De marathon van Praag 1999 werd gelopen op zondag 23 mei 1999. Het was de vijfde editie van de marathon van Praag. De Keniaan Eliud Kering was het sterkst bij de mannen en won in 2:11.19. De Italiaanse Franca Fiacconi zegevierde bij de vrouwen in 2:28.33.

Deze editie was eveneens het toneel van de Tsjechische kampioenschappen. Deze titels werden gewonnen door respectievelijk Pavel Kryska (vijftiende in 2:19.19) en Tana Metelkova (elfde in 2:58.05).

In totaal finishten 2782 marathonlopers, waarvan 288 vrouwen.

Uitslagen

Mannen

Vrouwen 

1999
Praag