 Kufuatia kuuawa shahidi Muhammad Ali Rajai, Rais wa pili wa Jamhuri ya Kiislamu ya Iran mnamo mwezi Septemba mwaka 1981, Ayatullah Khamenei alichaguliwa kwa kura zaidi ya milioni kumi na sita na kupewa hukumu ya kuidhinishwa rasmi kuwa Rais na Imam Khomeini quddisa sirruh. 