 Katika mwaka wa 1995, Mkapa alichaguliwa rais msingi wake ukiwa kwa kampeni maarufu ya kupambana na ufisadi na kwa kumuunga mkono kwa nguvu rais wa zamani Julius Nyerere 3 Juhudi za Mkapa za kupambana na ufisadi ni pamoja na kuumba jukwaa la wazi lililoitwa Tume ya Rais juu ya Ufisadi Tume ya Warioba na kuongeza msaada kwa Afisi ya Kuzuia Ufisadi. 