<prompt> Doherty het die 2012-13 seisoen begin deur 45 te verloor teen Stuart Bingham in die tweede ronde van die Wuxi Classic en 35 teen Martin Gould in die eerste ronde van die Australiese Goldfields Ope. Hy het uiteindelik die eerste amptelike 147 breek van sy loopbaan opgestel by die minderjarige 2012 Paul Hunter Classic in Duitsland tydens n eerste ronde oorwinning teen Julian Treiber. Hy het die kwarteindronde van die byeenkoms bereik en verloor met 0-4 teen Mark Selby. Doherty is verslaan in die kwalifikasie vir die Sjanghai Meesters en die 2012 Britse Kampioenskap en kon nie verder as die wildcard-ronde van die Internasionale Kampioenskap vorder nie. By die vyfde Europese toerbyeenkoms, die Skotse Ope  <response>: , het hy die hou van Luca Brecel en Ryan Day verslaan om die halfeindronde te bereik waar hy 24 teen Ding Junhui verloor het. Doherty is in die eerste ronde van die Duitse Meesters deur Peter Lines uitgeskakel, maar het toe sy beste reeks van die seisoen by die Welsh Open gehad. Hy het die viervoudige wêreldkampioen John Higgins 4-1 en Tom Ford 4-3 verslaan om deur te kom na die kwarteindronde. Hy het Stuart Bingham met 20 gelei, maar n reeks gemiste potte het Doherty sy vertroue verloor en hy het 35 verloor. Sy voorgenoemde loop na die halfeindronde van die Skotse Ope het hom gehelp om 16de te eindig op die PTC Orde van Verdienste om in aanmerking te kom as een van die top 26 spelers vir die Finale, maar hy het 24 aan Kurt Maflin in die eerste ronde verloor. Doherty het byna een van sy handelsmerk-opbrengste teen Matthew Selt in die finale ronde van die Wêreldbeker-kwalifikasie behaal, aangesien hy van 49 af gelykgestel het op 99, maar die beslissende raam verloor het. Die resultaat het beteken dat dit die eerste seisoen was waar Doherty nie in enige van snooker se Triple Crown-byeenkomste verskyn het nie. Doherty het sy posisie met agt plekke gedurende die seisoen verhoog om dit as wêreld nommer 27 te voltooi. 