<prompt> Skryf n voortsetting vir hierdie paragraaf - Cooper is op 26 Maart 1863 as luitenant-kolonel van die 4de Kentucky Kavallerie herbenoem en in April sy kolonel geword; na die bedanking van kolonel Bayles. Op 4 Junie 1863 is Cooper beseer toe n perd op hom geval het in Franklin, Tennessee. Hy het die regiment in die Slag van Chickamauga in September 1864 beveel. Cooper het in 1864 na Lexington, Kentucky, teruggekeer vir siekteverlof. Toe het Cooper plaaslike magte teen John Hunt Morgan se aanvallers gelei. Hy het Morgan se eise vir die oorgawe van Lexington op 9 Junie 1864 geweier en sy troepe teruggedryf. In April 1865 het hy die pos van Montgomery, Alabama en in Mei en Julie 1865 die pos van Albany, Georgia, beveel. Hy is op 21 Augustus 1865 by Macon, Georgië, met eer uitgetrek. Hy het gevegs eerbewyse ontvang vir sy diens by Shiloh, Corinth, Richmond, Chickamauga, Morgan se inval in Kentucky, die Slag van Resaca en vir Wilson se inval op Montgomery. Hy is op 2 Maart 1867 tot luitenant-kolonel en kolonel in die Gereelde Leër benoem vir dapper en verdienstelike dienste in die Slag van Resaca  <response>: in Georgië en in die inval van Montgomery, Alabama. 