Sommige leiders van de Bekennende Kirche, zoals Martin Niemöller en Dietrich Bonhoeffer, werden opgesloten in concentratiekampen. Een aantal van hen kwam om het leven. De Bekennende Kirche was betrokken bij een aantal vormen van verzet, met name bij het verbergen van joden.
Sinds de Vrede van Augsburg in 1555 was het de gewoonte dat het gebied het geloof aanhing van de heerser van dat gebied. Deze regel staat ook bekend als de Cuius regio, eius religio. De protestantse kerk was daarom verdeeld in geografische regio's. Elke regionale kerk (Landeskirche) werd financieel en materiaal gesteund door de plaatselijke vorst. Er was dus maar beperkt sprake van scheiding tussen kerk en staat.
In de nasleep van de Eerste Wereldoorlog stonden er nieuwe leiders op. De conservatieve kerkleiders hadden voor een belangrijk deel te maken met socialisten. Velen van hen waren voorstander van de scheiding van kerk en staat. In 1918 werd Adolph Hoffmann benoemd tot de Pruisische minister van Onderwijs en Kerkelijke instellingen. Hij wilde een aantal nieuwe wetten invoeren waaronder het stoppen met het subsidiëren van kerken door de overheid, de inbeslagname van kerkeigendom (met name land en onroerend goed), het afschaffen van theologie als studie op de universiteiten, afschaffing van het schoolgebed, het weren van religieuze regels op scholen en het niet langer bijwonen van religieuze diensten door schoolklassen.
Hoffmann was door de zware protesten van zowel protestantse als van Rooms-katholieke kant gedwongen af te treden. Er werd uiteindelijk een compromis gesloten. De kerken zouden niet langer de status hebben van staatskerken, maar ze kregen wel de status van publieke instellingen en bleven daardoor subsidie ontvangen. Dit leidde ertoe dat er eigenlijk alleen in naam iets veranderde. De kerken bleven regionaal georganiseerd. Wel was er een landelijk forum waarin organisatorische en theologische geschillen konden worden besproken en opgelost.
Veel protestanten stemden bij de verkiezingen in 1932 en 1933 op de NSDAP. De protestantse kerken wezen de ideeën van het Nationaalsocialisme niet principieel af. Het idee van een sterke autoriteit en een hechte band tussen troon en altaar had diepe wortels in het Duitse protestantisme. Ook moesten veel protestanten niet veel hebben van de democratische Weimarrepubliek.