 Changamoto iliyomkabili Jumbe wakati wa utawala wake ni mlipuko wa mawazo kinzani juu ya Muungano visiwani miongoni mwa raia na viongozi wa serikali, kwamba kitendo cha Rais Karume kuiingiza Zanzibar katika Muungano kilikuwa cha kisaliti kwa Wazanzibari; na pale alipojaribu kutafuta suluhu kwa njia ya Mahakama Maalumu ya Katiba kuhusu aina ya muundo sahihi uliokusudiwa na kwa mujibu wa Mkataba wa Muungano, Halmashauri Kuu NEC ya CCM ilimvua nafasi zote za uongozi wa chama na serikali ikimtuhumu kwa usaliti, kisha akawekwa kizuizini nyumbani kwake Mji Mwema, Kigamboni ambako mauti yamemkuta. 