In de 12de eeuw trok een krijger uit de omgeving van Nagano naar Iga, het broeinest van de ninja’s. Daar leerde hij al snel alle ninja trucjes en nadat hij terugkeerde naar Nagano richtte hij de Togakushi Ninja School op. Het Togakushi Ninpo Museum vertelt het verhaal van deze krijger en de generaties ninja’s die na hem kwamen.