Het heeft een oppervlakte van 369,98 km². Het landschap heeft een schilderachtig karakter door het diepblauwe water, de oleanders, de citroenbomen en de cipressen. Het Gardameer ligt in de regio's Lombardije, Trentino-Zuid-Tirol en Veneto. Het meer heeft de bijnaam Benaco, met de klemtoon op de eerste lettergreep.
In morfologisch opzicht is de grote watermassa verdeeld in twee gedeelten. Het noordelijke deel is smal en ligt ingeklemd tussen steile bergen, waardoor het doet denken aan een Scandinavisch fjord. Het zuidelijke deel loopt uit in een breed bekken waar het schiereiland van Sirmione inpriemt.
Het meer ten zuiden van de bergwanden ziet er totaal anders uit. Hier zijn geen steile rotswanden en vlak langs de oever of in de rotsen uitgehouwen wegen. Aan de westkant vanaf Gargnano is de oever vlak, en alleen bij de Rots van Manerba wordt hij nog wat steil en hoog (218m), maar van hier tot Desenzano en Peschiera is de bodem vlak, en dat blijft zo tot de rots van San Vigilio bij Garda.
Het quartair wordt gekenmerkt door ijstijden afgewisseld met interglaciale warmere periodes. Tijdens de ijstijden groeiden niet alleen de ijskappen op de noord- en zuidpool, maar ook de gletsjers in het gebergte. Het ontstaan van het Gardameer is dan ook een gevolg van deze gletsjerwerking. De kloof in de buurt van Riva del Garda werd door de gletsjer uitgeschuurd tot een U-dal. Naarmate de gletsjer zuidelijker schoof begon deze door de hoge temperaturen af te smelten. Bij dit schuifproces werd een stuwwal gevormd. Deze vorm van eindmorene strekt zich uit in een boog rond het einde van de gletsjertong. Deze stuwwallen vormden een barrière voor het smeltwater tijdens de warmere perioden van het quartair, zodat het door de gletsjer uitgeschuurde gebied achter de stuwwallen gevuld werd met (smelt)water. Heden ten dage is dit nog zichtbaar als het Gardameer.
Behalve de eerder genoemde rivier de Sarca stromen nog een heel aantal kleinere riviertjes in het Gardameer uit; onder andere de Varone, de Abola en de Ponale in het noorden, en de San Giovanni (bij Limone), Campione (bij San Michele), de Brasa, Toscolano, Bornico en de Barbarano in het westen van het meer. De riviertjes aan de oostkant van het meer zijn over het algemeen vrij klein en kort.
De enige bevaarbare rivier is de Mincio. Deze stroomt bij Peschiera uit het Gardameer naar het zuiden, om ten zuiden van Mantua in de Po te stromen.
Het Gardameer is (net als de andere Italiaanse alpenmeren) een spaarbekken voor de bevloeiing van de landbouwgronden in de Povlakte. In juli 2005 werd de laagste waterstand ooit gemeten, met grote gevolgen voor de landbouw. Maar in juli 2008 stond het water vergeleken met de voorgaande jaren extreem hoog.