In het Hersendoodprotocol staat welke testen de artsen moeten doen om de hersendood te kunnen vaststellen en in welke volgorde. Als uit deze testen blijkt dat iemand nog reageert of als er nog activiteit in de hersenen te zien is, dan stopt de arts met verder onderzoek. De donor is dan niet hersendood.
De artsen doen het onderzoek in 3 stappen. Samen duren die meestal een paar uur. Er zijn altijd meerdere artsen die de testen en onderzoeken doen.