 2 Katika msimu wake wa kwanza katika klabu hiyo, Bakayoko alifanya maonyesho 31 ya Ligue 1, lakini alikuwa mwanzo wa mara kwa mara msimu wa 2016-17, akichangia mshindi wa cheo cha Monaco wa Ligi ya 1 na pia aitwaye katika kikosi cha 2016-17 cha UEFA Champions League ya msimu. 