De Protestantse Gemeente Amersfoort bestaat uit tien wijkgemeenten en elf kerkgebouwen en is een deel van de Protestantse Kerk in Nederland. Er bestond al lange tijd samenwerking tussen verschillende hervormde en gereformeerde wijkgemeenten en vanaf het ontstaan van de PKN in 2004 is gewerkt aan fusie. Uiteindelijk was de PGA op 1 januari 2010 een feit.

De volgende wijkgemeenten maken deel uit van de Protestantse Gemeente Amersfoort:
 Adventkerk, De Kruiskamp
 Bergkerk, Bergkwartier
 De Bron, Liendert
 De Brug, Schuilenburg
 Emmaüskerk, Soesterkwartier
 Fonteinkerk, Leusderkwartier
 De Hoeksteen, Schothorst
 Johanneskerk, Centrum, oecumenische samenwerking van de Vrijzinnige Protestanten met Doopsgezinden en Remonstranten.
 Nieuwe Kerk, Leusderkwartier
 Sint-Joriskerk, Centrum

Verder maken deel uit van de PGA:
 Centrumviering, maandelijkse oecumenische viering in de Johanneskerk (tot 2015)
 Lutherse kerk, Centrum, pioniersplek de Amersfoortse Zwaan

Hoogland / Amersfoort-Noord 
De PKN-kerken in Hoogland en het noorden van Amersfoort behoren niet tot de PGA, maar zijn actief binnen het samenwerkingsverband Protestantse gemeente Hoogland / Amersfoort Noord. Dit zijn:
 Brandpunt, Kattenbroek, oecumenische gemeenschap i.s.m. de Parochie Onze Lieve Vrouw van Amersfoort
 Herberg, Nieuwland
 Inham, Hoogland
 Veenkerk, Vathorst

Religie in Amersfoort