Dit is een lijst van zoogdieren die voorkomen in Indonesië.

Orde Eierleggende zoogdieren (Monotremata)

Familie Mierenegels (Tachyglossidae)
Zaglossus attenboroughi
 Zwartharige vachtegel (Zaglossus bartoni)
 Gewone vachtegel (Zaglossus bruijnii)

Orde Roofbuideldieren (Dasyuromorphia)

Familie Echte roofbuideldieren (Dasyuridae)

Orde Buideldassen (Peramelidae)

Familie Echte buideldassen (Peramelidae)

Orde Klimbuideldieren (Diprotodontia)

Familie Dwergbuidelmuizen (Burramyidae)
 Papoeabuidelslaapmuis (Cercartetus caudatus)

Familie Koeskoezen (Phalangeridae)

Familie Buideleekhoorns (Petauridae)

Familie Kleine koeskoezen (Pseudocheiridae)

Familie Vliegende buidelmuizen (Acrobatidae)
 Vederstaartbuidelmuis (Distoechurus pennatus)

Familie Kangoeroes (Macropodidae)

Orde Slurfdieren (Proboscidea)

Familie Olifanten (Elephantidae)
 Aziatische olifant (Elephas maximus)

Orde Zeekoeien (Sirenia)

Familie Doejongs (Dugongidae)
 Doejong (Dugong dugon)

Orde Insecteneters (Eulipotyphla)

Familie Egels (Erinaceidae)
 Grote haaregel (Echinosorex gymnura)
 Dwerghaaregel (Hylomys parvus)
 Kleine haaregel (Hylomys suillus)

Familie Spitsmuizen (Soricidae)

Orde Vleermuizen (Chiroptera)

Familie Grote vleermuizen (Pteropodidae)

Familie Klapneusvleermuizen (Rhinopomatidae)
Rhinopoma microphyllum

Familie Reuzenoorvleermuizen (Megadermatidae)
 Reuzenoorvleermuis (Megaderma spasma)

Familie Hoefijzerneusvleermuizen (Rhinolophidae)

Familie Bladneusvleermuizen van de Oude Wereld (Hipposideridae)

Familie Schedestaartvleermuizen (Emballonuridae)

Familie Spleetneusvleermuizen (Nycteridae)
 Pronkneusvleermuis (Nycteris javanica)
Nycteris tragata

Familie Bulvleermuizen (Molossidae)

Familie Gladneusvleermuizen (Vespertilionidae)

Orde Schubdierachtigen (Pholidota)

Familie Schubdieren (Manidae)
 Javaans schubdier (Manis javanica)

Orde Roofdieren (Carnivora)

Familie Katachtigen (Felidae)

Familie Civetkatachtigen (Viverridae)

Familie Linsangs (Prionodontidae)
 Gestreepte linsang (Prionodon linsang)

Familie Mangoesten (Herpestidae)

Familie Beren (Ursidae)
 Maleise beer (Helarctos malayanus)

Familie Hondachtigen (Canidae)
 Rode hond (Cuon alpinus)

Familie Marterachtigen (Mustelidae)

Familie Stinkdieren (Mephitidae)
 Maleise stinkdas (Mydaus javanensis)

Orde Onevenhoevigen (Perissodactyla)

Familie Neushoorns (Rhinocerotidae)
 Sumatraanse neushoorn (Dicerorhinus sumatrensis)
 Javaanse neushoorn (Rhinoceros sondaicus)

Familie Tapirs (Tapiridae)
 Indische tapir (Tapirus indicus)

Orde Evenhoevigen (Artiodactyla)

Familie Varkens (Suidae)

Familie Dwergherten (Tragulidae)
 Javaanse kleine kantjil (Tragulus javanicus)
 Kleine kantjil (Tragulus kanchil)
 Grote kantjil (Tragulus napu)

Familie Holhoornigen (Bovidae)

Familie Herten (Cervidae)

Orde Walvissen (Cetacea)

Familie Echte walvissen (Balaenidae)

Familie Vinvissen (Balaenopteridae)

Familie Dwergwalvis (Neobalaenidae)
 Dwergwalvis (Caperea marginata)

Familie Potvissen (Physeteridae)
 Dwergpotvis (Kogia breviceps)
 Kleinste potvis (Kogia sima)
 Potvis (Physeter catodon)

Familie Bruinvissen (Phocoenidae)
 Indische bruinvis (Neophocaena phocaenoides)

Familie Spitssnuitdolfijnen (Ziphiidae)
 Spitssnuitdolfijn van Blainville (Mesoplodon densirostris)
 Japanse spitssnuitdolfijn (Mesoplodon ginkgodens)
 Dolfijn van Cuvier (Ziphius cavirostris)

Familie Dolfijnen (Delphinidae)

Orde Haasachtigen (Lagomorpha)

Familie Hazen (Leporidae)
 Zwartnekhaas (Lepus nigricollis) (mogelijk geïntroduceerd)
 Sumatraans konijn (Nesolagus netscheri)

Orde Knaagdieren (Rodentia)

Familie Stekelvarkens van de Oude Wereld (Hystricidae)

Familie Eekhoorns (Sciuridae)

Familie Spalacidae
 Sumatraanse bamboerat (Rhizomys sumatrensis)

Familie Muridae

Orde Toepaja's (Scandentia)

Familie Echte toepaja's (Tupaiidae)

Familie Vederstaarttoepaja (Ptilocercidae)
 Vederstaarttoepaja (Ptilocercus lowii)

Orde Huidvliegers (Dermoptera)

Familie Vliegende katten (Cynocephalidae)
 Maleise vliegende kat (Galeopterus variegatus)

Orde Primaten (Primates)

Familie Loriachtigen (Lorisidae)
 Grote plompe lori (Nycticebus coucang)

Familie Spookdiertjes (Tarsiidae)

Familie Apen van de Oude Wereld (Cercopithecidae)

Familie Gibbons (Hylobatidae)

Familie Mensapen en mensachtigen (Hominidae)
 Sumatraanse orang-oetan (Pongo abelii)
 Borneose orang-oetan (Pongo pygmaeus)

Bronnen
Wilson, D.E. & Reeder, D.M. 2006. Mammal Species of the World: a Taxonomic and Geographic Reference. Baltimore: The Johns Hopkins University Press.

Natuur in Indonesië
Indonesie
Zoogdieren