<prompt> Skryf n voortsetting vir hierdie paragraaf - In 136566 en 138485 het die dorp gedien as n toevlugsoord vir die Biskop van Konstanz toe hy uit Konstanz verdryf is. Voor 1324 en tussen 1371 en 1386 is die stad aan buite-eienaars gepand as onderpand vir n lening. Van 1359 tot 1403 was die kasteel in die besit van die inwoners. In 1374 is hulle vrygestel van die oorlogsbelasting. Die biskoplike heerskappy is verswak deur die oorgang van soewereiniteit van die Habsburg na die Graafskap Baden in 1415. As gevolg van sy ligging op die godsdienstige grens, was Kaiserstuhl n belangrike brughoof vir die Katolieke streke. In beide die Eerste Oorlog van Villmergen, in 165556, en die Toggenburg Oorlog  <response>: of Tweede Oorlog van Villmergen, in 1712, is die dorp deur Zürich beset. Tydens die godsdienstige konflikte is die verkeer na Kaiserstuhl gedwing om eerder die Ryn in Zürich-beheerde gebiede oor te steek. Aangesien die stad nie die reg gehad het om skeepsverkeer op die Ryn te belas nie, het hierdie verlies aan landverkeer die stad die meeste van sy doeane-inkomste gekos. Die dorp het egter welvarend gebly as gevolg van die wingerdbou en veeteelt, deur die krediet- en bankbedryf, en deur buitelandse diens. Die welvaart word weerspieël in die statige huise wat gedurende hierdie tydperk gebou is. Gasthaus zur Krone in 1550, administrasie saal van die klooster van St. Blaise in 1563 en 1612, en die Marschallhaus in 1764. Die geboue wat Kaiserstuhl toegelaat het om as n streeksentrum te funksioneer, was aan die regter oewer van die Ryn, en is in 1798 verlore met die skepping van die Kanton Baden. Nadat die Franse die brug in 1799 vernietig het, het die grensverkeer deur Kaiserstuhl vir byna twee dekades tot n einde gekom. 