Micro-organismen (bacteriën, algen, zoöplankton) zijn zeer sturend in alle waterkwaliteitsprocessen. Hierover is zeer beperkt kennis beschikbaar.
De rol van micro-organismen in het aquatisch milieu zijn niet goed bekend. Veel soorten zijn ook nog niet beschreven. We weten alleen dat voor alle processen in het watermilieu er bacteriën, microben, algen en zoöplankton betrokken zijn.