Dom Henrique de Noronha, de Portugese commandant aan de kust van Malabar, vreest voor enige problemen met Ventapanaique, in wiens gebied de door de Portugese forten beheerste plaatsen Barcelor en Onor liggen. Hij verenigt de koningen van Banguel, Sierra en Carnate tegen Ventapanaique, ogenschijnlijk voor hun eigen veiligheid, maar in werkelijkheid voor een betere bescherming van de Portugese bezittingen in hun nabijheid. André Coelho, die door de onderkoning met drie schepen eropuit is gezonden, om Pulicat en Syriam te ontzetten, wordt door slecht weer naar Colombo verzet, waar zijn schepen op de rotsen te pletter slaan, de bemanningsleden worden echter allen gered. In 1613 verwerven de Portugezen de nominale autoriteit over het eiland Sri Lanka, hoewel zij hun gezag niet kunnen laten gelden in het in de bergen gelegen koninkrijk Kandy, dat zich in 1612 met de Hollanders verbonden heeft tegen de Portugezen1. Evenals elders in de Estado da India dient in de verschillende havens van Sri Lanka 7% invoer- en uitvoerheffing te worden betaald, ad valorem van de betreffende goederen.
In 1613 worden opnieuw problemen veroorzaakt door de thanadar van Chaul. Abdala Carima, dit uit wraak voor de door de Portugezen toegebrachte, maar door hemzelf over zich afgeroepen verliezen in het voorafgaande jaar. Hij heeft enige moren ingehuurd, die wonen in Caranja en die vertrouwelijke betrekkingen met de Portugezen daar onderhouden, om Baltasar Rabello de Almeida, de capitão van het Fortaleza de Santa Maria do Castelo in Chaul te doden. De moordenaars, geleid door Xarife Melique, verrassen de capitão aan het avondmaal en nadat zij hem en zijn schoonzuster hebben gedood, sluiten zij zich op in het fort; maar de Portugezen, die de poorten hebben opengebroken, brengen de moordenaars om met het zwaard. Hierna marcheert Abascan, een generaal van de vijand, met een groep mannen naar Caranja, om de dood van de samenzweerders te wreken. De Portugezen zijn niet in staat te verhinderen dat de moren de stad Chaul intrekken; daar verspreiden zij zich en beginnen lukraak te plunderen en te moorden. Simão Rangel, die bemerkt dat de moren geen aanvoerder hebben, overvalt hen plotseling met zeventien man en Ferdinão de Sampayo e Cunha, die de vermoorde Baltasar Rabello als capitão is opgevolgd, komt met enige mannen uit een andere richting; de vijand wordt volledig verslagen en een groot aantal van hen worden daarbij gedood. Hierna verwoest Ferdinão de Sampayo hun land, waarbij hij 3.000 gevangenen maakt. De Nizam ul-Mulik, ziende dat de Portugezen bij deze krachtmeting betrokken zijn, denkt hen nog meer in verlegenheid te brengen door de oorlog uit te breiden tot Salsete do Norte en Agashi, waarop Ruy Freyre de Andrade, die met een eskader voor de kust kruist, ook die kant op gaat. Hij treft een aantal moren in een dorp tussen Caranja en Thana; hij doodt een aantal van hen en jaagt de rest op de vlucht. Vanuit Thana zendt hij enige schepen naar Agashi, om dat te ontzetten. Agashi, dat wordt belegerd door de moren, verkeert in groot gevaar, niet alleen door de vijandelijke bedreiging, maar ook wegens spanningen tussen de inwoners. De verdedigers van Agashi, die worden aangevallen door 2.000 moren, zijn gedwongen beschutting te zoeken in het klooster van São Francisco. Freire de Andrade brengt alle vrouwen en kinderen in veiligheid; hij neemt hen aan boord en brengt hen over naar Baçaim. Ook het in 1556 gebouwde ronde fort van Manora wordt door de vijand belegerd. Freire de Andrade zeilt naar het fort, slaat zich met zijn mannen door een groot aantal belegeraars heen en weet het fort te bereiken. Het met zijn mannen versterkte garnizoen doet een uitval en verdrijft de belegeraars, waarna Freire de Andrade naar Thana terugkeert. Xarife Melique heeft nog meer troepen tegen Agashi uitgezonden en de Portugezen daar verkeren in groot gevaar. Freire de Andrade is verplicht terug te keren om hen hulp te bieden. Hij haalt de daar nog verblijvende Portugezen op en brengt hen naar Baçaim. Hier landt Freire de Andrade en omdat hij vergezeld wordt door de commandant van het fort en door manschappen van de noordelijke en de Diu-vloot, is hij sterk genoeg om een groep moren die zich ophouden in de buurt van Baçaim te verjagen. Vervolgens is de aanwezigheid van Freire de Andrade vereist in Damão. Het schijnt dat de Koning van Sarceta groepen ruiters en voetknechten heeft uitgezonden, die alles wat zij vinden in de dorpen rond Baçaim meenemen of verwoesten. Freire de Andrade, die beschikt over 200 manschappen uit Damão, Mahim en Trapor overvalt plotseling ’s nachts 600 slapende vijanden. Nadat hij een aanzienlijk aantal van hen heeft gedood, trekt hij terug met een aanzienlijke hoeveelheid buit en hij verwoest alles wat zijn mannen niet kunnen meenemen. Op hun terugtocht worden de Portugezen door ongeveer 700 vijanden gevolgd, maar zij slagen erin Damão in goede orde te bereiken. De macht van Xarife Melique neemt voortdurend toe en in mei 1613 is Nuno da Cunha, met dertien schepen en 400 uitgelezen soldaten van Goa naar Bassein (Baçaim) gezeild, om Ruy Dias de Sampayo als capitão-mór van de noordelijke vloot op te volgen.. Nuno da Cunha komt aan bij de stad Galiana, waar de vijand strijdkrachten heeft. Hij zet daar een aantal mannen aan land. Zij dringen de verdedigingswerken van de vijand binnen, maken enige kanonnen buit en doden een aantal vijanden. Dan keren de soldaten, die in de ontmoeting slechts een man verloren hebben, terug naar hun schepen.
In 1613 wordt in Goa Velha – voorheen Gopokkapattana, dus niet te verwarren met Velha Goa – het Pilar Mosteiro gesticht; dit klooster is nog steeds een bloeiend en belangijk religieus en opvoedkundig centrum voor christelijke missionarissen. De kerk bevat de relieken van een Goanese heilige, Frei Agnelo d’Souza, die in 1927 is gestorven. In 1613 wordt tevens hard gewerkt aan de kerk en het klooster van Santa Monica, met de bouw waarvan in 1607 is begonnen Het is het enige klooster in Goa voor nonnen die een beschouwend leven leiden. Het beroemde klooster wordt ook wel genoemd het Mosteiro Real, wegens de koninklijke patronage. De kloostergebouwen zijn gerestaureerd en worden gebruikt door het in 1964 gestichte Mater Dei Instituut voor de theologische opleiding van nonnen van verschillende congregaties.