<prompt> Skryf n voortsetting vir hierdie paragraaf - In 1861, aan die begin van die Burgeroorlog, is hy deur die bevelvoerder van die New Yorkse Nasionale Garde, Brigadier-generaal John F. Rathbone, aangestel om as hoof mediese beampte by die Albany-afdeling te dien. In Junie 1862, na die Slag van Savages Station  <response>: Terwyl die Army of the Potomac, saam met sy dokters, teruggetrek het, het Swinburne gebly om die duisende beseerde gevangenes, beide van die Unie en die Konfederasie, te versorg. Uit respek vir sy beginselvaste standpunt het die Konfederasiebevelvoerder Stonewall Jackson hom n pas gegee, met n persoonlike nota wat dit vergesel het, wat besoek aan Uniegevangenes toelaat. In 1864 het goewerneur Horatio Seymour hom benoem tot die pos van Gesondheidsbeampte van die hawe van New York en in 1867 is hy deur goewerneur Reuben Fenton herbenoem, wat altesaam ses jaar gedien het tot 1870. Tydens sy administrasie, ten spyte van die staat se onwilligheid om befondsing toe te ken, het hy toesig gehou oor die konstruksie van destydse state-of-the-art kwarantynfasiliteite op eilande wat Swinburne en Hoffman genoem is. 