Bekkering houdt zich bezig met de vraag wat voor mechanismes in de hersenen de menselijke interactie bepalen. Hoe komen we tot doelgerichte acties, en hoe beïnvloeden we elkaar daar in?
Zijn onderzoek is breed georiënteerd en hij heeft baanbrekend werk verricht op het gebied van imitatie, leren, taal, sociale cognitie, robotica, sociale coöperatie en cognitieve ontwikkeling. Daarbij maakt hij gebruik van zowel traditionele methoden in de psychologie als van technieken uit de neurowetenschappen.