Ondanks de vele negatieve berichten die in de loop van de tijd over Stuyvesant werden verspreid heeft niemand hem ooit heeft beschuldigd van ontrouw aan Judith. Zij zou zich bezig gaan houden met de opvoeding van hun twee zoons: Balthasar Lazarus 1647 en Nicolaes Willem 1648, die beiden in Nieuw Amsterdam geboren zouden worden.
Inmiddels waren aan de andere kant van de Atlantische Oceaan de inwoners van Nieuw Nederland in opstand gekomen tegen hun directeur-generaal (ook wel gouverneur genoemd). Het regende verzoeken bij de Directeuren van de Compagnie om Willem Kieft vanwege zijn autoritaire wanbeleid uit zijn functie te ontheffen. Toen ook leden van de door hemzelf benoemde Raad zich tegen hem keerden waren de Directeuren in Amsterdam bereid iets te ondernemen en benoemden ze een nieuwe directeur-generaal.