<prompt> Skryf n voortsetting vir hierdie paragraaf - Toe Kennedy in April 1861 in die Konfederale leër ingeskryf het, het hy kaptein geword van Kompanjie E, 2de Suid-Carolina-infanterie-regiment, onder mede-inwoner van Camden, kolonel Joseph Brevard Kershaw. In die Eerste Slag van Manassas is hy deur n Minie-bal getref en ernstig beseer. Hy het herstel en is tot kolonel bevorder toe Kershaw tot brigadier-generaal bevorder is. Kennedy se eerste aksie in bevel van n regiment het plaasgevind tydens n skermutseling op die Nine-Mile Road naby Richmond, Virginia, in Junie 1862 tydens die Peninsula-veldtog. Na die geveg by die Slag van Savages Station  <response>: , was hy vir n paar weke ongeskik weens koors. Hy het betyds na sy regiment teruggekeer vir die Maryland-veldtog. Tydens Stonewall Jackson se belegging van Harpers Ferry, was Kennedy saam met Kershaw se brigade in die vang van die belangrike Maryland Heights. Hy het sy regiment gelei in Kershaw se teen aanval tydens die Slag van Antietam, en het n deel van die Unie II Korps voor hom gery. Hy is egter pynlik gewond in die eerste aanval, getref in die voetsool en Achillespees terwyl hy n houtheining langs die Hagerstown Pike oorsteek. Kennedy het weer betyds herstel vir n groot geveg en het die 2de en 8ste Suid-Carolina gelei tot die ondersteuning van generaal Howell Cobb by Maryes Heights, die fokus van die warmste gevegte by Fredericksburg. 