De Oud-Katholieke Kerk is een katholieke kerk, dat betekent dat de bisschoppen in hun bisdom leiding geven aan het bestuur. Landelijk werkten de bisschoppen al lang samen. Sinds 1981 delen de bisschoppen hun bestuursverantwoordelijkheid met een college van gekozen leken en geestelijken uit de beide bisdommen. Dat college, het Collegiaal Bestuur, is belast met de bestuurlijke zorg voor alle aangelegenheden de landelijke kerk betreffende. Het Collegiaal Bestuur heeft in totaal acht leden. Het secretariaat van de kerk is gevestigd te Amersfoort, zie het Bisschoppelijk Bureau hieronder.
De kerk kent ook een Synode waarin vertegenwoordigers van de parochies en de geestelijkheid zitting hebben. De Synode adviseert de bisschoppen en het Collegiaal Bestuur en heeft het budgetrecht voor de financien van de landelijke kerk. De Synode komt tenminste eenmaal per jaar bijeen in november. De leden van de Synode komen ter voorbereiding op de zitting regelmatig in zogenoemde cluster (regionale) bijeenkomsten bijeen.
De parochies hebben een eigen bestuur, dat gevormd wordt door de pastoor(s) en een aantal kerkmeesters. Zowel de pastoor als de kerkbestuursleden worden door de bisschop benoemd. De parochies zijn verplicht jaarlijks verantwoording af te leggen van hun financiele handel en wandel en werken op basis van een door de bisschop goedgekeurde begroting.