De Flikkezijlsterpolder is een voormalig waterschap in de provincie Groningen die nu grotendeels is volgebouwd met huizen.

De oorspronkelijke Flikkezijlsterpolder werd door de aanlag van het Eemskanaal in tweeën geknipt. De Nijverheidspolder overkwam hetzelfde. Beide noordelijke delen, respectievelijk 107 en 96 ha werden in 1868 samengevoegd tot de Flikkezijlsterpolder. Het deel ten zuiden van het Eemskanaal kreeg de naam Amsweersterpolder.
 
De polder was gelegen tussen Appingedam en Delfzijl, tussen het Damsterdiep en het Eemskanaal. De oostgrens lag op de plek waar nu de Hogelandsterweg ligt. In het westen grensde het aan de Leeghwaterpolder, ongeveer op de plek waar nu de Klaas Bosstraat en de Mr. A.T. Voslaan liggen.

Het waterschap had een molen die uitsloeg op het Damsterdiep, aan de oostkant van de wijk Tuikwerd, op de plek waar nu het gemaal Flikkezijl ligt, even ten noorden van de T-splitsing van de straten Zwet met Zeel.

Waterstaatkundig gezien ligt het gebied sinds 2000 binnen dat van het waterschap Noorderzijlvest.

Polder in Eemsdelta
Voormalig waterschap in Groningen