<prompt> Skryf n voortsetting vir hierdie paragraaf - Toe oorlog met Mexiko uitgebreek het, is Morgan as kolonel van die 2de Ohio Vrywillige Infanterie aangestel. Hy is daarna in Maart 1847 as kolonel van die 15de Amerikaanse infanterie aangestel en het onder generaal Winfield Scott gedien. Om n einde te maak aan die guerrilla-oorlogvoering en die moord op Amerikaanse soldate, het kolonel Morgan n aantal vooraanstaande Mexikaanse burgers gevange geneem en n proklamasie uitgereik waarin aangekondig is dat vir elke Amerikaanse soldaat wat deur die guerrillas doodgemaak is, n burger tereggestel sou word. Die moorde het onmiddellik opgehou. Hy is in 1848 tot brigadiergeneraal bevorder vir sy dapperheid in die gevegte van Contreras en Churubusco.  <response>: , waar hy ernstig gewond is. Toe hy na Ohio terugkeer om te herstel, het hy die formele dank van die wetgewer van Ohio ontvang. 