De behuizing van de 6s is een stuk steviger dankzij het verbeterde aluminium en het sterkere glas. De 6s is groter en dunner, waardoor er niet op functies wordt bespaard, zoals de nieuwe 3D-touch mogelijkheid die is weggelaten in de SE. Voor het lezen van artikelen, berichtjes en foto’s is het grotere formaat van de iPhone 6s toch erg prettig.
De voorste camera van de SE is 1.2 megapixels tegenover de 5 megapixels van de 6s. Daarnaast is de touch-ID sensor verbeterd en werkt sneller. Het laatste bijkomend voordeel is de betere mobiele netwerk ondersteuning. Dit betekent dat er een snellere datadoorvoer plaats vindt op bijvoorbeeld het 4G netwerk of een Wi-Fi netwerk.