In de jaren 1676-1678 bouwde Zacharias Thayssner een nieuw orgel voor de Bartholomäuskirche in Blankenburg. Het werd gebouwd in de bestaande orgelkas, die uit de zestiende eeuw stamde. Dit orgel had in 1668 twintig stemmen, verdeeld over twee manualen en pedaal. Van het oude orgel nam Thayssner enkele registers uit het rugwerk geheel of gedeeltelijk over, evenals de springlade van het hoofdwerk. Het orgel werd in de loop van de tijd verschillende keren gereviseerd en gewijzigd. In 1838 is het vervangen door een geheel nieuw orgel van de hand van Wilhelm Boden.