Dit is een lijst van de eilanden en eilandengroepen in Indonesië.

A 
 Adi
 Adonara
 Alor
 Alorarchipel
 Ambon
 Ara
 Aru-eilanden
 Asilulu

B 
 Bacan
 Banda-eilanden
 Banda Besar
 Bangka
 Bali
 Barat Daya-eilanden
 Batanta
 Batam
 Batjan
 Bengkalis
 Biak
 Billiton
 Bintam
 Bisa
 Boano
 Borneo
 Buaya
 Buru

C 
 Celebes
 Ceram

D 
 Damer
 Djampea
 Dolak
 Duizendeilanden

E 
 Enggano

F 
 Flores

G 
 Gebe
 Gorom (Gorong)
 Gili trawangan
 Gili Meno
 Gili Air

H 
 Halmahera
 Haruku

J 
 Japen
 Java

K 
 Kai Besar
 Kai Ketjil
 Kalimantan, zie Borneo
 Karakelong
 Karimun
 Kei-eilanden
 Kepa
 Kepulauan Seribu
 Kobroor
 Kofiau
 Komodo

L 
 Lakor
 Lembeh
 Lerat
 Leti-eilanden
 Lifamatola
 Lomblen
 Lombok

M 
 Machian
 Madoera
 Manawaka
 Mandioli
 Mangole
 Mentawai-eilanden
 Misool
 Morotai
 Maluku

N 
 Natuna-eilanden
 Ndao
 Ngelengele-Besar
 Nias
 Nieuw-Guinea
 Noord-Pagai
 Numfor
 Num

O 
 Obi (Javazee)
 Obi (Molukken)
 Owi

P 
 Palu
 Pantar
 Panjang
 Pasumpahan
 Pura

R 
 Raijua
 Rani
 Rau
 Riau-eilanden
 Romang
 Rondo
 Roti

S 
 Salawati
 Salebabu
 Sangihe-eilanden
 Sanana
 Sangeang
 Saparua
 Șelaru
 Seram
 Seram Rei
 Siau
 Siberut
 Simeulue
 Sipora
 Soemba
 Soembawa
 Solor
 Su Mios
Sulawesi
 Sumatra
 Supiori

T 
 Talaudeilanden
 Taliabu
 Tanimbar-eilanden
 Tereweng
 Ternate
 Tidore
 Tioor
 Timor

W 
 Waigeo
 Wammer
 Watubela
 Wetar
 Wokam
 Wuliaru

Y 
 Yamdena

Z 
 Zuid-Pagai

 
Indonesische eilanden
Eilanden