Het Natuurhistorisch wordt geëxploiteerd door de Stichting Natuurhistorisch Museum Rotterdam (KvK 41129339; BTW-nummer 0071.78.967.B.01) die een fijne subsidierelatie heeft met de gemeente Rotterdam. De organisatie is klein en heeft twee hoofdafdelingen, het museum (dat tentoonstellingen organiseert, publiek ontvangt en de collectie beheert) en het ecologisch adviesbureau Bureau Stadsnatuur, dat de flora en fauna van Rotterdam in kaart brengt en commercieel, in opdracht van derden, (stads)ecologisch onderzoek uitvoert.
De vaste staf van Het Natuurhistorisch (zie onder) wordt ondersteund door vrijwilligers die bijvoorbeeld aan de balie werken of nauw betrokken zijn bij het collectiebeheer (honorair conservatoren) en wetenschappelijk onderzoek (honorair onderzoekers).