De ontdekking van Amerika in 1492 door Columbus leidde uiteindelijk tot de val van het rijk. Enkele honderden Spaanse conquistadores onder leiding van Francisco Pizarro wisten in 1532 de Inca-heerser Atahualpa te gijzelen in Cajamarca en daarmee het rijk te verlammen. Vanwege de goddelijke status van de heerser durfden zijn onderdanen aanvankelijk geen verzet tegen zijn overwinnaars te bieden. Het duurde echter nog tot 1572 voordat de Spanjaarden met de executie van de laatste Inca-heerser, Túpac Amaru, het pleit definitief beslecht hadden. Besmettelijke ziektes uit de Oude Wereld hadden ondertussen een verwoestende uitwerking op de inheemse bevolking uitgeoefend (zie Columbiaanse uitwisseling).