Dit artikel bevat een lijst van vlaggen van Estische gemeenten.  Estland bestaat uit 79 gemeenten. Onderaan de pagina worden ook vlaggen weergegeven van voormalige gemeenten, die door de gemeentefusie ophielden te bestaan als zelfstandige gemeente.

Bestaande gemeenten

Voormalige gemeenten

Zie ook 
 Lijst van gemeenten in Estland
 Lijst van wapens van Estische gemeenten

 
Estland
Vlaggen