intronic regio individueel versterkt en deze vier fragmenten worden geassembleerd in een kloonvector.
Selecteer fragmenten die moeten worden versterkt (exon ± 500 nt intron). Zorg ervoor dat de intron niet begint of eindigt in een repetitieve regio, omdat primers in deze regio's specifieke sequenties niet versterken. De geselecteerde regio's worden weergegeven in figuur 2Ben de sequenties daarvan worden weergegeven in supplementaal figuur 3.