<prompt> Doherty alianza msimu wa 2012-13 kwa kupoteza 45 kwa Stuart Bingham katika raundi ya pili ya Wuxi Classic na 35 kwa Martin Gould katika raundi ya kwanza ya Goldfields Open ya Australia. Hatimaye alikusanya mapumziko ya kwanza rasmi ya 147 ya kazi yake katika kiwango kidogo cha 2012 Paul Hunter Classic nchini Ujerumani wakati wa ushindi wa raundi ya kwanza dhidi ya Julian Treiber. Aliendelea kufikia robo fainali ya tukio hilo, akishindwa 04 kwa Mark Selby. Doherty alishindwa katika kufuzu kwa Masters ya Shanghai na Mashindano ya Uingereza ya 2012 na alishindwa kuendelea zaidi ya duru ya wildcard ya Mashindano ya Kimataifa. Katika tukio la tano la Ziara ya Ulaya, Scottish Open  <response>: , aliwashinda watu kama Luca Brecel na Ryan Day kufikia nusu fainali ambapo alipoteza 2 kwa 4 dhidi ya Ding Junhui. Doherty aliondolewa katika raundi ya kwanza ya Masters ya Ujerumani na Peter Lines, lakini kisha alikuwa na mbio yake bora ya msimu katika Welsh Open. Alishinda bingwa wa dunia mara nne John Higgins 4 kwa 1 na Tom Ford 4 kwa 3 ili kuingia robo fainali. Aliongoza Stuart Bingham 20, lakini mfululizo wa sufuria zilizokosa uliona Doherty akipoteza ujasiri wake na akaendelea kupoteza 35. Mbio yake iliyotajwa hapo juu kwa nusu fainali ya Scottish Open ilimsaidia kumaliza nafasi ya 16 kwenye PTC Order of Merit ili astahili kama mmoja wa wachezaji 26 bora kwa fainali, lakini alipoteza 2 kwa 4 kwa Kurt Maflin katika raundi ya kwanza. Doherty karibu alichukua moja ya kurudi kwake kwa alama ya biashara dhidi ya Matthew Selt katika raundi ya mwisho ya kufuzu kwa Mashindano ya Dunia kwani kutoka 49 chini alilingana na 99, lakini alipoteza fremu ya kuamua. Matokeo yalimaanisha kuwa hii ilikuwa msimu wa kwanza ambapo Doherty hakuwa na kuonyeshwa katika matukio yoyote ya snooker ya Triple Crown. Doherty aliongeza nafasi yake kwa nafasi nane wakati wa msimu kumaliza nafasi ya 27 ya ulimwengu. 