Koetoezov besloot stelling in te nemen bij Borodino, een dorp 70 kilometer ten westen van Moskou. Dit deed hij onder andere om het Russische volk te tonen dat het leger niet bang was voor de Fransen, maar ook om te voorkomen dat Moskou zou vallen. De Slag bij Borodino, die plaatsvond op 7 september, werd de grootste slag die tot dan toe ooit had plaatsgevonden in de Europese geschiedenis. In totaal namen ongeveer 250.000 soldaten deel aan de strijd en kwamen zo’n 70.000 van hen om het leven. Het wordt gezegd dat Napoleon tijdens de slag ziek was, waardoor hij het strategisch gezien simpele bevel gaf voor een frontale aanval op de Russische verdedigingswerken. Waarschijnlijk wilde hij een beslissende overwinning behalen in één dag. Een overwinning behalen binnen één dag lukte wel, maar het was weer geen beslissende overwinning. Los van het feit dat beide kampen vele duizenden soldaten waren verloren, zette Koetoezov Barclay’s strategie van de verschroeide aarde gewoon weer voort.
Een week later trok Napoleon Moskou binnen. Tot zijn grote verbazing was er geen Russische delegatie om over vrede te onderhandelen. De stad bleek zelfs helemaal verlaten. Al snel kwamen de Fransen tot de verschrikkelijke conclusie dat ook Moskou was geëvacueerd en leeggehaald. Tot overmaat van ramp brak er overal in de stad brand uit. De Russen waren zelfs bereid geweest een van hun belangrijkste steden af te branden, zolang ze de oorlog maar wonnen. Napoleon probeerde herhaaldelijk in contact te komen met Alexander om te onderhandelen over vrede, maar de tsaar, die zich achter de Wolga had teruggetrokken, liet niets van zich horen.