Dat je zegt Photoshop opent in Space 2 (rechts) en Illustrator in Space 3 (linksonder). Dat maar dan alles op één horizontale lijn naast elkaar.
Als je rechtermuisknop doet op het icoontjes in het Dock dan kun je dacht ik een app toewijzen aan een bepaalde bureaublad.
Misschien moet je eerst alle bestaande desktops eens wissen en dan van daaruit eerst nieuwe desktops aanmaken en opnieuw apps toewijzen. Wellicht is er iets niet goed overgezet na je update naar HS.