In de 18de eeuw was Herman Boerhaave een internationale beroemdheid. Uit Europa én ver daarbuiten kwamen mensen om zich door hem te laten behandelen of om van hem te leren. Zijn manier van onderwijzen vormt nog steeds de basis voor geneeskundeopleidingen.
Als enige zoon van een dominee leek Herman Boerhaave voorbestemd zelf ook predikant te worden. Hermans moeder was een Amsterdamse koopmansdochter met de toepasselijke naam Hagar Daelder. Zij overleed in 1673, toen Herman vijf jaar oud was. Zijn vader hertrouwde een jaar later met Eva Dubois, een Leidse domineesdochter. Herman kon het goed vinden met zijn stiefmoeder, die hij tot op hoge leeftijd bleef verzorgen. Van zijn vader kreeg hij onderwijs in vakken die hem later bij zijn theologische opleiding goed van pas konden komen, en op zijn elfde beheerste hij het Hebreeuws, Grieks en Latijn. In de laatste taal kon hij zich ook moeiteloos schriftelijk uitdrukken. De lessen van zijn vader werden afgewisseld met lichamelijke activiteit: tuinieren.
Toen hij twaalf was, maakte hij van nabij kennis met de medische stand. Hij kreeg een ‘kwaadaardige zweer’ aan zijn dijbeen die niet wilde genezen, de inspanningen van diverse Leidse doktoren ten spijt. Uiteindelijk genas hij zichzelf. In Commentariolus, een verzameling autobiografische schetsen, vertelt hij hoe: door het been te begieten met zout en eigen urine. Hij besluit met de opmerking: ‘Het was de eerste keer dat ik begon te denken over een studie medicijnen.’
Toen Herman veertien was, stierf zijn vader en moest het gezin met negen kinderen rondkomen van een, karig, weduwenpensioen. Dankzij een beurs kon hij toch beginnen aan de studie theologie aan de Leidse universiteit, waar hij zijn talenten verder kon ontwikkelen. Behalve de verplichte vakken volgde hij ook colleges in wiskunde. Daar was hij al snel zo goed in dat hij kon bijverdienen als privaatdocent. In 1689 begon Boerhaave colleges te volgen bij Burchard de Volder. Deze hoogleraar (natuur)filosofie was een aanhanger van de ideeën van Descartes en goed op de hoogte van de gedachten van Spinoza. Hij stichtte het Theatrum Physicum, waar hij experimenten uitvoerde. In 1690 promoveerde Boerhaave op een proefschrift over het verschil tussen lichaam en geest. Deze invloeden, gebaseerd op de behoefte aan onderzoek en het stellen van vragen, waren eigenlijk ongewenst voor een aankomend predikant, die vast van geloof moest zijn.
Na zijn promotie kreeg Boerhaave een bijzondere baan om in zijn levensonderhoud te voorzien. De Leidse universiteit had de omvangrijke boekencollectie gekocht van de kort daarvoor overleden filoloog Isaac Vossius. Boerhaave moest de vierduizend zeldzame boeken en handschriften catalogiseren. Dat bood een uitgelezen kans om werk met studie te combineren. Boerhaave las een groot aantal van de nieuwe boeken, waaronder geschriften van Hippocrates, maar ook van vooruitstrevende geleerden uit zijn tijd, zoals Boyle en Newton.
Boerhaave besloot geneeskunde te gaan studeren. Het onderwijs aan de Leidse medische faculteit was in die tijd gebrekkig en Boerhaave volgde er ook geen colleges; hij kon meer leren uit boeken. Hippocrates van Kos was een van zijn favoriete auteurs. Van hem leerde Boerhaave dat nauwkeurige observatie de basis moest vormen voor de geneeskunde en dat hygiëne, dieet en leefgewoonten een belangrijke rol speelden bij ziekte en gezondheid. Boerhaave kreeg ook belangstelling voor de scheikunde, die zich in zijn tijd als wetenschap voorzichtig begon te onderscheiden van de alchemie. Maar ook die alchemie zelf had zijn aandacht; zo hield Boerhaave tien jaar lang een pot lood in vloeibare toestand om te zien of de inhoud tot goud zou transmuteren. Hij erkende de waarde van de experimenten die door alchemisten waren uitgevoerd, maar nam afstand van de esoterische gedachtewereld die daarbij hoorde.
In 1693 promoveerde Boerhaave in Harderwijk in de geneeskunde – op het belang van de ontlasting bij het stellen van diagnoses. Toch aarzelde Boerhaave om ook daadwerkelijk als arts aan de slag te gaan. Uit respect voor zijn vader voelde hij zich verplicht predikant te worden. Een gelukkig voorval hielp hem van deze zelfopgelegde beperking af. Op een reis in een trekschuit raakte hij verwikkeld in een discussie over Spinoza, waarmee hij de verdenking op zich wierp een aanhanger te zijn van deze als atheïst beschouwde filosoof. Dat maakte een theologische carrière onmogelijk.
Boerhaave had als arts aanvankelijk weinig patiënten, wat hem de tijd gaf verder te studeren. Hij las veel medische en natuurwetenschappelijke literatuur en correspondeerde met geleerden in binnen- en buitenland.
In het Theatrum Anatomicum in Leiden werden openbare ontledingen gehouden, behalve studenten was ook het publiek welkom, tegen betaling. In Rijksmuseum Boerhaave staat een replica van het theater, 1610.
In die tijd was in de geneeskunde een strijd gaande tussen twee stromingen. De iatrochemie meende de werking van het lichaam te kunnen verklaren vanuit chemische processen, een andere stroming keek naar de mechanica als verklarend model. Ook Boerhaave probeerde de werking van het lichaam vooral mechanisch te verklaren: hij zag het als een stelsel van buizen, waardoorheen de diverse lichaamssappen ongehinderd moesten kunnen stromen. Maar zijn onderzoekende geest vertelde hem dat ook de chemie een rol speelde.