Johannes Paulus Lotsy (Dordrecht, 11 april 1867 – Voorburg, 17 november 1931) was een Nederlands plantkundige, gespecialiseerd in erfelijkheid en evolutie.

Loopbaan 
Na zijn promotie bij de Universiteit van Göttingen kreeg hij een onderwijsopdracht bij de Johns Hopkins-universiteit (1891-1895) waar hij directeur was van het herbarium. Van 1896 tot 1900 werkte hij op Java. Vervolgens werd hij hoogleraar bij de Universiteit van Leiden (1904-1909). Hij doceerde plantensystematiek. Hij werd directeur van het Rijksherbarium (1906-1909), en daarna secretaris van de Hollandsche Maatschappij van Wetenschappen.

Hij is oprichter van de Association internationale des Botanistes (AIdB) en was redacteur van het Botanisches Centralblatt, het orgaan van de AIdB. Hij heeft een voorstel gemaakt voor de classificatie van planten, gebaseerd op fylogenetica. Lotsy stimuleerde een grote rol voor hybridisatie in de evolutie.

Expedities 
India (1895-1900), de Verenigde Staten (1922), Australië en Nieuw-Zeeland (1925), Zuid-Afrika (1926-27), en Egypte (1930). Hij bestudeerde ook de flora van Italië en Zwitserland.

Publicaties 
 1928. Voyages of exploration to judge of the bearing of hybridization upon evolution (Genetica : nederlandsch tijdschrift voor erfelijheids- en afstammingsleer). Ed. M. Nijhoff
 1922a. Van den Atlantischen Oceaan naar de Stille Zuidzee
 1922b. A popular account of evolution. The Cawthron institute, Nelson, Nueva Zelanda. Cawthron lecture. Ed. R.W. Stiles & Co. 22 pp.
 1915. Het Tegenwoordige Standpunt der Evolutie-leer
 1911. Série IIIA. Sciences exactes. 1–4. Rédigées par J. P. Lotsy
 1906a. Résultats scientifiques du Congrès international de botanique, Vienne, 1905. Wissenschaftliche Ergebnisse des Internationalen botanischen Kongresses, Wien, 1905 ... Redigiert von J. P. Lotsy ... Mit ... 1 Karte, etc
 1906b. Vorlesungen über Deszendenztheorien, mit besonderer Berücksichtigung der botanischen Seite der Frage, gehalten an der Reichsuniversität zu Leiden, etc.
 1899. Rhopalocnemis Phalloides Jungh: A morphological-systematical study. Ed. E.J. Brill
 1898. Contributions to the life-history of the genus Gnetum. Ed. E.J. Brill
 1894. A contribution to the investigation of the assimilation of free atmospheric nitrogen by white and black mustard. Bulletin / U.S. Department of Agriculture, Office of Experiment Stations. G.P.O. 19 pp.

Boeken 
 2008. Evolution By Means Of Hybridization. Reeditado Maudsley Press. 176 pp. 
 1928. A Popular Account of Evolution 
 1925. Evolution considered in the light of Hybridization. Ed. Canterbury College by Andrews, Baty & Co. 66 pp.
 1916. Evolution by Means of Hybridization. The Hague, Martinus Nijhoff, 166 pp.
 1907–1911. Vorträge über botanische Stammesgeschichte gehalten an der Reichsuniversität zu Leiden. Ein Lehrbuch der Pflanzensystematik. In drei Bände. Jena, Verlag von Gustav Fischer. With illustrations.
 I. Algen und Pilze (Thallophyta) Jena: Gustav Fischer, 1907.
 II. Cormophyta Zoidogamia Jena: Gustav Fischer, 1909.
 III.

Taxonomie van eenzaadlobbigen 
Lotsy beredeneerde dat de eenzaadlobbigen difyletisch zijn, dwz niet monofyletisch, waarbij de Spadiciflorae afstammen van de dicotyledons (in het bijzonder de Piperales) en dat de overige taxa afstammen van een hypothetische voorvader, de Proranales. John Hutchinson, die een monofyletisch oorsprong beredeneerde, beschouwde dit als onwaarschijnlijk.

Lotsys taxonomisch voorstel, gebaseerd op zijn publicatie: Vorträge über botanische Stammesgeschichte, vol 3: Cormophyta Siphonogamia Part 1
  is als volgt:
 
Monocotyledones 
 Spadiciflorae p. 514–564
 Araceae
 Lemnaceae
 Cyclanthaceae
 Palmaceae
 Pandanaceae
 Sparganiaceae
 Typhaceae
 Helobiae p. 625-692
 Alismataceae
 Butomaceae
 Hydrocharitaceae
 Scheuchzeriaceae
 Zosteraceae
 Posidoniaceae
 Aponogetonaceae
 Potamogetonaceae
 Najadaceae
 Altheniaceae
 Cymodoceaceae
 Triuridaceae
 Enantioblastae p. 693-714
 Commelinaceae
 Mayacaceae
 Xyridaceae
 Eriocaulaceae
 Centrolepidaceae
 Restionaceae
 Pontederiaceae
 Liliifloren p. 715–766, 792–834
 Liliaceae 714
 Melanthiaceae 717
 Asphodelaceae 722
 Aloinaceae 725
 Eriospermaceae 730
 Johnsoniaceae 731
 Agapanthaceae 732
 Alliaceae 
 Gilliesiaceae 734
 Tulipaceae 735
 Scillaceae 741
 Asparagaceae 743
 Dracaenaceae 749
 Smilaceae 759
 Luzuriagaceae 760
 Ophiopogonaceae 
 Lomandraceae 761
 Dasypogonaceae 763
 Calectasiaceae 764
 Juncaceae 
 Flagellariaceae 765 
 Stemonaceae (Roxburghiaceae) 792
 Cyanastraceae 793
 Iridaceae 794
 Crocoideae 
 Iridoideae 796
 Ixioideae 799
 Haemodoraceae 800
 Amaryllidaceae 801, 811
 Hypoxidaceae 
 Vellosiaceae 802
 Agavaceae 806
 Bromeliaceae 814
 Dioscoreaceae 823
 Taccaceae 826
 Burmanniaceen 829
 Glumifloren p. 767–791
 Cyperaceae
 Graminaceae
 Scitamineae p. 835–864
 Musaceae
 Cannaceae
 Zingiberaceae
 Marantaceae
 Orchidaceae

Bibliografie 
 , Volume 2 at Internet Archive
 Nature obituary
 Nationaal Herbarium Nederland: Lotsy, Johannes Paulus

 Nederlands botanicus
Hoogleraar aan de Universiteit Leiden