Op Prinsjesdag zijn de voorwaarden van de WBSO in 2022 bekendgemaakt. De subsidiepercentages worden in 2022 teruggebracht naar het niveau van 2020 na een tijdelijke verhoging van de percentages in 2021. Dat betekent dat het subsidiepercentage in 2022 32% van de S&O-kosten tot € 350.000 bedraagt (de zogenoemde eerste schijf). Het subsidiepercentage in de tweede schijf (boven € 350.000) bedraagt in 2022 16% van de S&O-kosten. Voor starters bedraagt het subsidiepercentage in 2022 in de eerste schijf 40%.
Daarnaast is bekend gemaakt dat zowel de indiening van aanvragen als de verrekening van de WBSO flexibeler wordt vanaf 2022. Vanaf 2022 kunnen WBSO-aanvragen elkaar overlappen, wat betekent dat nieuwe projecten direct de eerstvolgende maand reeds subsidiabel kunnen zijn. In lijn hiermee hebben WBSO-aanvragen voortaan automatisch een looptijd tot het einde van het kalenderjaar. Het maximaal aantal in te dienen WBSO-aanvragen verandert niet en blijft 4. Zoals aangegeven wordt ook de verrekening van de WBSO-subsidie (formeel de S&O-afdrachtvermindering) flexibeler. Vanaf 2022 mag de S&O-afdrachtvermindering naar eigen inzicht in mindering worden gebracht op de te betalen loonheffing. Zo kan het volledige bedrag ook al in de eerste loonheffingsaangifte na het afgeven van de beschikking in mindering worden gebracht op de te betalen loonheffing (mits het loonheffingsbedrag toereikend is).