Dit is een lijst van rivieren in Zuid-Soedan. De rivieren in deze lijst zijn geordend naar drainagebekken en de opeenvolgende zijrivieren zijn ingesprongen weergegeven onder de naam van elke hoofdrivier.

De hydrologie van het oostelijk deel van Zuid-Soedan is enigszins complex door de Sudd, een uitgestrekt moerasland waarin de stromen van verschillende rivieren samenvloeien, die vervolgens niet meer van elkaar te onderscheiden zijn. Een groot deel van het water dat de Sudd binnenstroomt gaat verloren door verdamping, maar uiteindelijk wordt een deel van het water afgevoerd via de Witte Nijl. Negentig procent van Zuid-Soedan maakt deel uit van het Witte-Nijlbekken. De drie belangrijkste steden van Zuid-Soedan liggen langs de Witte Nijl of een grote zijrivier.

Middellandse Zee
Nijl (Egypte, Soedan)
Witte Nijl
Adar
Macharmoerassen
Yabus
Daga
Khor Machar
Sobat
Baro
Jikawo
Pibor
Akobo
Agwei
Abara
Kongkong
Kangen
Lotilla
Veveno
Bahr el Zeraf
Bahr el Ghazal
Kiir (Bahr al-Arab)
Lol
Sopo
Kuru
Pongo
Jur
Sue
Waw Nahr
Numatinna
Lau
Gel
Aswa (Achwa)

Stromend in de Suddmoerassen
Koss
Kidepo
Medikiret

Endoreïsche bekkens

Turkanameer
Kibish

Bronnen 

 
Zuid-Soedan
Rivieren