<prompt> Skryf n voortsetting vir hierdie paragraaf - Massa het goed begin by Ferrari en tweede gekwalifiseer by die openingswedloop in Bahrein  <response>: , en kom van 21ste posisie na 5de in Maleisië, en verslaan spanmaat Michael Schumacher, wat van 14de begin het. In Bahrein het Massa egter in beide Saterdag se oefening en die wedloop sy neiging om te draai hervat en Fernando Alonso, die uiteindelike wenner van die wedloop, net gemis. By die Australiese GP het hy in die kwalifikasie met sy Ferrari neergestort, en toe in die eerste draai van die wedloop met Christian Klien en Nico Rosberg gebots. Massa het nietemin sy eerste loopbaanpodium op die Nürburgring behaal en derde geëindig agter Michael Schumacher en Fernando Alonso. Hy het ook die vinnigste rondte in Barcelona in 2006 behaal. Massa het nog vier podiumplekke in 2006 behaal, en het sy eerste F1-poelposisie en sy eerste F1-oorwinning op die Istanbul Park-baan behaal. Sy toekomstige posisie by Ferrari is verseker toe Michael Schumacher op 10 September 2006 aangekondig het dat hy aan die einde van die 2006 seisoen uit die F1 sou uittrede. Op 22 Oktober het Massa sy tuiswedloop by die Interlagos gewen, wat die eerste keer was dat n Brasiliaanse bestuurder in Interlagos gewen het sedert Ayrton Senna in 1993. Massa het die seisoen derde geëindig met 80 punte, agter wêreldkampioen Fernando Alonso en Ferrari-spanmaat Michael Schumacher. 