Het onderzoek heeft bij voorkeur betrekking op twee vakken. Het eerst gekozen vak moet een profielvak zijn, Het tweede vak hoeft geen profielvak te zijn, maar moet wel in het gekozen vakkenpakket voorkomen.
Het profielwerkstuk is een onderdeel van het schoolexamen en wordt beoordeeld met een cijfer dat voor de uitslagbepaling meeweegt in het combinatiecijfer.
Alléén werken of samenwerking met meer personen mag in principe niet, tenzij het onderzoek zich ertoe leent en daar met de betrokken docent(en) afspraken over gemaakt worden.
Van het onderzoek moet een schriftelijk verslag gemaakt worden. Dat verslag wordt ingeleverd bij de docent van het hoofdvak.
De beoordeling gebeurt aan de hand van standaard beoordelings-formulieren. Daarbij speelt ook het logboek, het doorlopen proces en het wel of niet presenteren een rol.
Op de afsluitende Profielwerkstukavond presenteren alle leerlingen hun onderzoek. Niet presenteren of een onvoldoende presentatie heeft gevolgen voor de uiteindelijke beoordeling van het profielwerkstuk.
De presentatie vindt plaats in het examenjaar, in ieder geval aan docenten en belangstellende leerlingen. Voor de presentaties worden de ouders/verzorgers en de leerlingen van de voorexamenklassen uitgenodigd.