De grootste verandering die na de Reformatie plaatsvond, was de sloop van het koor en het dwarsschip. Op 3 maart 1779 besloot het collega van kerkvoogden het koor en het dwarsschip met de dakruiter (een klein torentje) af te breken. Dat besluit werd genomen omdat de kerk, die inmiddels zo'n tweehonderd jaar oud was, was vervallen en dringend gerestaureerd moest worden. Geld voor een restauratie was er niet. Omdat de kerk te groot was gebleken voor de gemeente, kon wel met een kleiner gebouw worden volstaan. Het koor kwam het meest voor sloop in aanmerking. Dit was het oudste stuk en ook het meest vervallen. De zijbeuken die het eigenlijke dwarsschip vormden, waren ook overbodig. De verkoop van het sloopmateriaal leverde geld op dat voor de restauratie van het overblijvende deel van de kerk kon worden gebruikt. Bovendien hoefde er zo minder te worden gerestaureerd.
Ruim een jaar later werd het werk aanbesteed. De aannemer had als opdracht het koor en het noordelijke stuk van het dwarsschip af te breken. Het zuidelijke deel van het dwarsschip werd niet helemaal afgebroken. Van het onderste deel werd de consistorie gemaakt.