Een biopsie wordt niet uitgevoerd als de patiënt een vernauwing van de slokdarm heeft, perforatie van het darmslijmvlies van verschillende oorsprong of acute infectie momenteel plaatsvindt.
Meestal, nadat de verzameling van materiaal niet blijft. Zelden is er een lichte bloeding, maar deze gaat vanzelf over en vereist geen aanvullende medische zorg.