<prompt> Andika mwendelezo wa aya hii - Cooper alipewa tena nafasi ya kuwa luteni-koloni wa Kikosi cha 4 cha Kentucky cha Wapanda farasi mnamo Machi 26, 1863 na akawa kolonela wake mnamo Aprili; kufuatia kujiuzulu kwa Kanali Bayles. Mnamo Juni 4, 1863, Cooper alijeruhiwa farasi alipomwangukia huko Franklin, Tennessee. Yeye aliamuru jeshi katika vita ya Chickamauga katika Septemba 1864. Cooper alirudi Lexington, Kentucky mwaka 1864 kwa ajili ya likizo ya ugonjwa. Kisha Cooper akaongoza majeshi ya eneo hilo dhidi ya wavamizi wa John Hunt Morgan. Alikataa madai ya Morgan ya kujisalimisha kwa Lexington mnamo Juni 9, 1864 na akafukuza vikosi vyake. Mnamo Aprili 1865 aliamuru post ya Montgomery, Alabama na Mei na Julai 1865 post ya Albany, Georgia. Alitoka jeshini kwa heshima mnamo Agosti 21, 1865 huko Macon, Georgia. Alipokea heshima ya vita kwa huduma yake katika Shiloh, Korintho, Richmond, Chickamauga, uvamizi wa Morgan katika Kentucky, vita vya Resaca na kwa uvamizi wa Wilson juu ya Montgomery. Alitunukiwa cheo cha Luteni Kanali na Kanali katika Jeshi la kawaida mnamo Machi 2, 1867, kwa huduma za ujasiri na za thamani katika Vita vya Resaca  <response>: katika Georgia na katika kukamata Montgomery, Alabama. 