Na meerdere klachten van studenten liet het college van bestuur van de Universiteit Leiden half juli 2020 de Klachtencommissie Ongewenst Gedrag onderzoek doen naar Kinnegings gedragingen tijdens colleges. De commissie kreeg daarbij de opdracht om onder andere onderzoek te doen naar discriminatie, seksuele intimidatie, schelden en het heimelijk maken van opnames tijdens overhoringen en het delen daarvan met derden.
Van de negen klachten verklaarde de commissie er vier gegrond. Volgens de commissie creëerde Kinneging een onveilige situatie door zonder toestemming overhoringen op te nemen en met derden te delen. Ook sprak hij in groepsverband individuele studenten indringend toe. Zo sprak hij twee studenten aan op hun christelijke achtergrond (“kom eens uit je gereformeerde bubbel”), waarmee hij volgens de commissie zorgde voor een “onveilige c.q. intimiderende sfeer’ en “de grenzen van betamelijkheid” overschreed.