<prompt> Skryf n voortsetting vir hierdie paragraaf - In Maart 1861 is Ferguson n kaptein in die Suid-Carolina-militie, waarna hy as luitenant en aide-de-camp aan die C.S. Army Brigadier-generaal P. G. T. Beauregard aangestel is. Hy was een van die offisiere wat die formele oorgawe van die Amerikaanse leërmajoor Robert Anderson by Fort Sumter ontvang het, die eerste Konfederasie-vlag gehys het en die eerste wagte by Fort Sumter geplaas het. Na die beleg is hy gestuur om die eerste Konfederaatvlag wat deur vyandige skote getref is, aan die Voorlopige Kongres van die Konfederaatstate voor te lê. Hy was n luitenant-kolonel en aide-de-camp aan generaal Beauregard tydens die Slag van Shiloh  <response>: Ek weet. Tydens die Slag van Farmington was hy in die 28ste Mississippi Kavallerie Regiment. Hy het die eenheid beveel terwyl hy Vicksburg verdedig het, en gehelp het om aanvalle deur die Amerikaanse generaal-majoor William T. Sherman en die Amerikaanse kommodore David Porter te stop. 