De Eindhovense gemeenteraad werd in 1941 op non-actief gezet. Dat betekende allerminst een stopzetting van de activiteiten van Verwey-Jonker. Voor de oorlog al was ze betrokken geraakt bij de opvang van jonge joodse vluchtelingen uit Duitsland. In de oorlog zou ze verzetswerk blijven verrichten. In Eindhoven vervulde ze de rol van verbindingspersoon tussen de arbeidersbeweging en de illegaliteit, ze distribueerde bonkaarten, zocht onderduikadressen en af en toe verbleven er onderduikers bij de familie Verwey. Voor de steun aan joden die met gevaar voor eigen leven werd verricht, ontving Verwey-Jonker de Yad Vashem onderscheiding. Daarnaast verrichten de Verweys hand- en spandiensten voor het Philips Kommando in Kamp Vught. Dit was een speciale afdeling voor joodse werknemers van Philips, opgezet om ze voor deportatie te behoeden.