Er zijn talrijke methoden om met microtonen muzikale toonsystemen te bouwen. Min of meer bekende systemen zijn het kwarttoonsysteem (waarbij het octaaf in 24 kwarttonen verdeeld wordt) en het 31-toonssysteem (waarbij het octaaf wordt verdeeld in 31 kleine stapjes, die diëzen worden genoemd). Maar er zijn nog talloze andere systemen, bijvoorbeeld met 19, 43, 53 en 200 tonen per octaaf. Voor de nu genoemde systemen geldt dat ze op een bepaalde manier nog een relatie hebben met het gewone, 12-tonige systeem en dat ze daarom in een aantal opzichten nog vrij vertrouwd in de oren klinken. Maar men kan ook andersom te werk gaan door een willekeurig microtonaal systeem te kiezen, de mogelijkheden daarvan wat betreft toonladders, intervallen, akkoorden, enzovoorts te onderzoeken en die te benutten in een muzikale compositie.