De 29e editie van de KNVB beker voor vrouwen begon op 30 augustus 2008. De titelverdediger was FC Twente, die de titel niet wist te prolongeren. Gedurende het toernooi trokken 5 clubs zich terug, werden 7 eredivisieclubs teruggetrokken door de KNVB en werd er 1 extra wedstrijd gespeeld door een fout bij de loting.

Opzet
De eerste ronde zal plaatsvinden in poulevorm met alleen de clubs uit de hoofdklasse en de eerste klassen. De zestien poulewinnaars en de negen beste nummers twee plaatsen zich voor de tweede ronde. Na de poulefase zullen ook de zeven clubs die deelnemen aan de eredivisie instromen, waarna er nog 32 clubs over zijn. Vanaf de tweede ronde wordt het knock-outsysteem gehanteerd. De finale wordt gespeeld op 6 juni 2009.

Vijftal clubs trekken zich terug
De voetbalclub Reuver uit Reuver trekt zich in de eerste ronde terug uit het toernooi. De reden is dat zij niet in staat waren voor het tweede poule duel een volwaardig elftal op de been te brengen. Dit vanwege de vele blessures bij het eerste elftal, alsmede het feit dat op de meeste speelsters uit het tweede geen beroep gedaan kan worden, daar de meesten van hun werken op zaterdag. Kort daarna liet ook AVC uit Sexbierum weten zich terug te trekken uit het toernooi. Vakanties en blessures zorgden ervoor dat zij geen elftal op de been konden brengen. Vlak voor de derde groepswedstrijd in de eerste ronde trok ook Purmerend zich terug uit de beker. Vlak voor de laatste speelronde van de 1e ronde trokken nog een tweetal clubs zich terug. Zowel Smerdiek als SCJ gaven als reden op dat zij geen volwaardig elftal op de been konden krijgen.

Jodan Boys en RCL uit het toernooi gezet
De KNVB heeft de teams van Jodan Boys en RCL uit het bekertoernooi gezet. Op 23 november stonden beide teams tegenover elkaar in het toernooi. De wedstrijd eindigde in een vechtpartij. Doordat beide ploegen niet meer mogen deelnemen aan deze editie is Ter Leede 2 groepswinnaar van poule G geworden.

1e ronde

Poule A

Poule B

Poule C

Poule D

Poule E

Poule F

Poule G

Poule H

Poule I

Poule J

Poule K

Poule L

Poule M

Poule N

Poule O

Poule P

2e ronde 
De volgende clubs komen uit de Eredivisie:
ADO Den Haag, AZ, sc Heerenveen, FC Twente, FC Utrecht, Willem II, Roda JC

De wedstrijden werden gespeeld van 14 februari tot en met 13 april. Het speelschema voor de tweede ronde was als volgt:

Tussenronde 
Door een fout van de KNVB werd Prinses Irene in de tweede ronde ingeloot in plaats van Be Quick '28. De club uit Zwolle kreeg alsnog de kans zich te plaatsen voor de 1/8 finales tegen FC Berghuizen, die in de tweede ronde Prinses Irene versloegen.

1/8 finales 
De 1/8 finales worden onder andere afgewerkt op Koninginnedag. De KNVB besloot om de eredivisie teams terug te trekken uit het bekertoernooi vanwege verplichtingen van het Nederlands elftal. Aan de loting werd uiteindelijk niets veranderd, zodat de amateurverenigingen een bye krijgen wanneer zij een BVO zouden treffen.

Tussenronde 2
Omdat er door de terugtrekking van de eredivisie ploegen zich een oneven aantal clubs geplaatst heeft voor de volgende ronde, wordt er een tweede tussenronde georganiseerd tussen Wartburgia (dat als enige club niet in actie kwam in de 1/8 finale) en een door loting aangewezen club. De 1/4 finale komt te vervallen en de winnaar van de tussenronde plaatst zich net als de drie overige 1/8 finale winnaars voor de 1/2 finale.

1/2 finales 
De 1/4 finale is komen te vervallen. De winnaar van de tussenronde speelt thuis tegen RKSVO.

Finale 

KNVB Beker (vrouwen) naar seizoen
Bekervoetbal 2008/09
Nederlands voetbalseizoen 2008/09