Aan boord doen alle leerlingen van 8.00 tot 11.00 zelfstudie, gevolgd door een optioneel uur tot 12.00 uur. In de middag worden centrale workshops gegeven over bijvoorbeeld krachten op het schip, meteorologie, het leven in zee, etc. Ook worden in de middag excursies gedaan en krijgen de leerlingen zeiltraining. Tijdens de zelfstudie begeleiden de docenten de trainees inhoudelijk, maar ook op het gebied van studievaardigheden. Regelmatig bespreekt de trainee de voortgang van het schoolwerk met de mentor, waarbij de mentor waar nodig bijstuurt. Ook geven de docenten workshops, begeleiden ze de groepsvorming en organiseren en begeleiden ze de excursies. Wekelijks worden de meegebrachte toetsen afgenomen.
Op het moment dat de trainees aan hun schoolwerk zitten, loop je als docent rond, ben je aan het observeren, vragen aan het beantwoorden en vragen aan het stellen. De trainees moeten het werk doen en als docent ben je aan het ondersteunen. Door de vrijheid en verantwoordelijkheid die de trainees aan boord krijgen, komen ze regelmatig nieuwe uitdagingen tegen, zeker als het gaat om studievaardigheden. Lees hier alles over deze leerclinics.
Elke deelnemende school waarborgt de gehele onderwijskwaliteit doordat de individuele plannen van aanpak in overleg met de school, de docenten en de leerlingen worden gemaakt. Tijdens de uitvoering van deze plannen van aanpak blijft school op de hoogte van de vorderingen. Gedurende een Masterskipreis is er altijd, de mogelijkheid om per e-mail of telefoon contact op te nemen met de leerlingen of de leiding van Masterskip. Zo zijn scholen zelf in staat om de onderwijskwaliteit te waarborgen.