Twee Amsterdamse vrouwen namen in 1570 de zorg op zich voor enkele meisjeswezen. Daarmee begon de geschiedenis van Het Rooms Catholijk Maagdenhuis. De stad kende in de zestiende eeuw veel wezen door de lage levensverwachting (35 tot 40 jaar) en de relatief grote gezinnen.
Het katholieke meisjesweeshuis groeide snel en na verschillende verhuizingen, werd het in 1628 gevestigd aan het Spui. In de periode tot 1750 breidde Het Maagdenhuis uit, dankzij de vrijgevigheid van de Amsterdamse kooplieden. In 1780 werd besloten het eeuwenoude complex te vervangen door nieuwbouw. Onder architectuur van Abraham van der Hart verrees een bijzonder monumentaal gebouw, dat velen nu kennen als Het Maagdenhuis aan het Spui. In de eerste decennia bood het nieuwe gebouw plaats aan bijna 400 kinderen en dertien verzorgsters.
Vanaf 1840 werd de zorg en huisvesting van de kinderen toevertrouwd aan de Zusters van Liefde. De zusters gaven zelf taalonderwijs en christelijk onderricht en besteedden veel aandacht aan de vorming in naaldvakken. De zusters hebben die taak gedurende meer dan een eeuw vervuld. Door de verbeterde economische en gezondheidssituatie in de 20e eeuw daalde het aantal weesmeisjes. Ook veranderde de inzichten over de zorgverlening. In 1953 sloot Het Maagdenhuis als weeshuis de poorten; het pand is nu eigendom van de Universiteit van Amsterdam.
In de tweede helft van de 19e eeuw werden in Het Maagdenhuis ook veel ongeneeslijk zieken verpleegd, waaronder veel oudwezen. In 1890 werd voor die zorg Huize St. Elisabeth aan de Mauritskade gesticht. Later kreeg dit huis de functie van bejaardenverzorging en na de sluiting in 1953 van Het Maagdenhuis werden hier de laatste inwonende wezen gehuisvest. In 1967 werd ook dit huis gesloten.
Na de sluiting van de grote tehuizen, heeft Het Maagdenhuis in belangrijke mate bijgedragen aan de bouw van moderne, opnieuw grootschalige intramurale voorzieningen, met het accent op de ouderenzorg. Zo werden het verpleeg- en revalidatiecentrum Vreugdehof, de serviceflat de Klencke en – in nauwe samenwerking met de Stichting Vredenburgh - het centrum Nieuw Vredenburgh gerealiseerd.Aldus heeft Het Maagdenhuis gedurende 400 jaar alle inspanningen gericht op grootschalige opvang van hulpbehoevenden.
Sinds 1970 fungeert Het Maagdenhuis als fonds, dat zich toelegt op kleinschalige steun aan projecten. Het gaat niet alleen om financiële steun, maar ook om advies aan die projecten. Uiteindelijk is die geheel nieuwe werkwijze in de loop van de jaren zeventig en tachtig uitgegroeid tot de ‘missie’ van Het Maagdenhuis. Voor de oud-bewoonsters van Het Maagdenhuis wordt er jaarlijks een reünie georganiseerd en is maatschappelijk werk beschikbaar.