<prompt> Skryf n voortsetting vir hierdie paragraaf - In die loop van die 5de eeu is die Westerse Ryk oorval deur die invalle van Germaanse stamme. Die prefektuur van Italië is egter behou deur die nuwe Ostrogotiese Koninkryk, wat nog steeds de jure deel van die Ryk was, en die Ostrogotiese koning Theodoric die Grote het selfs die prefektuur van Gallië hervestig in die klein deel van Gallië wat hy in die 510s verower het. Na die herwinning van Noord-Afrika deur die Oostelike Ryk tydens die Vandale Oorlog  <response>: In 533-534 is die nuwe provinsies deur keiser Justinianus I gegroepeer in n nuwe pretoriaanse prefektuur van Afrika, wat later in die Eksarkat van Afrika omskep sou word. Die pretoriaanse prefektuur van Italië is ook hervestig na die einde van die Gotiese Oorlog, voordat dit ook in n eksarkat ontwikkel het. In die Ooste sou die prefektuur voortgaan om te funksioneer tot die middel van die 7de eeu, toe die verlies van die meeste oostelike provinsies aan die Moslem verowering en van die Balkan aan Slawiese stamme gelei het tot die skepping van die Tema-stelsel. Intussen het hervormings onder Heraklius egter die prefek van n aantal van sy ondergeskikte finansiële kantore ontneem, wat as onafhanklike departemente onder logos opgerig is. Die laaste keer dat die prefek van die Ooste direk getuig word, kom uit n wet van 629. Volgens sommige geleerdes het egter spore van die stelsel tot in die vroeë 9de eeu oorleef: Ernst Stein het getoon dat sommige aspekte van die Illyriese prefektuur in die administrasie van Tessalonika oorleef het, terwyl John Haldon, gebaseer op sigillografiese bewyse en verwysings in die Bisantynse Taktika, die oorlewing van die vroeëre burgerlike provinsiale administrasie binne die tema-stelsel gedokumenteer het, met die prefek in Konstantinopel moontlik in n toesighoudende vermoë, tot die 840s. 