Acht jaar nadat Christiaan II naar het buitenland vluchtte, probeerde hij zijn koninkrijk weer terug te veroveren. Op 24 oktober 1531 verging echter een groot deel van zijn vloot voor de kust van Noorwegen. Christiaan II gaf zich op 1 juli tijdens de conventie van Oslo over aan Frederik I. In ruil voor zijn overgave beloofde Frederik hem een veilige terugtocht. Frederik hield zich echter niet aan zijn belofte, nam Christiaan II gevangen en sloot hem op in het Slot Sønderborg.
Aan het begin van de jaren 20 van de zestiende eeuw werd het aartsbisdom Denemarken (aartsbisdom Lund) betwist door verschillende kandidaten. De koninklijke kandidaat Jørgen Skodborg werd gekozen, maar omdat hij nog niet tot priester was gewijd, verkreeg hij geen pauselijke goedkeuring. Toen hij ook nog niet kon voldoen aan de financiële eisen die koning Christiaan II de Deense kerk stelde, werd hij afgezet. Zijn opvolger Didrik Slagheck werd na een paar maanden geëxecuteerd. Johan Weze, de volgende aartsbisschop, vluchtte samen met koning Christiaan II naar de Nederlanden. Door deze gebeurtenissen verloren de bisschoppen aan geloofwaardigheid.
Onder Christiaan II waren de predikers Martin Reinhard en Andreas Karlstadt al begonnen om het lutheranisme te prediken, hoewel ze daar nog weinig succes hadden. Na de afzetting van Christiaan gaf Frederik toestemming aan lutherse predikers om in Denemarken de nieuwe leer te verspreiden. De hertogdommen Sleeswijk en Holstein werden in 1525 tot het lutheranisme bekeerd. In 1526 werd ook Jutland protestants door de preken van Hans Tausen. In 1527 werd vrijheid van godsdienst uitgeroepen en in 1531 werd Denemarken lid van het Schmalkaldisch Verbond, een alliantie van Duitse protestantse vorsten. Hoewel Denemarken nog steeds officieel een katholiek land was, had het lutheranisme veel invloed gekregen.
Frederik I stierf op 10 april 1533. De katholieke meerderheid van de Rijksraad (Deens: Rigsråd) stelde de keuze voor een nieuwe koning uit, omdat zij vreesden dat prins Christiaan meteen het Lutheranisme tot officiële godsdienst zou verklaren. Christoffel van Oldenburg, een neef van Christiaan II, maakte echter ook aanspraak op de Deense troon. Hij kreeg daarbij steun van Lübeck, dat hiermee de verloren invloed in Denemarken terug wilde winnen. Daarna zouden zij de Sont en de Oostzee kunnen controleren. Onder het voorwendsel het koningschap van Christiaan II te herstellen, zond Jürgen Wullenwever, de burgemeester van Lübeck, een leger naar Seeland en Skåneland. Graaf Christoffel van Oldenburg werd aangesteld als leider van het leger. Als reactie hierop kozen de edelen en de Rooms-katholieke bisschoppen van Jutland prins Christiaan tot koning. Deze had de steun van Amsterdam, onder andere door zijn bijdrage aan het vredesverdrag van 1533.
Christoffel van Oldenburg vroeg Skipper Clement (Klemen Andersen) om hulp tegen Christiaan III en de edelen van Jutland. Skipper Clement, een kaperkapitein die Christiaan II steunde, voer naar Jutland. Onder zijn leiding kwamen de boeren van Noord Jutland in opstand tegen de edelen. Hij verdreef de edelen uit noordelijk Jutland, en verwoestte hun kastelen en landerijen. Aalborg werd het centrum van de opstand.
In juli 1534 werd graaf Christoffel van Oldenburg als regent namens Christiaan II aangesteld door de raad van Seeland in Ringsted. Een maand later werd hij ook door de raad van Skåneland verkozen.
De edelen organiseerden een tegenaanval om de boerenopstand te onderdrukken. Hun geïmproviseerde leger onder leiding van Niels Brock en Holger Rosenkrantz werd echter op 10 oktober 1534 verslagen door de boeren in de Slag bij Svenstrup.
Op 18 november 1534 sloten Christiaan III en Lübeck de Vrede van Stockelsdorf waarin besloten werd dat de oorlog in Holstein werd beëindigd, terwijl de oorlog in Denemarken voortgezet werd. Christiaan kon zijn troepen nu inzetten om de opstandige boeren in het noorden te verslaan. Hij stuurde een leger onder leiding van Johan Rantzau dat de boeren terug dreef naar Aalborg. Op 18 december 1534 viel de stad na een bestorming door het leger van Rantzau. Minstens 2000 mensen kwamen om tijdens de bestorming of bij de plunderingen de dagen erna.