In Rijn-Oost werken provincies, waterschappen, gemeenten, waterbedrijven, Rijkswaterstaat en de ministeries van I&W en LNV samen aan de uitvoering van de KRW en aan Zoetwatervoorziening Oost-Nederland. Voor het Deltaprogramma Ruimtelijke Adaptatie heeft Rijn-Oost een rapportagefunctie.
Om de samenwerking goed te laten verlopen is een overleg- en werkstructuur opgezet die bestaat uit:
Regionaal Bestuurlijk Overleg (RBO) > samenstelling
Regionaal Ambtelijk Overleg (RAO) > samenstelling
Klankbordgroep > samenstelling
Kernteam > regelt en bewaakt de dagelijkse werkzaamheden
Werkgroepen
Het RBO vergadert ongeveer 4 maal per jaar over deze onderwerpen. De Provincie Flevoland en waterschap Zuiderzeeland werken in Rijn-Oost alleen aan het onderdeel KRW/waterkwaliteit. Voor Zoetwater en Ruimtelijke Adaptatie participeren Flevoland en Zuiderzeeland in een andere regio. Het RAO vergadert enkele weken voorafgaand aan het RBO.