Koubaye is een gemeente (commune) in de regio Mopti in Mali. De gemeente telt 6600 inwoners (2009).

De gemeente bestaat uit de volgende plaatsen:
Daka Bori
Diam Alla Bozo
Diam Alla Rimaïbé
Kelloye
Koubaye
Lardé Balli
Singuino
Yongosiré

Gemeente in Mali