In 1925 richtten de drie gebroeders Frans, Piet en Jan Swinkels de firma Gebroeders Swinkels op. Voor de brouwerij kozen ze de naam 'Bavaria', een verwijzing naar het 'Beiersch bier', zoals ondergistend of pilsenerbier toen vaak werd genoemd. Het in 1926 van kracht geworden Bierbesluit gaf Bavaria een concurrentievoordeel. Geleidelijk aan vergrootte men het afzetgebied tot plaatsen buiten Noord-Brabant, waarbij men afspraken maakte met kasteleins. In 1934 werd het eerste flessenbier geleverd. Sinds 1937 beschikt Bavaria over een eigen mouterij, die ook aan anderen levert. De brouwerij groeide snel, maar de omzet stortte in gedurende en vlak na de Tweede Wereldoorlog. Daarna trad weer herstel in. Vanaf 1955 verkoopt Bavaria ook frisdrank onder de naam 3-Es, een verwijzing naar de drie gebroeders Swinkels die op dat moment de directie vormden. Vanaf 1970 levert Bavaria een alcoholvrij bier dat vooral in islamitische landen zeer veel wordt verkocht. In de jaren '90 van de twintigste eeuw steeg de productiecapaciteit zeer snel. Bavaria heeft eveneens fabrieken in Zuid-Afrika en in Rusland. In het laatste land heeft Bavaria een groot marktaandeel verkregen.
In 2007 kreeg Bavaria een boete van bijna 23 miljoen euro van de Europese Commissie omdat zij verboden prijsafspraken gemaakt zou hebben met andere brouwers. Bavaria is een van de grootste brouwerijen van Nederland, en het bezit een van de grootste mouterijen van Europa.
In 1987 werd de Exportmouterij Nederland te Wageningen overgenomen. Deze mouterij werd omstreeks 2006 overgeplaatst naar de Eemshaven. In 1998 nam Bavaria de abdijbrouwerij La Trappe over, producent van het gelijknamige trappistenbier. Omdat de bedrijfswinst nu niet langer uitsluitend naar goede doelen ging, maande de Internationale Vereniging Trappist Bavaria om het speciale trappistenlogo van de etiketten te halen. In oktober 2005 werd dit besluit teruggedraaid. Een andere overname was die in 1996 van de Oirschotse Brouwerij De Kroon, opgericht in 1627, die vervolgens gesloten werd. In 1999 werd frisdrankenproducent Herschi te Hoensbroek overgenomen van Hero. Dit merk, tezamen met de andere frisdrankmerken, werd in 2008 weer verkocht aan Refresco. [1].
De Europese Unie bepaalde in 2005 als gevolg van het beleid tot bescherming van regionale voedselaanduidingen, dat een Nederlandse brouwerij niet de merknaam Bavaria mag voeren. Dit zou zijn voorbehouden aan producenten uit de Duitse deelstaat Beieren, die in het Engels en in het Latijn "Bavaria" heet.
Volgens de brouwerij zelf is er echter een afspraak uit 2001 waarmee de brouwerij de naam mag behouden. Daarom stapte Bavaria naar het Europees Hof van Justitie, dat op 2 juli 2009 in deze kwestie uitspraak heeft gedaan. De uitspraak is tweeledig. De Beierse brouwers werden in het gelijk gesteld omtrent het feit dat Beiers Bier een beschermd product zou moeten zijn wat niet in andere gebieden gebrouwen mag worden (vergelijkbaar met bijvoorbeeld Champagne). Het hof benadrukt wel dat wanneer een bedrijf haar merknaam te goeder trouw wettelijk heeft vastgelegd zoals Bavaria dat heeft gedaan, dit niet zou moeten betekenen dat het bedrijf haar merknaam moet opgeven. Hieruit kan men opmaken dat bedrijven die dit te kwader trouw doen (in de wetenschap dat de gekozen merknaam tevens een beschermd streekproduct is) wel hun merknaam moeten opgeven.
Met ingang van 12 oktober 2009 is Bavaria overgestapt naar een nieuwe huisstijl. Naast nieuwe etiketten zijn ook de kratjes compleet gerestyled, met een prominente rol voor de kleur blauw. De nieuwe huisstijl betekent ook de introductie van het nieuwe logo: een kompas met de ‘S’ van Swinkels die naar de oorsprong wijst: het zuiden. Directie en marketing zochten de toekomst van Bavaria in het verleden van het familiebedrijf. Zo kwamen zij langs de kleur blauw, de drie gebroeders Swinkels en de oriëntatie op het Zuiden. Dit zijn de hoekstenen geworden binnen de nieuwe huisstijl die in een keer geïntroduceerd is, in alle uitingen, in alle 117 landen.
Bavaria bier wordt gebrouwen met mineraalwater uit eigen bron en mout uit de eigen mouterij. De hop wordt ingekocht bij boeren in Duitsland en de VS.
In 2007 lanceerde Bavaria het biermerk Swinckels Volmaakt als tweede "premium" merk van de onderneming.
Jaarlijks brouwt Bavaria meer dan 6.200.000 hectoliter bier (2007).[bron?] Tegenwoordig is die productie door alcoholvrij bier enorm toegenomen. Hiermee staat Bavaria in de top 3 van best verkopende bieren in Nederland. In het zuiden van het land is Bavaria zelfs marktleider.[bron?]