Koning Leopold III werd als krijgsgevangene overgebracht naar zijn Kasteel van Laken. Desondanks poogde hij herhaalde malen zich met het bestuur van het land in te laten: zo verzette hij zich tegen de verplichte tewerkstelling in Duitsland en tegen de Jodenvervolging. Telkens werd hij hiervoor door Hitler terechtgewezen. Op 15 januari 1944 stelde de koning richtlijnen op over hoe het land aan het einde van de oorlog moest bestuurd worden voor het geval hijzelf niet bij de bevrijding aanwezig zou kunnen zijn. In dit "politieke testament" repte de koning met geen woord over het verzet en stelde hij dat politici, die sinds het uitbreken van de oorlog onverantwoorde uitspraken hadden gedaan, voortaan buiten het politieke leven moesten gehouden worden. Na de bevrijding weigerde de Belgische regering dit testament te publiceren.
Op 7 juni 1944, een dag na de landing in Normandië, werd koning Leopold III en daags daarop zijn familie uit het kasteel van Laken weggehaald[3] en overgebracht naar het kasteel van Hirschstein aan de Elbe. Tezelfdertijd werd het militair bestuur over België door een burgerlijk bestuur vervangen onder leiding van gauleiter Grohé, bijgestaan door SS-generaal Richard Jungclaus. Beide maatregelen moesten de annexatie van België bij Duitsland voorbereiden. Op 7 maart 1945 werd de Belgische koninklijke familie door de SS naar het Oostenrijkse Strobl overgebracht, waar zij begin mei door de 7e Amerikaanse divisie van generaal Alexander Patch werden bevrijd.
Aanvankelijk gedroegen de Duitsers zich correct. De Britse weerstand, de strijd in de Sovjet-Unie (vanaf 22 juni 1941), de intrede van de Verenigde Staten in de oorlog (7 december 1941), het toenemend voedseltekort, het ontberen van de vrijheid en de verplichte tewerkstelling in Duitsland vanaf 1942, deden het Belgisch verzet groeien en onvermijdelijk de Duitse repressie toenemen. De voornaamste acties van het verzet bestonden uit:
het doorspelen van inlichtingen ten behoeve van Groot-Brittannië (de voornaamste inlichtingennetten waren: "Cleveland" of "Clarence" van Walthère Dewé, "Zero" van Fernand Kerkhofs, "Luc" van Georges Leclercq, "Sabot" van P. Bouriez, "Mill" van Adrien Marquet)
het doden van collaborateurs zodat de vijand als gevolg van die terreur steeds minder steun kreeg op een kleine kern na
het strijden tegen de Duitse achterhoede tijdens de bevrijding en het leiden van bijvoorbeeld Britse eenheden bij de verovering van de zo goed als volledig intacte haven van Antwerpen
Onder de vijftien gewapende verzetsgroepen waren de voornaamste: de Witte Brigade van Marcel Louette, het Front de l'Indépendence waarbij de communistische partij zich als groep aansloot en het Geheim Leger dat in juni 1940 door reservekolonel Robert Lentz en door commandant Charles Claser was opgericht. In totaal moesten 16.200 personen de talloze verzetacties met hun leven bekopen.
In vergelijking met Nederland was het verzet in België tegen de extreemrechtse Nieuwe Orde krachtiger. Dat verzet leed in België zwaardere verliezen dan in Nederland, maar droeg bij tot de redding van meer dan de helft van de joden, tegenover 20% in Nederland. De verklaring zou kunnen liggen in het feit dat Nederland tijdens de Eerste Wereldoorlog ongemoeid werd gelaten, waardoor men geen ervaring had met verzet tegen een bezetter. Daarnaast hadden de Duitsers in Nederland een burgerlijk bestuur ingesteld in tegenstelling tot het militaire bestuur in België. In 2007 werd een rapport gepubliceerd waaruit blijkt dat collaborerende overheden vaak actief, soms zelfs proactief, hadden meegewerkt aan de Jodenvervolging.
Een van de meest ingrijpende aspecten van de bezetting van het leven onder constante dreiging van geallieerde bombardementen. De eerste en meteen de bloedigste luchtaanval was die op Mortsel op 5 april 1943. Er vielen 936 doden bij het Amerikaanse bombardement op de Erlafabriek.[4] In september volgden nog drie zware bombardementen: 4 september 1943 in Kortrijk met 56 doden, de dag erna te Ledeberg in Gent met 111 dodelijke slachtoffers en ten slotte op 7 september 1943 in Brussel waar 327 slachtoffers geteld werden. Vanaf maart 1944 begon een reeks van hevige bombardementen. Dit paste in het kader van de voorbereidingen op de landing in Normandië. Door verkeersknooppunten te vernietigen in Noord-Frankrijk en België hoopten ze de Duitse transportmogelijkheden te kraken. Op 26 maart werd Kortrijk opnieuw het slachtoffer van een bombardement. Er vielen maar liefst 252 doden. Op 10 april werd Merelbeke bij Gent gebombardeerd: 428 doden. Tot de bevrijding in september 1944 kwamen de Belgische steden regelmatig onder vuur. De periode van 10 tot 12 mei was het hevigst. In die drie dagen stierven meer dan 1500 mensen. Het bekendste bombardement in die periode was dat van Lokeren, waar op 11 mei 85 mensen, vooral vrouwen en kinderen, de dood vonden. Op diezelfde dag vielen er in Brussel 276 doden, in Luik 126 doden, in Leopoldsburg 84 doden, in Beverlo 70 doden en in Mechelen 46 doden. De dag ervoor waren ook Doornik (107 doden) en opnieuw Merelbeke (48 doden) getroffen. De drie bloedigste dagen eindigden met het bombardement op Leuven van 12 mei 1944, waarbij na een vurige nacht 246 doden werden geteld.
Na de landing in Normandië namen de bombardement op Belgische steden niet af. Integendeel, elke week was er wel ergens een hevige luchtaanval, met vooral burgerslachtoffers. Op 27 mei 1944 bombardeerden de geallieerden een Duits legerkamp in Leopoldsburg. Hoeveel Duitse soldaten er sneuvelden zullen we nooit weten. Onder de bevolking van de Kempense gemeente vielen 270 dodelijke slachtoffers. Op 20 juli 1944 dropten Amerikaanse vliegtuigen hun bommen op het station van Kortrijk en waren er naar schatting 172 doden.[5]
Druppelsgewijs kwamen gevluchte Belgische regeringsleden in Groot-Brittannië aan. De Belgische regering te Londen had het erg moeilijk internationale erkenning af te dwingen. Eens te meer zorgden de inkomsten uit Congo voor de nodige onafhankelijkheid. Vooral de katholieke minister Albert de Vleeschauwer gaf aanvankelijk gestalte aan de wil tot het verder voortzetten van de strijd. Enkele andere ministers volgden zijn voorbeeld: Camille Gutt, Hubert Pierlot en Paul-Henri Spaak. Met deze vier ministers werd op 31 oktober 1940 een regering in ballingschap gevormd. Aangezien de koning als krijgsgevangene zijn functies niet meer kon uitoefenen, trok ze in december 1940 de volledige wetgevende en uitvoerende macht naar zich toe. Later werd deze ploeg nog aangevuld met de katholieken Antoine Delfosse en August de Schryver en met de socialist August Balthazar. Buiten medeweten van de Belgische regering in Londen, sloot de Belgische Union Minière een akkoord met de Amerikanen af voor de levering van uranium uit de Kongolese provincie Katanga. Met deze grondstoffen werden de Amerikaanse kernbommen vervaardigd.
De oude generaal Victor van Strydonck de Burkel organiseerde reeds in oktober 1940 de eerste Belgische troepen in Groot-Brittannië. Enkele Belgische piloten namen deel aan de Slag om Engeland. Later vormden ze twee eigen smaldelen: het 349ste en het 350ste. Ongeveer 600 Belgen behoorden tot het varend personeel. De Belgische handelsvloot, twee korvetten (Godetia en Buttercup genaamd) en enkele mijnenvegers toonden de Belgische vlag op zee. Hieruit zal in februari 1946 de Belgische zeemacht herrijzen, die in 1927, na het Locarnopact, was afgeschaft. Ongeveer 1800 manschappen maakten deel uit van de Belgische 1e Infanteriebrigade (populair Brigade Piron) bevolen door kolonel Jean-Baptiste Piron. Er werd ook nog een kleine commando-eenheid (die zich in Italië, Joegoslavië en Walcheren zullen onderscheiden) gevormd alsook een para-eenheid, die later deel uitmaakte van de SAS-brigade (Special Air Service), terwijl circa 500 Belgen als agenten van SOE (Special Operations Executive) en SIS (Secret Intelligence Service) gedropt werden. Ongeveer 2500 van de 10.000 Belgen bij de Belgische troepen of vloot in Groot-Brittannië sneuvelden.