De Klaverbank is gelegen in het noordwestelijke deel van de Nederlandse Noordzee. Het bodemoppervlak bestaat uit (grof) grind en grotere stenen in afwisseling met grof zand en schelpenmateriaal. De aanwezigheid van de grove sedimenttypen biedt een specifieke leefomgeving voor onder andere aan substraat gebonden organismen. In het gebied kan het licht doordringen tot een diepte van wel 40 meter, wat de begroeiing met kalkroodwieren mogelijk maakt. Door de driedimensionale structuur van het aanwezige habitattype is er een potentieel biodiversiteitverhogende werking. De structuur van het habitattype wordt gevormd door de aangroei van organismen die met het substraat zijn verbonden, en door kalkroodwieren die het losse sediment aan elkaar kunnen vastleggen. De Klaverbank ligt gemiddeld 43 meter onder het zeeoppervlak en wordt aan de zuidwestkant doorsneden door een 60 meter diepe, slibrijke geul: de Botney Cut.