<prompt> Skryf n voortsetting vir hierdie paragraaf - Clemens het uit sy aftrede gekom en op 12 Januarie 2004 n eenjaar-ooreenkoms met sy aangenome tuisdorp Houston Astros gesluit, waar hy by sy goeie vriend en voormalige Yankees-spanmaat Andy Pettitte aangesluit het. Op 5 Mei 2004 het Clemens sy 4 137ste strike-out in sy loopbaan aangeteken om hom tweede op die all-time lys te plaas agter Nolan Ryan. Hy is as die voorgereg vir die National League All-Star-span aangewys, maar was uiteindelik die verliezende werper in daardie wedstryd nadat hy ses lopies op vyf treffers toegelaat het, insluitend n drielange huisloop na Alfonso Soriano. Clemens het die seisoen met n 184 rekord voltooi, en is sy sewende Cy Young-toekenning toegeken, en word die oudste speler wat ooit die Cy Young op 42 gewen het. Dit het hom een van ses pitchers gemaak om die toekenning in albei ligas te wen, saam met Gaylord Perry, Pedro Martínez en Randy Johnson en later by Roy Halladay en Max Scherzer. Clemens was die verloorder vir die Astros in Game 7 van die 2004 NLCS  <response>: teen die St. Louis Cardinals, wat 4 lopies in 6 innings toegelaat het. Hoewel hy goed gegooi het, het hy in die sesde beurt moeg geword en al vier lopies oorgegee. 