<prompt> Andika mwendelezo wa aya hii - Mnamo Julai 13, 2011, ilitangazwa kuwa Jonathan angeondoka Santos kwenda kufanya mazoezi na wakubwa wa Serie A Inter Milan, hadi kukamilika kwa uhamisho huo. Siku mbili baadaye, mnamo Julai 15, rasmi akawa mchezaji wa Inter, akisaini mkataba wa miaka minne. Jonathan alifanya kwanza yake ya Inter mnamo 11 Septemba 2011 katika wiki ya pili ya 2011-12 Serie A  <response>: , akicheza dakika 90 kamili katika ushindi wa 4-3 dhidi ya Palermo. Siku tatu baadaye Jonathan alifanya mechi yake ya kwanza ya Ligi ya Mabingwa, akicheza mechi nzima siku ya kwanza dhidi ya Trabzonspor ya Uturuki katika hasara ya 0-1 huko San Siro. 