Emanuel Boekman had zijn leven lang een grote belangstelling voor alles wat joods was, maar was wars van orthodoxie en ghettomentaliteit. Op het eind van zijn leven zou hij zionist worden. In 1936 publiceerde hij zijn baanbrekende werk Demografie van de Joden in Nederland. Opmerkelijk is dat hij nauwelijks reageerde op het nationaal-socialisme. Bij de inval van de Duitsers in mei 1940 weigerde hij aanvankelijk te vluchten naar Amerika, zoals zijn dochter en schoonzoon. Hij beschouwde dat als de ‘vaandelvlucht’ van een vooraanstaande joodse bestuurder. Toen de capitulatie onontkoombaar bleek, deed hij alsnog met zijn vrouw Jansje Nerden een poging om via IJmuiden te ontkomen. Dat mislukte.
Samen met enkele vrienden maakten zij op 15 mei 1940 een einde aan hun leven. Zij werden op de joodse begraafplaats in Diemen begraven.