def pairs(args):
    """
    See __doc__ for OptionParser.set_pairs().
    """
    import jcvi.formats.bed

    p = OptionParser(pairs.__doc__)
    p.set_pairs()
    opts, targs = p.parse_args(args)

    if len(targs) != 1:
        sys.exit(not p.print_help())

    samfile, = targs
    bedfile = samfile.rsplit(".", 1)[0] + ".bed"
    if need_update(samfile, bedfile):
        cmd = "bamToBed -i {0}".format(samfile)
        sh(cmd, outfile=bedfile)

    args[args.index(samfile)] = bedfile

    return jcvi.formats.bed.pairs(args)
See __doc__ for OptionParser.set_pairs().