Dubbel ballon endoscopie is een inwendig onderzoek waarbij de binnenkant van de dunne darm, het slijmvlies, wordt bekeken. Het onderzoek wordt via de mond of via de anus uitgevoerd, afhankelijk van de reden van het onderzoek.
Een endoscoop is een lange flexibele slang met aan het uiteinde een camera, waarmee het darmslijmvlies op een beeldscherm kan worden bekeken. Op het uiteinde van de endoscoop is ook een ballonnetje bevestigd en over de endoscoop is een zachte schacht geschoven waarop nog een ballonnetje zit. Door beide ballonnetjes afwisselend op te blazen en leeg te laten lopen, is het mogelijk de hele dunne darm of een groot deel ervan te onderzoeken en eventuele afwijkingen te behandelen. Bij een dubbel ballon endoscopie wordt ook vaak een behandeling toegepast, zoals weg schroeien van bloedvaatjes met argongas, verwijderen van poliepen of het nemen van biopten.