Een startcodon is een specifiek codon van het DNA of mRNA. Het gedeelte vanaf het start- tot en met het stopcodon is het open leesraam.

Transcriptie 
Bij transcriptie koppelt het holo-enzym RNA-polymerase op een specifieke plaats aan een DNA-keten en vouwt zich eromheen. Vervolgens ontwindt het het DNA, dat daardoor nu in enkelstrengs-vorm tijdelijk toegankelijk is voor andere actieve componenten van het enzym. Vanaf het startcodon worden vervolgens steeds nieuwe nucleotiden (basen) aan de te vormen RNA streng gekoppeld. Het RNA-polymerase beweegt zich in de zogenaamde 3' → 5'-richting over het DNA tot en met het stopcodon. Tegelijkertijd wordt het mRNA aan de achterkant weer gescheiden van het DNA. Wanneer het hele gen gekopieerd is, dus tot en met het stopcodon, koppelt het RNA-polymerase los van het DNA en wordt tevens de mRNA-keten afgestoten.

Startcodons van het DNA zijn :
 ATG = Adenine - Thymine- Guanine. Komt het meeste voor.
 TTG = Thymine - Thymine - Guanine
 GTG = Guanine - Thymine - Guanine
 CTG = Cytosine - Thymine - Guanine

Translatie 
Het ribosoom begint bij het vormen van een eiwit met het aflezen (translatie) van het mRNA aan het 5' eind tot het een startcodon tegenkomt. Vanaf deze plaats worden tijdens het verder aflezen aminozuren aan het eiwit gebonden totdat het ribosoom een stopcodon tegenkomt. Alles wat na het stopcodon zit is deel van het 3' UTR.

Schematisch:

        start                stop
        codon                codon
 
 ---------|-------------------|---------
 5'-UTR      translerend RNA     3'-UTR

Het startcodon codeert altijd voor methionine in eukaryoten en een aangepaste vorm van methionine, N-Formylmethionine (fMet), in prokaryoten. Bij prokaryoten wordt transfer RNA (tRNA) gebruikt bij de start.

Startcodons van het RNA zijn:
 AUG = Adenine – Uracil - Guanine. Komt het meeste voor.
 GUG = Guanine - Uracil – Guanine. Komt bijvoorbeeld voor bij prokaryoten zoals in het lac-operon van Escherichia coli.
 UUG = Uracil – Uracil  – Guanine. Komt bijvoorbeeld voor bij prokaryoten zoals in het lac-operon van Escherichia coli.
 AUA = Adenine – Uracil - Adenine. In bijvoorbeeld het menselijk genoom.
 AUU = Adenine – Uracil - Uracil. In bijvoorbeeld het menselijk genoom.

Zo heeft het Escherichia coli-genoom 83% AUG (3542/4284), 14% (612) GUG, 3% (103) UUG en een of twee andere (bijvoorbeeld AUU en mogelijk  CUG).

Bij mitochondriale genomen komen AUA en AUU bij het menselijk mitochondriaal genoom vaker voor en bij prokaryoten komt hoofdzakelijk GUG en UUG voor.

Zie ook 
Shine-Dalgarnosequentie, dat voorafgaat aan het startcodon.

Genetica