De marathon van Wenen 1999 vond plaats op zondag 30 mei 1999 in Wenen. Het was de zestiende editie van deze wedstrijd.

Bij de mannen won Andrew Eyapan  uit Kenia in 2:11.41. Hij had een grote voorsprong op zijn Ethiopische achtervolger Moges Taye, die in 2:15.19 over de finish kwam. De wedstrijd bij de vrouwen werd beslist door de Roemeense Florina Pana in 2:34.26.

In totaal finishten er 6112 hardlopers, waarvan 5504 mannen en 608 vrouwen.

Uitslagen

Mannen

Vrouwen 

1999
Wenen