In 1982 begon hij zijn loopbaan als wetenschappelijk medewerker aan de Vrije Universiteit Amsterdam. Twee jaar later ging hij aan de slag bij IBM Nederland, waar hij tot 1992 verschillende IT-functies bekleedde. Daarna maakte hij de overstap naar IBM U.S.A., waar hij werkte als marketingmanager. Na drie jaar keerde hij terug naar IBM Nederland om diverse managementfuncties te vervullen.
In februari 1999 werd Johan Stäbler bij Gasunie benoemd tot manager Informatietechnologie. Sinds 1 juli 2005 is hij overgestapt naar GasTerra en vervult hij daar dezelfde functie.