<prompt> Skryf n voortsetting vir hierdie paragraaf - In 1341 het koning Johannes van Boheme Joodse gesinne toegelaat om binne die stadsmure te woon, en die eerste sinagoge is in 1380 gebou; daar was egter verskeie pogroms in die laat 15de en vroeë 16de eeu. Sedert die Hussitiese oorloë  <response>: Die stad was tradisioneel n vesting van die Katolieke Kerk tydens die langdurige godsdienstige konflikte in die Koninkryk Boheme. Budejovice was vanaf 1526 deel van die Habsburgse Monargie en het n lojale ondersteuner van keiser Ferdinand II in die Dertigjarige Oorlog gebly. Budějovice het n kort besetting deur Pruise ondergaan tydens die Silesiese Oorloë, en die oorlog tussen die Habsburgers en die Franse leër in 1742. 