Johan noemt zijn familie uit Amersfoort mogelijk om deze redenen nauwelijks. Hij zal zich wat voor hun hebben geschaamd. Toen hij een belangrijk man werd ging hij – bijna – nooit bij ze op bezoek en hij kwam zelfs niet op de begrafenis van zijn moeder in 1587 en die van zijn vader in 1588.
Johan erfde een boerderij met grond van een oom van moederskant en dat gaf hem onafhankelijkheid en genoeg geld om te kunnen studeren. In 1564 op zestienjarige leeftijd verlaat hij Amersfoort en vertrekt naar Den Haag om te gaan werken bij een advocaat. Twee jaar later in 1566 ging hij naar de universiteit van Leuven om daar rechten te studeren. Hij liet zich inschrijven als van Oldenbarnevelt in plaats van Oudenbarnevelt en beweerde van adellijke afkomst te zijn. Hij deed zich zo wat voornamer voor dan hij werkelijk was. Hier kwam hij midden in de Beeldenstorm terecht. Het zal lastig studeren zijn geweest te midden van het rumoer van de volksmassa die de beelden in de kerk in stukken sloegen.