Jan Michaelsen (Nantes, 28 november 1970) is een Deens voormalig voetballer en huidig voetbalcoach die speelde als middenvelder. Hij is de zoon van Allan Michaelsen.

Carrière
Michaelsen maakte zijn debuut voor Svendborg fB, maar vertrok na een seizoen al naar Vanløse IF. Nadien speelde hij voor Hellerup IK en van 1996 tot 2001 voor Akademisk BK. Hij speelde van 2001 tot 2004 voor het Griekse Panathinaikos en nadien nog voor het Noorse Hamarkameratene.

Hij speelde negentien interlands voor Denemarken, waarin hij een keer scoorde. Hij nam met de Deense ploeg deel aan het WK voetbal 2002.

Nadien werd hij jeugdcoach bij FC Kopenhagen en in 2018 hoofdcoach bij Fremad Amager, maar werd al snel ontslagen. Hij trainde ook een tijdje de jeugdinternationals van Denemarken. In 2019 was hij assistent bij Vendsyssel FF, nadien werd hij hoofdjeugdcoach bij Nyköbing FC.

Erelijst
 Panathinaikos
 Landskampioen: 2004
 Griekse voetbalbeker: 2004

Deens voetballer
Deens voetbalcoach