Indigoliet heeft een sterk reinigende en beschermende werking. De steen aardt en brengt balans in lichaam en geest en zet negatieve energie, gedragspatronen en gedachtes om in positieve. Indigoliet reinigt de aura en het lichaam en verwijdert negatieve energie. Hierdoor worden de chakra's, het lichaam en emoties in balans gebracht. Dit bevordert ontspanning, begrip, zelfvertrouwen, voorspoed en vermindert blokkades, angst en het aannemen een slachtofferrol. Indigoliet heeft een bijzondere connectie met bloemen en planten. Het bevordert hun groei en beschermt tegen ongedierte.
Naast deze algemene eigenschappen brengt indigoliet rust en werkt kalmerend. Het helpt pijn en onverwerkte emoties uit de jeugd of vorige levens naar de oppervlakte brengen en verwerken. Het stimuleert het loslaten van gevoelens, gedragspatronen en verbindingen met mensen, die niet goed voor je zijn en bevordert je intuïtie, zelfexpressie, eerlijke, open communicatie en spirituele communicatie en contact. Fysiek heeft Indigoliet een positieve werking op littekens, neusbijholten, spraakproblemen, dyslexie en reisziekte en bevordert het een goede nachtrust en inzichtgevende dromen.