<prompt> Skryf n voortsetting vir hierdie paragraaf - Johnston was entoesiasties oor die uitbreek van die Mexikaans-Amerikaanse Oorlog. Hy het in die personeel van luitenant-generaal Winfield Scott gedien in die beleg van Veracruz  <response>: , wat deur Scott gekies is om die beampte te wees wat die eis vir oorgawe vooraf aan die provinsiale goewerneur dra. Hy was in die voorhoede van die beweging in die binneland onder brigadegeneraal David E. Twiggs en is ernstig gewond deur grapeshot wat verkenning uitgevoer het voor die Slag van Cerro Gordo. Hy is tot n brevet luitenant-kolonel aangestel vir sy optrede by Cerro Gordo. Nadat hy in n veldhospitaal herstel het, het hy weer by die weermag in Puebla aangesluit. Tydens die opmars na Mexikostad was hy die tweede bevelvoerder van die U.S. Regiment of Voltigeurs, n eenheid wat uit ligte infanterie of skermvegters bestaan het. Hy het hom onderskei by Contreras en Churubusco, is weer gewond by Chapultepec, en het twee brevetpromosies ontvang vir die laaste twee gevegte, wat die oorlog as n brevetkolonel van vrywilligers beëindig het. Na die einde van die vyandigheid het hy teruggekeer na sy vreedsame rang van kaptein in die topografiese ingenieurs. Winfield Scott het humoristies opgemerk dat Johnston n groot soldaat is, maar hy het die ongelukkige talent gehad om homself in byna elke geveg te laat skiet. Johnston se grootste angs gedurende die oorlog was die dood van sy neef, Preston Johnston. Toe Robert E. Lee aan Johnston meedeel dat Preston deur n Mexikaanse artilleriegranat by Contreras doodgemaak is, het albei offisiere gehuil, en Johnston het die res van sy lewe getreur. 