In het begin van het seizoen worden de eieren op de bloembladeren afgezet, later op de vruchten zelf. De eitjes worden in de meeste gevallen afzonderlijk gelegd, wel kunnen er meerdere verspreid op één blad of vrucht voorkomen. De eiafzetting gebeurt in de avondschemering wanneer de temperatuur tenminste 15°C bedraagt. De eieren zijn aanvankelijk wit, na 4 dagen is een rode pigmentatie zichtbaar.
De eerste generatie eieren ontwikkelen zich in ongeveer 8-14 dagen. Na de ontluiking uit het ei bijten de rupsen van de fruitmot zich door de vruchtschil heen. Ze mineren korte tijd op dezelfde plaats onder de vruchtschil en vreten vervolgens een gang richting klokhuis. De gang is gevuld met droog, licht - tot donkerbruin boormeel. Meestal komt een prop boormeel uit de boorgang naar buiten (= de bruine proppen op de appel of peer). De larven kruipen dan uit het fruit, zoeken een schuilplaats, spinnen een cocon en zullen misschien verpoppen.