Nee, de hersenen als geheel raken niet aangetast. Wel kan XTC-gebruik bepaalde zenuwen in de hersenen aantasten en dan met name die zenuwen die deel uitmaken van het serotonine-systeem.
In 2010 is er opnieuw bij het AMC in Amsterdam onderzoek gedaan naar de relatie tussen (structurele) veranderingen in de hersenen en XTC. De onderzoekers hebben in dit onderzoek vooral gekeken naar de hippocampus. Dit is een deel van de hersenen wat een belangrijke functie heeft bij de opslag van informatie in het lange termijngeheugen.
In 2011 is er ook een Amerikaans onderzoek geweest onder 1500 XTC-gebruikers. In het onderzoek word gesteld dat het gebruik van XTC niet leidt tot cognitieve schade. In dit onderzoek is gekozen voor een onderzoeksgroep die weinig andere drugs en alcohol gebruikten. Deze studie is waarschijnlijk niet representatief omdat het risico op 'hersenschade' waarschijnlijk toeneemt wanneer het wordt gecombineerd met andere middelen.