 Kwa miaka takribani saba MSCL ilikuwa ikijiendesha kama kampuni ya umma kwa kujitegemea ikiwa haipo chini ya TRC yaani tangu mwaka 1999 hadi 2006 na wakati huo wote Bandari zote katika Maziwa Makuu, meli, karakana, vinyakuzi, magari na trekta, majengo yote ghala, stoo, ofisi, sehemu za kupumzikia abiria, sehemu za kutunzia mizigo na vyelezo vya meli viwili Ziwa Victoria na kimoja katika Ziwa Tanganyika zikiwa chini ya MSCL na siyo TRC, kabla ya kuanzishwa TPA Mwaka 2006. 