Het seizoen 1938/39 van de KNVB beker was de 34ste editie van de Nederlandse voetbalcompetitie met als inzet de KNVB beker. Wageningen won de beker, door in Arnhem in de finale PSV met 2-1 (na vijf minuten in de verlenging, waarna de wedstrijd direct afgelopen was) te verslaan. Het was de eerste keer dat een oostelijke club de beker won.

Kwartfinale

Halve finale

Finale

KNVB Beker (mannen) naar seizoen