De Jacobikerk werd gesticht in het tweede kwart van de 12de eeuw aan de zuidoever van de Vecht, een zijtak van de Rijn, in een dorpje van schuitenvoerders en kooplui. Deze nederzetting werd in 1122 binnen de omwalling van de stad opgenomen toen Utrecht stadsrechten kreeg. In 1173 wordt de kerk voor het eerst genoemd.
De Jacobikerk dankt haar naam aan de apostel Jacobus de Meerdere, een van de apostelen van Jezus. Hij zou kort na Jezus' dood naar Spanje zijn gegaan om daar het geloof te verkondigen. Hij keerde terug naar Jeruzalem waar hij onthoofd werd op bevel van koning Herodes (Handelingen 12: 2). Nadat zijn stoffelijk overschot in het noorden van Spanje (nabij Santiago de Compostela) was gevonden, reisden veel pelgrims daarheen langs de zogenaamde "wegen van Sint Jacob". Aan een van deze wegen lag ook de Jacobikerk. Bij hun terugkeer uit Spanje droegen de pelgrims schelpen van het strand van Compostela op hun hoed. Deze pelgrims- of Sint Jacobsschelp diende als herkenning voor hen die op pelgrimstocht waren geweest. Voorstellingen van deze schelp zijn op verschillende plaatsen in de kerk te vinden, zoals bijvoorbeeld als windwijzer op de toren, en op grafstenen in de kerk.
Met de bouw van de huidige kerk werd aan het einde van de 13de eeuw begonnen. De kerk is in de Middeleeuwen diverse keren veranderd, vernieuwd en uitgebreid. In de 15de eeuw kreeg zij haar huidige vorm. In 1580 werd de uitoefening van de katholieke godsdienst in Utrecht verboden en werd de Jacobikerk een protestantse kerk. Na de Reformatie is het interieur sterk veranderd. De huidige indeling kwam tot stand na de restauratie van 1978. De kerk is nog steeds in gebruik bij de Protestantse Kerk in Nederland. (Bron: Kerken Kijken)