In 2000 reed hij tot en met eind juni voor het Nationale Australische beloftenteam. Hij won een etappe in de Vodacom Rapport Tour, reed sterk in de Ronde van Japan, de Baby Giro en de Tour Down Under. Vanaf juli reed hij voor Mercury-Mannheim. In 2001 werd dat Mercury-Viatel. Eind 2000 won hij nog drie etappes in de Herlald Sun Tour, verzamelde hij een pak ereplaatsen in de Ronde van de Toekomst, won hij de Prix des Blès d'Or en werd daar dan vierde in dat eindklassement van al die eendagswedstrijden, de Mi-Août Bretonne. In 2001 zeer sterk op dreef. Reed een zeer sterke Vierdaagse Van Duinkerken (elfde in het eindklassement + resem ereplaatsen) en won al heel wat wedstrijden in de VS.
In september reed Cooke zijn beste wedstrijd van het hele jaar. In de Tour de l'Avenir, de Ronde van de Toekomst, reed Cooke, samen met Mercury-stagair en vriend Matt Wilson, de pannen van het dak. Wilson was de eerste die een etappe kon winnen. Cooke was de regelmatigste van allen en won op het einde ook nog twee etappes, waaronder de slotrit naar Morteau. In deze bergrit van ruim tweehonderd kilometer, vier ronden van vijftig kilometer en met elke ronde een col van tien kilometer, reed Baden samen met de Banesto-Rus Denis Menchov de rest op een hoopje. De bedoeling was duidelijk: Cooke zijn tweede ritwinst en Menchov de eindzege. Tot aan de eindstreep in Morteau bleef het spannend en Menchov haalde het uiteindelijk met luttele seconden. Cooke kon ook niet klagen: top-tien in het eindklassement en twee ritwinsten.
Reed de voorbije jaren als amateur voor het Australische team veel prestigieuze rittenkoersen voor beloften en amateurs. Zo reed hij in 2000 zowel de Giro delle Regioni en de Baby Giro. Is een heel goede spurter voor in de toekomst mee te doen in de Tour.