Sara Segaar, geboren ±1605 te Leiden. Zij trouwde 1625-05-21 te Leiden met Pieter Pieters Waterloo, geboren ±1585 te Valenciennes, fr.
Op sommige plaatsen wordt gesteld dat Jan een zoon zou zijn van de beroemde humanist Justus (Joost) Lipsius & Anna van Calster. Dat echtpaar bleef echter kinderloos. Bij het overlijden van Justus erfde de kleinzoon van zijn zuster zijn omvangrijke bibliotheek.
Kinderen uit dit huwelijk: Drie kinderen van Jan & Martigen trouwen met drie kinderen van Pieter Lammens & Tanneken Cruijmans.
Claes Jansz Lipsius, geboren voor 1613.. Hij trouwde met Jannitgen Cornelisdr. 1651-02-21. Testament van Claes Jansz Lipsius [vlasser] en Jannitgen Cornelisdr, echtelieden te Rijnsburg, "kloek en gezond van lichaam en beijde haer verstandt, memorije ende vijff sinnen machtich". Als Claes vóór Jannitgen zou overlijden en Jan Joostensz Lipsius, [vlasser te Rijnsburg] zijn vader, nog in leven is, krijgt die 1000 gld voor hetgeen hij uit de boedel van zijn zoon zou mogen pretenderen. Als Jan Joostensz vóór de testateur sterft krijgen diens broers en zusters genoemde 1000 gld. Alle overige goederen zijn voor Jannitgen Cornelisdr. Als de testatrice vóór de testateur overlijdt, krijgt haar neef Cornelis Cornelisz, zoon van Cornelis Willemsz en Theuntge Theunisdr, 500 gld. Diens ouders mogen tot aan zijn meerderjarigheid het vruchtgebruik genieten. Claes Lipsius erf al haar overige goederen.