De vlag van Waarschoot werd op 8 juli 1986 bij ministerieel besluit vastgesteld als de gemeentelijke vlag van de Oost-Vlaamse gemeente Waarschoot. De beschrijving luidt:

De kleuren van de vlag zijn afkomstig op het gemeentewapen.

Op 1 januari 2019 is Waarschoot samen met Lovendegem en Zomergem opgegaan in de gemeente Lievegem. De vlag is daardoor als gemeentevlag komen te vervallen.

Zie ook 
 Wapen van Waarschoot

Waarschoot
Waarschoot