De Engelse brigade-generaal Taunton droeg op 1 juli van dat jaar het bevel over alle Nederlands-Indische gebiedsdelen, behalve Java en Sumatra, over aan de Nederlandse krijgsmacht. Dit terrein werd vanaf dat moment de "Grote Oost en Borneo" genoemd.
Intussen was op 15 juni 1946, nabij Meester Cornelis, in het plaatsje Polonia, het Depot voor Speciale Troepen opgericht, en kapitein KNIL Willem Jan Scheepens benoemd tot commandant van deze eenheid. De thuisbasis van het Depot was toen een groep van drie tot vier gebouwen, waar omstreeks 50 manschappen ingekwartierd waren. Scheepens had tijdens de Tweede Wereldoorlog samen met zijn latere opvolger, eerste luitenant Raymond Westerling, in dezelfde groep in Colombo gewerkt.
Polonia lag op zes kilometer afstand van Batavia, indertijd al Djakarta genoemd. Een van de eerste acties van het pas opgerichte Depot betrof de bescherming van een brug, die de Republikeinen, naar men vernomen had, de volgende dag zouden opblazen. De operatie liep echter verkeerd af en Scheepens raakte zwaar gewond. Van de 19 manschappen die hij op de brug had geplaatst, werden er 11 gedood of raakten zwaar gewond.
Direct na dit echec werd Westerling benoemd tot commandant van het Depot Commandotroepen, als opvolger van Scheepens. Het moreel van de manschappen was op dit moment zee r slecht omdat de beveiliging van de brug zeker niet de eerste mislukte actie was geweest. Een van de redenen dat er steeds geen succes werd behaald bleek te zijn dat de manschappen tegen de guerrilla's ten strijde waren getrokken alsof zij tegen een geregeld Europees leger vochten, waardoor steeds het onderspit werd gedolven. Mede hierdoor was de troep diep ontmoedigd geraakt.
Westerling selecteerde 20 man uit de oude troep van 50 en verkreeg een machtiging van het opperbevel om ter aanvulling nieuwe commando's te werven. Binnen enkele weken had hij op deze wijze een strijdgroep van 150 man verkregen. Onder hen waren vrijwilligers uit de geregelde Nederlandse troepen, die nog door Westerling nog in Nederland waren getraind, in de tijd dat hij daar in de nabijheid van V-1 installaties was gestationeerd.