Ari, een Israëlische regisseur, heeft midden in de nacht een afspraak met een vriend in een bar. De vriend wordt gekweld door terugkerende nachtmerries waarin hij stelselmatig wordt achtervolgd door een grote groep van 26 honden. Precies het aantal honden dat hij heeft moeten doden tijdens de Libanese oorlog in 1982. De volgende dag komt voor het eerst een herinnering uit die periode bij Ari naar boven. Een stilzwijgend, kwellend beeld: hijzelf, als jonge soldaat, samen met twee vrienden badend in de buurt van Beiroet. Hij gaat opzoek naar de waarheid over dat specifieke moment in de geschiedenis en over zichzelf. Om daarin te slagen besluit hij zijn vroegere oorlogskameraden verspreid over de wereld op te zoeken en te interviewen.
Waltz with Bashir bevindt zich tussen documentaire en speelfilm en is een van de eerste volledig geanimeerde documentaires. De film werd genomineerd voor de Best International Feature Oscar en ging in deze categorie naar huis met een award op de Golden Globes en de César Awards.