<prompt> Skryf n voortsetting vir hierdie paragraaf - Nadat die staat Mississippi net voor die begin van die Burgeroorlog afgeskei het, het Barksdale uit die Kongres bedank om adjudant-generaal en dan kwartiermeester-generaal van die Mississippi-militie te word, in die rang van brigadier-generaal, met datum van rang 1 Maart 1861. Op 1 Mei is hy aangestel as kolonel in die Konfederale State-leër van die 13de Mississippi-infanterie, n regiment wat hy gelei het in die Eerste Slag van Bull Run daardie somer, en die Slag van Balls Bluff in Oktober. Die volgende lente het hy sy regiment na die Virginia-skiereiland geneem en geveg in die Skiereilandveldtog en die Sewe Dae Slag. Toe sy brigadebevelvoerder, brigadegeneraal Richard Griffith, dodelik gewond is in die Slag van Savages Station  <response>: op 29 Junie 1862, het Barksdale die bevel van die brigade aanvaar en dit gelei in n heldhaftige, maar bloedige en nuttelose aanval by die Slag van Malvern Hill. Die brigade het bekend geword as Barksdale se Mississippi-brigade. Hy is op 12 Augustus 1862 bevorder tot brigadier-generaal. 