In 1518 liet de Leidse brouwer Dirck Ottensz zichzelf en zijn vrouw portretteren. De beide schilderijen hangen nu in Brussel in het Museum voor Schone Kunsten. Op het portret van Dirck is op de achtergrond zijn brouwerij te zien. Dirck Ottensz woonde op de Hogewoerd, tussen het Gangetje en de Watersteeg. De brouwerij stond achter op het erf en grensde dus aan de Nieuwe Rijn. Dankzij dit portret beschikken we over een uniek plaatje van een Leidse brouwerij.
De brouwerij was een fors pand met drie verdiepingen. Aan de waterkant stond een hefboom om water te putten dat in een op palen gezet reservoir werd gestort. Vandaar werd het water via een goot de brouwerij in geleid. Het was één van de vele goten die een brouwer gebruikte. Hij gebruikte ook goten om het bier tijdens het brouwproces van de beslagkuip naar de brouwketel en daarna naar het koelvat te brengen.
De begane grond werd vanwege het stoken van eest en brouwketel en het gewicht van de gevulde kuipen gebruikt voor het maken van het moutbeslag en het koken van het wort, het eigenlijke brouwen. De eerste en tweede verdieping gebruikte de brouwer voor het mouten en de opslag van graan en andere grondstoffen. Op het schilderij is men juist bezig voorraden naar de tweede verdieping te hijsen.
De hoek Nieuwe Rijn-Gangetje met de plek van de brouwerij van Dirck Ottensz. Linksboven de Karnemelksbrug. Het Gangetje is nog open water.
De zolder was als droogvloer in gebruik, er staat een luik open om de tocht­stroom te krijgen die nodig was voor het drogen van het ontkiemde graan. Tegen en bij het bedrijf staan biervaten, gevuld klaar voor de verkoop of lege vaten, retour van de tapper. Elke brouwer had zijn eigen, gemerkte vaten. In de brouwerij van Gerijt Willemsz stonden in 1565 450 hele en halve tonnen.
Drie bierdragers zijn bezig een schuitje met vaten te laden, de makkelijkste wijze van vervoer in het waterrijke Leiden. Links naast de brouwerij staat een varkenshok. Twee varkens steken hun koppen door de tralies. Het houden van varkens was een voor de hand liggende bijverdienste voor een brouwer: hij beschikte immers over voldoende bostel om ze vet te mesten.
We weten de naam van de brouwerij van Dirck Ottensz niet. Later brouwde op deze plek Adriaen Claesz van Leeuwen. De brouwerij heette toen: ‘t Lam.
Rond 1500 waren er in Leiden zeker 19 brouwerijen in bedrijf, en waarschijnlijk enkele meer (20 tot 22). Slechts van enkele brouwerijen is bekend waar zij stonden. Maar van veel brouwers uit 1500 weten we in welke van de 18 bonnen (stadswijken) zij woonden. Hun huis en brouwerij stonden meestal bij elkaar en alle brouwerijen lagen bovendien aan waterwegen. Uiteindelijk zijn veel bedrijven dus te min of meer te plaatsen.
Zo woonde brouwer Allert Meesz in 1498 in de stadswijk Maredorp Rijnzijde, tussen de Oude Rijn en de huidige Haarlemmerstraat (zie 16). In 1514 werden zijn huis en brouwerij aan de Oude Rijn genoemd, waaraan het bon Maredorp Rijnzijde inderdaad grensde. Zijn brouwerij stond dus in deze stadswijk aan de Oude Rijn.
De Leidse brouwerijen lagen niet lukraak over de stad verspreid, maar geconcentreerd binnen een aantal stadswijken. De bonnen met veel brouwerijen lagen alle aan de Rijnarmen, dus aan breed, stromend water. Maredorp Rijnzijde (10) en Burchtstreng (8) waren de wijken met verreweg de meeste brouwerijen, elk meer dan vijf. De bonnen Gansoord (14), Overmare Rijnzijde (12) en Hogewoerd (7) herbergden ieder twee tot drie brouwerijen. In enkele andere bonnen stond één brouwerij. In acht van de 18 stadswijken was geen brouwerij gevestigd.
De meeste brouwerijen lagen bovendien aan de oostzijde van de stad, waar de beide Rijnarmen de stad binnenstromen. Het water van de Rijn was daar nog zuiverder dan aan de westzijde van de stad. De vele vollerijen en ververijen van textielstad Leiden veroorzaakten een enorme vervuiling van het water. Dat maakte het extra belangrijk te zorgen voor zo zuiver mogelijk water.
Aan de zuidelijke rand van de stad ontbraken brouwerijen geheel in de grote bonnen Rapenburg (16) en Nieuwland (17), hoewel die met een lange zijde aan de stadsgracht lagen. Waarschijnlijk was het water in deze bonnen viezer dan dat van de stromende Rijnarmen, en dus onbruikbaar voor het brouwen van bier.
In de middeleeuwse stad met veel houten huizen en rieten daken was men altijd beducht voor brand. Brouwerijen met een eest en een of meer brouwketels waren bij uitstek brandgevaarlijke bedrijven.
Het stadsbestuur stelde in 1447 als preventieve maatregel tegen brand een subsidie in voor het gebruik van harde dakbedekking. De huiseigenaar mocht zelf kiezen of hij dakpannen of leien gebruikte. In 1463 werden bovendien extra maatregelen genomen voor een aantal ‘brandgevaarlijke’ beroepen, waaronder de brouwnijverheid. Vóór 1 mei 1465 moesten de brou­wers hun ‘brouwerij met eest’ met pannen of leien dekken. Een zelfde verplichting gold voor hen die ‘hebben in hoir huysen eesten’. Waarschijnlijk sloeg de laatste bepaling op moutmakers, een zelfstandig beroep. In Haarlem werden moutmakers al in 1407 genoemd, de eerste vermelding van een moutmaker uit Leiden dateert uit 1560.
In de stadsrekeningen staan heel wat betalingen van de subsidie voor harde dakbedekking genoteerd, zowel voor nieuwbouw als voor daken van bestaande gebouwen. Maar lang niet alle rieten daken werden meteen vervangen. Zo liet brouwer Willem Symonsz nog in 1499 negen roeden rieten dak van zijn brouwerij aan de Oude Rijn vervangen door pannen.