De hersenen vormen een orgaan (Latijn 'organum': werktuig) van vijf-en-tachtig miljard zenuwcellen, die alle aan elkaar gelijk zijn. De cellen zijn middels vele korte, ontvangende dendrieten en één lang, doorsturend axon (met daaraan een aantal eindknopjes: synapsen), met elkaar verbonden.
Het enige, wat iedere cel doet, is het opnemen van prikkels van buiten de cel (komt overeen met waarnemen), het verwerken ervan door het optellen van bevorderende en aftrekken van remmende zenuwprikkels (het denken en voelen), en de prikkel die dan overblijft over het axon aan volgende cellen doorgeven (het willen). Dit komt overeen met de werkzaamheid van de geest, waardoor die in staat is op de hersenen in te werken.
Verspreid in de hersenen bevinden zich groepen van cellen in de vorm van hersenschorsgebieden of in het midden van de hersenen celkernen (ganglia), waarvan de cellen samen een bepaalde taak vervullen. Die taak wordt mogelijk gemaakt door verschillen in de hoeveelheid van een of meer van de tientallen soorten neurotransmitters in de synapsen van die cellen: stoffen die het doorgeven van prikkels in de synaps - van de ene naar de andere cel - mogelijk maken (en dat maakt dat zenuwcellen ook van elkaar kunnen verschillen).
Deze opbouw en werking van de hersenen heeft als oorzaak de invloed van de menselijke geest op het voor die geest bestemde orgaan. Het zijn de eigenschappen van de geest in de vorm van de geestelijke vermogens en hun werking, die er de oorzaak van zijn dat de genoemde gebieden en kernen met ieder hun eigen werkzaamheid zich in de hersenen hebben ontwikkeld. De hersenen zijn het werktuig van de geest en de transmitters weerspiegelen de geestesgesteldheid en/of gemoedstoestand.
Met andere woorden, er is hersenwerkzaamheid door de inwerking van de menselijke geest. De verdeling van die werkzaamheid in de hersenen geeft in de stof de werkzaamheid weer, die binnen de menselijke geest als bolvormige wolk van geestelijk licht en geestelijke warmte plaatsvindt; en dat licht en die warmte zijn de eigenschappen waarmee de geestelijke vermogens samenhangen.
De innerlijke bewegingen van dat licht en die warmte door het waarnemen, denken, voelen en willen binnen de geest, worden door de geestelijke uitstraling heen op de hersenen overgebracht en komen daarin tot uiting als hersenwerkzaamheid. Wat vervolgens in de hersenen wordt gemeten, is het gevolg van deze geestelijke inwerking (zie voor de wisselwerking tussen geest en stof, en tussen geest en hersenen het Menu van de website).
Onmerkbaar in de stoffelijke wereld, doordringt de geestelijke wereld de stoffelijke. De geest blijft altijd in die geestelijke wereld, maar bevindt zich daar op de plaats, die in de stoffelijke wereld door de hersenen wordt ingenomen. Door die toestand van wisselwerking van het levende, de menselijke geest met wat de geest zelf niet is, de levenloze stof, kan de geest zichzelf niet zijn en is de geest zich van het bestaan van zichzelf als de eeuwige levenskracht, hier niet meer bewust. Dat is er de oorzaak van dat - hier wakker geworden - wordt gedacht, dat de hersenen alles is, wat er is en dat, wat 'geest' wordt genoemd door de hersenen wordt veroorzaakt.
Door de onwetendheid van de geest van zichzelf in deze toestand van wisselwerking met de stof en door de onbewuste vereenzelviging ermee, worden oorzaak en gevolg van geest en hersenen omgekeerd.