De vlag van Nieuwkoop is, net als het gemeentewapen van de Zuid-Hollandse gemeente, een keer wegens een gemeentelijke fusie aangepast. De vlag is tijdens een gemeenteraadsvergadering op 6 november 2008 aangenomen als het gemeentelijk dundoek. In de vlag komen elementen uit het wapen terug. Het huidige wapen en de huidige vlag zijn beide ontworpen door Gert-Jan Pieterse.

Huidige vlag

Herkomst symbolen 
Net als het wapen is de vlag ontworpen op basis van wat er bij de eerdere gemeentes gebruikt werd.
 Het gele rad, mogelijk het attribuut van sint Catharina, is afkomstig uit het oude wapen van Nieuwkoop en werd tevens op de oude vlag gebruikt.
 De dubbelkoppige adelaar komt van het wapen en de vlag van Zevenhoven en het linkerdeel van het wapen van Liemeer. Deze werd in 1991 foutief rood afgebeeld op het wapen van Liemeer, de eigenlijke adelaar van Zevenhoven was zwart.                                
 De vos uit het wapen van Ter Aar, Ter Aar gebruikte alleen een verticaal gestreepte geel-rode vlag
 De achtpuntige ster is afkomstig uit het wapen van Nieuwveen en later ook het wapen van Liemeer. Tevens kwam de ster voor op de vlag van Liemeer.

Beschrijving  
De vlag heeft van de gemeente de volgende beschrijving meegekregen:

Net als het wapen is de vlag in vier vlakken verdeeld. In het geval van de vlag is het kanton rood van kleur met daarop een geel gebroken rad. Rechts bovenin de twee koppen van de dubbelkoppige adelaar met uitgestoken tongen. Dat veld is geel en de twee koppen zijn rood. Onder het kanton in een geel vlak een rode vossenkop. Daaronder in een rood veld een gele achtpuntige ster. De velden en tekeningen zijn in kleur gelijk aan die van het wapen.

Oude vlaggen

Vlag uit 1973 
Op 29 mei 1973 werd een eerdere vlag vastgesteld. Deze was een weergave van het gemeentewapen, met de positie van de stukken 90 graden gedraaid. De beschrijving luidde:

Oudere vlag (officieus) 

Volgens Sierksma was er in 1962 een oudere vlag in gebruik. De oude vlag werd niet officieel vastgelegd, hierdoor heeft deze vlag geen officiële status gehad. De officieuze vlag kon als volgt worden beschreven:

Nieuwkoop
Nieuwkoop