Tot de fusie in 2005 tot Protestantse Gemeente te Halfweg-Zwanenburg hadden beide kerken ieder afzonderlijk hun geschiedenis en hun voorgangers.
Deze gemeente is geïnstitueerd op 17 juni 1881. De gemeente vergaderde achtereenvolgens van 1881 tot 1890 in een houten kerkje met 90 zitplaatsen aan de Kerklaan (nu Dennenlaan) en van augustus 1890 tot 1919 in een stenen kerk met 300 zitplaatsen op het kerkplein van de Grote Kerk. En sedert 1919 in de Grote Kerk met 650 zitplaatsen aan de Amsterdamsestraatweg 18 te Halfweg.
De Hervormde Gemeente van Houtrijk en Polanen dankt haar naam aan de vroegere burgerlijke gemeente Houtrijk en Polanen, welke in 1863 met nog twee andere gemeenten is samengevoegd tot de tegenwoordige gemeente Haarlemmerliede en Spaarnwoude. Tot 1845 kerkte men te Spaarnwoude, later in Spaarndam. Sinds november 1852 was er een eigen kerk tegenover de Suikerfabriek. Vanaf 1855 is de Hervormde Gemeente een zelfstandige gemeente. Door verbreding van de verkeersweg te Halfweg moest de eerste kerk verdwijnen. Aan de Wilhelminastraat te Halfweg werd een tweede hervormde kerk gebouwd die sinds 1925 in gebruik is.
Medio zeventiger jaren kwamen in Halfweg-Zwanenburg steeds meer gezamenlijke activiteiten van Hervormden en Gereformeerden op gang, te beginnen met het jeugdwerk, voorts het evangelisatiewerk, catechese, gespreksgroepen etc. Het aantal samenwerkingsverbanden groeide, de hechtheid tussen beide gemeenten eveneens. Toen de landelijke kerkelijke organen de organisaties aan elkaar probeerden de koppelen, vormde dat streven de bevestiging van wat alhier reeds tot stand was gekomen. Plaatselijk is veel werk verricht om in onderlinge overeenstemming al het gezamenlijke in officiële afspraken te gieten. Dit mondde uit in een federatieovereenkomst. Sinds 23 mei, Pinksteren 1999, vormden de Gereformeerde Kerk Halfweg Zwanenburg en de Hervormde Gemeente Houtrijk en Polanen een federatie. Juridisch bestonden ze nog in enkele opzichten naast elkaar, maar ze traden sindsdien gezamenlijk naar buiten als de SoW- Gemeente Halfweg-Zwanenburg.