Het seizoen 1998/99 van de Ligabeker in het Belgische voetbal begon in 1998 en eindigde op 13 mei 1999 met de finale op Staaien in Sint-Truiden. De beker ging naar Sint-Truidense VV dat Germinal Ekeren versloeg met 4-3.

Wedstrijdverslag
De finale van de Ligabeker werd destijds live uitgezonden door Kanaal 2. De wedstrijd ging door op donderdag 13 mei 1999, waardoor er slechts zo'n 3.500 supporters kwamen opdagen. Germinal Ekeren begon het best aan de wedstrijd, maar het was Sint-Truiden dat op voorsprong kwam. Mladen Rudonja onderschepte de bal, snelde naar doel en omspeelde doelman Jan Moons. Thierry Siquet keerde het schot met zijn arm en kreeg meteen rood. Patrick Teppers bracht STVV vervolgens van op de stip op voorsprong.

Na de rust diepte diezelfde Teppers de voorsprong uit. Germinal Ekeren reageerde vrijwel meteen via Edwin van Ankeren. De Nederlander scoorde de aansluitingstreffer, maar zag hoe Rudonja enkele minuten later weer tegenscoorde. De Antwerpenaren leken eraan voor de moeite, maar knokten zich toch terug in de wedstrijd. Een sterk slotoffensief leverde nog goals op van invaller Kurt Morhaye, die een seizoen eerder nog voor STVV uitkwam, en aanvoerder Gunther Hofmans. Een gelijkmaker viel echter niet meer uit de lucht, waardoor STVV de Ligabeker in ontvangst mocht nemen en mocht deelnemen aan de UEFA Intertoto Cup.

Laatste 16
Dit schema toont de acht langst overgebleven clubs en de wedstrijden vanaf de kwartfinales. Alle finales werden in één wedstrijd beslist.

Finale 

Bekervoetbal 1998/99