Tijdens zijn vakantie op Bali, met zijn geliefde, loopt Bourne in een hinderlaag. Hij overleeft de aanslag en duikt zwaargewond onder. Met een nieuwe identiteit begint hij aan een missie om uit te vinden wie hem probeerde te vermoorden. Maar tijdens zijn periode van herstel wordt hij hard met zichzelf geconfronteerd: wie is hij nu eigenlijk, welk deel is van Bourne, welk deel van hemzelf en wat blijft er van hem over zonder de Bourne-identiteit?