<prompt> Andika mwendelezo wa aya hii - Vita vya wenyewe kwa wenyewe vilipoanza mwaka wa 1861, Magruder aliacha Jeshi la Muungano kukubali kazi katika Muungano. Akiwa kamanda wa Jeshi la Peninsula, aliimarisha Peninsula ya Virginia na kushinda Vita vya Big Bethel. Katika kampeni ya Peninsula, alizuia Jeshi la McClellan la Potomac nje ya Yorktown, na kumruhusu Maj. Jenerali Joseph E. Johnston kufika na kuimarisha, kupanga kurudi nyuma, na kutetea mji mkuu wa Confederate, Richmond. Magruder alishutumiwa kwa uongozi wake katika vita vya Kituo cha Savage  <response>: na Malvern Hill wakati wa Vita vya Siku Saba. Alitumia mapumziko ya vita kusimamia Wilaya ya Texas, New Mexico, na Arizona na Idara ya Arkansas; katika muhula wake, Magruder iliondoa kizuizi cha majini juu ya Galveston na kukamata mji katika 1863. 