De Wereldbeker schaatsen 2008/09 - 3000&5000 meter vrouwen begon op 8 november 2008 in Berlijn en eindigde op 6 maart 2009 in Salt Lake City. Titelverdedigster was de Tsjechische Martina Sáblíková die de 2007/08 editie won. Ze wist deze titel met succes te verdedigen.

Deze wereldbekercompetitie was tevens het kwalificatietoernooi voor zowel de 3000 meter als de 5000 meter op de WK afstanden 2009.

2007/08 Eindpodium

Podia

Eindstand