De kaders van de AVG en van andere wetten, zoals de WGBO, bieden ruimte voor interpretatie. Veel onderzoekers benoemden dan ook het probleem dat juristen in verschillende ziekenhuizen en umc's niet dezelfde interpretatie van de wet hanteren. Er kwamen ook andere knelpunten naar voren, zoals het vinden van betrouwbare klinische data in samenhang met WGS-data. Los van de ELSI-aspecten van deze koppeling is het ook praktisch soms lastig doordat elektronische dossiers niet zo geschikt zijn voor wetenschappelijk onderzoek. Bij het delen van data is telkens sprake van een balans tussen vertrouwen en wantrouwen - wie controleert bijvoorbeeld of onderzoekers zich daadwerkelijk houden aan de data transfer agreement (DTA)? Wanneer data gedeeld worden met internationale collega's wordt deze vraag misschien des te urgenter. Daar komen ook nog vragen bij over verantwoordelijkheden: waar worden data opgeslagen, wie is aansprakelijk.