De Munnikenpolder is een polder en een voormalig waterschap in de gemeente Leiderdorp, in de Nederlandse provincie Zuid-Holland. Het waterschap was verantwoordelijk voor de drooglegging en later de waterhuishouding in de polder.

In de huidige Leidse woonwijk Zeeheldenbuurt herinnert de Munnikenstraat nog aan de naam.

Zie ook
 Munnikenmolen

Geografie van Leiderdorp
Polder in Zuid-Holland
Voormalig waterschap in Zuid-Holland