Het klimaat van Indonesië is tropisch en heeft twee seizoenen. Het droge seizoen (musim kemarau) is tussen april en oktober en het natte seizoen (musim hujan) tussen november en maart. De hoeveelheid neerslag varieert van eiland tot eiland, afhankelijk van de geografische ligging en hoogte. In de berggebieden valt aanzienlijk meer regen dan in de laagvlakten. In Indonesië heeft regen een andere betekenis dan in Nederland: in combinatie met de hoge gemiddelde temperatuur (het hele jaar door vrij constant 30°C) kan een regenbui verfrissend werken. De wegen zijn dan minder stoffig en bloemen en planten lijken extra tot leven te komen.
De beste reistijd verschilt per eiland. Op zich kun je prima in de regentijd naar Indonesië reizen. Voordeel is dat het landschap dan op z'n mooist (en groenst) is. Ga je aan het einde van de droge moesson dan heb je de 'pech' dat het landschap droog en kaal is. Tijdens de regentijd regent het bijna nooit de hele dag en de temperatuur blijft ook tijdens de buien aangenaam.
Houd er rekening mee dat wanneer je de bergen ingaat of vulkanen beklimt, het 's ochtends flink koud kan zijn en je een windjack of trui nodig hebt. Klimaattabel: De vier cijfers die telkens worden genoemd zijn van links naar rechts: de gemiddelde maximum temperatuur in graden Celsius, aantal zonuren per dag, aantal dagen per maand met minimaal 1 mm-neerslag per dag en- de gemiddelde temperatuur van het zeewater.