De oorsprong van de marathon ligt in het jaar 490 v. Chr., toen de Griekse soldaat Pheidippides van Marathon naar Athene snelde om het nieuws van de overwinning van de Atheners (onder leiding van generaal Miltiades) op de numeriek veel sterkere Perzen te melden. Dat gebeurde toen Darius koning was over de Meden en de Perzen. De afstand die Pheidippides tussen Athene en Marathon liep kan niet precies worden vastgesteld; de rechte lijn over heuvels en vlakte is minder dan 40 km, maar hoe heeft de soldaat gelopen?
De geschiedenis vermeldt wel dat deze eerste marathon een dodelijke afloop had: na het uitbrengen van de woorden "Verheug u, wij hebben gewonnen!" in het centrum van Athene, viel de boodschapper dood neer; hij bleek een zonnesteek te hebben opgelopen. Over de waarheid van dit verhaal valt nog te twisten, een aantal historici beweren dat deze marathon nooit gelopen is.
De Franse filoloog Michel Bréal opperde al in 1896 de marathon in het programma van de eerste Olympische Spelen op te nemen. Die spelen werden in Griekenland gehouden. Bréal pleitte voor een marathon tussen Marathon en Athene, maar bij een test vooraf bleek de uiteindelijk te lopen afstand wel erg lang: 48 km. Voor de wedstrijd werd een wat kortere afstand bepaald.
De officiële afstand van de marathon zoals die tot heden geldt werd pas vastgesteld bij de derde Olympische Spelen, die van 1908 in Londen. De afstand kwam enigszins overeen met die van de eerste Griekse marathon: 42 km en 195 meter, de afstand tussen de meet op het terrein voor Windsor Castle tot de finishlijn die precies voor de koninklijke tribune in het White City Stadion in West-Londen was uitgezet.
De marathon vergt bijzonder veel van het fysieke uithoudingsvermogen. De marathonelite, die de afstand in 2u.08 min. kan lopen, loopt met een gemiddelde snelheid van ca. 19,8 km per uur. Ook een goed getrainde atleet kan normaal gesproken slechts enkele malen per jaar een hele wedstrijdmarathon op snelheid uitlopen, omdat het lichaam tijd nodig heeft om te herstellen. Duurloop, snelheidstraining, krachttraining, een uitgebalanceerd voedingsschema (onder meer koolhydraten) en een ijzeren motivatie zijn enkele ingrediënten die het goed volbrengen van een marathon mogelijk maken.
De marathon is, op de 50 kilometer snelwandelen na, de langste loopafstand uit de atletiek. De afstand is 42,195 km. Het wereldrecord is 2u 03m 59s en staat op naam van de Haile Gebrselassie, gelopen in 2008 in Berlijn. Het Nederlands record is 2u 08m 21s, gelopen te Amsterdam (2007) door Kamiel Maase.
De records voor de vrouwen liggen (zomer 2003) 7,78% lager: 2h 15m 25s (april 2003 in Londen gelopen door Paula Radcliffe), die het record van de Japanse Naoko Takahashi fors verbeterde. Het Nederlands record van 2u 23m 43s is sinds 2 november 2003 in handen van Lornah Kiplagat, gelopen in New York (3e plaats). Zij verbeterde daarmee het oude record uit 1987 van Carla Beurskens (02u 26m 34s, Tokyo).