In 1226, als Franciscus stervende is, werden zijn eerste volgelingen Bernard van Quintavalle en Egidius bij hem geroepen. Franciscus gaf hen nog de zegen en zij waren aanwezig toen hij stierf.
Het verdere leven van Egidius kenmerkte zich door contemplatie en mystieke ervaringen - zijn eerste mystieke ervaring had hij al in 1215. In de winter van 1226-1227 had hij zijn meest intensieve godservaring: deze duurde drie dagen. Later zou hij de stadia van het contemplatieve leven beschrijven in zeven fasen, getypeerd door de trefwoorden vuur, zalving, extase, schouwen, smaken, rust en heerlijkheid. Hierdoor kreeg hij de naam broeder "van de hoge contemplatie" ("magnae contemplationis"). Rond die tijd trok Egidius zich terug uit het openbare leven en ging hij wonen in een franciscaanse kluizenarij in Cetona, waar hij verbleef tot 1234. Dan verhuisde hij naar een andere kluizenarij in Monteripido bij Perugia, waar hij zou blijven tot zijn dood. Wanneer Egidius in 1241 vernam dat Bernardus van Quintavalle, die elders in een kluizenarij verbleef, stervende was, ging hij hem opzoeken en bleef bij hem tot hij gestorven was.
Toen Egidius zich definitief teruggetrokken had in een kluis, groeide de interesse voor hem. Hij werd opgezocht door allerlei gewone mensen en hoogwaardigheidsbekleders.
Binnen de franciscaanse orde ontstonden spanningen tussen de aanhangers van de strikte lijn, die de oorspronkelijke regel van Franciscus wilden volgen (later werden deze Spiritualen genoemd) en de meer progressieven of veranderingsgezinden, die de gewoonten wilden aanpassen aan de noden van de tijd. Egidius en de meesten die Franciscus nog hadden gekend, sloten zich aan bij de behoudsgezinden. Egidius verzette zich tegen de grote kerk die boven het graf van Franciscus werd gebouwd en tegen de offerblok die geplaatst werd om de kerk te bekostigen. Hij was ook tegen hogescholen binnen de orde en te veel nadruk op geleerdheid. In zijn uitspraken zijn duidelijke, scherpe verwijzingen naar deze evoluties te vinden.
Op 23 april 1262 stierf hij. Zijn lichaam werd in een vroegchristelijke sarcofaag gelegd in de kerk van het franciscanerklooster te Perugia, waar een sterke verering ontstond.
Als een van de eerste volgelingen werd zijn naam vermeld in veel 13e-eeuwse bronnen over Franciscus. Zo wordt hij vermeld door Thomas van Celano in de eerste en tweede levensbeschrijving van Franciscus. In de Fioretti of "Bloempjes" van Sint-Franciscus, een 14e-eeuwse bundel wonderlijke vertellingen over Franciscus en zijn eerste volgelingen, is een heel deel met meerdere hoofdstukken over zijn leven gewijd aan Egidius.[1] In een ander hoofdstuk in de Fioretti staat dat Lodewijk IX van Frankrijk Egidius zou zijn komen opzoeken, doch dit lijkt niet historisch correct te zijn. Er bestaat ook een afzonderlijke levensbeschrijving van Egidius, geschreven door broeder Leo, eveneens een van de vroege volgelingen van Franciscus. Broeder Leo zou dit geschreven hebben tussen 1262 (het jaar waarin Egidius stierf) en 1271 (het jaar waarin Leo stierf).
Als enige van de gezellen van Franciscus werd Egidius zalig verklaard. Dit gebeurde door paus Pius VI in 1777. De feestdag van Egidius valt op 23 april.
De verering van Egidius viel langzaam stil in de 19e eeuw. Toen het franciscanerklooster in Perugia leeg kwam te staan, werd de sarcofaag in 1872 overgebracht naar het stadsmuseum. Daar staat die nog steeds. Joachim Pecci, de aartsbisschop van Perugia en de latere paus Leo XIII, liet de beenderen van Egidius uit de sarcofaag halen en in een reliekschrijn plaatsen in de kapel van het aartsbisdom. In 1920 werd het gebeente naar Monteripido gebracht, waar Egidius de laatste 20 jaar van zijn leven doorbracht.