Het seizoen 2012/13 van de Belgische Tweede Klasse gaat van start in de zomer van 2012 en eindigt in het voorjaar van 2013.

Naamswijzigingen
 VC Eendracht Aalst 2002 wijzigde zijn naam in SC Eendracht Aalst.

Gedegradeerde teams
Deze teams degradeerden uit Eerste Klasse voor de start van het seizoen:
 K. Sint-Truidense VV (verliezer play-off III)
 KVC Westerlo (verliezer eindronde)

Gepromoveerde teams
Deze teams promoveerden uit Derde Klasse:
 R. Mouscron-Péruwelz (kampioen 3A)
 KFC Dessel Sport (kampioen 3B)
 KSV Oudenaarde (winst eindronde)

Promoverende teams
Deze teams promoveren naar Eerste Klasse op het eind van het seizoen:
 KV Oostende (kampioen)

Eersteklasser Cercle Brugge won play-off III. Hierna speelde het in de eindronde met tweedeklassers voor het behoud en won die waardoor er maar 1 stijger (Oostende) naar eerste klasse is.

Degraderende teams
Deze teams degraderen naar Derde Klasse op het eind van het seizoen:
 SK Sint-Niklaas (laatste)
 KSV Oudenaarde (voorlaatste) moest de eindronde spelen. Oudenaarde kreeg een forfaitscore toegekend met de bijbehorende 3 punten maar na een klacht van Heist verloor Oudenaarde terug zijn 3 punten na de competitie. Oudenaarde gaf echter forfait omdat het weigerde de eindronde te spelen. Oudenaarde had na het eind van het seizoen zijn spelers al op vakantie gestuurd en doordat pas na de competitie de 3 punten afgenomen werden kon het geen sterk elftal meer samenstellen voor de eindronde.
 Doordat Beerschot in eerste klasse geen licentie kreeg en rechtstreeks naar derde klasse degradeerde is de 16de in het klassement Heist gered.

Ploegen
Deze ploegen spelen in het seizoen 2012/2013 in de Tweede Klasse:

Klassement

P: wedstrijden gespeeld, W: wedstrijden gewonnen, G: gelijke spelen, V: wedstrijden verloren, +: gescoorde doelpunten, -: doelpunten tegen, DS: doelsaldo, Ptn: totaal punten K: kampioen en promotie, EP: eindronde voor promotie, ED: eindronde voor degradatie D: degradatie

Omdat Beerschot geen licentie kreeg en rechtstreeks zakt van eerste naar derde klasse is er een daler minder.
Heist dat normaal eindronde speelt is gered, Oudenaarde dat normaal degradeerde speelt eindronde.
Oudenaarde kreeg een forfaitscore toegekend met de bijbehorende 3 punten maar na een klacht van Heist verloor Oudenaarde terug zijn 3 punten. Het doelsaldo van 5-0 kreeg het wel toegekend.

Periodekampioenen
Tijdens het seizoen worden periodetitels toegekend. Periodewinst levert een plaats in de eindronde op.

 Eerste periode: R. White Star Woluwe FC
 Tweede periode: KV Oostende
 Derde periode: KV Oostende

Aangezien Oostende ook kampioen werd, namen de hoogst gerangschikte clubs die geen periodekampioen werden, in dit geval Royal Mouscron-Péruwelz en KVC Westerlo, de plaats van Oostende in de eindronde in.

De vierde plaats in de eindronde werd ingenomen door Cercle Brugge, de winnaar van Play-off III in eerste klasse.

Eindronde voor promotie

Wedstrijden

Eindstand 

P: wedstrijden gespeeld, W: wedstrijden gewonnen, G: gelijke spelen, V: wedstrijden verloren, +: gescoorde doelpunten, -: doelpunten tegen, DS: doelsaldo, Ptn: totaal punten

Degradatie-eindronde
Het team dat 17de eindigde, KSV Oudenaarde, speelde een eindronde met een aantal derdeklassers en ging daar van start in de tweede ronde van die eindronde.

Topscorers

Belgie 2
Tweede klasse voetbal België