'Houtem' is afgeleid van het Frankisch 'Holtham' (1036) en betekent een nederzetting (ham, heim) in een bosrijk gebied (holt). 'Wals' anderzijds duidt aan dat dit dorp aanleunt tegen Wallonië. De Franse benaming van dit taalgrensdorp luidt Houtain-l'Évêque: gelegen als het was in de uiterste westhoek van het prinsbisdom Luik, had het er de Luikse prins-bisschop als heer.
De recente vondst van een neolithische nederzetting (4.000 v.Chr.) ter hoogte van de Zevenbronnen verwijst naar een vroege bewoning. De oudste archivalische vermelding van de heerlijkheid Walshoutem dateert uit 1036: Holtham in comitatu Sceppes. In dit jaar schonken Radulfus en Gisla van Incourt Walshoutem aan het kapittel van Sint-Lambertus van Luik. In 1078 stond de Luikse prins-bisschop Hendrik van Verdun het dorp af aan het kapittel van de Sint-Laurentiusabdij van Luik. De Franse benaming 'Houtain-l'Évêque, wat 'Bisschops-Houthem' betekent, verwijst nadrukkelijk naar de integratie van deze heerlijkheid binnen het prinsbisdom Luik: de prins-bisschop trad er sedert 1036 op als heer. Deze situatie blijft onveranderd tot de heerlijkheid door François Charles de Veldbruck in pandleen werd gegeven aan Philippe Bernard de Sonval op 4 augustus 1780.
Tijdens de Franse overheersing (1792-1799) kwam door een besluit van 1795 Walshoutem terecht bij het Département de L'Ourthe, administratief arrondissement Borgworm, gerechtelijk arrondissement Hoei, 30ste kanton Landen. In 1965 werd Groot-Walshoutem gevormd door fusie van de vier W-dorpen: Walshoutem, Waasmont, Walsbets en Wezeren. Op 1/1/1977 werd Walshoutem bij Landen gevoegd.