Door de gebeurtenissen van 1672 was de Republiek meer dan voorheen gedwongen een actieve rol te spelen binnen het Europese machtsevenwicht. Het land kon zich niet langer primair richten op zijn handelsbelangen en op een sterke aanwezigheid op zee, en aan het landleger minder aandacht besteden. De kosten van een staand leger en van een parate vloot waren enorm, maar leken onvermijdelijk. Vooral Frankrijk met zijn ambitieuze koning Lodewijk XIV bleef een constant gevaar voor de stabiliteit van de Republiek. Het had al langer geduurd om met dit land vrede te sluiten dan met de andere tegenstanders uit 1672, en in die tijd had Frankrijk een belangrijk deel van de Zuidelijke Nederlanden weten te veroveren. Dat koninkrijk dreigde zo een directe buur van de Republiek te worden. Door in 1678 vrede te sluiten had de Republiek dat vooralsnog weten te voorkomen. Tegelijkertijd zette die vrede bij anderen kwaad bloed. Enkele van Nederlands belangrijke bondgenoten, zoals de keizer van Oostenrijk en de koning van Spanje, voelden zich in de steek gelaten – zij bleven wél met Frankrijk in oorlog. Ook Willem III had in 1678 geen vrede willen sluiten, maar hij had het hoofd moeten buigen toen met name Holland de geldkraan dichtdraaide. De Hollandse wens tot vrede werd ook nu vooral bepaald door de toenemende druk op de economie. De stadhouder zag echter scherp in dat met een vrede de ambities van koning Lodewijk niet verminderde. Lodewijk wilde nog steeds van Frankrijk het machtigste land van Europa maken en hiertoe de grenzen uitbreiden tot aan de Rijn.
Frankrijk had veel vijanden, maar slechts weinige waren in staat effectief weerstand te bieden. Willem III bleek wél in staat zich op het slagveld tegen hem staande te houden en zag bovendien tevens in dat hij nooit alléén tegen hem op kon trekken. Hier stond tegenover dat zijn machtsbasis in de Republiek zwak was. De belangen van Holland en dan vooral Amsterdam bleven de politiek bepalen. Maar Willems positie veranderde in 1688 spectaculair. Sinds 1677 was de stadhouder getrouwd met Mary Stuart, nicht van de koning van Engeland, en in 1685 werd haar vader als Jacobus II gekroond tot koning. Jacobus was katholiek en nam verscheidene maatregelen om het protestantse karakter van Engeland te ondermijnen. Ook dreigde hij de zijde van Frankrijk te kiezen, hetgeen het machtsevenwicht in Europa ernstig zou verstoren. Op uitnodiging van enkele vooraanstaande Engelsen ondernam de stadhouder hierom in november 1688 een expeditie naar Engeland, die wonderwel slaagde. Hij wist, officieel namens zijn vrouw, de macht in handen te krijgen en werd nu behalve stadhouder in de Republiek ook koning van Engeland. Dat gaf hem veel meer armslag om Lodewijk te bestrijden.
De ‘staatsgreep’ van Willem leidde nog diezelfde maand tot een oorlogsverklaring van Frankrijk aan de Republiek. Een halfjaar later sloten vrijwel alle vijanden van Lodewijk zich vervolgens in een groot verbond aaneen, ook Spanje, dat nog steeds het gezag voerde over de Zuidelijke Nederlanden. Willem stond in feite aan het hoofd van deze anti-Franse coalitie. De strijd speelde zich vooral in de Zuidelijke Nederlanden en op zee af, en voor beide partijen met wisselend succes. De kosten namen uiteraard opnieuw enorm toe, en daarmee ook het verzet. Maar de Noordelijke Nederlanden leden dan wel financieel veel schade, de Zuidelijke Nederlanden moesten het directe oorlogsgeweld verdragen.
Zo ook in 1695, een oorlogsjaar dat in veel opzichten lijkt op de jaren ervoor en erna, zij het dat de oorlogshandelingen spectaculairder waren. Zo wist Willem III zij aan zij met de Zuid-Nederlandse landvoogd Maximiliaan Emanuel van Beieren in september de belangrijke vestingstad Namen te veroveren, die drie jaar eerder door Lodewijk was ingenomen. Een paar weken eerder hadden de Fransen trouwens op hun beurt de Zuid-Nederlandse hoofdstad Brussel zwaar gebombardeerd, waarbij onder meer de Grote Markt volkomen verwoest was.
In de laatste dagen van 1694 was Mary Stuart, de vrouw van Willem III, gestorven. Zonder haar had hij nooit koning van Engeland kunnen worden, zonder haar was nu zijn machtsbasis aldaar lang zo sterk niet meer. Haar dood werd dan ook allerwegen betreurd.
De oorlogsmoeheid nam in alle kampen ondertussen toe, vooral omdat de krijgshandelingen handen vol geld kostten. Uiteindelijk zou de oorlog na negen jaar in 1697 met de Vrede van Rijswijk worden afgesloten. Lodewijk erkende hierbij Willem als koning van Engeland en gaf alle veroveringen in de Zuidelijke Nederlanden aan Spanje terug. Dat was ook in het belang van de Republiek, want zo kon het zuiden als buffer blijven fungeren met Frankrijk.
In 1702 zou Willem III overlijden. Er was toen alweer een nieuwe oorlog gaande, de Spaanse successieoorlog, die tot 1713 zou duren. De Zuidelijke Nederlanden stonden hierin opnieuw centraal. Maar de invloed van het noorden, van de Republiek, was lang niet meer zo groot als voorheen. Bovendien hadden de Staten van Holland met vier van de andere gewesten na Willems overlijden besloten geen nieuwe stadhouder te benoemen. De Republiek kon nadien in Europa geen dominerende rol meer spelen en trok zich steeds meer op zichzelf terug.